基本情報

所属学協会

• 至 現在

  日本分子生物学会

学位

• 修士（生命科学）(東京大学)
• 博士（生命科学）(東京大学)

経歴

• 自 2019年12月, 至 現在

  京都大学, 高等研究院, 特定講師
• 自 2017年02月, 至 2019年11月

  慶應義塾大学, 医学部, 特任助教
• 自 2014年05月, 至 2017年01月

  東京大学医学部附属病院, 先端腎臓・再生医学講座, 特任助教
• 自 2009年05月, 至 2014年04月

  EMBL Heidelberg, Spitz Group, Developmental Biology Unit, Postdoctoral Fellow
• 自 2009年04月, 至 2009年04月

  東京大学新領域創成科学研究科先端生命科学専攻, 人類進化システム分野, 客員博士研究員
• 自 2008年04月, 至 2009年03月

  東京大学新領域創成科学研究科先端生命科学専攻, 人類進化システム分野, 日本学術振興会 特別研究員 PD
• 自 2007年04月, 至 2008年03月

  東京大学新領域創成科学研究科先端生命科学専攻, 人類進化システム分野, 日本学術振興会 特別研究員 DC2
• 自 2005年04月, 至 2007年03月

  東京大学新領域創成科学研究科, 21世紀COEプログラムリサーチアシスタント

プロフィール

• プロフィール

  My research interest is to understand cis-interaction and gain insights into evolution and human diseases by genomic rearrangements.

使用言語

• 日本語
• 英語

ID,URL

• ORCID ID

  0000-0002-3281-0150

• J-Global ID

  201601009329956963

• 研究者番号

  90741893

researchmap URL

• https://researchmap.jp/tarotsujimura

研究

研究テーマ・研究概要

• 研究テーマ

  シングルセル3Dエピゲノム解析

• 研究概要

  私は、ゲノム上の機能領域の位置関係の再編成が、進化やヒトの疾患にどのようにつながるのかに興味を持っている。その理解を深めるには、核内ゲノム動態の性質をよく知ることが重要と考えている。現在は、特に、単一細胞エピゲノム解析のための新しい解析ツールの開発に取り組んでいる。これら解析ツールをさまざまな生命システムに応用することで、核内ゲノムの姿をより詳細に描写することを目指している。

研究キーワード

• Chromatin conformation
• Gene regulation
• Enhancer
• cis-interaction
• Genome

研究分野

• ライフサイエンス, 生体材料学
• ライフサイエンス, 生体医工学
• ライフサイエンス, ゲノム生物学

論文

• Non-viral generation of transgenic non-human primates via the piggyBac transposon system.

  Masataka Nakaya; Chizuru Iwatani; Setsuko Tsukiyama-Fujii; Ai Mieda; Shoko Tarumoto; Taro Tsujimura; Takuya Yamamoto; Takafumi Ichikawa; Tomonori Nakamura; Ichiro Terakado; Ikuo Kawamoto; Takahiro Nakagawa; Iori Itagaki; Mitinori Saitou; Hideaki Tsuchiya; Tomoyuki Tsukiyama

  Nature communications, 2025年03月24日

  
• In vitro reconstitution of epigenetic reprogramming in the human germ line.

  Yusuke Murase; Ryuta Yokogawa; Yukihiro Yabuta; Masahiro Nagano; Yoshitaka Katou; Manami Mizuyama; Ayaka Kitamura; Pimpitcha Puangsricharoen; Chika Yamashiro; Bo Hu; Ken Mizuta; Taro Tsujimura; Takuya Yamamoto; Kosuke Ogata; Yasushi Ishihama; Mitinori Saitou

  Nature, 2024年05月20日

  
• Induction of fetal meiotic oocytes from embryonic stem cells in cynomolgus monkeys.

  Sayuri Gyobu-Motani; Yukihiro Yabuta; Ken Mizuta; Yoshitaka Katou; Ikuhiro Okamoto; Masanori Kawasaki; Ayaka Kitamura; Tomoyuki Tsukiyama; Chizuru Iwatani; Hideaki Tsuchiya; Taro Tsujimura; Takuya Yamamoto; Tomonori Nakamura; Mitinori Saitou

  The EMBO journal, 2023年03月16日

  
• Reconstituting human somitogenesis in vitro.

