Oki, Shinya(Center for iPS Cell Research and Application (CiRA)) | Activity Database on Education and Research, Kyoto University

Oki, Shinya

Center for iPS Cell Research and Application (CiRA)

Last Updated :2025/04/23

Basic Information

Professional Memberships

Japanese Association for Medical Artificial Intelligence

JAPANESE SOCIETY OF DEVELOPMENTAL BIOLOGISTS

THE MOLECULAR BIOLOGY SOCIETY OF JAPAN

日本バイオインフォマティクス学会

Academic Degree

MA in Engineering(Osaka university)

Ph.D. of Medical Science(Osaka university)

Academic Resume (Graduate Schools)

Osaka university, Graduate School of Engineering, 修了

Osaka university, Graduate School of Medicine, 修了

Academic Resume (Undergraduate School/Majors)

Osaka university, Department of Engineering, 卒業

High School

High School
広島城北高校

Research History

From Nov. 2024, To Present
Kumamoto University, Institute of Molecular Embryology and Genetics, 教授（兼任）

From Apr. 2024, To Present
Kumamoto University, Graduate School of Medical Sciences, Professor

From Apr. 2024, To Present
Kumamoto University, Institute of Resource Development and Analysis, Professor

From Apr. 2020, To Mar. 2024
京都大学大学院, 医学研究科創薬医学講座, 特定准教授

From Oct. 2019, To Mar. 2023
科学技術振興機構（JST）, さきがけ研究員

From Feb. 2019, To Mar. 2020
九州大学大学院, 医学研究院, 講師

From Feb. 2007, To Feb. 2019
九州大学大学院, 医学研究院, 助教

From Apr. 2005, To Feb. 2007
日本学術振興会, 特別研究員

Profile

Profile
世界中で行われたChIP-seq実験などのエピゲノミクスデータを統合したデータベース、ChIP-Atlas を開発している。その十数万件ものオミクス実験データを統合的に分析することにより、細胞分化制御や遺伝性疾患のしくみの解明、および創薬ターゲットの探索などをおこなっている。

また最近では、光学と化学を融合させた新規オミクス技術、Photo-Isolation Chemistry (PIC) を開発している。これは、様々な細胞タイプが混在する組織において「関心領域」に特定波長の光を照射すると、そのエリアだけのオミクス情報を引き出せる技術である。局所的な細胞集団のプロファイリングが可能となるこの新技術と、上述のデータ解析手法を駆使した多元的アプローチにより、器官形成や先天異常の原理を解き明かしたい。

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ID,URL

ORCID ID
0000-0002-4767-3259
J-Global ID
201501040753326194
Researcher number
90452713
External link
https://oki-lab.jp

researchmap URL

https://researchmap.jp/okishinya

Last Updated :2025/04/23

Research

Research Topics, Overview of the research

Research Topics
エピゲノミクスデータを統合したデータベースの開発
光学と化学を融合させた新規オミクス技術の開発
Overview of the research
世界中で行われたChIP-seq実験などのエピゲノミクスデータを統合したデータベース、ChIP-Atlas を開発している。その十数万件ものオミクス実験データを統合的に分析することにより、細胞分化制御や遺伝性疾患のしくみの解明、および創薬ターゲットの探索などをおこなっている。

また最近では、光学と化学を融合させた新規オミクス技術、photo-isolation chemistry (PIC) を開発している。これは、様々な細胞タイプが混在する組織において「関心領域」に特定波長の光を照射すると、そのエリアだけのオミクス情報を引き出せる技術である。局所的な細胞集団のプロファイリングが可能となるこの新技術と、上述のデータ解析手法を駆使した多元的アプローチにより、器官形成や先天異常の原理を解き明かしたい。

Research Interests

Photo-Isolation Chemistry

創薬医学

Bioinformatics

マウス初期発生

発生・分化

多分化能

再生医学

シグナル伝達

Research Areas

Informatics, Biological, health, and medical informatics

Life sciences, Developmental biology

Papers

Atf3 controls transitioning in female mitochondrial cardiomyopathy as identified by spatial and single-cell transcriptomics
Tasneem Qaqorh; Yusuke Takahashi; Kohei Sameshima; Kentaro Otani; Issei Yazawa; Yuya Nishida; Kohei Tonai; Yoshitaka Fujihara; Mizuki Honda; Shinya Oki; Yasuyuki Ohkawa; David R. Thorburn; Ann E. Frazier; Atsuhito Takeda; Yoshihiko Ikeda; Heima Sakaguchi; Takuya Watanabe; Norihide Fukushima; Yasumasa Tsukamoto; Naomasa Makita; Osamu Yamaguchi; Kei Murayama; Akira Ohtake; Yasushi Okazaki; Takanari Kimura; Hisakazu Kato; Hijiri Inoue; Ken Matsuoka; Seiji Takashima; Yasunori Shintani
Science Advances, 04 Apr. 2025

Extraction of biological terms using large language models enhances the usability of metadata in the BioSample database
Shuya Ikeda; Zhaonan Zou; Hidemasa Bono; Yuki Moriya; Shuichi Kawashima; Toshiaki Katayama; Shinya Oki; Tazro Ohta
22 Feb. 2025

High spatial resolution gene expression profiling and characterization of neuroblasts migrating in the peri-injured cortex using photo-isolation chemistry
Takuya Miyamoto; Kazuya Kuboyama; Mizuki Honda; Yasuyuki Ohkawa; Shinya Oki; Kazunobu Sawamoto
Frontiers in Neuroscience, 07 Jan. 2025

Update of the FANTOM web resource: enhancement for studying noncoding genomes.
Tomoe Nobusada; Chi Wai Yip; Saumya Agrawal; Jessica Severin; Imad Abugessaisa; Akira Hasegawa; Chung Chau Hon; Satoru Ide; Masaru Koido; Atsushi Kondo; Hiroshi Masuya; Shinya Oki; Michihira Tagami; Toyoyuki Takada; Chikashi Terao; Nishad Thalhath; Scott Walker; Kayoko Yasuzawa; Jay W Shin; Michiel J L de Hoon; Piero Carninci; Hideya Kawaji; Takeya Kasukawa
Nucleic acids research, 06 Jan. 2025

Structural and molecular properties of mumps virus inclusion bodies
Noriyo NAGATA; Tadaki Suzuki; Yasuyuki Ohkawa; Hiroshi Katoh; Kimura Ryuichi; Tsuyoshi Sekizuka; Kohei Matsuoka; Mika Hosogi; Yuki Kitai; Yukiko AKAHORI; Michiyo Kataoka; Hirotaka Kobayashi; Shinya Oki; Makoto Takeda; Fumihiro Kato
Science Advances, 06 Dec. 2024

Trans-ancestry genome-wide analysis of atrial fibrillation provides new insights into disease biology and enables polygenic prediction of cardioembolic risk
Kazuo Miyazawa; Kaoru Ito; Zhaonan Zou; Hiroshi Matsunaga; Satoshi Koyama; Hirotaka Ieki; Seitaro Nomura; Masato Akiyama; Ryo Kurosawa; Hiroki Yoshida; Kouichi Ozaki; Yoshihiro Onouchi; Atsushi Takahashi; Koichi Matsuda; Yoshinori Murakami; Hiroyuki Aburatani; Michiaki Kubo; Yukihide Momozawa; Chikashi Terao; Shinya Oki; Hiroshi Akazawa; Yoichiro Kamatani; Issei Komuro
12 Sep. 2021

