基本情報

協力講座

• 医学研究科, 医学専攻 幹細胞遺伝学, 助教
• 医学研究科, 医科学専攻 幹細胞遺伝学, 助教

学部兼担

• 理学部

所属学協会

• 日本ゲノム編集学会
• 日本分子生物学会

学位

• 2006年

  修士（生命科学）(京都大学)
• 2013年

  博士（生命科学）(京都大学)

経歴

• 自 2022年04月, 至 現在

  京都大学, 医生物学研究所, 助教
• 自 2019年07月, 至 2022年03月

  京都大学, ウイルス・再生医科学研究所, 助教
• 自 2015年04月, 至 2019年06月

  Cold Spring Harbor Laboratory, Postdoctoral fellow
• 自 2009年04月, 至 2015年04月

  京都大学, 大学院生命科学研究科, 助教

ID,URL

• ORCID ID

  0000-0001-6652-9618

• J-Global ID

  201401041585034505

researchmap URL

• https://researchmap.jp/7000008804

研究

研究テーマ・研究概要

• 研究テーマ

  ヒト多能性幹細胞の未分化性の維持や分化指向性の決定に重要な遺伝子制御ネットワークの解明

• 研究概要

  ヒト多能性幹細胞の未分化性の制御に重要な因子をCRISPRスクリーニングによって探索し、同定された因子がどのように遺伝子発現の制御に機能するかを調べている。また、CRISPRによる転写制御系を改良し、それを用いて遺伝子発現をさまざまに調節することで、ヒト多能性幹細胞の遺伝子制御ネットワークのふるまいを理解することを目標としている。

研究分野

• ライフサイエンス, 発生生物学
• ライフサイエンス, 腫瘍生物学
• ライフサイエンス, 分子生物学

論文

• Genome-scale CRISPR-Cas9 screen identifies host factors as potential therapeutic targets for SARS-CoV-2 infection.

  Madoka Sakai; Yoshie Masuda; Yusuke Tarumoto; Naoyuki Aihara; Yugo Tsunoda; Michiko Iwata; Yumiko Kamiya; Ryo Komorizono; Takeshi Noda; Kosuke Yusa; Keizo Tomonaga; Akiko Makino

  iScience, 2024年08月16日, 査読有り

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• RENGE infers gene regulatory networks using time-series single-cell RNA-seq data with CRISPR perturbations.

  Masato Ishikawa; Seiichi Sugino; Yoshie Masuda; Yusuke Tarumoto; Yusuke Seto; Nobuko Taniyama; Fumi Wagai; Yuhei Yamauchi; Yasuhiro Kojima; Hisanori Kiryu; Kosuke Yusa; Mototsugu Eiraku; Atsushi Mochizuki

  Communications biology, 2023年12月28日, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Inference of gene regulatory networks using time-series single-cell RNA-seq data with CRISPR perturbations

  Masato Ishikawa; Seiichi Sugino; Yoshie Masuda; Yusuke Tarumoto; Yusuke Seto; Nobuko Taniyama; Fumi Wagai; Yuhei Yamauchi; Yasuhiro Kojima; Hisanori Kiryu; Kosuke Yusa; Mototsugu Eiraku; Atsushi Mochizuki

  2023年08月23日

  
• Canonical BAF complex regulates the oncogenic program in human T-cell acute lymphoblastic leukemia.

  Kazunari Aoki; Mizuki Hyuga; Yusuke Tarumoto; Gohei Nishibuchi; Atsushi Ueda; Yotaro Ochi; Seiichi Sugino; Takashi Mikami; Hirokazu Kobushi; Itaru Kato; Koshi Akahane; Takeshi Inukai; Akifumi Takaori-Kondo; Junko Takita; Seishi Ogawa; Kosuke Yusa

  Blood, 2024年02月15日, 査読有り

  
• Genome-scale CRISPR‒Cas9 screen identifies novel host factors as potential therapeutic targets for SARS-CoV-2 infection

  Madoka Sakai; Yoshie Masuda; Yusuke Tarumoto; Naoyuki Aihara; Yugo Tsunoda; Michiko Iwata; Yumiko Kamiya; Ryo Komorizono; Takeshi Noda; Kosuke Yusa; Keizo Tomonaga; Akiko Makino

  2023年03月07日

  
• KAT7 is a genetic vulnerability of acute myeloid leukemias driven by MLL rearrangements.

