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沖 真弥

オキ シンヤ

医学研究科 創薬医学講座(寄附) 特定准教授

沖 真弥
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    Last Updated :2022/07/01

    基本情報

    所属学協会

    • 日本メディカルAI学会
    • 日本発生生物学会
    • 日本分子生物学会
    • 日本バイオインフォマティクス学会

    学位

    • 修士(工学)(大阪大学)
    • 博士(医学)(大阪大学)

    出身大学院・研究科等

    • 大阪大学, 大学院工学研究科修士課程応用生物工学専攻, 修了
    • 大阪大学, 大学院医学系研究科博士課程生体制御医学専攻, 修了

    出身学校・専攻等

    • 大阪大学, 工学部応用自然科学科, 卒業

    出身高等学校

    • 出身高等学校

      広島城北高校

    経歴

    • 自 2020年04月, 至 現在
      京都大学大学院, 医学研究科 創薬医学講座, 特定准教授
    • 自 2019年10月, 至 現在
      科学技術振興機構(JST), さきがけ研究員
    • 自 2019年02月, 至 2020年03月
      九州大学大学院, 医学研究院, 講師
    • 自 2007年02月, 至 2019年02月
      九州大学大学院, 医学研究院, 助教
    • 自 2005年04月, 至 2007年02月
      日本学術振興会, 特別研究員

    プロフィール

    • プロフィール

      世界中で行われたChIP-seq実験などのエピゲノミクスデータを統合したデータベース、ChIP-Atlas を開発している。その十数万件ものオミクス実験データを統合的に分析することにより、細胞分化制御や遺伝性疾患のしくみの解明、および創薬ターゲットの探索などをおこなっている。


      また最近では、光学と化学を融合させた新規オミクス技術、Photo-Isolation Chemistry (PIC) を開発している。これは、様々な細胞タイプが混在する組織において「関心領域」に特定波長の光を照射すると、そのエリアだけのオミクス情報を引き出せる技術である。局所的な細胞集団のプロファイリングが可能となるこの新技術と、上述のデータ解析手法を駆使した多元的アプローチにより、器官形成や先天異常の原理を解き明かしたい。


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      Last Updated :2022/07/01

      研究

      研究テーマ・研究概要

      • 研究テーマ

        エピゲノミクスデータを統合したデータベースの開発
        光学と化学を融合させた新規オミクス技術の開発
      • 研究概要

        世界中で行われたChIP-seq実験などのエピゲノミクスデータを統合したデータベース、ChIP-Atlas を開発している。その十数万件ものオミクス実験データを統合的に分析することにより、細胞分化制御や遺伝性疾患のしくみの解明、および創薬ターゲットの探索などをおこなっている。

        また最近では、光学と化学を融合させた新規オミクス技術、photo-isolation chemistry (PIC) を開発している。これは、様々な細胞タイプが混在する組織において「関心領域」に特定波長の光を照射すると、そのエリアだけのオミクス情報を引き出せる技術である。局所的な細胞集団のプロファイリングが可能となるこの新技術と、上述のデータ解析手法を駆使した多元的アプローチにより、器官形成や先天異常の原理を解き明かしたい。

      研究キーワード

      • Photo-Isolation Chemistry
      • 創薬医学
      • バイオインフォマティクス
      • マウス初期発生
      • 発生・分化
      • 多分化能
      • 再生医学
      • シグナル伝達

