基本情報

学部兼担

• 理学部

学位

• 理学修士(京都大学)
• 博士（理学）(総合研究大学院大学)

経歴

• 自 2013年, 至 現在

  京都大学理学研究科生物科学専攻生物物理教室 教授
• 自 2007年, 至 2013年

  京都大学理学研究科生物科学専攻生物物理教室 准教授
• 自 2001年, 至 2006年

  神戸大学理学部化学科 助教授, Faculty of Science
• 自 1998年, 至 2001年

  神戸大学理学部化学科 講師, Faculty of Science
• 自 1995年, 至 1998年

  日本学術振興会研究員（イリノイ大学化学科）
• 自 1991年, 至 1995年

  岡崎国立共同研究機構技官（分子科学研究所）

ID,URL

• J-Global ID

  201401036258474646

• 研究者番号

  60304086

• 外部リンク

  http://theory.biophys.kyoto-u.ac.jp

researchmap URL

• https://researchmap.jp/shoji_takada

研究

研究分野

• ライフサイエンス, 生物物理学

論文

• Molecular dynamics simulations of human cohesin subunits identify DNA binding sites and their potential roles in DNA loop extrusion

  Chenyang Gu; Shoji Takada; Giovanni B. Brandani; Tsuyoshi Terakawa

  PLOS Computational Biology, 2025年04月04日

  この論文にアクセスする：

  
• Modeling lipid-protein interactions for coarse-grained lipid and Cα protein models

  Diego Ugarte La Torre; Shoji Takada

  Journal of Chemical Physics, 2021年10月21日

  
• Micelle-like clusters in phase-separated Nanog condensates: A molecular simulation study

  Azuki Mizutani; Cheng Tan; Yuji Sugita; Shoji Takada

  PLOS Computational Biology, 2023年07月24日

  
• Using incomplete Cholesky factorization to increase the time step in molecular dynamics simulations

  Takumi Washio; Xiaoke Cui; Ryo Kanada; Jun-ichi Okada; Seiryo Sugiura; Yasushi Okuno; Shoji Takada; Toshiaki Hisada

  Journal of Computational and Applied Mathematics, 2022年12月, 査読有り

  
• Histone chaperone Nap1 dismantles an H2A/H2B dimer from a partially unwrapped nucleosome

  Fritz Nagae; Shoji Takada; Tsuyoshi Terakawa

  Nucleic Acids Research, 2023年05月13日

  この論文にアクセスする：

  
• Coarse-grained molecular dynamics simulations of base-pair mismatch recognition protein MutS sliding along DNA

  Keisuke Inoue; Shoji Takada; Tsuyoshi Terakawa

  Biophysics and Physicobiology, 2022年

  
• Particle Smoother to Assimilate Asynchronous Movie Data of High-Speed AFM with MD Simulations

  Suguru Kato; Shoji Takada; Sotaro Fuchigami

  Journal of Chemical Theory and Computation, 2023年07月25日, 査読有り

  
• Molecular dynamics simulations for the study of chromatin biology

  Giovanni B. Brandani; Soundhararajan Gopi; MasatakaYamauchi; Shoji Takada

  Current Opinion in Structural Biology, 2022年10月, 査読有り, 招待有り

  
• Implementation of residue-level coarse-grained models in GENESIS for large-scale molecular dynamics simulations

  Cheng Tan; Jaewoon Jung; Chigusa Kobayashi; Diego Ugarte La Torre; Shoji Takada; Yuji Sugita

  PLOS Computational Biology, 2022年04月05日, 査読有り

  
• Inferring Conformational State of Myosin Motor in an Atomic Force Microscopy Image via Flexible Fitting Molecular Simulations

  Sotaro Fuchigami; Shoji Takada

  Frontiers in Molecular Biosciences, 2022年04月29日, 査読有り

  
• Rotational Mechanism of FO Motor in the F-Type ATP Synthase Driven by the Proton Motive Force

  Shintaroh Kubo; Shoji Takada

  Frontiers in Microbiology, 2022年06月16日

  
• End-to-end differentiable blind tip reconstruction for noisy atomic force microscopy images.

  Yasuhiro Matsunaga; Sotaro Fuchigami; Tomonori Ogane; Shoji Takada

  Scientific reports, 2023年01月04日

  
• 3P118 クロマトソームの粗視化シミュレーション : H1結合に伴うヌクレオソーム構造のコンパクト化のダイナミクス(04. 核酸結合蛋白質,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

  Shirai Nobu C.; Takada Shoji

  生物物理, 2014年

  
• 2P051 アクチンフィラメントの引張,ねじり,曲げ挙動の定量評価 : 粗視化分子動力学法による検討(01C. 蛋白質:物性,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

  Matsushita Shinji; Takada Shoji

  生物物理, 2014年

  
• 3P276 Multicanonical Go モデル分子動力学によるタンパク質の自由エネルギーの網羅的解析(24. 数理生物学,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

  Ito Mashiho; Takada Shoji

  生物物理, 2014年

  
• 2P120 ヌクレオソーム3量体の構造ダイナミクスの粗視化分子動力学法とX線小角散乱による研究(05A. 核酸:構造・物性,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

  Takagi Yusuke; Kokabu Yuichi; Oda Takashi; Tachiwana Hiroaki; Kenzaki Hiroo; Kurumizaka Hitoshi; Sato Mamoru; Ikeguchi Mitsunori; Takada Shoji

  生物物理, 2014年

  
• 1P148 Molecular mechanism of the epsilon subunit from F-type ATP synthases studied by Molecular Dynamics simulations(11. Molecular motor,Poster,The 52nd Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan(BSJ2014))

  Krah Alexander; Takada Shoji

  生物物理, 2014年

  
• 2P056 粗視化分子動力学シミュレーションによるミオグロビンのドメインスワッピング機構の研究(01C.蛋白質:物性,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

  Ono Koji; Takada Shoji

  生物物理, 2013年

  
• 2P049 Folding coupled with binding and allosteric motions in calmodulin domains(01B. Protein: Structure & Function,Poster)

  LI Wenfei; WANG Wei; Takada Shoji

  生物物理, 2013年

  
• 3P120 粗視化分子動力学シミュレーションによる一本鎖DNA領域形成機構の駆動力の解明(05A.核酸:構造・物性,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

  Shimizu Masahiro; Takada Shoji

  生物物理, 2013年

  
• 3P104 膜貫通ヘリックスの膜内配向決定機構の粗視化分子動力学シミュレーションによる探索(03.膜蛋白質,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

  Sakuma Kouya; Takada Shoji

  生物物理, 2013年

  
• 生物物理の未来

  石森 浩一郎; 伊藤 悦朗; 高田 彰二; 寺北 明久; 原田 慶恵; 望月 敦史; 安田 賢二; 若槻 壮市; 神取 秀樹; 木寺 詔紀

  生物物理, 2012年03月25日

  
• 2E1558 Protein specific partial charges by Ab-initio fragment molecular orbital method for more accurate protein simulations(Proteins:Property II,Oral Presentation,The 50th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

  Chang Le; Takada Shoji

  生物物理, 2012年

  
• 1P190 1B1435 キネシン1の協調的な二足歩行運動を可能にする構造基盤の解析(分子モーター,口頭発表,第48回日本生物物理学会年会)

  Makino Tsukasa; Kanada Ryo; Mori Teppei; Miyazono Ken-ichi; Tanokura Masaru; Takada Shoji; Tomishige Michio

  生物物理, 2010年

  
• S3A02粗視化モデルによる物理化学的アプローチ

  藤墳 佳見; 福西 広晃; 高田 彰二

  生物物理, 2001年

  
• 3P053タンパク質の立体構造予測に向けて : 疎水性環境レプリカ交換法

  福西 広晃; 渡辺 修; 高田 彰二

  生物物理, 2001年

  
• 3P068タンパク質の構造形成と細胞内様"巨大分子混みあい" : 分子動力学シミュレーション

  高城 史子; 高田 彰二

  生物物理, 2001年

  
• 1P054タンパク質のde novoデザイン-3 helix bundleの場合 : (I)エネルギーランドスケープ理論による配列設計

  金 文珍; 神原 大; 田村 厚夫; 高田 彰二

  生物物理, 2001年

  
• Key residue on cytoplasmic dynein for asymmetric unbinding and unidirectional movement along microtubule

  Shintaroh Kubo; Tomohiro Shima; Takahide Kon; Shoji Takada

  2022年03月27日

  
• F₀-F₁ coupling and symmetry mismatch in ATP synthase resolved in every F₀ rotation step

  Shintaroh Kubo; Toru Niina; Shoji Takada

  2021年11月14日

  
• Testing mechanisms of DNA sliding by architectural DNA-binding proteins: dynamics of single wild-type and mutant protein molecules in vitro and in vivo.

  Kiyoto Kamagata; Yuji Itoh; Cheng Tan; Eriko Mano; Yining Wu; Sridhar Mandali; Shoji Takada; Reid C Johnson

  Nucleic acids research, 2021年09月07日

  
• The lane-switch mechanism for nucleosome repositioning by DNA translocase.

  Fritz Nagae; Giovanni B Brandani; Shoji Takada; Tsuyoshi Terakawa

  Nucleic acids research, 2021年08月07日

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• Rigid-body fitting to atomic force microscopy images for inferring probe shape and biomolecular structure

  Toru Niina; Yasuhiro Matsunaga; Shoji Takada

  PLoS Computational Biology, 2021年07月

  この論文にアクセスする：

  
• The kinetic landscape of nucleosome assembly: A coarse-grained molecular dynamics study

  Giovanni B. Brandani; Cheng Tan; Shoji Takada

  PLoS Computational Biology, 2021年07月

  この論文にアクセスする：

  
• Modeling of DNA binding to the condensin hinge domain using molecular dynamics simulations guided by atomic force microscopy

  Hiroki Koide; Noriyuki Kodera; Shveta Bisht; Shoji Takada; Tsuyoshi Terakawa

  PLoS Computational Biology, 2021年07月

  この論文にアクセスする：

  
• Role of bacterial RNA polymerase gate opening dynamics in DNA loading and antibiotics inhibition elucidated by quasi-Markov State Model.

  Ilona Christy Unarta; Siqin Cao; Shintaroh Kubo; Wei Wang; Peter Pak-Hang Cheung; Xin Gao; Shoji Takada; Xuhui Huang

  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2021年04月27日

  
• Opening of cohesin's SMC ring is essential for timely DNA replication and DNA loop formation.

  Ryota Sakata; Kyoma Niwa; Diego Ugarte La Torre; Chenyang Gu; Eri Tahara; Shoji Takada; Tomoko Nishiyama

  Cell reports, 2021年04月27日

  
• Cooperation among c-subunits of FoF1-ATP synthase in rotation-coupled proton translocation

  Noriyo Mitome; Shintaroh Kubo; Sumie Ohta; Hikaru Takashima; Yuto Shigefuji; Toru Niina; Shoji Takada

  2021年03月25日

  
• Linker DNA Length is a Key to Tri-nucleosome Folding.