  Yan Zi Au; Muxin Gu; Etienne De Braekeleer; Malgorzata Gozdecka; Demetrios Aspris; Yusuke Tarumoto; Jonathan Cooper; Jason Yu; Swee Hoe Ong; Xi Chen; Konstantinos Tzelepis; Brian J P Huntly; George Vassiliou; Kosuke Yusa

  Leukemia, 2021年04月, 査読有り

  
• Convergent organization of aberrant MYB complex controls oncogenic gene expression in acute myeloid leukemia.

  Sumiko Takao; Lauren Forbes; Masahiro Uni; Shuyuan Cheng; Jose Mario Bello Pineda; Yusuke Tarumoto; Paolo Cifani; Gerard Minuesa; Celine Chen; Michael G Kharas; Robert K Bradley; Christopher R Vakoc; Richard P Koche; Alex Kentsis

  eLife, 2021年02月02日, 査読有り

  
• Salt-inducible kinase inhibition suppresses acute myeloid leukemia progression in vivo.

  Yusuke Tarumoto; Shan Lin; Jinhua Wang; Joseph P Milazzo; Yali Xu; Bin Lu; Zhaolin Yang; Yiliang Wei; Sofya Polyanskaya; Mark Wunderlich; Nathanael S Gray; Kimberly Stegmaier; Christopher R Vakoc

  Blood, 2020年01月02日, 査読有り, 筆頭著者

  
• Tankyrase inhibition sensitizes cells to CDK4 blockade.

  Miguel Foronda; Yusuke Tarumoto; Emma M Schatoff; Benjamin I Leach; Bianca J Diaz; Jill Zimmerman; Sukanya Goswami; Michael Shusterman; Christopher R Vakoc; Lukas E Dow

  PloS one, 2019年12月, 査読有り

  
• Telomere-binding proteins Taz1 and Rap1 regulate DSB repair and suppress gross chromosomal rearrangements in fission yeast.

  Hiroyuki Irie; Io Yamamoto; Yusuke Tarumoto; Sanki Tashiro; Kurt W Runge; Fuyuki Ishikawa

  PLoS genetics, 2019年08月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• A Transcription Factor Addiction in Leukemia Imposed by the MLL Promoter Sequence.

  Bin Lu; Olaf Klingbeil; Yusuke Tarumoto; Tim D D Somerville; Yu-Han Huang; Yiliang Wei; Dorothy C Wai; Jason K K Low; Joseph P Milazzo; Xiaoli S Wu; Zhendong Cao; Xiaomei Yan; Osama E Demerdash; Gang Huang; Joel P Mackay; Justin B Kinney; Junwei Shi; Christopher R Vakoc

  Cancer cell, 2018年12月10日, 査読有り

  
• LKB1, Salt-Inducible Kinases, and MEF2C Are Linked Dependencies in Acute Myeloid Leukemia.

  Yusuke Tarumoto; Bin Lu; Tim D D Somerville; Yu-Han Huang; Joseph P Milazzo; Xiaoli S Wu; Olaf Klingbeil; Osama El Demerdash; Junwei Shi; Christopher R Vakoc

  Molecular cell, 2018年03月15日, 査読有り, 筆頭著者

  
• A TFIID-SAGA Perturbation that Targets MYB and Suppresses Acute Myeloid Leukemia.

  Yali Xu; Joseph P Milazzo; Tim D D Somerville; Yusuke Tarumoto; Yu-Han Huang; Elizabeth L Ostrander; John E Wilkinson; Grant A Challen; Christopher R Vakoc

  Cancer cell, 2018年01月08日, 査読有り

  
• Fission yeast Stn1 is crucial for semi-conservative replication at telomeres and subtelomeres.

