基本情報

所属学協会

• 日本メディカルAI学会
• 日本発生生物学会
• 日本分子生物学会
• 日本バイオインフォマティクス学会

学位

• 修士（工学）(大阪大学)
• 博士（医学）(大阪大学)

出身大学院・研究科等

• 大阪大学, 大学院工学研究科修士課程応用生物工学専攻, 修了
• 大阪大学, 大学院医学系研究科博士課程生体制御医学専攻, 修了

出身学校・専攻等

• 大阪大学, 工学部応用自然科学科, 卒業

出身高等学校

• 出身高等学校

  広島城北高校

経歴

• 自 2024年11月, 至 現在

  熊本大学, 発生医学研究所, 教授（兼任）
• 自 2024年04月, 至 現在

  熊本大学, 大学院医学教育部, 教授（兼任）
• 自 2024年04月, 至 現在

  熊本大学, 生命資源研究・支援センター, 教授
• 自 2020年04月, 至 2024年03月

  京都大学大学院, 医学研究科 創薬医学講座, 特定准教授
• 自 2019年10月, 至 2023年03月

  科学技術振興機構（JST）, さきがけ研究員
• 自 2019年02月, 至 2020年03月

  九州大学大学院, 医学研究院, 講師
• 自 2007年02月, 至 2019年02月

  九州大学大学院, 医学研究院, 助教
• 自 2005年04月, 至 2007年02月

  日本学術振興会, 特別研究員

プロフィール

• プロフィール

  世界中で行われたChIP-seq実験などのエピゲノミクスデータを統合したデータベース、ChIP-Atlas を開発している。その十数万件ものオミクス実験データを統合的に分析することにより、細胞分化制御や遺伝性疾患のしくみの解明、および創薬ターゲットの探索などをおこなっている。

  
  

  また最近では、光学と化学を融合させた新規オミクス技術、Photo-Isolation Chemistry (PIC) を開発している。これは、様々な細胞タイプが混在する組織において「関心領域」に特定波長の光を照射すると、そのエリアだけのオミクス情報を引き出せる技術である。局所的な細胞集団のプロファイリングが可能となるこの新技術と、上述のデータ解析手法を駆使した多元的アプローチにより、器官形成や先天異常の原理を解き明かしたい。

  
  

  最新の研究内容の講演動画はこちら。

ID,URL

• ORCID ID

  0000-0002-4767-3259

• J-Global ID

  201501040753326194

• 研究者番号

  90452713

• 外部リンク

  https://oki-lab.jp

researchmap URL

• https://researchmap.jp/okishinya

研究

研究テーマ・研究概要

• 研究テーマ

  エピゲノミクスデータを統合したデータベースの開発
  光学と化学を融合させた新規オミクス技術の開発
  

• 研究概要

  世界中で行われたChIP-seq実験などのエピゲノミクスデータを統合したデータベース、ChIP-Atlas を開発している。その十数万件ものオミクス実験データを統合的に分析することにより、細胞分化制御や遺伝性疾患のしくみの解明、および創薬ターゲットの探索などをおこなっている。
  
  また最近では、光学と化学を融合させた新規オミクス技術、photo-isolation chemistry (PIC) を開発している。これは、様々な細胞タイプが混在する組織において「関心領域」に特定波長の光を照射すると、そのエリアだけのオミクス情報を引き出せる技術である。局所的な細胞集団のプロファイリングが可能となるこの新技術と、上述のデータ解析手法を駆使した多元的アプローチにより、器官形成や先天異常の原理を解き明かしたい。

研究キーワード

• Photo-Isolation Chemistry
• 創薬医学
• バイオインフォマティクス
• マウス初期発生
• 発生・分化
• 多分化能
• 再生医学
• シグナル伝達

研究分野

• 情報通信, 生命、健康、医療情報学
• ライフサイエンス, 発生生物学

論文

• Atf3 controls transitioning in female mitochondrial cardiomyopathy as identified by spatial and single-cell transcriptomics

  Tasneem Qaqorh; Yusuke Takahashi; Kohei Sameshima; Kentaro Otani; Issei Yazawa; Yuya Nishida; Kohei Tonai; Yoshitaka Fujihara; Mizuki Honda; Shinya Oki; Yasuyuki Ohkawa; David R. Thorburn; Ann E. Frazier; Atsuhito Takeda; Yoshihiko Ikeda; Heima Sakaguchi; Takuya Watanabe; Norihide Fukushima; Yasumasa Tsukamoto; Naomasa Makita; Osamu Yamaguchi; Kei Murayama; Akira Ohtake; Yasushi Okazaki; Takanari Kimura; Hisakazu Kato; Hijiri Inoue; Ken Matsuoka; Seiji Takashima; Yasunori Shintani

  Science Advances, 2025年04月04日

  
• Extraction of biological terms using large language models enhances the usability of metadata in the BioSample database

  Shuya Ikeda; Zhaonan Zou; Hidemasa Bono; Yuki Moriya; Shuichi Kawashima; Toshiaki Katayama; Shinya Oki; Tazro Ohta

  2025年02月22日

  
• High spatial resolution gene expression profiling and characterization of neuroblasts migrating in the peri-injured cortex using photo-isolation chemistry

  Takuya Miyamoto; Kazuya Kuboyama; Mizuki Honda; Yasuyuki Ohkawa; Shinya Oki; Kazunobu Sawamoto

  Frontiers in Neuroscience, 2025年01月07日

  
• Update of the FANTOM web resource: enhancement for studying noncoding genomes.

  Tomoe Nobusada; Chi Wai Yip; Saumya Agrawal; Jessica Severin; Imad Abugessaisa; Akira Hasegawa; Chung Chau Hon; Satoru Ide; Masaru Koido; Atsushi Kondo; Hiroshi Masuya; Shinya Oki; Michihira Tagami; Toyoyuki Takada; Chikashi Terao; Nishad Thalhath; Scott Walker; Kayoko Yasuzawa; Jay W Shin; Michiel J L de Hoon; Piero Carninci; Hideya Kawaji; Takeya Kasukawa

  Nucleic acids research, 2025年01月06日

  
• Structural and molecular properties of mumps virus inclusion bodies

  Noriyo NAGATA; Tadaki Suzuki; Yasuyuki Ohkawa; Hiroshi Katoh; Kimura Ryuichi; Tsuyoshi Sekizuka; Kohei Matsuoka; Mika Hosogi; Yuki Kitai; Yukiko AKAHORI; Michiyo Kataoka; Hirotaka Kobayashi; Shinya Oki; Makoto Takeda; Fumihiro Kato

  Science Advances, 2024年12月06日

  
• Trans-ancestry genome-wide analysis of atrial fibrillation provides new insights into disease biology and enables polygenic prediction of cardioembolic risk

  Kazuo Miyazawa; Kaoru Ito; Zhaonan Zou; Hiroshi Matsunaga; Satoshi Koyama; Hirotaka Ieki; Seitaro Nomura; Masato Akiyama; Ryo Kurosawa; Hiroki Yoshida; Kouichi Ozaki; Yoshihiro Onouchi; Atsushi Takahashi; Koichi Matsuda; Yoshinori Murakami; Hiroyuki Aburatani; Michiaki Kubo; Yukihide Momozawa; Chikashi Terao; Shinya Oki; Hiroshi Akazawa; Yoichiro Kamatani; Issei Komuro

  2021年09月12日

  
• High resolution spatial transcriptome analysis by photo-isolation chemistry

  Mizuki Honda; Shinya Oki; Akihito Harada; Kazumitsu Maehara; Kaori Tanaka; Chikara Meno; Yasuyuki Ohkawa

  2020年03月23日

  
• Biallelic null variants in PNPLA8 cause microcephaly by reducing the number of basal radial glia