  Hiroo Kenzaki; Shoji Takada

  Journal of molecular biology, 2021年03月19日

  
• Semi-Implicit Time Integration with Hessian Eigenvalue Corrections for a Larger Time Step in Molecular Dynamics Simulations

  Takumi Washio; Ryo Kanada; Xiaoke Cui; Jun Ichi Okada; Seiryo Sugiura; Shoji Takada; Toshiaki Hisada

  Journal of Chemical Theory and Computation, 2021年

  
• Case Report: Bayesian Statistical Inference of Experimental Parameters via Biomolecular Simulations: Atomic Force Microscopy.

  Sotaro Fuchigami; Toru Niina; Shoji Takada

  Frontiers in molecular biosciences, 2021年

  
• Coarse-grained implicit solvent lipid force field with a compatible resolution to the Cα protein representation.

  Diego Ugarte La Torre; Shoji Takada

  The Journal of chemical physics, 2020年11月28日

  
• The HMGB chromatin protein Nhp6A can bypass obstacles when traveling on DNA.

  Kiyoto Kamagata; Kana Ouchi; Cheng Tan; Eriko Mano; Sridhar Mandali; Yining Wu; Shoji Takada; Satoshi Takahashi; Reid C Johnson

  Nucleic acids research, 2020年11月04日

  
• Resolving the data asynchronicity in high-speed atomic force microscopy measurement via the Kalman Smoother.

  Shintaroh Kubo; Suguru Kato; Kazuyuki Nakamura; Noriyuki Kodera; Shoji Takada

  Scientific reports, 2020年10月27日

  
• Particle Filter Method to Integrate High-Speed Atomic Force Microscopy Measurements with Biomolecular Simulations.

  Sotaro Fuchigami; Toru Niina; Shoji Takada

  Journal of chemical theory and computation, 2020年10月13日

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• Nucleosome allostery in pioneer transcription factor binding.

  Cheng Tan; Shoji Takada

  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2020年08月25日

  
• Nucleosomes as allosteric scaffolds for genetic regulation.

  Shoji Takada; Giovanni B Brandani; Cheng Tan

  Current opinion in structural biology, 2020年06月, 査読有り

  
• Molecular dynamics simulation of proton-transfer coupled rotations in ATP synthase FO motor.

  Shintaroh Kubo; Toru Niina; Shoji Takada

  Scientific reports, 2020年05月19日, 査読有り

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• How Cytoplasmic Dynein Couples ATP Hydrolysis Cycle to Diverse Stepping Motions: Kinetic Modeling.

  Shintaroh Kubo; Tomohiro Shima; Shoji Takada

  Biophysical journal, 2020年04月21日, 査読有り

  
• Flexible Fitting of Biomolecular Structures to Atomic Force Microscopy Images via Biased Molecular Simulations.

  Toru Niina; Sotaro Fuchigami; Shoji Takada

  Journal of chemical theory and computation, 2020年02月11日, 査読有り

  
• Nucleosome Crowding in Chromatin Slows the Diffusion but Can Promote Target Search of Proteins.

  Ryo Kanada; Tsuyoshi Terakawa; Hiroo Kenzaki; Shoji Takada

  Biophysical journal, 2019年06月18日, 査読有り

  
• Overcoming the Bottleneck of the Enzymatic Cycle by Steric Frustration.

  Wenfei Li; Jun Wang; Jian Zhang; Shoji Takada; Wei Wang

  Physical review letters, 2019年06月14日, 査読有り

  
• Gō model revisited.

  Shoji Takada

  Biophysics and physicobiology, 2019年, 査読有り

  
• Chromatin remodelers couple inchworm motion with twist-defect formation to slide nucleosomal DNA.

  Giovanni B Brandani; Shoji Takada

  PLoS computational biology, 2018年11月, 査読有り

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• Dynamic and Structural Modeling of the Specificity in Protein-DNA Interactions Guided by Binding Assay and Structure Data.

  Cheng Tan; Shoji Takada

  Journal of chemical theory and computation, 2018年07月10日, 査読有り

  
• Interactions of HP1 Bound to H3K9me3 Dinucleosome by Molecular Simulations and Biochemical Assays.

  Watanabe S; Mishima Y; Shimizu M; Suetake I; Takada S

  Biophysical journal, 2018年05月22日, 査読有り

  
• DNA sliding in nucleosomes via twist defect propagation revealed by molecular simulations.

  Giovanni B Brandani; Toru Niina; Cheng Tan; Shoji Takada

  Nucleic acids research, 2018年04月06日, 査読有り

  
• Reconstruction of Atomistic Structures from Coarse-Grained Models for Protein-DNA Complexes.

  Masahiro Shimizu; Shoji Takada

  Journal of chemical theory and computation, 2018年03月13日, 査読有り

  
• Sequence-dependent nucleosome sliding in rotation-coupled and uncoupled modes revealed by molecular simulations.

  Toru Niina; Giovanni B Brandani; Cheng Tan; Shoji Takada

  PLoS computational biology, 2017年12月, 査読有り

  
• Allosteric conformational change cascade in cytoplasmic dynein revealed by structure-based molecular simulations.

  Shintaroh Kubo; Wenfei Li; Shoji Takada

  PLoS computational biology, 2017年09月, 査読有り

  
• How one-dimensional diffusion of transcription factors are affected by obstacles: coarse-grained molecular dynamics study

  Mami Saito; Tsuyoshi Terakawa; Shoji Takada

  MOLECULAR SIMULATION, 2017年, 査読有り

  
• The structural basis of a high affinity ATP binding ε subunit from a bacterial ATP synthase.

  Krah A; Kato-Yamada Y; Takada S

  PloS one, 2017年, 査読有り

  
• Near-atomic structural model for bacterial DNA replication initiation complex and its functional insights.

  Masahiro Shimizu; Yasunori Noguchi; Yukari Sakiyama; Hironori Kawakami; Tsutomu Katayama; Shoji Takada

  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2016年12月13日, 査読有り

  
• Histone acetylation dependent energy landscapes in tri-nucleosome revealed by residue-resolved molecular simulations.

  Le Chang; Shoji Takada

  Scientific reports, 2016年10月04日, 査読有り

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• Dynamic Coupling among Protein Binding, Sliding, and DNA Bending Revealed by Molecular Dynamics.

  Cheng Tan; Tsuyoshi Terakawa; Shoji Takada

  Journal of the American Chemical Society, 2016年07月13日, 査読有り

  
• On the ATP binding site of the epsilon subunit from bacterial F-type ATP synthases

  Alexander Krah; Shoji Takada

  BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-BIOENERGETICS, 2016年04月, 査読有り

  
• On the ATP binding site of the ε subunit from bacterial F-type ATP synthases.

  Krah A; Takada S

  Biochimica et biophysica acta, 2016年04月, 査読有り

  
• Modeling Structural Dynamics of Biomolecular Complexes by Coarse-Grained Molecular Simulations

  Shoji Takada; Ryo Kanada; Cheng Tan; Tsuyoshi Terakawa; Wenfei Li; Hiroo Kenzaki

  ACCOUNTS OF CHEMICAL RESEARCH, 2015年12月, 査読有り

  
• p53 dynamics upon response element recognition explored by molecular simulations

  Tsuyoshi Terakawa; Shoji Takada

  SCIENTIFIC REPORTS, 2015年11月, 査読有り

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• On the Mg²⁺ binding site of the ε subunit from bacterial F-type ATP synthases

  Alexander Krah; Shoji Takada

  Biochimica et Biophysica Acta - Bioenergetics, 2015年10月, 査読有り

  
• Partial Unwrapping and Histone Tail Dynamics in Nucleosome Revealed by Coarse-Grained Molecular Simulations

  Hiroo Kenzaki; Shoji Takada

  PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2015年08月, 査読有り

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• How Co-translational Folding of Multidomain Protein Is Affected by Elongation Schedule: Molecular Simulations

  Tomohiro Tanaka; Naoto Hori; Shoji Takada

  PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2015年07月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Couplings between hierarchical conformational dynamics from multi-time correlation functions and two-dimensional lifetime spectra: Application to adenylate kinase

  Junichi Ono; Shoji Takada; Shinji Saito

  JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 2015年06月, 査読有り

  
• Dimer domain swapping versus monomer folding in apo-myoglobin studied by molecular simulations

  Koji Ono; Mashiho Ito; Shun Hirota; Shoji Takada

  PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS, 2015年, 査読有り

  
• Multi-scale Ensemble Modeling of Modular Proteins with Intrinsically Disordered Linker Regions: Application to p53

  Tsuyoshi Terakawa; Junichi Higo; Shoji Takada

  BIOPHYSICAL JOURNAL, 2014年08月, 査読有り

  
• Energy landscape views for interplays among folding, binding, and allostery of calmodulin domains

  Wenfei Li; Wei Wang; Shoji Takada

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2014年07月, 査読有り

  
• RESPAC: Method to Determine Partial Charges in Coarse-Grained Protein Model and Its Application to DNA-Binding Proteins

  Tsuyoshi Terakawa; Shoji Takada

  JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION, 2014年02月, 査読有り

  
• 2SEA-04 多剤排出トランスポーターの薬剤取込経路の粗視化シミュレーション研究(2SEA ポンプとチャネルはどちらが偉いのか,シンポジウム,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

  高田 彰二

  生物物理, 2014年

  
• 2P124 粗視化シミュレーションによる多ヌクレオソーム系の構造サンプリング(05B. 核酸:相互作用・複合体,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

  Kenzaki Hiroo; Takada Shoji

  生物物理, 2014年

  
• 1P119 転写因子はいかにして障害物を迂回するか : 分子シミュレーションによるアプローチ(04. 核酸結合蛋白質,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

  Saito Mami; Terakawa Tsuyoshi; Takada Shoji

  生物物理, 2014年

  
• 3P022 Coarse-grained Generalized Born and surface area models and its application to protein docking(01B. Protein: Structure & Function,Poster,The 52nd Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan(BSJ2014))

  Chang Le; Li Wenfei; Hori Naoto; Takada Shoji

  生物物理, 2014年

  
• 3P028 粗視化分子シミュレーションによるMEK1-ERK2 相互作用の調査(01B. 蛋白質:構造機能相関,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

  Kanada Ryo; Takada Shoji

  生物物理, 2014年

  
• Folding Coupled with Assembly in Split Green Fluorescent Proteins Studied by Structure-based Molecular Simulations

  Mashiho Ito; Takeaki Ozawa; Shoji Takada

  JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, 2013年10月, 査読有り

  
• Bayesian Parameter Inference by Markov Chain Monte Carlo with Hybrid Fitness Measures: Theory and Test in Apoptosis Signal Transduction Network

  Yohei Murakami; Shoji Takada

  PLOS ONE, 2013年09月, 査読有り

  
• Adenosine Triphosphate Hydrolysis Mechanism in Kinesin Studied by Combined Quantum-Mechanical/Molecular-Mechanical Metadynamics Simulations

  Matthew J. McGrath; I. -F. Will Kuo; Shigehiko Hayashi; Shoji Takada

  JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, 2013年06月, 査読有り

  
• Drug Uptake Pathways of Multidrug Transporter AcrB Studied by Molecular Simulations and Site-Directed Mutagenesis Experiments

