岡田崇(医生物学研究所生命システム研究部門) | 京都大学教育研究活動データベース

岡田崇

オカダタカシ

医生物学研究所生命システム研究部門准教授

Last Updated :2025/05/01

基本情報

全学メールアドレス

全学メールアドレス
okada.takashi.3zkyoto-u.ac.jp

所属学協会

日本数理生物学会

学位

2009年03月31日
東京大学修士（理学）

2013年03月25日
京都大学博士（理学）

出身大学院・研究科等

京都大学, 大学院理学研究科博士後期課程物理学・宇宙物理学専攻, 修了

東京大学, 大学院理学系研究科修士課程物理学専攻, 修了

出身学校・専攻等

東京大学, 理学部物理学科, 卒業

ID,URL

ORCID ID
0000-0002-7769-6857
J-Global ID
202201020514289397

researchmap URL

https://researchmap.jp/tksh_okada

Last Updated :2025/05/01

研究

研究キーワード

進化生物学

集団遺伝学

化学反応ネットワーク

遺伝子制御ネットワーク

研究分野

自然科学一般, 応用数学、統計数学, ネットワーク科学

ライフサイエンス, 進化生物学, Population genetics, evolutionary biology

論文

Uncovering heterogeneous inter-community disease transmission from neutral allele frequency time series
Takashi Okada; Giulio Isacchini; QinQin Yu; Oskar Hallatschek
2024年12月05日

Structural Reduction of Hypergraphs Based on Topology
Yuji Hirono; Takashi Okada; Hiroyasu Miyazaki; Yoshimasa Hidaka
Proceedings of Blockchain in Kyoto 2021 (BCK21), 2021年11月10日

Uncovering Bifurcation Behaviors of Biochemical Reaction Systems from Network Topology
Yong-Jin Huang; Takashi Okada; Atsushi Mochizuki
2024年11月21日

BayesianSSA: a Bayesian statistical model based on structural sensitivity analysis for predicting responses to enzyme perturbations in metabolic networks
Shion Hosoda; Hisashi Iwata; Takuya Miura; Maiko Tanabe; Takashi Okada; Atsushi Mochizuki; Miwa Sato
2024年03月16日

Patterns of change in regulatory modules of chemical reaction systems induced by network modification
Atsuki Hishida; Takashi Okada; Atsushi Mochizuki
PNAS Nexus, 2023年12月21日

Patterns of change in regulatory modules of chemical reaction systems induced by network modification
Atsuki Hishida; Takashi Okada; Atsushi Mochizuki
PNAS Nexus, 2023年11月24日

Information-transfer characteristics in network motifs
Fumito Mori; Takashi Okada
Physical Review Research, 2023年01月24日
この論文にアクセスする：

Information-transfer characteristics in network motifs
Fumito Mori; Takashi Okada
Physical Review Research, 2023年01月24日, 査読有り
この論文にアクセスする：

Lineage frequency time series reveal elevated levels of genetic drift in SARS-CoV-2 transmission in England
QinQin Yu; Joao Ascensao; Takashi Okada; Olivia Boyd; Erik Volz; Oskar Hallatschek
2022年11月22日

Dynamic sampling bias and overdispersion induced by skewed offspring distributions
Takashi Okada; Oskar Hallatschek
Genetics, 2021年03月10日

Flux-augmented bifurcation analysis in chemical reaction network systems
Takashi Okada; Atsushi Mochizuki; Mikio Furuta; Je-Chiang Tsai
Physical Review E, 2021年06月15日

Diagrammatic expansion of information flows in stochastic Boolean networks
Fumito Mori; Takashi Okada
Physical Review Research, 2020年12月29日

Finding regulatory modules of chemical reaction systems
Yuhei Yamauchi; Atsuki Hishida; Takashi Okada; Atsushi Mochizuki
2023年10月16日

MISC

Dynamic sampling bias and overdispersion induced by skewed offspring distributions
Takashi Okada; Oskar Hallatschek
2021年03月10日

Dynamic sampling bias and overdispersion induced by skewed offspring distributions
Takashi Okada; Oskar Hallatschek; K Jain
Genetics, 2021年12月10日

Flux-augmented bifurcation analysis in chemical reaction network systems
Takashi Okada; Atsushi Mochizuki; Mikio Furuta; Je-Chiang Tsai
Physical Review E, 2021年06月15日

Structural reduction of chemical reaction networks based on topology
Yuji Hirono; Takashi Okada; Hiroyasu Miyazaki; Yoshimasa Hidaka
Physical Review Research, 2021年02月15日

Diagrammatic expansion of information flows in stochastic Boolean networks
Fumito Mori; Takashi Okada
Physical Review Research, 2020年12月29日

Structural Bifurcation Analysis in Chemical Reaction Networks
Takashi Okada; Je-Chiang Tsai; Atsushi Mochizuki
2017年11月01日

Sensitivity and Network Topology in Chemical Reaction Systems
Takashi Okada; Atsushi Mochizuki
2017年03月30日