      研究分野

      • 情報通信, 生命、健康、医療情報学
      • ライフサイエンス, 発生生物学

      論文

      • Integrative analysis of transcription factor occupancy at enhancers and disease risk loci in noncoding genomic regions
        Shinya Oki; Tazro Ohta; Go Shioi; Hideki Hatanaka; Osamu Ogasawara; Yoshihiro Okuda; Hideya Kawaji; Ryo Nakaki; Jun Sese; Chikara Meno
        2018年02月09日
      • Photo-isolation chemistry for high-resolution and deep spatial transcriptome with mouse tissue sections
        Mizuki Honda; Ryuichi Kimura; Akihito Harada; Kazumitsu Maehara; Kaori Tanaka; Yasuyuki Ohkawa; Shinya Oki
        STAR Protocols, 2022年06月, 査読有り, 最終著者, 責任著者
      • TRANSDIRE: data-driven direct reprogramming by a pioneer factor-guided trans-omics approach
        Ryohei Eguchi; Momoko Hamano; Michio Iwata; Toru Nakamura; Shinya Oki; Yoshihiro Yamanishi
        Bioinformatics, 2022年04月12日, 査読有り
      • Epigenetic landscape of drug responses revealed through large-scale ChIP-seq data analyses
        Zhaonan Zou; Michio Iwata; Yoshihiro Yamanishi; Shinya Oki
        BMC Bioinformatics, 2022年01月, 査読有り, 最終著者, 責任著者
      • Age-associated decline of MondoA drives cellular senescence through impaired autophagy and mitochondrial homeostasis
        Hitomi Yamamoto-Imoto; Satoshi Minami; Tatsuya Shioda; Yurina Yamashita; Shinsuke Sakai; Shihomi Maeda; Takeshi Yamamoto; Shinya Oki; Mizuki Takashima; Tadashi Yamamuro; Kyosuke Yanagawa; Ryuya Edahiro; Miki Iwatani; Mizue So; Ayaka Tokumura; Toyofumi Abe; Ryoichi Imamura; Norio Nonomura; Yukinori Okada; Donald E. Ayer; Hidesato Ogawa; Eiji Hara; Yoshitsugu Takabatake; Yoshitaka Isaka; Shuhei Nakamura; Tamotsu Yoshimori
        Cell Reports, 2022年03月, 査読有り
      • Detection of REST expression in the testis using epitope‐tag knock‐in mice generated by genome editing
        Ryuichi Kimura; Yukiko U. Inoue; Takako Kikkawa; Misako Tatehana; Yuki Morimoto; Hitoshi Inada; Shinya Oki; Takayoshi Inoue; Noriko Osumi
        Developmental Dynamics, 2022年03月, 査読有り
      • High-depth spatial transcriptome analysis by photo-isolation chemistry
        Mizuki Honda; Shinya Oki; Ryuichi Kimura; Akihito Harada; Kazumitsu Maehara; Kaori Tanaka; Chikara Meno; Yasuyuki Ohkawa
        Nature Communications, 2021年12月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
      • A defined glycosylation regulatory network modulates total glycome dynamics during pluripotency state transition
        Federico Pecori; Ikuko Yokota; Hisatoshi Hanamatsu; Taichi Miura; Chika Ogura; Hayato Ota; Jun-ichi Furukawa; Shinya Oki; Kazuo Yamamoto; Osamu Yoshie; Shoko Nishihara
        Scientific Reports, 2021年12月
      • Paternal age affects offspring via an epigenetic mechanism involving REST/NRSF
        Kaichi Yoshizaki; Ryuichi Kimura; Hisato Kobayashi; Shinya Oki; Takako Kikkawa; Lingling Mai; Kohei Koike; Kentaro Mochizuki; Hitoshi Inada; Yasuhisa Matsui; Tomohiro Kono; Noriko Osumi
        EMBO Reports, 2021年01月05日
      • Genetic loss of importin α4 causes abnormal sperm morphology and impacts on male fertility in mouse
        Yoichi Miyamoto; Mitsuho Sasaki; Haruhiko Miyata; Yoko Monobe; Masahiro Nagai; Mayumi Otani; Penny A. F. Whiley; Akane Morohoshi; Shinya Oki; Junichiro Matsuda; Ken‐ichi Akagi; Jun Adachi; Masaru Okabe; Masahito Ikawa; Yoshihiro Yoneda; Kate L. Loveland; Masahiro Oka
        The FASEB Journal, 2020年12月
      • DDBJ Data Analysis Challenge: a machine learning competition to predict Arabidopsis chromatin feature annotations from DNA sequences.
        Eli Kaminuma; Yukino Baba; Masahiro Mochizuki; Hirotaka Matsumoto; Haruka Ozaki; Toshitsugu Okayama; Takuya Kato; Shinya Oki; Takatomo Fujisawa; Yasukazu Nakamura; Masanori Arita; Osamu Ogasawara; Hisashi Kashima; Toshihisa Takagi
        Genes & Genetic Systems, 2020年04月22日, 査読有り
      • FTO Demethylates Cyclin D1 mRNA and Controls Cell-Cycle Progression
        Mayumi Hirayama; Fan-Yan Wei; Takeshi Chujo; Shinya Oki; Maya Yakita; Daiki Kobayashi; Norie Araki; Nozomu Takahashi; Ryoji Yoshida; Hideki Nakayama; Kazuhito Tomizawa
        Cell Reports, 2020年04月, 査読有り
      • Cis-control of Six1 expression in neural crest cells during craniofacial development.
        Zhaoming Wu; Yanxia Rao; Sushan Zhang; Eun-Jung Kim; Shinya Oki; Hidemitsu Harada; Martin Cheung; Han-Sung Jung
        Developmental Dynamics, 2019年12月, 査読有り
      • Update of the FANTOM web resource: expansion to provide additional transcriptome atlases.
        Marina Lizio; Imad Abugessaisa; Shuhei Noguchi; Atsushi Kondo; Akira Hasegawa; Chung Chau Hon; Michiel de Hoon; Jessica Severin; Shinya Oki; Yoshihide Hayashizaki; Piero Carninci; Takeya Kasukawa; Hideya Kawaji
        Nucleic Acids Research, 2019年01月08日, 査読有り
      • ChIP-Atlas: a data-mining suite powered by full integration of public ChIP-seq data.
        Oki, S; Ohta, T; Shioi, G; Hatanaka, H; Ogasawara, O; Okuda, Y; Kawaji, H; Nakaki, R; Sese, J; Meno, C
        EMBO Reports, 2018年11月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
      • Repression of Somatic Genes by Selective Recruitment of HDAC3 by BLIMP1 Is Essential for Mouse Primordial Germ Cell Fate Determination
        Mochizuki K; Hayashi Y; Sekinaka T; Otsuka K; Ito-Matsuoka Y; Kobayashi H; Oki S; Takehara A; Kono T; Osumi N; Matsui Y
        Cell Reports, 2018年09月, 査読有り
      • LSD1 mediates metabolic reprogramming by glucocorticoids during myogenic differentiation.