  Xin-Qiu Yao; Nobuhiro Kimura; Satoshi Murakami; Shoji Takada

  JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, 2013年05月, 査読有り

  
• Protein-specific force field derived from the fragment molecular orbital method can improve protein-ligand binding interactions

  Le Chang; Takeshi Ishikawa; Kazuo Kuwata; Shoji Takada

  JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY, 2013年05月, 査読有り

  
• Structure-based Molecular Simulations Reveal the Enhancement of Biased Brownian Motions in Single-headed Kinesin

  Ryo Kanada; Takeshi Kuwata; Hiroo Kenzaki; Shoji Takada

  PLoS Computational Biology, 2013年02月, 査読有り

  
• 2P058 粗視化MDを用いたSUFI のコ・トランスレーショナルフォールディングの解析(01C.蛋白質:物性,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

  Tanaka Tomohiro; Hori Naoto; Takada Shoji

  生物物理, 2013年

  
• 2P048 酵母MAPK経路における伝達制御機構の分子シミュレーション研究(01B.蛋白質:構造機能相関,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

  Hori Naoto; Takada Shoji

  生物物理, 2013年

  
• 2P047 粗視化シミュレーションによるリン酸化酵素複合体(MEK1-ERK2)のドッキングダイナミクス(01B.蛋白質:構造機能相関,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

  Kanada Ryo; Takada Shoji

  生物物理, 2013年

  
• 3P118 転写因子p53の特異的結合部位探索・認識機構 : マルチスケールシミュレーション研究(04.核酸結合蛋白質,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

  Terakawa Tsuyoshi; Higo Junichi; Takada Shoji

  生物物理, 2013年

  
• 3P121 粗視化シミュレーションによる多ヌクレオソーム系の構造ダイナミクス(05A.核酸:構造・物性,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

  Kenzaki Hiroo; Takada Shoji

  生物物理, 2013年

  
• 3P116 The coarse grained GBSA method for simulations of biomolecular system(04. Nucleic acid binding proteins,Poster)

  Chang Le; Li Wenfei; Hori Naoto; Takada Shoji

  生物物理, 2013年

  
• 3P117 DNA結合蛋白質はどのようにして障害物を回避するか。分子シミュレーションによるアプローチ(04.核酸結合蛋白質,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

  Saito Mami; Terakawa Tsuyoshi; Takada Shoji

  生物物理, 2013年

  
• 2SCP-03 モデルクロマチンの構造と転写因子ダイナミクスの粗視化シミュレーション研究(2SCP 核内混み合い環境でのヌクレオソーム、クロマチンの機能発現機構,シンポジウム,日本生物物理学会第51回年会(2013年度))

  高田 彰二(

  生物物理, 2013年

  
• Energy landscape and multiroute folding of topologically complex proteins adenylate kinase and 2ouf-knot

  Wenfei Li; Tsuyoshi Terakawa; Wei Wang; Shoji Takada

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2012年10月, 査読有り

  
• Coarse-Grained Structure-Based Model for RNA-Protein Complexes Developed by Fluctuation Matching

  Naoto Hori; Shoji Takada

  JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION, 2012年09月, 査読有り

  
• p53 Searches on DNA by Rotation-Uncoupled Sliding at C-Terminal Tails and Restricted Hopping of Core Domains

  Tsuyoshi Terakawa; Hiroo Kenzaki; Shoji Takada

  JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, 2012年09月, 査読有り

  
• Coarse-grained molecular simulations of large biomolecules

  Shoji Takada

  CURRENT OPINION IN STRUCTURAL BIOLOGY, 2012年04月, 査読有り

  
• 1PT178 Folding of topologically complex proteins by an atomic interaction based coarse grained model(The 50th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

  Li Wenfei; Terakawa Tsuyoshi; Wang Wei; Takada Shoji

  生物物理, 2012年

  
• 1PT172 粗視化シミュレーションによるサテライトタバコモザイクウィルスの安定性とダイナミクス(日本生物物理学会第50回年会(2012年度))

  Ono Koji; Hori Naoto; Takada Shoji

  生物物理, 2012年

  
• 1SE-05 マルチドメインタンパク質のフォールティングとコンフォメーション動力学(1SE コンフォメーション動力学:フォールディングから機能まで,シンポジウム,日本生物物理学会第50回年会(2012年度))

  高田 彰二

  生物物理, 2012年

  
• 3PT009 粗視化シミュレーションによる単/多ヌクレオソーム系の構造ダイナミクス(日本生物物理学会第50回年会(2012年度))

  Kenzaki Hiroo; Takada Shoji

  生物物理, 2012年

  
• 3PT011 分子シミュレーションによるTFIIIAジンクフィンガーのDNA上の拡散(日本生物物理学会第50回年会(2012年度))

  Miyoshi Yohei; Terakawa Tsuyoshi; Takada Shoji

  生物物理, 2012年

  
• 3PT006 Transcription factor p53 searching dynamics on nucleosomal DNA: Coarse-grained molecular dynamics simulation study(The 50th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

  Terakawa Tsuyoshi; Takada Shoji

  生物物理, 2012年

  
• 3PT007 粗視化分子シミュレーションを用いたT4 sliding clampのDNA上での勤きの解析(日本生物物理学会第50回年会(2012年度))

  Narihara Itaru; Terakawa Tsuyoshi; Kenzaki Hiroo; Takada Shoji

  生物物理, 2012年

  
• 3C0948 翻訳伸長におけるリボソームとtRNAの挙動-粗視化分子シミュレーションによる解析(核酸,口頭発表,日本生物物理学会第50回年会(2012年度))

  Hori Naoto; Takada Shoji

  生物物理, 2012年

  
• Rigor of cell fate decision by variable p53 pulses and roles of cooperative gene expression by p53

  Yohei Murakami; Shoji Takada

  Biophysics, 2012年, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Multiscale Ensemble Modeling of Intrinsically Disordered Proteins: p53 N-Terminal Domain

  Tsuyoshi Terakawa; Shoji Takada

  BIOPHYSICAL JOURNAL, 2011年09月, 査読有り

  
• CafeMol: A Coarse-Grained Biomolecular Simulator for Simulating Proteins at Work

  Hiroo Kenzaki; Nobuyasu Koga; Naoto Hori; Ryo Kanada; Wenfei Li; Kei-ichi Okazaki; Xin-Qiu Yao; Shoji Takada

  JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION, 2011年06月, 査読有り

  
• On Easy Implementation of a Variant of the Replica Exchange with Solute Tempering in GROMACS

  Tsuyoshi Terakawa; Tomoshi Kameda; Shoji Takada

  JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY, 2011年05月, 査読有り

  
• Structural Comparison of F-1-ATPase: Interplay among Enzyme Structures, Catalysis, and Rotations

  Kei-ichi Okazaki; Shoji Takada

  STRUCTURE, 2011年04月, 査読有り

  
• Frustration, specific sequence dependence, and nonlinearity in large-amplitude fluctuations of allosteric proteins

  Wenfei Li; Peter G. Wolynes; Shoji Takada

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2011年03月, 査読有り

  
• 1L1624 粗視化シミュレーションによるリボソームトランスロケーション機構の研究(分子モーター1,第49回日本生物物理学会年会)

  Hori Naoto; Takada Shoji

  生物物理, 2011年

  
• 1M1348 全原子シミュレーションによるキネシン-微小管間の界面構造のリファインメント(分子モーター2,第49回日本生物物理学会年会)

  Kanada Ryo; Makino Tsukasa; Tomishige Michio; Takada Shoji

  生物物理, 2011年

  
• Drug export and allosteric coupling in a multidrug transporter revealed by molecular simulations

  Xin-Qiu Yao; Hiroo Kenzaki; Satoshi Murakami; Shoji Takada

  NATURE COMMUNICATIONS, 2010年11月, 査読有り

  
• Characterizing protein energy landscape by self-learning multiscale simulations: Application to a designed β-hairpin

  W. Li; S. Takada

  Biophysical Journal, 2010年11月, 査読有り

  
• Multiscale methods for protein folding simulations

  Wenfei Li; Hiroaki Yoshii; Naoto Hori; Tomoshi Kameda; Shoji Takada

  METHODS, 2010年09月, 査読有り

  
• 郷モデルの35年 : 郷信広先生に応えて

  高田 彰二

  生物物理, 2010年07月25日

  
• 1P056 Molecular Dynamics Simulation Study of p53 Intrinsically Disordered N Terminal Domain(Protein:Property,The 48th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

  Terakawa Tsuyoshi; Takada Shoji

  生物物理, 2010年

  
• 3P163 F_1-ATPaseの構造比較 : 酵素構造・反応サイト・回転の共役(分子モーター,第48回日本生物物理学会年会)

  Okazaki Kei-ichi; Takada Shoji

  生物物理, 2010年

  
• 1P137 RNA-タンパク質複合体の粗視化シミュレーションモデル : 全原子モデルに基づく導出(核酸-相互作用・複合体,第48回日本生物物理学会年会)

  Hori Naoto; Li Wenfei; Takada Shoji

  生物物理, 2010年

  
• Paddling mechanism for the substrate translocation by AAA plus motor revealed by multiscale molecular simulations

  Nobuyasu Koga; Tomoshi Kameda; Kei-ichi Okazaki; Shoji Takada

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2009年10月, 査読有り

  
• Self-learning multiscale simulation for achieving high accuracy and high efficiency simultaneously

  Wenfei Li; Shoji Takada

  JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 2009年06月, 査読有り

  
• Bimodal protein solubility distribution revealed by an aggregation analysis of the entire ensemble of Escherichia coli proteins

  Tatsuya Niwa; Bei-Wen Ying; Katsuyo Saito; WenZhen Jin; Shoji Takada; Takuya Ueda; Hideki Taguchi

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2009年03月, 査読有り

  
• Folding energy landscape and network dynamics of small globular proteins

  Naoto Hori; George Chikenji; R. Stephen Berry; Shoji Takada

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2009年01月, 査読有り

  
• 2SP5-04 蛋白質の大振幅ゆらぎと機能の分子シミュレーション研究(2SP5 生体分子の揺らぎをはかる,第47回日本生物物理学会年会)

  高田 彰二

  生物物理, 2009年

  
• 1TA4-02 KIF1A分子モーターの一方向性の運動発現機構のシミュレーション研究(分子モーター,第47回日本生物物理学会年会)

  Kanada Ryo; Okazaki Kei-ichi; Kenzaki Hiroo; Takada Shoji

  生物物理, 2009年

  
• 1P-098 レプリカ交換法による巨大タンパク質-核酸複合系の粗視化シミュレーション研究(核酸-相互作用・複合体,第47回日本生物物理学会年会)

  Hori Naoto; Kenzaki Hiroo; Takada Shoji

  生物物理, 2009年

  
• Dynamic energy landscape view of coupled binding and protein conformational change: Induced-fit versus population-shift mechanisms

  Kei-ichi Okazaki; Shoji Takada

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2008年08月, 査読有り

  
• In silico chaperonin-like cycle helps folding of proteins for structure prediction

