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辻村 太郎

ツジムラ タロウ

高等研究院 ヒト生物学高等研究拠点 特定講師

辻村 太郎
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    Last Updated :2022/05/14

    基本情報

    学位

    • 修士(生命科学)(東京大学)
    • 博士(生命科学)(東京大学)

    経歴

    • 自 2019年12月, 至 現在
      京都大学, 高等研究院, 特定講師
    • 自 2017年02月, 至 2019年11月
      慶應義塾大学, 医学部, 特任助教
    • 自 2014年05月, 至 2017年01月
      東京大学医学部附属病院, 先端腎臓・再生医学講座, 特任助教
    • 自 2009年05月, 至 2014年04月
      EMBL Heidelberg, Spitz Group, Developmental Biology Unit, Postdoctoral Fellow
    • 自 2009年04月, 至 2009年04月
      東京大学新領域創成科学研究科先端生命科学専攻, 人類進化システム分野, 客員博士研究員
    • 自 2008年04月, 至 2009年03月
      東京大学新領域創成科学研究科先端生命科学専攻, 人類進化システム分野, 日本学術振興会 特別研究員 PD
    • 自 2007年04月, 至 2008年03月
      東京大学新領域創成科学研究科先端生命科学専攻, 人類進化システム分野, 日本学術振興会 特別研究員 DC2
    • 自 2005年04月, 至 2007年03月
      東京大学新領域創成科学研究科, 21世紀COEプログラムリサーチアシスタント

    プロフィール

    • プロフィール

      My research interest is to understand cis-interaction and gain insights into evolution and human diseases by genomic rearrangements.

    使用言語

    • 日本語
    • 英語

    ID,URL

    researchmap URL

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      Last Updated :2022/05/14

      研究

      研究テーマ・研究概要

      • 研究テーマ

        研究概要
      • 研究概要

        私は、ゲノム上の機能領域の位置関係の再編成が、進化やヒトの疾患にどのようにつながるのかに興味を持っています。その理解に向けて、ゲノム領域間の相互作用の全容を解明することを私自身の研究テーマとしています。直近の研究では、遺伝子とエンハンサーとの相互作用を薬剤により制御するSTITCHというシステムを開発しました(辻村ら2020年eLife)。このユニークなシステムを駆使することで、長距離エンハンサーによる遺伝子活性化のプロセスと、それがゲノム上でどのように制御されているかのメカニズムについて、さらに解明していきたいと考えています。
        個々の細胞のエピゲノムやトランスクリプトームの状態を解析する技術の革新が進み、それに伴いエピゲノミクス研究の発展もますます加速しています。私自身も、単一細胞エピゲノム解析のための新しい解析ツールの開発に取り組んでいます。ASHBiでは各々の解析システムを生かした独創的な共同研究が積極的に営まれています。こうした環境を最大限に活用して、最先端の解析技術を、自分自身の研究だけでなく他の研究にも応用し、ヒト生物学の分野での新しい概念の確立に貢献していきたいと考えています。

      研究キーワード

      • Chromatin conformation
      • Gene regulation
      • Enhancer
      • cis-interaction
      • Genome