        Anan K; Hino S; Shimizu N; Sakamoto A; Nagaoka K; Takase R; Kohrogi K; Araki H; Hino Y; Usuki S; Oki S; Tanaka H; Nakamura K; Endo F; Nakao M
        Nucleic Acids Research, 2018年06月, 査読有り
      • Chd2 regulates chromatin for proper gene expression toward differentiation in mouse embryonic stem cells
        Yuichiro Semba; Akihito Harada; Kazumitsu Maehara; Shinya Oki; Chikara Meno; Jun Ueda; Kazuo Yamagata; Atsushi Suzuki; Mitsuho Onimaru; Jumpei Nogami; Seiji Okada; Koichi Akashi; Yasuyuki Ohkawa
        Nucleic Acids Research, 2017年09月, 査読有り
      • ChIP-seq analysis of genomic binding regions of five major transcription factors highlights a central role for ZIC2 in the mouse epiblast stem cell gene regulatory network
        Kazunari Matsuda; Tomoyuki Mikami; Shinya Oki; Hideaki Iida; Munazah Andrabi; Jeremy M. Boss; Katsushi Yamaguchi; Shuji Shigenobu; Hisato Kondoh
        Development, 2017年06月, 査読有り
      • Argininosuccinate Synthase 1-Deficiency Enhances the Cell Sensitivity to Arginine through Decreased DEPTOR Expression in Endometrial Cancer
        Kenji Ohshima; Satoshi Nojima; Shinichiro Tahara; Masako Kurashige; Yumiko Hori; Kohei Hagiwara; Daisuke Okuzaki; Shinya Oki; Naoki Wada; Jun-ichiro Ikeda; Yoshikatsu Kanai; Eiichi Morii
        Scientific Reports, 2017年03月, 査読有り
      • Chd5 Regulates MuERV-L/MERVL Expression in Mouse Embryonic Stem Cells Via H3K27me3 Modification and Histone H3.1/H3.2
        Masayasu Hayashi; Kazumitsu Maehara; Akihito Harada; Yuichiro Semba; Kensuke Kudo; Hidehisa Takahashi; Shinya Oki; Chikara Meno; Kenji Ichiyanagi; Koichi Akashi; Yasuyuki Ohkawa
        Journal of Cellular Biochemistry, 2016年03月, 査読有り
      • Hyperglycemia impairs left-right axis formation and thereby disturbs heart morphogenesis in mouse embryos
        Masahiro Hachisuga; Shinya Oki; Keiko Kitajima; Satomi Ikuta; Tomoyuki Sumi; Kiyoko Kato; Norio Wake; Chikara Meno
        Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2015年09月, 査読有り
      • SraTailor: Graphical user interface software for processing and visualizing ChIP-seq data
        Shinya Oki; Kazumitsu Maehara; Yasuyuki Ohkawa; Chikara Meno
        Genes to Cells, 2014年12月, 査読有り
      • Self-regulated left-right asymmetric expression of Pitx2c in the developing mouse limb
        Hidetaka Shiratori; Kenta Yashiro; Naomi Iwai; Shinya Oki; Katsura Minegishi; Yayoi Ikawa; Kohei Kanata; Hiroshi Hamada
        Developmental Biology, 2014年11月, 査読有り
      • Wnt signaling regulates left-right axis formation in the node of mouse embryos
        Keiko Kitajima; Shinya Oki; Yasuyuki Ohkawa; Tomoyuki Sumi; Chikara Meno
        Developmental Biology, 2013年08月, 査読有り
      • Epiblast ground state is controlled by canonical Wnt/β-catenin signaling in the postimplantation mouse embryo and epiblast stem cells.
        Sumi T; Oki S; Kitajima K; Meno C
        PLOS ONE, 2013年05月, 査読有り
      • Restriction of Wnt signaling in the dorsal otocyst determines semicircular canal formation in the mouse embryo
        Teppei Noda; Shinya Oki; Keiko Kitajima; Tetsuro Harada; Shizuo Komune; Chikara Meno
        Developmental Biology, 2012年02月, 査読有り
      • Fate maps of ventral and dorsal pancreatic progenitor cells in early somite stage mouse embryos
        Rika Miki; Tetsu Yoshida; Kazuya Murata; Shinya Oki; Kazuhiko Kume; Shoen Kume
        Mechanisms of Development, 2012年01月, 査読有り
      • [The role of sulfated glycosaminoglycans in early mouse development].
        Oki S; Men C
        福岡医学雑誌, 2010年08月, 査読有り
      • Dissecting the Role of Fgf Signaling During Gastrulation and Left-Right Axis Formation in Mouse Embryos Using Chemical Inhibitors
        Shinya Oki; Keiko Kitajima; Chikara Meno
        Developmental Dynamics, 2010年06月, 査読有り
      • Reversal of left-right asymmetry induced by aberrant Nodal signaling in the node of mouse embryos
        Shinya Oki; Keiko Kitajima; Sara Marques; Jose Antonio Belo; Takahiko Yokoyama; Hiroshi Hamada; Chikara Meno
        Development, 2009年12月, 査読有り
      • Sulfated glycosaminoglycans are necessary for Nodal signal transmission from the node to the left lateral plate in the mouse embryo
        Shinya Oki; Ryuju Hashimoto; Yuko Okui; Michael M. Shen; Eisuke Mekada; Hiroki Otani; Yukio Saijoh; Hiroshi Hamada
        Development, 2007年11月, 査読有り
      • Two nodal-responsive enhancers control left-right asymmetric expression of Nodal
        Y Saijoh; S Oki; C Tanaka; T Nakamura; H Adachi; YT Yan; MM Shen; H Hamada
        Developmental Dynamics, 2005年04月, 査読有り
      • Left-right patterning of the mouse lateral plate requires Nodal produced in the node
        Y Saijoh; S Oki; S Ohishi; H Hamada
        Developmental Biology, 2003年04月, 査読有り
      • An observation of the initial stage towards a symbiotic relationship
        M Todoriki; S Oki; S Matsuyama; EP Ko-Mitamura; Urabe, I; T Yomo
        Biosystems, 2002年03月, 査読有り
      • Unique Colony Housing the Coexisting Escherichia coli and Dictyostelium discoideum
        M. Todoriki; S. Oki; S.-I. Matsuyama; I. Urabe; T. Yomo
        Journal of Biological Physics, 2002年
      • ChIP-Atlas 2021 update: a data-mining suite for exploring epigenomic landscapes by fully integrating ChIP-seq, ATAC-seq and Bisulfite-seq data
        Zhaonan Zou; Tazro Ohta; Fumihito Miura; Shinya Oki
        Nucleic Acids Research, 2022年03月, 査読有り, 最終著者, 責任著者