  Tadaomi Furuta; Yoshimi Fujitsuka; George Chikenji; Shoji Takada

  BIOPHYSICAL JOURNAL, 2008年04月, 査読有り

  
• Asymmetry in membrane protein sequence and structure: Glycine outside rule

  Wenzhen Jin; Shoji Takada

  JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 2008年03月, 査読有り

  
• 2P-199 分子動力学シミュレーションによるモータータンパク質KIF1Aの運動機構の解析(2)(分子モーター(2),第46回日本生物物理学会年会)

  Kuwata Takeshi; Okazaki Kei-ichi; Kanada Ryo; Kenzaki Hiroo; Takada Shoji

  生物物理, 2008年

  
• 2P-159 粗視化シミュレーションによるF_1-ATPaseの動作機構の解明(分子モーター(2),第46回日本生物物理学会年会)

  Okazaki Kei-ichi; Takada Shoji

  生物物理, 2008年

  
• 1P-145 粗視化モデルによる双頭キネシンのステップ機構の解明(分子モーター(1),第46回日本生物物理学会年会)

  Kanada Ryo; Okazaki Kei-ichi; Takada Shoji

  生物物理, 2008年

  
• 2S4-4 結合による構造変化と生体分子システムの作動原理(2S4 タンパク質の構造に秘められた動作原理を読み取る,第46回日本生物物理学会年会)

  Okazaki Kei-ichi; 高田 彰二

  生物物理, 2008年

  
• 1P-065 膜融合を引き起こすウイルスタンパク質の大規模構造変化のシミュレーション研究(蛋白質・構造機能相関(1),第46回日本生物物理学会年会)

  FUjiwara Shinji; Okazaki Keiichi; Takada Shoji

  生物物理, 2008年

  
• S09A4 分子シミュレーションによるF1-ATPase回転機構の研究(F_1-ATPase分子モーターの機構- 一分子計測/構造生物学/分子シミュレーションのクロストーク-,シンポジウム,第45回日本生物物理学会年会)

  古賀 信康; 高田 彰二

  生物物理, 2007年

  
• 2P145 分子動力学シミュレーションによるモータータンパク質KIF1Aの運動機構の解析(分子モーター,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)

  桑田 豪志; 岡崎 圭一; 巽 理恵; 古賀 信康; 高田 彰二

  生物物理, 2007年

  
• 3P279 タンパク質モジュールシャッフリングによる新規フォールド出現の可能性 : 計算機実験(蛋白質(蛋白質工学/進化工学),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)

  吉井 博昭; 朴 聖俊; 金 文珍; 高田 彰二

  生物物理, 2007年

  
• 2P107 タンパク質フォールディングのエネルギー地形とネットワーク : マルチカノニカル・フラグメントアセンブリシミュレーション(蛋白質(物性(安定性、折れ畳みなど)),口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)

  堀 直人; 高田 彰二

  生物物理, 2007年

  
• 3P074 粗視化モデルによるタンパク質の構造変化とリガンド結合の共役メカニズムの解明 : 分子モーターへの応用(蛋白質(物性(安定性、折れ畳みなど)),口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)

  岡崎 圭一; 高田 彰二

  生物物理, 2007年

  
• What we can learn about protein folding from recent progress in structure prediction

  Chikenji George; Fujitsuka Yoshimi; Takada Shoji

  FRONTIERS OF COMPUTATIONAL SCIENCE, 2007年, 査読有り

  
• Secondary structure provides a template for the folding of nearby polypeptides

  Tomoshi Kameda; Shoji Takada

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2006年11月, 査読有り

  
• Multiple-basin energy landscapes for large-amplitude conformational motions of proteins: Structure-based molecular dynamics simulations

  Kei-ichi Okazaki; Nobuyasu Koga; Shoji Takada; Jose N. Onuchic; Peter G. Wolynes

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2006年08月, 査読有り

  
• Protein grabs a ligand by extending anchor residues: Molecular simulation for Ca2+ binding to calmodulin loop

  C Kobayashi; S Takada

  BIOPHYSICAL JOURNAL, 2006年05月, 査読有り

  
• Folding-based molecular simulations reveal mechanisms of the rotary motor F-1-ATPase

  N Koga; S Takada

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2006年04月, 査読有り

  
• Shaping up the protein folding funnel by local interaction: Lesson from a structure prediction study

  G Chikenji; Y Fujitsuka; S Takada

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2006年02月, 査読有り

  
• SimFold energy function for de novo protein structure prediction: Consensus with Rosetta

  Y Fujitsuka; G Chikenji; S Takada

  PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS, 2006年02月, 査読有り

  
• 1P589 Coupling between protein conformational change and ligand binding reaction studied by multiple-basin energy landscape model(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

  Okazaki Kei-ichi; Takada Shoji

  生物物理, 2006年

  
• 2P099 Energy landscape of folding proteins revealed by large-scale multicanonical fragment assembly simulations(31. Protein folding and misfolding (II),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

  Hori Naoto; Chikenji George; Takada Shoji

  生物物理, 2006年

  
• 対話的動作を考慮したタンパク質立体構造予測システム

  蟻川浩; 増田慎吾; 古田忠臣; 金文珍; 朴聖俊; 高田彰二; 藤川和利; 砂原秀樹

  情報処理学会論文誌：コンピューティングシステム, 2005年08月, 査読有り

  
• CASP6会議報告 : 日本勢がんばる(談話室)

  千見寺 浄慈; 高田 彰二; 本野 千恵; 富井 健太郎

  生物物理, 2005年05月25日

  
• 3P171 ミオシンの運動機構の解明に向けて : 粗視化モデルによる分子シミュレーション(分子モーター))

  巽 理恵; 古賀 信康; 高田 彰二

  生物物理, 2005年

  
• 2P173 モーター蛋白質F1-ATPaseの運動様式変換機構 : 分子動力学シミュレーション(分子モーター))

  古賀 信康; 岡崎 圭一; 竹内 晋司; 高田 彰二

  生物物理, 2005年

  
• 3P002 フラグメントアセンブリ法による膜蛋白質の立体構造予測(蛋白質 A) 構造))

  金 文珍; 三木 崇史; 高田 彰二

  生物物理, 2005年

  
• 3P004 タンパク質の高精度モデリングに向けて : 全原子モデルによるフラグメントアセンブリ法(蛋白質 A) 構造))

  伊藤 英夫; 藤墳 佳見; 千見寺 浄慈; 高田 彰二

  生物物理, 2005年

  
• 1P108 ATP依存でのタンパク質のアンフォールド・トランスロケーション : ミニマルモデルシミュレーションによるそのメカニズムの理解(蛋白質 D) 機能(反応機構、生物活性など)))

  竹内 晋司; 高田 彰二; 古賀 信康; 小林 千草

  生物物理, 2005年

  
• 1P062 タンパク質の構造変化のメカニズムを探る : Multiple GO Modelによる分子動力学シミュレーション(蛋白質 C) 物生(安定性、折れたたみなど)))

  岡崎 圭一; 古賀 信康; 高田 彰二

  生物物理, 2005年

  
• 1P099 タンパク質は側鎖を伸ばしてリガンドを掴む : カルモジュリンループのCa^<2+>結合における分子動力学シミュレーション(蛋白質 D) 機能(反応機構、生物活性など)))

  小林 千草; 高田 彰二

  生物物理, 2005年

  
• 1SD01 Multiple funnels for protein dynamical function

  岡崎 圭一; 古賀 信康; 高田 彰二

  生物物理, 2005年

  
• Applying a Grid Technology to Protein Structure Predictor "ROKKY"

  Kazutoshi Fujikawa; Wenzhen Jin; Sung-Joon Park; Tadaomi Furuta; Shoji Takada; Hiroshi Arikawa; Susumu Date; Shinji Shimojo

  FROM GRID TO HEALTHGRID, 2005年, 査読有り

  
• Protein folding mechanisms and energy landscape of src SH3 domain studied by a structure prediction toolbox

  G Chikenji; Y Fujitsuka; S Takada

  CHEMICAL PHYSICS, 2004年12月, 査読有り

  
• Guiding the search for a protein's maximum rate of folding

  YJ Zhu; XR Fu; T Wang; A Tamura; S Takada; JG Savan; F Gai

  CHEMICAL PHYSICS, 2004年12月, 査読有り

  
• Roles of Physical Interactions in Determining Protein-Folding Mechanisms: Molecular Simulation of Protein G and α Spectrin SH3

  S.Y. Lee; Y. Fujitsuka; D.H. Kim; S. Takada

  Proteins: Structure, Function and Genetics, 2004年04月, 査読有り

  
• Optimizing physical energy functions for protein folding

  Y Fujitsuka; S Takada; ZA Luthey-Schulten; PG Wolynes

  PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND GENETICS, 2004年01月, 査読有り

  
• 3P118 全原子モデルを用いた新規タンパク質デザインシステムの開発と構造デザインへの応用(蛋白質 F) 蛋白質工学/進化工学)

  伊藤 英夫; 高田 彰二

  生物物理, 2004年

  
• 2P042 フラグメントアセンブリ法によるタンパク質立体構造予測のための戦略的フラグメント探索(蛋白質 A) 構造)

  朴 聖俊; 千見寺 浄慈; 藤墳 佳見; 高田 彰二

  生物物理, 2004年

  
• 2P041 フラグメント組合せ法を拡張した膜タンパク質の立体構造予測(蛋白質 A) 構造)

  三木 崇史; 藤墳 佳見; 高田 彰二

  生物物理, 2004年

  
• 3P097 タンパク質構造トポロジー形成における局所安定構造の役割 : 分子動力学シミュレーション(蛋白質 C) 物性 : 安定性、折れたたみなど)

  古賀 信康; 千見寺 浄慈; 高田 彰二

  生物物理, 2004年

  
• 3P067 ROKKY : 蛋白質立体構造予測の統合サーバー(蛋白質 C) 物性 : 安定性、折れたたみなど)

  金 文珍; 古田 忠臣; 朴 聖俊; 古賀 信康; 高田 彰二

  生物物理, 2004年

  
• 3P069 立体構造予測からタンパク質立体構造構築原理を探る(蛋白質 C) 物性 : 安定性、折れたたみなど)

  千見寺 浄慈; 藤墳 佳見; 朴 聖俊; 高田 彰二

  生物物理, 2004年

  
• 3P095 Multiple GO Modelによるタンパク質の大規模な構造変化の解析(蛋白質 C) 物性 : 安定性、折れたたみなど)

  岡崎 圭一; 古賀 信康; 高田 彰二

  生物物理, 2004年

  
• 3P070 タンパク質のde novo立体構造予測 : CASP6における成功と失敗(蛋白質 C) 物性 : 安定性、折れたたみなど)

  藤墳 佳見; 千見寺 浄慈; 朴 聖俊; 高田 彰二

  生物物理, 2004年

  
• 3P071 分子シャペロン環境を模したタンパク質構造探索法の研究 : de novo立体構造予測に向けて(蛋白質 C) 物性 : 安定性、折れたたみなど)

  古田 忠臣; 高田 彰二

  生物物理, 2004年

  
• 1P073 カルモジュリンにおけるカルシウム結合反応 : タンパク質とカルシウムイオンの水和構造の変化(蛋白質 D) 機能 : 反応機構、生物活性など)