  Yuji Nakamura; Issei S Shimada; Reza Maroofian; Micol Falabella; Maha S Zaki; Masanori Fujimoto; Emi Sato; Hiroshi Takase; Shiho Aoki; Akihiko Miyauchi; Eriko Koshimizu; Satoko Miyatake; Yuko Arioka; Mizuki Honda; Takayoshi Higashi; Fuyuki Miya; Yukimune Okubo; Isamu Ogawa; Annarita Scardamaglia; Mohammad Miryounesi; Sahar Alijanpour; Farzad Ahmadabadi; Peter Herkenrath; Hormos Salimi Dafsari; Clara Velmans; Mohammed Al Balwi; Antonio Vitobello; Anne-Sophie Denommé-Pichon; Médéric Jeanne; Antoine Civit; Mohamed S Abdel-Hamid; Hamed Naderi; Hossein Darvish; Somayeh Bakhtiari; Michael C Kruer; Christopher J Carroll; Ehsan Ghayoor Karimiani; Rozhgar A Khailany; Talib Adil Abdulqadir; Mehmet Ozaslan; Peter Bauer; Giovanni Zifarelli; Tahere Seifi; Mina Zamani; Chadi Al Alam; Javeria Raza Alvi; Tipu Sultan; Stephanie Efthymiou; Simon A S Pope; Kazuhiro Haginoya; Tamihide Matsunaga; Hitoshi Osaka; Naomichi Matsumoto; Norio Ozaki; Yasuyuki Ohkawa; Shinya Oki; Tatsuhiko Tsunoda; Robert D S Pitceathly; Yoshitaka Taketomi; Henry Houlden; Makoto Murakami; Yoichi Kato; Shinji Saitoh

  Brain, 2024年07月31日, 査読有り

  
• 

  ChIP-Atlas 3.0: a data-mining suite to explore chromosome architecture together with large-scale regulome data

  Zhaonan Zou; Tazro Ohta; Shinya Oki

  Nucleic Acids Research, 2024年05月16日, 査読有り, 最終著者, 責任著者

  
• HKDC1, a target of TFEB, is essential to maintain both mitochondrial and lysosomal homeostasis, preventing cellular senescence

  Mengying Cui; Koji Yamano; Kenichi Yamamoto; Hitomi Yamamoto-Imoto; Satoshi Minami; Takeshi Yamamoto; Sho Matsui; Tatsuya Kaminishi; Takayuki Shima; Monami Ogura; Megumi Tsuchiya; Kohei Nishino; Brian T. Layden; Hisakazu Kato; Hidesato Ogawa; Shinya Oki; Yukinori Okada; Yoshitaka Isaka; Hidetaka Kosako; Noriyuki Matsuda; Tamotsu Yoshimori; Shuhei Nakamura

  Proceedings of the National Academy of Sciences, 2024年01月03日, 査読有り

  
• Integrative analysis of transcription factor occupancy at enhancers and disease risk loci in noncoding genomic regions

  Oki, Shinya; Ohta, Tazro; Shioi, Go; Hatanaka, Hideki; Ogasawara, Osamu; Okuda, Yoshihiro; Kawaji, Hideya; Nakaki, Ryo; Sese, Jun; Meno, Chikara

  bioRxiv, 2018年02月

  
• 

  Elucidating disease-associated mechanisms triggered by pollutants via the epigenetic landscape using large-scale ChIP-Seq data

  Zhaonan Zou; Yuka Yoshimura; Yoshihiro Yamanishi; Shinya Oki

  Epigenetics & Chromatin, 2023年09月25日, 査読有り, 最終著者, 責任著者

  この論文にアクセスする：

  
• Cross-ancestry genome-wide analysis of atrial fibrillation unveils disease biology and enables cardioembolic risk prediction

  Kazuo Miyazawa; Kaoru Ito; Masamichi Ito; Zhaonan Zou; Masayuki Kubota; Seitaro Nomura; Hiroshi Matsunaga; Satoshi Koyama; Hirotaka Ieki; Masato Akiyama; Yoshinao Koike; Ryo Kurosawa; Hiroki Yoshida; Kouichi Ozaki; Yoshihiro Onouchi; Koichi Matsuda; Yoshinori Murakami; Yoichiro Kamatani; Atsushi Takahashi; Koichi Matsuda; Yoshinori Murakami; Hiroyuki Aburatani; Michiaki Kubo; Yukihide Momozawa; Chikashi Terao; Shinya Oki; Hiroshi Akazawa; Yoichiro Kamatani; Issei Komuro

  Nature Genetics, 2023年01月19日, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Regulome-based characterization of drug activity across the human diseasome

  Michio Iwata; Keisuke Kosai; Yuya Ono; Shinya Oki; Koshi Mimori; Yoshihiro Yamanishi

  npj Systems Biology and Applications, 2022年11月07日, 査読有り

  
• A novel role of helix‐loop‐helix transcriptional factor Bhlhe40 in osteoclast activation

  Hirohito Hirata; Asana Kamohara; Masatoshi Murayama; Kenichi Nishioka; Hiroaki Honda; Yasuteru Urano; Hidenobu Soejima; Shinya Oki; Toshio Kukita; Shunsuke Kawano; Masaaki Mawatari; Akiko Kukita

  Journal of Cellular Physiology, 2022年10月, 査読有り

  
• Mitochondrial stress induces AREG expression and epigenomic remodeling through c-JUN and YAP-mediated enhancer activation

  Yuko Hino; Katsuya Nagaoka; Shinya Oki; Kan Etoh; Shinjiro Hino; Mitsuyoshi Nakao

  Nucleic Acids Research, 2022年09月23日, 査読有り

  
• Photo-isolation chemistry for high-resolution and deep spatial transcriptome with mouse tissue sections.

  Honda M; Kimura R; Harada A; Maehara K; Tanaka K; Ohkawa Y; Oki S

  STAR protocols, 2022年04月22日, 査読有り, 最終著者, 責任著者

  この論文にアクセスする：

  
• TRANSDIRE: data-driven direct reprogramming by a pioneer factor-guided trans-omics approach

  Ryohei Eguchi; Momoko Hamano; Michio Iwata; Toru Nakamura; Shinya Oki; Yoshihiro Yamanishi

  Bioinformatics, 2022年05月13日, 査読有り

  
• 

  Epigenetic landscape of drug responses revealed through large-scale ChIP-seq data analyses

  Zhaonan Zou; Michio Iwata; Yoshihiro Yamanishi; Shinya Oki

  BMC Bioinformatics, 2022年12月, 査読有り, 最終著者, 責任著者

  
• Age-associated decline of MondoA drives cellular senescence through impaired autophagy and mitochondrial homeostasis

  Hitomi Yamamoto-Imoto; Satoshi Minami; Tatsuya Shioda; Yurina Yamashita; Shinsuke Sakai; Shihomi Maeda; Takeshi Yamamoto; Shinya Oki; Mizuki Takashima; Tadashi Yamamuro; Kyosuke Yanagawa; Ryuya Edahiro; Miki Iwatani; Mizue So; Ayaka Tokumura; Toyofumi Abe; Ryoichi Imamura; Norio Nonomura; Yukinori Okada; Donald E. Ayer; Hidesato Ogawa; Eiji Hara; Yoshitsugu Takabatake; Yoshitaka Isaka; Shuhei Nakamura; Tamotsu Yoshimori

  Cell Reports, 2022年03月, 査読有り

  
• Detection of REST expression in the testis using epitope‐tag knock‐in mice generated by genome editing

  Ryuichi Kimura; Yukiko U. Inoue; Takako Kikkawa; Misako Tatehana; Yuki Morimoto; Hitoshi Inada; Shinya Oki; Takayoshi Inoue; Noriko Osumi

  Developmental Dynamics, 2022年03月, 査読有り

  
• 

  High-depth spatial transcriptome analysis by photo-isolation chemistry

  Mizuki Honda; Shinya Oki; Ryuichi Kimura; Akihito Harada; Kazumitsu Maehara; Kaori Tanaka; Chikara Meno; Yasuyuki Ohkawa