      MISC

      • Photo-Isolation Chemistry:光照射による高解像度かつ高感度なトランスクリプトーム技術
        本田瑞季; 沖 真弥
        実験医学, 2021年09月, 招待有り
      • 概論―空間トランスクリプトーム技術の最前線
        沖 真弥; 大川恭行
        実験医学, 2021年09月, 招待有り
      • ChIP-Atlas
        Shinya Oki; Tazro Ohta
        Practical Guide to Life Science Databases, 2021年, 招待有り
      • 局所的かつ高深度の空間トランスクリプトーム技術ーPhoto-Isolation Chemistry
        沖 真弥; 本田瑞季
        実験医学別冊「クロマチン解析実践プロトコール」, 2020年12月, 招待有り
      • ChIP-Atlas:公共 ChIP-seq データを統合的に活用するためのウェブサービス
        沖 真弥; 大田達郎
        THE LUNG perspectives, 2019年, 招待有り
      • ChIP-Atlas:既報のChIP-seqデータをフル活用するためのウェブサービス
        沖真弥; 大田達郎
        実験医学, 2019年, 招待有り
      • SraTailor: 誰でも使えるChIP-seqデータの可視化ツール
        沖真弥
        実験医学, 2014年11月, 招待有り
      • マウス初期発生における硫酸化グリコサミノグリカンの役割
        沖 真弥; 目野主税
        福岡医学雑誌, 2010年08月, 招待有り
      • 左右決定におけるNodalシグナル
        沖 真弥; 目野主税; 濱田博司沖真弥
        細胞工学, 2008年06月, 招待有り