  小林 千草; 高田 彰二

  生物物理, 2004年

  
• 1P074 ATPに依存的な蛋白質のアンフォールディングとトランスロケーション : ミニマルモデルによるシミュレーション(蛋白質 D) 機能 : 反応機構、生物活性など)

  竹内 晋司; 古賀 信康; 高田 彰二

  生物物理, 2004年

  
• 2SD05 Protein structure predictions for new fold targets in CASP6

  千見寺 浄慈; 藤墳 佳見; 朴 聖俊; 高田 彰二

  生物物理, 2004年

  
• Competition between protein folding and aggregation with molecular chaperones in crowded solutions: Insight from mesoscopic simulations

  AR Kinjo; S Takada

  BIOPHYSICAL JOURNAL, 2003年12月, 査読有り

  
• A reversible fragment assembly method for de novo protein structure prediction

  G Chikenji; Y Fujitsuka; S Takada

  JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 2003年10月, 査読有り

  
• How protein thermodynamics and folding mechanisms are altered by the chaperonin cage: Molecular simulations

  F Takagi; N Koga; S Takada

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2003年09月, 査読有り

  
• De novo design of foldable proteins with smooth folding funnel: Automated negative design and experimental verification

  WZ Jin; O Kambara; H Sasakawa; A Tamura; S Takada

  STRUCTURE, 2003年05月, 査読有り

  
• タンパク質のネガティブデザイン : 新規アルゴリズム

  金 文珍; 藤墳 佳見; 千見寺 浄慈; 高田 彰二

  生物物理, 2003年

  
• 亜鉛結合タンパク質の分子進化シミュレーション : 機能向上に誘起される折れ畳み能力の進化

  渕上 壮太郎; 藤墳 佳見; 千見寺 浄慈; 高田 彰二

  生物物理, 2003年

  
• 回転モータータンパク質F1-ATPaseの分子機構 : 折れたたみモデルを応用した分子動力学シミュレーション

  古賀 信康; 高田 彰二

  生物物理, 2003年

  
• 膜タンパク質の立体構造予測に向けて

  三木 崇史; 藤墳 佳見; 高田 彰二

  生物物理, 2003年

  
• タンパク質フォールディングにおけるシャペロニンの閉じ込め効果と強制アンフォールディング : 分子動力学シミュレーション

  高城 史子; 高田 彰二

  生物物理, 2003年

  
• 環境によって誘起される蛋白質の二次構造 : レプリカ交換法によるサンプリング

  亀田 倫史; 高田 彰二

  生物物理, 2003年

  
• フラグメントアセンブリ法におけるフラグメント長とエネルギーランドスケープ

  千見寺 浄慈; 藤墳 佳見; 高田 彰二

  生物物理, 2003年

  
• タンパク質のde novo立体構造予測 : ポテンシャル関数の最適化

  藤墳 佳見; 千見寺 浄慈; 高田 彰二

  生物物理, 2003年

  
• Effects of macromolecular crowding on protein folding and aggregation studied by density functional theory: Dynamics

  AR Kinjo; S Takada

  PHYSICAL REVIEW E, 2002年11月, 査読有り

  
• Effects of macromolecular crowding on protein folding and aggregation studied by density functional theory: Statics

  AR Kinjo; S Takada

  PHYSICAL REVIEW E, 2002年09月, 査読有り

  
• On the Hamiltonian replica exchange method for efficient sampling of biomolecular systems: Application to protein structure prediction

  H Fukunishi; O Watanabe; S Takada

  JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 2002年05月, 査読有り

  
• 1I1715 細胞内におけるタンパク質の構造形成 : 分子動力学シミュレーション(1.蛋白質(C)物性,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)

  高城 史子; 高田 彰二

  生物物理, 2002年

  
• 1I1545 タンパク質立体構造構築における局所構造の役割 : データベース解析と構造予測(1.蛋白質(C)物性,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)

  高田 彰二; 藤墳 佳見

  生物物理, 2002年

  
• 1L1045 βタンパク質のde novo designに向けた理論解析(1.蛋白質(F)蛋白質工学/進化工学,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)

  金 文珍; 藤墳 佳見; 高田 彰二

  生物物理, 2002年

  
• 1J1645 第一原理的蛋白質立体構造予測の為のリバーシブルフラグメントアセンブリ法(1.蛋白質(A)構造,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)

  千見寺 浄慈; 藤墳 佳見; 高田 彰二

  生物物理, 2002年

  
• 1I1700 生体内タンパク質超分子複合体の理論模型(1.蛋白質(C)物性,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)

  金城 玲; 高田 彰二

  生物物理, 2002年

  
• 1I1515 タンパク質のde novo立体構造予測 : 全原子モデルの構築(1.蛋白質(C)物性,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)

  藤墳 佳見; 高田 彰二

  生物物理, 2002年

  
• 2O1630 モーター蛋白質F1-ATPaseの回転を生み出す分子機構の解析 : 分子動力学シミュレーション(11.分子モーター,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)

  古賀 信康; 高田 彰二

  生物物理, 2002年

  
• Roles of native topology and chain-length scaling in protein folding: A simulation study with a ḡ-like model

  N. Koga; S. Takada

  Journal of Molecular Biology, 2001年10月, 査読有り

  
• Microscopic theory of protein folding rates. II. Local reaction coordinates and chain dynamics

  JJ Portman; S Takada; PG Wolynes

  JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 2001年03月, 査読有り

  
• Microscopic theory of protein folding rates. I. Fine structure of the free energy profile and folding routes from a variational approach

  JJ Portman; S Takada; PG Wolynes

  JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 2001年03月, 査読有り

  
• Protein folding simulation with solvent-induced force field: Folding pathway ensemble of three-helix-bundle proteins

  S Takada

  PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS, 2001年01月, 査読有り

  
• 3P054粗視化モデルによるタンパク質の立体構造予測 : Z-scoreに基づくエネルギー関数の最適化

  藤墳 佳見; 高田 彰二

  生物物理, 2001年

  
• 3P069巨大分子混み合いの密度汎函数理論 : 細胞内でのタンパク質の理解に向けて

  金城 玲; 高田 彰二

  生物物理, 2001年

  
• 3P052何がフォールディング機構を決めているか?構造トポロジーと配列

  古賀 信康; 高田 彰二

  生物物理, 2001年

  
• 2SC4 ゲノム配列からのタンパク質折りたたみ

  高田 彰二

  生物物理, 2000年

  
• 1C1130 タンパク質の立体構造予測 : 進化論的情報と物理化学的モデル

  藤墳 佳見; 高田 彰二

  生物物理, 2000年

  
• 3A1515 ファントム鎖モデルとレプリカ交換法を用いたタンパク質立体構造探索の高速化

  福西 広晃; 渡辺 修; 高田 彰二

  生物物理, 2000年

  
• 3G1330 タンパク質の人工設計と折り畳み可能性

  金 文珍; 高田 彰二

  生物物理, 2000年

  
• Simulating folding of helical proteins with coarse grained models

  S Takada

  PROGRESS OF THEORETICAL PHYSICS SUPPLEMENT, 2000年, 査読有り

  
• G(o)over-bar-ing for the prediction of protein folding mechanisms

  S Takada

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 1999年10月, 査読有り

  
• Folding dynamics with nonadditive forces: A simulation study of a designed helical protein and a random heteropolymer

  S Takada; Z Luthey-Schulten; PG Wolynes

  JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 1999年06月, 査読有り

  
• 1SF05 粗視化モデルによるフォーディングシミュレーション : 立体構造予測へ向けて (<シンポジウム>タンパク質のフォールディング問題 : 立体構造予測から分子病理まで)

  高田 彰二

  生物物理, 1999年

  
• Variational theory for site resolved protein folding free energy surfaces

  JJ Portman; S Takada; PG Wolynes

  PHYSICAL REVIEW LETTERS, 1998年12月, 査読有り

  
• Microscopic theory of critical folding nuclei and reconfiguration activation barriers in folding proteins

  S Takada; PG Wolynes

  JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 1997年12月, 査読有り

  
• Statics, metastable states, and barriers in protein folding: A replica variational approach

  S Takada; PG Wolynes

  PHYSICAL REVIEW E, 1997年04月, 査読有り

  
• Glassy dynamics of random heteropolymers

  S Takada; PG Wolynes

  PROGRESS OF THEORETICAL PHYSICS SUPPLEMENT, 1997年, 査読有り

  
• Multidimensional tunneling in terms of complex classical mechanics: Wave functions, energy splittings, and decay rates in nonintegrable systems

  S Takada

  JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 1996年03月, 査読有り

  
• TRANSFER-MATRIX APPROACH TO TUNNELING BETWEEN KOLMOGOROV-ARNOLD-MOSER TORI

  S TAKADA; PN WALKER; M WILKINSON

  PHYSICAL REVIEW A, 1995年11月, 査読有り

  
• EFFECTS OF VIBRATIONAL-EXCITATION ON MULTIDIMENSIONAL TUNNELING - GENERAL STUDY AND PROTON TUNNELING IN TROPOLONE

  S TAKADA; H NAKAMURA

  JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 1995年03月, 査読有り

  
• CONSTANT CENTRIFUGAL POTENTIAL APPROXIMATION FOR ATOM-DIATOM CHEMICAL-REACTION DYNAMICS

  K MORIBAYASHI; S TAKADA; H NAKAMURA

  JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 1994年03月, 査読有り

  
• WENTZEL-KRAMERS-BRILLOUIN THEORY OF MULTIDIMENSIONAL TUNNELING - GENERAL-THEORY FOR ENERGY SPLITTING

  S TAKADA; H NAKAMURA

  JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 1994年01月, 査読有り

  
• Reaction dynamics of D+H₂ → DH+H: Effects of potential energy surface topography and usefulness of the constant centrifugal potential approximation

  S. Takada; A. Ohsaki; H. Nakamura

  The Journal of Chemical Physics, 1992年01月, 査読有り

  

MISC

• 1PT171 粗視化シミュレーションによる3ドメインタンパク質suf1のコ・トランスレーショナルフォールディングの研究(日本生物物理学会第50回年会(2012年度))

  Tanaka Tomohiro; Hori Naoto; Takada Syoji

  生物物理, 2012年08月15日

  
• 対話的動作を考慮したタンパク質立体構造予測システム

  蟻川 浩; 増田 慎吾; 古田 忠臣; 金 文珍; 朴 聖俊; 高田 彰二; 藤川 和利; 砂原 秀樹

  2005年08月15日

  
• 蛋白質の柔らかい構造変化と機能 : 折りたたみから分子モーターまで(ソフトマターの物理学2003-普遍性と多様性-,研究会報告)

  高田 彰二

  物性研究, 2003年

  このMISCにアクセスする：

  
• タンパク質の構造空間 : ファネルとエネルギーランドスケープ(1999年度後期基礎物理学研究所研究会「蛋白質-配列空間と構造空間におけるダイナミクス-」)