  Masahiro Takikawa; Yusuke Tarumoto; Fuyuki Ishikawa

  Nucleic acids research, 2017年02月17日, 査読有り

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• Receptor for activated C-kinase (RACK1) homolog Cpc2 facilitates the general amino acid control response through Gcn2 kinase in fission yeast.

  Yusuke Tarumoto; Junko Kanoh; Fuyuki Ishikawa

  The Journal of biological chemistry, 2013年06月28日, 査読有り, 筆頭著者

  
• HIRA, a conserved histone chaperone, plays an essential role in low-dose stress response via transcriptional stimulation in fission yeast.

  Moeko Chujo; Yusuke Tarumoto; Koichi Miyatake; Eisuke Nishida; Fuyuki Ishikawa

  The Journal of biological chemistry, 2012年07月06日, 査読有り

  
• Tel1(ATM) and Rad3(ATR) phosphorylate the telomere protein Ccq1 to recruit telomerase and elongate telomeres in fission yeast.

  Harutake Yamazaki; Yusuke Tarumoto; Fuyuki Ishikawa

  Genes & development, 2012年02月01日, 査読有り

  

MISC

• 遺伝子制御ネットワークの動態の操作による細胞運命の制御

  樽本雄介; 杉野成一; 山内悠平; 石川雅人; 瀬戸裕介; 和穎文; 永樂元次; 望月敦史; 遊佐宏介

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2024年

  
• 摂動後の発現ダイナミクスに基づく遺伝子制御ネットワーク推定

  石川雅人; 杉野成一; 増田芳恵; 樽本雄介; 瀬戸裕介; 谷山暢子; 和穎文; 山内悠平; 小嶋泰弘; 木立尚孝; 遊佐宏介; 永樂元次; 望月敦史

  日本数理生物学会年会(Web), 2024年

  
• CRISPRスクリーニングによるヒトiPS細胞の胚性内胚葉分化制御遺伝子の同定

  平野友章; 杉野成一; 樽本雄介; 遊佐宏介

  日本ゲノム編集学会大会要旨集, 2024年

  
• 遺伝子制御ネットワークの動態の操作による細胞の運命制御

  樽本雄介; 杉野成一; 山内悠平; 石川雅人; 和穎文; 永樂元次; 望月敦史; 遊佐宏介

  日本ゲノム編集学会大会要旨集, 2024年

  
• CRISPRによる転写制御系を用いた遺伝子発現制御ネットワークの動態解析

  樽本雄介; 杉野成一; 遊佐宏介

  日本ゲノム編集学会大会要旨集, 2023年

  
• 【オルガノイドがもたらすライフサイエンス革命 あなたの研究に、どう使う?進化と深化を生む未来型研究30選】(第2章)オルガノイド生命医科学研究を飛躍させるテクノロジー CRISPRを用いた機能ゲノミクス解析

  樽本 雄介; 遊佐 宏介

  実験医学, 2024年03月

  
• 古典的BAF複合体はヒトT細胞性急性リンパ芽球性白血病におけるRUNX1駆動発癌プログラムに必須である

  青木一成; 日向瑞貴; 樽本雄介; 西淵剛平; 越智陽太郎; 越智陽太郎; 杉野成一; 三上貴司; 幸伏寛和; 加藤格; 赤羽弘資; 犬飼岳史; 高折晃史; 滝田順子; 小川誠司; 小川誠司; 小川誠司; 遊佐宏介

  日本癌学会学術総会抄録集(Web), 2023年

  
• SIK3抑制による急性骨髄性白血病の制御

  樽本 雄介

  血液内科, 2020年10月

  
• CRISPR/Cas9による遺伝学的スクリーニングシステムの開発

  樽本雄介; 遊佐宏介

  生体の科学, 2020年

  
• 機能的なタンパク質ドメインに対するCRISPRスクリーニングによるがんの治療標的の探索

  樽本雄介; WANG Jinhua; WANG Jinhua; GRAY Nathanael S; GRAY Nathanael S; SHI Junwei; VAKOC Christopher R