      講演・口頭発表等

      • 時空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る
        沖 真弥
        東京大学 理学系研究科 生物情報科学科・黒田研セミナー, 2022年02月10日, 招待有り
      • Photo-Isolation-Chemistry (PIC):局所的な高深度トランスクリプトーム解析
        沖 真弥
        基礎生物学研究所・新規モデル生物開発センター・テクニカルワークショップ, 2022年02月01日, 招待有り
      • 光単離化学(PIC)による高解像度かつ高深度の空間オミクス解析
        沖 真弥
        JST-CRDS 俯瞰ワークショップ, 2022年01月20日, 招待有り
      • ChIP-Atlas update: Bisulfite-seqとATAC-seqデータを統合
        沖 真弥
        第44回日本分子生物学会年会, 2021年12月02日, 招待有り
      • Data-driven and technical approaches to understand spatial gene regulation
        沖 真弥
        奈良先端大学院大学講義「バイオサイエンスにおけるビッグデータ」, 2021年11月30日, 招待有り
      • 時空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る
        沖 真弥
        JST・理研共催 バイオDXシンポジウム, 2021年11月22日, 招待有り
      • Data-driven and technical approaches to understand spatial gene regulation
        沖 真弥
        熊本大学リエゾンラボ研究会・HIGO最先端研究セミナー, 2021年10月13日, 招待有り
      • Data-driven and technical approaches to understand spatial gene regulation
        沖 真弥
        京都大学医学研究科・神経科学教育コース, 2021年09月27日, 招待有り
      • 時空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る
        沖 真弥
        日本生物工学会東日本支部 生物工学フォーラム, 2021年08月27日, 招待有り
      • 空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る
        沖 真弥
        第85回日本循環器学会学術集会, 2021年03月27日, 招待有り
      • Data-driven and technical approaches to understand spatial gene regulation
        Shinya Oki
        第43回日本分子生物学会年会, 2020年12月03日, 招待有り
      • ChIP-Atlas: 公共 ChIP-seq データを利活用できる
        沖 真弥
        第43回日本分子生物学会年会, 2020年12月02日, 招待有り
      • ChIP-seqビッグデータを統合解析し、薬剤の作用機序解明に迫る
        沖 真弥
        京都大学「医学領域」産学連携推進機構/一般社団法人芝蘭会 産学情報交流会, 2020年09月10日, 招待有り
      • ChIP-Atlas の使い方と使われ方
        沖 真弥
        第9回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2020), 2020年09月03日, 招待有り
      • 空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る
        沖 真弥
        第9回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2020), 2020年09月02日, 招待有り
      • 遺伝子発現の時空間的な制御のしくみ
        沖 真弥
        KBC第4回勉強会, 2020年02月19日, 招待有り
      • Data-driven and technical approaches to understand spatial gene regulation
        沖 真弥
        WPI-IIIS Seminar, 2020年01月20日, 招待有り
      • Data-driven and technical approaches to understand spatial gene regulation
        沖 真弥
        RIKEN BDR seminar in Kobe, 2020年01月16日, 招待有り
      • 公共ChIP-seqデータをフル活用し、遺伝性疾患の解明や創薬に挑む
        沖 真弥
        次世代脳プロジェクト冬のシンポジウム2019, 2019年12月19日
      • ChIP-Atlas: 公共 ChIP-seq データを利活用できる
        沖 真弥
        第42回日本分子生物学会年会, 2019年12月03日, 招待有り
      • 位置情報と遺伝子発現とその仕組み
        沖 真弥
        新学術領域「個性創発脳」若手の会・技術支援講習会, 2019年11月14日, 招待有り
      • ChIP-Altasにおけるサンプルメタデータのキュレーションと、その爆速化
        沖 真弥
        Annotathon 2019, 2019年11月12日, 招待有り
      • ChIP-Atlas: a data-mining suite powered by full integration of public ChIP-seq data
        沖 真弥
        Lecture in College of Dentistry, Yonsei University, 2019年10月24日, 招待有り
      • 特定領域の発現情報を光照射で取り出す技術
        沖 真弥
        JST新技術説明会, 2019年10月17日, 招待有り
      • ChIP-Atlasをつないで使う
        沖 真弥
        トーゴーの日シンポジウム2019, 2019年10月05日, 招待有り
      • High resolution spatial transcriptomics method by photo-isolation chemistry
        Shinya Oki; Mizuki Honda; Akihito Harada; Kazumitsu Maehara; Kaori Tanaka; Yasuyuki Ohkawa
        EMBO/EMBL Symposium: Multiomics to Mechanisms - Challenges in Data Integration, 2019年09月11日
      • ChIP-Atlas: 既報ChIP-seqデータの統合データベース
        沖 真弥
        統合データベース講習会:AJACS番町3, 2019年08月07日, 招待有り
      • ChIP-Atlas: 既報ChIP-seqデータの統合データベース
        沖 真弥
        日本プロテオーム学会2019年大会, 2019年07月26日, 招待有り
      • 公共ChIP-seqデータの統合解析
        沖 真弥
        京都大学 セミナー, 2019年06月25日, 招待有り
      • 公共ChIP-seqデータの利活用術
        沖 真弥
        国立精神・神経医療研究センター セミナー, 2019年06月25日, 招待有り
      • ChIP-Atlas の使い方とその応用
        沖 真弥
        資生堂 セミナー, 2019年05月22日, 招待有り
      • 薬効の作用点となる転写因子の特定と創薬への応用
        沖 真弥
        日本たばこ医薬総合研究所 セミナー, 2019年05月16日, 招待有り
      • ChIP-Atlas の使い方とその応用
        沖 真弥
        協和発酵キリン セミナー, 2019年03月26日
      • 公共ChIP-seqデータをフル活用し、遺伝性疾患の解明や創薬に挑む
        沖 真弥
        質量分析インフォマティクス研究会, 2019年03月19日, 招待有り
      • ChIP-Atlas: a data-mining suite powered by full integration of public ChIP-seq data
        Shinya Oki
        Lecture in College of Dentistry, Yonsei University, 2019年03月13日, 招待有り
      • 公共ChIP-seqデータの利活用術
        沖 真弥