  高田 彰二

  物性研究, 2001年

  このMISCにアクセスする：

  
• 3a-E-11 多次元トンネリングのWKB理論II : Birkhoff標準型の解析接続

  高田 彰二

  日本物理学会講演概要集. 秋の分科会, 1994年08月16日

  
• 28a-S-4 タンパク質のフォールディング : 理論からのアプローチ

  高田 彰二

  日本物理学会講演概要集, 1998年09月05日

  
• タンパク質フォールディングの物理化学 ファネルとフォールディング経路

  高田彰二

  生物物理, 2000年

  
• 蛋白質の立体構造トポロジーとフォールディング

  高田彰二

  蛋白質 核酸 酵素, 2001年

  
• 蛋白質フォールディングの諸問題 蛋白質フォールディングのファネル理論と動的機能

  高田彰二

  蛋白質 核酸 酵素, 2002年

  
• 31aPS-87 タンパク質フォールディングにおけるダイナミックス解析 : 非定常性・非マルコフ性ヘリックス・シート構造の相関

  星野 恭子; 松永 康佑; 古賀 信康; 高田 彰二; 小松崎 民樹

  日本物理学会講演概要集, 2003年

  
• 誕生と成熟の支援システム 3)フォールディングの景観 1.フォールディングの理論

  高田彰二; 高田彰二; 高城史子

  実験医学, 2005年

  
• 水と生体分子が織りなす生命現象(3)タンパク質のフォールディングシミュレーションから立体構造予測問題に迫る

  岡本祐幸; 高田彰二

  現代化学, 2005年

  
• 実数値GAによるタンパク質立体構造の2層比較

  朴聖俊; 高田 彰二; 山村 雅幸

  情報処理学会論文誌, 2005年03月15日

  
• タンパク質立体構造予測の現状と未来

  朴 聖俊; 千見寺 浄慈; 広川 貴次; 富井 健太郎; 高田 彰二; Sung Joon Park; George Chikenji; Takatsugu Hirokawa; Kentaro Tomii; Shoji Takada

  人工知能学会誌 = Journal of Japanese Society for Artificial Intelligence, 2005年07月01日

  
• 21pRK-5 Wang-Landau samplingに基づくタンパク質のフォールディングエネルギー地形の解析(生物物理,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)

  堀 直人; 高田 彰二

  日本物理学会講演概要集, 2007年08月21日

  
• COMP 222-Protein folding network, and energy landscape, studied by parallel Wang-Landau sampling

  Shoji Takada

  ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, 2008年04月

  
• 3P-023 全原子モデルによる小球状タンパク質のフォールディングエネルギー地形 : マルチスケールモデリング(蛋白質・物性(3),第46回日本生物物理学会年会)

  Yoshii Hiroaki; Hori Naoto; Kameda Tomoshi; Takada Shoji

  生物物理, 2008年10月25日

  
• アロステリーの分子機構:MWCかあるいはKNFか?-理論モデル計算によるアプローチ

  岡崎圭一; 高田彰二

  生物物理, 2009年

  
• Molecular Simulation Study of Kinesin: Coupling between ATPase Domain Conformational Change and Mechanical Stepping

  Ryo Kanada; Kei-ichi Okazaki; Shoji Takada

  BIOPHYSICAL JOURNAL, 2009年02月

  
• 「拡張アンサンブル法」の特集にあたって[3-4]ハミルトニアンレプリカ交換法

  高田彰二

  アンサンブル, 2010年

  
• Biomolecular Coarse-Grained Simulation Program CafeMol

  Hiroo Kenzaki; Nobuyasu Koga; Shinji Fujiwara; Naoto Hori; Ryo Kanada; Kei-ichi Okazaki; Xin-Qiu Yao; Wenfei Li; Shoji Takada

  BIOPHYSICAL JOURNAL, 2010年01月

  
• Functionally Rotating Mechanism of a Multidrug Transporter Studied by Coarse-Grained Simulation

  Xin-Qiu Yao; Hiroo Kenzaki; Shoji Takada

  BIOPHYSICAL JOURNAL, 2010年01月

  
• Mechanism of Unidirectional Move of KIF1A Motor Studied by Coarse-Grained Simulations

  Ryo Kanada; Takeshi Kuwata; Hiroo Kenzaki; Shoji Takada

  BIOPHYSICAL JOURNAL, 2010年01月

  
• Structural Basis for the Coordinated Processive Movement of Kinesin-1 studied by Structural and Single Molecule Analyses

  Tsukasa Makino; Teppei Mori; Ryo Kanada; Ken-ichi Miyazono; Shoji Takada; Masaru Tanokura; Michio Tomishige

  BIOPHYSICAL JOURNAL, 2011年02月

  
• 1PS037 キネシンのヘッド間張力がヌクレオチド結合部位に与える影響 : 分子シミュレーションによる調査(日本生物物理学会第50回年会(2012年度))

  Kanada Ryo; Makino Tsukasa; Tomishige Michio; Takada Shoji

  生物物理, 2012年

  
• 巨大生体分子のダイナミクス

  高田彰二

  CSJ Current Review, 2012年

  
• タンパク質のアロステリーと配列デザイン原理

  高田彰二

  生物物理, 2012年

  
• Energy landscape and multiroute folding of topologically complex proteins adenylate kinase and 2out-knot (vol 109, pg 17789, 2012)

  Wenfei Li; Tsuyoshi Terakawa; Wei Wang; Shoji Takada

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2012年11月, 査読有り

  
• 物理はどこまで生命を理解できるか タンパク質折れたたみ問題はどこまで理解できたか?

  高田彰二

  パリティ, 2013年

  
• 生体分子の分子動力学シミュレーション

  高田 彰二

  日本機械学會誌 = Journal of the Society of Mechanical Engineers, 2013年02月05日

  
• G0210202 ニューロフィラメントの力学挙動解析:粗視化分子動力学法による検討(バイオエンジニアリング部門一般セッション(2))

  松下 慎二; SAFINYA Cyrus; 高田 彰二

  年次大会 : Mechanical Engineering Congress, Japan, 2014年09月07日

  
• 粗視化シミュレーションによるヘテロクロマチン蛋白質1のヌクレオソームへの結合研究

  WATANABE Shuhei; MISHIMA Yuichi; SUETAKE Isao; TAKADA Shoji

  生物物理(Web), 2015年

  
• 計算科学と実験科学の組み合わせにより明らかになった多剤排出トランスポーターAcrBの分子メカニズム

  村上聡; 山根努; 池口満徳; 高田彰二

  生物物理, 2015年

  
• 染色体はどのようにして折り畳まれるのか?2.分子動力学シミュレーションでみるクロマチン動態

  高田彰二

  実験医学, 2018年

  
• 粗視化生体分子シミュレーション法

  高田彰二

  生物物理(Web), 2021年

  

書籍等出版物

• タンパク質の立体構造入門 : 基礎から構造バイオインフォマティクスへ

  藤, 博幸; 太田, 元規; 川端, 猛; 木下, 賢吾; 白井, 剛; 諏訪, 牧子; 高田, 彰二; 高橋, 聡; 廣明, 秀一; 真柳, 浩太; 倭, 剛久; 由良, 敬

  講談社, 2010年12月

  京大の蔵書を調べる：

  

外部資金：科学研究費補助金

• 細胞内構造体解析に向けた次世代粗視化シミュレーション法の開発研究

  基盤研究(B)

  小区分43040:生物物理学関連

  京都大学

  高田 彰二

  自 2021年04月01日, 至 2024年03月31日, 交付

  粗視化シミュレーションクロマチン;GPU計算;CafeMol;粗視化シミュレーション;クロマチン

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21H02441/
• ゲノムモダリティのマルチスケール理論

  学術変革領域研究(A)

  学術変革領域研究区分(Ⅲ)

  京都大学

  高田 彰二

  自 2020年11月19日, 至 2025年03月31日, 交付

  クロマチン構造転移ダイナミクス;ゲノムDNAの構造転移ダイナミクス;SMCタンパク質;染色体ダイナミクス

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PLANNED-20H05934/
• 複雑生体分子複合系の状態遷移経路の探索と制御に関する理論研究

  基盤研究(B)

  京都大学

  高田 彰二

  自 2016年07月19日, 至 2019年03月31日, 完了

  計算生物物理;生体分子シミュレーション;遷移経路探索;マルコフ状態モデル;マルコフ状態モデリング;ヌクレオソームスライディング;ストリング法

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16KT0054/
• ヌクレオソーム動構造とそのエピジェネティック制御の分子シミュレーション研究

  新学術領域研究(研究領域提案型)

  生物系

  京都大学

  高田 彰二

  自 2016年04月01日, 至 2018年03月31日, 完了

  ヌクレオソーム;スライディング;分子シミュレーション;粗視化モデル;パイオニア因子;リモデラー;エピジェネティック

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PUBLICLY-16H01303/
• クロマチン構造と共役した転写因子動態の分子シミュレーション研究

  新学術領域研究(研究領域提案型)

  生物系

  京都大学

  高田 彰二

  自 2015年04月01日, 至 2017年03月31日, 完了

  クロマチン;転写因子;分子シミュレーション;ChIP-seq;ヌクレオソーム

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PUBLICLY-15H01351/
• 柔らかいタンパク質・DNA分子認識のマルチスケール計算研究

  新学術領域研究(研究領域提案型)

  理工系

  京都大学

  高田 彰二

  自 2014年04月01日, 至 2016年03月31日, 完了

  柔らかい;DNA;分子認識;マルチスケール;シミュレーション

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PUBLICLY-26104517/
• 生体分子の構造遍歴ダイナミクスと機能発現の分子機構の理論的解明

  基盤研究(B)

  分子科学研究所

  斉藤 真司

  自 2013年04月01日, 至 2016年03月31日, 完了

  階層的動力学;構造変化;概日リズム;時計タンパク質KaiC;二次元寿命スペクトル;三時間相関関数;分子動力学;時計タンパク質;タンパク質;構造変化動力学;階層ダイナミクス;動的構造;反応座標;分子シミュレーション;多時間相関関数;生体分子;構造遍歴

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25288011/
• 多機能多ドメイン蛋白質の構造可塑性と機能統合：構造からシステムへの理論研究

  基盤研究(A)

  京都大学

  高田 彰二

  自 2013年04月01日, 至 2017年03月31日, 完了

  タンパク質;ｐ53;DnaA;Ste5;シミュレーション;p53

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25251019/
• 転写因子DNA探索のエネルギーランドスケープ理論：速度‐親和性パラドックス

  新学術領域研究(研究領域提案型)

  生物系

  京都大学

  高田 彰二

  自 2013年04月01日, 至 2016年03月31日, 完了

  転写因子;エネルギーランドスケープ;シミュレーション

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PUBLICLY-25118509/
• Ｆ型ＡＴＰ合成酵素のＦＩ複合体の構造、機能および選択性

  特別研究員奨励費

  京都大学

  高田 彰二

  自 2013年04月01日, 至 2015年03月31日, 完了

  F型ATP合成酵素;εサブユニット;分子動力学シミュレーション

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13F03705/
• 蛋白質の大振幅ゆらぎの理論解析：構造変化経路から天然変性まで

  新学術領域研究(研究領域提案型)

  理工系

  京都大学

  高田 彰二

  自 2011年04月01日, 至 2013年03月31日, 完了

  蛋白質;シミュレーション;大振幅ゆらぎ;天然変性

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PUBLICLY-23107716/
• 生体分子モーターのシミュレーション研究:運動から化学反応制御への構造機能解析