      研究分野

      • ライフサイエンス, 生体材料学
      • ライフサイエンス, 生体医工学
      • ライフサイエンス, ゲノム生物学

      論文

      • Mechanistic insights into the evolution of the differential expression of tandemly arrayed cone opsin genes in zebrafish
        Taro Tsujimura
        Development, Growth & Differentiation, 2020年10月
      • Controlling gene activation by enhancers through a drug-inducible topological insulator.
        Taro Tsujimura; Osamu Takase; Masahiro Yoshikawa; Etsuko Sano; Matsuhiko Hayashi; Kazuto Hoshi; Tsuyoshi Takato; Atsushi Toyoda; Hideyuki Okano; Keiichi Hishikawa
        eLife, 2020年05月05日, 査読有り
      • Control of directionality of chromatin folding for the inter- and intra-domain contacts at the Tfap2c-Bmp7 locus.
        Taro Tsujimura; Osamu Takase; Masahiro Yoshikawa; Etsuko Sano; Matsuhiko Hayashi; Tsuyoshi Takato; Atsushi Toyoda; Hideyuki Okano; Keiichi Hishikawa
        Epigenetics & chromatin, 2018年09月14日, 査読有り
      • Long-term effects of low calcium dialysates on the serum calcium levels during maintenance hemodialysis treatments: A systematic review and meta-analysis.
        Masahiro Yoshikawa; Osamu Takase; Taro Tsujimura; Etsuko Sano; Matsuhiko Hayashi; Tsuyoshi Takato; Keiichi Hishikawa
        Scientific reports, 2018年03月28日, 査読有り
      • Roles and regulation of bone morphogenetic protein-7 in kidney development and diseases.
        Taro Tsujimura; Mana Idei; Masahiro Yoshikawa; Osamu Takase; Keiichi Hishikawa
        World journal of stem cells, 2016年09月26日, 査読有り
      • Spatially differentiated expression of quadruplicated green-sensitive RH2 opsin genes in zebrafish is determined by proximal regulatory regions and gene order to the locus control region.
        Taro Tsujimura; Ryoko Masuda; Ryuichi Ashino; Shoji Kawamura
        BMC genetics, 2015年11月04日, 査読有り
      • Adult stem-like cells in kidney.
        Keiichi Hishikawa; Osamu Takase; Masahiro Yoshikawa; Taro Tsujimura; Masaomi Nangaku; Tsuyoshi Takato
        World journal of stem cells, 2015年03月26日, 査読有り
      • A Discrete Transition Zone Organizes the Topological and Regulatory Autonomy of the Adjacent Tfap2c and Bmp7 Genes
        Taro Tsujimura; Felix A. Klein; Katja Langenfeld; Juliane Glaser; Wolfgang Huber; Francois Spitz
        PLOS GENETICS, 2015年01月, 査読有り
      • A discrete transition zone organizes the topological and regulatory autonomy of the adjacent tfap2c and bmp7 genes.
        Taro Tsujimura; Felix A Klein; Katja Langenfeld; Juliane Glaser; Wolfgang Huber; François Spitz
        PLoS genetics, 2015年01月, 査読有り
      • Functional and topological characteristics of mammalian regulatory domains.
        Orsolya Symmons; Veli Vural Uslu; Taro Tsujimura; Sandra Ruf; Sonya Nassari; Wibke Schwarzer; Laurence Ettwiller; François Spitz
        Genome research, 2014年03月, 査読有り
      • TRACER: a resource to study the regulatory architecture of the mouse genome.
        Chao-Kung Chen; Orsolya Symmons; Veli Vural Uslu; Taro Tsujimura; Sandra Ruf; Damian Smedley; François Spitz
        BMC genomics, 2013年04月02日, 査読有り
      • Characterization of transgenic zebrafish lines that express GFP in the retina, pineal gland, olfactory bulb, hatching gland, and optic tectum
        Wei Fang; Sarah Bonaffini; Jian Zou; Xiaolei Wang; Cen Zhang; Taro Tsujimura; Shoji Kawamura; Xiangyun Wei
        Gene Expression Patterns, 2013年, 査読有り
      • Bipolar cell-photoreceptor connectivity in the zebrafish (Danio rerio) retina.
        Yong N Li; Taro Tsujimura; Shoji Kawamura; John E Dowling
        The Journal of comparative neurology, 2012年11月01日, 査読有り
      • A single enhancer regulating the differential expression of duplicated red-sensitive opsin genes in zebrafish.
        Taro Tsujimura; Tomohiro Hosoya; Shoji Kawamura
        PLoS genetics, 2010年12月16日, 査読有り
      • Regulatory mechanisms for the coordinated expression of duplicated green-sensitive and red-sensitive opsin genes in zebrafish and their evolution
        辻村太郎
        東京大学, 2008年03月, 査読有り
      • Rescue from oculocutaneous albinism type 4 using medaka slc45a2 cDNA driven by its own promoter.
        Shoji Fukamachi; Masato Kinoshita; Taro Tsujimura; Atsuko Shimada; Shoji Oda; Akihiro Shima; Axel Meyer; Shoji Kawamura; Hiroshi Mitani
        Genetics, 2008年02月, 査読有り
      • Identification of a locus control region for quadruplicated green-sensitive opsin genes in zebrafish.
        Taro Tsujimura; Akito Chinen; Shoji Kawamura
        Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2007年07月31日, 査読有り
      • Evolutionarily conserved and divergent regulatory sequences in the fish rod opsin promoter.
        Shoji Kawamura; Kumiko Takeshita; Taro Tsujimura; Satoshi Kasagi; Yoshifumi Matsumoto
        Comparative biochemistry and physiology. Part B, Biochemistry & molecular biology, 2005年08月, 査読有り
      • Evolutionarily conserved and diverged regulatory sequences in fish rod opsin promoter
        Shoji Kawamura; Kumiko Takeshita; Taro Tsujimura; Satoshi Kasagi; Yoshifumi Matsumoto
        ZOOLOGICAL SCIENCE, 2004年12月, 査読有り