Law of localization in chemical reaction networks
Takashi Okada; Atsushi Mochizuki
2016年06月28日

Defect branes as Alice strings
Takashi Okada; Yuho Sakatani
2014年11月04日

Emergent bubbling geometries in the plane wave matrix model
Yuhma Asano; Goro Ishiki; Takashi Okada; Shinji Shimasaki
2014年01月20日

Exact results for perturbative partition functions of theories with SU(2|4) symmetry
Yuhma Asano; Goro Ishiki; Takashi Okada; Shinji Shimasaki
2012年11月02日

Rotating string in doubled geometry with generalized isometries
Toru Kikuchi; Takashi Okada; Yuho Sakatani
2012年05月24日

Large-N reduction for N=2 quiver Chern-Simons theories on S^3 and localization in matrix models
Yuhma Asano; Goro Ishiki; Takashi Okada; Shinji Shimasaki
2012年03月02日

Solving the Naturalness Problem by Baby Universes in the Lorentzian Multiverse
Hikaru Kawai; Takashi Okada
2011年10月11日

Evidence for Duality of Conifold from Fundamental String
Takahiro Nishinaka; Takashi Okada; Tadashi Okazaki; Satoshi Yamaguchi
Journal of High Energy Physics, 2011年07月19日

Asymptotically Vanishing Cosmological Constant in the Multiverse
Hikaru Kawai; Takashi Okada
2011年04月10日

A Realistic Extension of Gauge-Mediated SUSY-Breaking Model with Superconformal Hidden Sector
Masaki Asano; Junji Hisano; Takashi Okada; Shohei Sugiyama
2008年10月25日

受賞

2019年08月17日
第15回日本数理学会研究奨励賞

2019年03月14日
第13回日本物理学会領域11若手奨励賞

2017年09月12日
第12回素粒子メダル奨励賞（素粒子論グループ）

2017年06月29日
第8回数理デザイン道場ポスター賞（JST/CREST数理デザイン道場）

外部資金：科学研究費補助金

適応度進行波モデルと集団遺伝学に基づくクローン干渉を伴う適応進化の解明
基盤研究(C)
小区分45020:進化生物学関連
京都大学
岡田崇
自 2022年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付
クローン干渉;領域拡大;集団遺伝学;進化;コロナウイルス;子孫数分布;季節性インフルエンザ
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K06347/

情報流のパス展開理論と神経ネットワーク活動計測に基づく生物の行動決定機構の解明
基盤研究(C)
小区分13010:数理物理および物性基礎関連
九州大学
森史
自 2022年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付
複雑ネットワーク;情報流;神経回路;摂動論;全脳イメージング
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K03453/

複雑ネットワーク上の情報の流れの理論構築と生物の環境適応機構の解明
基盤研究(C)
小区分13010:数理物理および物性基礎関連
九州大学;電気通信大学
森史
自 2019年04月01日, 至 2023年03月31日, 完了
複雑ネットワーク;情報流;ブーリアンネットワーク;数理生物学;環境適応
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19K03663/

Last Updated :2025/05/01

教育

担当科目

自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
数理生命科学ゼミナールＩＩＤ
9145, 後期, 理学研究科, 1

自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
数理生命科学ゼミナールＩＩＣ
9144, 前期, 理学研究科, 1

自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
数理生命科学ゼミナールＩＩＢ
9143, 後期, 理学研究科, 1

自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
数理生命科学ゼミナールＩＢ
9139, 後期, 理学研究科, 1

自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
数理生命科学ゼミナールＩＡ
9138, 前期, 理学研究科, 1

自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
数理生命科学ゼミナールＩＩＡ
9142, 前期, 理学研究科, 1

自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
数理生命科学ゼミナールＩＤ
9141, 後期, 理学研究科, 1

自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
数理生命科学ゼミナールＩＣ
9140, 前期, 理学研究科, 1

自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
生物科学特論Ａ
9011, 前期, 理学研究科, 2

自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
数理生命科学ゼミナールＩＢ
9139, 後期, 理学研究科, 1

自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
数理生命科学ゼミナールＩＡ
9138, 前期, 理学研究科, 1

自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
数理生命科学ゼミナールＩＩＡ
9142, 前期, 理学研究科, 1

自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
数理生命科学ゼミナールＩＤ
9141, 後期, 理学研究科, 1

自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
数理生命科学ゼミナールＩＣ
9140, 前期, 理学研究科, 1

自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
数理生命科学ゼミナールＩＩＢ
9143, 後期, 理学研究科, 1

自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
数理生命科学ゼミナールＩＩＤ
9145, 後期, 理学研究科, 1

自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
数理生命科学ゼミナールＩＩＣ
9144, 前期, 理学研究科, 1

自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
生物科学特論Ａ
9011, 前期, 理学研究科, 2

Last Updated :2025/05/01

大学運営

部局運営(役職等)

自 2024年04月01日
予算委員会　委員

自 2023年04月01日
情報セキュリティ委員会　委員

自 2022年04月01日
化学物質管理委員会　委員

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