  Yoshihiro Yamanaka; Sofiane Hamidi; Kumiko Yoshioka-Kobayashi; Sirajam Munira; Kazunori Sunadome; Yi Zhang; Yuzuru Kurokawa; Rolf Ericsson; Ai Mieda; Jamie L Thompson; Janet Kerwin; Steven Lisgo; Takuya Yamamoto; Naomi Moris; Alfonso Martinez-Arias; Taro Tsujimura; Cantas Alev

  Nature, 2023年02月

  
• Mechanistic insights into the evolution of the differential expression of tandemly arrayed cone opsin genes in zebrafish

  Taro Tsujimura

  Development, Growth & Differentiation, 2020年10月

  この論文にアクセスする：

  
• Controlling gene activation by enhancers through a drug-inducible topological insulator.

  Taro Tsujimura; Osamu Takase; Masahiro Yoshikawa; Etsuko Sano; Matsuhiko Hayashi; Kazuto Hoshi; Tsuyoshi Takato; Atsushi Toyoda; Hideyuki Okano; Keiichi Hishikawa

  eLife, 2020年05月05日, 査読有り

  
• Control of directionality of chromatin folding for the inter- and intra-domain contacts at the Tfap2c-Bmp7 locus.

  Taro Tsujimura; Osamu Takase; Masahiro Yoshikawa; Etsuko Sano; Matsuhiko Hayashi; Tsuyoshi Takato; Atsushi Toyoda; Hideyuki Okano; Keiichi Hishikawa

  Epigenetics & chromatin, 2018年09月14日, 査読有り

  
• Long-term effects of low calcium dialysates on the serum calcium levels during maintenance hemodialysis treatments: A systematic review and meta-analysis.

  Masahiro Yoshikawa; Osamu Takase; Taro Tsujimura; Etsuko Sano; Matsuhiko Hayashi; Tsuyoshi Takato; Keiichi Hishikawa

  Scientific reports, 2018年03月28日, 査読有り

  
• Roles and regulation of bone morphogenetic protein-7 in kidney development and diseases.

  Taro Tsujimura; Mana Idei; Masahiro Yoshikawa; Osamu Takase; Keiichi Hishikawa

  World journal of stem cells, 2016年09月26日, 査読有り

  
• Spatially differentiated expression of quadruplicated green-sensitive RH2 opsin genes in zebrafish is determined by proximal regulatory regions and gene order to the locus control region.

  Taro Tsujimura; Ryoko Masuda; Ryuichi Ashino; Shoji Kawamura

  BMC genetics, 2015年11月04日, 査読有り

  
• Adult stem-like cells in kidney.

  Keiichi Hishikawa; Osamu Takase; Masahiro Yoshikawa; Taro Tsujimura; Masaomi Nangaku; Tsuyoshi Takato

  World journal of stem cells, 2015年03月26日, 査読有り

  
• A Discrete Transition Zone Organizes the Topological and Regulatory Autonomy of the Adjacent Tfap2c and Bmp7 Genes

  Taro Tsujimura; Felix A. Klein; Katja Langenfeld; Juliane Glaser; Wolfgang Huber; Francois Spitz

  PLOS GENETICS, 2015年01月, 査読有り

  
• Functional and topological characteristics of mammalian regulatory domains.

  Orsolya Symmons; Veli Vural Uslu; Taro Tsujimura; Sandra Ruf; Sonya Nassari; Wibke Schwarzer; Laurence Ettwiller; François Spitz

  Genome research, 2014年03月, 査読有り

  
• TRACER: a resource to study the regulatory architecture of the mouse genome.

  Chao-Kung Chen; Orsolya Symmons; Veli Vural Uslu; Taro Tsujimura; Sandra Ruf; Damian Smedley; François Spitz

  BMC genomics, 2013年04月02日, 査読有り

  
• Characterization of transgenic zebrafish lines that express GFP in the retina, pineal gland, olfactory bulb, hatching gland, and optic tectum

  Wei Fang; Sarah Bonaffini; Jian Zou; Xiaolei Wang; Cen Zhang; Taro Tsujimura; Shoji Kawamura; Xiangyun Wei

  Gene Expression Patterns, 2013年, 査読有り

  
• Bipolar cell-photoreceptor connectivity in the zebrafish (Danio rerio) retina.