      MISC

      • 留学のメリットとデメリット
        辻村太郎
        UJA留学体験記, 2015年05月, 査読有り, 招待有り
      • A single region regulates duplicated red-sensitive opsin genes in zebrafish
        Ryuichi Ashino; Taro Tsujimura; Tomohiro Hosoya; Shoji Kawamura
        GENES & GENETIC SYSTEMS, 2011年12月
      • The regulatory mechanism of zebrafish green-sensitive opsin genes as a model study of collective regulation of tandemly duplicated opsin genes
        Taro Tsujimura; Shoji Kawamura
        GENES & GENETIC SYSTEMS, 2006年12月
      • Identification of a LCR-like distal regulatory region for multiple green-sensitive opsin genes in zebrafish
        Taro Tsujimura; Akito Chinen; Shoji Kawamura
        ZOOLOGICAL SCIENCE, 2005年12月

      講演・口頭発表等

      • Modulating enhancer regulation: mechanisms and applications
        Taro Tsujimura
        RIKEN IMS Seminar: Mini workshop on Chromatin Regulation, 2021年05月27日, 招待有り
      • Regulation of gene activation by long-range enhancers
        Taro Tsujimura
        1st ASHBi SignAC Workshop, 2021年02月19日, 招待有り
      • 生命科学研究(ゲノム機能解析研究)の データマネジメント
        辻村太郎
        第4回京都大学研究データマネジメントワークショップ、セッション2 「科研費プロジェクト『葛桜』」, 2020年09月19日, 招待有り
      • Controlling gene activation by enhancers through a drug-inducible topological insulator
        Taro Tsujimura
        ASHBi Young Researcher Meeting, 2019年12月11日, 招待有り
      • クロマチン高次構造から考える遺伝子制御の制約と可塑性
        辻村太郎
        第 20 回日本進化学会大会 シンポジウム『表現型の可塑性~ホモ・サピエンスの環境適応のヒントを探る』, 2018年08月24日, 招待有り
      • クロマチンの基本高次構造が織りなす多様な遺伝子転写制御機構
        辻村太郎
        国立成育医療研究セン ター特別セミナー, 2018年08月03日
      • クロマチン構造と遺伝子発現 - 疾患研究への応用を見据えて
        辻村太郎
        東京大学医学部附属病院第60回再生医療カンファレンス, 2016年04月21日, 招待有り
      • 腎臓発生におけるBmp7の特異的発現を制御するクロマチン高次構造
        辻村太郎
        第45回 日本腎臓学会東部学術大会「よくわかるシリーズ」, 2015年10月02日, 招待有り
      • Enhancer allocation and chromatin conformation: topological and regulatory autonomy of the adjacent Tfap2c and Bmp7 genes in mice
        辻村太郎
        Invited Seminar at NIBB, 2015年02月20日, 招待有り
      • クロマチンの高次構造とエンハンサーの標的制御
        辻村太郎
        東京大学大学院農学生命科学研究科応用動物科学専攻「ゲノムと生体情報の科学」集中講義, 2015年01月26日, 招待有り
      • Enhancer allocation and chromatin conformation: topological and regulatory autonomy of the adjacent Tfap2c and Bmp7 genes in mice
        辻村太郎
        Invited Seminar at Laboratory of Developmental Genetics, RIKEN Center for Integrative Medical Science, 2015年01月23日, 招待有り
      • ゲノム高次構造とエンハンサーの標的制御: 隣接遺伝子群Tfap2c-Bmp7の分断と統括
        辻村太郎
        東京大学先端科学技術センター臨床エピジェネティクス講座招待講演, 2014年07月07日, 招待有り
      • Serial Genomic Rearrangements Revealed Local- and Global-Regulatory Architecture of the Adjacent Developmental Genes Bmp7 and Ap2γ
        辻村太郎
        大阪大学大学院医学研究科環境・生体機能学セミナー, 2013年03月08日, 招待有り
      • Serial Genomic Rearrangements Revealed Local- and Global-Regulatory Architecture of the Adjacent Developmental Genes Bmp7 and Ap2γ
        辻村太郎
        Seminar at National Institute of Genetics, Mishima, 2013年03月07日, 招待有り

