Basic Information

Faculty

• 薬学部

Professional Memberships

• THE JAPAN SOCIETY FOR ANALYTICAL CHEMISTRY
• American Society for Biochemistry and Molecular Biology
• Human Proteome Organization
• American Society for Mass Spectrometry
• THE MOLECULAR BIOLOGY SOCIETY OF JAPAN
• THE JAPANESE BIOCHEMICAL SOCIETY
• THE PHARMACEUTICAL SOCIETY OF JAPAN
• Society for Chromatographic Sciences
• THE MASS SPECTROMETRY SOCIETY OF JAPAN
• Japanese Proteomics Society

Academic Degree

• 修士（工学）(京都大学)
• 博士（薬学）(京都大学)

Research History

• From Oct. 2010, To Present

  Kyoto University, Graduate School of Pharmaceutical Sciences
• From Apr. 2006, To Sep. 2010

  慶應義塾大学大学院政策・メディア研究科特別研究助教授
• From Oct. 2006, To Mar. 2010

  (独)科学技術振興機構さきがけ研究員(兼任）
• From Apr. 2004, To Mar. 2006

  慶應義塾大学大学院政策・メディア研究科特別研究助教授(非常勤・兼任）
• From Jul. 2001, To Jul. 2003

  南デンマーク大学生化学分子生物学科 客員研究員

Language of Instruction

• English

ID,URL

• ORCID ID

  0000-0001-7714-203X

• J-Global ID

  200901055328608810

• Researcher ID

  B-3101-2016

researchmap URL

• https://researchmap.jp/yasishihama

Research

Research Topics, Overview of the research

• Research Topics

  1. Development of novel analytical technologies for proteomics
  2. Human proteome analysis based on single-shot LC-MS systems
  3. Elucidation of intracellular phosphorylation network analysis
  4. Quantitative clinical proteome analysis of tissue samples
  5. Studies on the molecular targeting drug discovery based on phosphoproteomics

• Overview of the research

  We have advocated elucidating the cellular functions through the measurement of biomolecules based on analytical chemistry. In particular, we have focused on proteome science consisting of mass spectrometry, nano-separation science, computational science and cell biology to develop the methodologies for the functional analysis of cells. More specifically, we are conducting research on the following five topics;
  1) Development of novel analytical technologies for proteomics
  2) Human proteome analysis based on single-shot LC-MS systems
  3) Elucidation of intracellular phosphorylation network analysis
  4) Quantitative clinical proteome analysis of tissue samples
  5) Studies on the molecular targeting drug discovery based on phosphoproteomics
  Unlike genomic and transcriptomic researches, proteomics is still immature in terms of the measurement technologies and the complete analysis of proteome has not been established yet. The final goals of proteomics are to uncover the cellular protein events such as (1) protein expression/degradation, (2) protein localization, (3) protein interaction, (4) protein post-translational modifications (PTM) and (5) protein processing/splicing in proteome-wide.
  We are aiming to develop novel approaches to tackle the technical barriers and to explore proteomic researches for clarifying the biological problems.
  In order to analyze the entire proteome expressed in cells, we are focusing on developing efficient separation systems based on nanoLC-MS using meter-long monolithic silica capillary columns with the world's highest performance beyond theoretical plate number 1,000,000. So far, our systems allowed to expand the measurable dynamic range of highly complex proteomics samples, achieving the analysis of Escherichia coli expressed proteome on a microarray scale (see Figure 1). This system is currently applied to more complex proteome such as human. We are also developing new technologies for quantitative proteomics as well as high sensitivity proteomics.
  In cellular signal transduction network, reversible phosphorylation is one of the key events to transduce the signal into nucleus to control the gene expression. Approximately 30% of human proteins were estimated to be phosphorylated. We have developed a highly selective enrichment method for phosphopeptides and applied to proteome-wide acquisition of cellular phosphorylation status. Consequently, we found that at least 70% of human proteins are phosphorylated, which are 2-fold more than that registered in the public protein database such as UniProt. The next step is to intertwine the kinases with their substrates for revealing the whole picture of signaling network by using experimental and computational approaches.
  Our phosphoproteomics system has been also employed to carry out in vivo phosphoproteome profiling of the molecular-targeting drugs, which would facilitate drug discovery for cancer therapy. Furthermore, we are exploring the functional analysis of newly discovered phosphorylation molecules. In addition to phosphorylation, we recently started other PTMome analysis to evaluate the cellular and molecular functions.

Research Interests

• Proteomics
• Post-Translational Modification
• Mass Spectrometry
• Separation Science
• HPLC

Research Areas

• Life sciences, Pharmaceuticals - analytical and physicochemistry

Papers

• Receptor-independent regulation of Gα13 by alpha-1-antitrypsin C-terminal peptides

  Yonghak Park; Shigeyuki Matsumoto; Kosuke Ogata; Biao Ma; Ryo Kanada; Yuta Isaka; Norihito Arichi; Xiaowen Liang; Ritsuko Maki; Tohru Kozasa; Yasushi Okuno; Hiroaki Ohno; Yasushi Ishihama; Fumiko Toyoshima

  Journal of Biological Chemistry, Dec. 2024

  
• Highly sequence-specific, timing-controllable m6A demethylation by modulating RNA-binding affinity of m6A erasers.

  Kenko Otonari; Yuri Asami; Kosuke Ogata; Yasushi Ishihama; Shiroh Futaki; Miki Imanishi

  Chemical communications (Cambridge, England), 05 Nov. 2024

  
• AP-1B regulates interactions of epithelial cells and intraepithelial lymphocytes in the intestine.

  Ryohtaroh Matsumoto; Kosuke Ogata; Daisuke Takahashi; Yusuke Kinashi; Takahiro Yamada; Ryo Morita; Keisuke Tanaka; Kouya Hattori; Mayumi Endo; Yumiko Fujimura; Nobuo Sasaki; Hiroshi Ohno; Yasushi Ishihama; Shunsuke Kimura; Koji Hase

  Cellular and molecular life sciences : CMLS, 05 Oct. 2024

  
• Revisiting Protein Reversed-Phase Chromatography for Bottom-Up Proteomics.

  Shunsuke Takagi; Nobuyuki Suzuki; Yasushi Ishihama

  Journal of proteome research, 04 Oct. 2024

  
• jPOST environment accelerates the reuse and reanalysis of public proteome mass spectrometry data

  Shujiro Okuda; Akiyasu C Yoshizawa; Daiki Kobayashi; Yushi Takahashi; Yu Watanabe; Yuki Moriya; Atsushi Hatano; Tomoyo Takami; Masaki Matsumoto; Norie Araki; Tsuyoshi Tabata; Mio Iwasaki; Naoyuki Sugiyama; Yoshio Kodera; Satoshi Tanaka; Susumu Goto; Shin Kawano; Yasushi Ishihama

  Nucleic Acids Research, 11 Nov. 2024

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• UniScore, a unified and universal measure for peptide identification by multiple search engines

  Tsuyoshi Tabata; Akiyasu C Yoshizawa; Kosuke Ogata; Chih-Hsiang Chang; Norie Araki; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  13 Oct. 2024

  
• A Direct Approach for Living Biomembrane Printing on a Nanoparticle.

  Ryosuke Mizuta; Eisuke Kanao; Keigo Ukyo; Shusuke Kuwada; Shin-Ichi Sawada; Yasushi Ishihama; Kazunari Akiyoshi; Yoshihiro Sasaki

  Nano letters, 08 Oct. 2024

  
• Quantitation of Host Cell Proteins by Capillary LC/IMS/MS/MS in Combination with Rapid Digestion on Immobilized Trypsin Column Under Native Conditions

  Ryota Tomioka; Kosuke Ogata; Yasushi Ishihama

  Mass Spectrometry, 2024

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• High-Recovery Desalting Tip Columns for a Wide Variety of Peptides in Mass Spectrometry-based Proteomics

  Eisuke Kanao; Shunsuke Tanaka; Ayana Tomioka; Tetsuya Tanigawa; Takuya Kubo; Yasushi Ishihama

  Analytical chemistry, 16 Dec. 2024

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• One-step N-terminomics based on isolation of protein N-terminal peptides from LysargiNase digests by tip-based strong cation exchange chromatography.

  Kazuya Morikawa; Hiroshi Nishida; Koshi Imami; Yasushi Ishihama

  Molecular & cellular proteomics : MCP, 26 Jul. 2024

  
• Thermostability-assisted limited proteolysis-coupled mass spectrometry for capturing drug target proteins and sites.

  Liu Yang; Chen-Wan Guo; Qi-Ming Luo; Zi-Fan Guo; Ling Chen; Yasushi Ishihama; Ping Li; Hua Yang; Wen Gao

  Analytica chimica acta, 11 Jul. 2024

  
• In vitro reconstitution of epigenetic reprogramming in the human germ line.

  Yusuke Murase; Ryuta Yokogawa; Yukihiro Yabuta; Masahiro Nagano; Yoshitaka Katou; Manami Mizuyama; Ayaka Kitamura; Pimpitcha Puangsricharoen; Chika Yamashiro; Bo Hu; Ken Mizuta; Taro Tsujimura; Takuya Yamamoto; Kosuke Ogata; Yasushi Ishihama; Mitinori Saitou

  Nature, 20 May 2024

  
• Long-read sequencing for 29 immune cell subsets reveals disease-linked isoforms

  Jun Inamo; Akari Suzuki; Mahoko Takahashi Ueda; Kensuke Yamaguchi; Hiroshi Nishida; Katsuya Suzuki; Yuko Kaneko; Tsutomu Takeuchi; Hiroaki Hatano; Kazuyoshi Ishigaki; Yasushi Ishihama; Kazuhiko Yamamoto; Yuta Kochi

  Nature Communications, 28 May 2024

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• さきがけ「生体における微粒子の機能と制御」第5回成果報告会～体内外微粒子の挙動から見えてくる世界～ 細胞外小胞のプロテオーム動態

  今見 考志; 李 優嘉; 吉野 千明; 有田 誠; 石濱 泰

  日本生化学会大会プログラム・講演要旨集, Nov. 2022

  
• インタラクトーム及びリン酸化プロテオーム解析によるBRAFキナーゼの基質探索

  花田 毅己; 金尾 英佑; 村岡 賢; 李 優嘉; 新苗 智也; 今見 考志; 杉山 直幸; 足立 淳; 石濱 泰

  日本生化学会大会プログラム・講演要旨集, Nov. 2022

  
• Development of highly selective phosphopeptide enrichment methods using aliphatic hydroxy acid-modified metal oxide chromatography (HAMMOC)

  Kyono Yutaka; Sugiyama Naoyuki; Imami Koshi; Tomita Masaru; Ishihama Yasushi

  Japan Society for Clinical Proteomics (JSCP), 2008

  
• BCAA-nitrogen flux in brown fat controls metabolic health independent of thermogenesis.

  Anthony R P Verkerke; Dandan Wang; Naofumi Yoshida; Zachary H Taxin; Xu Shi; Shuning Zheng; Yuka Li; Christopher Auger; Satoshi Oikawa; Jin-Seon Yook; Melia Granath-Panelo; Wentao He; Guo-Fang Zhang; Mami Matsushita; Masayuki Saito; Robert E Gerszten; Evanna L Mills; Alexander S Banks; Yasushi Ishihama; Phillip J White; Robert W McGarrah; Takeshi Yoneshiro; Shingo Kajimura

  Cell, 17 Apr. 2024

  
• Pathogenic mutations of human phosphorylation sites affect protein-protein interactions.

  Trendelina Rrustemi; Katrina Meyer; Yvette Roske; Bora Uyar; Altuna Akalin; Koshi Imami; Yasushi Ishihama; Oliver Daumke; Matthias Selbach

  Nature communications, 11 Apr. 2024

  
• One thousand samples per day capillary-flow LC/MS/MS for high-speed, high-sensitivity and in-depth proteomics

  Ayana Tomioka; Ryota Tomioka; Issei Mori; Yosuke Isobe; Makoto Arita; Koshi Imami; Eisuke Kanao; Kosuke Ogata; Yasushi Ishihama

  07 Jun. 2023

  
• Retention time prediction for post-translationally modified peptides: Ser, Thr, Tyr-phosphorylation.

  Taylor Battellino; Darien Yeung; Haley Neustaeter; Vic Spicer; Kosuke Ogata; Yasushi Ishihama; Oleg V Krokhin

  Journal of chromatography. A, 15 Mar. 2024

  
• Extending the Coverage of Lys-C/Trypsin-Based Bottom-up Proteomics by Cysteine S-Aminoethylation.

  Ryota Tomioka; Ayana Tomioka; Kosuke Ogata; Hsin-Ju Chan; Li-Yu Chen; Ulises H Guzman; Yue Xuan; Jesper V Olsen; Yu-Ju Chen; Yasushi Ishihama

  Journal of the American Society for Mass Spectrometry, 07 Feb. 2024

  
• Immune Isoform Atlas: Landscape of alternative splicing in human immune cells

  Jun Inamo; Akari Suzuki; Mahoko Ueda; Kensuke Yamaguchi; Hiroshi Nishida; Katsuya Suzuki; Yuko Kaneko; Tsutomu Takeuchi; Yasushi Ishihama; Kazuhiko Yamamoto; Yuta Kochi

  15 Sep. 2022

  
• Application of Liquid-Liquid Extraction for N-terminal Myristoylation Proteomics.

  Kazuya Tsumagari; Yosuke Isobe; Yasushi Ishihama; Jun Seita; Makoto Arita; Koshi Imami

  Molecular & cellular proteomics : MCP, 09 Nov. 2023

  
• Centrifugal Gel Crushing Tips for Gel-Based Proteome Analysis

  Hiroshi Nishida; Eisuke Kanao; Yasushi Ishihama

  Analytical Chemistry, 06 Dec. 2023

  
• Validity of the cell-extracted proteome as a substrate pool for exploring phosphorylation motifs of kinases.

  Tomoya Niinae; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms, Oct. 2023

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• 11th Asia Oceania Human Proteome Organization Congress Report.

  Angus C Grey; Qingsong Lin; Teck Yew Low; Wei Wu; Paul A Haynes; Maxey C M Chung; Yu-Ju Chen; Stuart J Cordwell; Yasushi Ishihama; Ping Xu; Peter Hoffmann; Ho Jeong Kwon; Terence C W Poon

  Molecular & cellular proteomics : MCP, Sep. 2023

  
• Hybrid-DIA: intelligent data acquisition integrates targeted and discovery proteomics to analyze phospho-signaling in single spheroids.

  Ana Martínez-Val; Kyle Fort; Claire Koenig; Leander Van der Hoeven; Giulia Franciosa; Thomas Moehring; Yasushi Ishihama; Yu-Ju Chen; Alexander Makarov; Yue Xuan; Jesper V Olsen

  Nature communications, 16 Jun. 2023

  
• Znf598-mediated Rps10/eS10 ubiquitination contributes to the ribosome ubiquitination dynamics during zebrafish development

  Nozomi Ugajin; Koshi Imami; Hiraku Takada; Yasushi Ishihama; Shinobu Chiba; Yuichiro Mishima

  RNA, 26 Sep. 2023

  
• TurboID-EV: Proteomic Mapping of Recipient Cellular Proteins Proximal to Small Extracellular Vesicles

  Yuka Li; Eisuke Kanao; Tomoyoshi Yamano; Yasushi Ishihama; Koshi Imami

  Analytical Chemistry, 14 Sep. 2023

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• Rapid and Highly Efficient Purification of Extracellular Vesicles Enabled by a TiO₂ Hybridized Spongy-like Polymer

  Eisuke Kanao; Koki Ishida; Ryosuke Mizuta; Yuka Li; Koshi Imami; Tetsuya Tanigawa; Yoshihiro Sasaki; Kazunari Akiyoshi; Jun Adachi; Koji Otsuka; Yasushi Ishihama; Takuya Kubo

  Analytical Chemistry, 13 Sep. 2023

  
• Rational Supramolecular Strategy via Halogen Bonding for Effective Halogen Recognition in Molecular Imprinting

  Eisuke Kanao; Hayato Osaki; Tetsuya Tanigawa; Hikaru Takaya; Tomoharu Sano; Jun Adachi; Koji Otsuka; Yasushi Ishihama; Takuya Kubo

  Analytical Chemistry, 25 May 2023

  
• Chronic hyperglycemia reduces the expression of intercellular adhesion molecules and increases intercellular hyperpermeability in the periodontal epithelium.

  Yuki Narukawa; Naoyuki Sugiyama; Jiro Miura; Rentaro Yamashita; Shotaro Tominaga; Yoshihiro Izumi; Takeshi Bamba; Yasushi Ishihama; Yoichiro Kashiwagi; Shinya Murakami

  Journal of periodontal research, 23 May 2023

  
• Expression of S100A8 protein on B cells is associated with disease activity in patients with systemic lupus erythematosus.

  Koji Kitagori; Takuma Oku; Masaki Wakabayashi; Tomoya Nakajima; Ran Nakashima; Kosaku Murakami; Yoshitaka Hirayama; Yasushi Ishihama; Koichiro Ohmura; Akio Morinobu; Tsuneyo Mimori; Hajime Yoshifuji

  Arthritis research & therapy, 10 May 2023

  
• Meeting Report of the International Life Science Integration Workshop 2018

  [No authors listed: Contributors] Yamada I; Akase S; Angata K; Aoki NP; Arita M; Campbell MP; Edwards N; Fujita A; Garcia L; Goto S; Henrissat B; Hosoda M; Ishihama Y; Kawasaki T; Kuoka T; Kurisu G; Lee S; Lisacek F; Mariethoz J; Narimatsu H; Neelamegham S; Okuda S; Ono T; Packer NH; Ranzinger R; Shinmachi D; Shiota M; Toukach P; Tsuchiya S; Watanabe Y; Yoshizawa AC; Aoki-Kinoshita KF

  Glycobiology, 01 Aug. 2018, Peer-reviewed

  
• Bioinertization of nanoLC/MS/MS systems by depleting metal ions from the mobile phases for phosphoproteomics.

  Yumi Komori; Tomoya Niinae; Koshi Imami; Jun Yanagibayashi; Kenichi Yasunaga; Shinya Imamura; Masami Tomita; Yasushi Ishihama

  Molecular & cellular proteomics : MCP, 21 Mar. 2023

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• Motif-Targeting Phosphoproteome Analysis of Cancer Cells for Profiling Kinase Inhibitors

  Kosuke Ogata; Shunsuke Takagi; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  Cancers, 23 Dec. 2022

  
• Temperature Dependence of Retention Behavior of Phosphorylated Peptides in Ion-Pair Reversed-Phase Liquid Chromatography

  Kosuke OGATA; Yasushi ISHIHAMA

  CHROMATOGRAPHY, 20 Oct. 2022

  
• Chitinase-like protein 3: A novel niche factor for mouse neural stem cells.

  Jun Namiki; Sayuri Suzuki; Shinsuke Shibata; Yoshiaki Kubota; Naoko Kaneko; Kenji Yoshida; Ryo Yamaguchi; Yumi Matsuzaki; Takeshi Masuda; Yasushi Ishihama; Kazunobu Sawamoto; Hideyuki Okano

  Stem cell reports, 13 Dec. 2022

  
• Classification of Extracellular Vesicles Based on Surface Glycan Structures by Spongy-like Separation Media.

  Eisuke Kanao; Shuntaro Wada; Hiroshi Nishida; Takuya Kubo; Tetsuya Tanigawa; Koshi Imami; Asako Shimoda; Kaori Umezaki; Yoshihiro Sasaki; Kazunari Akiyoshi; Jun Adachi; Koji Otsuka; Yasushi Ishihama

  Analytical chemistry, 13 Dec. 2022

  
• Acetic Acid Ion Pairing Additive for Reversed-Phase HPLC Improves Detection Sensitivity in Bottom-up Proteomics Compared to Formic Acid.

  Taylor Battellino; Kosuke Ogata; Victor Spicer; Yasushi Ishihama; Oleg Krokhin

  Journal of proteome research, 08 Dec. 2022

  
• Immunoreactivity profiling of Anti-Chinese hamster ovarian host cell protein antibodies by isobaric labeled affinity purification-mass spectrometry reveals low-recovery proteins.

  Shunsuke Takagi; Masayoshi Shibata; Nobuyuki Suzuki; Yasushi Ishihama

  Journal of chromatography. A, 06 Dec. 2022

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• The ProteomeXchange consortium at 10 years: 2023 update.

  Eric W Deutsch; Nuno Bandeira; Yasset Perez-Riverol; Vagisha Sharma; Jeremy J Carver; Luis Mendoza; Deepti J Kundu; Shengbo Wang; Chakradhar Bandla; Selvakumar Kamatchinathan; Suresh Hewapathirana; Benjamin S Pullman; Julie Wertz; Zhi Sun; Shin Kawano; Shujiro Okuda; Yu Watanabe; Brendan MacLean; Michael J MacCoss; Yunping Zhu; Yasushi Ishihama; Juan Antonio Vizcaíno

  Nucleic acids research, 12 Nov. 2022

  
• The Second Asia-Oceania Human Proteome Organization (AOHUPO) Online Education Series on the Renaissance of Clinical Proteomics: Biomarkers, Imaging and Therapeutics.

  Teck Yew Low; Yu-Ju Chen; Yasushi Ishihama; Max Ching Ming Chung; Stuart Cordwell; Terence Chuen Wai Poon; Ho Jeong Kwon

  Molecular & cellular proteomics : MCP, 26 Oct. 2022

  
• MYPT1-PP1β phosphatase negatively regulates both chromatin landscape and co-activator recruitment for beige adipogenesis.

  Hiroki Takahashi; Ge Yang; Takeshi Yoneshiro; Yohei Abe; Ryo Ito; Chaoran Yang; Junna Nakazono; Mayumi Okamoto-Katsuyama; Aoi Uchida; Makoto Arai; Hitomi Jin; Hyunmi Choi; Myagmar Tumenjargal; Shiyu Xie; Ji Zhang; Hina Sagae; Yanan Zhao; Rei Yamaguchi; Yu Nomura; Yuichi Shimizu; Kaito Yamada; Satoshi Yasuda; Hiroshi Kimura; Toshiya Tanaka; Youichiro Wada; Tatsuhiko Kodama; Hiroyuki Aburatani; Min-Sheng Zhu; Takeshi Inagaki; Timothy F Osborne; Takeshi Kawamura; Yasushi Ishihama; Yoshihiro Matsumura; Juro Sakai

  Nature communications, 29 Sep. 2022

  
• Moderate molecular recognitions on ZnO m-plane and their selective capture/release of bio-related phosphoric acids.

  Eisuke Kanao; Katsuya Nakano; Ryoma Kamei; Takuro Hosomi; Yasushi Ishihama; Jun Adachi; Takuya Kubo; Koji Otsuka; Takeshi Yanagida

  Nanoscale advances, 15 Mar. 2022

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• Cyclin J-CDK complexes limit innate immune responses by reducing proinflammatory changes in macrophage metabolism.

  Yee Kien Chong; Sarang Tartey; Yuki Yoshikawa; Koshi Imami; Songling Li; Masanori Yoshinaga; Ai Hirabayashi; Guohao Liu; Alexis Vandenbon; Fabian Hia; Takuya Uehata; Takashi Mino; Yutaka Suzuki; Takeshi Noda; Dominique Ferrandon; Daron M Standley; Yasushi Ishihama; Osamu Takeuchi

  Science signaling, 12 Apr. 2022

  
• Ubiquitination at the lysine 27 residue of the parkin ubiquitin-like domain is suggestive of a new mechanism of parkin activation.

  Jun-Yi Liu; Tsuyoshi Inoshita; Kahori Shiba-Fukushima; Shigeharu Yoshida; Kosuke Ogata; Yasushi Ishihama; Yuzuru Imai; Nobutaka Hattori

  Human molecular genetics, 21 Mar. 2022

  
• ABIN1 is a signal-induced autophagy receptor that attenuates NF-κB activation by recognizing linear ubiquitin chains.

  Yutaka Shinkawa; Koshi Imami; Yasuhiro Fuseya; Katsuhiro Sasaki; Koichiro Ohmura; Yasushi Ishihama; Akio Morinobu; Kazuhiro Iwai

  FEBS letters, 25 Feb. 2022

  
• One-Step Isolation of Protein C-Terminal Peptides from V8 Protease-Digested Proteins by Metal Oxide-Based Ligand-Exchange Chromatography.

  Hiroshi Nishida; Yasushi Ishihama

  Analytical chemistry, 18 Jan. 2022

  
• Motif-centric phosphoproteomics to target kinase-mediated signaling pathways

  Chia-Feng Tsai; Kosuke Ogata; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  Cell Reports Methods, Jan. 2022, Peer-reviewed

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• Discovery of anti-inflammatory physiological peptides that promote tissue repair by reinforcing epithelial barrier formation.

  Yukako Oda; Chisato Takahashi; Shota Harada; Shun Nakamura; Daxiao Sun; Kazumi Kiso; Yuko Urata; Hitoshi Miyachi; Yoshinori Fujiyoshi; Alf Honigmann; Seiichi Uchida; Yasushi Ishihama; Fumiko Toyoshima

  Science advances, 19 Nov. 2021

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• Biotinylation-based proximity labeling proteomics: Basics, applications, and technical considerations.

  Tomoya Niinae; Yasushi Ishihama; Koshi Imami

  Journal of biochemistry, 09 Nov. 2021

  
• CoolTip: Low-Temperature Solid-Phase Extraction Microcolumn for Capturing Hydrophilic Peptides and Phosphopeptides.

  Kosuke Ogata; Yasushi Ishihama

  Molecular & cellular proteomics : MCP, 03 Nov. 2021

  Access this paper :

  
• Peptide probes containing a non-hydrolyzable phosphotyrosine-mimetic residue for enrichment of protein tyrosine phosphatases.

  Kazuya Tsumagari; Tomoya Niinae; Akira Otaka; Yasushi Ishihama

  Proteomics, 29 Oct. 2021

  
• IRAK1-dependent Regnase-1-14-3-3 complex formation controls Regnase-1-mediated mRNA decay.

  Kotaro Akaki; Kosuke Ogata; Yuhei Yamauchi; Noriki Iwai; Ka Man Tse; Fabian Hia; Atsushi Mochizuki; Yasushi Ishihama; Takashi Mino; Osamu Takeuchi

  eLife, 12 Oct. 2021

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• Author Correction: Porphyromonas gingivalis induces entero-hepatic metabolic derangements with alteration of gut microbiota in a type 2 diabetes mouse model.

  Yoichiro Kashiwagi; Shunsuke Aburaya; Naoyuki Sugiyama; Yuki Narukawa; Yuta Sakamoto; Masatomo Takahashi; Hayato Uemura; Rentaro Yamashita; Shotaro Tominaga; Satoko Hayashi; Takenori Nozaki; Satoru Yamada; Yoshihiro Izumi; Atsunori Kashiwagi; Takeshi Bamba; Yasushi Ishihama; Shinya Murakami

  Scientific reports, 04 Oct. 2021

  
• pSNAP: Proteome-wide analysis of elongating nascent polypeptide chains

  Junki Uchiyama; Rohini Roy; Dan Ohtan Wang; Chiaki Yoshino; Yuichiro Mishima; Yasushi Ishihama; Koshi Imami

  iScience, 23 Sep. 2021

  
• A protocol for analyzing the protein terminome of human cancer cell line culture supernatants.

  Kazuya Tsumagari; Chih-Hsiang Chang; Yasushi Ishihama

  STAR protocols, 17 Sep. 2021

  Access this paper :

  
• Porphyromonas gingivalis induces entero-hepatic metabolic derangements with alteration of gut microbiota in a type 2 diabetes mouse model.

  Yoichiro Kashiwagi; Shunsuke Aburaya; Naoyuki Sugiyama; Yuki Narukawa; Yuta Sakamoto; Masatomo Takahashi; Hayato Uemura; Rentaro Yamashita; Shotaro Tominaga; Satoko Hayashi; Takenori Nozaki; Satoru Yamada; Yoshihiro Izumi; Atsunori Kashiwagi; Takeshi Bamba; Yasushi Ishihama; Shinya Murakami

  Scientific reports, 15 Sep. 2021

  
• Novel roles of small extracellular vesicles in regulating the quiescence and proliferation of neural stem cells

  Jingtian Zhang; Junki Uchiyama; Koshi Imami; Yasushi Ishihama; Ryoichiro Kageyama; Taeko Kobayashi

  Frontiers in cell and developmental biology, 20 Aug. 2021

  
• Phosphatidylserine-deficient small extracellular vesicle is a major somatic cell-derived sEV subpopulation in blood.

  Akihiro Matsumoto; Yuki Takahashi; Kosuke Ogata; Shimpei Kitamura; Naoki Nakagawa; Aki Yamamoto; Yasushi Ishihama; Yoshinobu Takakura

  iScience, 20 Aug. 2021

  
• Nanoscale Solid-Phase Isobaric Labeling for Multiplexed Quantitative Phosphoproteomics.

  Kosuke Ogata; Chia-Feng Tsai; Yasushi Ishihama

  Journal of proteome research, 06 Aug. 2021

  Access this paper :

  
• Acylated peptide enrichment utilizing lysine deacylases for lysine acylomics.

  Kazuya Tsumagari; Yasushi Ishihama

  Biochemical and biophysical research communications, 23 Jul. 2021

  
• Combinatorial analysis of translation dynamics reveals eIF2 dependence of translation initiation at near-cognate codons.

  Kazuya Ichihara; Akinobu Matsumoto; Hiroshi Nishida; Yuki Kito; Hideyuki Shimizu; Yuichi Shichino; Shintaro Iwasaki; Koshi Imami; Yasushi Ishihama; Keiichi I Nakayama

  Nucleic acids research, 21 Jul. 2021

  
• Sequence-Specific Model for Predicting Peptide Collision Cross Section Values in Proteomic Ion Mobility Spectrometry

  Chih-Hsiang Chang; Darien Yeung; Victor Spicer; Kosuke Ogata; Oleg Krokhin; Yasushi Ishihama

  JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, Jul. 2021

  
• Maintenance of neural stem-progenitor cells by the lysosomal biosynthesis regulators TFEB and TFE3 in the embryonic mouse telencephalon

  Naoya Yuizumi; Yujin Harada; Takaaki Kuniya; Takehiko Sunabori; Masato Koike; Masaki Wakabayashi; Yasushi Ishihama; Yutaka Suzuki; Daichi Kawaguchi; Yukiko Gotoh

  STEM CELLS, Jul. 2021

  
• Identification of Endogenous Kinase Substrates by Proximity Labeling Combined with Kinase Perturbation and Phosphorylation Motifs.

  Tomoya Niinae; Koshi Imami; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  Molecular & cellular proteomics : MCP, 27 Jun. 2021

  
• Peak Identification and Quantification by Proteomic Mass Spectrogram Decomposition.

  Pasrawin Taechawattananant; Kazuyoshi Yoshii; Yasushi Ishihama

  Journal of proteome research, 07 May 2021

  
• Exploring the landscape of ectodomain shedding by quantitative protein terminomics.

  Kazuya Tsumagari; Chih-Hsiang Chang; Yasushi Ishihama

  iScience, 23 Apr. 2021

  Access this paper :

  
• The Escherichia coli S2P intramembrane protease RseP regulates ferric citrate uptake by cleaving the sigma factor regulator FecR.

  Tatsuhiko Yokoyama; Tomoya Niinae; Kazuya Tsumagari; Koshi Imami; Yasushi Ishihama; Yohei Hizukuri; Yoshinori Akiyama

  The Journal of biological chemistry, 15 Apr. 2021

  Access this paper :

  
• Escherichia coli S2P family intramembrane protease RseP is engaged in the regulated sequential cleavages of FecR in the ferric citrate signaling

  Tatsuhiko Yokoyama; Tomoya Niinae; Kazuya Tsumagari; Koshi Imami; Yasushi Ishihama; Yohei Hizukuri; Yoshinori Akiyama

  04 Feb. 2021

  
• Monitoring mitochondrial translation by pulse SILAC

  Koshi Imami; Matthias Selbach; Yasushi Ishihama

  01 Feb. 2021

  
• Asia-Oceania HUPO: Past, Present, and Future.