High resolution spatial transcriptome analysis by photo-isolation chemistry
Mizuki Honda; Shinya Oki; Akihito Harada; Kazumitsu Maehara; Kaori Tanaka; Chikara Meno; Yasuyuki Ohkawa
23 Mar. 2020

Biallelic null variants in PNPLA8 cause microcephaly by reducing the number of basal radial glia
Yuji Nakamura; Issei S Shimada; Reza Maroofian; Micol Falabella; Maha S Zaki; Masanori Fujimoto; Emi Sato; Hiroshi Takase; Shiho Aoki; Akihiko Miyauchi; Eriko Koshimizu; Satoko Miyatake; Yuko Arioka; Mizuki Honda; Takayoshi Higashi; Fuyuki Miya; Yukimune Okubo; Isamu Ogawa; Annarita Scardamaglia; Mohammad Miryounesi; Sahar Alijanpour; Farzad Ahmadabadi; Peter Herkenrath; Hormos Salimi Dafsari; Clara Velmans; Mohammed Al Balwi; Antonio Vitobello; Anne-Sophie Denommé-Pichon; Médéric Jeanne; Antoine Civit; Mohamed S Abdel-Hamid; Hamed Naderi; Hossein Darvish; Somayeh Bakhtiari; Michael C Kruer; Christopher J Carroll; Ehsan Ghayoor Karimiani; Rozhgar A Khailany; Talib Adil Abdulqadir; Mehmet Ozaslan; Peter Bauer; Giovanni Zifarelli; Tahere Seifi; Mina Zamani; Chadi Al Alam; Javeria Raza Alvi; Tipu Sultan; Stephanie Efthymiou; Simon A S Pope; Kazuhiro Haginoya; Tamihide Matsunaga; Hitoshi Osaka; Naomichi Matsumoto; Norio Ozaki; Yasuyuki Ohkawa; Shinya Oki; Tatsuhiko Tsunoda; Robert D S Pitceathly; Yoshitaka Taketomi; Henry Houlden; Makoto Murakami; Yoichi Kato; Shinji Saitoh
Brain, 31 Jul. 2024, Peer-reviewed

ChIP-Atlas 3.0: a data-mining suite to explore chromosome architecture together with large-scale regulome data
Zhaonan Zou; Tazro Ohta; Shinya Oki
Nucleic Acids Research, 16 May 2024, Peer-reviewed, Last author, Corresponding author

HKDC1, a target of TFEB, is essential to maintain both mitochondrial and lysosomal homeostasis, preventing cellular senescence
Mengying Cui; Koji Yamano; Kenichi Yamamoto; Hitomi Yamamoto-Imoto; Satoshi Minami; Takeshi Yamamoto; Sho Matsui; Tatsuya Kaminishi; Takayuki Shima; Monami Ogura; Megumi Tsuchiya; Kohei Nishino; Brian T. Layden; Hisakazu Kato; Hidesato Ogawa; Shinya Oki; Yukinori Okada; Yoshitaka Isaka; Hidetaka Kosako; Noriyuki Matsuda; Tamotsu Yoshimori; Shuhei Nakamura
Proceedings of the National Academy of Sciences, 03 Jan. 2024, Peer-reviewed

Integrative analysis of transcription factor occupancy at enhancers and disease risk loci in noncoding genomic regions
Oki, Shinya; Ohta, Tazro; Shioi, Go; Hatanaka, Hideki; Ogasawara, Osamu; Okuda, Yoshihiro; Kawaji, Hideya; Nakaki, Ryo; Sese, Jun; Meno, Chikara
bioRxiv, Feb. 2018

Elucidating disease-associated mechanisms triggered by pollutants via the epigenetic landscape using large-scale ChIP-Seq data
Zhaonan Zou; Yuka Yoshimura; Yoshihiro Yamanishi; Shinya Oki
Epigenetics & Chromatin, 25 Sep. 2023, Peer-reviewed, Last author, Corresponding author
Access this paper :

Cross-ancestry genome-wide analysis of atrial fibrillation unveils disease biology and enables cardioembolic risk prediction
Kazuo Miyazawa; Kaoru Ito; Masamichi Ito; Zhaonan Zou; Masayuki Kubota; Seitaro Nomura; Hiroshi Matsunaga; Satoshi Koyama; Hirotaka Ieki; Masato Akiyama; Yoshinao Koike; Ryo Kurosawa; Hiroki Yoshida; Kouichi Ozaki; Yoshihiro Onouchi; Koichi Matsuda; Yoshinori Murakami; Yoichiro Kamatani; Atsushi Takahashi; Koichi Matsuda; Yoshinori Murakami; Hiroyuki Aburatani; Michiaki Kubo; Yukihide Momozawa; Chikashi Terao; Shinya Oki; Hiroshi Akazawa; Yoichiro Kamatani; Issei Komuro
Nature Genetics, 19 Jan. 2023, Peer-reviewed
Access this paper :

Regulome-based characterization of drug activity across the human diseasome
Michio Iwata; Keisuke Kosai; Yuya Ono; Shinya Oki; Koshi Mimori; Yoshihiro Yamanishi
npj Systems Biology and Applications, 07 Nov. 2022, Peer-reviewed

A novel role of helix‐loop‐helix transcriptional factor Bhlhe40 in osteoclast activation
Hirohito Hirata; Asana Kamohara; Masatoshi Murayama; Kenichi Nishioka; Hiroaki Honda; Yasuteru Urano; Hidenobu Soejima; Shinya Oki; Toshio Kukita; Shunsuke Kawano; Masaaki Mawatari; Akiko Kukita
Journal of Cellular Physiology, Oct. 2022, Peer-reviewed

Mitochondrial stress induces AREG expression and epigenomic remodeling through c-JUN and YAP-mediated enhancer activation
Yuko Hino; Katsuya Nagaoka; Shinya Oki; Kan Etoh; Shinjiro Hino; Mitsuyoshi Nakao
Nucleic Acids Research, 23 Sep. 2022, Peer-reviewed

Photo-isolation chemistry for high-resolution and deep spatial transcriptome with mouse tissue sections.
Honda M; Kimura R; Harada A; Maehara K; Tanaka K; Ohkawa Y; Oki S
STAR protocols, 22 Apr. 2022, Peer-reviewed, Last author, Corresponding author
Access this paper :

TRANSDIRE: data-driven direct reprogramming by a pioneer factor-guided trans-omics approach
Ryohei Eguchi; Momoko Hamano; Michio Iwata; Toru Nakamura; Shinya Oki; Yoshihiro Yamanishi
Bioinformatics, 13 May 2022, Peer-reviewed

Epigenetic landscape of drug responses revealed through large-scale ChIP-seq data analyses
Zhaonan Zou; Michio Iwata; Yoshihiro Yamanishi; Shinya Oki
BMC Bioinformatics, Dec. 2022, Peer-reviewed, Last author, Corresponding author

Age-associated decline of MondoA drives cellular senescence through impaired autophagy and mitochondrial homeostasis
Hitomi Yamamoto-Imoto; Satoshi Minami; Tatsuya Shioda; Yurina Yamashita; Shinsuke Sakai; Shihomi Maeda; Takeshi Yamamoto; Shinya Oki; Mizuki Takashima; Tadashi Yamamuro; Kyosuke Yanagawa; Ryuya Edahiro; Miki Iwatani; Mizue So; Ayaka Tokumura; Toyofumi Abe; Ryoichi Imamura; Norio Nonomura; Yukinori Okada; Donald E. Ayer; Hidesato Ogawa; Eiji Hara; Yoshitsugu Takabatake; Yoshitaka Isaka; Shuhei Nakamura; Tamotsu Yoshimori
Cell Reports, Mar. 2022, Peer-reviewed