  Nature Communications, 2021年12月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  この論文にアクセスする：

  
• A defined glycosylation regulatory network modulates total glycome dynamics during pluripotency state transition

  Federico Pecori; Ikuko Yokota; Hisatoshi Hanamatsu; Taichi Miura; Chika Ogura; Hayato Ota; Jun-ichi Furukawa; Shinya Oki; Kazuo Yamamoto; Osamu Yoshie; Shoko Nishihara

  Scientific Reports, 2021年12月, 査読有り

  
• Paternal age affects offspring via an epigenetic mechanism involving REST/NRSF

  Kaichi Yoshizaki; Ryuichi Kimura; Hisato Kobayashi; Shinya Oki; Takako Kikkawa; Lingling Mai; Kohei Koike; Kentaro Mochizuki; Hitoshi Inada; Yasuhisa Matsui; Tomohiro Kono; Noriko Osumi

  EMBO Reports, 2021年01月05日, 査読有り

  
• Genetic loss of importin α4 causes abnormal sperm morphology and impacts on male fertility in mouse

  Yoichi Miyamoto; Mitsuho Sasaki; Haruhiko Miyata; Yoko Monobe; Masahiro Nagai; Mayumi Otani; Penny A. F. Whiley; Akane Morohoshi; Shinya Oki; Junichiro Matsuda; Ken‐ichi Akagi; Jun Adachi; Masaru Okabe; Masahito Ikawa; Yoshihiro Yoneda; Kate L. Loveland; Masahiro Oka

  The FASEB Journal, 2020年12月, 査読有り

  
• DDBJ Data Analysis Challenge: a machine learning competition to predict Arabidopsis chromatin feature annotations from DNA sequences.

  Eli Kaminuma; Yukino Baba; Masahiro Mochizuki; Hirotaka Matsumoto; Haruka Ozaki; Toshitsugu Okayama; Takuya Kato; Shinya Oki; Takatomo Fujisawa; Yasukazu Nakamura; Masanori Arita; Osamu Ogasawara; Hisashi Kashima; Toshihisa Takagi

  Genes & Genetic Systems, 2020年04月22日, 査読有り

  
• FTO Demethylates Cyclin D1 mRNA and Controls Cell-Cycle Progression

  Mayumi Hirayama; Fan-Yan Wei; Takeshi Chujo; Shinya Oki; Maya Yakita; Daiki Kobayashi; Norie Araki; Nozomu Takahashi; Ryoji Yoshida; Hideki Nakayama; Kazuhito Tomizawa

  Cell Reports, 2020年04月, 査読有り

  
• Cis-control of Six1 expression in neural crest cells during craniofacial development.

  Zhaoming Wu; Yanxia Rao; Sushan Zhang; Eun-Jung Kim; Shinya Oki; Hidemitsu Harada; Martin Cheung; Han-Sung Jung

  Developmental Dynamics, 2019年12月, 査読有り

  
• Update of the FANTOM web resource: expansion to provide additional transcriptome atlases.

  Marina Lizio; Imad Abugessaisa; Shuhei Noguchi; Atsushi Kondo; Akira Hasegawa; Chung Chau Hon; Michiel de Hoon; Jessica Severin; Shinya Oki; Yoshihide Hayashizaki; Piero Carninci; Takeya Kasukawa; Hideya Kawaji

  Nucleic Acids Research, 2019年01月08日, 査読有り

  
• 

  ChIP-Atlas: a data-mining suite powered by full integration of public ChIP-seq data.

  Oki, S; Ohta, T; Shioi, G; Hatanaka, H; Ogasawara, O; Okuda, Y; Kawaji, H; Nakaki, R; Sese, J; Meno, C

  EMBO Reports, 2018年11月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• Repression of Somatic Genes by Selective Recruitment of HDAC3 by BLIMP1 Is Essential for Mouse Primordial Germ Cell Fate Determination

  Mochizuki K; Hayashi Y; Sekinaka T; Otsuka K; Ito-Matsuoka Y; Kobayashi H; Oki S; Takehara A; Kono T; Osumi N; Matsui Y

  Cell Reports, 2018年09月, 査読有り

  
• LSD1 mediates metabolic reprogramming by glucocorticoids during myogenic differentiation.

  Anan K; Hino S; Shimizu N; Sakamoto A; Nagaoka K; Takase R; Kohrogi K; Araki H; Hino Y; Usuki S; Oki S; Tanaka H; Nakamura K; Endo F; Nakao M

  Nucleic Acids Research, 2018年06月, 査読有り

  
• Chd2 regulates chromatin for proper gene expression toward differentiation in mouse embryonic stem cells

  Yuichiro Semba; Akihito Harada; Kazumitsu Maehara; Shinya Oki; Chikara Meno; Jun Ueda; Kazuo Yamagata; Atsushi Suzuki; Mitsuho Onimaru; Jumpei Nogami; Seiji Okada; Koichi Akashi; Yasuyuki Ohkawa

  Nucleic Acids Research, 2017年09月, 査読有り

  
• ChIP-seq analysis of genomic binding regions of five major transcription factors highlights a central role for ZIC2 in the mouse epiblast stem cell gene regulatory network

  Kazunari Matsuda; Tomoyuki Mikami; Shinya Oki; Hideaki Iida; Munazah Andrabi; Jeremy M. Boss; Katsushi Yamaguchi; Shuji Shigenobu; Hisato Kondoh

  Development, 2017年06月, 査読有り

  
• Argininosuccinate Synthase 1-Deficiency Enhances the Cell Sensitivity to Arginine through Decreased DEPTOR Expression in Endometrial Cancer

  Kenji Ohshima; Satoshi Nojima; Shinichiro Tahara; Masako Kurashige; Yumiko Hori; Kohei Hagiwara; Daisuke Okuzaki; Shinya Oki; Naoki Wada; Jun-ichiro Ikeda; Yoshikatsu Kanai; Eiichi Morii

  Scientific Reports, 2017年03月, 査読有り

  
• Chd5 Regulates MuERV-L/MERVL Expression in Mouse Embryonic Stem Cells Via H3K27me3 Modification and Histone H3.1/H3.2

  Masayasu Hayashi; Kazumitsu Maehara; Akihito Harada; Yuichiro Semba; Kensuke Kudo; Hidehisa Takahashi; Shinya Oki; Chikara Meno; Kenji Ichiyanagi; Koichi Akashi; Yasuyuki Ohkawa

  Journal of Cellular Biochemistry, 2016年03月, 査読有り

  
• Hyperglycemia impairs left-right axis formation and thereby disturbs heart morphogenesis in mouse embryos

  Masahiro Hachisuga; Shinya Oki; Keiko Kitajima; Satomi Ikuta; Tomoyuki Sumi; Kiyoko Kato; Norio Wake; Chikara Meno

  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2015年09月, 査読有り

  
• SraTailor: Graphical user interface software for processing and visualizing ChIP-seq data

  Shinya Oki; Kazumitsu Maehara; Yasuyuki Ohkawa; Chikara Meno

  Genes to Cells, 2014年12月, 査読有り

  
• Self-regulated left-right asymmetric expression of Pitx2c in the developing mouse limb

  Hidetaka Shiratori; Kenta Yashiro; Naomi Iwai; Shinya Oki; Katsura Minegishi; Yayoi Ikawa; Kohei Kanata; Hiroshi Hamada

  Developmental Biology, 2014年11月, 査読有り

  
• Wnt signaling regulates left-right axis formation in the node of mouse embryos

  Keiko Kitajima; Shinya Oki; Yasuyuki Ohkawa; Tomoyuki Sumi; Chikara Meno

  Developmental Biology, 2013年08月, 査読有り

  
• Epiblast ground state is controlled by canonical Wnt/β-catenin signaling in the postimplantation mouse embryo and epiblast stem cells.