  Yasushi Ishihama; Yu-Ju Chen; Je-Yoel Cho; Max Ching Ming Chung; Stuart J Cordwell; Teck Yew Low; Terence Chuen Wai Poon; Ho Jeong Kwon

  Molecular & cellular proteomics : MCP, 16 Jan. 2021

  
• GlycoPOST realizes FAIR principles for glycomics mass spectrometry data.

  Yu Watanabe; Kiyoko F Aoki-Kinoshita; Yasushi Ishihama; Shujiro Okuda

  Nucleic acids research, 08 Jan. 2021

  
• Aberrant splicing isoforms detected by full-length transcriptome sequencing as transcripts of potential neoantigens in non-small cell lung cancer.

  Miho Oka; Liu Xu; Toshihiro Suzuki; Toshiaki Yoshikawa; Hiromi Sakamoto; Hayato Uemura; Akiyasu C Yoshizawa; Yutaka Suzuki; Tetsuya Nakatsura; Yasushi Ishihama; Ayako Suzuki; Masahide Seki

  Genome biology, 04 Jan. 2021

  
• Effect of Phosphorylation on the Collision Cross Sections of Peptide Ions in Ion Mobility Spectrometry

  Ogata Kosuke; Chang Chih-Hsiang; Ishihama Yasushi

  Mass Spectrometry (Web), 2021

  Access this paper :

  
• The jPOST Repository as a Public Data Repository for Shotgun Proteomics.

  Yu Watanabe; Akiyasu C Yoshizawa; Yasushi Ishihama; Shujiro Okuda

  Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2021

  
• Quantitative nascent proteome profiling by dual-pulse labelling with O-propargyl-puromycin and stable isotope-labelled amino acids

  UCHIYAMA Junki; ISHIHAMA Yasushi; IMAMI Koshi; IMAMI Koshi

  Journal of Biochemistry, 2021

  
• Isolation of Acetylated and Unmodified Protein N-Terminal Peptides by Strong Cation Exchange Chromatographic Separation of TrypN-Digested Peptides.

  Chih-Hsiang Chang; Hsin-Yi Chang; Juri Rappsilber; Yasushi Ishihama

  Molecular & cellular proteomics : MCP, 24 Nov. 2020

  
• Antipsychotic olanzapine-induced misfolding of proinsulin in the endoplasmic reticulum accounts for atypical development of diabetes.

  Satoshi Ninagawa; Seiichiro Tada; Masaki Okumura; Kenta Inoguchi; Misaki Kinoshita; Shingo Kanemura; Koshi Imami; Hajime Umezawa; Tokiro Ishikawa; Robert B Mackin; Seiji Torii; Yasushi Ishihama; Kenji Inaba; Takayuki Anazawa; Takahiko Nagamine; Kazutoshi Mori

  eLife, 17 Nov. 2020

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• Toward Increased Reliability, Transparency, and Accessibility in Cross-linking Mass Spectrometry.

  Alexander Leitner; Alexandre M J J Bonvin; Christoph H Borchers; Robert J Chalkley; Julia Chamot-Rooke; Colin W Combe; Jürgen Cox; Meng-Qiu Dong; Lutz Fischer; Michael Götze; Fabio C Gozzo; Albert J R Heck; Michael R Hoopmann; Lan Huang; Yasushi Ishihama; Andrew R Jones; Nir Kalisman; Oliver Kohlbacher; Karl Mechtler; Robert L Moritz; Eugen Netz; Petr Novak; Evgeniy Petrotchenko; Andrej Sali; Richard A Scheltema; Carla Schmidt; David Schriemer; Andrea Sinz; Frank Sobott; Florian Stengel; Konstantinos Thalassinos; Henning Urlaub; Rosa Viner; Juan A Vizcaíno; Marc R Wilkins; Juri Rappsilber

  Structure (London, England : 1993), 03 Nov. 2020

  
• Phosphoproteomics and Bioinformatics Analyses Reveal Key Roles of GSK-3 and AKAP4 in Mouse Sperm Capacitation.

  Nailis Syifa; Jhih-Tian Yang; Chang-Shiann Wu; Miao-Hsia Lin; Wan-Ling Wu; Cheng-Wei Lai; Sheng-Hsuan Ku; Suh-Yuen Liang; Yu-Chun Hung; Chia-Te Chou; Chien-Sheng Wang; Yasushi Ishihama; Jiahn-Haur Liao; Shih-Hsiung Wu; Tzu-Hua Wu

  International journal of molecular sciences, 02 Oct. 2020

  
• Extending the Separation Space with Trapped Ion Mobility Spectrometry Improves the Accuracy of Isobaric Tag-Based Quantitation in Proteomic LC/MS/MS.

  Kosuke Ogata; Yasushi Ishihama

  Analytical chemistry, 16 Jun. 2020, Peer-reviewed

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• Proximity Labeling-assisted Identification of Endogenous Kinase Substrates

  Tomoya Niinae; Koshi Imami; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  10 Jun. 2020

  
• EDEM2 stably disulfide-bonded to TXNDC11 catalyzes the first mannose trimming step in mammalian glycoprotein ERAD.

  Ginto George; Satoshi Ninagawa; Hirokazu Yagi; Taiki Saito; Tokiro Ishikawa; Tetsushi Sakuma; Takashi Yamamoto; Koshi Imami; Yasushi Ishihama; Koichi Kato; Tetsuya Okada; Kazutoshi Mori

  eLife, 17 Feb. 2020, Peer-reviewed

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• The ProteomeXchange consortium in 2020: enabling 'big data' approaches in proteomics.

  Eric W Deutsch; Nuno Bandeira; Vagisha Sharma; Yasset Perez-Riverol; Jeremy J Carver; Deepti J Kundu; David García-Seisdedos; Andrew F Jarnuczak; Suresh Hewapathirana; Benjamin S Pullman; Julie Wertz; Zhi Sun; Shin Kawano; Shujiro Okuda; Yu Watanabe; Henning Hermjakob; Brendan MacLean; Michael J MacCoss; Yunping Zhu; Yasushi Ishihama; Juan A Vizcaíno

  Nucleic acids research, 08 Jan. 2020, Peer-reviewed

  
• Mass Spectrometry-Compatible Subcellular Fractionation for Proteomics

  Takeshi Masuda; Naoyuki Sugiyama; Masaru Tomita; Sumio Ohtsuki; Yasushi Ishihama

  JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, Jan. 2020, Peer-reviewed

  
• Blood concentrations of small extracellular vesicles are determined by a balance between abundant secretion and rapid clearance.

  Akihiro Matsumoto; Yuki Takahashi; Hsin-Yi Chang; Yi-Wen Wu; Aki Yamamoto; Yasushi Ishihama; Yoshinobu Takakura

  Journal of extracellular vesicles, 2020, Peer-reviewed

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• Discrimination of Dormant and Active Hematopoietic Stem Cells by G0 Marker Reveals Dormancy Regulation by Cytoplasmic Calcium.

  Tsuyoshi Fukushima; Yosuke Tanaka; Fiona K Hamey; Chih-Hsiang Chang; Toshihiko Oki; Shuhei Asada; Yasutaka Hayashi; Takeshi Fujino; Taishi Yonezawa; Reina Takeda; Kimihito Cojin Kawabata; Tomofusa Fukuyama; Terumasa Umemoto; Keiyo Takubo; Hitoshi Takizawa; Susumu Goyama; Yasushi Ishihama; Hiroaki Honda; Berthold Göttgens; Toshio Kitamura

  Cell reports, 17 Dec. 2019, Peer-reviewed

  
• Mitochondrial lipoylation integrates age-associated decline in brown fat thermogenesis.

  Kazuki Tajima; Kenji Ikeda; Hsin-Yi Chang; Chih-Hsiang Chang; Takeshi Yoneshiro; Yasuo Oguri; Heejin Jun; Jun Wu; Yasushi Ishihama; Shingo Kajimura

  Nature metabolism, Sep. 2019, Peer-reviewed

  
• Large-scale Discovery of Substrates of the Human Kinome

  Naoyuki Sugiyama; Haruna Imamura; Yasushi Ishihama

  SCIENTIFIC REPORTS, Jul. 2019, Peer-reviewed

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• Removal of Interference MS/MS Spectra for Accurate Quantification in Isobaric Tag-Based Proteomics

  Mio Iwasaki; Tsuyoshi Tabata; Yuka Kawahara; Yasushi Ishihama; Masato Nakagawa

  JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, Jun. 2019, Peer-reviewed

  
• Algal Protein Kinase, Triacylglycerol Accumulation Regulator 1, Modulates Cell Viability and Gametogenesis in Carbon/Nitrogen-Imbalanced Conditions

  Haruka Shinkawa; Masataka Kajikawa; Yuko Nomura; Mayu Ogura; Yuri Sawaragi; Takashi Yamano; Hirofumi Nakagami; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama; Yu Kanesaki; Hirofumi Yoshikawa; Hideya Fukuzawa

  PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, Apr. 2019, Peer-reviewed

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• Comparative proteomics of Helicobacter pylori strains reveals geographical features rather than genomic variations

  Naoyuki Sugiyama; Satomi Miyake; Miao-Hsia Lin; Masaki Wakabayashi; Hiroyuki Marusawa; Shin Nishiumi; Masaru Yoshida; Yasushi Ishihama

  GENES TO CELLS, Feb. 2019, Peer-reviewed

  
• Selected Reaction Monitoring of Kinase Activity-Targeted Phosphopeptides

  Chisato Takahashi; Tatsuya Yazaki; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  CHROMATOGRAPHY, 2019, Peer-reviewed

  
• Analytical Platforms for Mass Spectrometry-Based Proteomics

  Yasushi Ishihama

  CHROMATOGRAPHY, 2019, Peer-reviewed

  
• The jPOST environment: an integrated proteomics data repository and database

  Yuki Moriya; Shin Kawano; Shujiro Okuda; Yu Watanabe; Masaki Matsumoto; Tomoyo Takami; Daiki Kobayashi; Yoshinori Yamanouchi; Norie Araki; Akiyasu C. Yoshizawa; Tsuyoshi Tabata; Mio Iwasaki; Naoyuki Sugiyama; Satoshi Tanaka; Susumu Goto; Yasushi Ishihama

  NUCLEIC ACIDS RESEARCH, Jan. 2019, Peer-reviewed

  
• Selective HDAC3 Inhibition Induces Apoptosis in B Cell Lymphoma through Protein Acetylation

  Hiroyuki Matsui; Kotaro Shirakawa; Hsin-Yi Chang; Anamaria Daniela Sarca; Yasuhiro Kazuma; Hirofumi Fukuda; Hiroyuki Yamazaki; Tadahiko Matsumoto; Yasushi Ishihama; Akifumi Takaori-Kondo

  BLOOD, Nov. 2018, Peer-reviewed

  
• Phosphorylation of the Ribosomal Protein RPL12/uL11 Affects Translation during Mitosis

  Koshi Imami; Miha Milek; Boris Bogdanow; Tomoharu Yasuda; Nicolai Kastelic; Henrik Zauber; Yasushi Ishihama; Markus Landthaler; Matthias Selbach

  MOLECULAR CELL, Oct. 2018, Peer-reviewed

  
• Guest Editorial

  Yasushi Ishihama; Tatsuya Higashi

  ANALYTICAL SCIENCES, Sep. 2018

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• Necrostatin-7 suppresses RANK-NFATc1 signaling and attenuates macrophage to osteoclast differentiation

  Hiroaki Fuji; Saori Ohmae; Naruto Noma; Masatoshi Takeiri; Hideto Yasutomi; Kazuya Izumi; Moe Ito; Masayasu Toyomoto; Soichiro Iwaki; Kenji Takemoto; Satoru Seo; Kojiro Taura; Shigeaki Hida; Mineyoshi Aoyama; Yasushi Ishihama; Masatoshi Hagiwara; Norihiko Takeda; Etsuro Hatano; Keiko Iwaisako; Shinji Uemoto; Masataka Asagiri

  BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, Sep. 2018, Peer-reviewed

  
• Retention Order Reversal of Phosphorylated and Unphosphorylated Peptides in Reversed-Phase LC/MS

  Kosuke Ogata; Oleg V. Krokhin; Yasushi Ishihama

  ANALYTICAL SCIENCES, Sep. 2018, Peer-reviewed

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• "Biomolecular Mass Spectrometry".

  Ishihama Y; Higashi T

  Analytical sciences : the international journal of the Japan Society for Analytical Chemistry, Sep. 2018, Peer-reviewed

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• Two Ck1 delta transcripts regulated by m6A methylation code for two antagonistic kinases in the control of the circadian clock (vol 115, pg 5980, 2018)

  Jean-Michel Fustin; Rika Kojima; Kakeru Itoh; Hsin-Yi Chang; Shiqi Ye; Bowen Zhuang; Asami Oji; Shingo Gibo; Rajesh Narasimamurthy; David Virshup; Gen Kurosawa; Masao Doi; Ichiro Manabe; Yasushi Ishihama; Masahito Ikawa; Hitoshi Okamura

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, Jul. 2018, Peer-reviewed

  
• Two Ck1 delta transcripts regulated by m6A methylation code for two antagonistic kinases in the control of the circadian clock

  Jean-Michel Fustin; Rika Kojima; Kakeru Itoh; Hsin-Yi Chang; Ye Shiqi; Bowen Zhuang; Asami Oji; Shingo Gibo; Rajesh Narasimamurthy; David Virshup; Gen Kurosawa; Masao Doi; Ichiro Manabe; Yasushi Ishihama; Masahito Ikawa; Hitoshi Okamura

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, Jun. 2018, Peer-reviewed

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• Phosphoproteomic profiling reveals ABA-responsive phosphosignaling pathways in Physcomitrella patens

  Anna Amagai; Yoshimasa Honda; Shinnosuke Ishikawa; Yurie Hara; Mayuri Kuwamura; Akihisa Shinozawa; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama; Daisuke Takezawa; Yoichi Sakata; Kazuo Shinozaki; Taishi Umezawa

  PLANT JOURNAL, May 2018, Peer-reviewed

  
• Peptide Retention in Hydrophilic Strong Anion Exchange Chromatography Is Driven by Charged and Aromatic Residues

  Sven H. Giese; Yasushi Ishihama; Juri Rappsilber

  ANALYTICAL CHEMISTRY, Apr. 2018, Peer-reviewed

  
• Progress in a selective method for the determination of the acetaldehyde derived DNA adducts by using HILIC-ESI-MS/MS

  Hiroya Murakami; Ruri Horiba; Tomoko Iwata; Yuta Miki; Bunji Uno; Tadao Sakai; Kazuhiro Kaneko; Yasushi Ishihama; Norio Teshima; Yukihiro Esaka

  TALANTA, Jan. 2018, Peer-reviewed

  
• Metabolic shift induced by systemic activation of T cells in PD-1-deficient mice perturbs brain monoamines and emotional behavior

  Michio Miyajima; Baihao Zhang; Yuki Sugiura; Kazuhiro Sonomura; Matteo M. Guerrini; Yumi Tsutsui; Mikako Maruya; Alexis Vogelzang; Kenji Chamoto; Kurara Honda; Takatoshi Hikida; Satomi Ito; Hongyan Qin; Rikako Sanuki; Keiichiro Suzuki; Takahisa Furukawa; Yasushi Ishihama; Fumihiko Matsuda; Makoto Suematsu; Tasuku Honjo; Sidonia Fagarasan

  NATURE IMMUNOLOGY, Dec. 2017, Peer-reviewed

  
• Phospholipid flippase ATP11C is endocytosed and downregulated following Ca2+-mediated protein kinase C activation

  Hiroyuki Takatsu; Masahiro Takayama; Tomoki Naito; Naoto Takada; Kazuya Tsumagari; Yasushi Ishihama; Kazuhisa Nakayama; Hye-Won Shin

  NATURE COMMUNICATIONS, Nov. 2017, Peer-reviewed

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• Identifications of Putative PKA Substrates with Quantitative Phosphoproteomics and Primary-Sequence-Based Scoring

  Haruna Imamura; Omar Wagih; Tomoya Niinae; Naoyuki Sugiyama; Pedro Beltrao; Yasushi Ishihama

  JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, Apr. 2017, Peer-reviewed

  
• Actin-binding protein coronin 1A controls osteoclastic bone resorption by regulating lysosomal secretion of cathepsin K

  Saori Ohmae; Naruto Noma; Masayasu Toyomoto; Masahiro Shinohara; Masatoshi Takeiri; Hiroaki Fuji; Kenji Takemoto; Keiko Iwaisako; Tomoko Fujita; Norihiko Takeda; Makoto Kawatani; Mineyoshi Aoyama; Masatoshi Hagiwara; Yasushi Ishihama; Masataka Asagiri

  SCIENTIFIC REPORTS, Mar. 2017, Peer-reviewed

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• An Optimized Chromatographic Strategy for Multiplexing In Parallel Reaction Monitoring Mass Spectrometry: Insights from Quantitation of Activated Kinases

  Anatoly Urisman; Rebecca S. Levin; John D. Gordan; James T. Webber; Hilda Hernandez; Yasushi Ishihama; Kevan M. Shokat; Alma L. Burlingame

  MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, Feb. 2017, Peer-reviewed

  
• Secretome analysis to elucidate metalloprotease-dependent ectodomain shedding of glycoproteins during neuronal differentiation

  Kazuya Tsumagari; Kyoko Shirakabe; Mayu Ogura; Fuminori Sato; Yasushi Ishihama; Atsuko Sehara-Fujisawa

  GENES TO CELLS, Feb. 2017, Peer-reviewed

  
• Absolute phosphorylation stoichiometry analysis by motif-targeting quantitative mass spectrometry

  Chia-Feng Tsai; Wei-Chi Ku; Yu-Ju Chen; Yasushi Ishihama

  Methods in Molecular Biology, 2017, Peer-reviewed

  
• jPOSTrepo: an international standard data repository for proteomes

  Shujiro Okuda; Yu Watanabe; Yuki Moriya; Shin Kawano; Tadashi Yamamoto; Masaki Matsumoto; Tomoyo Takami; Daiki Kobayashi; Norie Araki; Akiyasu C. Yoshizawa; Tsuyoshi Tabata; Naoyuki Sugiyama; Susumu Goto; Yasushi Ishihama

  NUCLEIC ACIDS RESEARCH, Jan. 2017, Peer-reviewed

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• The ProteomeXchange consortium in 2017: supporting the cultural change in proteomics public data deposition

  Eric W. Deutsch; Attila Csordas; Zhi Sun; Andrew Jarnuczak; Yasset Perez-Riverol; Tobias Ternent; David S. Campbell; Manuel Bernal-Llinares; Shujiro Okuda; Shin Kawano; Robert L. Moritz; Jeremy J. Carver; Mingxun Wang; Yasushi Ishihama; Nuno Bandeira; Henning Hermjakob; Juan Antonio Vizcaino

  NUCLEIC ACIDS RESEARCH, Jan. 2017, Peer-reviewed

  
• A conditional proteomics approach to identify proteins involved in zinc homeostasis

  Takayuki Miki; Masashi Awa; Yuki Nishikawa; Shigeki Kiyonaka; Masaki Wakabayashi; Yasushi Ishihama; Itaru Hamachi

  NATURE METHODS, Nov. 2016, Peer-reviewed

  
• A conditional proteomics approach to identify proteins involved in zinc homeostasis

  Takayuki Miki; Masashi Awa; Yuki Nishikawa; Shigeki Kiyonaka; Masaki Wakabayashi; Yasushi Ishihama; Itaru Hamachi

  NATURE METHODS, Nov. 2016, Peer-reviewed

  
• Large-scale profiling of protein kinases for cellular signaling studies by mass spectrometry and other techniques

  Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  JOURNAL OF PHARMACEUTICAL AND BIOMEDICAL ANALYSIS, Oct. 2016, Peer-reviewed

  
• MEKK1-dependent phosphorylation of calponin-3 tunes cell contractility

  Hiroaki Hirata; Wei-Chi Ku; Ai Kia Yip; Chaitanya Prashant Ursekar; Keiko Kawauchi; Amrita Roy; Alvin Kunyao Guo; Sri Ram Krishna Vedula; Ichiro Harada; Keng-Hwee Chiam; Yasushi Ishihama; Chwee Teck Lim; Yasuhiro Sawada; Masahiro Sokabe

  JOURNAL OF CELL SCIENCE, Oct. 2016, Peer-reviewed

  
• Flagellin FliC Phosphorylation Affects Type 2 Protease Secretion and Biofilm Dispersal in Pseudomonas aeruginosa PAO1

  Tanujaa Suriyanarayanan; Saravanan Periasamy; Miao-Hsia Lin; Yasushi Ishihama; Sanjay Swarup

  PLOS ONE, Oct. 2016, Peer-reviewed

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• Identification of Mitosis-Specific Phosphorylation in Mitotic Chromosome-Associated Proteins

  Shinya Ohta; Michiko Kimura; Shunsuke Takagi; Iyo Toramoto; Yasushi Ishihama

  JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, Sep. 2016, Peer-reviewed

  
• Improved Proteome and Phosphoproteome Analysis on a Cation Exchanger by a Combined Acid and Salt Gradient

  Jun Adachi; Kazunari Hashiguchi; Maiko Nagano; Misako Sato; Ayako Sato; Kazuna Fukamizu; Yasushi Ishihama; Takeshi Tomonaga

  ANALYTICAL CHEMISTRY, Aug. 2016, Peer-reviewed

  
• Comprehensive identification of translation start sites by tetracycline-inhibited ribosome profiling

  Kenji Nakahigashi; Yuki Takai; Michiko Kimura; Nozomi Abe; Toru Nakayashiki; Yuh Shiwa; Hirofumi Yoshikawa; Barry L. Wanner; Yasushi Ishihama; Hirotada Mori

  DNA RESEARCH, Jun. 2016, Peer-reviewed

  
• Membrane-Spanning Sequences in Endoplasmic Reticulum Proteins Promote Phospholipid Flip-Flop

  Hiroyuki Nakao; Keisuke Ikeda; Yasushi Ishihama; Minoru Nakano

  BIOPHYSICAL JOURNAL, Jun. 2016, Peer-reviewed

  
• Flip-Flop Promotion by Membrane-Spanning Sequences in the ER Membrane Proteins

  Hiroyuki Nakao; Keisuke Ikeda; Yasushi Ishihama; Minoru Nakano

  BIOPHYSICAL JOURNAL, Feb. 2016, Peer-reviewed

  
• 相間移動溶解剤を用いたショットガンプロテオミクス用試料調製法

  Takeshi Masuda; Yasushi Ishihama

  Proteome Letters, 2016, Peer-reviewed

  
• 疾患研究の基盤となる国際コンソーシアムの動向【次世代オミックス疾患解析の基盤となる国際連携】Human Proteome Organization(HUPO)

  小寺義男; 小寺義男; 山本格; 成松久; 石濱泰; 朝長毅; 山田哲司

  病理と臨床, 2016

  
• モチーフ標的定量プロテオミクスによるヒト細胞内リン酸化修飾ストイキオメトリーの大規模解析

  石濱泰; TSAI Chia-Feng

  生物物理(Web), 2016

  
• Uncovering Phosphorylation-Based Specificities through Functional Interaction Networks

  Omar Wagih; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama; Pedro Beltrao

  MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, Jan. 2016, Peer-reviewed

  
• Temporal Phosphoproteome Dynamics Induced by an ATP Synthase Inhibitor Citreoviridin

  Chia-Wei Hu; Chia-Lang Hsu; Yu-Chao Wang; Yasushi Ishihama; Wei-Chi Ku; Hsuan-Cheng Huang; Hsueh-Fen Juan

  MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, Dec. 2015, Peer-reviewed

  
• Phosphoproteomics Identifies CK2 as a Negative Regulator of Beige Adipocyte Thermogenesis and Energy Expenditure

  Kosaku Shinoda; Kana Ohyama; Yutaka Hasegawa; Hsin-Yi Chang; Mayu Ogura; Ayaka Sato; Haemin Hong; Takashi Hosono; Louis Z. Sharp; David W. Scheel; Mark Graham; Yasushi Ishihama; Shingo Kajimura

  CELL METABOLISM, Dec. 2015, Peer-reviewed

  
• A multi-omic analysis of human naive CD4+T cells

  Christopher J. Mitchell; Derese Getnet; Min-Sik Kim; Srikanth S. Manda; Praveen Kumar; Tai-Chung Huang; Sneha M. Pinto; Raja Sekhar Nirujogi; Mio Iwasaki; Patrick G. Shaw; Xinyan Wu; Jun Zhong; Raghothama Chaerkady; Arivusudar Marimuthu; Babylakshmi Muthusamy; Nandini A. Sahasrabuddhe; Rajesh Raju; Caitlyn Bowman; Ludmila Danilova; Jevon Cutler; Dhanashree S. Kelkar; Charles G. Drake; T. S. Keshava Prasad; Luigi Marchionni; Peter N. Murakami; Alan F. Scott; Leming Shi; Jean Thierry-Mieg; Danielle Thierry-Mieg; Rafael Irizarry; Leslie Cope; Yasushi Ishihama; Charles Wang; Harsha Gowda; Akhilesh Pandey

  BMC SYSTEMS BIOLOGY, Nov. 2015, Peer-reviewed

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• Extended Coverage of Singly and Multiply Phosphorylated Peptides from a Single Titanium Dioxide Microcolumn

  Masaki Wakabayashi; Yutaka Kyono; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  ANALYTICAL CHEMISTRY, Oct. 2015, Peer-reviewed

  
• Systematic profiling of the bacterial phosphoproteome reveals bacterium- specific features of phosphorylation

  Miao-Hsia Lin; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  SCIENCE SIGNALING, Sep. 2015, Peer-reviewed

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• Feasibility of label-free phosphoproteomics and application to base-line signaling of colorectal cancer cell lines

  Sander R. Piersma; Jaco C. Knol; Inge de Reus; Mariette Labots; Bharath K. Sampadi; Thang V. Pham; Yasushi Ishihama; Henk M. W. Verheul; Connie R. Jimenez

  JOURNAL OF PROTEOMICS, Sep. 2015, Peer-reviewed

  
• PCTK1 Regulates Integrin-Dependent Spindle Orientation via Protein Kinase A Regulatory Subunit KAP0 and Myosin X

  Sayaka Iwano; Ayaka Satou; Shigeru Matsumura; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama; Fumiko Toyoshima

  MOLECULAR AND CELLULAR BIOLOGY, Apr. 2015, Peer-reviewed

  
• LATS1 and LATS2 Phosphorylate CDC26 to Modulate Assembly of the Tetratricopeptide Repeat Subcomplex of APC/C (vol 10, e0118662, 2015)

  Kenta Masuda; Tatsuyuki Chiyoda; Naoyuki Sugiyama; Aldo Segura-Cabrera; Yasuaki Kabe; Arisa Ueki; Kouji Banno; Makoto Suematsu; Daisuke Aoki; Yasushi Ishihama; Hideyuki Saya; Shinji Kuninaka

  PLOS ONE, Apr. 2015, Peer-reviewed

  
• Large-scale determination of absolute phosphorylation stoichiometries in human cells by motif-targeting quantitative proteomics

  Chia-Feng Tsai; Yi-Ting Wang; Hsin-Yung Yen; Chih-Chiang Tsou; Wei-Chi Ku; Pei-Yi Lin; Hsuan-Yu Chen; Alexey I. Nesvizhskii; Yasushi Ishihama; Yu-Ju Chen

  NATURE COMMUNICATIONS, Mar. 2015, Peer-reviewed

  Access this paper :

  
• LATS1 and LATS2 Phosphorylate CDC26 to Modulate Assembly of the Tetratricopeptide Repeat Subcomplex of APC/C

  Kenta Masuda; Tatsuyuki Chiyoda; Naoyuki Sugiyama; Aldo Segura-Cabrera; Yasuaki Kabe; Arisa Ueki; Koji Banno; Makoto Suematsu; Daisuke Aoki; Yasushi Ishihama; Hideyuki Saya; Shinji Kuninaka

  PLOS ONE, Feb. 2015, Peer-reviewed

  
• pH-dependent promotion of phospholipid flip-flop by the KcsA potassium channel

  Hiroyuki Nakao; Keisuke Ikeda; Masayuki Iwamoto; Hirofumi Shimizu; Shigetoshi Oiki; Yasushi Ishihama; Minoru Nakano

  BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-BIOMEMBRANES, Jan. 2015, Peer-reviewed

  
• pH-dependent promotion of phospholipid flip-flop by the KcsA potassium channel.