Detection of REST expression in the testis using epitope‐tag knock‐in mice generated by genome editing
Ryuichi Kimura; Yukiko U. Inoue; Takako Kikkawa; Misako Tatehana; Yuki Morimoto; Hitoshi Inada; Shinya Oki; Takayoshi Inoue; Noriko Osumi
Developmental Dynamics, Mar. 2022, Peer-reviewed

High-depth spatial transcriptome analysis by photo-isolation chemistry
Mizuki Honda; Shinya Oki; Ryuichi Kimura; Akihito Harada; Kazumitsu Maehara; Kaori Tanaka; Chikara Meno; Yasuyuki Ohkawa
Nature Communications, Dec. 2021, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author
Access this paper :

A defined glycosylation regulatory network modulates total glycome dynamics during pluripotency state transition
Federico Pecori; Ikuko Yokota; Hisatoshi Hanamatsu; Taichi Miura; Chika Ogura; Hayato Ota; Jun-ichi Furukawa; Shinya Oki; Kazuo Yamamoto; Osamu Yoshie; Shoko Nishihara
Scientific Reports, Dec. 2021, Peer-reviewed

Paternal age affects offspring via an epigenetic mechanism involving REST/NRSF
Kaichi Yoshizaki; Ryuichi Kimura; Hisato Kobayashi; Shinya Oki; Takako Kikkawa; Lingling Mai; Kohei Koike; Kentaro Mochizuki; Hitoshi Inada; Yasuhisa Matsui; Tomohiro Kono; Noriko Osumi
EMBO Reports, 05 Jan. 2021, Peer-reviewed

Genetic loss of importin α4 causes abnormal sperm morphology and impacts on male fertility in mouse
Yoichi Miyamoto; Mitsuho Sasaki; Haruhiko Miyata; Yoko Monobe; Masahiro Nagai; Mayumi Otani; Penny A. F. Whiley; Akane Morohoshi; Shinya Oki; Junichiro Matsuda; Ken‐ichi Akagi; Jun Adachi; Masaru Okabe; Masahito Ikawa; Yoshihiro Yoneda; Kate L. Loveland; Masahiro Oka
The FASEB Journal, Dec. 2020, Peer-reviewed

DDBJ Data Analysis Challenge: a machine learning competition to predict Arabidopsis chromatin feature annotations from DNA sequences.
Eli Kaminuma; Yukino Baba; Masahiro Mochizuki; Hirotaka Matsumoto; Haruka Ozaki; Toshitsugu Okayama; Takuya Kato; Shinya Oki; Takatomo Fujisawa; Yasukazu Nakamura; Masanori Arita; Osamu Ogasawara; Hisashi Kashima; Toshihisa Takagi
Genes & Genetic Systems, 22 Apr. 2020, Peer-reviewed

FTO Demethylates Cyclin D1 mRNA and Controls Cell-Cycle Progression
Mayumi Hirayama; Fan-Yan Wei; Takeshi Chujo; Shinya Oki; Maya Yakita; Daiki Kobayashi; Norie Araki; Nozomu Takahashi; Ryoji Yoshida; Hideki Nakayama; Kazuhito Tomizawa
Cell Reports, Apr. 2020, Peer-reviewed

Cis-control of Six1 expression in neural crest cells during craniofacial development.
Zhaoming Wu; Yanxia Rao; Sushan Zhang; Eun-Jung Kim; Shinya Oki; Hidemitsu Harada; Martin Cheung; Han-Sung Jung
Developmental Dynamics, Dec. 2019, Peer-reviewed

Update of the FANTOM web resource: expansion to provide additional transcriptome atlases.
Marina Lizio; Imad Abugessaisa; Shuhei Noguchi; Atsushi Kondo; Akira Hasegawa; Chung Chau Hon; Michiel de Hoon; Jessica Severin; Shinya Oki; Yoshihide Hayashizaki; Piero Carninci; Takeya Kasukawa; Hideya Kawaji
Nucleic Acids Research, 08 Jan. 2019, Peer-reviewed

ChIP-Atlas: a data-mining suite powered by full integration of public ChIP-seq data.
Shinya Oki; Tazro Ohta; Go Shioi; Hideki Hatanaka; Osamu Ogasawara; Yoshihiro Okuda; Hideya Kawaji; Ryo Nakaki; Jun Sese; Chikara Meno
EMBO Reports, Nov. 2018, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author

Repression of Somatic Genes by Selective Recruitment of HDAC3 by BLIMP1 Is Essential for Mouse Primordial Germ Cell Fate Determination
Mochizuki K; Hayashi Y; Sekinaka T; Otsuka K; Ito-Matsuoka Y; Kobayashi H; Oki S; Takehara A; Kono T; Osumi N; Matsui Y
Cell Reports, Sep. 2018, Peer-reviewed

LSD1 mediates metabolic reprogramming by glucocorticoids during myogenic differentiation.
Anan K; Hino S; Shimizu N; Sakamoto A; Nagaoka K; Takase R; Kohrogi K; Araki H; Hino Y; Usuki S; Oki S; Tanaka H; Nakamura K; Endo F; Nakao M
Nucleic Acids Research, Jun. 2018, Peer-reviewed

Chd2 regulates chromatin for proper gene expression toward differentiation in mouse embryonic stem cells
Yuichiro Semba; Akihito Harada; Kazumitsu Maehara; Shinya Oki; Chikara Meno; Jun Ueda; Kazuo Yamagata; Atsushi Suzuki; Mitsuho Onimaru; Jumpei Nogami; Seiji Okada; Koichi Akashi; Yasuyuki Ohkawa
Nucleic Acids Research, Sep. 2017, Peer-reviewed

ChIP-seq analysis of genomic binding regions of five major transcription factors highlights a central role for ZIC2 in the mouse epiblast stem cell gene regulatory network
Kazunari Matsuda; Tomoyuki Mikami; Shinya Oki; Hideaki Iida; Munazah Andrabi; Jeremy M. Boss; Katsushi Yamaguchi; Shuji Shigenobu; Hisato Kondoh
Development, Jun. 2017, Peer-reviewed

Argininosuccinate Synthase 1-Deficiency Enhances the Cell Sensitivity to Arginine through Decreased DEPTOR Expression in Endometrial Cancer
Kenji Ohshima; Satoshi Nojima; Shinichiro Tahara; Masako Kurashige; Yumiko Hori; Kohei Hagiwara; Daisuke Okuzaki; Shinya Oki; Naoki Wada; Jun-ichiro Ikeda; Yoshikatsu Kanai; Eiichi Morii
Scientific Reports, Mar. 2017, Peer-reviewed

Chd5 Regulates MuERV-L/MERVL Expression in Mouse Embryonic Stem Cells Via H3K27me3 Modification and Histone H3.1/H3.2
Masayasu Hayashi; Kazumitsu Maehara; Akihito Harada; Yuichiro Semba; Kensuke Kudo; Hidehisa Takahashi; Shinya Oki; Chikara Meno; Kenji Ichiyanagi; Koichi Akashi; Yasuyuki Ohkawa
Journal of Cellular Biochemistry, Mar. 2016, Peer-reviewed