  Sumi T; Oki S; Kitajima K; Meno C

  PLOS ONE, 2013年05月, 査読有り

  
• Restriction of Wnt signaling in the dorsal otocyst determines semicircular canal formation in the mouse embryo

  Teppei Noda; Shinya Oki; Keiko Kitajima; Tetsuro Harada; Shizuo Komune; Chikara Meno

  Developmental Biology, 2012年02月, 査読有り

  
• Fate maps of ventral and dorsal pancreatic progenitor cells in early somite stage mouse embryos

  Rika Miki; Tetsu Yoshida; Kazuya Murata; Shinya Oki; Kazuhiko Kume; Shoen Kume

  Mechanisms of Development, 2012年01月, 査読有り

  
• [The role of sulfated glycosaminoglycans in early mouse development].

  Oki, S.; Men, C.

  Fukuoka igaku zasshi = Hukuoka acta medica, 2010年08月, 査読有り

  
• Dissecting the Role of Fgf Signaling During Gastrulation and Left-Right Axis Formation in Mouse Embryos Using Chemical Inhibitors

  Shinya Oki; Keiko Kitajima; Chikara Meno

  Developmental Dynamics, 2010年06月, 査読有り

  
• Reversal of left-right asymmetry induced by aberrant Nodal signaling in the node of mouse embryos

  Shinya Oki; Keiko Kitajima; Sara Marques; Jose Antonio Belo; Takahiko Yokoyama; Hiroshi Hamada; Chikara Meno

  Development, 2009年12月, 査読有り

  
• Sulfated glycosaminoglycans are necessary for Nodal signal transmission from the node to the left lateral plate in the mouse embryo

  Shinya Oki; Ryuju Hashimoto; Yuko Okui; Michael M. Shen; Eisuke Mekada; Hiroki Otani; Yukio Saijoh; Hiroshi Hamada

  Development, 2007年11月, 査読有り

  
• Two nodal-responsive enhancers control left-right asymmetric expression of Nodal

  Y Saijoh; S Oki; C Tanaka; T Nakamura; H Adachi; YT Yan; MM Shen; H Hamada

  Developmental Dynamics, 2005年04月, 査読有り

  
• Left-right patterning of the mouse lateral plate requires Nodal produced in the node

  Y Saijoh; S Oki; S Ohishi; H Hamada

  Developmental Biology, 2003年04月, 査読有り

  
• An observation of the initial stage towards a symbiotic relationship

  M Todoriki; S Oki; S Matsuyama; EP Ko-Mitamura; Urabe, I; T Yomo

  Biosystems, 2002年03月, 査読有り

  
• Unique colony housing the coexisting Escherichia coli and Dictyostelium discoideum

  Todoriki, M.; Oki, S.; Matsuyama, S.-I.; Urabe, I.; Yomo, T.

  Journal of Biological Physics, 2002年, 査読有り

  
• 

  ChIP-Atlas 2021 update: a data-mining suite for exploring epigenomic landscapes by fully integrating ChIP-seq, ATAC-seq and Bisulfite-seq data

  Zhaonan Zou; Tazro Ohta; Fumihito Miura; Shinya Oki

  Nucleic Acids Research, 2022年03月, 査読有り, 最終著者, 責任著者

  

MISC

• 父加齢が子孫の行動や遺伝子発現に与える影響は精子DNA低メチル化の継承が原因である可能性がある

  大隅 典子; 吉崎 嘉一; 木村 龍一; 沖 真弥; 吉川 貴子; Mai Lingling; 稲田 仁

  DOHaD研究, 2021年09月

  
• ChIP-Atlas 〜転写制御ランドスケープの歩き方〜

  鄒 兆南; 沖 真弥

  JSBi Bioinformatics Review, 2023年06月, 査読有り, 招待有り

  
• 多層オミクス解析による遺伝子発現機構のディジーゾーム解析と治療薬探索

  岩田通夫; 沖真弥; 山西芳裕

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2020年

  
• パイオニア転写因子を考慮したデータ駆動型ダイレクトリプログラミング

  江口凌平; 濱野桃子; 岩田通夫; 中村透; 沖真弥; 山西芳裕

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2020年

  
• 遺伝子発現機構のディジーゾーム解析による疾患間の関連性解析と治療薬探索

  岩田通夫; 沖真弥; 田部井靖生; 山西芳裕; 山西芳裕

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2018年

  
• 投薬による遺伝子発現変動と大規模ChIP-seqデータの統合解析を駆使した薬剤作用標的となる転写因子の探索

  ZOU Zhaonan; 岩田通夫; 山西芳裕; 沖真弥

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2021年

  
• 遺伝子発現制御に着目した薬剤摂動トランスクリプトームと大規模ChIP-seqデータの統合解析による薬剤作用ターゲット探索

  鄒兆南; 岩田通夫; 山西芳裕; 沖真弥

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2020年

  

講演・口頭発表等

• エピゲノムアトラスを創って薬の作用機序をひも解く

  沖 真弥

  The 201st Scienc-ome, 2024年08月28日, 招待有り

  
• オルガネラのトランスクリプトーム解析

  沖 真弥

  第76回日本細胞生物学会大会, 2024年07月18日, 招待有り

  
• ChIP-Atlas ハンズオンセミナー

  沖 真弥

  早稲田大学先進理工学部セミナー, 2024年08月02日, 招待有り

  
• PIC: 局所領域に対する高深度RNA-seq技術

  沖 真弥

  千里ライフサイエンス技術講習会, 2024年06月27日, 招待有り

  
• エピゲノミクスデータの統合解析による先天異常や薬物作用機序の理解

  沖 真弥

  scChmeRISC 2024, 2024年05月28日, 招待有り

  
• Photo-isolation chemistry for high-resolution and deep spatial transcriptome with tissue sections

  沖 真弥

  第21回幹細胞シンポジウム, 2024年05月25日, 招待有り

  
• エピゲノミクス統合データベースChIP-Atlasのハンズオンセミナー

  沖 真弥

  金沢大学理工研究域セミナー, 2024年05月17日, 招待有り

  
• PICによる局所的高深度トランスクリプトーム解析

  沖 真弥

  筋・骨・リウマチ３学会合同若手研究会, 2024年05月11日, 招待有り

  
• 空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る

  沖 真弥

  創価大学糖鎖生命システム融合研究所 第23回コロキウム, 2024年05月10日, 招待有り

  
• 転写制御機構に基づく薬物作用機序の解明

  沖 真弥

  熊本大学薬学部 特別講演会, 2024年05月08日, 招待有り

  
• 空間的な遺伝子制御機構の解明とその解析支援

  沖 真弥

  第20回生命資源研究・支援センターシンポジウム, 2024年02月22日, 招待有り

  
• ChIP-Atlas ハンズオンセミナー

  沖 真弥

  第２回エピ研リソースセミナー, 2023年12月11日, 招待有り

  
• 空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る

  沖 真弥

  高知大学医学専攻特別研究ゼミナール, 2023年11月27日, 招待有り

  
• ChIP-Atlasの使いかたと使われかた

  沖 真弥

  第96回日本生化学会大会, 2023年11月02日, 招待有り

  
• 空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る

  沖 真弥

  第2回Philosophy研究会, 2023年09月16日, 招待有り

  
• Photo-isolation chemistryによる局所的高深度トランスクリプトーム解析

  沖 真弥

  第9回日本筋学会学術集会, 2023年08月19日, 招待有り

  
• Photo-isolation chemistry for high-resolution and deep spatial transcriptome with tissue sections

  沖 真弥

  The 56th Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biologists, 2023年07月25日, 招待有り

  
• 空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る

  沖 真弥

  学術変革領域研究(A)適応回路センサス第3回領域会議, 2023年06月22日, 招待有り

  
• エピゲノム統合データベース、ChIP-Atlas の使い方と使われ方

  沖 真弥

  第16回日本エピジェネティクス研究会年会, 2023年06月19日, 招待有り

  
• バイオのための情報学・ことはじめ

  沖 真弥

  ACT-X「生命と化学」主催：第 1 回 研究者交流会議, 2023年05月10日, 招待有り

  
• Photo-isolation chemistry for high-resolution and deep spatial transcriptome with tissue sections