  Nakao H; Ikeda K; Iwamoto M; Shimizu H; Oiki S; Ishihama Y; Nakano M

  Biochimica et biophysica acta, Jan. 2015, Peer-reviewed

  
• Phosphorylation of Mitochondrial Polyubiquitin by PINK1 Promotes Parkin Mitochondrial Tethering

  Kahori Shiba-Fukushima; Taku Arano; Gen Matsumoto; Tsuyoshi Inoshita; Shigeharu Yoshida; Yasushi Ishihama; Kwon-Yul Ryu; Nobuyuki Nukina; Nobutaka Hattori; Yuzuru Imai

  PLOS GENETICS, Dec. 2014, Peer-reviewed

  
• Pregnenolone Functions in Centriole Cohesion during Mitosis

  Mayumi Hamasaki; Shigeru Matsumura; Ayaka Satou; Chisato Takahashi; Yukako Oda; Chika Higashiura; Yasushi Ishihama; Fumiko Toyoshima

  CHEMISTRY & BIOLOGY, Dec. 2014, Peer-reviewed

  
• Application of partially fluorinated carboxylic acids as ion-pairing reagents in LC/ESI-MS

  Eiichi Yamamoto; Yasushi Ishihama; Naoki Asakawa

  TALANTA, Sep. 2014, Peer-reviewed

  
• Challenges Facing Complete Human Proteome Analysis

  IWASAKI MIO; ISHIHAMA YASUSHI

  Chromatography, 10 Aug. 2014

  
• High Resolution LC Coupled with High Resolution MS for In-depth Proteomics

  Yasushi Ishihama

  MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, Aug. 2014, Peer-reviewed

  
• Large-Scale Identification of Phosphorylation Sites for Profiling Protein Kinase Selectivity

  Haruna Imamura; Naoyuki Sugiyama; Masaki Wakabayashi; Yasushi Ishihama

  JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, Jul. 2014, Peer-reviewed

  
• Discovery of Colorectal Cancer Biomarker Candidates by Membrane Proteomic Analysis and Subsequent Verification using Selected Reaction Monitoring (SRM) and Tissue Microarray (TMA) Analysis

  Hideaki Kume; Satoshi Muraoka; Takahisa Kuga; Jun Adachi; Ryohei Narumi; Shio Watanabe; Masayoshi Kuwano; Yoshio Kodera; Kazuyuki Matsushita; Junya Fukuoka; Takeshi Masuda; Yasushi Ishihama; Hisahiro Matsubara; Fumio Nomura; Takeshi Tomonaga

  MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, Jun. 2014, Peer-reviewed

  
• Hydrophilic Interaction Chromatography Using a Meter-Scale Monolithic Silica Capillary Column for Proteomics LC-MS

  Kanta Horie; Takeo Kamakura; Tohru Ikegami; Masaki Wakabayashi; Takashi Kato; Nobuo Tanaka; Yasushi Ishihama

  ANALYTICAL CHEMISTRY, Apr. 2014, Peer-reviewed

  
• Facile and Effective Pretreatment Using Stop and Go Extraction Tips for LC-MS/MS Analysis of Trace Amounts of DNA Adducts

  Hiroya Murakami; Rieko Kawamura; Takayoshi Sakakibara; Yukihiro Esaka; Yasushi Ishihama; Bunji Uno

  ANALYTICAL SCIENCES, Apr. 2014, Peer-reviewed

  
• Phosphoproteome Analysis of Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded Tissue Sections Mounted on Microscope Slides

  Masaki Wakabayashi; Hiroki Yoshihara; Takeshi Masuda; Mai Tsukahara; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, Feb. 2014, Peer-reviewed

  
• P38-Mediated phosphorylation of Eps15 endocytic adaptor protein

  Y. Zhou; T. Tanaka; N. Sugiyama; S. Yokoyama; Y. Kawasaki; T. Sakuma; Y. Ishihama; I. Saiki; H. Sakurai

  FEBS Letters, 03 Jan. 2014, Peer-reviewed

  
• Estrogen Response element-GFP (ERE-GFP) introduced MCF-7 cells demonstrated the coexistence of multiple estrogen-deprivation resistant mechanisms

  Natsu Fujiki; Hiromi Konno; Yosuke Kaneko; Tatsuyuki Gohno; Toru Hanamura; Koshi Imami; Yasushi Ishihama; Kyoko Nakanishi; Toshifumi Niwa; Yuko Seino; Yuri Yamaguchi; Shin-ichi Hayashi

  JOURNAL OF STEROID BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, Jan. 2014, Peer-reviewed

  
• Inhibition of endocytic vesicle fusion by Plk1-mediated phosphorylation of vimentin during mitosis

  Keisuke Ikawa; Ayaka Satou; Mitsuko Fukuhara; Shigeru Matsumura; Naoyuki Sugiyama; Hidemasa Goto; Mitsunori Fukuda; Masaki Inagaki; Yasushi Ishihama; Fumiko Toyoshima

  CELL CYCLE, Jan. 2014, Peer-reviewed

  
• 2P213 Promotion of phospholipid flip-flop by membrane-spanning sequences in the ER proteins(13B. Biological & Artificial membrane:Dynamics,Poster)

  Nakao Hiroyuki; Ikeda Keisuke; Ishihama Yasushi; Nakano Minoru

  Seibutsu Butsuri, 2014

  
• p38-Mediated phosphorylation of Eps15 endocytic adaptor protein

  Yue Zhou; Tomohiro Tanaka; Naoyuki Sugiyama; Satoru Yokoyama; Yuki Kawasaki; Tsutomu Sakuma; Yasushi Ishihama; Ikuo Saiki; Hiroaki Sakurai

  FEBS LETTERS, Jan. 2014, Peer-reviewed

  
• Quantitation of Cellular Phosphorylation Dynamics by Phosphoproteomics Approaches

  石濱泰; 今見考志

  薬学雑誌, 2014, Peer-reviewed

  
• Atg38 is required for autophagy-specific phosphatidylinositol 3-kinase complex integrity

  Yasuhiro Araki; Wei-Chi Ku; Manami Akioka; Alexander I. May; Yu Hayashi; Fumio Arisaka; Yasushi Ishihama; Yoshinori Ohsumi

  JOURNAL OF CELL BIOLOGY, Oct. 2013, Peer-reviewed

  
• Control of phospholipid flip-flop by transmembrane peptides

  Masanori Kaihara; Hiroyuki Nakao; Hirokazu Yokoyama; Hitoshi Endo; Yasushi Ishihama; Tetsurou Handa; Minoru Nakano

  CHEMICAL PHYSICS, Jun. 2013, Peer-reviewed

  
• Effect of phospholipid composition on discoidal HDL formation

  M. Miyazaki; Y. Tajima; Y. Ishihama; T. Handa; M. Nakano

  Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes, May 2013, Peer-reviewed

  
• Effect of phospholipid composition on discoidal HDL formation

  Masakazu Miyazaki; Yoko Tajima; Yasushi Ishihama; Tetsurou Handa; Minoru Nakano

  BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-BIOMEMBRANES, May 2013, Peer-reviewed

  
• Genetics and Phosphoproteomics Reveal a Protein Phosphorylation Network in the Abscisic Acid Signaling Pathway in Arabidopsis thaliana

  Taishi Umezawa; Naoyuki Sugiyama; Fuminori Takahashi; Jeffrey C. Anderson; Yasushi Ishihama; Scott C. Peck; Kazuo Shinozaki

  SCIENCE SIGNALING, Apr. 2013, Peer-reviewed

  
• Metabolomic profiling of lung and prostate tumor tissues by capillary electrophoresis time-of-flight mass spectrometry

  Kenjiro Kami; Tamaki Fujimori; Hajime Sato; Mutsuko Sato; Hiroyuki Yamamoto; Yoshiaki Ohashi; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama; Hiroko Onozuka; Atsushi Ochiai; Hiroyasu Esumi; Tomoyoshi Soga; Masaru Tomita

  METABOLOMICS, Apr. 2013, Peer-reviewed

  
• Global microRNA elevation by inducible Exportin 5 regulates cell cycle entry

  Yuka W. Iwasaki; Kotaro Kiga; Hiroyuki Kayo; Yoko Fukuda-Yuzawa; Jasmin Weise; Toshifumi Inada; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama; Taro Fukao

  RNA, Apr. 2013, Peer-reviewed

  
• Ser/Thr/Tyr (S/T/Y) phosphorylation of flagellar motility protein (FliC) affects elastase secretion in Pseudomonas aeruginosa (PA01)

  Tanujaa Suriyanarayanan; Ayshwarya Ravichandran; Yasushi Ishihama; Sanjay Swarup

  FASEB JOURNAL, Apr. 2013, Peer-reviewed

  
• Rapid and Deep Profiling of Human Induced Pluripotent Stem Cell Proteome by One-shot NanoLC-MS/MS Analysis with Meter-scale Monolithic Silica Columns

  Ryota Yamana; Mio Iwasaki; Masaki Wakabayashi; Masato Nakagawa; Shinya Yamanaka; Yasushi Ishihama

  JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, Jan. 2013, Peer-reviewed

  
• Integrated View of the Human Chromosome X-centric Proteome Project

  Tadashi Yamamoto; Keiichi Nakayama; Hisashi Hirano; Takeshi Tomonaga; Yasushi Ishihama; Tetsushi Yamada; Tadashi Kondo; Yoshio Kodera; Yuichi Satop; None Araki; Hiroshi Mamitsuka; Naoki Goshima

  JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, Jan. 2013, Peer-reviewed

  
• In-depth Membrane Proteomic Study of Breast Cancer Tissues for the Generation of a Chromosome-based Protein List

  Satoshi Muraoka; Hideaki Kume; Jun Adachi; Takashi Shiromizu; Shio Watanabe; Takeshi Masuda; Yasushi Ishihama; Takeshi Tomonaga

  JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, Jan. 2013, Peer-reviewed

  
• Effects of Lipid Membrane Curvature on Lipid Packing State Evaluated by Isothermal Titration Calorimetry

  Hirokazu Yokoyama; Keisuke Ikeda; Masaki Wakabayashi; Yasushi Ishihama; Minoru Nakano

  LANGMUIR, Jan. 2013, Peer-reviewed

  
• PINK1-mediated phosphorylation of the Parkin ubiquitin-like domain primes mitochondrial translocation of Parkin and regulates mitophagy

  Kahori Shiba-Fukushima; Yuzuru Imai; Shigeharu Yoshida; Yasushi Ishihama; Tomoko Kanao; Shigeto Sato; Nobutaka Hattori

  SCIENTIFIC REPORTS, Dec. 2012, Peer-reviewed

  
• Temporal Profiling of Lapatinib-suppressed Phosphorylation Signals in EGFR/HER2 Pathways

  Koshi Imami; Naoyuki Sugiyama; Haruna Imamura; Masaki Wakabayashi; Masaru Tomita; Masatoshi Taniguchi; Takayuki Ueno; Masakazu Toi; Yasushi Ishihama

  MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, Dec. 2012, Peer-reviewed

  
• Phosphoproteomic Analysis of Rhodopseudomonas palustris Reveals the Role of Pyruvate Phosphate Dikinase Phosphorylation in Lipid Production

  Chia-Wei Hu; Miao-Hsia Lin; Hsuan-Cheng Huang; Wei-Chi Ku; Tsun-Hsuan Yi; Chia-Feng Tsai; Yu-Ju Chen; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama; Hsueh-Fen Juan; Shih-Hsiung Wu

  JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, Nov. 2012, Peer-reviewed

  
• Analytical strategies for shotgun phosphoproteomics: Status and prospects

  Haruna Imamura; Masaki Wakabayashi; Yasushi Ishihama

  SEMINARS IN CELL & DEVELOPMENTAL BIOLOGY, Oct. 2012, Peer-reviewed

  
• A Putative Polypeptide N-Acetylgalactosaminyltransferase/Williams-Beuren Syndrome Chromosome Region 17 (WBSCR17) Regulates Lamellipodium Formation and Macropinocytosis

  Yoshiaki Nakayama; Naosuke Nakamura; Sayoko Oki; Masaki Wakabayashi; Yasushi Ishihama; Ayumi Miyake; Nobuyuki Itoh; Akira Kurosaka

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, Sep. 2012, Peer-reviewed

  
• Transcriptional Regulation by Pol II(G) Involving Mediator and Competitive Interactions of Gdown1 and TFIIF with Pol II (vol 45, pg 51, 2012)

  Miki Jishage; Sohail Malik; Ulrich Wagner; Beatrix Uberheide; Yasushi Ishihama; Xiaopeng Hu; Brian T. Chait; Averell Gnatt; Bing Ren; Robert G. Roeder

  MOLECULAR CELL, Aug. 2012, Peer-reviewed

  
• Mass spectrum sequential subtraction speeds up searching large peptide MS/MS spectra datasets against large nucleotide databases for proteogenomics

  Mohamed Helmy; Naoyuki Sugiyama; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama

  GENES TO CELLS, Aug. 2012, Peer-reviewed

  
• LATS1/WARTS phosphorylates MYPT1 to counteract PLK1 and regulate mammalian mitotic progression

  Chiyoda, T; Sugiyama, N; Shimizu, T; Naoe, H; Kobayashi, Y; Ishizawa, J; Arima, Y; Tsuda, H; Ito, M; Kaibuchi, K; Aoki, D; Ishihama, Y; Saya, H; Kuninaka, S

  J Cell Biol, 28 May 2012

  
• Short-chain fatty acid receptor GPR41-mediated activation of sympathetic neurons involves synapsin 2b phosphorylation

  Daisuke Inoue; Ikuo Kimura; Masaki Wakabayashi; Hiroki Tsumoto; Kentaro Ozawa; Takafumi Hara; Yoshinori Takei; Akira Hirasawa; Yasushi Ishihama; Gozoh Tsujimoto

  FEBS Letters, 21 May 2012, Peer-reviewed

  
• LATS1/WARTS phosphorylates MYPT1 to counteract PLK1 and regulate mammalian mitotic progression

  Tatsuyuki Chiyoda; Naoyuki Sugiyama; Takatsune Shimizu; Hideaki Naoe; Yusuke Kobayashi; Jo Ishizawa; Yoshimi Arima; Hiroshi Tsuda; Masaaki Ito; Kozo Kaibuchi; Daisuke Aoki; Yasushi Ishihama; Hideyuki Saya; Shinji Kuninaka

  JOURNAL OF CELL BIOLOGY, May 2012, Peer-reviewed

  
• Close proximity of phosphorylation sites to ligand in the phosphoproteome of the extreme thermophile Thermus thermophilus HB8

  Yoshio Takahata; Masao Inoue; Kwang Kim; Yota Iio; Masaaki Miyamoto; Ryoji Masui; Yasushi Ishihama; Seiki Kuramitsu

  PROTEOMICS, May 2012, Peer-reviewed

  
• Short-chain fatty acid receptor GPR41-mediated activation of sympathetic neurons involves synapsin 2b phosphorylation

  Daisuke Inoue; Ikuo Kimura; Masaki Wakabayashi; Hiroki Tsumoto; Kentaro Ozawa; Takafumi Hara; Yoshinori Takei; Akira Hirasawa; Yasushi Ishihama; Gozoh Tsujimoto

  FEBS LETTERS, May 2012, Peer-reviewed

  
• Estimation and optimization of the peak capacity of one-dimensional gradient high performance liquid chromatography using a long monolithic silica capillary column

  Kanta Horie; Yoshiaki Sato; Takayuki Kimura; Tatsuji Nakamura; Yasushi Ishihama; Yoshiya Oda; Tohru Ikegami; Nobuo Tanaka

  JOURNAL OF CHROMATOGRAPHY A, Mar. 2012, Peer-reviewed

  
• Human proteome analysis by using reversed phase monolithic silica capillary columns with enhanced sensitivity

  Mio Iwasaki; Naoyuki Sugiyama; Nobuo Tanaka; Yasushi Ishihama

  JOURNAL OF CHROMATOGRAPHY A, Mar. 2012, Peer-reviewed

  
• Ectopic expression of Hmgn2 antagonizes mouse erythroid differentiation in vitro

  Kasem Kulkeaw; Tomoko Inoue; Chiyo Mizuochi; Yuka Horio; Yasushi Ishihama; Daisuke Sugiyama

  CELL BIOLOGY INTERNATIONAL, Feb. 2012, Peer-reviewed

  
• The rice proteogenomics database OryzaPG-DB: development, expansion, and new features

  Mohamed Helmy; Naoyuki Sugiyama; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama

  FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, 2012, Peer-reviewed

  
• Phosphoproteomics-Based Cancer Molecular-Targeting Therapy and Diagnostics

  石濱泰; 若林真樹

  癌と化学療法, 2012, Peer-reviewed

  
• Construction of a Microscale Phosphoproteomics System with High Sensitivity

  増田豪; 石濱泰; 石濱泰

  分析化学, 2012

  
• Transcriptional Regulation by Pol II(G) Involiving Mediator and Competitive Interactions of Gdown1 and TFIIF with Pol II

  Miki Jishage; Sohail Malik; Ulrich Wagner; Beatrix Uberheide; Yasushi Ishihama; Xiaopeng Hu; Brian T. Chait; Averell Gnatt; Bing Ren; Robert G. Roeder

  MOLECULAR CELL, Jan. 2012, Peer-reviewed

  
• Characterization of kinase inhibitors using different phosphorylation states of colony stimulating factor-1 receptor tyrosine kinase

  Daisuke Kitagawa; Masaki Gouda; Yasuyuki Kirii; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama; Ikuo Fujii; Yugo Narumi; Kensaku Akita; Koichi Yokota

  JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, Jan. 2012, Peer-reviewed

  
• Shotguns in the Front Line: Phosphoproteomics in Plants

  Hirofumi Nakagami; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama; Ken Shirasu

  PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, Jan. 2012, Peer-reviewed

  
• Nestin Protein Is Phosphorylated in Adult Neural Stem/Progenitor Cells and Not Endothelial Progenitor Cells

  Jun Namiki; Sayuri Suzuki; Takeshi Masuda; Yasushi Ishihama; Hideyuki Okano

  STEM CELLS INTERNATIONAL, 2012, Peer-reviewed

  
• 2G1510 Elucidation of lipid transfer mechanism of phospholipid transfer protein Sec14(Biological & Artificial Membranes,Oral Presentation,The 50th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

  Takahashi Chisato; Yamada Makiko; Wakabayashi Masaki; Ishihama Yasushi; Nakano Minoru

  Seibutsu Butsuri, 2012

  
• 2G1448 Regulation of Kesl sterol transport activity by PI4P and lipid membrane curvature(Biological & Artificial Membranes,Oral Presentation,The 50th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

  Yokoyama Hirokazu; Wakabayashi Masaki; Ishihama Yasushi; Nakano Minoru

  Seibutsu Butsuri, 2012

  
• Nestin protein is phosphorylated in adult neural stem/progenitor cells and not endothelial progenitor cells

  Jun Namiki; Sayuri Suzuki; Takeshi Masuda; Yasushi Ishihama; Hideyuki Okano

  Stem Cells International, 2012, Peer-reviewed

  
• Microscale Phosphoproteome Analysis of 10 000 Cells from Human Cancer Cell Lines

  Takeshi Masuda; Naoyuki Sugiyama; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama

  ANALYTICAL CHEMISTRY, Oct. 2011, Peer-reviewed

  
• OryzaPG-DB: Rice Proteome Database based on Shotgun Proteogenomics

  Mohamed Helmy; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama

  BMC PLANT BIOLOGY, Apr. 2011, Peer-reviewed

  
• Functional Preconcentration Tip of Total Volume Injection for ESI/MS Analysis of DNA Adducts

  Hiroya Murakami; Mio Koguchi; Yukihiro Esaka; Bunji Uno; Yasushi Ishihama

  ANALYTICAL SCIENCES, Feb. 2011, Peer-reviewed

  
• Use of stable isotope labeling by amino acids in cell culture as a spike-in standard in quantitative proteomics

  Tamar Geiger; Jacek R. Wisniewski; Juergen Cox; Sara Zanivan; Marcus Kruger; Yasushi Ishihama; Matthias Mann

  NATURE PROTOCOLS, Feb. 2011, Peer-reviewed

  
• Integrative features of the yeast phosphoproteome and protein-protein interaction map

  Yachie, N; Saito, R; Sugiyama, N; Tomita, M; Ishihama, Y

  PLoS Comput Biol, 27 Jan. 2011

  
• New trends in shotgun proteomics

  Yasushi Ishihama

  Seikagaku, 2011, Peer-reviewed

  
• Integrative Features of the Yeast Phosphoproteome and Protein-Protein Interaction Map

  Nozomu Yachie; Rintaro Saito; Naoyuki Sugiyama; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama

  PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, Jan. 2011, Peer-reviewed

  
• Detection of Rap1A as a yessotoxin binding protein from blood cell membranes

  Satoru Ujihara; Tohru Oishi; Ryota Mouri; Rie Tamate; Keiichi Konoki; Nobuaki Matsumori; Michio Murata; Yasukatsu Oshima; Naoyuki Sugiyama; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama

  BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS, Nov. 2010, Peer-reviewed

  
• Chemical dephosphorylation for identification of multiply phosphorylated peptides and phosphorylation site determination

  Yutaka Kyono; Naoyuki Sugiyama; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama

  RAPID COMMUNICATIONS IN MASS SPECTROMETRY, Aug. 2010, Peer-reviewed

  
• Large-Scale Comparative Phosphoproteomics Identifies Conserved Phosphorylation Sites in Plants

  Hirofumi Nakagami; Naoyuki Sugiyama; Keiichi Mochida; Arsalan Daudi; Yuko Yoshida; Tetsuro Toyoda; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama; Ken Shirasu

  PLANT PHYSIOLOGY, Jul. 2010, Peer-reviewed

  
• A systematic survey of in vivo obligate chaperonin-dependent substrates

  Kei Fujiwara; Yasushi Ishihama; Kenji Nakahigashi; Tomoyoshi Soga; Hideki Taguchi

  EMBO JOURNAL, May 2010, Peer-reviewed

  
• Towards the systematic discovery of signal transduction networks using phosphorylation dynamics data

  Haruna Imamura; Nozomu Yachie; Rintaro Saito; Yasushi Ishihama; Masaru Tomita

  BMC BIOINFORMATICS, May 2010, Peer-reviewed

  
• One-Dimensional Capillary Liquid Chromatographic Separation Coupled with Tandem Mass Spectrometry Unveils the Escherichia coli Proteome on a Microarray Scale

  Mio Iwasaki; Shohei Miwa; Tohru Ikegami; Masaru Tomita; Nobuo Tanaka; Yasushi Ishihama

  ANALYTICAL CHEMISTRY, Apr. 2010, Peer-reviewed

  
• A Systematic Survey of in vivo Obligate Chaperonin-dependent Substrates

  Fujiwara, K; Ishihama, Y; Nakahigashi, K; Soga, T; Taguchi, H

  EMBO J., 01 Apr. 2010, Peer-reviewed

  
• emPAI Calc-for the estimation of protein abundance from large-scale identification data by liquid chromatography-tandem mass spectrometry

  Kosaku Shinoda; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama

  BIOINFORMATICS, Feb. 2010, Peer-reviewed

  
• Quantitative proteome and phosphoproteome analyses of cultured cells based on SILAC labeling without requirement of serum dialysis

  Koshi Imami; Naoyuki Sugiyama; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama

  MOLECULAR BIOSYSTEMS, 2010, Peer-reviewed

  
• Frontline of phosphoproteomics-based cell signaling studies

  Yasushi Ishihama

  JOURNAL OF PHYSIOLOGICAL SCIENCES, 2010

  
• Type 2C protein phosphatases directly regulate abscisic acid-activated protein kinases in Arabidopsis

  Taishi Umezawa; Naoyuki Sugiyama; Masahide Mizoguchi; Shimpei Hayashi; Fumiyoshi Myouga; Kazuko Yamaguchi-Shinozaki; Yasushi Ishihama; Takashi Hirayama; Kazuo Shinozaki

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, Oct. 2009, Peer-reviewed

  
• Identification of DNA-dependent Protein Kinase as a Cofactor for the Forkhead Transcription Factor FoxA2

  Adam Nock; Janice M. Ascano; Tara Jones; Maria J. Barrero; Naoyuki Sugiyama; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama; Sohail Malik

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, Jul. 2009, Peer-reviewed

  
• Chemical Cleavage-Assisted Tryptic Digestion for Membrane Proteome Analysis

  Mio Iwasaki; Takeshi Masuda; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama

  JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, Jun. 2009, Peer-reviewed

  
• In Silico Analysis of Phosphoproteome Data Suggests a Rich-get-richer Process of Phosphosite Accumulation over Evolution

  Nozomu Yachie; Rintaro Saito; Junichi Sugahara; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama

  MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, May 2009, Peer-reviewed

  
• Ser/Thr/Tyr Phosphoproteome analysis of pathogenic and non-pathogenic Pseudomonas species

  Ayshwarya Ravichandran; Naoyuki Sugiyama; Masaru Tomita; Sanjay Swarup; Yasushi Ishihama

  PROTEOMICS, May 2009, Peer-reviewed

  
• In silico analysis of phosphoproteome data suggests a rich-get-richer process of phosphosite accumulation over evolution

  Yachie, N; Saito, R; Sugahara, J; Tomita, M; Ishihama, Y

  Mol Cell Proteomics, May 2009

  
• Unbiased Quantitation of Membrane Proteome Using Phase-Transfer Surfactants

  石濱泰; 石濱泰; 増田豪; 岩崎未央; 冨田勝

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2009, Peer-reviewed

  
• High-Efficiency Liquid Chromatographic Separation Utilizing Long Monolithic Silica Capillary Columns

  Kosuke Miyamoto; Takeshi Hara; Hiroshi Kobayashi; Hironobu Morisaka; Daisuke Tokuda; Kanta Horie; Kodai Koduki; Satoshi Makino; Oscar Nunez; Chun Yang; Takefumi Kawabe; Tohru Ikegami; Hirotaka Takubo; Yasushi Ishihama; Nobuo Tanaka

  ANALYTICAL CHEMISTRY, Nov. 2008, Peer-reviewed

  
• Successive and selective release of phosphorylated peptides captured by hydroxy acid-modified metal oxide chromatography

  Yutaka Kyono; Naoyuki Sugiyama; Koshi Imami; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama

  JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, Oct. 2008, Peer-reviewed

  
• Aligning LC peaks by converting gradient retention times to retention index of peptides in proteomic experiments

  Kosaku Shinoda; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama

  BIOINFORMATICS, Jul. 2008, Peer-reviewed

  
• On-line selective enrichment and ion-pair reaction for structural determination of sulfated glycopeptides by capillary electrophoresis-mass spectrometry

  Koshi Imami; Yasushi Ishihama; Shigeru Terabe

  JOURNAL OF CHROMATOGRAPHY A, Jun. 2008, Peer-reviewed

  
• Large-scale phosphorylation mapping reveals the extent of tyrosine phosphorylation in Arabidopsis

  Naoyuki Sugiyama; Hirofumi Nakagami; Keiichi Mochida; Arsalan Daudi; Masaru Tomita; Ken Shirasu; Yasushi Ishihama

  MOLECULAR SYSTEMS BIOLOGY, May 2008, Peer-reviewed

  
• Protein abundance profiling of the Escherichia coli cytosol

  Yasushi Ishihama; Thorsten Schmidt; Juri Rappsilber; Matthias Mann; F. Ulrich Hartl; Michael J. Kerner; Dmitrij Frishman

  BMC GENOMICS, Feb. 2008, Peer-reviewed

  
• Informatics for peptide retention properties in proteomic LC-MS

  Kosaku Shinoda; Masahiro Sugimoto; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama

  PROTEOMICS, Feb. 2008, Peer-reviewed

  
• Phase transfer surfactant-aided trypsin digestion for membrane proteome analysis

  Takeshi Masuda; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama

  JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, Feb. 2008, Peer-reviewed

  
• LGI1 and LGI4 bind to ADAM22, ADAM23 and ADAM11

  Koji Sagane; Yasushi Ishihama; Hachiro Sugimoto

  INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL SCIENCES, 2008, Peer-reviewed

  
• Development of Solid Phase Extraction Mini-Columns for Proteome Analysis

  石濱泰; 石濱泰

  分析化学, 2008

  
• Automated phosphoproteome analysis for cultured cancer cells by two-dimensional nanoLC-MS using a calcined titania/C18 biphasic column

  Koshi Imami; Naoyuki Sugiyama; Yutaka Kyono; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama

  ANALYTICAL SCIENCES, Jan. 2008, Peer-reviewed

  
• Polymer entrapment in polymerized silicate for preparing highly stable capillary coatings for CE and CE-MS

  Maria Rowena N. Monton; Masaru Tomita; Tomoyoshi Soga; Yasushi Ishihama

  ANALYTICAL CHEMISTRY, Oct. 2007, Peer-reviewed

  
• Splicing factor SF3b as a target of the antitumor natural product pladienolide

  Yoshihiko Kotake; Koji Sagane; Takashi Owa; Yuko Mimori-Kiyosue; Hajime Shimizu; Mai Uesugi; Yasushi Ishihama; Masao Iwata; Yoshiharu Mizui

  NATURE CHEMICAL BIOLOGY, Sep. 2007, Peer-reviewed

  
• Phosphopeptide enrichment by aliphatic hydroxy acid-modified metal oxide chromatography for nano-LC-MS/MS in proteomics applications

  Naoyuki Sugiyama; Takeshi Masuda; Kosaku Shinoda; Akihiro Nakamura; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama

  MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, Jun. 2007, Peer-reviewed

  
• Simple on-line sample preconcentration technique for peptides based on dynamic pH junction in capillary electrophoresis-mass spectrometry

  Koshi Imami; Maria Rowena N. Monton; Yasushi Ishihama; Shigeru Terabe

  JOURNAL OF CHROMATOGRAPHY A, May 2007, Peer-reviewed

  
• Enhancement of the efficiency of phosphoproteomic identification by removing phosphates after phosphopeptide enrichment

  Yasushi Ishihama; Fan-Yan Wei; Ken Aoshima; Toshitaka Sato; Junro Kuromitsu; Yoshiya Oda

  JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, Mar. 2007, Peer-reviewed

  
• Microelectrospray interface with coaxial sheath flow for high-resolution capillary electrophoresis/mass spectrometry separation

  HASHIMOTO Masahiko; ISHIHAMA Yasushi; ISHIHAMA Yasushi; TOMITA Masaru; TOMITA Masaru; SOGA Tomoyoshi; SOGA Tomoyoshi

  Rapid Communications in Mass Spectrometry, 2007, Peer-reviewed

  
• Protocol for micro-purification, enrichment, pre-fractionation and storage of peptides for proteomics using StageTips

  Juri Rappsilber; Matthias Mann; Yasushi Ishihama

  NATURE PROTOCOLS, 2007, Peer-reviewed

  
• Quantitative proteomics of mouse brain and specific protein-interaction studies using stable isotope labeling

  T. Sato; Y. Ishihama; Y. Oda

  Methods in Molecular Biology, 2007, Peer-reviewed

  
• Quantitative proteomics of mouse brain and specific protein-interaction studies using stable isotope labeling.