Hyperglycemia impairs left-right axis formation and thereby disturbs heart morphogenesis in mouse embryos
Masahiro Hachisuga; Shinya Oki; Keiko Kitajima; Satomi Ikuta; Tomoyuki Sumi; Kiyoko Kato; Norio Wake; Chikara Meno
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Sep. 2015, Peer-reviewed

SraTailor: Graphical user interface software for processing and visualizing ChIP-seq data
Shinya Oki; Kazumitsu Maehara; Yasuyuki Ohkawa; Chikara Meno
Genes to Cells, Dec. 2014, Peer-reviewed

Self-regulated left-right asymmetric expression of Pitx2c in the developing mouse limb
Hidetaka Shiratori; Kenta Yashiro; Naomi Iwai; Shinya Oki; Katsura Minegishi; Yayoi Ikawa; Kohei Kanata; Hiroshi Hamada
Developmental Biology, Nov. 2014, Peer-reviewed

Wnt signaling regulates left-right axis formation in the node of mouse embryos
Keiko Kitajima; Shinya Oki; Yasuyuki Ohkawa; Tomoyuki Sumi; Chikara Meno
Developmental Biology, Aug. 2013, Peer-reviewed

Epiblast Ground State Is Controlled by Canonical Wnt/beta-Catenin Signaling in the Postimplantation Mouse Embryo and Epiblast Stem Cells
Tomoyuki Sumi; Shinya Oki; Keiko Kitajima; Chikara Meno
PLOS ONE, May 2013, Peer-reviewed

Restriction of Wnt signaling in the dorsal otocyst determines semicircular canal formation in the mouse embryo
Teppei Noda; Shinya Oki; Keiko Kitajima; Tetsuro Harada; Shizuo Komune; Chikara Meno
Developmental Biology, Feb. 2012, Peer-reviewed

Fate maps of ventral and dorsal pancreatic progenitor cells in early somite stage mouse embryos
Rika Miki; Tetsu Yoshida; Kazuya Murata; Shinya Oki; Kazuhiko Kume; Shoen Kume
Mechanisms of Development, Jan. 2012, Peer-reviewed

[The role of sulfated glycosaminoglycans in early mouse development].
Oki, S.; Men, C.
Fukuoka igaku zasshi = Hukuoka acta medica, Aug. 2010, Peer-reviewed

Dissecting the Role of Fgf Signaling During Gastrulation and Left-Right Axis Formation in Mouse Embryos Using Chemical Inhibitors
Shinya Oki; Keiko Kitajima; Chikara Meno
Developmental Dynamics, Jun. 2010, Peer-reviewed

Reversal of left-right asymmetry induced by aberrant Nodal signaling in the node of mouse embryos
Shinya Oki; Keiko Kitajima; Sara Marques; Jose Antonio Belo; Takahiko Yokoyama; Hiroshi Hamada; Chikara Meno
Development, Dec. 2009, Peer-reviewed

Sulfated glycosaminoglycans are necessary for Nodal signal transmission from the node to the left lateral plate in the mouse embryo
Shinya Oki; Ryuju Hashimoto; Yuko Okui; Michael M. Shen; Eisuke Mekada; Hiroki Otani; Yukio Saijoh; Hiroshi Hamada
Development, Nov. 2007, Peer-reviewed

Two nodal-responsive enhancers control left-right asymmetric expression of Nodal
Y Saijoh; S Oki; C Tanaka; T Nakamura; H Adachi; YT Yan; MM Shen; H Hamada
Developmental Dynamics, Apr. 2005, Peer-reviewed

Left-right patterning of the mouse lateral plate requires Nodal produced in the node
Y Saijoh; S Oki; S Ohishi; H Hamada
Developmental Biology, Apr. 2003, Peer-reviewed

An observation of the initial stage towards a symbiotic relationship
M Todoriki; S Oki; S Matsuyama; EP Ko-Mitamura; Urabe, I; T Yomo
Biosystems, Mar. 2002, Peer-reviewed

Unique colony housing the coexisting Escherichia coli and Dictyostelium discoideum
Todoriki, M.; Oki, S.; Matsuyama, S.-I.; Urabe, I.; Yomo, T.
Journal of Biological Physics, 2002, Peer-reviewed

ChIP-Atlas 2021 update: a data-mining suite for exploring epigenomic landscapes by fully integrating ChIP-seq, ATAC-seq and Bisulfite-seq data
Zhaonan Zou; Tazro Ohta; Fumihito Miura; Shinya Oki
Nucleic Acids Research, Mar. 2022, Peer-reviewed, Last author, Corresponding author

Misc.

父加齢が子孫の行動や遺伝子発現に与える影響は精子DNA低メチル化の継承が原因である可能性がある
大隅典子; 吉崎嘉一; 木村龍一; 沖真弥; 吉川貴子; Mai Lingling; 稲田仁
DOHaD研究, Sep. 2021

ChIP-Atlas: A Guide to Traveling Transcriptional Regulatory Landscape
Zhaonan Zou; Shinya Oki
JSBi Bioinformatics Review, Jun. 2023, Peer-reviewed, Invited

多層オミクス解析による遺伝子発現機構のディジーゾーム解析と治療薬探索
岩田通夫; 沖真弥; 山西芳裕
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2020

パイオニア転写因子を考慮したデータ駆動型ダイレクトリプログラミング
江口凌平; 濱野桃子; 岩田通夫; 中村透; 沖真弥; 山西芳裕
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2020

遺伝子発現機構のディジーゾーム解析による疾患間の関連性解析と治療薬探索
岩田通夫; 沖真弥; 田部井靖生; 山西芳裕; 山西芳裕
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2018

Elucidating the modes of action by identification of transcription factors organizing chemically perturbed genes through large-scale ChIP-seq data.
ZOU Zhaonan; 岩田通夫; 山西芳裕; 沖真弥
日本薬学会年会要旨集(Web), 2021

遺伝子発現制御に着目した薬剤摂動トランスクリプトームと大規模ChIP-seqデータの統合解析による薬剤作用ターゲット探索
鄒兆南; 岩田通夫; 山西芳裕; 沖真弥
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2020

Presentations

エピゲノムアトラスを創って薬の作用機序をひも解く
沖真弥
The 201st Scienc-ome, 28 Aug. 2024, Invited

オルガネラのトランスクリプトーム解析
沖真弥
第76回日本細胞生物学会大会, 18 Jul. 2024, Invited

ChIP-Atlas ハンズオンセミナー
沖真弥
早稲田大学先進理工学部セミナー, 02 Aug. 2024, Invited

PIC: 局所領域に対する高深度RNA-seq技術
沖真弥
千里ライフサイエンス技術講習会, 27 Jun. 2024, Invited

エピゲノミクスデータの統合解析による先天異常や薬物作用機序の理解
沖真弥
scChmeRISC 2024, 28 May 2024, Invited

Photo-isolation chemistry for high-resolution and deep spatial transcriptome with tissue sections
沖真弥
第21回幹細胞シンポジウム, 25 May 2024, Invited

エピゲノミクス統合データベースChIP-Atlasのハンズオンセミナー
沖真弥
金沢大学理工研究域セミナー, 17 May 2024, Invited

PICによる局所的高深度トランスクリプトーム解析
沖真弥
筋・骨・リウマチ３学会合同若手研究会, 11 May 2024, Invited

空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る
沖真弥
創価大学糖鎖生命システム融合研究所第23回コロキウム, 10 May 2024, Invited