  基盤研究(B)

  京都大学

  高田 彰二

  自 2010年04月01日, 至 2013年03月31日, 完了

  キネシン;ATP加水分解;分子動力学;粗視化モデル;APT加水分解

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22370057/
• 液体論を基盤とした蛋白質立体構造予測法の構築

  基盤研究(B)

  京都大学

  木下 正弘

  自 2010年04月01日, 至 2013年03月31日, 完了

  蛋白質;フォールディング;立体構造予測;水和;自由エネルギー関数;α-ヘリックス;エントロピー;膜蛋白質;ケミカルシフト;水和エントロピー;積分方程式論;形態熱力学理論;フラグメントアセンブリ法;分子性流体用積分方程式論;比較モデリング法

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22300100/
• 蛋白質のレアな大振幅ゆらぎの理論解析:クラッキングの探索

  新学術領域研究(研究領域提案型)

  理工系

  京都大学

  高田 彰二

  自 2009年04月01日, 至 2011年03月31日, 完了

  蛋白質;シミュレーション;大振幅ゆらぎ;クラッキング

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PUBLICLY-21107512/
• 蛋白質が主導する膜形態変化の分子シミュレーション研究

  基盤研究(B)

  京都大学

  高田 彰二

  自 2007年04月01日, 至 2010年03月31日, 完了

  ベシクル融合;ベシクル発芽;ラフト;粗視化モデル;シミュレーション;インフルエンザ;SNARE

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19370069/
• タンパク質のフォールディング理論、立体構造予測、及び分子設計

  特定領域研究

  理工系

  京都大学;神戸大学

  高田 彰二

  自 2003年04月01日, 至 2008年03月31日, 完了

  フォールディング;立体構造予測;フラグメントアセンブリ;シャペロニン;ランドスケープ;ネットワーク;膜蛋白質;フラグメントアセンブリ法;SimFold;構造予測;デノボ;CASP;化学物理;生物物理;蛋白質;生体分子;分子機械

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15076207/
• プロテオーム時代におけるタンパク質立体構造の第一原理的予測

  特定領域研究

  生物系

  神戸大学

  高田 彰二

  自 2002年04月01日, 至 2003年03月31日, 完了

  立体構造予測;de novo予測;フラグメント組合せ法;CASP

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-14015220/
• プロテオーム時代におけるタンパク質立体構造の第一原理的予測

  特定領域研究(C)

  生物系

  神戸大学

  高田 彰二

  自 2001年04月01日, 至 2002年03月31日, 完了

  ゲノム;生体分子;蛋白質;バイオテクノロジー;プロテオーム

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13208018/
• プロテオーム時代におけるタンパク質立体構造の第一原理的予測

  特定領域研究(C)

  生物系

  神戸大学

  高田 彰二

  自 2000年04月01日, 至 2001年03月31日, 完了

  構造予測;フォールディング;レプリカ交換法;βシート;CASP;2次構造予測

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12208031/
• 人工タンパク質の理論設計と合成

  特定領域研究(A)

  理工系

  神戸大学

  高田 彰二

  自 2000年04月01日, 至 2002年03月31日, 完了

  人工設計;フォールディング;エネルギーランドスケープ理論;3本ヘリクッス束;タンパク質;Zスコア;3本ヘリックス束

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12042255/
• 人工タンパク質の理論設計と合成

  特定領域研究(A)

  理工系

  神戸大学

  高田 彰二

  自 1999年04月01日, 至 2000年03月31日, 完了

  タンパク質;人工設計;デザイン;遺伝子合成;3本へリックス束;Zスコア;配列空間アニーリング

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-11166243/
• 細胞内複雑環境下の相分離による生体分子凝縮体形成の生物物理

  基盤研究(B)

  小区分43040:生物物理学関連

  京都大学

  高田 彰二

  自 2024年04月01日, 至 2027年03月31日, 交付

  生体分子凝縮体;液液相分離;転写制御;シナプス可塑性

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24K01991/

教育

担当科目

• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  生物物理学入門

  N488, 前期, 国際高等教育院, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＣ

  9027, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＢ

  9026, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＡ

  9025, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＤ

  9028, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  理論生物物理学ゼミナールＩＡ

  9021, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  理論生物物理学ゼミナールＩＤ

  9024, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  理論生物物理学ゼミナールＩＣ

  9023, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  理論生物物理学ゼミナールＩＢ

  9022, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  生物科学課題研究２３

  8726, 通年集中, 理学部, 12
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  生物学セミナーＢ

  4732, 後期, 理学部, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  生物学実習Ａ

  3762, 前期集中, 理学部, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  分子生物物理学

  3759, 後期, 理学部, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  生体分子科学I

  2716, 前期, 理学部, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  生体分子科学II

  2715, 後期, 理学部, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  理論生物物理学特論

  9001, 後期, 理学研究科, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  生物科学特論Ａ

  9011, 前期, 理学研究科, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  生物物理学入門

  N488, 前期, 国際高等教育院, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  理論生物物理学ゼミナールＩＣ

  9023, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  理論生物物理学ゼミナールＩＢ

  9022, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  理論生物物理学ゼミナールＩＡ

  9021, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＢ

  9026, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＡ

  9025, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  理論生物物理学ゼミナールＩＤ

  9024, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＤ

  9028, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＣ

  9027, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  生物科学課題研究２３

  8726, 通年集中, 理学部, 12
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  構造生物学

  8736, 後期, 理学部, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  生物学セミナーＢ

  4732, 後期, 理学部, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  生物学実習Ｂ

  3763, 前期集中, 理学部, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  分子生物物理学

  3759, 後期, 理学部, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  生物科学特論Ａ

  9011, 前期, 理学研究科, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  理論生物物理学特論

  9001, 後期, 理学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  理論生物物理学ゼミナールＩＤ

  9024, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  理論生物物理学ゼミナールＩＣ

  9023, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生物科学特論Ａ

  9011, 前期, 理学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生物科学課題研究２３

  8726, 通年集中, 理学部, 12
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  理論生物物理学特論

  9001, 後期, 理学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＣ

  9027, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生物学セミナーＢ

  4732, 後期, 理学部, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生物学実習Ｂ

  3763, 前期集中, 理学部, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生物物理学入門

  N488, 前期, 国際高等教育院, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＤ

  9028, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＡ

  9025, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  分子生物物理学

  3759, 後期, 理学部, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  理論生物物理学ゼミナールＩＡ

  9021, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  構造生物学

  8736, 後期, 理学部, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＢ

  9026, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生物科学特別講義７

  7746, 通年集中, 理学部, 1
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生物科学特殊講義７

  9911, 通年集中, 理学研究科, 1
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  理論生物物理学ゼミナールＩＢ

  9022, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  理論生物物理学特論

  後期, 理学研究科
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  理論生物物理学ゼミナールⅠＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  理論生物物理学ゼミナールⅠＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  理論生物物理学ゼミナールⅠＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  理論生物物理学ゼミナールⅡＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  理論生物物理学ゼミナールⅡＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  理論生物物理学ゼミナールⅡＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  理論生物物理学ゼミナールⅡＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  分子生物物理学

  後期, 理学部
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  生物学実習Ｅ　（３）

  後期, 理学部
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  生物学セミナ－Ｂ　（７）

  後期, 理学部
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  生命現象の生物物理学

  前期, 全学共通科目
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  生物科学課題研究２３

  通年, 理学部
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  基礎生物学Ｂ

  後期, 全学共通科目
• 自 2012年04月, 至 2013年03月

  分子生物物理学

  後期, 理学部
• 自 2012年04月, 至 2013年03月

  基礎生物学Ｂ

  後期, 全学共通科目
• 自 2012年04月, 至 2013年03月

  生命現象の生物物理学

  前期, 全学共通科目
• 自 2012年04月, 至 2013年03月

  生物学セミナ－Ｂ

  後期, 理学部
• 自 2012年04月, 至 2013年03月

  生物学実習Ｅ

  後期, 理学部
• 自 2012年04月, 至 2013年03月

  生物科学課題研究２３

  通年, 理学部
• 自 2013年04月, 至 2014年03月

  分子生物物理学

  後期, 理学部
• 自 2013年04月, 至 2014年03月

  生物学実習Ｅ

  後期, 理学部
• 自 2013年04月, 至 2014年03月

  生物学セミナ−Ｂ

  後期, 理学部
• 自 2013年04月, 至 2014年03月

  生物科学課題研究２３

  通年, 理学部
• 自 2013年04月, 至 2014年03月

  構造生物学

  後期, 理学部
• 自 2013年04月, 至 2014年03月

  生命現象の生物物理学

  前期, 全学共通科目
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  分子生物物理学

  後期, 理学部
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  生物学実習Ｅ

  後期, 理学部
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  生物学セミナ－Ｂ

  後期, 理学部
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  生物科学課題研究２３

  通年, 理学部
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  構造生物学

  後期, 理学部
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  理論生物物理学特論

  後期, 理学研究科
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  生命現象の生物物理学

  前期, 全学共通科目
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  分子生物物理学

  後期, 理学部
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  構造生物学

  後期, 理学部
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  理論生物物理学特論

  後期, 理学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  生命現象の生物物理学

  前期, 全学共通科目
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  生物学セミナ－Ｂ

  後期, 理学部
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  生物学実習Ｅ

  後期, 理学部
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  生物科学課題研究２３

  通年, 理学部
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  分子生物物理学

  後期, 理学部
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  構造生物学

  後期, 理学部
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  理論生物物理学特論

  後期, 理学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  生物学セミナ－Ｂ

  後期, 理学部
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  生物学実習Ｅ

  後期集中, 理学部
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  生物物理学入門

  前期, 全学共通科目
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  生物科学課題研究２３

  通年, 理学部
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  分子生物物理学

  後期, 理学部
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  構造生物学

  後期, 理学部
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  理論生物物理学特論

  後期, 理学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  生物学セミナ－Ｂ

  後期, 理学部
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  生物学実習Ｅ

  後期集中, 理学部
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  生物物理学入門

  前期, 全学共通科目
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  生物科学課題研究２３

  通年, 理学部
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  分子生物物理学

  後期, 理学部
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  構造生物学

  後期, 理学部
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  理論生物物理学特論

  後期, 理学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  生物学セミナ－Ｂ

  後期, 理学部
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  生物学実習Ｅ

  後期集中, 理学部
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  生物物理学入門

  前期, 全学共通科目
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  生物科学課題研究２３

  通年, 理学部
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  分子生物物理学

  後期, 理学部
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  構造生物学

  後期, 理学部
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  理論生物物理学特論

  後期, 理学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  生物学セミナ－Ｂ

  後期, 理学部
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  生物学実習Ｅ

  後期集中, 理学部
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  生物物理学入門

  前期, 全学共通科目
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  生物科学課題研究２３

  通年, 理学部
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  分子生物物理学

  後期, 理学部
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  構造生物学

  後期, 理学部
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  理論生物物理学特論

  後期, 理学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  生物学セミナ－Ｂ　（７）

  後期, 理学部
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  生物学実習Ｅ　（３）

  後期集中, 理学部
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  生物物理学入門

  前期, 全学共通科目
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  生物科学特論Ａ

  前期, 理学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  生物科学課題研究２３

  通年, 理学部
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  分子生物物理学

  後期, 理学部
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  構造生物学

  後期, 理学部
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  理論生物物理学ゼミナールＩＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  理論生物物理学特論