  Sato T; Ishihama Y; Oda Y

  Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2007, Peer-reviewed

  
• Optimization of protein digestion for membrane proteomics

  T. Masuda; Y. Igarashi; S. Ohnuma; N. Sugiyama; M. Tomita; Y. Ishihama

  MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, Oct. 2006

  
• A protein associated with toll-like receptor 4 (PRAT4A) regulates cell surface expression of TLR4

  Yasutaka Wakabayashi; Makiko Kobayashi; Sachiko Akashi-Takamura; Natsuko Tanimura; Kazunori Konno; Koichiro Takahashi; Takashi Ishii; Taketoshi Mizutani; Hideo Iba; Taku Kouro; Satoshi Takaki; Kiyoshi Takatsu; Yoshiya Oda; Yasushi Ishihama; Shin-ichiroh Saitoh; Kensuke Miyake

  JOURNAL OF IMMUNOLOGY, Aug. 2006, Peer-reviewed

  
• Simplified gradient generator for micro- and nano-liquid chromatography

  Kaoru Murata; Nariyasu Mano; Naoki Asakawa; Yasushi Ishihama

  JOURNAL OF CHROMATOGRAPHY A, Aug. 2006, Peer-reviewed

  
• Multiplexed two-dimensional liquid chromatography for MALDI and nanoelectrospray ionization mass spectrometry in proteomics

  Haruna Saito; Yoshiya Oda; Toshitaka Sato; Junro Kuromitsu; Yasushi Ishihama

  JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, Jul. 2006, Peer-reviewed

  
• Modular stop and go extraction tips with stacked disks for parallel and multidimensional peptide fractionation in proteomics

  Y Ishihama; J Rappsilber; M Mann

  JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, Apr. 2006, Peer-reviewed

  
• Exponentially modified protein abundance index (emPAI) for estimation of absolute protein amount in proteomics by the number of sequenced peptides per protein

  Y Ishihama; Y Oda; T Tabata; T Sato; T Nagasu; J Rappsilber; M Mann

  MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, Sep. 2005, Peer-reviewed

  
• Specificity of immobilized metal affinity-based IMAC/C18 tip enrichment of phosphopeptides for protein phosphorylation analysis

  M Kokubu; Y Ishihama; T Sato; T Nagasu; Y Oda

  ANALYTICAL CHEMISTRY, Aug. 2005, Peer-reviewed

  
• Proteome-wide analysis of chaperonin-dependent protein folding in Escherichia coli

  MJ Kerner; DJ Naylor; Y Ishihama; T Maier; HC Chang; AP Stines; C Georgopoulos; D Frishman; M Hayer-Hartl; M Mann; FU Hartl

  CELL, Jul. 2005, Peer-reviewed

  
• Quantitative mouse brain proteomics using culture-derived isotope tags as internal standards

  Y Ishihama; T Sato; T Tabata; N Miyamoto; K Sagane; T Nagasu; Y Oda

  NATURE BIOTECHNOLOGY, May 2005, Peer-reviewed

  
• Proteomic LC-MS systems using nanoscale liquid chromatography with tandem mass spectrometry

  Y Ishihama

  JOURNAL OF CHROMATOGRAPHY A, Mar. 2005, Peer-reviewed

  
• Efficient in-gel digestion procedure using 5-cyclohexyl-1-pentyl-beta-D-maltoside as an additive for gel-based membrane proteomics

  H Katayama; T Tabata; Y Ishihama; T Sato; Y Oda; T Nagasu

  RAPID COMMUNICATIONS IN MASS SPECTROMETRY, 2004, Peer-reviewed

  
• Stop and go extraction tips for matrix-assisted laser desorption/ionization, nanoelectrospray, and LC/MS sample pretreatment in proteomics

  J Rappsilber; Y Ishihama; M Mann

  ANALYTICAL CHEMISTRY, Feb. 2003, Peer-reviewed

  
• Microcolumns with self-assembled particle frits for proteomics

  Y Ishihama; J Rappsilber; JS Andersen; M Mann

  JOURNAL OF CHROMATOGRAPHY A, Dec. 2002, Peer-reviewed

  
• Analysis of the Plasmodium falciparum proteome by high-accuracy mass spectrometry

  E Lasonder; Y Ishihama; JS Andersen; AMW Vermunt; A Pain; RW Sauerwein; WMC Eling; N Hall; AP Waters; HG Stunnenberg; M Mann

  NATURE, Oct. 2002, Peer-reviewed

  
• A rapid method for pK(a) determination of drugs using pressure-assisted capillary electrophoresis with photodiode array detection in drug discovery

  Y Ishihama; M Nakamura; T Miwa; T Kajima; N Asakawa

  JOURNAL OF PHARMACEUTICAL SCIENCES, Apr. 2002, Peer-reviewed

  
• A rapid method for pK(a) determination of drugs using pressure-assisted capillary electrophoresis with photodiode array detection in drug discovery

  Y Ishihama; M Nakamura; T Miwa; T Kajima; N Asakawa

  JOURNAL OF PHARMACEUTICAL SCIENCES, Apr. 2002, Peer-reviewed

  
• Development of Solubility Screening Methods in Drug Discovery

  SUGAYA Yukiko; YOSHIBA Takako; KAJIMA Takashi; ISHIHAMA Yasushi

  YAKUGAKU ZASSHI, 01 Mar. 2002

  
• Drug-plasma protein binding assay by electrokinetic chromatography-frontal analysis

  Y Ishihama; T Miwa; N Asakawa

  ELECTROPHORESIS, Mar. 2002, Peer-reviewed

  
• 創薬における溶解性スクリーニング法の開発

  菅谷 幸子; 吉葉 孝子; 梶間 隆; 石濱 泰

  薬学雑誌, Mar. 2002

  
• Highly robust stainless steel tips as micro electro spray emitters

  Y Ishihama; H Katayama; N Asakawa; Y Oda

  RAPID COMMUNICATIONS IN MASS SPECTROMETRY, 2002, Peer-reviewed

  
• Drug-plasma protein binding assay by electrokinetic chromatography-frontal analysis

  Yasushi Ishihama; Toshinobu Miwa; Naoki Asakawa

  Electrophoresis, 2002

  
• Methylcellulose-immobilized reversed-phase precolumn for direct analysis of drugs in plasma by HPLC

  E Yamamoto; K Murata; Y Ishihama; N Asakawa

  ANALYTICAL SCIENCES, Oct. 2001, Peer-reviewed

  
• Surfactants usable for electrospray ionization mass spectrometry

  Y Ishihama; H Katayama; N Asakawa

  ANALYTICAL BIOCHEMISTRY, Dec. 2000, Peer-reviewed

  
• Development of an N-shaped cell for two-phase partitioning

  A Otsuka; Y Ishihama; K Uchikawa; N Asakawa

  BUNSEKI KAGAKU, May 2000, Peer-reviewed

  
• Enantiomeric separation by capillary electrophoresis with an electroosmotic flow-controlled capillary

  H Katayama; Y Ishihama; N Asakawa

  JOURNAL OF CHROMATOGRAPHY A, Apr. 2000, Peer-reviewed

  
• Electrophoretic mobility-assisted identification of proteins by nanoelectrospray capillary electrophoresis/mass spectrometry under methanolic conditions

  H Katayama; Y Ishihama; Y Oda; N Asakawa

  RAPID COMMUNICATIONS IN MASS SPECTROMETRY, 2000, Peer-reviewed

  
• Electrophoretic mobility-assisted identification of proteins by nanoelectrospray capillary electrophoresis/mass spectrometry under methanolic conditions

  H Katayama; Y Ishihama; Y Oda; N Asakawa

  RAPID COMMUNICATIONS IN MASS SPECTROMETRY, 2000

  
• Characterization of lipophilicity scales using vectors from solvation energy descriptors

  Y Ishihama; N Asakawa

  JOURNAL OF PHARMACEUTICAL SCIENCES, Dec. 1999, Peer-reviewed

  
• Studies of drug hydrophobicity, dissociation constants, and protein unfolding using capillary electrophoresis

  Y Ishihama

  BUNSEKI KAGAKU, Aug. 1999, Peer-reviewed

  
• 非保護ペプチドを用いた新しいペプチドブロック合成法の開発

  巌倉 正寛; 竹縄 辰行; 石濱 泰; 伊東 理; 小田 吉哉

  生化学, Aug. 1999

  
• A novel method for peptide block synthesis using unprotected peptides

  Y Ishihama; O Ito; Y Oda; T Takenawa; M Iwakura

  TETRAHEDRON LETTERS, Apr. 1999, Peer-reviewed

  
• Novel synthesis through repeated S-cyanocysteine mediated segment condensations

  O Ito; Y Ishihama; Y Oda; T Takenawa; K Yoshinari; M Iwakura

  PEPTIDE SCIENCE - PRESENT AND FUTURE, 1999, Peer-reviewed

  
• Stable cationic capillary coating with successive multiple ionic polymer layers for capillary electrophoresis

  H Katayama; Y Ishihama; N Asakawa

  ANALYTICAL CHEMISTRY, Dec. 1998, Peer-reviewed

  
• Quantitation of counter ion of a water-insoluble drug by nonaqueous capillary electrophoresis with indirect UV detection

  N Suzuki; Y Ishihama; T Kajima; N Asakawa

  JOURNAL OF CHROMATOGRAPHY A, Dec. 1998, Peer-reviewed

  
• Cyanocysteine-mediated molecular dissection of dihydrofolate reductase: Occurrence of intra- and inter-molecular reactions forming a peptide bond

  T Takenawa; Y Oda; Y Ishihama; M Iwakura

  JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, Jun. 1998, Peer-reviewed

  
• Stable capillary coating with successive multiple ionic polymer layers

  H Katayama; Y Ishihama; N Asakawa

  ANALYTICAL CHEMISTRY, Jun. 1998, Peer-reviewed

  
• Investigation of interactions between drug enantiomers and flavoprotein as a chiral selector by affinity capillary electrophoresis

  N Mano; Y Oda; Y Ishihama; H Katayama; N Asakawa

  JOURNAL OF LIQUID CHROMATOGRAPHY & RELATED TECHNOLOGIES, 1998, Peer-reviewed

  
• Development of Novel Capillary Coating Based on Physical Adsorption for Capillary Electrophoresis

  Hiroyuki Katayama; Yasushi Ishihama; Naoki Asakawa

  Analytical Sciences, 1998

  
• Nano-scale monitoring of the thermally-induced unfolding of proteins using capillary electrophoresis with in-column incubation

  Y Ishihama; Y Oda; N Asakawa; M Iwakura

  ANALYTICAL SCIENCES, Dec. 1997, Peer-reviewed

  
• Migration order reversal of enantiomers in capillary electrophoretic separation

  H Katayama; Y Ishihama; N Asakawa

  JOURNAL OF CHROMATOGRAPHY A, Mar. 1997, Peer-reviewed

  
• Hydrophobicity of cationic solutes measured by electrokinetic chromatography with cationic microemulsions

  Y Ishihama; Y Oda; N Asakawa

  ANALYTICAL CHEMISTRY, Dec. 1996, Peer-reviewed

  
• Linear free energy relationship analysis of microemulsion electrokinetic chromatographic determination of lipophilicity

  MH Abraham; C Treiner; M Roses; C Rafols; Y Ishihama

  JOURNAL OF CHROMATOGRAPHY A, Nov. 1996, Peer-reviewed

  
• A hydrophobicity scale based on the migration index from microemulsion electrokinetic chromatography of anionic solutes

  Y Ishihama; Y Oda; N Asakawa

  ANALYTICAL CHEMISTRY, Mar. 1996, Peer-reviewed

  
• EVALUATION OF SOLUTE HYDROPHOBICITY BY MICROEMULSION ELECTROKINETIC CHROMATOGRAPHY

  Y ISHIHAMA; Y ODA; K UCHIKAWA; N ASAKAWA

  ANALYTICAL CHEMISTRY, May 1995, Peer-reviewed

  
• Relationship between the Association Constant and Enantioselectivity on the Flavoprotein-Conjugated Chiral Stationary Phase for High-Performance Liquid Chromatography

  Nariyasu Mano; Yasushi Ishihama; Yoshiya Oda; Naoki Asakawa

  Analytical Sciences, 1995

  
• MICROSCALE DETERMINATION OF DISSOCIATION-CONSTANTS OF MULTIVALENT PHARMACEUTICALS BY CAPILLARY ELECTROPHORESIS

  Y ISHIHAMA; Y ODA; N ASAKAWA

  JOURNAL OF PHARMACEUTICAL SCIENCES, Oct. 1994, Peer-reviewed

  
• CORRELATION OF OCTANOL-WATER PARTITION-COEFFICIENTS WITH CAPACITY FACTORS MEASURED BY MICELLAR ELECTROKINETIC CHROMATOGRAPHY

  Y ISHIHAMA; Y ODA; K UCHIKAWA; N ASAKAWA

  CHEMICAL & PHARMACEUTICAL BULLETIN, Jul. 1994, Peer-reviewed

  
• SIMPLE AND SENSITIVE QUANTITATION METHOD FOR MEVALONIC ACID IN PLASMA USING GAS-CHROMATOGRAPHY MASS-SPECTROMETRY

  Y ISHIHAMA; N MANO; Y ODA; H HIYOSHI; H IKUTA; Y YOSHIDA

  RAPID COMMUNICATIONS IN MASS SPECTROMETRY, May 1994, Peer-reviewed

  
• OPTICAL RESOLUTION BY ELECTROKINETIC CHROMATOGRAPHY USING OVOMUCOID AS A PSEUDO-STATIONARY PHASE

  Y ISHIHAMA; Y ODA; N ASAKAWA; Y YOSHIDA; T SATO

  JOURNAL OF CHROMATOGRAPHY A, Apr. 1994, Peer-reviewed

  
• CYCLODEXTRIN-MODIFIED MICELLAR ELECTROKINETIC CHROMATOGRAPHY - SEPARATION OF HYDROPHOBIC AND ENANTIOMERIC COMPOUNDS

  S TERABE; Y MIYASHITA; Y ISHIHAMA; O SHIBATA

  JOURNAL OF CHROMATOGRAPHY, Apr. 1993, Peer-reviewed

  
• ENANTIOMERIC SEPARATION BY MICELLAR ELECTROKINETIC CHROMATOGRAPHY USING SAPONINS

  Y ISHIHAMA; S TERABE

  JOURNAL OF LIQUID CHROMATOGRAPHY, 1993, Peer-reviewed

  
• Effect of nonionic surfactants on the resolution and selectivity in micellar electrokinetic chromatography

  Shigeru Terabe; Hiroto Ozaki; Yasushi Ishihama

  Bunseki Kagaku, 1993

  
• MEASUREMENT OF THERMODYNAMIC QUANTITIES OF MICELLAR SOLUBILIZATION BY MICELLAR ELECTROKINETIC CHROMATOGRAPHY WITH SODIUM DODECYL-SULFATE

  S TERABE; T KATSURA; Y OKADA; Y ISHIHAMA; K OTSUKA

  JOURNAL OF MICROCOLUMN SEPARATIONS, Jan. 1993

  
• MICROEMULSION ELECTROKINETIC CHROMATOGRAPHY - COMPARISON WITH MICELLAR ELECTROKINETIC CHROMATOGRAPHY

  S TERABE; N MATSUBARA; Y ISHIHAMA; Y OKADA

  JOURNAL OF CHROMATOGRAPHY, Sep. 1992, Peer-reviewed

  
• EFFECT OF UREA ADDITION IN MICELLAR ELECTROKINETIC CHROMATOGRAPHY

  S TERABE; Y ISHIHAMA; H NISHI; T FUKUYAMA; K OTSUKA

  JOURNAL OF CHROMATOGRAPHY, Jun. 1991, Peer-reviewed

  

Misc.

• Application of Non-negative Matrix Factorization in Mass Spectrometry-Based Shotgun Proteomics

  TAECHAWATTANANANT Pasrawin; YOSHIZAWA Akiyasu C.; YOSHII Kazuyoshi; YOSHII Kazuyoshi; ISHIHAMA Yasushi

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2018

  
• jPOSTの10年間:プロテオーム統合データベースの未来に向けて

  吉沢明康; 高橋悠志; 小林大樹; 守屋勇樹; 幡野敦; 高見知代; 松本雅記; 荒木令江; 田畑剛; 田畑剛; 岩崎未央; 杉山直幸; 小寺義男; 福島敦史; 田中聡; 五斗進; 河野信; 河野信; 奥田修二郎; 石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2024

  
• jPOST & JPDM: a database for proteomics and a journal for data articles

  吉沢明康; 小林大樹; 守屋勇樹; 幡野敦; 高見知代; 松本雅記; 荒木令江; 田畑剛; 田畑剛; 岩崎未央; 杉山直幸; 小寺義男; 田中聡; 五斗進; 河野信; 河野信; 奥田修二郎; 石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2023

  
• 京大薬・医薬基盤研の連携による未踏創薬分野の開拓

  大野 浩章; 秋葉 宏樹; 金尾 英佑; 石濱 泰

  MEDCHEM NEWS, Sep. 2024, Peer-reviewed, Invited

  
• Development of high-speed and high-sensitivity capillary LC/MS/MS system for ultra-high throughput proteomics

  小形公亮; 富岡郁那; 富岡亮太; 垣内大斗; 森一成; 森一成; 有田誠; 有田誠; 今見考志; 金尾英佑; 金尾英佑; 石濱泰; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2024

  
• 脂質修飾プロテオーム解析のための脂質修飾ペプチド濃縮技術の開発

  津曲和哉; 磯部洋輔; 磯部洋輔; 磯部洋輔; 石濱泰; 清田純; 有田誠; 有田誠; 有田誠; 今見孝志

  日本生化学会大会(Web), 2023

  
• Identification of non-canonical proteins by protein terminomics

  西田紘士; 今見考志; 今見考志; 高地雄太; 石濱泰; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2022

  
• Development of Peptide Probes for Large-Scale Analysis of Protein Phosphatases

  新苗智也; 津曲和哉; 津曲和哉; 今見考志; 今見考志; 杉山直幸; 石濱泰; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2022

  
• Identification of novel translation initiation sites by protein N-terminomics

  西田紘士; 今見考志; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2021

  
• Peptide probes containing a non-hydrolyzable phosphotyrosine-mimetic residue toward tyrosine phosphatomics

  新苗智也; 津曲和哉; 津曲和哉; 今見考志; 杉山直幸; 大高章; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2021

  
• Dissecting co-translational modifications by nascent polypeptide chains omics

  今見考志; 内山純貴; ROY Rohini; WANG DO.; WANG DO.; 三嶋雄一郎; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2021

  
• Accelerating data re-analysis in jPOST using metadata from JPDM data papers

  高橋悠志; 吉沢明康; 小林大樹; 守屋勇樹; 幡野敦; 高見知代; 松本雅記; 荒木令江; 田畑剛; 田畑剛; 岩崎未央; 杉山直幸; 小寺義男; 福島敦史; 田中聡; 五斗進; 河野信; 奥田修二郎; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2024

  
• ZnOナノワイヤーの分子認識能を利用した新規液相分離場の開発

  中野克哉; 金尾英佑; 金尾英佑; 細見拓郎; 柳田剛; 石濱泰; 石濱泰; 久保拓也; 大塚浩二

  キャピラリー電気泳動シンポジウム講演要旨集, 2022

  
• ZnOナノワイヤー導入キャピラリーカラムによるヌクレオチドの選択的分離

  中野克哉; 金尾英佑; 金尾英佑; 久保拓也; 大塚浩二; 細見拓郎; 柳田剛; 足立淳; 足立淳; 石濱泰; 石濱泰

  日本分析化学会年会講演要旨集(Web), 2021

  
• Liquid-liquid extraction for proteomics of lipid-modified sites

  津曲和哉; 磯部洋輔; 磯部洋輔; 磯部洋輔; 石濱泰; 石濱泰; 清田純; 有田誠; 有田誠; 有田誠; 今見孝志

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2023

  
• Exploration of BRAF V600E Substrates by Phosphoproteome and Interactome Analysis

  花田毅己; 金尾英佑; 金尾英佑; 村岡賢; 今見考志; 杉山直幸; 足立淳; 足立淳; 石濱泰; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2023

  
• One-step enrichment of protein terminal peptides using pipette tip columns for protein terminomics

  森川和哉; 西田紘士; 今見考志; 今見考志; 石濱泰; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2023

  
• Spatial Proteome Imaging by Machine-gun Proteomics

  富岡郁那; 富岡亮太; 小形公亮; 森一晟; 森一晟; 有田誠; 有田誠; 今見孝志; 杉山直幸; 石濱泰; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2023

  
• Protein N-terminomics by One-step Isolation Methods for Protein N-terminal Peptides

  森川和哉; 西田紘士; 今見考志; 石濱泰; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2023

  
• Development of a high-throughput proteomics platform using spongy-like enzyme reactors

  田中俊輔; 中井郁那; 西田紘士; 金尾英佑; 金尾英佑; 金尾英佑; 今見考志; 今見考志; 石濱泰; 石濱泰; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2023

  
• Global, in vivo, and site-specific profiling of protein lipidation using liquid-liquid extraction

  津曲和哉; 蜷川拓実; 磯部洋輔; 磯部洋輔; 磯部洋輔; 石濱泰; 清田純; 有田誠; 有田誠; 有田誠; 今見考志

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2023

  
• Identification of Non-canonical Proteins by N-terminomics of Nascent Polypeptide Chains

  森川和哉; 西田紘士; 今見考志; 今見考志; 石濱泰; 石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2022

  
• Analysis of the surface proteome of extracellular vesicles and the uptake mechanism by the recipient cells using proximity-labeling proteomics

  李優嘉; 今見考志; 今見考志; 金尾英佑; 金尾英佑; 杉山直幸; 石濱泰; 石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2022

  
• 細胞外小胞のプロテオーム動態

  今見考志; 今見考志; 李優嘉; 吉野千明; 有田誠; 有田誠; 石濱泰

  日本生化学会大会(Web), 2022

  
• 近接標識プロテオミクスによる細胞外小胞-タンパク質間相互作用解析

  李優嘉; 今見考志; 杉山直幸; 石濱泰

  日本生化学会大会(Web), 2022

  
• インタラクトーム及びリン酸化プロテオーム解析によるBRAFキナーゼの基質探索

  花田毅己; 金尾英佑; 金尾英佑; 金尾英佑; 村岡賢; 李優嘉; 新苗智也; 今見考志; 今見考志; 杉山直幸; 杉山直幸; 足立淳; 足立淳; 石濱泰; 石濱泰; 石濱泰

  日本生化学会大会(Web), 2022

  
• 小さなセルの大きな世界-高感度分析技術が照らしだすシングルセルプロテオーム

  小形公亮; 石濱泰

  化学, 2022

  
• Sensing protein conformational changes by in vitro phosphorylation tagging

  前田朝登; 小形公亮; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2022

  
• Proteome-wide analysis of N-terminal acetylation of nascent polypeptides

  森川和哉; 内山純貴; 西田紘士; 今見考志; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2022

  
• Large-scale discovery of BRAF substrates by proteomic approaches

  花田毅己; 金尾英佑; 金尾英佑; 村岡賢; 李優嘉; 新苗智也; 今見考志; 杉山直幸; 足立淳; 足立淳; 石濱泰; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2022

  
• High-speed taxonomy profiling by proteomics approaches

  工藤拓実; 山下蓮太郎; WU Pei-Shan; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2022

  
• Development of a rapid subclass separation technique for diversity analysis of extracellular vesicles

  金尾英佑; 金尾英佑; 和田俊太郎; 久保拓也; 大塚浩二; 秋吉一成; 足立淳; 足立淳; 石濱泰; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2022

  
• Large-scale identification of substrate cleavage sites of ectodomain shedding by quantitative protein terminomics

  津曲和哉; 石濱泰

  生化学, 2022

  
• Adding New Dimension to Peptide Separation with Ion Mobility Spectrometry

  小形公亮; CHANG Chih-Hsiang; YEUNG Darien; SPICER Victor; KROKHIN Oleg; 石濱泰; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2022

  
• Glycoproteome Profiling for Subclassification of Extracellular Vesicles

  金尾英佑; 金尾英佑; 和田俊太郎; 久保拓也; 大塚浩二; 秋吉一成; 足立淳; 足立淳; 石濱泰; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2022

  
• Development of High-Sensitivity/High-Throughput Proteomics Systems for Minute Sample Analysis

  中井郁那; 富岡亮太; 杉山直幸; 小形公亮; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2022

  
• 新生ポリペプチド鎖のプロテオミクス

  今見考志; 今見考志; 内山純貴; 森川和哉; 石濱泰

  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2022

  
• Frontiers in Pharmaceutical Proteomics

  石濱泰

  BMSコンファレンス講演要旨集, 2021

  
• Proximity-labeling proteomic approach to investigate the molecular determinants underlying the exosome uptake into cells

  李優嘉; 新苗智也; 今見考志; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2021

  
• Profiling kinome activities using highly selective and sensitive artificial substrate peptides

  上原茉緒; 中園純菜; 坂本大; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2021

  
• Development of protease enrichment methods using cleaved substrate peptide probes

  渡邉佑太; 新苗智也; 小形公亮; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2021

  
• Separation of Saccharides via Specific π-Interaction on Fullerenes

  金尾英佑; 金尾英佑; 小林宏資; 高谷光; 久保拓也; 大塚浩二; 足立淳; 足立淳; 石濱泰; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2021

  
• Peptide ion mobility prediction based on the sequence-specific amino acid contributions

  小形公亮; CHANG Chih-Hsiang; YEUNG Darien; SPICER Victor; KROKHIN Oleg; 石濱泰; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2021

  
• Development of a novel proteome analysis method utilizing nanoLC/ion mobility spectrometry/MS

  中井郁那; 富岡亮太; 杉山直幸; 小形公亮; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2021

  
• One-Step Isolation of Protein C-terminal Peptides with Ligand Exchange Chromatography

  西田紘士; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2021

  
• Kinase Phosphorylation Motif-Targeting Phosphoproteomics for Elucidation of Signaling Pathways

  小形公亮; TSAI Chia-Feng; 杉山直幸; 石濱泰; 石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2021

  
• Exploring interactionsome analysis between extracellular vesicles and recipient cellular proteins by proximity-labeling proteomics

  LI Yuka; 新苗智也; 今見考志; 杉山直幸; 石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2021

  
• Novel method for construction of a reference amino acid sequence database for metaproteome analysis

  三浦信明; 石濱泰; 奥田修二郎; 奥田修二郎

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2021

  
• Combinatorial analysis of translatome and proteome unveils the importance of hidden ORFs

  松本有樹修; 市原知哉; 西田紘士; 今見考志; 石濱泰; 中山敬一

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2021

  
• Development of micro-scale separation technologies for omics analysis

  石濱泰

  キャピラリー電気泳動シンポジウム講演要旨集, 2021

  
• Molecular mechanism and biological significance of non-AUG translation initiation revealed by precise identification of translation initiation sites

  市原知哉; 松本有樹修; 西田紘士; 今見孝志; 石濱泰; 中山敬一

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2021

  
• Challenges of the Proteome Database jPOST

  石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2021

  
• エチレングリコールを用いた細胞分画法とプロテオミクスへの応用

  増田豪; 伊藤慎悟; 石濱泰; 大槻純男

  生体膜と薬物の相互作用シンポジウム講演要旨集, 2021

  
• Decomposition of MS/MS spectrograms from DIA proteomics for protein identification and quantitation

  町田和典; 上村京也; 田畑剛; 小形公亮; 吉沢明康; 吉井和佳; 田中利幸; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2022

  
• Protein identification by hierarchical clustering of mass spectrograms in shotgun proteomics

  疋田拓也; 木部航希; 吉沢明康; 田畑剛; 吉井和佳; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2021

  
• Acceleration of The Dissection Reaction at Cyanocysteine Residue by Neighboring Lysine

  YOSHINARI Koichi; TAKENAWA Tatsuyuki; ISHIHAMA Yasushi; ODA Yoshiya; IWAKURA Masahiro

  Peptide Chem., 01 Oct. 1996

  
• Effect of aliphatic hydroxycarboxylic acids on phosphopeptide enrichment using metal oxide-packed microtips

  N. Sugiyama; S. Ohnuma; Y. Igarashi; T. Masuda; M. Tomita; Y. Ishihama

  MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, Oct. 2006

  
• The second-generation antipsychotic olanzapine induces aberrant intermolecular disulfide bonds of proinsulin

  蜷川暁; 多田誠一郎; 奥村正樹; 井ノ口健太; 木下岬; 金村進吾; 金村進吾; 今見考志; 梅澤元; 石川時郎; MACKIN Robert; 鳥居征司; 石濱泰; 稲葉謙次; 穴澤貴行; 長嶺敬彦; 森和俊

  日本細胞生物学会大会(Web), 2021

  
• The second generation antipsychotic olanzapine induces atypical development of diabetes due to aberrant disulfide bond formations of proinsulin in pancreatic beta cells

  蜷川暁; 多田誠一郎; 奥村正樹; 井ノ口健太; 木下岬; 金村進吾; 今見考志; 梅澤元; 石川時郎; MACKIN Robert; 鳥居征司; 石濱泰; 稲葉謙次; 穴澤貴行; 長嶺敬彦; 森和俊

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2021

  
• A mannosidase in the endoplasmic reticulum exerts its function by protein-protein association

  蜷川暁; GEORGE Ginto; 矢木宏和; 古川潤一; 橋井則貴; 石井明子; DENG Ying; 石川時郎; 今見考志; 石濱泰; 加藤晃一; 加藤晃一; 岡田徹也; 森和俊

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2021

  
• Elucidation of molecular mechanisms and functions of N-glycan mannose trimming required for glycoprotein ER-associated degradation pathway

  蜷川暁; GEORGE Ginto; 矢木宏和; 住友嘉樹; 真木勇太; 石川時郎; 佐久間哲史; 山本卓; 今見考志; 石濱泰; 梶原康宏; 加藤晃一; 加藤晃一; 岡田徹也; 森和俊

  日本糖質学会年会要旨集, 2021

  
• A novel physiological function of RseP, an E. coli intramembrane protease: Transcriptional activation of genes involved in iron uptake through the cleavage of FecR.

  横山達彦; 新苗智也; 津曲和哉; 今見考志; 石濱泰; 檜作洋平; 秋山芳展

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2021

  
• 糖尿病マウスにおいて歯周病菌が肝臓代謝機能に及ぼす影響

  柏木陽一郎; 生川由貴; 和泉自泰; 杉山直幸; 馬場健史; 石濱泰; 柏木厚典; 村上伸也

  糖尿病(Web), 2020

  
• Peptide probes containing a non-hydrolyzable phosphotyrosine-mimetic residue toward tyrosine phosphatome analysis

  新苗智也; 津曲和哉; 津曲和哉; 今見考志; 杉山直幸; 大石真也; 大石真也; 大野浩章; 大高章; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2021

  
• 糖尿病マウスにおいて歯周病菌が肝臓代謝機能に及ぼす影響

  柏木 陽一郎; 生川 由貴; 和泉 自泰; 杉山 直幸; 馬場 健史; 石濱 泰; 柏木 厚典; 村上 伸也

  糖尿病, Aug. 2020

  
• 抗精神病薬オランザピンによって,プロインスリンは分子間ジスルフィド結合を介した構造異常が誘発され,小胞体関連分解によって処理される

  蜷川 暁; 多田 誠一郎; 奥村 正樹; 井ノ口 健太; 木下 岬; 金村 進吾; 今見 考志; 梅沢 元; 石川 時郎; 岡田 徹也; Mackin Robert; 鳥居 征司; 石濱 泰; 稲葉 謙次; 穴澤 貴行; 長嶺 敬彦; 森 和俊

  日本細胞生物学会大会講演要旨集, Jun. 2020

  
• jPOST Tools (I): Utilities for Peak List Processing

  Tabata Tsuyoshi; Yoshizawa Akiyasu C.; Yasushi Ishihama

  Journal of Proteome Data and Methods (Web), 2020

  
• Enrichment of Tyrosine Phosphopeptides by Ligand Exchange Chromatography for Tyrosine Phosphoproteome Analysis

  中田花菜; 南部早紀; 杉山直幸; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2020

  
• Shotgun Proteomics with Temperature Controlled Reversed Phase Liquid Chromatography

  小形公亮; 富岡亮太; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2020

  
• In Vitro Human Kinome Profiling Using Phosphoproteomic Approaches

  杉山直幸; 今村春菜; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2020

  
• 小胞体関連分解因子EDEM2は,TXNDC11とジスルフィド結合を介した複合体を形成し,マンノシダーゼ活性を発揮する

  蜷川暁; GEORGE Ginto; 矢木宏和; 住友嘉樹; 石川時郎; 佐久間哲史; 山本卓; 今見考志; 石濱泰; 加藤晃一; 加藤晃一; 岡田徹也; 森和俊

  日本生化学会大会(Web), 2020

  
• Development of the EasyGel Platform in High-throughput and High-speed GeLCMS Proteomics

  山下蓮太郎; 上村駿人; 今見考志; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2020

  
• Frontiers in Proteomics Technology

  石濱泰

  日本生態学会大会講演要旨(Web), 2020

  
• Prediction of collision-induced dissociation spectra of tryptic peptides for the application to shotgun proteomics

  橘本哲志; 吉沢明康; 吉井和佳; 石濱泰; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2020

  
• The second generation antipsychotic olanzapine induces ER-associated degradation of proinsulin due to its abberrant disulfide bond formation

  蜷川暁; 多田誠一郎; 井ノ口健太; 今見考志; 梅澤元; 石川時郎; 岡田徹也; MACKIN Robert; 鳥居征司; 石濱泰; 穴澤貴行; 長嶺敬彦; 森和俊

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2020

  
• Illuminating human kinome in cellular signaling

  石濱泰

  JSBMS Letters, 2020

  
• Development of Proteome Analysis Exclusively Using Precursor Ion Information

  中井郁那; 富岡亮太; 杉山直幸; 小形公亮; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2020

  
• New Generation Proteomics by Integrating Mass Spectrometry with Intelligent Statistical Analysis

  石濱泰

  日本化学会春季年会講演予稿集(CD-ROM), 2020

  
• Development of Microbiome Profiling based on Metaproteomic Analysis

  MOON J.H.; 伊藤麻里子; 杉山直幸; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2020

  
• 大腸菌S2PファミリープロテアーゼRsePの基質探索:鉄取り込みに関与する転写制御因子の切断とその生理的意義

  横山達彦; 新苗智也; 津曲和哉; 今見考志; 石濱泰; 檜作洋平; 秋山芳展

  日本生化学会大会(Web), 2020

  
• High-throughput and high-speed GeLCMS proteomics with the EasyGel platform

  山下蓮太郎; 上村駿人; 今見考志; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2020

  
• Phosphotyrosine-selective enrichment of phosphopeptides by ligand exchange chromatography

  中田花菜; 南部早紀; 杉山直幸; 杉山直幸; 石濱泰; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2020

  
• Regulation of lipid accumulation in a green alga, Chlamydomonas reinhardtii (1) Function of protein kinase TAR1

  新川はるか; 太田羽藍; 梶川昌孝; 梶川昌孝; 野村裕子; 小倉真優; 椹木裕里; 山野隆志; 中神弘史; 杉山直幸; 石濱泰; 兼崎友; 吉川博文; 福澤秀哉

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2020

  
• Peptide identification by LC/MS-based Proteomics without product ion information

  中井郁那; 富岡亮太; 杉山直幸; 小形公亮; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2020

  
• An enzymatic activity of EDEM2 is endowed by TXNDC11 connected via a disulfide bond

  蜷川暁; GEORGE Ginto; 矢木宏和; 斎藤泰輝; 住友嘉樹; 石川時郎; 佐久間哲史; 山本卓; 今見考志; 石濱泰; 加藤晃一; 加藤晃一; 岡田徹也; 森和俊

  日本糖質学会年会要旨集, 2020

  
• ファンクショナルプロテオミクスの最前線〜分子メカニズムの包括的解明から創薬へ〜 "Functionality"を有するリン酸化部位を相関解析から同定する

  今見 考志; 石濱 泰

  日本生化学会大会プログラム・講演要旨集, Sep. 2019

  
• タンパク質の運命を制御する生体システムと疾病のフロンティア 第二世代抗精神病薬オランザピンは、副作用としてProinsulinの適切なジスルフィド結合形成を阻害し糖尿病を誘発する