  Yong N Li; Taro Tsujimura; Shoji Kawamura; John E Dowling

  The Journal of comparative neurology, 2012年11月01日, 査読有り

  
• A single enhancer regulating the differential expression of duplicated red-sensitive opsin genes in zebrafish.

  Taro Tsujimura; Tomohiro Hosoya; Shoji Kawamura

  PLoS genetics, 2010年12月16日, 査読有り

  
• Regulatory mechanisms for the coordinated expression of duplicated green-sensitive and red-sensitive opsin genes in zebrafish and their evolution

  辻村太郎

  東京大学, 2008年03月, 査読有り

  
• Rescue from oculocutaneous albinism type 4 using medaka slc45a2 cDNA driven by its own promoter.

  Shoji Fukamachi; Masato Kinoshita; Taro Tsujimura; Atsuko Shimada; Shoji Oda; Akihiro Shima; Axel Meyer; Shoji Kawamura; Hiroshi Mitani

  Genetics, 2008年02月, 査読有り

  
• Identification of a locus control region for quadruplicated green-sensitive opsin genes in zebrafish.

  Taro Tsujimura; Akito Chinen; Shoji Kawamura

  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2007年07月31日, 査読有り

  
• Evolutionarily conserved and divergent regulatory sequences in the fish rod opsin promoter.

  Shoji Kawamura; Kumiko Takeshita; Taro Tsujimura; Satoshi Kasagi; Yoshifumi Matsumoto

  Comparative biochemistry and physiology. Part B, Biochemistry & molecular biology, 2005年08月, 査読有り

  
• Evolutionarily conserved and diverged regulatory sequences in fish rod opsin promoter

  Shoji Kawamura; Kumiko Takeshita; Taro Tsujimura; Satoshi Kasagi; Yoshifumi Matsumoto

  ZOOLOGICAL SCIENCE, 2004年12月, 査読有り

  

MISC

• 線維芽由来iPS細胞と腎臓由来iPS細胞における包括的DNAメチル化解析比較からの腎系統特異的分化誘導法の検討

  高瀬敦; 高瀬敦; 辻村太郎; 辻村太郎; 出射真奈; 出射真奈; 高戸毅; 南学正臣; 菱川慶一; 菱川慶一

  日本抗加齢医学会総会プログラム・抄録集, 2016年06月

  
• 留学のメリットとデメリット

  辻村太郎

  UJA留学体験記, 2015年05月, 査読有り, 招待有り

  
• A single region regulates duplicated red-sensitive opsin genes in zebrafish

  Ryuichi Ashino; Taro Tsujimura; Tomohiro Hosoya; Shoji Kawamura

  GENES & GENETIC SYSTEMS, 2011年12月

  
• The regulatory mechanism of zebrafish green-sensitive opsin genes as a model study of collective regulation of tandemly duplicated opsin genes

  Taro Tsujimura; Shoji Kawamura

  GENES & GENETIC SYSTEMS, 2006年12月

  
• Identification of a LCR-like distal regulatory region for multiple green-sensitive opsin genes in zebrafish

  Taro Tsujimura; Akito Chinen; Shoji Kawamura

  ZOOLOGICAL SCIENCE, 2005年12月

  