  後期, 理学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生物学セミナ－Ｂ　（７）

  後期, 理学部
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生物学実習Ｅ　（３）

  後期集中, 理学部
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生物物理学入門

  前期, 全学共通科目
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生物科学特論Ａ

  前期, 理学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生物科学課題研究２３

  通年, 理学部

博士学位審査

• シロイヌナズナの光発芽におけるリボソーム関連遺伝子の発現についての解析

  赤木　千佳, 理学研究科, 副査

  2023年03月23日
• Novel metabarcoding method reveals pronounced seasonality and high turnover rate of Imitervirales in coastal communities(新規メタバーコーディング法が明かす沿岸域イミテルウイルス群集の明瞭な季節変動と速い遷移速度)

  Florian Prodinger, 理学研究科, 副査

  2022年05月23日
• Force field development for performing coarse-grained molecular dynamics simulations of biological membranes（生体膜の粗視化分子動力学シミュレーションを実行するための力場開発）

  Ugarte La Torre Diego Renato, 理学研究科, 主査

  2021年07月26日

大学運営

全学運営(役職等)

• 自 2022年10月01日, 至 2024年09月30日

  理事補
• 自 2024年04月01日, 至 2026年03月31日

  学生生活委員会 委員
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  国際高等教育院 企画評価専門委員会 情報学部会
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  京都大学スーパーグローバルコース実施運営協議会 委員
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  大学院教育支援機構 大学院共通・横断教育企画評価専門委員会 情報学部会
• 自 2024年04月01日, 至 2026年03月31日

  大学院横断教育プログラム運営委員会 委員
• 自 2023年10月11日, 至 2024年09月30日

  国際教育委員会国費外国人留学生選考小委員会 委員
• 自 2022年10月01日, 至 2024年09月30日

  国際教育委員会 委員
• 自 2023年04月01日

  教育制度委員会共同学位プログラム専門委員会 副委員長
• 自 2023年04月01日

  教育制度委員会教育質保証専門委員会 委員長
• 自 2023年04月01日

  教育制度委員会 委員
• 自 2022年10月01日, 至 2024年09月30日

  戦略調整会議 委員
• 自 2022年02月01日, 至 2022年06月30日

  戦略調整会議研究戦略・人材育成検討委員会 委員
• 自 2022年04月01日

  大学評価委員会点検・評価実行委員会 委員長
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  京都大学スーパーグローバルコース実施運営協議会 委員
• 自 2022年04月01日, 至 2024年03月31日

  大学院横断教育プログラム運営委員会 委員
• 自 2015年04月01日, 至 2017年03月31日

  広報委員会 委員
• 自 2015年04月01日, 至 2017年03月31日

  広報委員会 ホームページ企画専門部会
• 自 2015年04月01日, 至 2017年03月31日

  広報委員会 ホームページ企画専門部会
• 自 2018年04月01日, 至 2019年03月31日

  国際高等教育院 企画評価専門委員会 初修外国語部会 委員
• 自 2019年04月01日, 至 2020年03月31日

  国際高等教育院 企画評価専門委員会 初修外国語部会 委員
• 自 2020年04月01日, 至 2021年03月31日

  国際高等教育院 企画評価専門委員会 初修外国語部会 委員
• 自 2021年04月01日

  大学評価委員会 委員
• 自 2020年10月01日, 至 2022年09月30日

  戦略調整会議 委員
• 自 2020年10月01日, 至 2021年04月27日

  戦略調整会議人文・社会科学の未来形発信小委員会 委員
• 自 2020年10月01日, 至 2021年03月31日

  戦略調整会議ジェンダー平等の促進策小委員会 委員
• 自 2020年10月01日, 至 2022年03月31日

  戦略調整会議若手研究者リクルーティング促進策小委員会 委員
• 自 2021年06月01日, 至 2022年03月31日

  戦略調整会議研究支援体制の再構築（技術職員）小委員会 委員
• 自 2020年10月01日, 至 2022年09月30日

  理事補
• 自 2020年10月01日

  スーパーグローバルコース企画運営幹事会 副議長
• 自 2020年10月01日, 至 2021年09月30日

  スーパーグローバルコース企画運営幹事会 協議員
• 自 2020年10月01日

  教育制度委員会共同学位プログラム専門委員会 副委員長
• 自 2020年10月01日

  教育制度委員会教育質保証専門委員会 委員長
• 自 2020年10月01日, 至 2022年09月30日

  国際教育委員会 委員
• 自 2020年10月01日, 至 2022年09月30日

  国際教育委員会企画運営委員会 委員
• 自 2020年10月01日, 至 2022年09月30日

  研究公正委員会 委員
• 自 2020年10月01日, 至 2022年09月30日

  研究公正推進委員会 委員
• 自 2020年10月01日, 至 2022年09月30日

  全学共用スペース有効活用専門委員会 委員

部局運営(役職等)

• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  理学部・教育委員会委員
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  理学部・教育委員会　常任委員会委員
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  理学部・教育委員会　情報・統計・データ科学教育委員会委員長
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  理学研究科将来計画委員会・プロジェクトスペース委員会委員
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  理学部・教育委員会委員
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  理学部・教育委員会　情報・統計・データ科学教育委員会委員
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  理学研究科SACRA学際融合部門委員会委員
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  理学研究科情報セキュリティ委員会委員
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  理学研究科将来計画委員会委員
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  理学部・教育委員会委員
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  理学部・教育委員会　情報・統計・データ科学教育委員会委員
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  理学研究科動物実験委員会委員
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  理学研究科情報セキュリティ委員会委員
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  理学研究科研究科会議構成員
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  理学研究科専攻長会議構成員
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  理学研究科危機管理委員会委員
• 自 2014年04月01日, 至 2015年03月31日

  生物科学専攻・副専攻長
• 自 2014年04月01日, 至 2015年03月31日

  理学研究科動物実験委員会委員
• 自 2014年04月01日, 至 2015年05月01日

  理学研究科会議構成員
• 自 2015年04月01日, 至 2016年03月31日

  理学研究科自己点検・評価委員会委員
• 自 2014年04月01日, 至 2015年03月31日

  理学研究科会議構成員
• 自 2015年04月01日, 至 2016年03月31日

  理学研究科人権擁護委員会委員
• 自 2015年04月01日, 至 2016年03月31日

  理学研究科情報・広報委員会委員
• 自 2015年04月01日, 至 2016年03月31日

  理学研究科情報セキュリティ委員会委員
• 自 2016年04月01日, 至 2017年03月31日

  理学研究科人権擁護委員会委員
• 自 2016年04月01日, 至 2017年03月31日

  理学研究科情報・広報委員会委員
• 自 2016年04月01日, 至 2017年03月31日

  理学研究科情報セキュリティ委員会委員
• 自 2017年04月01日, 至 2018年03月31日

  理学研究科動物実験委員会委員
• 自 2017年04月01日, 至 2018年03月31日

  理学研究科情報セキュリティ委員会委員
• 自 2017年04月01日, 至 2019年03月31日

  理学研究科セミナーハウス管理運営委員会委員
• 自 2017年04月01日, 至 2018年03月31日

  理学研究科基金運営委員会委員
• 自 2017年04月01日, 至 2018年03月31日

  理学研究科サイエンス倶楽部運営委員会委員
• 自 2017年04月01日, 至 2018年03月31日

  理学研究科会議構成員
• 自 2017年04月01日, 至 2018年03月31日

  理学研究科専攻長会議構成員
• 自 2017年04月01日, 至 2018年03月31日

  理学研究科生物科学専攻副専攻長
• 自 2015年04月01日, 至 2019年03月31日

  福井謙一記念研究センター運営委員会委員
• 自 2017年04月01日, 至 2018年03月31日

  理学研究科セミナーハウス管理運営委員会委員
• 自 2017年04月01日, 至 2019年03月31日

  理学研究科基金運営委員会委員
• 自 2017年05月01日, 至 2018年03月31日

  理学研究科サイエンス倶楽部運営委員会委員
• 自 2016年05月01日, 至 2019年03月31日

  国際高等教育院企画評価専門委員会分野別部会委員
• 自 2018年04月01日, 至 2019年03月31日

  理学部・教育委員会委員
• 自 2018年04月01日, 至 2019年03月31日

  理学部・教育委員会　情報・統計・データ科学教育委員会委員
• 自 2018年04月01日, 至 2019年03月31日

  理学研究科大学院教育教務委員会委員
• 自 2018年04月01日, 至 2019年03月31日

  理学研究科情報セキュリティ委員会委員
• 自 2015年04月01日, 至 2021年03月31日

  福井謙一記念研究センター運営委員会委員
• 自 2016年05月01日, 至 2020年03月31日

  国際高等教育院企画評価専門委員会分野別部会委員
• 自 2019年04月01日, 至 2020年03月31日

  理学部・教育委員会委員
• 自 2019年04月01日, 至 2020年03月31日

  理学部・教育委員会　教務委員会委員
• 自 2019年04月01日, 至 2020年03月31日

  理学部・教育委員会　情報・統計・データ科学教育委員会委員
• 自 2019年04月01日, 至 2020年03月31日

  理学研究科SACRA学際融合部門委員会委員
• 自 2019年04月01日, 至 2020年03月31日

  理学研究科情報セキュリティ委員会委員
• 自 2020年04月01日, 至 2021年03月31日

  理学研究科自己点検・評価委員会委員
• 自 2020年04月01日, 至 2021年03月31日

  理学部・教育委員会委員
• 自 2020年04月01日, 至 2021年03月31日

  理学部・教育委員会　常任委員会委員
• 自 2020年04月01日, 至 2021年03月31日

  理学部・教育委員会　教務委員会委員長
• 自 2020年04月01日, 至 2021年03月31日

  理学部・教育委員会　全学共通教育委員会委員
• 自 2020年04月01日, 至 2021年03月31日

  理学部・教育委員会　情報・統計・データ科学教育委員会委員
• 自 2020年04月01日, 至 2021年03月31日

  理学研究科大学院教育常任委員会委員
• 自 2020年04月01日, 至 2021年03月31日

  理学研究科SACRA学際融合部門委員会委員
• 自 2020年04月01日, 至 2021年03月31日

  理学研究科情報セキュリティ委員会委員
• 自 2021年04月01日, 至 2022年03月31日

  理学研究科将来計画委員会委員
• 自 2021年04月01日, 至 2022年03月31日

  理学部・教育委員会委員
• 自 2021年04月01日, 至 2022年03月31日

  理学部・教育委員会　情報・統計・データ科学教育委員会委員
• 自 2021年04月01日, 至 2022年03月31日

  理学研究科情報セキュリティ委員会委員
• 自 2021年04月01日, 至 2023年03月31日

  福井謙一記念研究センター運営委員会委員
• 自 2020年04月01日, 至 2021年03月31日

  国際高等教育院企画評価専門委員会分野別部会委員