  蜷川 暁; 岡田 徹也; 梅澤 元; 石川 時郎; 鳥居 征司; Mackin Robert; 今見 考志; 石濱 泰; 長嶺 敬彦; 森 和俊

  日本生化学会大会プログラム・講演要旨集, Sep. 2019

  
• 新生鎖大規模解析のためのピューロマイシン標識ペプチド濃縮法の開発

  内山 純貴; 今見 考志; 杉山 直幸; 石濱 泰

  電気泳動, Jul. 2019

  
• 新規キナーゼ基質同定法の開発と変異型基質リン酸化シグナル解析への応用

  新苗 智也; 今見 考志; Tsai Chia-Feng; 杉山 直幸; 石濱 泰

  電気泳動, Jul. 2019

  
• 定量的末端プロテオミクスによる膜タンパク質シェディングサイトの大規模解析

  津曲 和哉; 張 智翔; 山本 英人; 杉山 直幸; 石濱 泰

  電気泳動, Jul. 2019

  
• 事後ペプチドシーケンスタグの利用によるタンパク質同定の精度向上

  吉沢 明康; 田畑 剛; 岩崎 未央; 杉山 直幸; Kaell Lukas; 石濱 泰

  電気泳動, Jul. 2019

  
• 定量的リン酸化プロテオミクスを用いたキノーム活性解析

  吉川 侑樹; 杉山 直幸; 石濱 泰

  電気泳動, Jul. 2019

  
• Proteomic analysis data of human induced pluripotent stem cells and human fibroblast cells

  Iwasaki Mio; Ishihama Yasushi

  Journal of Proteome Data and Methods (Web), 2019

  
• プロテオームおよび糖鎖関連の質量分析データリポジトリの開発

  渡辺由; 木下聖子; 石濱泰; 奥田修二郎

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2019

  
• 定量的リン酸化プロテオミクスを用いたキノーム活性解析

  吉川侑樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2019

  
• 事後ペプチドシーケンスタグの利用によるタンパク質同定の精度向上

  吉沢明康; 田畑剛; 田畑剛; 岩崎未央; 杉山直幸; KAELL Lukas; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2019

  
• キャピラリーLCシステムを用いたリン酸化ペプチドの定量

  小森優美; 新苗智也; 高橋知里; 今見考志; 杉山直幸; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2019

  
• 深層学習を用いたペプチド由来質量分析イオンピークの検出法の開発

  守屋勇樹; 田畑剛; 田畑剛; 岩崎未央; 河野信; 河野信; 五斗進; 石濱泰; 瀧川一学; 瀧川一学; 吉沢明康

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2019

  
• 配列タグを用いたタンパク質配列超高速検索システムの開発

  吉沢明康; 内藤雄樹; 早川英介; 五斗進; 石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2019

  
• マススペクトログラムの階層クラスタリングに基づくタンパク質同定

  木部航希; 吉沢明康; 田畑剛; 吉井和佳; 吉井和佳; 石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2019

  
• プロテオゲノミクスのための解析プラットフォーム開発

  上村駿人; 吉沢明康; 杉山直幸; 奥田修二郎; 石濱泰

  日本分析化学会年会講演要旨集(Web), 2019

  
• 人工基質ペプチドを用いたキノーム活性プロファイリング

  杉山直幸; 中園純菜; 八児一隆; 坂本大; CHANG Hsin-Yi; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2019

  
• キナーゼ基質ペプチドライブラリを用いた細胞内チロシンキナーゼ活性計測

  八児一隆; 坂本大; 高橋知里; 杉山直幸; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2019

  
• 新規キナーゼ基質同定法の開発と変異型基質リン酸化シグナル解析への応用

  新苗智也; 今見考志; TSAI Chia-Feng; 杉山直幸; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2019

  
• 定量的末端プロテオミクスによる膜タンパク質シェディングサイトの大規模解析

  津曲和哉; 津曲和哉; CHANG C H.; 山本英人; 杉山直幸; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2019

  
• T細胞活性化に起因する全身性のメタボロームシフトを介した情動行動変化

  宮島倫生; 章白浩; 章白浩; 杉浦悠毅; 園村和弘; グェッリーニ マッテオ; 茶本健司; 古川貴久; 石濱泰; 松田文彦; 末松誠; 本庶佑; ファガラサン シドニア

  がんと代謝研究会プログラム&抄録集, 2019

  
• 新生鎖大規模解析のためのピューロマイシン標識ペプチド濃縮法の開発

  内山純貴; 今見考志; 杉山直幸; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2019

  
• 胎生期血管形成におけるリン酸化酵素遺伝子SGK1の内皮特異的発現機構と下流シグナル伝達様式の解析

  原田恭弘; 原田恭弘; 田中亨; 足立淳; 若林真樹; 石濱泰; 渡邉裕介; 川村晃久; 中川修

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2019

  
• 免疫細胞を制御するRNA結合タンパク質の機能解析

  植畑拓也; 山田信之輔; 織大祐; 今見考志; 宮崎正輝; 石濱泰; 河本宏; 竹内理

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2019

  
• Translational and post-translational regulations through the dynamic protein phosphorylation

  今見考志; 今見考志; 石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2019

  
• In vivoピューロマイシン標識を用いる新生鎖プロテオーム解析法の開発

  内山純貴; 今見考志; 杉山直幸; 石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2019

  
• 小胞体タンパク質品質管理機構の中心を担うN型糖鎖依存/非依存小胞体関連分解経路の分子メカニズムの解析

  蜷川暁; GINTO George; 矢木宏和; 今見考志; 石濱泰; 石川時郎; 佐久間哲史; 山本卓; 武田俊一; 加藤晃一; 加藤晃一; 岡田徹也; 森和俊

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2019

  
• セリン/スレオニンキナーゼ特異的人工基質ペプチドを用いたキノーム活性計測

  中園純菜; 坂本大; 杉山直幸; 石濱泰

  日本分析化学会年会講演要旨集(Web), 2019

  
• 創薬プロテオミクス研究の最前線

  石濱泰

  臨床化学, 2019

  
• ”Functionality”を有するリン酸化部位を相関解析から同定する

  今見考志; 今見考志; 石濱泰

  日本生化学会大会(Web), 2019

  
• 第二世代抗精神病薬オランザピンは,副作用としてProinsulinの適切なジスルフィド結合形成を阻害し糖尿病を誘発する

  蜷川暁; 岡田徹也; 梅澤元; 石川時郎; 鳥居征司; ROBERT Mackin; 今見考志; 石濱泰; 長嶺敬彦; 森和俊

  日本生化学会大会(Web), 2019

  
• 深層学習に基づくペプチド由来イオンピークの新規検出手法

  守屋勇樹; 田畑剛; 田畑剛; 岩崎未央; 河野信; 五斗進; 石濱泰; 瀧川一学; 瀧川一学; 吉沢明康

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2019

  
• 事後ペプチドシーケンスタグを利用する高精度タンパク質同定

  田畑剛; 吉沢明康; 岩崎未央; 杉山直幸; KAELL Lukas; 石濱泰

  第67回質量分析総合討論会, 2019

  
• 新生ポリペプチド鎖の大規模解析法の開発

  内山純貴; 今見考志; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会第139年会, 2019

  
• リン酸化チロシンミミックペプチドプローブを用いたプロテインホスファターゼ濃縮法の開発

  高見祐哉; 津曲和哉; Hsin-Yi Chang; 杉山直幸; 大高章; 石濱泰

  日本薬学会第139年会, 2019

  
• プロテオミクスLC/MS/MSにおける高速化の検討

  富岡亮太; 舟橋充央; 小形公亮; 張心儀; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会第139年会, 2019

  
• キナーゼ収斂リン酸化プロテオミクスを用いた分子標的薬プロファイリング

  吉川侑樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会第139年会, 2019

  
• Evaluation of kinase substrate relationships

  Tomoya Niinae; Koshi Imami; Chia-Feng Tsai; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  3rd KBMSSシンポジウム, 2019

  
• Tyrosine phosphoproteomics based on immobilized metal ion affinity chromatography

  Saki Nambu; Miho Ogasawara; Hsin-Yi Chang; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  3rd KBMSSシンポジウム, 2019

  
• Optimization of LC/MS/MS conditions for deep proteomics with meter-scale C18 monolithic silica capillary columns

  Michio Funahashi; Hironori Achiwa; Hsin-Yi Chang; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  3rd KBMSSシンポジウム, 2019

  
• Development of a metaproteomics platform for microbiome analysis

  坂本悠太; 伊藤麻里子; 柏木陽一郎; 野崎剛徳; 村上伸也; 吉沢明康; 杉山直幸; 石濱泰

  3rd KBMSSシンポジウム, 2019

  
• 酸化金属クロマトグラフィーを用いた新規タンパク質C末端ペプチド濃縮法の開発

  西田紘士; 杉山直幸; 石濱泰

  第67回質量分析総合討論会, 2019

  
• 20190521

  石濱 泰

  Japan Society of Clinical Proteogenomics (JSCP), 2019

  
• 選択的HDAC3阻害による蛋白アセチル化を介したアポトーシス誘導機構の検討(Selective HDAC3 inhibition induces apoptosis in B cell lymphoma through protein acetylation)

  松井 宏行; 白川 康太郎; Chang Hsin-Yi; Daniela Sarca. A.; 数馬 安浩; 福田 寛文; 山崎 寛章; 松本 忠彦; 石濱 泰; 高折 晃史

  臨床血液, Sep. 2018

  
• プロテオミクスの最新技術の基礎から応用まで 電場分離を利用したショットガンプロテオミクス

  石濱 泰

  電気泳動, Aug. 2018

  
• Mass++ ver.4: an open-source, quick and simple data viewer

  Satoshi Tanaka; Masaki Murase; Tsuyoshi Takahashi; Masaki Kato; Maiko Kusano; Shin Kawano; Akiyasu C. Yoshizawa; Susumu Goto; Yasushi Ishihama

  American Society for Mass Spectrometry Annual Conference, 07 Jun. 2018

  
• Utilizing peptide sequence tags for controlling false discovery rates in database search

  Akiyasu C. Yoshizawa; Tsuyoshi Tabata; Mio Iwasaki; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  American Society for Mass Spectrometry Annual Conference, 07 Jun. 2018

  
• Protein Chromatography for Bottom-Up Proteomics to Extend the Proteome Coverage

  Kosuke Ogata; Michio Funahashi; Hsin-Yi Chang; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  American Society for Mass Spectrometry Annual Conference, 05 Jun. 2018

  
• Non-negative Matrix Factorization for Mass Spectrometry-Based Protein Identification

  Pasrawin Taechawattananant; Akiyasu C. Yoshizawa; Kazuyoshi Yoshii; Yasushi Ishihama

  RECOMB2018, 23 Apr. 2018

  
• 逆相LC/MSにおけるリン酸化/非リン酸化ペプチドの溶出順序の逆転

  小形公亮; KROHKIN Oleg V.; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2018

  
• ヒメツリガネゴケのアブシシン酸応答変異体を用いたリン酸化プロテオーム解析

  原百合絵; 石川慎之介; 天谷安奈; 桑原真由里; 高橋史憲; 水門佐保; 杉山直幸; 石濱泰; 竹澤大輔; 坂田洋一; 篠崎一雄; 梅澤泰史

  日本植物生理学会年会(Web), 2018

  
• マウス臓器および糞便のメタプロテオミクス

  坂本悠太; 伊藤麻里子; 柏木陽一郎; 野崎剛徳; 村上伸也; 吉沢明康; 杉山直幸; 石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2018

  
• 液相及び気相分離を駆使した次世代ショットガンプロテオゲノミクス

  石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2018

  
• 電場分離を利用したショットガンプロテオミクス

  石濱泰

  電気泳動(Web), 2018

  
• 第二世代抗精神病薬オランザピンがインスリン分泌不全を引き起こし,糖尿病を誘起する分子メカニズムの解析

  蜷川暁; 岡田徹也; 今見考志; 梅澤元; 石川時郎; 鳥居征司; MACKIN Robert; 石濱泰; 長嶺敬彦; 森和俊

  日本生化学会大会(Web), 2018

  
• DNA塩基損傷の定量的分析手法の構築

  江坂幸宏; 江坂幸宏; 村上博哉; 久戸賢治; 國嶋咲希; 吉元亜希子; 石濱泰; 手嶋紀雄; 宇野文二; 宇野文二

  日本分析化学会年会講演要旨集, 2018

  
• セリウム錯体を用いた脱リン酸化法のin vitroキナーゼ試験への適用

  八児 一隆; 張 心儀; 杉山 直幸; 石濱 泰

  第41回日本分子生物学会, 2018

  
• jPOSTプロジェクトが提供するプロテオミクスデータとその解析ツール

  五斗進; 守屋勇樹; 河野信; 奥田修二郎; 渡辺由; 松本雅記; 高見知代; 小林大樹; 山ノ内祥訓; 荒木令江; 吉沢明康; 田畑剛; 岩崎未央; 杉山直幸; 田中聡; 石濱泰

  第41回日本分子生物学会, 2018

  
• プロテオーム統合データベースの機能深化

  守屋勇樹; 河野信; 奥田修二郎; 渡辺由; 松本雅記; 高見知代; 小林大樹; 山ノ内祥訓; 荒木令江; 吉沢明康; 田畑剛; 岩崎未央; 杉山直幸; 田中聡; 五斗進; 石濱泰

  第41回日本分子生物学会, 2018

  
• キノーム活性測定に向けたin vitroキナーゼ基質の大規模同定

  中園純菜; 坂本大; 張心儀; 杉山直幸; 石濱泰

  第41回日本分子生物学会, 2018

  
• プロテオミクスによる細胞内キナーゼ基質大規模同定法の開発

  新苗 智也; 今見 考志; Tsai Chia-Feng; 杉山 直幸; 石濱 泰

  第41回日本分子生物学会, 2018

  
• Microenvironmental cues for Adipocyte Commitment: a Crosstalk between Surfaceome and Secretome

  Hsin-Yi Chang; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  2018 Annual meeting of Taiwan Proteomics Society, 2018

  
• メートル長モノリス型シリカカラムを用いたnanoLC/MS/MSシステムにおけるプロテオーム解析条件の最適化

  舟橋充央; 阿知波弘憲; 張心儀; 杉山直幸; 石濱泰

  第29回クロマトグラフィー科学会議, 2018

  
• 固定化金属イオンに対する相互作用に基づいたチロシンリン酸化ペプチド濃縮法の開発

  南部早紀; 小笠原実穂; 張心儀; 杉山直幸; 石濱泰

  第29回クロマトグラフィー科学会議, 2018

  
• 金属アフィニティークロマトグラフィーによるタンパク質C末端ペプチドの新規濃縮法の開発

  西田 紘士; 杉山 直幸; 石濱 泰

  第29回クロマトグラフィー科学会議, 2018

  
• jPOST統合環境の開発

  奥田修二郎; 渡辺由; 守屋勇樹; 河野信; 松本雅記; 高見知代; 小林大樹; 山ノ内祥訓; 荒木令江; 吉沢明康; 田畑剛; 岩崎未央; 杉山直幸; 田中聡; 五斗進; 石濱泰

  トーゴ―の日2018シンポジウム, 2018

  
• High Resolution Peptide Separation for Illuminating Human Proteome

  Yasushi?Ishihama; Kosuke Ogata; Chih-Hsiang Chang; Koshi Imami; Naoyuki Sugiyama

  HUPO2018, 2018

  
• SCX Chromatography to Isolate Protein N-terminal Peptides for N-terminome Analysis

  Chih-Hsiang Chang; Eito Yamamoto; Hsin-Yi Chang; Naoyuki Sugiyama; Juri Rappsilber; Yasushi Ishihama

  25th International Symposium on Electro- and Liquid Phase-Separation Techniques(ITP2018), 2018

  
• Metaproteome Analysis of Mouse Tissues and Feces

  坂本悠太; 伊藤麻里子; 柏木陽一郎; 野崎剛徳; 村上伸也; 杉山直幸; 石濱泰

  25th International Symposium on Electro- and Liquid Phase-Separation Techniques(ITP2018), 2018

  
• 固定化金属イオンアフィニティークロマトグラフィーを用いたチロシンリン酸化ペプチド濃縮法の開発

  南部早紀; 小笠原実穂; 張心儀; 杉山直幸; 石濱泰

  BMAS2018 第31回バイオメディカル分析科学シンポジウム, 2018

  
• HPLC装置におけるリン酸化分子の吸着評価法の検討

  小森優美; 新苗智也; 今見考志; 杉山直幸; 石濱泰

  BMAS2018 第31回バイオメディカル分析科学シンポジウム, 2018

  
• Enrichment of Protein N-terminal Peptides by Charge-Mounted Positional Separation Using Ion Exchange Chromatography

  Chih-Hsiang Chang; Eito Yamamoto; Hsin-Yi Chang; Naoyuki Sugiyama; Juri Rappsilber; Yasushi Ishihama

  国際シンポジウムProteins: From the Cradle to the Grave, 2018

  
• 高分離能nanoLC/MS/MSを用いた高深度ヒトプロテオーム解析

  舟橋充央; 阿知波弘憲; 張心儀; 杉山直幸; 石濱泰

  第25回クロマトグラフィーシンポジウム, 2018

  
• プロテアーゼ固定化チップの開発とショットガンプロテオーム解析への応用

  西田紘士; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  第25回クロマトグラフィーシンポジウム, 2018

  
• Metadata Curation for fully utilizing raw MS data in jPOST repository

  Kobayashi, D; Araki, N; Okuda, S; Watanabe, Y; Moriya, Y; Kawano, S; Yamamoto, T; Matsumoto, T; Takami, T; Yoshizawa, A.C; Tabata, T; Iwasaki, M; Sugiyama, N; Tanaka, S; Goto, S; Ishihama, Y

  Mass Spectrometry and Proteomics 2018 (MSP2018)（日本質量分析学会・日本プロテオーム学会 2018年合同大会）, 2018

  
• Charge-Mounted Positional Separation by Ion Exchange Chromatography for Protein N-Terminal Peptide Enrichment

  ChIh-Hsiang Chang; Eito Yamamoto; Hsin-Yi Chang; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  Mass Spectrometry and Proteomics 2018 (MSP2018)（日本質量分析学会・日本プロテオーム学会 2018年合同大会）, 2018

  
• Development of simple and rapid LC/MS/MS methods for host cell protein assay

  Michio Funahashi; Hsin-Yi Chang; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  KBMSS2018, 2018

  
• Phosphotyrosine-selective immobilized metal ion affinity chromatography

  Saki Nambu; Miho Ogasawara; Hsin-Yi Chang; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  KBMSS2018, 2018

  
• Development of serine/threonine kinase-specific substrate peptides for monitoring kinome activity

  Junna Nakazono; Dai Sakamoto; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  KBMSS2018, 2018

  
• 人工基質ペプチドライブラリを用いた高選択的かつ高感度なキノーム活性計測

  八児一隆; 中園純菜; 坂本大; 高橋知里; CHANG Hsin‐Yi; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2018

  
• メタプロテオミクスのためのデータ解析ワークフロー開発

  上村駿人; 伊藤麻里子; 吉沢明康; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2018

  
• 細胞抽出タンパク質プールを用いたキナーゼの基質モチーフ解析

  新苗智也; 今見孝志; CHANG Hsin‐Yi; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2018

  
• プロテオミクス試料調製用タンパク質固定化StageTipの開発

  西田紘士; 若林真樹; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2018

  
• マススペクトルにおけるペプチド同位体比の精確性

  木部航希; 吉沢明康; 田畑剛; 吉井和佳; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2018

  
• キナーゼ基質大規模同定に基づくキナーゼの基質配列指向性評価

  中園純菜; 坂本大; CHANG H‐Y; 杉山直幸; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2018

  
• チロシンキナーゼ特異的人工基質ペプチドを用いたin vitroキノーム活性計測

  八児一隆; 高橋知里; 坂本大; CHANG H‐Y; 杉山直幸; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2018

  
• プロテオミクスLC/MSの高速化

  舟橋充央; 阿知波弘憲; 山本有希子; CHANG Hsin‐Yi; 杉山直幸; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2018

  
• Ribosomics reveals a novel mechanism for translational regulation

  Imami Koshi; Milek Miha; Bogdanow Boris; Yasuda Tomoharu; Ishihama Yasushi; Landthaler Markus; Selbach Matthias

  Abstracts for Annual Meeting of Japanese Proteomics Society, 2018

  
• Understanding of ABA-dependent phosphosignaling pathways in landplants

  Amagai Anna; Takezawa Daisuke; Takahashi Fuminori; Frank Gubler; Jose Barrero; Scott Peck C; Shinozaki Kazuo; Umezawa Taishi; Honda Yoshimasa; Hara Yurie; Ishikawa Shinnosuke; Kuwamura Mayuri; Shinozawa Akihisa; Sugiyama Naoyuki; Ishihama Yasushi; Sakata Yoischi

  Abstracts for Annual Meeting of Japanese Proteomics Society, 2018

  
• Phosphorylation Network Analysis Based on Kinome Profiling

  Sugiyama Naoyuki; Imamura Haruna; Sakamoto Dai; Nakazono Junna; Yachigo Kazutaka; Takahashi Chisato; Chang Hsin-Yi; Ishihama Yasushi

  Abstracts for Annual Meeting of Japanese Proteomics Society, 2018

  
• Surface Proteome Profiles Meet Adipocyte Commitment

  Chang Hsin-Yi; Sugiyama Naoyuki; Ishihama Yasushi

  Abstracts for Annual Meeting of Japanese Proteomics Society, 2018

  
• 生体金属動態の分子科学-「生命金属科学」への展開 コンディショナルプロテオミクスによる亜鉛関連タンパク質群の同定

  田村 朋則; 三木 卓幸; 西川 雄貴; 清中 茂樹; 若林 真樹; 石濱 泰; 浜地 格

  生命科学系学会合同年次大会, Dec. 2017

  
• PINK1-Parkinシグナル伝達に関与する新規分子の解析

  柴 佳保里; 井下 強; 青木 裕子; 石濱 泰; 今居 譲; 服部 信孝

  生命科学系学会合同年次大会, Dec. 2017

  
• 生体金属動態の分子科学-「生命金属科学」への展開 コンディショナルプロテオミクスによる亜鉛関連タンパク質群の同定

  田村 朋則; 三木 卓幸; 西川 雄貴; 清中 茂樹; 若林 真樹; 石濱 泰; 浜地 格

  生命科学系学会合同年次大会, Dec. 2017

  
• Kinase activity profiling by motif-targeting phosphoproteome analysis

  Chia-Feng Tsai; Masaki Wakabayashi; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  American Society for Mass Spectrometry Annual Conference, 08 Jun. 2017

  
• Controlling false discovery rate in accumulated public proteome dataset

  Akiyasu C. Yoshizawa; Tsuyoshi Tabata; Yuki Moriya; Shin Kawano; Shujiro Okuda; Yu Watanabe; Tadashi Yamamoto; Masaki Matsumoto; Tomoyo Takami; Daiki Kobayashi; Norie Araki; Naoyuki Sugiyama; Satoshi Tanaka; Susumu Goto; Yasushi Ishihama

  American Society for Mass Spectrometry Annual Conference, 05 Jun. 2017

  
• 分離分析の最新技術-high resolution LC-MS/MSをもちいたプロテオーム解析-

  石濱泰

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2017

  
• プロテオミクスを用いて暗黒キノーム世界を照らす

  石濱泰

  キャピラリー電気泳動シンポジウム講演要旨集, 2017

  
• プロテオミクスを用いたキノーム活性プロファイリング

  石濱泰

  日本生化学会大会(Web), 2017

  
• jPOST: Development of reanalysis protocol toward control of false discovery rate in peptide identification

  Akiyasu C. Yoshizawa; Tsuyoshi Tabata; Mio Iwasaki; Yuki Moriya; Shin Kawano; Shujiro Okuda; Yu Watanabe; Tadashi Yamamoto; Masaki Matsumoto; Tomoyo Takami; Daiki Kobayashi; Norie Araki; Naoyuki Sugiyama; Satoshi Tanaka; Susumu Goto; Yasushi Ishihama

  ConBio2017, 2017

  
• 異なる細胞株由来タンパク質に対するキナーゼのリン酸化モチーフ解析

  新苗智也; 張心儀; 杉山直幸; 石濱泰

  第28回クロマトグラフィー科学会議, 2017

  
• シリカモノリス型カラムを用いた疾患モデルマウスのメタプロテオーム解析

  坂本悠太; 伊藤麻里子; 柏木陽一郎; 野崎剛徳; 村上伸也; 杉山直幸; 石濱泰

  第28回クロマトグラフィー科学会議, 2017

  
• アフィニティークロマトグラフィーを用いたリン酸化ペプチドと金属イオンの相互作用解析

  南部早紀; 小笠原実穂; Hsin-Yi Chang; 杉山直幸; 石濱泰

  第28回クロマトグラフィー科学会議, 2017

  
• メートル長C18モノリス型シリカキャピラリーカラムと 緩勾配溶出を組み合わせたnanoLC/MS/MSによる タンパク質同定システムの最適化

  舟橋充央; 阿知波弘憲; 山本有希子; Hsin-Yi Chang; 杉山直幸; 石濱泰

  第28回クロマトグラフィー科学会議, 2017

  
• Quantitative Analysis of Cleavage Sites Generated by Ectodomain Shedding

  津曲和哉; 山本英人; 張智翔; 杉山直幸; 石濱泰

  新学術領域研究「新生鎖の生物学」平成29 年度第1 回班会議, 2017

  
• タンパク質末端大規模解析のためのタンパク質末端ペプチド濃縮法の開発

  山本英人; 張智翔; 木村迪子; 杉山直幸; 石濱泰

  新学術領域研究「新生鎖の生物学」平成29 年度第1 回班会議, 2017

  
• Large-Scale Identification of Protein N-Terminal Sites by Mass Spectrometry

  張智翔; 山本英人; 杉山直幸; 石濱泰

  新学術領域研究「新生鎖の生物学」平成29 年度第1 回班会議, 2017

  
• jPOST：再解析プロトコルによる同定結果の質的向上

  吉沢明康; 田畑剛; 守屋勇樹; 河野信; 奥田修二郎; 渡辺由; 山本格; 松本雅記; 高見知代; 小林大樹; 荒木令江; 杉山直幸; 田中聡; 五斗進; 石濱泰

  トーゴ―の日シンポジウム2017, 2017

  
• Reducing false positive identifications for proteome datasets accumulated in jPOST repository

  Yoshizawa A; Tabata T; Moriya Y; Kawano S; Okuda S; Watanabe Y; Yamamoto T; Matsumoto M; Takami T; Kobayashi D; Araki N; Sugiyama N; Tanaka S; Goto S; Ishihama Y

  16th Human Proteome Organization World Congress (HUPO2017), 2017

  
• N-terminal Arg/Lys Proteases for Shotgun Proteomics

  Chih-Hsiang Chang; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  日本プロテオーム学会2017年大会, 2017

  
• プロテオミクスデータ解析/演習

  石濱泰; 小林大樹; 吉沢明康

  BMSコンファレンス講演要旨集, 2017

  
• エクトドメインシェディング切断部位の網羅的同定

  津曲和哉; 山本英人; CHANG C.H; 杉山直幸; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2017

  
• jPOST:プロテオーム統合データベースプロジェクト

  奥田修二郎; 渡辺由; 守屋勇樹; 河野信; 山本格; 松本雅記; 高見知代; 小林大樹; 荒木令江; 吉沢明康; 田畑剛; 杉山直幸; 田中聡; 五斗進; 石濱泰

  日本生化学会大会(Web), 2017

  
• タンパク質末端大規模解析に向けた新規タンパク質末端ペプチド濃縮法の開発

  山本英人; 張智翔; 木村迪子; 杉山直幸; 石濱泰

  日本生化学会大会(Web), 2017

  
• プロテオーム統合データベースjPOST:質量分析データ・リポジトリ

  奥田修二郎; 渡辺由; 守屋勇樹; 河野信; 山本格; 松本雅記; 高見知代; 小林大樹; 荒木令江; 吉沢明康; 田畑剛; 杉山直幸; 田中聡; 五斗進; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2017

  
• ヒトおよびマウスの腸内細菌叢メタプロテオーム解析

  伊藤麻里子; 坂本悠太; 杉山直幸; 園村和弘; 松田文彦; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2017

  
• jPOST再解析プロトコル:偽陽性と偽陰性の同時減少を目指す

  吉沢明康; 田畑剛; 守屋勇樹; 河野信; 奥田修二郎; 渡辺由; 山本格; 松本雅記; 高見知代; 小林大樹; 荒木令江; 杉山直幸; 田中聡; 五斗進; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2017

  
• コンディショナルプロテオミクスによる亜鉛関連タンパク質群の同定

  田村朋則; 三木卓幸; 西川雄貴; 清中茂樹; 若林真樹; 石濱泰; 浜地格; 浜地格

  日本生化学会大会(Web), 2017

  
• jPOST:プロテオームデータベースの開発

  守屋勇樹; 河野信; 奥田修二郎; 渡辺由; 山本格; 松本雅記; 高見知代; 小林大樹; 荒木令江; 吉沢明康; 田畑剛; 杉山直幸; 田中聡; 五斗進; 石濱泰

  日本生化学会大会(Web), 2017

  
• マルチプレックス解析:深度とスループットの両立

  小形公亮; TSAI Chia‐Feng; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2017

  
• CE濃縮‐ESI‐MSによる核酸損傷分析法の開発

  江坂幸宏; 江坂幸宏; 久戸賢治; 漆原三佳; 藤井智輝; 山本拓平; 宇野文二; 宇野文二; 廣川健; 石濱泰; 村上博哉

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2017

  
• jPOST:同定結果のFDR改善を目指す再解析プロトコルの開発

  吉沢明康; 田畑剛; 守屋勇樹; 河野信; 奥田修二郎; 渡辺由; 山本格; 松本雅記; 高見知代; 小林大樹; 荒木令江; 杉山直幸; 田中聡; 五斗進; 石濱泰

  日本生化学会大会(Web), 2017

  
• PINK1‐Parkinシグナル伝達に関与する新規分子の解析

  柴佳保里; 井下強; 青木裕子; 石濱泰; 今居譲; 服部信孝

  日本生化学会大会(Web), 2017

  
• データベース検索エンジンを用いたタンパク質同定における特異性向上

  吉沢明康; 田畑剛; 守屋勇樹; 河野信; 奥田修二郎; 渡辺由; 山本格; 松本雅記; 高見知代; 小林大樹; 荒木令江; 杉山直幸; 田中聡; 五斗進; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2017

  
• キナーゼ阻害薬と定量的リン酸化プロテオミクスを用いたPKA基質探索

  新苗智也; 小形公亮; 今村春菜; 今村春菜; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2017

  
• 疾患モデルマウスのメタプロテオーム解析

  坂本悠太; 伊藤麻里子; 柏木陽一郎; 野崎剛徳; 村上伸也; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2017

  
• DNA損傷の高感度ESI‐MS検出のための検出形態に関する検討

  江坂幸宏; 江坂幸宏; 藤井智輝; 久戸賢治; 山本拓平; 宇野文二; 宇野文二; 鳥村政基; 石濱泰; 村上博哉

  分析化学討論会講演要旨集, 2017

  
• リン酸化プロテオーム解析技術を用いたキノームプロファイリング

  杉山直幸; 石濱泰

  分析化学討論会講演要旨集, 2017

  
• 表面プラズモン共鳴バイオセンサーによるリン酸化ペプチド‐金属イオン間相互作用解析

  南部早紀; 小笠原実穂; 杉山直幸; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2017

  
• メートル長モノリス型シリカカラムを用いたnanoLC/MS/MSリン酸化プロテオミクス

  阿知波弘憲; 鎌倉健雄; 杉山直幸; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2017

  
• HILIC‐ESI‐MS/MSを用いたDNA付加体定量分析法の高感度化

  村上博哉; 堀場瑠璃; 吉元亜希子; 宇野文二; 石濱泰; 江坂幸宏; 手嶋紀雄

  フローインジェクション分析講演会講演要旨集, 2017

  
• Toward Comprehensive Identification of Cleavage Sites Generated by Ectodomain Shedding