講演・口頭発表等

• ロングリード解析を利用した、遺伝子とエンハンサーの相互作用研究

  辻村太郎

  Oxford Nanopore Technologies ナノポアデー大阪 2023, 2023年06月22日, 招待有り

  
• エンハンサー相互作用の調節により生まれる多様なゲノム制御

  辻村太郎

  第16回日本エピジェネティクス研究会年会, 2023年06月19日, 招待有り

  
• PacBio HiFiリードによるシングルセルアイソフォーム解析

  辻村太郎

  PacBioロードショー2023, 2023年05月17日, 招待有り

  
• 多層的な長距離エンハンサー制御：メカニズムの研究とその応用

  辻村太郎

  最先端循環代謝学の若手研究会（第4回）, 2022年12月12日, 招待有り

  
• データ解析概要 ～scRNA-seqドライ解析の基礎～

  辻村太郎

  先端バイオメディシン解析技術室テクニカルセミナーシリーズ scRNA-seq解析セミナー, 2022年09月21日, 招待有り

  
• 遺伝子とエンハンサーの相互作用を理解する：新技術によるアプローチ

  辻村太郎

  第45回日本分子生物学会年会, 2022年11月30日, 招待有り

  
• ロングリード解析を活用した長距離ゲノム調節機構の研究

  辻村太郎

  NGS EXPO 2022, 2022年10月19日, 招待有り

  
• Modulating enhancer regulation: mechanisms and applications

  Taro Tsujimura

  RIKEN IMS Seminar: Mini workshop on Chromatin Regulation, 2021年05月27日, 招待有り

  
• Regulation of gene activation by long-range enhancers

  Taro Tsujimura

  1st ASHBi SignAC Workshop, 2021年02月19日, 招待有り

  
• 生命科学研究（ゲノム機能解析研究）の データマネジメント

  辻村太郎

  第4回京都大学研究データマネジメントワークショップ、セッション2 「科研費プロジェクト『葛桜』」, 2020年09月19日, 招待有り

  
• Controlling gene activation by enhancers through a drug-inducible topological insulator

  Taro Tsujimura

  ASHBi Young Researcher Meeting, 2019年12月11日, 招待有り

  
• クロマチン高次構造から考える遺伝子制御の制約と可塑性

  辻村太郎

  第 20 回日本進化学会大会 シンポジウム『表現型の可塑性~ホモ・サピエンスの環境適応のヒントを探る』, 2018年08月24日, 招待有り

  
• クロマチンの基本高次構造が織りなす多様な遺伝子転写制御機構

  辻村太郎

  国立成育医療研究セン ター特別セミナー, 2018年08月03日

  
• クロマチン構造と遺伝子発現 - 疾患研究への応用を見据えて

  辻村太郎

  東京大学医学部附属病院第６０回再生医療カンファレンス, 2016年04月21日, 招待有り

  
• 腎臓発生におけるBmp7の特異的発現を制御するクロマチン高次構造

  辻村太郎

  第45回 日本腎臓学会東部学術大会「よくわかるシリーズ」, 2015年10月02日, 招待有り

  
• Enhancer allocation and chromatin conformation: topological and regulatory autonomy of the adjacent Tfap2c and Bmp7 genes in mice

  辻村太郎

  Invited Seminar at NIBB, 2015年02月20日, 招待有り

  
• クロマチンの高次構造とエンハンサーの標的制御

  辻村太郎

  東京大学大学院農学生命科学研究科応用動物科学専攻「ゲノムと生体情報の科学」集中講義, 2015年01月26日, 招待有り

  
• Enhancer allocation and chromatin conformation: topological and regulatory autonomy of the adjacent Tfap2c and Bmp7 genes in mice

  辻村太郎

  Invited Seminar at Laboratory of Developmental Genetics, RIKEN Center for Integrative Medical Science, 2015年01月23日, 招待有り

  
• ゲノム高次構造とエンハンサーの標的制御: 隣接遺伝子群Tfap2c-Bmp7の分断と統括

  辻村太郎

  東京大学先端科学技術センター臨床エピジェネティクス講座招待講演, 2014年07月07日, 招待有り

  
• Serial Genomic Rearrangements Revealed Local- and Global-Regulatory Architecture of the Adjacent Developmental Genes Bmp7 and Ap2γ

  辻村太郎

  大阪大学大学院医学研究科環境・生体機能学セミナー, 2013年03月08日, 招待有り

  
• Serial Genomic Rearrangements Revealed Local- and Global-Regulatory Architecture of the Adjacent Developmental Genes Bmp7 and Ap2γ

  辻村太郎

  Seminar at National Institute of Genetics, Mishima, 2013年03月07日, 招待有り

  

書籍等出版物

• 実験デザインからわかるシングルセル研究実践テキスト

  大倉, 永也; 渡辺, 亮; 鈴木, 穣 (ゲノム医科学), 分担執筆, 第12章 解析結果の検証，解釈「三次元オルガノイドモデルアクシオロイドの特性評価」

  羊土社, 2024年04月

  京大の蔵書を調べる：

  

産業財産権

• 特願2018-154577, PCT/JP2019/032106, エンハンサーブロッカー及びその使用

  辻村太郎; 岡野栄之; 菱川慶一

  

外部資金：科学研究費補助金

• ２パラメータ変動実験で解明する、「3Dゲノムドメイン」のエンハンサー制御機構

  基盤研究(C)