        新潟大学 セミナー, 2019年03月04日, 招待有り
      • 公共ChIP-seqデータの利活用術
        沖 真弥
        産総研 セミナー, 2019年02月20日, 招待有り
      • 公共ChIP-seqデータの利活用術
        沖 真弥
        全薬工業 セミナー, 2019年01月23日, 招待有り
      • 公共ChIP-seqデータの利活用術
        沖 真弥
        創価大学 セミナー, 2019年01月18日, 招待有り
      • 公共ChIP-seqデータの利活用術
        沖 真弥
        東京理科大学 セミナー, 2019年01月17日, 招待有り
      • 公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む
        沖 真弥
        北里大学 セミナー, 2019年01月11日, 招待有り
      • 公共ChIP-seqデータをフル活用し、遺伝性疾患の解明に挑む
        沖 真弥
        JSBi 九州部会, 2018年12月17日, 招待有り
      • 医工学研究ビッグデータのデーターベース構築と活用
        沖 真弥
        東京大学 工学系研究科 医工学概論, 2018年12月14日, 招待有り
      • ChIP-Atlas: 既報のChIP-seqデータをフル活用できる
        沖 真弥
        統合データベース講習会:AJACS町田, 2018年12月14日, 招待有り
      • 公共ChIP-seqデータと疾患関連SNPの統合解析
        沖 真弥
        第41回日本分子生物学会年会, 2018年11月28日, 招待有り
      • 公共ChIP-seqデータをフル活用し、遺伝性疾患の解明に挑む
        沖 真弥
        第16回JCGGシンポジウム, 2018年11月27日, 招待有り
      • ChIP-Atlas: a data-mining suite powered by full integration of public ChIP-seq data
        Shinya Oki
        Research collaborating meeting on "Molecular mechanism of tooth development and regeneration", 2018年11月17日, 招待有り
      • ChIP-seqとプロテオーム:公共データをつないで使う
        沖真弥; 石濱泰
        トーゴーの日シンポジウム2018, 2018年10月05日, 招待有り
      • 公共 ChIP-seq データをフル活用し、遺伝性疾患の解明に挑む
        沖真弥
        九州工業大学 セミナー, 2018年09月07日, 招待有り
      • Integrative analysis of transcription factor occupancy at enhancers and disease risk loci in noncoding genomic regions
        沖真弥
        Towards Understanding “INDIVIDUALITY”, 2018年07月24日
      • 公共ChIP-seqデータをフル活用し、遺伝性疾患の解明に挑む
        沖真弥
        岩手医科大学 歯学研究科 基礎・臨床教育特論 共通セミナー, 2018年07月20日, 招待有り
      • 公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む
        沖 真弥
        医薬基盤・健康・栄養研究所 セミナー, 2018年04月17日, 招待有り
      • Integrative analysis of transcription factor occupancy at enhancers and disease risk loci in noncoding genomic regions
        Shinya Oki
        Keystone Symposium; Gene Control in Development and Disease, 2018年03月24日
      • 公共ChIP-seqデータをフル活用し、遺伝性疾患の解明に挑む
        沖 真弥; 大田 達郎; 塩井 剛; 畠中 秀樹; 小笠原 理; 奥田 喜広; 川路 英哉; 仲木 竜; 瀬々 潤; 目野 主税
        第17回日本再生医療学会総会, 2018年03月21日, 招待有り
      • 公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む
        沖 真弥
        旭川医科大学 セミナー, 2018年03月12日, 招待有り
      • 公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む
        沖 真弥
        慶應義塾大学 セミナー, 2018年01月30日, 招待有り
      • 公共ChIP-seqデータのフル活用術〜組織特異的エンハンサーと遺伝性疾患の解析〜
        沖 真弥
        東京農業大学 セミナー, 2018年01月23日, 招待有り
      • 公共ChIP-seqデータのフル活用術〜組織特異的エンハンサーと遺伝性疾患の解析〜
        沖 真弥
        岩手医科大学 セミナー, 2018年01月18日, 招待有り
      • 公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む
        沖 真弥
        第4回 包括的神経グリア研究会, 2018年01月07日
      • ChIP-Atlas: Make full use of public ChIP-seq data.
        沖 真弥
        CREST ミーティング「離散構造統計学の創出と癌科学への展開」, 2017年12月22日
      • 生命科学のデータベース活用法フォーラム ChIP-Atlas
        沖真弥
        ConBio 2017, 2017年12月09日
      • 公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む
        沖 真弥; 大田 達郎; 塩井 剛; 畠中 秀樹; 小笠原 理; 奥田 喜広; 川路 英哉; 仲木 竜; 瀬々 潤; 目野 主税
        ConBio 2017, 2017年12月07日
      • 公共ChIP-seqデータのフル活用術
        沖真弥
        新学術領域「個性創発脳」若手の会・技術支援講習会, 2017年11月21日, 招待有り
      • 公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む
        沖真弥
        名古屋大学 医学系研究科 セミナー, 2017年11月13日
      • エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充
        沖真弥
        トーゴーの日シンポジウム2017, 2017年10月05日
      • 公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む
        沖真弥
        大阪大学生命機能研究科 セミナー, 2017年09月07日, 招待有り
      • 公共ChIP-seqデータのフル活用術 (組織特異的エンハンサーと遺伝性疾患の解析)
        沖真弥
        徳島大学藤井節郎記念医科学センター セミナー, 2017年08月28日, 招待有り
      • 公共 ChIP-seq データのフル活用術
        沖真弥
        第2回次世代生命科学の研究会, 2017年07月14日
      • 公共ChIP-seqデータのフル活用術
        沖真弥
        新学術領域「個性創発脳」第2回領域会議, 2017年07月07日
      • 公共 ChIP-seq データのフル活用術
        沖真弥
        東京大学 医学系研究科 セミナー, 2017年07月06日, 招待有り
      • 公共 ChIP-seq データで遺伝性疾患の解明に挑む
        沖真弥
        NGS現場の会第五回研究会, 2017年05月22日
      • Integrative analysis of transcription factor occupancy at enhancers and disease risk loci in noncoding genomic regions
        沖真弥
        50th Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biologists, 2017年05月11日
      • 公共ChIP-seq データの網羅的かつ統合的な解析
        沖真弥
        東京医科歯科大学 セミナー, 2017年03月17日, 招待有り
      • 公共ChIP-seqデータをフル活用し、遺伝性疾患の解明に挑む