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2018年

  
• 哺乳類細胞の低容量ストレス応答におけるヒストンシャペロンHIRAの機能解析(Roles of histone chaperone HIRA in low-dose stress responses in mammalian cells)

  長垣 良和; 中條 萌絵子; 樽本 雄介; 八尾 良司; 石川 冬木

  日本癌学会総会記事, 2014年09月

  
• 分裂酵母Stn1の染色体構造維持における役割

  滝川雅大; 樽本雄介; 石川冬木

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2014年

  
• 低容量ストレスに対する細胞応答

  樽本 雄介; 石川冬木

  領域融合レビュー, 2014年, 査読有り

  
• 分裂酵母テロメア結合タンパク質による大規模染色体再編の制御(Increased rates of gross chromosomal rearrangements in fission yeast cells defective for telomere-binding proteins)

  入江 裕之; 樽本 雄介; 石川 冬木

  日本癌学会総会記事, 2013年10月

  
• 分裂酵母Cpc2はストレス応答性MAPキナーゼを介したストレス応答を促進する

  樽本雄介; 加納純子; 加納純子; 上野敏秀; 間野博行; 間野博行; 石川冬木

  日本生化学会大会(Web), 2013年

  
• 分裂酵母テロメア結合タンパク質による大規模染色体再編の制御

  入江裕之; 樽本雄介; 石川冬木

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2012年

  
• 分裂酵母Cpc2はストレス応答性MAPキナーゼを介したストレス応答を促進する

  樽本雄介; 加納純子; 加納純子; 上野敏秀; 間野博行; 間野博行; 石川冬木

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2012年

  
• 分裂酵母におけるチェックポイント活性化延長に対する細胞応答(Cellular responses to prolonged checkpoint activation in fission yeast)

  二宮 源紀; 三河 拓己; 樽本 雄介; 石川 冬木

  日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集, 2010年12月

  
• Cpc2/RACK1は環境からのストレスに対する交差耐性に機能する

  樽本雄介; 加納純子; 加納純子; 石川冬木

  生化学, 2009年

  
• Cpc2/RACK1は環境からのストレスに対する交差耐性に機能する

  樽本雄介; 加納純子; 石川冬木

  日本RNA学会年会要旨集, 2009年

  
• 分裂酵母Cpc2はeIF2αキナーゼによるストレス応答に関与する

  樽本雄介; 加納純子; 石川冬木

  生化学, 2007年

  

講演・口頭発表等

• 遺伝子制御ネットワークの動態の操作による細胞運命の制御

  樽本雄介; 杉野成一; 山内悠平; 石川雅人; 瀬戸裕介; 和穎文; 永樂元次; 望月敦史; 遊佐宏介

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2024年

  
• Analysis of transcriptional network in human pluripotent stem cell

  樽本 雄介

  Workshop -Stem Cells and Development-, 2023年07月11日, 招待有り

  
• がん細胞の転写ネットワーク依存性とその制御

  樽本 雄介

  京都大学ウイルス・再生医科学研究所 第４回個体の中の細胞社会学セミナー, 2019年05月23日

  
• 機能ドメインを標的としたCRISPRスクリーニングによるがんの新たな治療標的の探索

  樽本 雄介

  東京大学医科学研究所 学友会セミナー, 2018年12月05日

  
• 機能ドメインを標的としたCRISPRスクリーニングによるがんの新たな治療標的の探索

  樽本 雄介

  金沢大学がん進展制御研究所セミナー, 2018年12月03日

  
• 機能的なタンパク質ドメインに対するCRISPRスクリーニングによるがんの治療標的の探索

  樽本 雄介; Jinhua Wang; Nathanael S Gray; Junwei Shi; Christopher R Vakoc

  第41回日本分子生物学会年会, 2018年11月28日

  
• Targeting transcriptional vulnerability by linked dependency in acute myeloid leukemia

  樽本 雄介

  京都大学 生命科学セミナー, 2018年09月14日

  
• Chemical inhibition of SIK3 as a therapeutic strategy in MEF2C-addicted acute myeloid leukemia