転写制御機構に基づく薬物作用機序の解明
沖真弥
熊本大学薬学部特別講演会, 08 May 2024, Invited

空間的な遺伝子制御機構の解明とその解析支援
沖真弥
第20回生命資源研究・支援センターシンポジウム, 22 Feb. 2024, Invited

ChIP-Atlas ハンズオンセミナー
沖真弥
第２回エピ研リソースセミナー, 11 Dec. 2023, Invited

空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る
沖真弥
高知大学医学専攻特別研究ゼミナール, 27 Nov. 2023, Invited

ChIP-Atlasの使いかたと使われかた
沖真弥
第96回日本生化学会大会, 02 Nov. 2023, Invited

空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る
沖真弥
第2回Philosophy研究会, 16 Sep. 2023, Invited

Photo-isolation chemistryによる局所的高深度トランスクリプトーム解析
沖真弥
第9回日本筋学会学術集会, 19 Aug. 2023, Invited

Photo-isolation chemistry for high-resolution and deep spatial transcriptome with tissue sections
Shinya Oki
The 56th Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biologists, 25 Jul. 2023, Invited

空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る
沖真弥
学術変革領域研究(A)適応回路センサス第3回領域会議, 22 Jun. 2023, Invited

エピゲノム統合データベース、ChIP-Atlas の使い方と使われ方
沖真弥
第16回日本エピジェネティクス研究会年会, 19 Jun. 2023, Invited

バイオのための情報学・ことはじめ
沖真弥
ACT-X「生命と化学」主催：第 1 回研究者交流会議, 10 May 2023, Invited

Photo-isolation chemistry for high-resolution and deep spatial transcriptome with tissue sections
Shinya Oki
IMGC 2023 RIKEN Symposium, 30 Mar. 2023, Invited

光単離化学（PIC）による局所的トランスクリプトーム解析
沖真弥
第100回日本生理学会大会, 16 Mar. 2023, Invited

空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る
沖真弥
東北大学分子代謝病態学Webセミナー, 17 Jan. 2023, Invited

Photo-Isolation Chemistryを用いた局所的なトランスクリプトーム解析
沖真弥
第67回日本人類遺伝学会, 15 Dec. 2022, Invited

光単離化学による局所的かつ高深度のトランスクリプトーム解析
沖真弥
第45回日本分子生物学会, 02 Dec. 2022, Invited

Photo-isolation chemistryによる局所的高深度トランスクリプトーム解析
沖真弥
ExCELLSセミナー, 15 Nov. 2022, Invited

空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る
沖真弥
NGS EXPO 2022, 19 Oct. 2022, Invited

空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る
沖真弥
東京慈恵会医科大学医学研究の基礎を語り合う集い, 11 Oct. 2022, Invited

Photo-isolation chemistryによる局所的高深度トランスクリプトーム解析
沖真弥
シングルセルゲノミクス研究会2022, 30 Aug. 2022, Invited

データ駆動型解析による noncoding 病モデルマウスの作製
沖真弥
株式会社セツロテックコラボWebセミナー, 04 Aug. 2022, Invited

空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る
沖真弥
第25回小児心血管分子医学研究会, 21 Jul. 2022, Invited

空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る
沖真弥
徳島大学医学研究科セミナー, 06 Jul. 2022, Invited

Photo-Isolation-Chemistry (PIC)：局所領域に対する高深度トランスクリプトーム解析
沖真弥
京都大学先端バイオメディシン解析技術室シンポジウム, 30 Jun. 2022, Invited

Photo-isolation chemistry for high-resolution and deep spatial transcriptome with tissue sections
沖真弥
第74回日本細胞生物学会大会, 29 Jun. 2022, Invited

Data-driven and technical approaches to understand spatial gene regulation
沖真弥
京都大学医学研究科・神経科学教育コース, 27 Jun. 2022, Invited

時空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る
沖真弥
東京大学理学系研究科生物情報科学科・黒田研セミナー, 10 Feb. 2022, Invited

Photo-Isolation-Chemistry (PIC)：局所的な高深度トランスクリプトーム解析
沖真弥
基礎生物学研究所・新規モデル生物開発センター・テクニカルワークショップ, 01 Feb. 2022, Invited

光単離化学(PIC)による高解像度かつ高深度の空間オミクス解析
沖真弥
JST-CRDS 俯瞰ワークショップ, 20 Jan. 2022, Invited

ChIP-Atlas update: Bisulfite-seqとATAC-seqデータを統合
沖真弥
第44回日本分子生物学会年会, 02 Dec. 2021, Invited

Data-driven and technical approaches to understand spatial gene regulation
沖真弥
奈良先端大学院大学講義「バイオサイエンスにおけるビッグデータ」, 30 Nov. 2021, Invited

時空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る
沖真弥
JST・理研共催バイオDXシンポジウム, 22 Nov. 2021, Invited

Data-driven and technical approaches to understand spatial gene regulation
沖真弥
熊本大学リエゾンラボ研究会・HIGO最先端研究セミナー, 13 Oct. 2021, Invited

Data-driven and technical approaches to understand spatial gene regulation
沖真弥
京都大学医学研究科・神経科学教育コース, 27 Sep. 2021, Invited

時空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る
沖真弥
日本生物工学会東日本支部生物工学フォーラム, 27 Aug. 2021, Invited

空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る
沖真弥
第85回日本循環器学会学術集会, 27 Mar. 2021, Invited

Data-driven and technical approaches to understand spatial gene regulation
Shinya Oki
第43回日本分子生物学会年会, 03 Dec. 2020, Invited

ChIP-Atlas: 公共 ChIP-seq データを利活用できる
沖真弥
第43回日本分子生物学会年会, 02 Dec. 2020, Invited

ChIP-seqビッグデータを統合解析し、薬剤の作用機序解明に迫る
沖真弥
京都大学「医学領域」産学連携推進機構/一般社団法人芝蘭会産学情報交流会, 10 Sep. 2020, Invited

ChIP-Atlas の使い方と使われ方
沖真弥
第9回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2020), 03 Sep. 2020, Invited

空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る
沖真弥
第9回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2020), 02 Sep. 2020, Invited

遺伝子発現の時空間的な制御のしくみ
沖真弥
KBC第4回勉強会, 19 Feb. 2020, Invited

Data-driven and technical approaches to understand spatial gene regulation
Shinya Oki
WPI-IIIS Seminar, 20 Jan. 2020, Invited

Data-driven and technical approaches to understand spatial gene regulation
Shinya Oki
RIKEN BDR seminar in Kobe, 16 Jan. 2020, Invited

公共ChIP-seqデータをフル活用し、遺伝性疾患の解明や創薬に挑む
沖真弥
次世代脳プロジェクト冬のシンポジウム2019, 19 Dec. 2019

ChIP-Atlas: 公共 ChIP-seq データを利活用できる
沖真弥
第42回日本分子生物学会年会, 03 Dec. 2019, Invited

位置情報と遺伝子発現とその仕組み
沖真弥
新学術領域「個性創発脳」若手の会・技術支援講習会, 14 Nov. 2019, Invited

ChIP-Altasにおけるサンプルメタデータのキュレーションと、その爆速化
沖真弥
Annotathon 2019, 12 Nov. 2019, Invited

ChIP-Atlas: a data-mining suite powered by full integration of public ChIP-seq data
Shinya Oki
Lecture in College of Dentistry, Yonsei University, 24 Oct. 2019, Invited