  沖 真弥

  IMGC 2023 RIKEN Symposium, 2023年03月30日, 招待有り

  
• 光単離化学（PIC）による局所的トランスクリプトーム解析

  沖 真弥

  第100回日本生理学会大会, 2023年03月16日, 招待有り

  
• 空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る

  沖 真弥

  東北大学分子代謝病態学Webセミナー, 2023年01月17日, 招待有り

  
• Photo-Isolation Chemistryを用いた局所的なトランスクリプトーム解析

  沖 真弥

  第67回日本人類遺伝学会, 2022年12月15日, 招待有り

  
• 光単離化学による局所的かつ高深度のトランスクリプトーム解析

  沖 真弥

  第45回日本分子生物学会, 2022年12月02日, 招待有り

  
• Photo-isolation chemistryによる局所的高深度トランスクリプトーム解析

  沖 真弥

  ExCELLSセミナー, 2022年11月15日, 招待有り

  
• 空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る

  沖 真弥

  NGS EXPO 2022, 2022年10月19日, 招待有り

  
• 空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る

  沖 真弥

  東京慈恵会医科大学 医学研究の基礎を語り合う集い, 2022年10月11日, 招待有り

  
• Photo-isolation chemistryによる局所的高深度トランスクリプトーム解析

  沖 真弥

  シングルセルゲノミクス研究会2022, 2022年08月30日, 招待有り

  
• データ駆動型解析による noncoding 病モデルマウスの作製

  沖 真弥

  株式会社セツロテック コラボWebセミナー, 2022年08月04日, 招待有り

  
• 空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る

  沖 真弥

  第25回小児心血管分子医学研究会, 2022年07月21日, 招待有り

  
• 空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る

  沖 真弥

  徳島大学 医学研究科セミナー, 2022年07月06日, 招待有り

  
• Photo-Isolation-Chemistry (PIC)：局所領域に対する高深度トランスクリプトーム解析

  沖 真弥

  京都大学 先端バイオメディシン解析技術室シンポジウム, 2022年06月30日, 招待有り

  
• Photo-isolation chemistry for high-resolution and deep spatial transcriptome with tissue sections

  沖 真弥

  第74回日本細胞生物学会大会, 2022年06月29日, 招待有り

  
• Data-driven and technical approaches to understand spatial gene regulation

  沖 真弥

  京都大学医学研究科・神経科学教育コース, 2022年06月27日, 招待有り

  
• 時空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る

  沖 真弥

  東京大学 理学系研究科 生物情報科学科・黒田研セミナー, 2022年02月10日, 招待有り

  
• Photo-Isolation-Chemistry (PIC)：局所的な高深度トランスクリプトーム解析

  沖 真弥

  基礎生物学研究所・新規モデル生物開発センター・テクニカルワークショップ, 2022年02月01日, 招待有り

  
• 光単離化学(PIC)による高解像度かつ高深度の空間オミクス解析

  沖 真弥

  JST-CRDS 俯瞰ワークショップ, 2022年01月20日, 招待有り

  
• ChIP-Atlas update: Bisulfite-seqとATAC-seqデータを統合

  沖 真弥

  第44回日本分子生物学会年会, 2021年12月02日, 招待有り

  
• Data-driven and technical approaches to understand spatial gene regulation

  沖 真弥

  奈良先端大学院大学講義「バイオサイエンスにおけるビッグデータ」, 2021年11月30日, 招待有り

  
• 時空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る

  沖 真弥

  JST・理研共催 バイオDXシンポジウム, 2021年11月22日, 招待有り

  
• Data-driven and technical approaches to understand spatial gene regulation

  沖 真弥

  熊本大学リエゾンラボ研究会・HIGO最先端研究セミナー, 2021年10月13日, 招待有り

  
• Data-driven and technical approaches to understand spatial gene regulation

  沖 真弥

  京都大学医学研究科・神経科学教育コース, 2021年09月27日, 招待有り

  
• 時空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る

  沖 真弥

  日本生物工学会東日本支部 生物工学フォーラム, 2021年08月27日, 招待有り

  
• 空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る

  沖 真弥

  第85回日本循環器学会学術集会, 2021年03月27日, 招待有り

  
• Data-driven and technical approaches to understand spatial gene regulation

  Shinya Oki

  第43回日本分子生物学会年会, 2020年12月03日, 招待有り

  
• ChIP-Atlas: 公共 ChIP-seq データを利活用できる

  沖 真弥

  第43回日本分子生物学会年会, 2020年12月02日, 招待有り

  
• ChIP-seqビッグデータを統合解析し、薬剤の作用機序解明に迫る

  沖 真弥

  京都大学「医学領域」産学連携推進機構/一般社団法人芝蘭会 産学情報交流会, 2020年09月10日, 招待有り

  
• ChIP-Atlas の使い方と使われ方

  沖 真弥

  第9回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2020), 2020年09月03日, 招待有り

  
• 空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る

  沖 真弥

  第9回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2020), 2020年09月02日, 招待有り

  
• 遺伝子発現の時空間的な制御のしくみ

  沖 真弥

  KBC第4回勉強会, 2020年02月19日, 招待有り

  
• Data-driven and technical approaches to understand spatial gene regulation

  沖 真弥

  WPI-IIIS Seminar, 2020年01月20日, 招待有り

  
• Data-driven and technical approaches to understand spatial gene regulation

  沖 真弥

  RIKEN BDR seminar in Kobe, 2020年01月16日, 招待有り

  
• 公共ChIP-seqデータをフル活用し、遺伝性疾患の解明や創薬に挑む

  沖 真弥

  次世代脳プロジェクト冬のシンポジウム2019, 2019年12月19日

  
• ChIP-Atlas: 公共 ChIP-seq データを利活用できる

  沖 真弥

  第42回日本分子生物学会年会, 2019年12月03日, 招待有り

  
• 位置情報と遺伝子発現とその仕組み

  沖 真弥

  新学術領域「個性創発脳」若手の会・技術支援講習会, 2019年11月14日, 招待有り

  
• ChIP-Altasにおけるサンプルメタデータのキュレーションと、その爆速化

  沖 真弥

  Annotathon 2019, 2019年11月12日, 招待有り

  
• ChIP-Atlas: a data-mining suite powered by full integration of public ChIP-seq data

  沖 真弥

  Lecture in College of Dentistry, Yonsei University, 2019年10月24日, 招待有り

  
• 特定領域の発現情報を光照射で取り出す技術

  沖 真弥

  JST新技術説明会, 2019年10月17日, 招待有り

  
• ChIP-Atlasをつないで使う

  沖 真弥

  トーゴーの日シンポジウム2019, 2019年10月05日, 招待有り

  
• High resolution spatial transcriptomics method by photo-isolation chemistry

  Shinya Oki; Mizuki Honda; Akihito Harada; Kazumitsu Maehara; Kaori Tanaka; Yasuyuki Ohkawa

  EMBO/EMBL Symposium: Multiomics to Mechanisms - Challenges in Data Integration, 2019年09月11日