  樽本雄介

  CSHL Mechanisms & Models of Cancer, 2018年08月15日

  
• Cpc2 facilitates stress-activated MAP kinase-mediated stress response

  樽本雄介

  EMBO Conference on Fission Yeast: pombe 2013, 2013年06月27日

  
• Fission yeast Cpc2 facilitates stress-induced transcriptional and translational responses

  樽本雄介

  The Sixth International Fission Yeast Meeting, 2011年06月28日, 招待有り

  

外部資金：科学研究費補助金

• ヒト多能性幹細胞の未分化性制御機構の解析

  基盤研究(C)

  小区分44020:発生生物学関連

  京都大学

  樽本 雄介

  自 2022年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付

  ヒト多能性幹細胞;遺伝子発現制御;未分化性;多能性幹細胞;遺伝子発現;CRISPRスクリーニング

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K06237/
• 転写抑制補因子による多能性幹細胞の未分化制御機構

  若手研究

  小区分43010:分子生物学関連

  京都大学

  樽本 雄介

  自 2020年04月01日, 至 2022年03月31日, 完了

  多能性幹細胞;未分化性;遺伝子発現;転写抑制補因子;スクリーニング;CRISPR;CRISPRスクリーニング;転写因子

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20K15714/
• ストレス交差耐性におけるクロマチン構造変化と遺伝子発現制御

  若手研究(B)

  京都大学

  樽本 雄介

  自 2013年04月01日, 至 2015年03月31日, 完了

  ストレス応答;シグナル伝達;遺伝子発現制御;クロマチン;分子生物学

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25840007/
• 分裂酵母を用いた条件的ヘテロクロマチン制御の解析

  挑戦的萌芽研究

  京都大学

  石川 冬木

  自 2011年04月01日, 至 2013年03月31日, 完了

  遺伝学;ゲノム;発現制御;発生・分化;エピジェネティックス

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23657005/
• 発がんにおけるテロメア機能

  基盤研究(S)

  京都大学

  石川 冬木

  自 2010年04月01日, 至 2016年03月31日, 完了

  ゲノム不安定性;テロメア;皮膚発がん;次世代シーケンサー;グアニン4重鎖構造;CST複合体;塩基除去修復

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22220012/
• 独自レポーター技術を用いた姉妹染色分体融合制御因子の探索

  挑戦的研究(萌芽)

  中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野

  京都大学

  林 眞理

  自 2023年06月30日, 至 2025年03月31日, 交付

  テロメア;染色体融合;老化;がん;スクリーニング

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23K18111/

外部資金：その他

• CRISPRによる転写制御系を用いた多能性幹細胞の遺伝子発現制御ネットワークの解析

  持田記念医学薬学振興財団, 2022年度研究助成
• 多能性幹細胞の未分化性を維持する新規転写調節因子の同定と機能解析

  武田科学振興財団, 2020年度医学系研究助成（基礎）

  自 2020年04月01日, 至 2022年03月31日
• 転写抑制補因子による多能性幹細胞の未分化性維持機構の解析

  加藤記念バイオサイエンス振興財団, 第31回加藤記念研究助成

  自 2020年04月01日, 至 2023年03月31日
• Targeting Linked Dependency Between Kinase and Transcription Factor

  Lauri Strauss Leukemia Foundation Grant

  自 2018年, 至 2018年

  樽本雄介
• Identification of Genetic Dependencies and Therapeutic Targets in AML

  Lauri Strauss Leukemia Foundation Grant

  自 2016年, 至 2017年

  樽本雄介
• Investigation of mechanism of epigenetic inhibitor-induced therapeutic activity

  Lauri Strauss Leukemia Foundation Grant

  自 2015年, 至 2016年

  樽本雄介
• 低容量ストレス応答の分子機構の解析

  京都大学若手研究者スタートアップ研究費

  自 2009年, 至 2010年

  樽本雄介

教育

担当科目

• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  生物学実習Ａ

  前期, 理学部
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  生物科学課題研究２１

  通年, 理学部

大学運営

部局運営(役職等)

• 自 2019年10月01日

  化学物質管理委員会