特定領域の発現情報を光照射で取り出す技術
沖真弥
JST新技術説明会, 17 Oct. 2019, Invited

ChIP-Atlas: a data-mining suite powered by full integration of public ChIP-seq data
沖真弥
Lecture in College of Dentistry, Yonsei University, 05 Oct. 2019, Invited

High resolution spatial transcriptomics method by photo-isolation chemistry
Shinya Oki; Mizuki Honda; Akihito Harada; Kazumitsu Maehara; Kaori Tanaka; Yasuyuki Ohkawa
EMBO/EMBL Symposium: Multiomics to Mechanisms - Challenges in Data Integration, 11 Sep. 2019

ChIP-Atlas: 既報ChIP-seqデータの統合データベース
沖真弥
統合データベース講習会：AJACS番町３, 07 Aug. 2019, Invited

ChIP-Atlas: 既報ChIP-seqデータの統合データベース
沖真弥
日本プロテオーム学会2019年大会, 26 Jul. 2019, Invited

公共ChIP-seqデータの統合解析
沖真弥
京都大学セミナー, 25 Jun. 2019, Invited

公共ChIP-seqデータの利活用術
沖真弥
国立精神・神経医療研究センターセミナー, 25 Jun. 2019, Invited

ChIP-Atlas の使い方とその応用
沖真弥
資生堂セミナー, 22 May 2019, Invited

薬効の作用点となる転写因子の特定と創薬への応用
沖真弥
日本たばこ医薬総合研究所セミナー, 16 May 2019, Invited

ChIP-Atlas の使い方とその応用
沖真弥
協和発酵キリンセミナー, 26 Mar. 2019

公共ChIP-seqデータをフル活用し、遺伝性疾患の解明や創薬に挑む
沖真弥
質量分析インフォマティクス研究会, 19 Mar. 2019, Invited

ChIP-Atlas: a data-mining suite powered by full integration of public ChIP-seq data
Shinya Oki
Lecture in College of Dentistry, Yonsei University, 13 Mar. 2019, Invited

公共ChIP-seqデータの利活用術
沖真弥
新潟大学セミナー, 04 Mar. 2019, Invited

公共ChIP-seqデータの利活用術
沖真弥
産総研セミナー, 20 Feb. 2019, Invited

公共ChIP-seqデータの利活用術
沖真弥
全薬工業セミナー, 23 Jan. 2019, Invited

公共ChIP-seqデータの利活用術
沖真弥
創価大学セミナー, 18 Jan. 2019, Invited

公共ChIP-seqデータの利活用術
沖真弥
東京理科大学セミナー, 17 Jan. 2019, Invited

公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む
沖真弥
北里大学セミナー, 11 Jan. 2019, Invited

公共ChIP-seqデータをフル活用し、遺伝性疾患の解明に挑む
沖真弥
JSBi 九州部会, 17 Dec. 2018, Invited

医工学研究ビッグデータのデーターベース構築と活用
沖真弥
東京大学工学系研究科医工学概論, 14 Dec. 2018, Invited

ChIP-Atlas: 既報のChIP-seqデータをフル活用できる
沖真弥
統合データベース講習会：AJACS町田, 14 Dec. 2018, Invited

公共ChIP-seqデータと疾患関連SNPの統合解析
沖真弥
第41回日本分子生物学会年会, 28 Nov. 2018, Invited

公共ChIP-seqデータをフル活用し、遺伝性疾患の解明に挑む
沖真弥
第16回JCGGシンポジウム, 27 Nov. 2018, Invited

ChIP-Atlas: a data-mining suite powered by full integration of public ChIP-seq data
Shinya Oki
Research collaborating meeting on "Molecular mechanism of tooth development and regeneration", 17 Nov. 2018, Invited

ChIP-seqとプロテオーム：公共データをつないで使う
沖真弥; 石濱泰
トーゴーの日シンポジウム2018, 05 Oct. 2018, Invited

公共 ChIP-seq データをフル活用し、遺伝性疾患の解明に挑む
沖真弥
九州工業大学セミナー, 07 Sep. 2018, Invited

Towards Understanding “INDIVIDUALITY”
Shinya Oki
Towards Understanding “INDIVIDUALITY”, 24 Jul. 2018

公共ChIP-seqデータをフル活用し、遺伝性疾患の解明に挑む
沖真弥
岩手医科大学歯学研究科基礎・臨床教育特論共通セミナー, 20 Jul. 2018, Invited

公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む
沖真弥
医薬基盤・健康・栄養研究所セミナー, 17 Apr. 2018, Invited

Integrative analysis of transcription factor occupancy at enhancers and disease risk loci in noncoding genomic regions
Shinya Oki
Keystone Symposium; Gene Control in Development and Disease, 24 Mar. 2018

公共ChIP-seqデータをフル活用し、遺伝性疾患の解明に挑む
沖真弥; 大田達郎; 塩井剛; 畠中秀樹; 小笠原理; 奥田喜広; 川路英哉; 仲木竜; 瀬々潤; 目野主税
第17回日本再生医療学会総会, 21 Mar. 2018, Invited

公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む
沖真弥
旭川医科大学セミナー, 12 Mar. 2018, Invited

公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む
沖真弥
慶應義塾大学セミナー, 30 Jan. 2018, Invited

公共ChIP-seqデータのフル活用術〜組織特異的エンハンサーと遺伝性疾患の解析〜
沖真弥
東京農業大学セミナー, 23 Jan. 2018, Invited

公共ChIP-seqデータのフル活用術〜組織特異的エンハンサーと遺伝性疾患の解析〜
沖真弥
岩手医科大学セミナー, 18 Jan. 2018, Invited

公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む
沖真弥
第４回包括的神経グリア研究会, 07 Jan. 2018

ChIP-Atlas: Make full use of public ChIP-seq data.
沖真弥
CREST ミーティング「離散構造統計学の創出と癌科学への展開」, 22 Dec. 2017

生命科学のデータベース活用法フォーラム ChIP-Atlas
沖真弥
ConBio 2017, 09 Dec. 2017

公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む
沖真弥; 大田達郎; 塩井剛; 畠中秀樹; 小笠原理; 奥田喜広; 川路英哉; 仲木竜; 瀬々潤; 目野主税
ConBio 2017, 07 Dec. 2017

公共ChIP-seqデータのフル活用術
沖真弥
新学術領域「個性創発脳」若手の会・技術支援講習会, 21 Nov. 2017, Invited

公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む
沖真弥
名古屋大学医学系研究科セミナー, 13 Nov. 2017

エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充
沖真弥
トーゴーの日シンポジウム2017, 05 Oct. 2017

公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む
沖真弥
大阪大学生命機能研究科セミナー, 07 Sep. 2017, Invited

公共ChIP-seqデータのフル活用術 (組織特異的エンハンサーと遺伝性疾患の解析)
沖真弥
徳島大学藤井節郎記念医科学センターセミナー, 28 Aug. 2017, Invited

公共 ChIP-seq データのフル活用術
沖真弥
第２回次世代生命科学の研究会, 14 Jul. 2017

公共ChIP-seqデータのフル活用術
沖真弥
新学術領域「個性創発脳」第２回領域会議, 07 Jul. 2017

公共 ChIP-seq データのフル活用術
沖真弥
東京大学医学系研究科セミナー, 06 Jul. 2017, Invited

公共 ChIP-seq データで遺伝性疾患の解明に挑む
沖真弥
NGS現場の会第五回研究会, 22 May 2017

Integrative analysis of transcription factor occupancy at enhancers and disease risk loci in noncoding genomic regions
沖真弥
50th Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biologists, 11 May 2017