  小区分43050:ゲノム生物学関連

  京都大学

  辻村 太郎

  自 2020年04月01日, 至 2023年03月31日, 完了

  ゲノム;エンハンサー;相互作用;クロマチン高次構造;遺伝子発現;CTCF;ゲノム編集;STITCH;数理モデル

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20K06603/
• エンハンサー解析による腎臓BMP7分泌サイトの機能的意義の解明

  若手研究(B)

  京都大学;慶應義塾大学

  辻村 太郎

  自 2017年04月01日, 至 2020年03月31日, 完了

  エンハンサー;BMP7;腎臓;CTCF;Bmp7;シングルセルRNA-seq;クロマチン高次構造;腎機能;遺伝子;クロマチン;マウス;ゲノム編集

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17K16072/
• ヒト腎臓由来iPS細胞のゲノムワイドメチル化解析による新規腎系統分化誘導因子同定

  基盤研究(C)

  慶應義塾大学;東京大学

  高瀬 敦

  自 2016年04月01日, 至 2019年03月31日, 完了

  Epigenetic memory;Methylation;iPS細胞;腎上皮細胞由来iPS細胞;新規腎系統分化誘導因子;癌幹細胞;リプログラミング;エピジェネティクス;DNAの脱メチル化剤;腎臓がん由来iPS細胞;腎臓由来iPS細胞;DNAメチル化解析;DNA マイクロアレイ解析;腎系統分化誘導遺伝子;腎臓細胞記憶;Epigenetic Memory;腎系統分化誘導法;腎臓分化誘導因子;ヒト腎臓由来iPS細胞;エピゲジェネティクス;DNAメチル化;マイクロアレイ;CRISPR

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16K09602/
• エンハンサーの標的決定を超えて：クロマチン基本高次構造の機能的多様性を探る

  若手研究(B)

  東京大学

  辻村 太郎

  自 2015年04月01日, 至 2017年03月31日, 完了

  ゲノム;エンハンサー;クロマチン高次構造;マウス;ゲノム編集;片アリル欠失ES細胞;腎系統分化誘導

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15K18454/
• 縄文人の集団ゲノミクス：古代狩猟採集民の適応進化と現代におけるその遺産の解明

  基盤研究(B)

  小区分45060:応用人類学関連

  金沢大学

  中込 滋樹

  自 2022年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付

  パレオゲノミクス;狩猟採集民;自然選択;集団遺伝学;環境適応

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22H02711/
• 縄文人の集団ゲノミクス：古代狩猟採集民の適応進化と現代におけるその遺産の解明

  基盤研究(B)

  小区分45060:応用人類学関連

  金沢大学

  中込 滋樹

  自 2022年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付

  パレオゲノミクス;狩猟採集民;集団遺伝学;自然選択;環境適応

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23K23974/

外部資金：その他

• ロングリード１分子エピゲノム解析の支援 (2023年度分)

  文部科学省, 医療研究開発推進事業費補助金

  自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  分担
• ロングリード１分子エピゲノム解析の支援 (2022年度分)

  文部科学省, 医療研究開発推進事業費補助金

  自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  代表
• BMP7のシス解析が解き明かす、褐色・ベージュ脂肪細胞の抗肥満活性調節機構

  ビジョナリーリサーチ助成

  自 2015年, 至 2017年

  辻村太郎

大学運営

部局運営(役職等)

• 自 2019年12月

  医学部構内実験排水系管理委員会委員
• 自 2020年

  KUIAS安全衛生委員会委員
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  医学部構内実験排水系管理委員会　委員

学術・社会貢献

学術貢献活動

• The 3rd ASHBi SignAC Workshop

  企画立案・運営等, パネル司会・セッションチェア等

  Taro Tsujimura, Takuya Yamamoto, Mitinori Saitou, 自 2024年05月15日, 至 2024年05月15日

  
• 第４５回日本分子生物学会年会ワークショップ「多様な機能性制御領域が織りなすゲノムオートノミー：新技術と最前線」

  企画立案・運営等, パネル司会・セッションチェア等, 査読

  井上 詞貴、辻村 太郎, 自 2022年11月30日, 至 2022年11月30日

  
• The 2nd ASHBi SignAC Workshop

  企画立案・運営等, パネル司会・セッションチェア等

  自 2021年12月10日, 至 2021年12月10日

  
• The 1st ASHBi SignAC Workshop

  企画立案・運営等

  自 2021年02月19日, 至 2021年02月19日