  
• ChIP-Atlas: 既報ChIP-seqデータの統合データベース

  沖 真弥

  統合データベース講習会：AJACS番町３, 2019年08月07日, 招待有り

  
• ChIP-Atlas: 既報ChIP-seqデータの統合データベース

  沖 真弥

  日本プロテオーム学会2019年大会, 2019年07月26日, 招待有り

  
• 公共ChIP-seqデータの統合解析

  沖 真弥

  京都大学 セミナー, 2019年06月25日, 招待有り

  
• 公共ChIP-seqデータの利活用術

  沖 真弥

  国立精神・神経医療研究センター セミナー, 2019年06月25日, 招待有り

  
• ChIP-Atlas の使い方とその応用

  沖 真弥

  資生堂 セミナー, 2019年05月22日, 招待有り

  
• 薬効の作用点となる転写因子の特定と創薬への応用

  沖 真弥

  日本たばこ医薬総合研究所 セミナー, 2019年05月16日, 招待有り

  
• ChIP-Atlas の使い方とその応用

  沖 真弥

  協和発酵キリン セミナー, 2019年03月26日

  
• 公共ChIP-seqデータをフル活用し、遺伝性疾患の解明や創薬に挑む

  沖 真弥

  質量分析インフォマティクス研究会, 2019年03月19日, 招待有り

  
• ChIP-Atlas: a data-mining suite powered by full integration of public ChIP-seq data

  Shinya Oki

  Lecture in College of Dentistry, Yonsei University, 2019年03月13日, 招待有り

  
• 公共ChIP-seqデータの利活用術

  沖 真弥

  新潟大学 セミナー, 2019年03月04日, 招待有り

  
• 公共ChIP-seqデータの利活用術

  沖 真弥

  産総研 セミナー, 2019年02月20日, 招待有り

  
• 公共ChIP-seqデータの利活用術

  沖 真弥

  全薬工業 セミナー, 2019年01月23日, 招待有り

  
• 公共ChIP-seqデータの利活用術

  沖 真弥

  創価大学 セミナー, 2019年01月18日, 招待有り

  
• 公共ChIP-seqデータの利活用術

  沖 真弥

  東京理科大学 セミナー, 2019年01月17日, 招待有り

  
• 公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む

  沖 真弥

  北里大学 セミナー, 2019年01月11日, 招待有り

  
• 公共ChIP-seqデータをフル活用し、遺伝性疾患の解明に挑む

  沖 真弥

  JSBi 九州部会, 2018年12月17日, 招待有り

  
• 医工学研究ビッグデータのデーターベース構築と活用

  沖 真弥

  東京大学 工学系研究科 医工学概論, 2018年12月14日, 招待有り

  
• ChIP-Atlas: 既報のChIP-seqデータをフル活用できる

  沖 真弥

  統合データベース講習会：AJACS町田, 2018年12月14日, 招待有り

  
• 公共ChIP-seqデータと疾患関連SNPの統合解析

  沖 真弥

  第41回日本分子生物学会年会, 2018年11月28日, 招待有り

  
• 公共ChIP-seqデータをフル活用し、遺伝性疾患の解明に挑む

  沖 真弥

  第16回JCGGシンポジウム, 2018年11月27日, 招待有り

  
• ChIP-Atlas: a data-mining suite powered by full integration of public ChIP-seq data

  Shinya Oki

  Research collaborating meeting on "Molecular mechanism of tooth development and regeneration", 2018年11月17日, 招待有り

  
• ChIP-seqとプロテオーム：公共データをつないで使う

  沖真弥; 石濱泰

  トーゴーの日シンポジウム2018, 2018年10月05日, 招待有り

  
• 公共 ChIP-seq データをフル活用し、遺伝性疾患の解明に挑む

  沖真弥

  九州工業大学 セミナー, 2018年09月07日, 招待有り

  
• Integrative analysis of transcription factor occupancy at enhancers and disease risk loci in noncoding genomic regions

  沖真弥

  Towards Understanding “INDIVIDUALITY”, 2018年07月24日

  
• 公共ChIP-seqデータをフル活用し、遺伝性疾患の解明に挑む

  沖真弥

  岩手医科大学 歯学研究科 基礎・臨床教育特論 共通セミナー, 2018年07月20日, 招待有り

  
• 公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む

  沖 真弥

  医薬基盤・健康・栄養研究所 セミナー, 2018年04月17日, 招待有り

  
• Integrative analysis of transcription factor occupancy at enhancers and disease risk loci in noncoding genomic regions

  Shinya Oki

  Keystone Symposium; Gene Control in Development and Disease, 2018年03月24日

  
• 公共ChIP-seqデータをフル活用し、遺伝性疾患の解明に挑む

  沖 真弥; 大田 達郎; 塩井 剛; 畠中 秀樹; 小笠原 理; 奥田 喜広; 川路 英哉; 仲木 竜; 瀬々 潤; 目野 主税

  第17回日本再生医療学会総会, 2018年03月21日, 招待有り

  
• 公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む

  沖 真弥

  旭川医科大学 セミナー, 2018年03月12日, 招待有り

  
• 公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む

  沖 真弥

  慶應義塾大学 セミナー, 2018年01月30日, 招待有り

  
• 公共ChIP-seqデータのフル活用術〜組織特異的エンハンサーと遺伝性疾患の解析〜

  沖 真弥

  東京農業大学 セミナー, 2018年01月23日, 招待有り

  
• 公共ChIP-seqデータのフル活用術〜組織特異的エンハンサーと遺伝性疾患の解析〜

  沖 真弥

  岩手医科大学 セミナー, 2018年01月18日, 招待有り

  
• 公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む

  沖 真弥

  第４回 包括的神経グリア研究会, 2018年01月07日

  
• ChIP-Atlas: Make full use of public ChIP-seq data.

  沖 真弥

  CREST ミーティング「離散構造統計学の創出と癌科学への展開」, 2017年12月22日

  
• 生命科学のデータベース活用法フォーラム ChIP-Atlas

  沖真弥

  ConBio 2017, 2017年12月09日

  
• 公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む

  沖 真弥; 大田 達郎; 塩井 剛; 畠中 秀樹; 小笠原 理; 奥田 喜広; 川路 英哉; 仲木 竜; 瀬々 潤; 目野 主税

  ConBio 2017, 2017年12月07日

  
• 公共ChIP-seqデータのフル活用術

  沖真弥

  新学術領域「個性創発脳」若手の会・技術支援講習会, 2017年11月21日, 招待有り

  
• 公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む

  沖真弥

  名古屋大学 医学系研究科 セミナー, 2017年11月13日

  
• エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充

  沖真弥

  トーゴーの日シンポジウム2017, 2017年10月05日

  
• 公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む

  沖真弥

  大阪大学生命機能研究科 セミナー, 2017年09月07日, 招待有り

  
• 公共ChIP-seqデータのフル活用術 (組織特異的エンハンサーと遺伝性疾患の解析)

  沖真弥

  徳島大学藤井節郎記念医科学センター セミナー, 2017年08月28日, 招待有り

  
• 公共 ChIP-seq データのフル活用術

  沖真弥

  第２回次世代生命科学の研究会, 2017年07月14日

  
• 公共ChIP-seqデータのフル活用術

  沖真弥

  新学術領域「個性創発脳」第２回領域会議, 2017年07月07日

  
• 公共 ChIP-seq データのフル活用術

  沖真弥

  東京大学 医学系研究科 セミナー, 2017年07月06日, 招待有り

  
• 公共 ChIP-seq データで遺伝性疾患の解明に挑む

  沖真弥

  NGS現場の会第五回研究会, 2017年05月22日

  
• Integrative analysis of transcription factor occupancy at enhancers and disease risk loci in noncoding genomic regions

  沖真弥

  50th Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biologists, 2017年05月11日

  
• 公共ChIP-seq データの網羅的かつ統合的な解析

  沖真弥

  東京医科歯科大学 セミナー, 2017年03月17日, 招待有り

  
• 公共ChIP-seqデータをフル活用し、遺伝性疾患の解明に挑む

  沖真弥

  先端医療センター研究所 セミナー, 2017年03月13日, 招待有り

  
• 既報の ChIP-seq データの利活用術

  沖真弥

  第４回 発生における代謝を考える会, 2017年02月21日

  
• The transcription factor landscape decodes the enhancers and risk variants in non-coding regions

  Shinya Oki; Tazro Ohta; Go Shioi; Hideki Hatanaka; Osamu Ogasawara; Yoshihiro Okuda; Hideya Kawaji; Ryo Nakaki; Jun Sese; Chikara Meno