  Tsumagari K; Yamamoto E; Chang C.H; Sugiyama N; Ishihama Y

  Abstracts for Annual Meeting of Japanese Proteomics Society, 2017

  
• モチーフ標的定量プロテオミクスによるヒト細胞内リン酸化修飾ストイキオメトリーの大規模解析

  石濱 泰; Tsai Chia-Feng

  生物物理, Sep. 2016

  
• プロテオーム間引き解析とSWATH

  石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2016

  
• リン酸化プロテオミクスを駆使した創薬キノームプロファイリング

  石濱泰

  CBI学会研究講演会, 2016

  
• 高分離能LCと高分解能MSのハイファネーションによる超高分離分析システムの実現とその応用

  石濱泰

  分析化学討論会講演要旨集, 2016

  
• ヒトプロテオーム解明に向けたプロテオーム解析法の開発

  石濱泰

  キャピラリー電気泳動シンポジウム講演要旨集, 2016

  
• プロテオーム統合データベースjPOSTの構築

  石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2016

  
• キナーゼ収儉型リン酸化プロテオミクスによるシグナルネットワーク解析

  石濱泰

  日本生化学会大会(Web), 2016

  
• Profiling of kinase substrates using in vitro phosphorylation stoichiometry

  Pasrawin Taechawattananant; 坂本 大; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱 泰

  第29回バイオメディカル分析科学シンポジウム, 2016

  
• 細胞膜透過性キナーゼ基質ペプチドを用いた細胞内キノーム活性計測

  石川菜津美; 坂本大; Pasrawin Taechawattananant; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  第64回質量分析総合討論会, 2016

  
• 酵素反応による差別化を用いる高感度DNA損傷分析ESI‐MS法の開発

  江坂幸宏; 江坂幸宏; 村上博哉; 堀場瑠莉; 漆原三佳; 宇野文二; 宇野文二; 手嶋紀雄; 金子和弘; 鳥村政基; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2016

  
• 腸内細菌叢プロテオミクスに向けた分析システムの開発

  伊藤麻里子; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2016

  
• リジン脱アセチル化酵素を用いた新規アセチル化ペプチド濃縮技術の開発

  津曲和哉; 橋本貴行; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2016

  
• ポリマー多層被覆法を用いたHILIC用モノリス型シリカキャピラリーカラムの開発

  阿知波弘憲; 鎌倉健雄; 市原駿; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2016

  
• 新規conditionalプロテオミクスによる亜鉛関連タンパク質群の同定

  西川雄貴; 三木卓幸; 清中茂樹; 若林真樹; 石濱泰; 浜地格; 浜地格

  日本生化学会大会(Web), 2016

  
• 腸内細菌叢メタプロテオーム解析プラットフォームの開発

  伊藤麻里子; 若林真樹; 杉山直幸; 園村和弘; 松田文彦; 石濱泰

  日本生化学会大会(Web), 2016

  
• キナーゼ特異的人工基質を用いた細胞内キノーム活性計測

  坂本大; 石川菜津美; TAECHAWATTANANANT Pasrawin; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2016

  
• 金属錯体を用いたリン酸化合物の質量分析法の開発

  小笠原実穂; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本生化学会大会(Web), 2016

  
• プロテインキナーゼのリン酸化修飾は基質選択性を制御する

  敷田奈都紀; 佐藤綾香; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2016

  
• プロテオーム統合データベースjPOST:再解析プロトコルの開発

  吉沢明康; 田畑剛; 守屋勇樹; 河野信; 奥田修二郎; 渡邉由; 山本格; 松本雅記; 高見知世; 小林大樹; 荒木令江; 杉山直幸; 五斗進; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2016

  
• プロテオーム統合データベースjPOST:再解析プロトコルの開発

  吉沢明康; 田畑剛; 守屋勇樹; 河野信; 奥田修二郎; 渡辺由; 山本格; 松本雅記; 高見知世; 小林大樹; 荒木令江; 杉山直幸; 五斗進; 石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2016

  
• キナーゼ特異性を有する人工基質ペプチドを用いたヒトキノーム活性プロファイリング

  坂本大; 石川菜津美; TAECHAWATTANANANTI Pasrawin; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2016

  
• DIAスライスモードを用いたLC/MS/MSによる大規模定量プロテオミクス

  阿知波弘憲; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2016

  
• プロテオーム統合データベースjPOSTの開発

  五斗進; 奥田修二郎; 渡邉由; 守屋勇樹; 河野信; 山本格; 松本雅記; 高見知代; 小林大樹; 荒木令江; 吉沢明康; 田畑剛; 杉山直幸; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2016

  
• キノーム活性計測に向けたキナーゼ特異的人工基質ペプチドライブラリの創出

  坂本大; 石川菜津美; TAECHAWATTANANANT Pasrawin; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2016

  
• jPOST:プロテオームデータベースプロジェクト

  守屋勇樹; 河野信; 奥田修二郎; 渡辺由; 山本格; 松本雅記; 高見知世; 小林大樹; 荒木令江; 吉沢明康; 田畑剛; 杉山直幸; 五斗進; 石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2016

  
• プロテオーム統合データベースjPOST:質量分析データ・リポジトリの公開

  奥田修二郎; 渡辺由; 守屋勇樹; 河野信; 山本格; 松本雅記; 高見知世; 小林大樹; 荒木令江; 吉沢明康; 田畑剛; 杉山直幸; 五斗進; 石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2016

  
• タンパク質末端大規模解析に向けた新規カルボキシ末端ペプチド濃縮法の開発

  山本英人; 木村迪子; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2016

  
• 細胞内リン酸化プロテオームプロファイルからキノーム活性を予測する

  高橋知里; 今村春菜; 今村春菜; 矢崎達也; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2016

  
• 細胞内リン酸化プロテオームプロファイルからキノーム活用を予測する

  高橋知里; 今村春奈; 今村春奈; 矢崎達也; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2016

  
• データベース構築とキナーゼ基質予測を用いた大規模発現/翻訳後修飾プロテオーム解析

  杉山直幸; 三宅里美; 坂本大; TAECHAWATTANANANT Pasrawin; 若林真樹; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2016

  
• キナーゼ特異性を有する人工基質ペプチドを用いたヒトキノーム活性プロファイリング

  坂本大; 石川菜津美; TAECHAWATTANANANT Pasrawin; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2016

  
• 質量スペクトルはデータベース検索“グレーゾーン”を明瞭化するか

  吉沢明康; 田畑剛; 守屋勇樹; 河野信; 奥田修二郎; 山本格; 松本雅記; 小林大樹; 荒木令江; 杉山直幸; 五斗進; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2016

  
• LC‐ESI‐MSによるDNA付加体分析のためのイオン化効率改善に関する研究

  荒木逸杜; 村上博哉; 堀場瑠璃; 宇野文二; 石濱泰; 江坂幸宏; 手嶋紀雄

  分析化学討論会講演要旨集, 2016

  
• 動電過給濃縮‐Phos‐tag錯体化‐ESI‐MS法による損傷ヌクレオチドの高感度検出

  江坂幸宏; 江坂幸宏; 漆原三佳; 久戸賢治; 宇野文二; 宇野文二; 廣川健; 鳥村政基; 村上博哉; 石濱泰

  日本分析化学会年会講演要旨集, 2016

  
• 1細胞解析を指向した超高感度プロテオーム解析プラットフォームの開発

  若林真樹; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2016

  
• リン酸化プロテオミクスを用いたプロテインキナーゼの構造と基質選択性の相関

  敷田奈都紀; 佐藤綾香; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2016

  
• 金属錯体生成を利用したリン酸化合物のポジティブイオンモードによる質量分析

  小笠原実穂; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2016

  
• ヒトキノームの基質特異性および活性プロファイリング

  杉山直幸; 坂本大; 今村春菜; TAECHAWATTANANANT Pasrawin; 石川奈津美; 若林真樹; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2016

  
• メタプロテオミクスによる腸内細菌叢分析システムの開発

  伊藤麻里子; 若林真樹; 杉山直幸; 園村和弘; 松田文彦; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2016

  
• DNA adductomicsを目指したLC‐MSシステムの最適化

  村上博哉; 荒木逸杜; 堀場瑠璃; 金子和弘; 宇野文二; 手嶋紀雄; 石濱泰; 江坂幸宏

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2016

  
• Nuclease P1差別化処理‐DNA損傷塩基検出法の開発

  江坂幸宏; 江坂幸宏; 堀場瑠璃; 新宅圭太朗; 宇野文二; 宇野文二; 石濱泰; 村上博哉

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2016

  
• 核酸損傷塩基検出システムとしての動電過給濃縮‐オンライン錯体化‐ESI‐MS法

  江坂幸宏; 江坂幸宏; 久戸賢治; 漆原三佳; 宇野文二; 宇野文二; 鳥村政基; 廣川健; 石濱泰; 村上博哉

  キャピラリー電気泳動シンポジウム講演要旨集, 2016

  
• 小胞体膜タンパク質の膜貫通配列によるリン脂質flip‐flopの促進

  中尾裕之; 池田恵介; 石濱泰; 中野実

  膜シンポジウム, 2016

  
• 膜タンパク質画分のプロテオーム解析によるスキルス胃癌の新規バイオマーカータンパク質の探索

  村岡 賢; 久米 秀明; 橋口 一成; 足立 淳; 橋本 裕希; 深水 和菜; 石濱 泰; 松原 久裕; 朝長 毅; 嶋本 顕; 田原 栄俊

  日本分子腫瘍マーカー研究会誌, Dec. 2015

  
• LATS1/2キナーゼによる後期促進複合体APC/CサブユニットCDC26リン酸化制御

  國仲 慎治; 増田 健太; 千代田 達幸; 杉山 直幸; セグラ-カブレラ・アルド; 加部 泰明; 植木 有紗; 阪埜 浩司; 末松 誠; 青木 大輔; 石濱 泰; 佐谷 秀行

  日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集, Dec. 2015

  
• Phosphoproteomic analysis of the ABA signaling pathway in Physcomitrella patens

  HONDA YOSHIMASA; SUGIYAMA NAOYUKI; KUWAMURA MAYURI; TERAO RYOSUKE; ISHIZUKA KOZUE; SAKATA YOICHI; TAKEZAWA DAISUKE; ISHIHAMA YASUSHI; SHINOZAKI KAZUO; UMEZAWA TAISHI

  日本植物生理学会年会要旨集, 09 Mar. 2015

  
• 大規模プロテオミクス解析を用いたスキルス胃癌の新規腫瘍マーカー膜タンパク質の探索

  村岡 賢; 久米 秀明; 橋口 一成; 足立 淳; 橋本 裕希; 深水 和菜; 石濱 泰; 松原 久裕; 朝長 毅

  日本分子腫瘍マーカー研究会誌, Mar. 2015

  
• 質量分析技術を基盤とした超高感度分析手法の革新 超高感度LC-MSシステムを用いた単一細胞プロテオーム解析

  若林 真樹; Aerts Jordan T; Rubakhin Stanislav S; 石濱 泰; Sweedler Jonathan V

  日本薬学会年会要旨集, Mar. 2015

  
• Shotgun proteomics data analysis workflow using multiple peak lists and multiple search engines

  田畑剛; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2015

  
• 翻訳後修飾プロテオミクスと分子標的創薬

  石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2015

  
• ヒトプロテオーム・リン酸化プロテオーム完全解析への挑戦

  石濱泰

  日本生化学会大会(Web), 2015

  
• jPOST: Japan Proteome Standard Repository/Database

  守屋勇樹; 河野信; 奥田修二郎; 山本格; 松本雅記; 小林大樹; 荒木令江; 吉沢明康; 五斗進; 田畑剛; 杉山直幸; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2015

  
• Shotgun Proteomics-compatible Subcellular Fractionation

  増田豪; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2015

  
• A novel fractionation method using C18-SCX Stage Tips for peptide separation.

  足立淳; 橋口一成; 佐藤美佐子; 長野麻衣子; 橋本裕希; 深水和菜; 佐藤彩子; 石濱泰; 朝長毅

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2015

  
• Challenges facing complete proteome analysis

  石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2015

  
• Novel strategy for enrichment of lysine acetylated peptides using lysine deacetylases

  津曲和哉; 橋本貴行; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2015

  
• Phosphoproteomic profiling of molecular-targeted drugs by motif-targeting quantitation.

  小形公亮; 矢崎達也; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2015

  
• A large-scale analysis of phospho-proteins in response to abscisic acid in Physcimitrella patens

  梅澤泰史; 梅澤泰史; 本多慶匡; 杉山直幸; 桑村真由里; 坂田洋一; 竹澤大輔; 石濱泰; 篠崎一雄

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2015

  
• Profiling Human Kinome Activity Using Kinase-Specific Substrate Peptides

  杉山直幸; 坂本大; 今村春菜; PASRAWIN Taechawattananant; 若林真樹; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2015

  
• Phosphoproteomic profiling of phosphorylation stoichiometry in kinase-mediated in vitro phosphorylation reaction

  Pasrawin TAECHAWATTANANANT; Dai SAKAMOTO; Masaki WAKABAYASHI; Naoyuki SUGIYAMA; Yasushi ISHIHAMA

  63rd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, 2015

  
• キナーゼ特異性を有する基質ペプチドを用いた細胞内キノーム活性計測

  坂本 大; Pasrawin Taechawattananant; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  第63回質量分析総合討論会, 2015

  
• 次世代リン酸化プロテオミクスによるヒトリン酸化ストイキオメトリーの大規模解析

  石濱泰

  日本電気泳動学会シンポジウム講演要旨集, 2015

  
• ゲノム未知ヘリコバクター・ピロリの大規模プロテオーム解析

  三宅里美; LIN Miao‐Hsia; EL‐GUOSHY Amr; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2015

  
• モチーフターゲットリン酸化プロテオミクスによる分子標的薬の評価

  小形公亮; 矢崎達也; 林侑生; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2015

  
• 超高感度LC‐MSシステムを用いた単一細胞プロテオーム解析

  若林真樹; AERTS Jordan T; RUBAKHIN Stanislav S; 石濱泰; SWEEDLER Jonathan V

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2015

  
• 動電過給導入‐シースレスESI‐MSによるヌクレオチド検出法の開発

  江坂幸宏; 岡本哲郎; 宇野文二; 村上博哉; 鳥村政基; 廣川健; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2015

  
• 定量的リン酸化プロテオミクスを用いたプロテインキナーゼのリン酸化修飾と活性に関する研究

  敷田奈都紀; 佐藤綾香; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2015

  
• タンパク質のN末端大規模解析に向けた新規N末端ペプチド濃縮法の開発

  木村迪子; 橋本貴行; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本生化学会大会(Web), 2015

  
• jPOST:プロテオーム解析ワークフローの標準化

  守屋勇樹; 河野信; 奥田修二郎; 山本格; 松本雅記; 小林大樹; 荒木令江; 吉沢明康; 五斗進; 田畑剛; 杉山直幸; 石濱泰

  日本生化学会大会(Web), 2015

  
• 小胞体膜タンパク質の膜貫通配列のリン脂質フリップフロップ誘起メカニズムの解析

  中尾裕之; 池田恵介; 石濱泰; 中野実

  日本膜学会年会講演要旨集, 2015

  
• ターゲットリン酸化プロテオミクスによる大規模キナーゼプロファイリング

  矢崎達也; 高橋知里; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2015

  
• Acetaldehyde由来DNA付加体定量分析のためのLC/MS分析系の高感度化

  村上博哉; 堀場瑠莉; 岩田朋子; 宇野文二; 金子和弘; 手嶋紀雄; 石濱泰; 江坂幸宏

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2015

  
• 単一細胞プロテオーム解析技術の開発

  若林真樹; AERTS Jordan T; RUBAKHIN Stanislav S; 石濱泰; SWEEDLER Jonathan V

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2015

  
• 定量的リン酸化プロテオミクスによるがん細胞株大規模プロファイリング

  高橋知里; 矢崎達也; 小形公亮; 佐藤義明; 木村剛之; 小田吉哉; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2015

  
• CE濃縮注入‐オンライン錯体化‐ESI‐MS法による損傷ヌクレオチド検出法の開発

  江坂幸宏; 江坂幸宏; 漆原三佳; 大迫亮平; 宇野文二; 宇野文二; 鳥村政基; 廣川健; 村上博哉; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2015

  
• 損傷ヌクレオチド高感度検出のためのCE濃縮注入‐オンライン錯体化‐ESI‐MS法の開発

  江坂幸宏; 江坂幸宏; 漆原三佳; 大迫亮平; 宇野文二; 宇野文二; 鳥村政基; 廣川健; 村上博哉; 石濱泰

  日本分析化学会年会講演要旨集, 2015

  
• 高選択処理―LC/MS/MSによるDNA付加体高感度分析法の研究

  堀場瑠莉; 村上博哉; 岩田朋子; 阪井田尚輝; 宇野文二; 宇野文二; 金子和弘; 手嶋紀雄; 石濱泰; 江坂幸宏; 江坂幸宏

  日本分析化学会年会講演要旨集, 2015

  
• ヒメツリガネゴケのABA応答変異株を用いたリン酸化プロテオーム解析

  本多慶匡; 桑村真由里; 杉山直幸; 石濱泰; 竹澤大輔; 坂田洋一; 篠崎一雄; 梅澤泰史; 梅澤泰史

  日本植物学会大会研究発表記録, 2015

  
• 膜タンパク質画分のプロテオーム解析によるスキルス胃癌の新規バイオマーカータンパク質の探索

  村岡賢; 村岡賢; 久米秀明; 橋口一成; 足立淳; 橋本裕希; 深水和菜; 石濱泰; 松原久裕; 朝長毅; 嶋本顕; 田原栄俊

  日本分子腫瘍マーカー研究会プログラム・講演抄録, 2015

  
• CE濃縮注入‐オンライン陽イオン錯体化‐ESI/MS法による損傷ヌクレオチド検出

  江坂幸宏; 江坂幸宏; 漆原三佳; 大迫亮平; 宇野文二; 宇野文二; 鳥村政基; 廣川健; 村上博哉; 石濱泰

  キャピラリー電気泳動シンポジウム講演要旨集, 2015

  
• オミックス解析技術 1.最近のオミックス解析技術の進歩 4)プロテオーム 3)リン酸化タンパク質

  石濱泰; 今村春菜

  遺伝子医学MOOK, 2015

  
• Mitochondrial Polyubiquitin phosphorylated by PINK1 Promotes Parkin relocation

  FUKUSHIMA KAHORI; ARANO TAKU; MATSUMOTO GEN; INOSHITA TSUYOSHI; YOSHIDA SHIGERU; ISHIHAMA YASUSHI; NUKINA NOBUYUKI; HATTORI NOBUTAKA

  日本神経学会学術大会プログラム・抄録集, 2015

  
• プロテオミクス虎の巻、メタボロミクス龍の巻 1細胞プロテオーム解析への挑戦

  若林 真樹; Aerts Jordan T; Rubakhin Stanislav S; 石濱 泰; Sweedler Jonathan V

  日本生化学会大会プログラム・講演要旨集, Oct. 2014

  
• Novel strategy for lysine acetylation discovery in acetylomics

  HASHIMOTO TAKAYUKI; WAKABAYASHI MASAKI; SUGIYAMA NAOYUKI; ISHIHAMA YASUSHI

  質量分析総合討論会講演要旨集, 07 May 2014

  
• Phosphoproteomic analysis of the ABA signaling pathway in Physcomitrella patens.

  HONDA YOSHIMASA; SUGIYAMA NAOYUKI; KUWAMURA MAYURI; TERAO RYOSUKE; ISHIZUKA KOZUE; SAKATA YOICHI; TAKEZAWA DAISUKE; SHINOZAKI KAZUO; ISHIHAMA YASUSHI; UMEZAWA TAISHI

  日本植物生理学会年会要旨集, 11 Mar. 2014

  
• Deep Profiling of Molecular-targeted Drugs by One-shot Quantitative Phosphoproteomics

  林侑生; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2014

  
• 深化するプロテオミクスLC-MS

  石濱泰

  日本分析化学会年会講演要旨集, 2014

  
• Data Analysis Workflow for a Quantitative Proteogenomics

  杉山直幸; 田畑剛; 三宅里美; 若林真樹; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2014

  
• アセチル化プロテオミクスのためのアセチル化ペプチド濃縮法の開発

  橋本貴行; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  第62回質量分析総合討論会, 2014

  
• Development of quantitative phosphoproteomics for tissues including formalin-fixed paraffin-embedded specimens

  小椋麻由; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2014

  
• Human proteome analysis by nanoLC-MS/MS with meter-long monolithic silica capillary column

  鎌倉健雄; 市原駿; 堀江勘太; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2014

  
• Monitoring Kinome Activities Using the Highly Specific and Sensitive Substrate Peptides

  Naoyuki Sugiyama; Haruna Imamura; Pasrawin Taechawattananant; Dai Sakamoto; Masaki Wakabayashi; Yasushi Ishihama

  13th Human Proteome Organization World Congress, 2014

  
• Motif-targeting phosphopeptide enrichment for quantitative phosphoproteome analysis

  Shunsuke Takagi; Tatsuya Yazaki; Kosuke Ogata; Masaki Wakabayashi; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  13th Human Proteome Organization World Congress, 2014

  
• Quantitative phosphoproteomic approach for kinase-mediated protein phosphorylation stoichiometry

  Pasrawin TAECHAWATTANANANT; Dai SAKAMOTO; Masaki WAKABAYASHI; Naoyuki SUGIYAMA; Yasushi ISHIHAMA

  14th Asia-Pacific International Symposium on Microscale Separations and Analysis, 2014

  
• DNA損傷体の高感度分析のためのオンライン濃縮CE/錯体化/ESI‐MS法の開発

  大迫亮平; 榊原崇芳; 川島静香; 村上博哉; 江坂幸宏; 宇野文二; 石濱泰; 鳥村政基; 廣川健

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2014

  
• 定量リン酸化プロテオミクスによる標的パスウェイのリン酸化動態解析

  矢崎達也; 高木俊輔; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2014

  
• カリウムチャネルKcsAのpH依存的なリン脂質flip‐flop誘起能

  中尾裕之; 若林真樹; 池田恵介; 石濱泰; 岩本真幸; 清水啓史; 老木成稔; 中野実

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2014

  
• メートル長モノリスシリカカラムを用いたLC‐MS/MSシステムの開発とヒトプロテオーム一斉解析への挑戦

  鎌倉健雄; 市原駿; 堀江勘太; 岩崎未央; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2014

  
• スプライシングバリアント大規模解析に向けた新規タンパク質N末端ペプチド濃縮法の開発

  木村迪子; 橋本貴行; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2014

  
• マススペクトル逐次差引法によるショットガンプロテオゲノミクス

  三宅里美; HELMY Mohamed; LIN Miao‐Hsia; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2014

  
• PINK1によりリン酸化されたK63結合型ユビキチン鎖は,Parkinをミトコンドリアへ局在化させる

  今居譲; 柴佳保里; 荒野拓; 松本弦; 井下強; 吉田繁治; 石濱泰; RYU Kwon‐Yul; 貫名信行; 服部信孝

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2014

  
• PI3キナーゼの複合体特異的機能,構成因子と制御

  荒木保弘; 石濱泰; 大隅良典

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2014

  
• 分裂期染色体上におけるタンパク質リン酸化の網羅的解析

  太田信哉; 高木俊輔; 木村迪子; 石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2014

  
• 定量的リン酸化プロテオミクスを用いた分子標的薬プロファイリング

  林侑生; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2014

  
• 1細胞プロテオーム解析への挑戦

  若林真樹; AERTS Jordan T; RUBAKHIN Stanislav S; 石濱泰; SWEEDLER Jonathan V

  日本生化学会大会(Web), 2014

  
• 転写産物および蛋白質の大規模発現量データを用いたヒト人工多能性幹細胞における転写後制御機能解析

  岩崎未央; 川原優香; 小野美幸; 石濱泰; 山中伸弥; 中川誠人

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2014

  
• リジン脱アセチル化酵素を利用したアセチル化プロテオミクス

  橋本貴行; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本生化学会大会(Web), 2014

  
• 定量リン酸化プロテオミクスによる標的パスウェイのリン酸化動態解析

  矢崎達也; 高木俊輔; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2014

  
• CE高収束‐ESI‐MS法による核酸分子検出の高感度化に関する研究

  江坂幸宏; 大迫亮平; 岡本哲郎; 村上博哉; 宇野文二; 鳥村政基; 石濱泰; 廣川健

  分析化学討論会講演要旨集, 2014

  
• ミトコンドリア内のタンパク質恒常性におけるHsp60の役割

  眞野克秀; 河合(野間)繁子; 山本林; 市原駿; 石濱泰; 田口英樹

  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2014

  
• CE高集束‐オンライン錯体化ESI‐MS法による損傷ヌクレオチド検出法の開発

  江坂幸宏; 大迫亮平; 村上博哉; 榊原崇芳; 堀場瑠莉; 岡本哲郎; 宇野文二; 鳥村政基; 廣川健; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2014

  
• 単一細胞プロテオーム解析への挑戦

  若林真樹; AERTS Jordan T; RUBAKHIN Stanislav S; 石濱泰; SWEEDLER Jonathan V

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2014

  
• Acetaldehyde由来DNA損傷体定量のための高感度HILIC‐ESI‐MS分析系の開発

  岩田朋子; 村上博哉; 堀場瑠莉; 川島静香; 金子和弘; 石濱泰; 手嶋紀雄; 江坂幸宏; 宇野文二

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2014

  
• ナローボアメートル長モノリス型シリカカラムを用いたプロテオミクスLC‐MS高感度システムの構築

  市原駿; 鎌倉健雄; 堀江勘太; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2014

  
• 大規模プロテオミクス解析を用いたスキルス胃癌の新規腫瘍マーカー膜タンパク質の探索

  村岡賢; 久米秀明; 橋口一成; 足立淳; 橋本裕希; 深水和菜; 石濱泰; 松原久裕; 朝長毅

  日本分子腫瘍マーカー研究会プログラム・講演抄録, 2014

  
• スプライシングバリアント大規模解析に向けた新規タンパク質N末端ペプチド濃縮法の開発

  木村迪子; 橋本貴行; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本分析化学会年会講演要旨集, 2014

  
• LC/MSおよびCE/MSを用いた核酸損傷塩基分析法の開発

  江坂幸宏; 村上博哉; 大迫亮平; 榊原崇芳; 岩田朋子; 堀場瑠莉; 宇野文二; 鳥村政基; 廣川健; 石濱泰

  日本分析化学会年会講演要旨集, 2014

  
• 親水性アミノ酸を含む小胞体膜タンパク質の膜貫通配列がリン脂質のフリップフロップに与える影響

  中尾裕之; 池田恵介; 石濱泰; 中野実

  生体膜と薬物の相互作用シンポジウム講演要旨集, 2014

  
• 損傷DNA塩基をターゲットとするナノFocusing/錯体化/ESI‐MS法の開発

  江坂幸宏; 村上博哉; 大迫亮平; 漆原三佳; 宇野文二; 鳥村政基; 石濱泰; 廣川健

  キャピラリー電気泳動シンポジウム講演要旨集, 2014

  
• LC‐MSを用いたacetaldehyde由来DNA損傷体の高感度定量分析法の開発

  村上博哉; 岩田朋子; 堀場瑠璃; 川島静香; 金子和弘; 宇野文二; 鳥村政基; 手嶋紀雄; 石濱泰; 江坂幸宏

  Chromatography, 2014

  
• ナローボアメートル長HILICモノリス型シリカカラムを用いたプロテオミクスLC‐MS高感度システムの構築

  市原駿; 鎌倉健雄; 堀江勘太; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  Chromatography, 2014

  
• メートル長C18モノリス型シリカカラムを用いた高分離能二次元ナノLCMSプロテオミクス

  鎌倉健雄; 市原駿; 堀江勘太; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  Chromatography, 2014

  
• モチーフターゲティング定量法を用いた極微量臨床組織のリン酸化プロテオミクス

  小椋麻由; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  Chromatography, 2014

  
• タンパク質のN末端大規模解析に向けた新規N末端ペプチド濃縮法の開発

  木村迪子; 橋本貴行; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  Chromatography, 2014

  
• ターゲットプロテオミクスによるリン酸化シグナル動態解析

  矢崎達也; 高木俊輔; 小形公亮; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  Chromatography, 2014

  
• In vitro phosphorylation profiling of kinase substrates with heat treatment by phosphoproteomic approach

  TAECHAWATTANANANT PASRAWIN; SAKAMOTO DAI; WAKABAYASHI MASAKI; SUGIYAMA NAOYUKI; ISHIHAMA YASUSHI

  日本生化学会大会(Web), 2014

  
• PCTK1はPKA調節サブユニットであるKAP0とmyosin Xを通してインテグリン依存的な細胞分裂軸の制御を行う

  IWANO SAYAKA; SATOU AYAKA; MATSUMURA SHIGERU; SUGIYAMA NAOYUKI; ISHIHAMA YASUSHI; TOYOSHIMA FUMIKO

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2014

  
• 医学・薬学と分析化学 細胞内リン酸化ネットワーク解析と分子標的創薬

  石濱 泰

  日本分析化学会講演要旨集, Aug. 2013

  
• Proteomic analyses of post-Translational modifications

  Wei-Chi Ku; Yasushi Ishihama

  Quantitative Proteome Analysis: Methods and Applications, 31 Jul. 2013

  
• PCTK1 Regulates Spindle Orientation via PKA Regulatory Subunit, KAP0

  IWANO SAYAKA; MATSUMURA SHIGERU; SATOU AYAKA; WAKABAYASHI MASAKI; ISHIHAMA YASUSHI; TOYOSHIMA FUMIKO

  日本細胞生物学会大会要旨集, 15 May 2013

  
• プロテオミクス技術に基づいた生体物質解析技術の革新 高深度プロテオーム解析法の現状 チロシンリン酸化プロテオームの夜明け

  若林 真樹; 岩崎 未央; 吉田 繁治; 杉山 直幸; 石濱 泰

  日本細胞生物学会大会講演要旨集, May 2013

  
• 薬学における生命指向型化学(生命の謎を探る化学の力) リン酸化プロテオミクスを用いた細胞内リン酸化ネットワークの解明

  石濱 泰

  日本薬学会年会要旨集, Mar. 2013

  
• Deep Proteome Analysis Driven by High Resolution LC-MS

  石濱泰

  Chromatography, 2013

  
• 高分離・高分解能LC-MSが牽引する高深度プロテオミクス

  石濱泰

  キャピラリー電気泳動シンポジウム講演要旨集, 2013

  
• 分子標的創薬のための定量的プロテオミクス・リン酸化プロテオミクス

  石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2013

  
• 定量的リン酸化プロテオミクスを用いた分子標的薬プロファイリング

  林侑生; 市原駿; 小椋麻由; 吉田繁治; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2013

  
• CEオンライン濃縮‐ESI‐MSによる損傷DNA塩基分析法の開発

  江坂幸宏; 榊原崇芳; 大迫亮平; 岩田朋子; 村上博哉; 宇野文二; 石濱泰; 鳥村政基; 廣川健

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2013

  
• リン酸化プロテオミクスを用いた細胞内リン酸化ネットワークの解明

  石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2013

  
• メートル長シリカモノリスカラムを用いたヒトプロテオームLC‐MS解析

  市原駿; 山本有希子; 山名涼太; 岩崎未央; 若林真樹; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2013