      産業財産権

      • エンハンサーブロッカー及びその使用
        辻村太郎; 岡野栄之; 菱川慶一

      外部資金:科学研究費補助金

      • 2パラメータ変動実験で解明する、「3Dゲノムドメイン」のエンハンサー制御機構
        基盤研究(C)
        小区分43050:ゲノム生物学関連
        京都大学
        辻村 太郎
        自 2020年04月01日, 至 2023年03月31日, 交付
        エンハンサー;CTCF;クロマチン高次構造;ゲノム編集;STITCH;数理モデル
      • エンハンサー解析による腎臓BMP7分泌サイトの機能的意義の解明
        若手研究(B)
        京都大学;慶應義塾大学
        辻村 太郎
        自 2017年04月01日, 至 2020年03月31日, 完了
        エンハンサー;BMP7;腎臓;CTCF;Bmp7;シングルセルRNA-seq;クロマチン高次構造;腎機能;遺伝子;クロマチン;マウス;ゲノム編集
      • ヒト腎臓由来iPS細胞のゲノムワイドメチル化解析による新規腎系統分化誘導因子同定
        基盤研究(C)
        慶應義塾大学;東京大学
        高瀬 敦
        自 2016年04月01日, 至 2019年03月31日, 完了
        Epigenetic memory;Methylation;iPS細胞;腎上皮細胞由来iPS細胞;新規腎系統分化誘導因子;癌幹細胞;リプログラミング;エピジェネティクス;DNAの脱メチル化剤;腎臓がん由来iPS細胞;腎臓由来iPS細胞;DNAメチル化解析;DNA マイクロアレイ解析;腎系統分化誘導遺伝子;腎臓細胞記憶;Epigenetic Memory;腎系統分化誘導法;腎臓分化誘導因子;ヒト腎臓由来iPS細胞;エピゲジェネティクス;DNAメチル化;マイクロアレイ;CRISPR
      • エンハンサーの標的決定を超えて:クロマチン基本高次構造の機能的多様性を探る
        若手研究(B)
        東京大学
        辻村 太郎
        自 2015年04月01日, 至 2017年03月31日, 完了
        ゲノム;エンハンサー;クロマチン高次構造;マウス;ゲノム編集;片アリル欠失ES細胞;腎系統分化誘導

      外部資金:その他

      • BMP7のシス解析が解き明かす、褐色・ベージュ脂肪細胞の抗肥満活性調節機構
        ビジョナリーリサーチ助成
        自 2015年, 至 2017年
        辻村太郎
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        Last Updated :2022/05/14

        大学運営

        部局運営(役職等)

        • 自 2019年12月
          医学部構内実験排水系管理委員会委員
        • 自 2020年
          KUIAS安全衛生委員会委員
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          Last Updated :2022/05/14

          学術・社会貢献

          学術貢献活動

          • The 1st ASHBi SignAC Workshop
            企画立案・運営等
            自 2021年02月19日, 至 2021年02月19日

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