        沖真弥
        先端医療センター研究所 セミナー, 2017年03月13日, 招待有り
      • 既報の ChIP-seq データの利活用術
        沖真弥
        第4回 発生における代謝を考える会, 2017年02月21日
      • The transcription factor landscape decodes the enhancers and risk variants in non-coding regions
        Shinya Oki; Tazro Ohta; Go Shioi; Hideki Hatanaka; Osamu Ogasawara; Yoshihiro Okuda; Hideya Kawaji; Ryo Nakaki; Jun Sese; Chikara Meno
        Keystone Symposium; Epigenetics and Human Disease: Progress from Mechanisms to Therapeutics, 2017年01月30日
      • ChIP-seq 統合データベースの紹介と non-coding GWAS SNP の解析
        沖真弥
        国立がんセンター セミナー, 2017年01月25日, 招待有り
      • 既報のChIP-seqデータの活用術
        沖真弥
        第1回 「個性」創発脳 領域会議, 2016年12月17日, 招待有り
      • 網羅的かつ統合的な ChIP-seq データの解析
        沖真弥
        第39回日本分子生物学会年会, 2016年12月01日
      • DDBJデータ解析事例「ChIP-Atlasデータベース」の紹介
        沖真弥
        DDBJデータ解析チャレンジ キックオフ講習会, 2016年07月06日, 招待有り
      • 既報のChIP-seqデータをフル活用する 網羅的かつ統合的なデータベースの作成とその解析例
        沖 真弥
        CiRA セミナー, 2016年04月20日, 招待有り
      • Comprehensive and integrative database and analysis of published ChIP-seq data
        沖 真弥
        横浜理研セミナー, 2016年04月11日, 招待有り
      • ChIP-Atlas: Comprehensive and integrative database for visualizing and mining all published ChIP-seq data.
        Shinya Oki; Tazro Ohta; Go Shioi; Ryo Nakaki; Osamu Ogasawara; Yoshihiro Okuda; Hideki Hatanaka; Chikara Meno
        SYSTEMS BIOLOGY: GLOBAL REGULATION OF GENE EXPRESSION, 2016年03月17日
      • 既報の ChIP-seq データの統合解析
        沖 真弥
        個体パターニング研究会, 2016年03月11日
      • ChIP−seq SRAの統合的可視化とバイオデータベースとの連携
        沖 真弥
        統合化推進プログラム 統合データ解析トライアル 平成27年度研究成果報告会, 2016年03月10日, 招待有り
      • 既報のChIP-seqデータをフル活用するための統合データベース
        沖 真弥; 大田 達郎; 塩井 剛; 仲木 竜; 目野 主税
        第38回日本分子生物学会年会, 2015年12月01日
      • ChIP-seq データベースのためのメタ情報アノテーション
        沖 真弥
        Annotathon 2015, 2015年11月12日, 招待有り
      • 既報のChIP-seqデータをフル活用するための統合データベース
        沖 真弥; 大田 達郎; 塩井 剛; 仲木 竜; 目野 主税
        トーゴーの日シンポジウム2015, 2015年10月05日
      • 既報のChIP-seqデータをフル活用するための統合データベース
        沖 真弥; 大田達郎; 塩井 剛; 仲木 竜; 目野 主税
        生命情報科学若手の会 第7回研究会, 2015年10月01日
      • ChIP-seq SRA を利活用するための統合データベース
        沖 真弥; 大田 達郎; 塩井 剛; 目野 主税
        NGS現場の会第四回研究会, 2015年07月01日
      • Comprehensive database for visualizing all published ChIP-seq data
        沖 真弥; 大田 達郎; 塩井 剛; 仲木 竜; 目野 主税
        48th Annual Meeting of JSDB, 2015年06月02日
      • 誰でも使えるChIP-seqデータの可視化ツール
        沖 真弥
        定量性物の会 第7回年会, 2015年01月11日
      • 既報のChIP-seq データを超簡単に可視化する方法
        沖 真弥
        遺伝研セミナー, 2014年12月22日, 招待有り
      • SraTailor: 誰でも使えるChIP-seqデータの可視化ツール
        沖 真弥
        第37回日本分子生物学会年会, 2014年11月25日
      • How to visualize published ChIP-seq raw data.
        沖 真弥
        CDB seminar, 2014年07月23日, 招待有り
      • SraTailor: GUI software for visualizing high-throughput sequence read archives
        沖 真弥
        47th Annual Meeting for the Japanese Society of Developmental Biologists, 2014年05月27日
      • Development of a GUI software to visualize high through-put sequence read archives
        沖 真弥
        第36回日本分子生物学会年会, 2013年12月03日
      • 既報の次世代シーケンサ解析データを可視化するための簡易ソフトウェア
        沖 真弥
        定量生物学の会 第六回年会, 2013年11月22日
      • Development of a Mac GUI Application to Visualize Published Raw ChIP-seq data
        沖 真弥; 目野 主税
        The 61st NIBB Conference Cellular Community in Mammalian Embryogenesis, 2013年07月10日
      • マウス初期発生におけるFgfシグナルの役割 −化学的阻害剤を用いた高時間分解能解析−
        Shinya Oki; Keiko Kitajima; Chikara Meno
        43rd Annual Meeting for the Japanese Society of Developmental Biologists, 2010年06月21日
      • Sulfated glycosaminoglycans are required for gastrulation, cell fate decision, and left-right axis formation in mouse embryo
        Shinya Oki; Keiko Kitajima; Hiroshi Hamada; Chikara Meno
        5th Global COE International Symposium, 2010年02月24日
      • inv変異マウス胚の左右軸逆転はノードのNodalシグナルの異常が原因である
        沖 真弥; 北島桂子; Sara Marques; Jos?; An; nio Belo; 横山尚彦; 濱田博司; 目野主税
        日本分子生物学会, 2009年12月01日
      • マウス胚左右軸形成において,ノードから左側板中胚葉へのNodal シグナル伝達には硫酸化グリコサミノグリカンが必要である
        沖 真弥; 橋本 龍樹; 奥井 友子; Michael M Shen; 目加田 英輔; 大谷 浩; 西條 幸男; 濱田 博司
        第40回発生生物学会, 2007年05月01日
      • ノードのNodalは側板中胚葉の左右軸決定に必要である
        沖真弥; 西條幸男; 大石祥子; 濱田博司
        日本発生生物学会, 2003年06月01日
      • Photo-isolation chemistryによる局所的高深度トランスクリプトーム解析
        沖 真弥
        第127回日本解剖学会, 2022年03月27日, 招待有り