公共ChIP-seq データの網羅的かつ統合的な解析
沖真弥
東京医科歯科大学セミナー, 17 Mar. 2017, Invited

公共ChIP-seqデータをフル活用し、遺伝性疾患の解明に挑む
沖真弥
先端医療センター研究所セミナー, 13 Mar. 2017, Invited

既報の ChIP-seq データの利活用術
沖真弥
第４回発生における代謝を考える会, 21 Feb. 2017

The transcription factor landscape decodes the enhancers and risk variants in non-coding regions
Shinya Oki; Tazro Ohta; Go Shioi; Hideki Hatanaka; Osamu Ogasawara; Yoshihiro Okuda; Hideya Kawaji; Ryo Nakaki; Jun Sese; Chikara Meno
Keystone Symposium; Epigenetics and Human Disease: Progress from Mechanisms to Therapeutics, 30 Jan. 2017

ChIP-seq 統合データベースの紹介と non-coding GWAS SNP の解析
沖真弥
国立がんセンターセミナー, 25 Jan. 2017, Invited

既報のChIP-seqデータの活用術
沖真弥
第１回「個性」創発脳領域会議, 17 Dec. 2016, Invited

網羅的かつ統合的な ChIP-seq データの解析
沖真弥
第39回日本分子生物学会年会, 01 Dec. 2016

DDBJデータ解析事例「ChIP-Atlasデータベース」の紹介
沖真弥
DDBJデータ解析チャレンジキックオフ講習会, 06 Jul. 2016, Invited

既報のChIP-seqデータをフル活用する網羅的かつ統合的なデータベースの作成とその解析例
沖真弥
CiRA セミナー, 20 Apr. 2016, Invited

Comprehensive and integrative database and analysis of published ChIP-seq data
沖真弥
横浜理研セミナー, 11 Apr. 2016, Invited

ChIP-Atlas: Comprehensive and integrative database for visualizing and mining all published ChIP-seq data.
Shinya Oki; Tazro Ohta; Go Shioi; Ryo Nakaki; Osamu Ogasawara; Yoshihiro Okuda; Hideki Hatanaka; Chikara Meno
SYSTEMS BIOLOGY: GLOBAL REGULATION OF GENE EXPRESSION, 17 Mar. 2016

既報の ChIP-seq データの統合解析
沖真弥
個体パターニング研究会, 11 Mar. 2016

ＣｈＩＰ−ｓｅｑＳＲＡの統合的可視化とバイオデータベースとの連携
沖真弥
統合化推進プログラム統合データ解析トライアル平成27年度研究成果報告会, 10 Mar. 2016, Invited

既報のChIP-seqデータをフル活用するための統合データベース
沖真弥; 大田達郎; 塩井剛; 仲木竜; 目野主税
第38回日本分子生物学会年会, 01 Dec. 2015

ChIP-seq データベースのためのメタ情報アノテーション
沖真弥
Annotathon 2015, 12 Nov. 2015, Invited

既報のChIP-seqデータをフル活用するための統合データベース
沖真弥; 大田達郎; 塩井剛; 仲木竜; 目野主税
トーゴーの日シンポジウム2015, 05 Oct. 2015

既報のChIP-seqデータをフル活用するための統合データベース
沖真弥; 大田達郎; 塩井剛; 仲木竜; 目野主税
生命情報科学若手の会第7回研究会, 01 Oct. 2015

ChIP-seq SRA を利活用するための統合データベース
沖真弥; 大田達郎; 塩井剛; 目野主税
NGS現場の会第四回研究会, 01 Jul. 2015

Comprehensive database for visualizing all published ChIP-seq data
沖真弥; 大田達郎; 塩井剛; 仲木竜; 目野主税
48th Annual Meeting of JSDB, 02 Jun. 2015

誰でも使えるChIP-seqデータの可視化ツール
沖真弥
定量性物の会第７回年会, 11 Jan. 2015

既報のChIP-seq データを超簡単に可視化する方法
沖真弥
遺伝研セミナー, 22 Dec. 2014, Invited

SraTailor: 誰でも使えるChIP-seqデータの可視化ツール
沖真弥
第37回日本分子生物学会年会, 25 Nov. 2014

How to visualize published ChIP-seq raw data.
沖真弥
CDB seminar, 23 Jul. 2014, Invited

SraTailor: GUI software for visualizing high-throughput sequence read archives
沖真弥
47th Annual Meeting for the Japanese Society of Developmental Biologists, 27 May 2014

Development of a GUI software to visualize high through-put sequence read archives
沖真弥
第36回日本分子生物学会年会, 03 Dec. 2013

既報の次世代シーケンサ解析データを可視化するための簡易ソフトウェア
沖真弥
定量生物学の会第六回年会, 22 Nov. 2013

Development of a Mac GUI Application to Visualize Published Raw ChIP-seq data
沖真弥; 目野主税
The 61st NIBB Conference Cellular Community in Mammalian Embryogenesis, 10 Jul. 2013

マウス初期発生におけるFgfシグナルの役割 −化学的阻害剤を用いた高時間分解能解析−
Shinya Oki; Keiko Kitajima; Chikara Meno
43rd Annual Meeting for the Japanese Society of Developmental Biologists, 21 Jun. 2010

Sulfated glycosaminoglycans are required for gastrulation, cell fate decision, and left-right axis formation in mouse embryo
Shinya Oki; Keiko Kitajima; Hiroshi Hamada; Chikara Meno
5th Global COE International Symposium, 24 Feb. 2010

inv変異マウス胚の左右軸逆転はノードのNodalシグナルの異常が原因である
沖真弥; 北島桂子; Sara Marques; Jos?; An; nio Belo; 横山尚彦; 濱田博司; 目野主税
日本分子生物学会, 01 Dec. 2009

マウス胚左右軸形成において，ノードから左側板中胚葉へのNodal シグナル伝達には硫酸化グリコサミノグリカンが必要である
沖真弥; 橋本龍樹; 奥井友子; Michael M Shen; 目加田英輔; 大谷浩; 西條幸男; 濱田博司
第４０回発生生物学会, 01 May 2007

ノードのNodalは側板中胚葉の左右軸決定に必要である
沖真弥; 西條幸男; 大石祥子; 濱田博司
日本発生生物学会, 01 Jun. 2003

Photo-isolation chemistryによる局所的高深度トランスクリプトーム解析
沖真弥
第127回日本解剖学会, 27 Mar. 2022, Invited

Books and Other Publications

ChIP-Atlas 2.0 ─ 転写制御機構＆エピゲノムランドスケープを可視化する
鄒兆南; 沖真弥, Joint work
実験医学, 2022

光を用いた空間トランスクリプトーム計測
木村龍一; 沖真弥, Joint work
生体の科学, 2022

空間トランスクリプトミクス
本田瑞季, 沖真弥
生物工学会誌, 2022

Photo-Isolation Chemistry: PIC法を用いた微小細胞集団での遺伝子発現解析
沖真弥, 大川恭行
月刊「細胞」, 2022

光単離化学による高深度かつ高解像度トランスクリプトーム解析
沖真弥, 大川恭行
生物物理, 2022

ChIP-Atlas
Shinya Oki, Tazro Ohta
Practical Guide to Life Science Databases, 2021