  
• PINK1依存的なParkinのリン酸化修飾はPINK1/Parkin経路マイトファジーに必要である

  福嶋佳保里; 今居譲; 吉田繁治; 石濱泰; 金尾智子; 佐藤栄人; 服部信孝

  日本神経学会学術大会プログラム・抄録集, 2013

  
• In vitroリン酸化修飾を用いた標的キナーゼ基質の定量的リン酸化プロテオミクス

  高木俊輔; 吉田繁治; 今村春菜; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2013

  
• Plk1は分裂期におけるVimentinのリン酸化を介して初期エンドソームのfusionを阻害する

  井川敬介; 佐藤綾香; 松村繁; 後藤英仁; 福田光則; 稲垣昌樹; 石濱泰; 豊島文子

  日本生化学会大会(Web), 2013

  
• 遺伝学とリン酸化プロテオミクスの融合によるアブシシン酸シグナル伝達系の包括的な解析

  梅澤泰史; 杉山直幸; 高橋史憲; JEFFEREY Anderson; 石濱泰; SCOTT Peck; 坂田洋一; 竹澤大輔; 篠崎一雄

  日本生化学会大会(Web), 2013

  
• PCTK1はPKA調節サブユニットであるKAP0をリン酸化することで紡錘体軸の向きを調節している。

  岩野さやか; 松村繁; 佐藤綾香; 若林真樹; 石濱泰; 豊島文子

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2013

  
• リン酸化プロテオミクスによるシグナル伝達解析

  杉山直幸; 石濱泰

  日本植物生理学会年会要旨集, 2013

  
• 陸上植物のアブシジン酸応答に関わるタンパク質リン酸化ネットワークの解析

  梅澤泰史; 杉山直幸; ANDERSON Jeffrey; 高橋史憲; 寺尾亮佑; 石塚梢; 坂田洋一; 竹澤大輔; 石濱泰; PECK Scott; 篠崎一雄

  日本植物生理学会年会要旨集, 2013

  
• カリウムチャネルKcsAのリン脂質フリップフロップ誘起能の変化

  中尾裕之; 若林真樹; 池田恵介; 石濱泰; 岩本真幸; 清水啓史; 老木成稔; 中野実

  日本膜学会年会講演要旨集, 2013

  
• 高深度プロテオーム解析法の現状:チロシンリン酸化プロテオームの夜明け

  若林真樹; 岩崎未央; 吉田繁治; 杉山直幸; 石濱泰

  日本細胞生物学会大会要旨集, 2013

  
• 大規模リン酸化プロテオミクスによるシグナル伝達ネットワーク解析

  杉山直幸; 石濱泰

  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2013

  
• リン酸化プロテオミクスを用いた分子標的薬評価

  今見考志; 石濱泰

  JSBMS Lett, 2013

  
• 極微量ホルマリン固定パラフィン包埋組織のリン酸化プロテオーム解析手法の確立

  小椋麻由; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2013

  
• 細胞内リン酸化ネットワーク解析と分子標的創薬

  石濱泰

  日本分析化学会年会講演要旨集, 2013

  
• 損傷ヌクレオチドのCE/ESI‐MS検出の高感度化に関する研究

  江坂幸宏; 村上博哉; 大迫亮平; 榊原崇芳; 宇野文二; 石濱泰; 廣川健

  日本分析化学会年会講演要旨集, 2013

  
• LC‐MS/MSによる網羅的DNA付加体分析のための迅速前処理法開発に関する研究

  川島静香; 村上博哉; 岩田朋子; 堀場瑠莉; 江坂幸宏; 宇野文二; 石濱泰

  日本分析化学会年会講演要旨集, 2013

  
• リン脂質のフリップフロップに対するカリウムチャネルKcsAのN末ヘリックスの影響

  中尾裕之; 若林真樹; 池田恵介; 石濱泰; 岩本真幸; 清水啓史; 老木成稔; 中野実

  膜シンポジウム, 2013

  
• Development of high-sensitivity nanoLC-MS/MS systems using narrow-bore meter-long monolithic silica capillaries at low flow rate

  市原駿; 岩崎未央; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  Chromatography, 2013

  
• 金属錯体化によるEKS‐CE/MS・DNA損傷体分析法の高感度化

  大迫亮平; 榊原崇芳; 村上博哉; 川島静香; 宇野文二; 石濱泰; 鳥村政基; 廣川健; 江坂幸宏

  キャピラリー電気泳動シンポジウム講演要旨集, 2013

  
• カリウムチャネルKcsAのリン脂質フリップフロップ誘起能におけるN末ヘリックスの効果

  中尾裕之; 若林真樹; 池田恵介; 石濱泰; 岩本真幸; 清水啓史; 老木成稔; 中野実

  生体膜と薬物の相互作用シンポジウム講演要旨集, 2013

  
• PINK1依存的なParkinのリン酸化修飾が神経変性に及ぼす影響の評価

  福嶋佳保里; 今居譲; 吉田繁治; 石濱泰; 金尾智子; 佐藤栄人; 服部信孝

  順天堂醫事雑誌, 2013

  
• A NOVEL COMPONENT OF AUTOPHAGY-SPECIFIC PHOSPHATIDYLINOSITOL 3-KINASE COMPLEX

  ARAKI YASUHIRO; ISHIHAMA YASUSHI; OHSUMI YOSHINORI

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2013

  
• Induction of phospholipid flip-flop by KcsA channel gating

  NAKAO HIROYUKI; WAKABAYASHI MASAKI; ISHIHAMA YASUSHI; NAKANO MINORU

  生物物理, 15 Aug. 2012

  
• Regulation of Kes1 sterol transport activity by PI4P and lipid membrane curvature

  YOKOYAMA HIROKAZU; WAKABAYASHI MASAKI; ISHIHAMA YASUSHI; NAKANO MINORU

  生物物理, 15 Aug. 2012

  
• Elucidation of lipid transfer mechanism of phospholipid transfer protein Sec14

  TAKAHASHI CHISATO; YAMADA MAKIKO; WAKABAYASHI MASAKI; ISHIHAMA YASUSHI; NAKANO MINORU

  生物物理, 15 Aug. 2012

  
• 分裂期脱出ネットワークによるG2/M DNA損傷チェックポイント制御(Mitotic exit network as a regulator of G2/M DNA damage checkpoint)

  國仲 慎治; 千代田 達幸; 杉山 直幸; 石濱 泰; 青木 大輔; 佐谷 秀行

  日本癌学会総会記事, Aug. 2012

  
• リン酸化プロテオミクスとがん治療・診断

  石濱 泰; 若林 真樹

  癌と化学療法, Jul. 2012

  
• 【疾患克服をめざしたケミカルバイオロジー がん医療や創薬に貢献するin vivoイメージングと生体機能解析・制御の最前線】 (第1章)ケミカルバイオロジーの発想に基づく新規疾患ターゲットの発見と創薬 リン酸化プロテオミクスの確立と疾患シグナル分子標的の探索

  石濱 泰; 若林 真樹

  実験医学, May 2012

  
• One-shot nanoLC-MS/MS system to identify 10, 000 phosphopeptides from human samples

  岩崎未央; 若林真樹; 杉山直幸; 田中信男; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2012

  
• Phosphotyrosine-targeted proteome analysis using chemoselective enrichment

  吉田繁治; KU Wei-Chi; 杉山直幸; 若林真樹; 中野実; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2012

  
• A strategy for iTRAQ-Shotgun Proteomics and SRM-based systematic validation of membrane proteins in breast cancer tissues

  村岡賢; 久米秀明; 渡邊史生; 桑野晶喜; 足立淳; 佐藤三佐子; 川崎直子; 石濱泰; 石飛真人; 稲治英生; 小寺義男; 宮本泰豪; 加藤菊也; 朝長毅

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2012

  
• Verification of protein kinase-substrate recognition factors by LC-MS/MS

  今村春菜; 杉山直幸; 若林真樹; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2012

  
• Identification of low abundant proteins through artificial phosphoproteome preparation

  高木俊輔; 今村春菜; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2012

  
• Development of a Subcellular Fractionation Protocol using Phase Transfer Surfactants

  増田豪; 杉山直幸; 冨田勝; 石濱泰; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2012

  
• Profiling of Protein Kinase in Plant toward Identification of Tyrosine Kinase

  海老敬行; 根本圭一郎; 杉山直幸; 冨田勝; 澤崎達也; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2012

  
• Large-scale proteomic analysis of membrane fractions from colorectal cancer tissue and subsequent validation for biomarker discovery

  久米秀明; 渡邊史生; 村岡賢; 石濱泰; 小寺義男; 松下一之; 松原久裕; 朝長毅

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2012

  
• Large-scale protein phosphorylation analysis by mass spectrometry-based phosphoproteomics

  Wei Chi Ku; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  Neuromethods, 01 Jan. 2012

  
• 【ナノバイオ技術と最新創薬応用研究】 (第4章)ナノバイオ創薬に向けた細胞機能の解析と評価 リン酸化プロテオミクスを用いた分子標的薬プロファイリング

  若林 真樹; 杉山 直幸; 石濱 泰

  遺伝子医学MOOK, Jan. 2012

  
• 拡大・高深化する細胞内リン酸化ワールド 高深化する細胞内リン酸化ネットワーク

  石濱 泰

  日本生化学会大会プログラム・講演要旨集, 2012

  
• PINK1依存的なParkinのリン酸化修飾は,Parkinのミトコンドリア移行とその後のマイトファジー反応に必要である

  今居譲; 柴(福嶋)佳保里; 吉田繁治; 石濱泰; 服部信孝

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2012

  
• ゲノム中の人工オペロンの配置問題に関する検討

  柘植謙爾; 中東憲治; 富樫貴; 長谷部雅子; 高井幸; 長谷川美紀; 五十嵐康行; 杉山直幸; 佐藤尚美; 平山由明; 石濱泰; 曽我朋義; 冨田勝; 板谷光泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2012

  
• オートファジー特異的なPI3キナーゼ複合体形成のインテグリティーに必須な新規構成因子の同定

  荒木保弘; KU Wei‐Chi; 石濱泰; 大隅良典

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2012

  
• 化学的チロシンリン酸化ペプチド濃縮法の開発とリン酸化プロテオーム変動解析への応用

  吉田繁治; KU Wei‐Chi; 杉山直幸; 若林真樹; 中野実; 石濱泰

  日本生化学会大会(Web), 2012

  
• プロテインキナーゼの基質認識要素に関わる計算的および実験的プロファイリング

  今村春菜; 杉山直幸; 若林真樹; 石濱泰

  日本生化学会大会(Web), 2012

  
• ナノバイオ技術と最新創薬応用研究 第4章 ナノバイオ創薬に向けた細胞機能の解析と評価 1.リン酸化プロテオミクスを用いた分子標的薬プロファイリング

  若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  遺伝子医学MOOK, 2012

  
• 化学的濃縮法を用いたチロシンリン酸化プロテオーム解析

  吉田繁治; KU Wei‐Chi; 杉山直幸; 若林真樹; 中野実; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集, 2012

  
• 高精度DNA付加体分析を可能にする簡便前処理法の開発

  村上博哉; 河村理恵子; 川島静香; 古口未央; 江坂幸宏; 宇野文二; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集, 2012

  
• 蛍光分光法および表面プラズモン共鳴法を用いたリン脂質輸送タンパク質Sec14の機能評価

  高橋知里; 山田麻紀子; 若林夏樹; 石濱泰; 中野実

  日本薬学会年会要旨集, 2012

  
• Kes1のコレステロール輸送活性に対する脂質膜環境の効果

  横山弘和; 吉永守; 若林真樹; 石濱泰; 中野実

  日本薬学会年会要旨集, 2012

  
• ゲノムデザイン学:人工解糖系オペロンの転写・翻訳解析

  柘植謙爾; 中東憲治; 富樫貴; 長谷部雅子; 高井幸; 長谷川美紀; 五十嵐康行; 杉山直幸; 石濱泰; 冨田勝; 板谷光泰

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2012

  
• アルキル化リン脂質の鎖長依存的な相挙動の評価

  吉田匡利; 宇山允人; 石濱泰; 半田哲郎; 中野実

  日本膜学会年会講演要旨集, 2012

  
• ケミカルバイオロジーの発想に基づく新規疾患ターゲットの発見と創薬 1.リン酸化プロテオミクスの確立と疾患シグナル分子標的の探索

  石濱泰; 若林真樹

  実験医学, 2012

  
• 高度好熱菌のリン酸化プロテオーム解析:立体構造に基づくリン酸化部位のマッピング

  高畑良雄; 井上真男; 飯尾洋太; 妻鹿良亮; 高橋裕佳; 友池史明; 中川紀子; KIM Kwang; 宮本昌明; 石濱泰; 増井良治; 倉光成紀

  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2012

  
• メートル長モノリス型シリカカラムを用いたヒトiPS細胞プロテオームの発現プロファイル解析

  山名涼太; 岩崎未央; 若林真樹; 中川誠人; 山中伸弥; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2012

  
• リン酸化修飾シグナル病の病態解明に向けた極微量臨床試料解析法の構築

  若林真樹; 増田豪; 吉原宏樹; 杉山直幸; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2012

  
• メートル長モノリス型シリカカラムを用いたヒトiPS細胞プロテオームの発現プロファイル解析

  山名涼太; 岩崎未央; 若林真樹; 中川誠人; 山中伸弥; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2012

  
• LC/MS/MSによるDNA付加体分析のための迅速分析法の確立

  村上博哉; 河村理恵子; 川島静香; 大谷恵里奈; 江坂幸宏; 宇野文二; 石濱泰

  日本分析化学会年会講演要旨集, 2012

  
• Development of a simple pretreatment method for the quantification of DNA adducts by LC/MS/MS

  村上博哉; 河村理恵子; 川島静香; 大谷恵里奈; 岩田朋子; 江坂幸宏; 江坂幸宏; 宇野文二; 宇野文二; 鳥村政基; 石濱泰

  Chromatography, 2012

  
• Evaluation of Retention Behavior of Dimethyl-Labeled Peptides in RP-LC and Efficiency Enhancement in Quantitative Proteome analysis

  若林真樹; 石濱泰

  Chromatography, 2012

  
• Elucidation of retention behavior of tryptic peptides in proteomics LC-MS

  山本有希子; 岩崎未央; 若林真樹; 石濱泰

  Chromatography, 2012

  
• Identification of low abundant proteins in human serum through artificial phosphoproteome analysis

  高木俊輔; 今村春菜; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  Chromatography, 2012

  
• オンライン濃縮CE/MS法による核酸損傷塩基分析法の開発

  榊原崇芳; 村上博哉; 大迫亮平; 河村理恵子; 川島静香; 宇野文二; 金子和弘; 石濱泰; 鳥村政基; 廣川健; 江坂幸宏

  キャピラリー電気泳動シンポジウム講演要旨集, 2012

  
• メートル長モノリスシリカカラムによるヒトiPS細胞プロテオーム解析

  山名涼太; 岩崎未央; 若林真樹; 中川誠人; 山中伸弥; 石濱泰

  キャピラリー電気泳動シンポジウム講演要旨集, 2012

  
• リン脂質輸送タンパク質Sec14の脂質輸送機構の解明

  高橋知里; 山田麻紀子; 若林真樹; 池田恵介; 石濱泰; 中野実

  生体膜と薬物の相互作用シンポジウム講演要旨集, 2012

  
• リン脂質のフリップフロップに対するカリウムチャネルKcsAの効果

  中尾裕之; 若林真樹; 池田恵介; 石濱泰; 清水啓史; 中野実

  生体膜と薬物の相互作用シンポジウム講演要旨集, 2012

  
• Kes1ステロール輸送活性に対するPI4Pと脂質膜曲率の影響

  横山弘和; 若林真樹; 池田恵介; 石濱泰; 中野実

  生体膜と薬物の相互作用シンポジウム講演要旨集, 2012

  
• 新規細胞分裂軸制御因子PCTK1の機能解析

  IWANO SAYAKA; MATSUMURA SIGERU; SATOH AYAKA; WAKABAYASHI MASAKI; ISHIHAMA YASUSHI; TOYOSHIMA FUMIKO

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2012

  
• In vitro kinase taggingを利用した培養系におけるプロテオーム解析法の開発(Development of proteome mining by in vitro kinase tagging)

  今村 春菜; 高木 俊輔; 杉山 直幸; 若林 真樹; 中野 実; 石濱 泰

  日本生化学会大会プログラム・講演要旨集, Sep. 2011

  
• 選択的化学的脱リン酸化反応とヒドロキシ酸修飾金属酸化物クロマトグラフィーによるチロシンphosphoproteome解析(Tyrosine phosphoproteome analysis using hydroxyl acid-modified metal oxide chromatography with selective chemical dephosphorylation)

  吉田 繁治; 辜 韋智; 杉山 直幸; 若林 真樹; 中野 実; 石濱 泰

  日本生化学会大会プログラム・講演要旨集, Sep. 2011

  
• 最先端医療を支える分析化学 リン酸化プロテオーム変動解析とがん分子標的治療

  石濱 泰

  日本分析化学会講演要旨集, Aug. 2011

  
• MSSS: Bioinformatics Method Facilitates Searching Large Set of Peptide Spectra Against Large Nucleotide Databases for Structural- and Onco-proteogenomics

  M. Helmy; N. Sugiyama; M. Tomita; Y. Ishihama

  IN VITRO CELLULAR & DEVELOPMENTAL BIOLOGY-ANIMAL, Jun. 2011

  
• 質量分析を用いたプロテオームおよびリン酸化プロテオーム解析システムの開発

  石濱泰; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2011

  
• Quantitative phosphoproteomic approaches for analyzing minuscule tissue samples.

  若林真樹; 塚原麻伊; 吉原宏樹; 増田豪; 石濱泰; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2011

  
• Shotgun proteomic LC-MS analysis of human cultured cells by using meter-long monolithic silica capillary columns

  岩崎未央; 若林真樹; 中野実; 田中信男; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2011

  
• Highly sensitive phosphoproteome analysis for minute number of cells

  増田豪; 五十嵐康之; 冨田勝; 並木淳; 杉山直幸; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2011

  
• プロテオーム一斉解析に向けたナノLC-MSシステムの開発

  石濱泰; 石濱泰

  キャピラリー電気泳動シンポジウム講演要旨集, 2011

  
• Protein extraction and fractionation for shotgun proteomics

  増田豪; 杉山直幸; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2011

  
• Identification of biomarkers for colon cancer by large-scale membrane proteomic analysis and validation using selected reaction monitoring

  久米秀明; 鳴海良平; 渡邊史生; 石濱泰; 松原久裕; 小寺義男; 朝長毅

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2011

  
• In vitro phosphoproteomic analysis of protein kinase specificity in substrate recognition

  今村春菜; 杉山直幸; 若林真樹; 中野実; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2011

  
• In Vitro Profiling of Human Kinome with Quantitative Phosphoproteomics

  杉山直幸; 石濱泰; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2011

  
• A large-scale analysis of protein phosphoryaltion network in abscisic acid signaling

  梅澤泰史; 杉山直幸; 高橋史憲; ANDERSON Jeffrey; 石濱泰; 石濱泰; PECK Scott; 篠崎一雄

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2011

  
• 大腸癌組織膜タンパク質の大規模プロテオーム解析によるバイオマーカー探索とSRM/MRM法を用いた定量法の確立および診断への応用

  久米秀明; 鳴海良平; 渡邉史生; 石濱泰; 松原久裕; 小寺義男; 福岡順也; 朝長毅

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2011

  
• チロシンキナーゼ同定に向けた植物タンパク質キナーゼプロファイリング

  海老敬行; 根本圭一郎; 杉山直幸; 冨田勝; 澤崎達也; 石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2011

  
• ゲノムデザイン学:人工オペロンによる解糖系の構築

  柘植謙爾; 中東謙爾; 富樫貴; 長谷部雅子; 高井幸; 長谷川美紀; 五十嵐康行; 杉山直幸; 石濱泰; 冨田勝; 板谷光泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2011

  
• プロテインホスファターゼ‐キナーゼ複合体による植物ホルモンアブシジン酸のシグナル伝達制御

  梅澤泰史; 杉山直幸; 高橋史憲; ANDERSON Jefferey; SCOTT Peck; 石濱泰; 篠崎一雄

  生化学, 2011

  
• プロテオミクス駆動型リン酸化ネットワーク解析

  石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2011

  
• Tyrosine phosphoproteome analysis using hydroxyl acid-modified metal oxide chromatography with selective chemical dephosphorylation

  吉田繁治; KU Wei-Chi; 杉山直幸; 若林真樹; 中野実; 石濱泰

  生化学, 2011

  
• Development of proteome mining by in vitro kinase tagging

  今村春菜; 高木俊輔; 杉山直幸; 若林真樹; 中野実; 石濱泰

  生化学, 2011

  
• ゲノムデザイン学―人工解糖系オペロンにおける転写・翻訳調節

  柘植謙爾; 中東憲治; 富樫貴; 長谷部雅子; 高井幸; 長谷川美紀; 五十嵐康行; 石濱泰; 冨田勝; 板谷光泰

  日本農芸化学会大会講演要旨集, 2011

  
• アルキル化リン脂質の合成とその水和相の評価

  吉田匡利; 宇山允人; 中野実; 石濱泰; 半田哲郎

  日本薬学会年会要旨集, 2011

  
• 膜貫通ペプチドによるリン脂質のフリップフロップの制御

  貝原正憲; 中野実; 石濱泰; 半田哲郎

  日本薬学会年会要旨集, 2011

  
• nifedipineの非晶質化と溶解度向上に関する評価

  太田貴久; 中野実; 石濱泰; 半田哲郎

  日本薬学会年会要旨集, 2011

  
• ESI/MSによる高感度DNA損傷体分析のためのオンライン濃縮チップ開発に関する研究

  村上博哉; 古口未央; 河村理恵子; 江坂幸宏; 宇野文二; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集, 2011

  
• 膜貫通ペプチドによるリン脂質のフリップフロップの評価

  貝原正憲; 中野実; 石濱泰; 半田哲郎

  日本膜学会年会講演要旨集, 2011

  
• Disc状HDLの構造と安定性の脂質組成依存性

  田嶋瑶子; 山本有希子; 中野実; 石濱泰; 半田哲郎

  日本膜学会年会講演要旨集, 2011

  
• New Trends in Proteomics LC-MS towards the Completion of Human Proteome Analysis

  石濱泰; 石濱泰

  Chromatography, 2011

  
• ショットガンプロテオミクスの新潮流

  石濱泰

  生化学, 2011

  
• 高度好熱菌Thermus thermophilus HB8におけるリン酸化タンパク質の網羅的解析

  高畑良雄; 井上真男; KIM Kwang; 石濱泰; 増井良治; 倉光成紀

  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2011

  
• ヒト全タンパク質を網羅するための分析技術の現状と展望

  石濱泰

  ぶんせき, 2011

  
• ナノディスクの構造と安定性に対する脂質組成の影響

  田嶋瑶子; 山本有希子; 中野実; 石濱泰; 半田哲郎

  コロイドおよび界面化学討論会講演要旨集, 2011

  
• 膜貫通ペプチドのアミノ酸置換による脂質膜への影響

  貝原正憲; 中野実; 石濱泰; 半田哲郎

  コロイドおよび界面化学討論会講演要旨集, 2011

  
• アルキル化リン脂質の液晶相形成に対するアルキル鎖・アシル鎖・不飽和度の効果

  吉田匡利; 宇山允人; 中野実; 石濱泰; 半田哲郎

  コロイドおよび界面化学討論会講演要旨集, 2011

  
• 高分子添加物との複合体化による難溶性医薬品の溶解性の向上

  太田貴久; 中野実; 石濱泰; 半田哲郎

  コロイドおよび界面化学討論会講演要旨集, 2011

  
• プロテオミクスLC‐MSのためのカラム性能評価

  山本有希子; 岩崎未央; 若林真樹; 中野実; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2011

  
• リン酸化プロテオーム変動解析とがん分子標的治療

  石濱泰

  日本分析化学会年会講演要旨集, 2011

  
• リン酸化プロテオーム解析が解き明かすABAシグナル伝達ネットワーク

  梅澤泰史; 杉山直幸; 高橋史憲; ANDERSON Jeffrey A; PECK Scott C; 石濱泰; 篠崎一雄

  日本植物学会大会研究発表記録, 2011

  
• Establishment of highly sensitive LC-MS/MS system for proteomic analysis of minuscule tissue samples

  若林真樹; 増田豪; 石濱泰; 石濱泰

  Chromatography, 2011

  
• 網羅的DNA付加体分析を目指した迅速前処理法の開発

  河村理恵子; 川島静香; 古口未央; 江坂幸宏; 宇野文二; 村上博哉; 石濱泰

  キャピラリー電気泳動シンポジウム講演要旨集, 2011

  
• リン脂質のフリップフロップに対する膜貫通ペプチドの効果

  貝原正憲; 中野実; 石濱泰; 半田哲郎

  生体膜と薬物の相互作用シンポジウム講演要旨集, 2011

  
• Identification of targets of the Atg1 protein kinase in autophagy

  ARAKI YASUHIRO; KU WEI-CHI; ISHIHAMA YASUSHI; OHSUMI YOSHINORI

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2011

  
• In vitro実験系による網羅的なキナーゼ/基質情報の探索に向けて(Toward comprehensive analysis of kinase/substrate pairs by in vitro kinase assay coupled with phosphoproteomics)

  今村 春菜; 杉山 直幸; 冨田 勝; 石濱 泰

  日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集, Dec. 2010

  
• オミクス計測のため分離分析システムの新展開 一次元LC分離を用いたショットガンプロテオーム解析

  石濱 泰

  日本分析化学会講演要旨集, Sep. 2010

  
• Novel mechanisms of ligand-independent ER activation in estrogen depletion resistant breast cancer cells

  FUJIKI NATSU; KONNO HIROMI; GOHNO TATSUYUKI; UEMATSU CHIYUKI; YAMAGUCHI YURI; SEINO YUKO; IMAMI KOSHI; ISHIHAMA YASUSHI; NAKANISHI KYOKO; NIWA TOSHIFUMI; HAYASHI SHIN-ICHI

  日本癌学会学術総会記事, 23 Aug. 2010

  
• エストロゲン枯渇耐性乳癌細胞株におけるリガンド非依存的なER活性化の新たなメカニズム(Novel mechanisms of ligand-independent ER activation in estrogen depletion resistant breast cancer cells)

  藤木 夏; 今野 広海; 郷野 辰幸; 植松 智有希; 山口 ゆり; 清野 祐子; 今見 考志; 石濱 泰; 中西 京子; 丹羽 俊文; 林 慎一

  日本癌学会総会記事, Aug. 2010

  
• Development of nanoLC-MS/MS systems for unveiling the proteome on a microarray scale

  IWASAKI MIO; MIWA SHOHEI; IKEGAMI TOHRU; TOMITA MASARU; TANAKA NOBUO; ISHIHAMA YASUSHI

  質量分析総合討論会講演要旨集, 01 Jun. 2010

  
• 【プロテオミクス-病理との関わり】 疾患への新しいアプローチ リン酸化タンパク質の網羅的解析

  吉原 宏樹; 石濱 泰

  病理と臨床, May 2010

  
• emPAI Calc--LC-MS/MSで得た定性的プロテオームデータからタンパク質量を大規模に推定する

  篠田幸作; 篠田幸作; 冨田勝; 冨田勝; 石濱泰; 石濱泰; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2010

  
• ショットガンプロテオミクスLCの単次元化の試み

  石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2010

  
• リン酸化プロテオーム解析技術の最前線とシグナル伝達研究への展開

  石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2010

  
• ホルマリン処理パラフィン包埋切片のリン酸化プロテオーム解析

  吉原宏樹; 冨田勝; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2010

  
• 微量試料のためのリン酸化プロテオーム解析法の開発

  増田豪; 五十嵐康行; 冨田勝; 並木淳; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2010

  
• ヒドロキシ酸修飾酸化金属クロマトグラフィー(HAMMOC)による高性能リン酸化プロテオミクス

  京野完; 杉山直幸; 岩崎未央; 冨田勝; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2010

  
• リン酸化プロテオーム解析を用いた分子標的薬のin vivoプロファイリング

  杉山直幸; 京野完; 吉原宏樹; 今見考志; 大沼澄子; 塚原麻伊; 冨田勝; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2010

  
• Onco-proteogenomics: a novel approach to identify cancer-specific mutations combining proteomics and transcriptome deep sequencing

  Mohamed Helmy; Naoyuki Sugiyama; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama

  GENOME BIOLOGY, 2010

  
• 大腸癌組織膜タンパク質のプロテオーム解析

  久米秀明; 鳴海良平; 石濱泰; 松原久裕; 松下一之; 野村文夫; 朝長毅

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2010

  
• 植物病害抵抗性のリン酸化プロテオーム解析

  中神弘史; 野村有子; 大井信明; 持田恵一; 杉山直幸; 冨田勝; 石濱泰; 白須賢

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2010

  
• 大腸癌の新たなバイオマーカーとなる膜タンパク質の探索

  久米秀明; 鳴海良平; 石濱泰; 松原久裕; 松下一之; 野村文夫; 朝長毅

  生化学, 2010

  
• 原核生物細胞のタンパク質リン酸化システムの解析―質量分析によるリン酸化タンパク質の同定―

  高畑良雄; KIM Kwang; 石濱泰; 増井良治; 倉光成紀

  生化学, 2010

  
• 増殖,非増殖状態におけるタンパク質ターンオーバーの環境変化に伴う変化

  中東憲治; 石濱泰; 戸谷吉博; 冨田勝

  生化学, 2010

  
• Development of Dual Stable Isotope Labeling by Amino Acids in Cell Culture and Application to Quantitative Proteomics

  今見考志; 今見考志; 冨田勝; 石濱泰; 石濱泰

  Journal of the Mass Spectrometry Society of Japan, 2010

  
• ゲノムデザイン学:人工解糖系オペロンによるオペロン構築原理の解明

  柘植謙爾; 中東憲治; 富樫貴; 長谷部雅子; 高井幸; 長谷川美紀; 五十嵐康行; 石濱泰; 冨田勝; 板谷光泰

  生化学, 2010

  
• Development of Titania Particles Used for Phosphopeptide Enrichment in Mass Spectrometry-Based Phosphoproteomics

  京野完; 杉山直幸; 今見考志; 宮崎将太; 大平真義; 冨田勝; 石濱泰; 石濱泰

  Journal of the Mass Spectrometry Society of Japan, 2010

  
• 細胞周期進入に伴うmicroRNAシステムの動的変化と遺伝子発現への影響

  渡邊由香; 嘉陽啓之; 氣駕恒太朗; 稲田利文; 石濱泰; 冨田勝; 深尾太郎

  生化学, 2010

  
• ESI/MSによるDNA損傷体分析のための全量注入型濃縮チップ開発に関する研究

  古口未央; 炭谷徳人; 村上博哉; 江坂幸宏; 宇野文二; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集, 2010

  
• リン酸化プロテオミクスによる植物免疫シグナリングの解析

  中神弘史; 野村有子; 大井信明; 持田恵一; 杉山直幸; 石濱泰; 白須賢

  日本植物生理学会年会要旨集, 2010

  
• 梯子状ポリエーテル化合物イェッソトキシンとRasタンパク質との相互作用評価

  氏原悟; 玉手理恵; 松森信明; 大石徹; 村田道雄; 杉山直幸; 石濱泰; 冨田勝

  日本化学会講演予稿集, 2010

  
• リン酸化プロテオーム解析手法を用いた病害抵抗性機構の解析

  中神弘史; 野村有子; 大井信明; 持田恵一; 杉山直幸; 石濱泰; 白須賢

  日本植物病理学会大会プログラム・講演要旨予稿集, 2010

  
• プロテオミクス―病理との関わり―III.疾患への新しいアプローチ リン酸化タンパク質の網羅的解析

  吉原宏樹; 石濱泰

  病理と臨床, 2010

  
• ヒドロキシ酸修飾酸化金属クロマトグラフィーを用いた高性能リン酸化プロテオミクスの開発

  京野完; 杉山直幸; 冨田勝; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2010

  
• ヒドロキシ酸修飾酸化金属クロマトグラフィーを用いた高性能リン酸化プロテオミクスの開発

  京野完; 杉山直幸; 冨田勝; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2010

  
• プロテオーム一斉測定に向けたプロテオミクスLC‐MSの新展開

  石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2010

  
• リン酸化プロテオミクスによるシグナル伝達プロファイリング解析

  杉山直幸; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2010

  
• プロテオミクスLC‐MSにおける挑戦

  岩崎未央; 冨田勝; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2010

  
• 一次元LC分離を用いたショットガンプロテオーム解析

  石濱泰

  日本分析化学会年会講演要旨集, 2010

  
• イノベーションに資する計測技術の最前線 1 液体クロマトグラフィー質量分析法(LC‐MS)によるタンパク質大規模解析 ヒト全タンパク質一斉解析は可能か?!