  Keystone Symposium; Epigenetics and Human Disease: Progress from Mechanisms to Therapeutics, 2017年01月30日

  
• ChIP-seq 統合データベースの紹介と non-coding GWAS SNP の解析

  沖真弥

  国立がんセンター セミナー, 2017年01月25日, 招待有り

  
• 既報のChIP-seqデータの活用術

  沖真弥

  第１回 「個性」創発脳 領域会議, 2016年12月17日, 招待有り

  
• 網羅的かつ統合的な ChIP-seq データの解析

  沖真弥

  第39回日本分子生物学会年会, 2016年12月01日

  
• DDBJデータ解析事例「ChIP-Atlasデータベース」の紹介

  沖真弥

  DDBJデータ解析チャレンジ キックオフ講習会, 2016年07月06日, 招待有り

  
• 既報のChIP-seqデータをフル活用する 網羅的かつ統合的なデータベースの作成とその解析例

  沖 真弥

  CiRA セミナー, 2016年04月20日, 招待有り

  
• Comprehensive and integrative database and analysis of published ChIP-seq data

  沖 真弥

  横浜理研セミナー, 2016年04月11日, 招待有り

  
• ChIP-Atlas: Comprehensive and integrative database for visualizing and mining all published ChIP-seq data.

  Shinya Oki; Tazro Ohta; Go Shioi; Ryo Nakaki; Osamu Ogasawara; Yoshihiro Okuda; Hideki Hatanaka; Chikara Meno

  SYSTEMS BIOLOGY: GLOBAL REGULATION OF GENE EXPRESSION, 2016年03月17日

  
• 既報の ChIP-seq データの統合解析

  沖 真弥

  個体パターニング研究会, 2016年03月11日

  
• ＣｈＩＰ−ｓｅｑ ＳＲＡの統合的可視化とバイオデータベースとの連携

  沖 真弥

  統合化推進プログラム 統合データ解析トライアル 平成27年度研究成果報告会, 2016年03月10日, 招待有り

  
• 既報のChIP-seqデータをフル活用するための統合データベース

  沖 真弥; 大田 達郎; 塩井 剛; 仲木 竜; 目野 主税

  第38回日本分子生物学会年会, 2015年12月01日

  
• ChIP-seq データベースのためのメタ情報アノテーション

  沖 真弥

  Annotathon 2015, 2015年11月12日, 招待有り

  
• 既報のChIP-seqデータをフル活用するための統合データベース

  沖 真弥; 大田 達郎; 塩井 剛; 仲木 竜; 目野 主税

  トーゴーの日シンポジウム2015, 2015年10月05日

  
• 既報のChIP-seqデータをフル活用するための統合データベース

  沖 真弥; 大田達郎; 塩井 剛; 仲木 竜; 目野 主税

  生命情報科学若手の会 第7回研究会, 2015年10月01日

  
• ChIP-seq SRA を利活用するための統合データベース

  沖 真弥; 大田 達郎; 塩井 剛; 目野 主税

  NGS現場の会第四回研究会, 2015年07月01日

  
• Comprehensive database for visualizing all published ChIP-seq data

  沖 真弥; 大田 達郎; 塩井 剛; 仲木 竜; 目野 主税

  48th Annual Meeting of JSDB, 2015年06月02日

  
• 誰でも使えるChIP-seqデータの可視化ツール

  沖 真弥

  定量性物の会 第７回年会, 2015年01月11日

  
• 既報のChIP-seq データを超簡単に可視化する方法

  沖 真弥

  遺伝研セミナー, 2014年12月22日, 招待有り

  
• SraTailor: 誰でも使えるChIP-seqデータの可視化ツール

  沖 真弥

  第37回日本分子生物学会年会, 2014年11月25日

  
• How to visualize published ChIP-seq raw data.

  沖 真弥

  CDB seminar, 2014年07月23日, 招待有り

  
• SraTailor: GUI software for visualizing high-throughput sequence read archives

  沖 真弥

  47th Annual Meeting for the Japanese Society of Developmental Biologists, 2014年05月27日

  
• Development of a GUI software to visualize high through-put sequence read archives

  沖 真弥

  第36回日本分子生物学会年会, 2013年12月03日

  
• 既報の次世代シーケンサ解析データを可視化するための簡易ソフトウェア

  沖 真弥

  定量生物学の会 第六回年会, 2013年11月22日

  
• Development of a Mac GUI Application to Visualize Published Raw ChIP-seq data

  沖 真弥; 目野 主税

  The 61st NIBB Conference Cellular Community in Mammalian Embryogenesis, 2013年07月10日

  
• マウス初期発生におけるFgfシグナルの役割 −化学的阻害剤を用いた高時間分解能解析−

  Shinya Oki; Keiko Kitajima; Chikara Meno

  43rd Annual Meeting for the Japanese Society of Developmental Biologists, 2010年06月21日

  
• Sulfated glycosaminoglycans are required for gastrulation, cell fate decision, and left-right axis formation in mouse embryo

  Shinya Oki; Keiko Kitajima; Hiroshi Hamada; Chikara Meno

  5th Global COE International Symposium, 2010年02月24日

  
• inv変異マウス胚の左右軸逆転はノードのNodalシグナルの異常が原因である

  沖 真弥; 北島桂子; Sara Marques; Jos?; An; nio Belo; 横山尚彦; 濱田博司; 目野主税

  日本分子生物学会, 2009年12月01日

  
• マウス胚左右軸形成において，ノードから左側板中胚葉へのNodal シグナル伝達には硫酸化グリコサミノグリカンが必要である

  沖 真弥; 橋本 龍樹; 奥井 友子; Michael M Shen; 目加田 英輔; 大谷 浩; 西條 幸男; 濱田 博司

  第４０回発生生物学会, 2007年05月01日

  
• ノードのNodalは側板中胚葉の左右軸決定に必要である

  沖真弥; 西條幸男; 大石祥子; 濱田博司

  日本発生生物学会, 2003年06月01日

  
• Photo-isolation chemistryによる局所的高深度トランスクリプトーム解析

  沖 真弥

  第127回日本解剖学会, 2022年03月27日, 招待有り

  

書籍等出版物

• ChIP-Atlas 2.0 ─ 転写制御機構＆エピゲノムランドスケープを可視化する

  鄒 兆南; 沖 真弥, 共著

  実験医学, 2022年

  
• 光を用いた空間トランスクリプトーム計測

  木村 龍一; 沖 真弥, 共著

  生体の科学, 2022年

  
• 空間トランスクリプトミクス

  本田瑞季, 沖 真弥

  生物工学会誌, 2022年

  
• Photo-Isolation Chemistry: PIC法を用いた微小細胞集団での遺伝子発現解析

  沖 真弥, 大川恭行

  月刊「細胞」, 2022年

  
• 光単離化学による高深度かつ高解像度トランスクリプトーム解析

  沖 真弥, 大川恭行

  生物物理, 2022年

  
• ChIP-Atlas

  Shinya Oki, Tazro Ohta

  Practical Guide to Life Science Databases, 2021年

  
• 概論―空間トランスクリプトーム技術の最前線

  沖 真弥, 大川恭行

  実験医学, 2021年

  
• Photo-Isolation Chemistry：光照射による高解像度かつ高感度なトランスクリプトーム技術

  本田瑞季, 沖 真弥

  実験医学, 2021年

  
• 局所的かつ高深度の空間トランスクリプトーム技術ーPhoto-Isolation Chemistry

  沖 真弥, 本田瑞季

  実験医学別冊：クロマチン解析実践プロトコール, 2020年

  
• ChIP-Atlas：既報のChIP-seqデータをフル活用するためのウェブサービス

  沖 真弥, 大田達郎

  実験医学, 2019年

  
• ChIP-Atlas:公共 ChIP-seq データを統合的に活用するためのウェブサービス

  沖 真弥, 大田達郎

  THE LUNG perspectives, 2019年

  
• SraTailor: 誰でも使えるChIP-seqデータの可視化ツール

  沖 真弥

  実験医学, 2014年

  
• マウス初期発生における硫酸化グリコサミノグリカンの役割

  沖 真弥, 目野主税

  福岡医学雑誌, 2010年

  
• 左右決定におけるNodalシグナル

  沖 真弥, 目野主税, 濱田博司

  細胞工学, 2008年

  