      産業財産権

      • 特願2021-025468, 核酸断片及びその使用
        大川恭行; 沖 真弥; 原田哲仁
      • 特願2019-094216, オリゴヌクレオチド、オミクス解析方法及びオミクス解析用キット
        沖真弥; 大川恭行

      Works(作品等)

      • ChIP-Atlas
        沖真弥
        自 2015年12月
      • SraTailor
        沖真弥
        自 2014年05月

      受賞

      • 2015年03月
        DBCLS, DBCLS Open Science Award

      外部資金:科学研究費補助金

      • 植物細胞壁S2層形成の制御メカニズム
        基盤研究(B)
        小区分40020:木質科学関連
        宮崎大学
        津山 濯
        自 2020年04月01日, 至 2023年03月31日, 交付
        細胞壁;ヘミセルロース;転写因子;二次壁;S2層;植物細胞壁;壁層形成
      • 顎顔面形成不全を伴う未診断稀少疾患の遺伝的原因の究明
        基盤研究(B)
        小区分57070:成長および発育系歯学関連
        大阪大学
        黒坂 寛
        自 2019年04月01日, 至 2022年03月31日, 交付
        顎顔面形成不全;口唇口蓋裂;ゲノム;希少疾患;遺伝子変異;疾患モデル
      • 遺伝子発現の空間的制御を測定する
        基盤研究(B)
        小区分48040:医化学関連
        京都大学;九州大学
        沖 真弥
        自 2019年04月01日, 至 2022年03月31日, 交付
        エピゲノム;ATAC-seq;遺伝子発現;制御機構
      • Non-coding領域に存在する疾患原因SNPの同定と機能解析
        基盤研究(B)
        京都大学;九州大学
        沖 真弥
        自 2018年07月18日, 至 2021年03月31日, 完了
        GWAS;SNP;ChIP-seq;転写因子
      • 「個性」創発に至る次世代継承エピゲノム修飾とその脳内表現
        新学術領域研究(研究領域提案型)
        複合領域
        東北大学
        大隅 典子
        自 2016年06月30日, 至 2021年03月31日, 完了
        父加齢;精子形成;エピジェネティクス;DNAメチル化;ヒストン修飾;REST;神経発生;母仔分離超音波発声;脳科学;基盤;基板・社会脳科学;脳計測科学;脳科学 基盤;社会脳科学 脳計測科学;基盤・社会脳科学
      • 核内のゲノムDNAとタンパクの相互作用をin situで可視化する技術の開発
        挑戦的萌芽研究
        九州大学
        目野 主税
        自 2015年04月01日, 至 2017年03月31日, 完了
        転写因子;ゲノムDNA;PLA法;ゲノム;発現制御;タンパク質-DNA相互作用
      • マウス胚ノードにおける初期左右軸形成の分子機構の解析
        基盤研究(B)
        九州大学
        目野 主税
        自 2014年04月01日, 至 2017年03月31日, 完了
        左右軸;データベース;ChIP-seq;遺伝子発現;データーベース;胚発生;左右軸形成;発生・分化;ChIPシークエンス;次世代シークエンス;ソフトウェア
      • Nodalシグナルによるepiblastの未分化維持機構の解明
        若手研究(B)
        九州大学
        沖 真弥
        自 2013年04月01日, 至 2015年03月31日, 完了
        Nodal;エピブラスト;中胚葉誘導;原条形成;多分化能;ChIP-seq
      • 着床直後のマウス胚におけるNodal/FGFシグナル標的遺伝子の探索
        若手研究(B)
        九州大学
        沖 真弥
        自 2011年04月28日, 至 2013年03月31日, 完了
        マウスエピブラスト;Nodal;多能性;エピブラスト;多分化能;マウス初期発生
      • 体軸情報を備えた胚様体の作製
        挑戦的萌芽研究
        九州大学
        沖 真弥
        完了
        再生医学;細胞・組織;シグナル伝達;発生・分化;動物
      • 初期胚細胞コミュニティーにおける細胞外シグナルの解析
        新学術領域研究(研究領域提案型)
        生物系
        九州大学
        目野 主税
        自 2009年04月01日, 至 2014年03月31日, 完了
        細胞外シグナル;左右軸形成;原腸胚形成;多能性幹細胞;エンドサイトーシス;小胞輸送;Wntシグナル;オルガネラ酸性化;細胞シグナル;リソソーム;ダウンレギュレーション
      • ゲノム多型に起因する疾患の発症プロセスの解明
        基盤研究(B)
        小区分48040:医化学関連
        京都大学
        沖 真弥
        自 2022年04月01日, 至 2025年03月31日, 採択
      list
        Last Updated :2022/07/01

        教育

        担当科目

        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          ゲノムインフォマティクス
          E035, 後期, 医学研究科, 2
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          ゲノムインフォマティクス
          後期, 医学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          ゲノムインフォマティクス
          後期, 医学研究科
        list
          Last Updated :2022/07/01

          学術・社会貢献

          委員歴

          • 自 2018年04月, 至 現在
            評議委員, 日本メディカルAI学会
          • 自 2020年04月, 至 2021年03月
            専門調査員, 文部科学省 科学技術・学術政策研究所(NISTEP)
          • 自 2020年04月, 至 2020年09月
            プログラム委員, 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020)
          • 自 2022年04月, 至 2024年03月
            理事, 日本バイオインフォマティクス学会

          社会貢献活動

          • Kawasaki-NEDO Innovation Center (K-NIC) 支援人材・サポーター
            助言・指導, 情報提供
            自 2019年, 至 現在
          • NEDO(国立研究開発法人 新エネルギー・産業技術総合開発機構)技術カタライザー
            助言・指導, 情報提供, 運営参加・支援
            自 2017年, 至 2018年

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