  石濱泰

  化学と工業, 2010

  
• Development of nanoLC-MS/MS systems for phosphoproteome analysis

  岩崎未央; 三輪昌平; 池上亨; 冨田勝; 田中信男; 田中信男; 石濱泰

  Chromatography, 2010

  
• ESI/MSによる高感度DNA損傷体分析のためのオンライン濃縮チップ開発に関する研究

  古口未央; 村上博哉; 河村理恵子; 江坂幸宏; 宇野文二; 石濱泰

  キャピラリー電気泳動シンポジウム講演要旨集, 2010

  
• プロテオミクスLC‐MSシステムの新展開

  石濱泰

  ファルマシア, 2010

  
• Toward comprehensive analysis of kinase/substrate pairs by in vitro kinase assay coupled with phosphoproteomics

  IMAMURA HARUNA; SUGIYAMA NAOYUKI; TOMITA MASARU; ISHIHAMA YASUSHI

  生化学, 2010

  
• 【プロテオミクスが解き明かす情報伝達ネットワーク タンパク質リン酸化の全体像の解析から、病態機構の理解、分子標的薬評価の応用まで】 リン酸化プロテオーム解析による分子標的薬評価

  杉山 直幸; 石濱 泰

  実験医学, Oct. 2009

  
• Type 2C protein phosphatases directly regulate abscisic acid-activated protein kinases in Arabidopsis

  Taishi Umezawa; Naoyuki Sugiyama; Masahide Mizoguchi; Shimpei Hayashi; Fumiyoshi Myouga; Kazuko Yamaguchi-Shinozaki; Yasushi Ishihama; Takashi Hirayama; Kazuo Shinozaki

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, Oct. 2009

  
• Macroscopic Relationships between Protein Phosphorylation and Physical Interaction

  YACHIE NOZOMU; SAITO RINTARO; SUGIYAMA NAOYUKI; TOMITA MASARU; ISHIHAMA YASUSHI

  生物物理, 20 Sep. 2009

  
• エストロゲン エストロゲン受容体の恒常的活性化を呈するエストロゲン枯渇耐性乳癌細胞株の樹立

  今野 広海; 植松 智有希; 郷野 辰幸; 清野 祐子; 今見 考志; 石濱 泰; 丹羽 俊文; 山口 ゆり; 林 慎一

  日本内分泌学会雑誌, Sep. 2009

  
• リン酸化プロテオミクスによるシグナル伝達解析の新展開 大規模データマイニングからみえるリン酸化プロテオーム全貌

  谷内江 望; 斎藤 輪太郎; 杉山 直幸; 菅原 潤一; 冨田 勝; 石濱 泰

  日本生化学会大会プログラム・講演要旨集, Sep. 2009

  
• リン酸化プロテオミクスによるシグナル伝達解析の新展開 リン酸化プロテオミクスの高性能化とシグナル伝達研究への応用

  石濱 泰

  日本生化学会大会プログラム・講演要旨集, Sep. 2009

  
• Analysis of breast cancer cell lines showing estrogen-independent activation of ER

  KONNO HIROMI; GOHNO TATSUYUKI; UEMATSU CHIYUKI; SHIRAYAMA TOMOKO; YAMAGUCHI YURI; SEINO YUKO; IMAMI KOSHI; ISHIHAMA YASUSHI; NIWA TOSHIFUMI; HAYASHI SHIN-ICHI

  日本癌学会学術総会記事, 31 Aug. 2009

  
• エストロゲン枯渇耐性乳癌細胞株を用いたリガンド非依存性ER活性化メカニズムの検討(Analysis of breast cancer cell lines showing estrogen-independent activation of ER)

  今野 広海; 郷野 辰幸; 植松 智有希; 白山 知子; 山口 ゆり; 清野 祐子; 今見 考志; 石濱 泰; 丹羽 俊文; 林 慎一

  日本癌学会総会記事, Aug. 2009

  
• Selective Elution of Singly and Multiply Phosphopeptides in Aliphatic Hydroxy Acid-Modified Metal Oxide Chromatography (HAMMOC)

  京野完; 杉山直幸; 冨田勝; 石濱泰; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2009

  
• Quantitative phosphoproteomics of signaling networks in breast cancer cells by dual labeling SILAC

  今見考志; 杉山直幸; 京野完; 冨田勝; 石濱泰; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2009

  
• Phosphorylation Site Determination Using Combination of Site-Determining Ions in MS/MS Spectra for Phosphoproteomics

  杉山直幸; 大沼澄子; 塚原麻伊; 冨田勝; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2009

  
• Large-scale comparative phosphoproteomics in plants

  中神弘史; 杉山直幸; 持田恵一; DAUDI Arsalan; 冨田勝; 石濱泰; 白須賢

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2009

  
• Phosphoproteome analysis of calcium-dependent cell adhesion dynamics

  増田豪; 冨田勝; 石濱泰; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2009

  
• バイオマーカーを導入した原発性乳癌の集学的治療アルゴリズムの構築と意思決定過程の定式化に関する研究 リン酸化プロテオミクスによる乳癌の細胞内シグナル伝達ネットワークに関する研究

  石濱泰

  バイオマーカーを導入した原発性乳癌の集学的治療アルゴリズムの構築と意思決定過程の定式化に関する研究 平成18-20年度 総合研究報告書, 2009

  
• バイオマーカーを導入した原発性乳癌の集学的治療アルゴリズムの構築と意思決定過程の定式化に関する研究 リン酸化プロテオミクスによる乳癌の細胞内シグナル伝達ネットワークに関する研究

  石濱泰

  バイオマーカーを導入した原発性乳癌の集学的治療アルゴリズムの構築と意思決定過程の定式化に関する研究 平成20年度 総括研究報告書, 2009

  
• ショットガンプロテオミクスによる膜タンパク質の網羅的解析

  増田豪; 岩崎未央; 冨田勝; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2009

  
• バイオマーカーを導入した原発性乳癌の集学的治療アルゴリズムの構築と意思決定過程の定式化に関する研究 原発性乳癌の治療に関連するバイオマーカーの探索

  戸井雅和; 黒井克昌; 石濱泰; 佐治重衡; 有賀智之; 高田正泰; 関根進; 関根勝枝; 廣瀬真紀子

  バイオマーカーを導入した原発性乳癌の集学的治療アルゴリズムの構築と意思決定過程の定式化に関する研究 平成18-20年度 総合研究報告書, 2009

  
• バイオマーカーを導入した原発性乳癌の集学的治療アルゴリズムの構築と意思決定過程の定式化に関する研究 原発性乳癌の治療に関連するバイオマーカーの探索

  戸井雅和; 黒井克昌; 石濱泰; 廣瀬真紀子

  バイオマーカーを導入した原発性乳癌の集学的治療アルゴリズムの構築と意思決定過程の定式化に関する研究 平成20年度 総括研究報告書, 2009

  
• Sample Preparation Methods for Large-Scale Analysis of Membrane Proteins Using Shotgun Proteomics

  増田豪; 石濱泰; 石濱泰

  Journal of the Mass Spectrometry Society of Japan, 2009

  
• ヒドロキシ酸修飾酸化金属クロマトグラフィーにおける多重リン酸化ペプチドの選択的溶出法の検討

  京野完; 杉山直幸; 冨田勝; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2009

  
• 定量的リン酸化プロテオミクスを用いたラパチニブのin vivo薬効評価

  今見考志; 杉山直幸; 京野完; 冨田勝; 石濱泰

  日本分子生物学会年会講演要旨集, 2009

  
• ヒドロキシ酸修飾酸化金属クロマトグラフィー(HAMMOC法)による高性能リン酸化プロテオミクスの確立

  京野完; 杉山直幸; 五十嵐康行; 冨田勝; 石濱泰

  日本分子生物学会年会講演要旨集, 2009

  
• リン酸プロテオミクスから得られるタンパク質リン酸化情報のネットワーク解析

  阿久澤毅史; 杉山直幸; 今見考志; 冨田勝; 石濱泰; 今村春菜

  日本分子生物学会年会講演要旨集, 2009

  
• 定量的リン酸化プロテオーム解析による分子標的薬評価

  杉山直幸; 京野完; 今見考志; 阿久澤毅史; 大沼澄子; 塚原麻伊; 冨田勝; 石濱泰

  日本分子生物学会年会講演要旨集, 2009

  
• Screening of proteins for interaction with ladder-shaped polyethers by polymer-supported ligand

  氏原悟; 毛利良太; 此木敬一; 松森信明; 大石徹; 村田道雄; 杉山直幸; 石濱泰; 冨田勝

  日本化学会講演予稿集, 2009

  
• シロイヌナズナおよびイネにおけるリン酸化部位の大規模解析(リン酸化プロテオミクス)

  中神弘史; 杉山直幸; 持田恵一; DAUDI Arsalan; 冨田勝; 石濱泰; 白須賢

  日本植物生理学会年会要旨集, 2009

  
• 高性能リン酸化プロテオミクスによるシグナル伝達ネットワーク解析の新展開

  石濱泰

  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2009

  
• 高性能リン酸化プロテオーム解析法の開発と創薬への展開

  石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2009

  
• DNA損傷体分析用オンライン濃縮チップ結合ESI‐MSシステムの開発

  村上博哉; 古口未央; 炭谷徳人; 江坂幸宏; 宇野文二; 石濱泰

  日本分析化学会年会講演要旨集, 2009

  
• エストロゲン受容体の恒常的活性化を呈するエストロゲン枯渇耐性乳癌細胞株の樹立

  今野広海; 植松智有希; 郷野辰幸; 清野祐子; 今見考志; 石濱泰; 丹羽俊文; 山口ゆり; 林慎一

  日本内分泌学会雑誌, 2009

  
• リン酸化プロテオミクスを用いたキナーゼ基質の大規模解析

  杉山直幸; 今村春菜; 横田耕一; 冨田勝; 石濱泰

  生化学, 2009

  
• イネとシロイヌナズナにおける比較リン酸化プロテオミクス

  中神弘史; 杉山直幸; ARSALAN Daudi; 石濱泰; 白須賢

  生化学, 2009

  
• 大規模データマイニングからみえるリン酸化プロテオームの全貌

  谷内江望; 斎藤輪太郎; 杉山直幸; 菅原潤一; 冨田勝; 石濱泰

  生化学, 2009

  
• リン酸化プロテオミクスの高性能化とシグナル伝達研究への応用

  石濱泰

  生化学, 2009

  
• プロテオミクスが解き明かす情報伝達ネットワーク リン酸化プロテオーム解析による分子標的薬評価

  杉山直幸; 石濱泰

  実験医学, 2009

  
• Development of nanoLC-MS/MS systems for entire proteome analysis of Escherichia coli

  岩崎未央; 三輪昌平; 冨田勝; 田中信男; 石濱泰; 石濱泰

  Chromatography, 2009

  
• Studies on Preparation for of Long Monolithic Silica Capillary Columns, and its application to Analysis of Biological Components

  三輪昌平; 田窪宏貴; 牧野聡; 岩崎未央; 石濱泰; 石濱泰; 池上亨; 田中信男

  Chromatography, 2009

  
• プロテオーム一斉解析のためのショットガンプロテオミクス測定システムの構築

  岩崎未央; 三輪昌平; 冨田勝; 田中信男; 石濱泰

  キャピラリー電気泳動シンポジウム講演要旨集, 2009

  
• ESI/MSによるDNA塩基損傷分析のための全量注入型オンライン濃縮チップの製作

  村上博哉; 古口未央; 炭谷徳人; 江坂幸宏; 宇野文二; 石濱泰

  キャピラリー電気泳動シンポジウム講演要旨集, 2009

  
• Development of proteomics technologies to open the new phases of biological applications

  ISHIHAMA YASUSHI

  日本分子生物学会年会講演要旨集, 2009

  
• Towards systematic discovery of signal transduction network via phosphorylation dynamics data

  IMAMURA HARUNA; YACHIE NOZOMU; SAITO RINTARO; ISHIHAMA YASUSHI; TOMITA MASARU

  日本分子生物学会年会講演要旨集, 2009

  
• Macroscopic relationships between protein phosphorylation and physical interaction

  YACHIE NOZOMU; SAITO RINTARO; SUGIYAMA NAOYUKI; TOMITA MASARU; ISHIHAMA YASUSHI

  日本分子生物学会年会講演要旨集, 2009

  
• Phosphoproteome analysis of calcium-dependent cell adhesion dynamics in mouse Eph4 cells

  MASUDA TAKESHI; TOMITA MASARU; ISHIHAMA YASUSHI

  日本分子生物学会年会講演要旨集, 2009

  
• Development of nanoLC-MS systems for membrane proteome analysis

  IWASAKI MIO; MIWA SHOHEI; TANAKA NOBUO; TOMITA MASARU; ISHIHAMA YASUSHI

  日本分子生物学会年会講演要旨集, 2009

  
• MSRI: Novel proteogenomic approaches to maximize the utilization of MS/MS data for genome reannotation

  HELMY MOHAMED; TOMITA MASARU; ISHIHAMA YASUSHI

  日本分子生物学会年会講演要旨集, 2009

  
• Comprehensive analysis of protein turnover in aerobic and anaerobic continuous culture of E. coli

  NAKAHIGASHI KENJI; ISHIHAMA YASUSHI; HONMA MASAYUKI; TAKAI YUKI; TOMITA MASARU

  日本分子生物学会年会講演要旨集, 2009

  
• 薬学における生命指向型化学 抗腫瘍活性天然物プラジエノライドの標的分子探索

  小竹 良彦; 相根 康司; 大和 隆志; 清末 優子; 清水 一; 上杉 麻依; 石濱 泰; 岩田 正夫; 水井 佳治; 浅田 誠

  日本薬学会年会要旨集, Mar. 2008

  
• Phosphorylation Profiling of Molecular-Targeting Drug-Treated Cancer Cells by High Performance Phosphoproteomics

  ISHIHAMA Yasushi; ISHIHAMA Yasushi; SUGIYAMA Naoyuki; SUGIYAMA Naoyuki; KYONO Yutaka; KYONO Yutaka; IMAMI Koshi; MASUDA Takeshi; TOMITA Masaru; TOMITA Masaru

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2008

  
• Protein abundance and phosphorylation profiling of human colorectal adenocarcinoma tissues by proteomics approaches

  MASUDA Takeshi; IGARASHI Yasuyuki; ESUMI Hiroyasu; SOGA Tomoyoshi; TOMITA Masaru; ISHIHAMA Yasushi; ISHIHAMA Yasushi

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2008

  
• Extended coverage of phosphoproteome by hydroxy acid-modified metal oxide chromatography (HAMMOC) in coupled with de-phosphorylation chemistry

  KYONO Yutaka; KYONO Yutaka; SUGIYAMA Naoyuki; SUGIYAMA Naoyuki; TOMITA Masaru; TOMITA Masaru; ISHIHAMA Yasushi; ISHIHAMA Yasushi

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2008

  
• ヒドロキシ酸修飾酸化金属クロマトグラフィーの選択的連続溶出法を用いたリン酸化プロテオミクス

  京野完; 杉山直幸; 今見考志; 冨田勝; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2008

  
• 高速膜タンパク質消化法の開発と膜プロテオーム解析への展開

  増田豪; 五十嵐康行; 岩崎未央; 冨田勝; 石濱泰

  生化学, 2008

  
• シアノシステインによる化学的消化法の開発と膜プロテオミクスへの応用

  岩崎未央; 増田豪; 石濱泰; 冨田勝

  生化学, 2008

  
• リン酸化プロテオーム解析によるキナーゼ阻害薬評価法の開発

  杉山直幸; 京野完; 今見孝志; 大沼澄子; 塚原麻衣; 冨田勝; 石濱泰

  生化学, 2008

  
• ヒドロキシ酸修飾酸化金属クロマトグラフィーと脱リン酸化誘導体化法を用いた高性能リン酸化プロテオミクス

  京野完; 杉山直幸; 冨田勝; 石濱泰

  生化学, 2008

  
• リン酸化プロテオームデータをもちいたリン酸化サイト獲得進化についてのバイオインフォマティクス解析

  谷内江望; 斎藤輪太郎; 菅原潤一; 冨田勝; 石濱泰

  生化学, 2008

  
• 乳癌細胞におけるエストロゲン誘導シグナル伝達ネットワークのリン酸化プロテオーム解析

  今見考志; 杉山直幸; 京野完; 冨田勝; 石濱泰

  生化学, 2008

  
• 時系列リン酸化プロテオームデータをもちいたバイオインフォマティクス解析

  今村春菜; 谷内江望; 齊藤輪太郎; 石濱泰; 冨田勝

  生化学, 2008

  
• 抗腫瘍活性天然物プラジエノライドの標的分子探索

  小竹良彦; 相根康司; 大和隆志; 清末優子; 清水一; 上杉麻依; 石濱泰; 岩田正夫; 水井佳治; 浅田誠

  日本薬学会年会要旨集, 2008

  
• NanoLC-MS systems in proteomics

  石濱泰

  Chromatography, 2008

  
• Molecular Dynamics in Cellular Signal Transduction Systems

  ISHIHAMA Yasushi

  Journal of the Society of Mechanical Engineers, 2008

  
• Study of Peak Capacity Utilizing Monolithic Silica Capillary Columns in Liquid Chromatography-Mass Spectrometry

  田窪宏貴; 牧野聡; 川邉武史; 石濱泰; 池上亨; 田中信男

  Chromatography, 2008

  
• Polymer Entrapment in Silica Layer for Preparing Highly Stable Capillary Coatings for CE and CE-MS

  MONTON MARIA ROWENA N; TOMITA MASARU; SOGA TOMOYOSHI; ISHIHAMA YASUSHI

  キャピラリー電気泳動シンポジウム講演要旨集, 14 Nov. 2007

  
• Phosphoproteome Analysis using Hydroxy Acid-Modified Metal Oxide Chromatography

  石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2007

  
• 修飾チタニアを用いたリン酸化ペプチド濃縮法の開発と乳癌細胞におけるシグナル伝達ダイナミクスのプロテオーム解析

  今見考志; 杉山直幸; 京野完; 冨田勝; 石濱泰

  生化学, 2007

  
• 網羅的プロテインターンオーバー解析

  中東憲治; 石濱泰; 冨田勝

  生化学, 2007

  
• 相間移動可溶化剤による膜タンパク質消化法の開発

  増田豪; 五十嵐康行; 冨田勝; 石濱泰

  生化学, 2007

  
• メンブレンプロテオミクスの為の化学的消化法の開発

  岩崎未央; 増田豪; 石濱泰; 冨田勝

  生化学, 2007

  
• ヒドロキシ酸修飾チタニアを用いたリン酸化ペプチド濃縮法における選択性とチタニアの物性の相関

  京野完; 杉山直幸; 大沼澄子; 宮崎将太; 古野正浩; 富田勝; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2007

  
• ラット肝臓ヒストンのエピジェネティックス:加齢と食餌制限の影響

  川上恭司郎; 中村明宏; 石濱泰; 亀谷富由樹; SHARMA Ramesh; 高橋良哉; 後藤佐多良

  基礎老化研究, 2007

  
• Optimization of Nano-Liquid Chromatography Coupled with Mass Spectrometry Systems for Proteomics

  石濱泰; 石濱泰

  Journal of the Mass Spectrometry Society of Japan, 2007

  
• 翻訳後修飾プロテオーム解析のためのリン酸化ペプチド濃縮法の開発

  京野完; 杉山直幸; 今見考志; 大沼澄子; 冨田勝; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2007

  
• Automated Phosphoproteome Analysis for Cancer Cells by Two-Dimensional NanoLC-MS/MS with Calcined Titania

  今見考志; 杉山直幸; 杉山直幸; 京野完; 京野完; 冨田勝; 冨田勝; 石濱泰; 石濱泰

  Chromatography, 2007

  
• 新規抗腫瘍性天然物プラジエノライドの全合成と標的分子探索

  小竹良彦; KANADA Regina M; 伊藤大輔; 相根康司; 大和隆志; 清末優子; 清水一; 上杉麻依; 岩田正夫; 石濱泰; 永井光雄; 新島淳; 浅井直樹; 阿部信也; 水井佳治; 浅田誠

  メディシナルケミストリーシンポジウム講演要旨集, 2007

  
• シグナル伝達とリン酸化プロテオミクス

  石濱泰

  キャピラリー電気泳動シンポジウム講演要旨集, 2007

  
• 修飾チタニアを用いた乳癌細胞のシグナル伝達ダイナミクスのリン酸化プロテオーム解析

  今見考志; 杉山直幸; 京野完; 冨田勝; 石濱泰

  キャピラリー電気泳動シンポジウム講演要旨集, 2007

  
• Polymerized Silicate as a Versatile Platform for Designing Liquid Phase Separation Media. 1. Preparation of Highly Stable Capillary Coatings for CE and CE-MS

  MONTON MARIA ROWENA N; SOGA TOMOYOSHI; TOMITA MASARU; ISHIHAMA YASUSHI

  キャピラリー電気泳動シンポジウム講演要旨集, 12 Nov. 2006

  
• Comparison of protein abundance estimation methods in single samples

  K. Shinoda; T. Masuda; N. Sugiyama; M. Tomita; Y. Ishihama

  MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, Oct. 2006

  
• アフィニティークロマトグラフィーにおける特異性の評価について (特集1 プロテオーム研究を成功させる 試料調製と解析法)

  石濱 泰

  バイオテクノロジージャーナル, Mar. 2006

  
• Label-free approaches for quantitative proteomics

  石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2006

  
• 定量的組織プロテオーム解析法の開発とその応用

  石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2006

  
• Proteome Research for Understanding Brain Functions

  石濱泰; 小田吉哉; 小田吉哉

  細胞工学, 2006

  
• できマス!定量的プロテオミクス

  石濱泰

  BMSコンファレンス講演要旨集, 2006

  
• LC‐MSによるハイスループットバイオ分析

  石濱泰

  日本分析化学会年会講演要旨集, 2006

  
• 酸化金属クロマトグラフィーと超高精度オービトラップ質量分析計を用いたリン酸化プロテオーム解析

  杉山直幸; 大沼澄子; 増田豪; 篠田幸作; 中村明宏; 冨田勝; 石濱泰

  キャピラリー電気泳動シンポジウム講演要旨集, 2006

  
• プロテオーム研究なるほどQ&A 同定データの整理法

  田畑 剛; 石濱 泰

  バイオテクノロジージャーナル, Sep. 2005

  
• Proteome-wide analysis of chaperonin-dependent protein folding in Escherichia coli

  ISHIHAMA YASUSHI; NAYLOR DEAN; MAIER TOBIAS; KERNER MICHAEL; FRISHMAN DMITRIJ; MANN MATTHIAS; HARTL ULRICH

  生化学, 25 Aug. 2005

  
• Absolute quantitation of proteins in tissues by protein abundance index and isotope dilution with unlabeled peptides

  Y. Ishihama; Y. Oda; T. Tabata; T. Seiki; N. Miyamoto; T. Sato; J. Kuromitsu

  MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, Aug. 2005

  
• プロテオーム研究なるほどQ&A 検索エンジン・データベースの利用法

  石濱 泰; 田畑 剛; 小田 吉哉

  バイオテクノロジージャーナル, Jul. 2005

  
• 【疾患プロテオミクスの最前線 プロテオミクスで病気を治せるか】 疾患プロテオミクスとバイオインフォマティクス プロテオームデータ解析システムについて 質量分析を中心に

  田畑 剛; 石濱 泰; 小田 吉哉

  遺伝子医学MOOK, Mar. 2005

  
• Probability enhancement in protein identification by parent ion related parameters

  石濱泰; 小田吉哉; 田畑剛; 河合隆利; 佐藤俊孝; 黒光淳郎

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2005

  
• Proteome-wide Absolute Quantitation of Proteins by Exponentially Modified Protein Abundance Index and Amplified Isotope Dilution

  石濱泰; 小田吉哉; 田畑剛; 生木尚志; 宮本憲優; 佐藤俊孝; 黒光淳郎

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2005

  
• Development of universal quantitative proteomics platform

  柳沢宏次; 横井靖人; 吉田浩; 井川幹之; 田中聡; 三浦雄治; 小田吉哉; 石濱泰; 田畑剛; 青島健; 片山博之; 河合隆利; 長洲毅志

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2005

  
• マススペクトル解析ソフトウェア「Mass Navigator」による定量解析

  吉田浩; 柳沢宏次; 横井靖人; 井川幹之; 田中聡; 三浦雄治; 青島健; 小田吉哉; 石浜泰; 田畑剛; 河合隆利; 片山博之; 長洲毅志

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2005

  
• プロテオミクス解析用ソフトウェアの開発~(1)タンパク質発現定量解析用プログラム~

  田畑剛; 小田吉哉; 石浜泰; 河合隆利; 三浦雄治; 横井靖人; 柳沢宏次; 青島健; 長洲毅志

  日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集, 25 Nov. 2004

  
• ポストゲノム時代における分析科学の挑戦 プロテオミクスによる大腸菌シャペロニン基質タンパク質の網羅的解析

  石濱 泰; Matthias Mann

  日本薬学会年会要旨集, Mar. 2004

  
• Development of efficient in-gel digestion system

  KATAYAMA Hiroyuki; SAITO Haruna; ISHIHAMA Yasushi; TABATA Tsuyoshi; ODA Yoshiya; SATO Toshitaka; NAGASU Takeshi

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2004

  
• Determination of physicochemical parameters

  Yasushi Ishihama

  Affinity Capillary Electrophoresis in Pharmaceutics and Biopharmaceutics, 01 Jan. 2003

  
• Single- and multi-STAGE (STop And Go Extraction) off-line multifunctional systems for MALDI, nanoES, and LC/MS sample pre-treatment

  Juri Rappsilber; Yasushi Ishihama; Jens S. Andersen; Matthias Mann

  Proceedings 50th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, 01 Dec. 2002

  
• LC MS/MS of complex peptide mixtures using the pulsing feature of the hybrid QSTAR-pulsar quadrupole time-of-flight mass spectrometer to increase protein identification

  J.S. Andersen; C. Wilkins; J. Rappsilber; Y. Ishihama; E. Nigg; M. Mann

  Proceedings 50th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, 01 Dec. 2002

  
• Automated peptide sequence tag determination in stable isotope pairs of tandem mass spectra in quantitative proteomics

  M. Mann; S.-E. Ong; J. Rappsilber; Y. Ishihama; J. Andersen

  Proceedings 50th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, 01 Dec. 2002

  
• Multifunctional precolumn systems for nanoLC/MS in proteomics

  Y. Ishihama; J. Rappsilber; J.S. Andersen; M. Mann

  Proceedings 50th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, 01 Dec. 2002

  
• バイオロジカル・マススペクトロメトリー・ラボの紹介 : Brain T. Chait ラボ・Matthias Mann ラボ

  小田 吉哉; 石濱 泰

  質量分析 = Mass spectroscopy, 01 Jun. 2002

  
• 膜と薬物の相互作用 生物物理化学的アプローチ 創薬における消化管吸収性評価の意義とその進め方

  櫛田 郁雄; 石濱 泰; 芦澤 一英

  日本薬学会年会要旨集, Mar. 2002

  
• SCREENING OF PHYSICAL PROPERTIES IN PHARMACEUTICAL DISCOVERY

  ISHIHARA Hiroshi; ISHIHAMA Yasushi; ARIMOTO Itaru; KUSHIDA Ikuo; KAJIMA Takashi

  薬物動態, Sep. 2001

  
• ミセル動電クロマトグラフィーを利用した難水溶性薬物の胆汁酸ミセル溶液への溶解性予測

  鈴木 康之; 石濱 泰; 三輪 敏紳

  薬剤学: 生命とくすり, Mar. 2001

  
• Development and Characterization of Methylcellulose-Coated Column for Plasma Direct Injection

  YAMAMOTO Eiichi; MURATA Kaoru; ISHIHAMA Yasushi; ASAKAWA Naoki

  Chromatography : journal of separation and detection sciences = クロマトグラフィー : 分離・検出科学, 31 Oct. 2000

  
• 電気泳動移動度を利用したシースレスCE/MSによる新規ペプチドシークエンシング法の開発

  片山博之; 石浜泰; 小田吉哉; 浅川直樹

  キャピラリー電気泳動シンポジウム講演要旨集, 08 Dec. 1999

  
• ステンレス製ESIスプレーチップを用いたシースレスCE/MSシステムの開発

  石浜泰; 片山博之; 小田吉哉; 浅川直樹

  キャピラリー電気泳動シンポジウム講演要旨集, 08 Dec. 1999

  
• A large volume injection system for HPLC using membrane II ; Development of micro-scale gradient elution system

  MURATA Kaoru; ISHIHAMA Yasushi; MANO Nariyasu; ASAKAWA Naoki

  Chromatography : journal of separation and detection sciences = クロマトグラフィー : 分離・検出科学, 24 Jun. 1999

  
• The Use of Fluorosurfactants As Additives in LC and CE/MS

  ISHIHAMA Yasushi; KATAYAMA Hiroyuki; KAJIMA Takashi; ASAKAWA Naoki

  Chromatography : journal of separation and detection sciences = クロマトグラフィー : 分離・検出科学, 10 Nov. 1998

  
• Application of capillary electrophoresis/mass spectrometry(CE/MS) to the determination of glycohemoglobin

  MINOURA Kaho; SOGA Tomoyoshi; KATAYAMA Hiroyuki; ISHIHAMA Yasushi; HOSHINO Tadao

  Chromatography : journal of separation and detection sciences = クロマトグラフィー : 分離・検出科学, 10 Nov. 1998

  
• Stable capillary coating with successive multiple ionic-polymer layers for capillary electrophoresis

  KATAYAMA Hiroyuki; ISHIHAMA Yasushi; KAJIMA Takashi; ASAKAWA Naoki

  Chromatography : journal of separation and detection sciences = クロマトグラフィー : 分離・検出科学, 10 Nov. 1998

  
• Consideration on chiral recognition of protein immobilizing column using affinity capillary electrophoresis.

  真野成康; 小田吉哉; 石浜泰; 浅川直樹

  日本薬学会年会要旨集, Mar. 1998

  
• Evaluation of QSAR Parameters Measured By Capillary Electrophoresis.

  石浜泰; 小田吉哉; 梶間隆; 浅川直樹

  情報化学討論会・構造活性相関シンポジウム講演要旨集, Oct. 1996

  
• キャピラリー電気泳動によるE2020の光学分割

  片山 博之; 石濱 泰; 浅川 直樹

  日本薬学会年会要旨集, Mar. 1996

  
• Development of hydrophobic property evaluation of chemical compound by capillary electrophoresis. Application to an anionic sample.

  石浜泰; 小田吉哉; 浅川直樹

  日本分析化学会年会講演要旨集, Sep. 1995

  
• HPLC用タンパク固定化カラムによる光学異性体分離に関する考察

  真野成康; 石浜泰; 小田吉哉; 浅川直樹

  日本薬学会年会要旨集, Mar. 1995

  
• キャピラリー電気泳動法による化合物の疎水性評価

  石浜泰; 小田吉哉; 内川清彦; 浅川直樹

  日本薬学会年会要旨集, Mar. 1995

  
• キャピラリー電気泳動/質量分析計直結の基礎検討 CE専用電源を用いないCE/MS

  小田吉哉; 石浜泰; 浅川直樹

  日本薬学会年会要旨集, Mar. 1995

  
• Quantitation Method for Mevalonic Acid in Plasma using Gas Chromatography/Chemical Ionization-Mass Spectrometry.

  真野成康; 石浜泰; 小田吉哉; 浅川直樹; 日吉裕展; 生田博憲

  生体成分の分析化学シンポジウム講演要旨集, Sep. 1994

  
• キャピラリー電気泳動による医薬品の酸解離定数の測定

  石浜泰; 小田吉哉; 浅川直樹; 吉田豊, 里忠

  日本薬学会年会要旨集, Mar. 1994

  
• オボムコイドをキャリアーとした動電クロマトグラフィーによる光学分割

  石浜泰; 小田吉哉; 浅川直樹; 吉田豊, 里忠

  日本薬学会年会要旨集, Mar. 1993