概論―空間トランスクリプトーム技術の最前線
沖真弥, 大川恭行
実験医学, 2021

Photo-Isolation Chemistry：光照射による高解像度かつ高感度なトランスクリプトーム技術
本田瑞季, 沖真弥
実験医学, 2021

局所的かつ高深度の空間トランスクリプトーム技術ーPhoto-Isolation Chemistry
沖真弥, 本田瑞季
実験医学別冊：クロマチン解析実践プロトコール, 2020

ChIP-Atlas：既報のChIP-seqデータをフル活用するためのウェブサービス
沖真弥, 大田達郎
実験医学, 2019

ChIP-Atlas:公共 ChIP-seq データを統合的に活用するためのウェブサービス
沖真弥, 大田達郎
THE LUNG perspectives, 2019

SraTailor: 誰でも使えるChIP-seqデータの可視化ツール
沖真弥
実験医学, 2014

マウス初期発生における硫酸化グリコサミノグリカンの役割
沖真弥, 目野主税
福岡医学雑誌, 2010

左右決定におけるNodalシグナル
沖真弥, 目野主税, 濱田博司
細胞工学, 2008

Industrial Property Rights

特願2021-025468, 核酸断片及びその使用
大川恭行; 沖真弥; 原田哲仁

特願2019-094216, オリゴヌクレオチド、オミクス解析方法及びオミクス解析用キット
沖真弥; 大川恭行

Works

ChIP-Atlas
Shinya Oki
From Dec. 2015

SraTailor
沖真弥
From May 2014

Awards

Mar. 2015
DBCLS, DBCLS Open Science Award

External funds: Kakenhi

Regulatory mechanism of S2 layer formation of the cell wall in plants
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
Basic Section 40020:Wood science-related
University of Miyazaki
Taku Tsuyama
From 01 Apr. 2020, To 31 Mar. 2023, Project Closed
細胞壁;二次壁;S2層;ヘミセルロース;Ｓ2層;植物細胞壁;壁層;フェルラ酸;転写因子;壁層形成
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20H03049/

Investigation of genetic etiology of rare diseases with craniofacial deformities
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
Basic Section 57070:Developmental dentistry-related
Osaka University
Hiroshi Kurosaka
From 01 Apr. 2019, To 31 Mar. 2022, Project Closed
顎顔面形成不全;希少疾患;動物モデル;ゲノム解析;レチノイン酸シグナル;Gata3;口唇口蓋裂;ゲノム;遺伝子変異;疾患モデル
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19H03858/

Toward understanding regulatory system of spatial gene expression
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
Basic Section 48040:Medical biochemistry-related
Kyoto University;Kyushu University
Shinya Oki
From 01 Apr. 2019, To 31 Mar. 2022, Project Closed
空間オミクス;エピゲノム;ATAC-seq;遺伝子発現;制御機構
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19H03424/

Identification and functional analysis of noncoding SNPs causative for genetic disorders
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
Kyoto University;Kyushu University
Shinya OKi
From 18 Jul. 2018, To 31 Mar. 2021, Project Closed
GWAS;SNP;ChIP-seq;転写因子;Noncoding SNP
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18KT0024/

How sperm epigenetic profiles impact on gene expression in the brain of offspring
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
Complex systems
Tohoku University
Noriko Osumi
From 30 Jun. 2016, To 31 Mar. 2021, Project Closed
父加齢;精子形成;エピジェネティクス;DNAメチル化;ヒストン修飾;REST;神経発生;母仔分離超音波発声;脳科学;基盤;基板・社会脳科学;脳計測科学;脳科学　基盤;社会脳科学　脳計測科学;基盤・社会脳科学
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PLANNED-16H06530/

Development of a technology that can visualize interactions between genomic DNA and proteins in nuclei in situ
Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
Kyushu University
Meno Chikara
From 01 Apr. 2015, To 31 Mar. 2018, Project Closed
転写因子;ゲノムDNA;PLA法;ゲノム;発現制御;タンパク質-DNA相互作用
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15K14529/

Analysis of molecular mechanism for initial left-right axis formation in the node of mouse embryos
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
Kyushu University
Meno Chikara
From 01 Apr. 2014, To 31 Mar. 2018, Project Closed
左右軸;データベース;ChIP-seq;遺伝子発現;データーベース;胚発生;左右軸形成;発生・分化;ChIPシークエンス;次世代シークエンス;ソフトウェア
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26291051/

Mechanism to maintain pluripotency of the mouse epiblast via Nodal signaling.
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
Kyushu University
Shinya Oki
From 01 Apr. 2013, To 31 Mar. 2016, Project Closed
Nodal;エピブラスト;中胚葉誘導;原条形成;多分化能;ChIP-seq
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25840087/

Screening of the direct target genes of Nodal signaling in the mouse epiblast
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
Kyushu University
Shinya OKI
From 01 Apr. 2011, To 31 Mar. 2013, Project Closed
マウスエピブラスト;Nodal;多能性;エピブラスト;多分化能;マウス初期発生
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23770254/

体軸情報を備えた胚様体の作製
Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
Kyushu University
沖真弥
From 01 Apr. 2009, To 31 Mar. 2011, Project Closed
再生医学;細胞・組織;シグナル伝達;発生・分化;動物
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21657059/

Analysis of exracellular signal in cell community of early embryos
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
Biological Sciences
Kyushu University
Chikara MENO
From 23 Jul. 2009, To 31 Mar. 2014, Project Closed
細胞外シグナル;左右軸形成;原腸胚形成;多能性幹細胞;エンドサイトーシス;小胞輸送;Wntシグナル;オルガネラ酸性化;細胞シグナル;リソソーム;ダウンレギュレーション
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PLANNED-21116002/

ゲノム多型に起因する疾患の発症プロセスの解明
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
Basic Section 48040:Medical biochemistry-related
Kyoto University
沖真弥
From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2025, Granted
GWAS;一塩基多型
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22H02819/

微小領域に限定した高深度オミクス技術による催奇形性因子の作用機序解析
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
Basic Section 56040:Obstetrics and gynecology-related
Kyoto University
沖真弥
From 25 Apr. 2023, To 31 Mar. 2025, Granted
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23KF0048/

生殖ライフスパンにおける空間オミクス解析
Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)
Transformative Research Areas, Section (III)
Kumamoto University;Kyoto University
沖真弥
From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2028, Granted
空間トランスクリプトーム;空間オミクス解析
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PLANNED-23H04954/

Dynamic reproductive lifespan: Life-long changes and fluctuations in germ cell function and risk for next generation
Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)
Transformative Research Areas, Section (III)
Institute of Physical and Chemical Research
北島智也
From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2028, Granted
生殖;生殖細胞;染色体;ゲノム;遺伝
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-ORGANIZER-23H04947/

ゲノム多型に起因する疾患の発症プロセスの解明
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
Basic Section 48040:Medical biochemistry-related
Kumamoto University;Kyoto University
沖真弥
From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2025, Granted
ゲノム多型;Noncoding SNP;GWAS;一塩基多型
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23K24081/

Last Updated :2025/04/23

Education

Teaching subject(s)

From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025
Genome Informatics
E035, Fall, Graduate School of Medicine, 2

From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024
Genome Informatics
E035, Fall, Graduate School of Medicine, 2

From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023
Genome Informatics
E035, Fall, Graduate School of Medicine, 2

From Apr. 2020, To Mar. 2021
Genome Informatics
Fall, 医学研究科

From Apr. 2021, To Mar. 2022
Genome Informatics
Fall, 医学研究科

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