産業財産権

• 特願2021-025468, 核酸断片及びその使用

  大川恭行; 沖 真弥; 原田哲仁

  
• 特願2019-094216, オリゴヌクレオチド、オミクス解析方法及びオミクス解析用キット

  沖真弥; 大川恭行

  

Works（作品等）

• ChIP-Atlas

  沖真弥

  自 2015年12月

  
• SraTailor

  沖真弥

  自 2014年05月

  

受賞

• 2015年03月

  DBCLS, DBCLS Open Science Award

外部資金：科学研究費補助金

• 植物細胞壁S2層形成の制御メカニズム

  基盤研究(B)

  小区分40020:木質科学関連

  宮崎大学

  津山 濯

  自 2020年04月01日, 至 2023年03月31日, 完了

  細胞壁;二次壁;S2層;ヘミセルロース;Ｓ2層;植物細胞壁;壁層;フェルラ酸;転写因子;壁層形成

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20H03049/
• 顎顔面形成不全を伴う未診断稀少疾患の遺伝的原因の究明

  基盤研究(B)

  小区分57070:成長および発育系歯学関連

  大阪大学

  黒坂 寛

  自 2019年04月01日, 至 2022年03月31日, 完了

  顎顔面形成不全;希少疾患;動物モデル;ゲノム解析;レチノイン酸シグナル;Gata3;口唇口蓋裂;ゲノム;遺伝子変異;疾患モデル

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19H03858/
• 遺伝子発現の空間的制御を測定する

  基盤研究(B)

  小区分48040:医化学関連

  京都大学;九州大学

  沖 真弥

  自 2019年04月01日, 至 2022年03月31日, 完了

  空間オミクス;エピゲノム;ATAC-seq;遺伝子発現;制御機構

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19H03424/
• Non-coding領域に存在する疾患原因SNPの同定と機能解析

  基盤研究(B)

  京都大学;九州大学

  沖 真弥

  自 2018年07月18日, 至 2021年03月31日, 完了

  GWAS;SNP;ChIP-seq;転写因子;Noncoding SNP

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18KT0024/
• 「個性」創発に至る次世代継承エピゲノム修飾とその脳内表現

  新学術領域研究(研究領域提案型)

  複合領域

  東北大学

  大隅 典子

  自 2016年06月30日, 至 2021年03月31日, 完了

  父加齢;精子形成;エピジェネティクス;DNAメチル化;ヒストン修飾;REST;神経発生;母仔分離超音波発声;脳科学;基盤;基板・社会脳科学;脳計測科学;脳科学　基盤;社会脳科学　脳計測科学;基盤・社会脳科学

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PLANNED-16H06530/
• 核内のゲノムDNAとタンパクの相互作用をin situで可視化する技術の開発

  挑戦的萌芽研究

  九州大学

  目野 主税

  自 2015年04月01日, 至 2018年03月31日, 完了

  転写因子;ゲノムDNA;PLA法;ゲノム;発現制御;タンパク質-DNA相互作用

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15K14529/
• マウス胚ノードにおける初期左右軸形成の分子機構の解析

  基盤研究(B)

  九州大学

  目野 主税

  自 2014年04月01日, 至 2018年03月31日, 完了

  左右軸;データベース;ChIP-seq;遺伝子発現;データーベース;胚発生;左右軸形成;発生・分化;ChIPシークエンス;次世代シークエンス;ソフトウェア

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26291051/
• Nodalシグナルによるepiblastの未分化維持機構の解明

  若手研究(B)

  九州大学

  沖 真弥

  自 2013年04月01日, 至 2016年03月31日, 完了

  Nodal;エピブラスト;中胚葉誘導;原条形成;多分化能;ChIP-seq

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25840087/
• 着床直後のマウス胚におけるＮｏｄａｌ／ＦＧＦシグナル標的遺伝子の探索

  若手研究(B)

  九州大学

  沖 真弥

  自 2011年04月01日, 至 2013年03月31日, 完了

  マウスエピブラスト;Nodal;多能性;エピブラスト;多分化能;マウス初期発生

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23770254/
• 体軸情報を備えた胚様体の作製

  挑戦的萌芽研究

  九州大学

  沖 真弥

  自 2009年04月01日, 至 2011年03月31日, 完了

  再生医学;細胞・組織;シグナル伝達;発生・分化;動物

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21657059/
• 初期胚細胞コミュニティーにおける細胞外シグナルの解析

  新学術領域研究(研究領域提案型)

  生物系

  九州大学

  目野 主税

  自 2009年07月23日, 至 2014年03月31日, 完了

  細胞外シグナル;左右軸形成;原腸胚形成;多能性幹細胞;エンドサイトーシス;小胞輸送;Wntシグナル;オルガネラ酸性化;細胞シグナル;リソソーム;ダウンレギュレーション

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PLANNED-21116002/
• ゲノム多型に起因する疾患の発症プロセスの解明

  基盤研究(B)

  小区分48040:医化学関連

  京都大学

  沖 真弥

  自 2022年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付

  GWAS;一塩基多型

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22H02819/
• 微小領域に限定した高深度オミクス技術による催奇形性因子の作用機序解析

  特別研究員奨励費

  小区分56040:産婦人科学関連

  京都大学

  沖 真弥

  自 2023年04月25日, 至 2025年03月31日, 交付

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23KF0048/
• 生殖ライフスパンにおける空間オミクス解析

  学術変革領域研究(A)

  学術変革領域研究区分(Ⅲ)

  熊本大学;京都大学

  沖 真弥

  自 2023年04月01日, 至 2028年03月31日, 交付

  空間トランスクリプトーム;空間オミクス解析

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PLANNED-23H04954/
• 動的な生殖ライフスパン：変動する生殖細胞の機能と次世代へのリスク

  学術変革領域研究(A)

  学術変革領域研究区分(Ⅲ)

  国立研究開発法人理化学研究所

  北島 智也

  自 2023年04月01日, 至 2028年03月31日, 交付

  生殖;生殖細胞;染色体;ゲノム;遺伝

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-ORGANIZER-23H04947/
• ゲノム多型に起因する疾患の発症プロセスの解明

  基盤研究(B)

  小区分48040:医化学関連

  熊本大学;京都大学

  沖 真弥

  自 2022年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付

  ゲノム多型;Noncoding SNP;GWAS;一塩基多型

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23K24081/

教育

担当科目

• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  ゲノムインフォマティクス

  E035, 後期, 医学研究科, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  ゲノムインフォマティクス

  E035, 後期, 医学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  ゲノムインフォマティクス

  E035, 後期, 医学研究科, 2
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  ゲノムインフォマティクス

  後期, 医学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  ゲノムインフォマティクス

  後期, 医学研究科

学術・社会貢献

委員歴

• 自 2018年04月, 至 現在

  評議委員, 日本メディカルAI学会
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  専門調査員, 文部科学省 科学技術・学術政策研究所（NISTEP）
• 自 2020年04月, 至 2020年09月

  プログラム委員, 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020)
• 自 2022年04月, 至 2024年03月

  理事, 日本バイオインフォマティクス学会

社会貢献活動

• Kawasaki-NEDO Innovation Center (K-NIC) 支援人材・サポーター

  助言・指導, 情報提供

  自 2019年, 至 現在

  
• NEDO（国立研究開発法人 新エネルギー・産業技術総合開発機構）技術カタライザー

  助言・指導, 情報提供, 運営参加・支援

  自 2017年, 至 2018年