基本情報

学内兼務

• 高等研究院, ヒト生物学高等研究拠点, コア長、主任研究者

学位

• 修士（生命科学）(京都大学)
• 博士（生命科学）(京都大学)

ID,URL

• ORCID ID

  0000-0002-0022-3947

• J-Global ID

  200901075112004813

関連Webサイト

• https://www.cira.kyoto-u.ac.jp/ymt/

researchmap URL

• https://researchmap.jp/read0110808

研究

研究テーマ・研究概要

• 研究テーマ

  体細胞初期化過程における分子メカニズムの解明

• 研究概要

  iPS細胞の誘導プロセスおよび分化プロセスにおける分子メカニズムを解明することは、iPS細胞を再生医療等の応用へ繋げていくための重要なステップの一つである。現在までの研究によって、転写制御やエピジェネティック制御等の核内で起こる現象が、そうしたプロセスで鍵を握ることが明らかになっている。また、近年、生命科学の分野においては、マイクロアレイや次世代型シーケンサーに代表される解析装置の目覚ましい進歩によって、膨大なデータ量を短時間で入手することが可能になった。そのような大量データから生物学的に意味のあるデータを抽出するには、コンピューターサイエンスを利用したバイオインフォマティクス等の知識や解析技術（dry）とともに、分子生物学的および細胞生物学的な知識や実験技術（wet）が必要不可欠である。当研究では、全ゲノムにわたる網羅的解析を多角的なアプローチによって行い、dryとwetをそれぞれフィードバックさせながら融合させ、統合的にiPS細胞の誘導プロセスおよびiPS細胞の分化プロセスの解明を目指すことを第一義的な目標とする。本研究によって得られた知見は、安全かつ効率的なiPS細胞の作製技術に直結するだけでなく、再生医療等の応用面においても新しい可能性を提示できるものと考えている。

研究分野

• ライフサイエンス, 分子生物学

論文

• Non-viral generation of transgenic non-human primates via the piggyBac transposon system.

  Masataka Nakaya; Chizuru Iwatani; Setsuko Tsukiyama-Fujii; Ai Mieda; Shoko Tarumoto; Taro Tsujimura; Takuya Yamamoto; Takafumi Ichikawa; Tomonori Nakamura; Ichiro Terakado; Ikuo Kawamoto; Takahiro Nakagawa; Iori Itagaki; Mitinori Saitou; Hideaki Tsuchiya; Tomoyuki Tsukiyama

  Nature communications, 2025年03月24日

  
• The balance between IFN-γ and ERK/MAPK signaling activities ensures lifelong maintenance of intestinal stem cells

  May Nakajima-Koyama; Mio Kabata; Joonseong Lee; Yuko Sogabe; Satoko Sakurai; Akira Hirota; Mizuki Kimura; Tomonori Nakamura; Yusuke Imoto; Kohei Kometani; Yoko Hamazaki; Yasuaki Hiraoka; Mitinori Saitou; Eisuke Nishida; Takuya Yamamoto

  Cell Reports, 2025年02月

  
• A versatile in vivo platform for reversible control of transgene expression in adult tissues.

  Jumpei Taguchi; Yosuke Yamada; Sho Ohta; Fumie Nakasuka; Takuya Yamamoto; Manabu Ozawa; Yasuhiro Yamada

  Stem cell reports, 2024年11月20日

  
• Microhomology-assisted scarless genome editing in human iPSCs

  Kim, S; Matsumoto, T; Kagawa, H; Nakamura, M; Hirohata, R; Ueno, A; Ohishi, M; Sakuma, T; Soga, T; Yamamoto, T; Woltjen, K

  Nat. Commun., 2018年03月05日, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Zonated Wnt/β-catenin signal-activated cardiomyocytes at the atrioventricular canal promote coronary vessel formation in zebrafish.

  Ayano Chiba; Takuya Yamamoto; Hajime Fukui; Moe Fukumoto; Manabu Shirai; Hiroyuki Nakajima; Naoki Mochizuki

  Developmental cell, 2024年10月08日

  
• Heparan Sulfate Chain-Conjugated Laminin-E8 Fragments Advance Paraxial Mesodermal Differentiation Followed by High Myogenic Induction from hiPSCs.

  Mingming Zhao; Yukimasa Taniguchi; Chisei Shimono; Tatsuya Jonouchi; Yushen Cheng; Yasuhiro Shimizu; Minas Nalbandian; Takuya Yamamoto; Masato Nakagawa; Kiyotoshi Sekiguchi; Hidetoshi Sakurai

  Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany), 2024年04月29日

  
• Construction of multilayered small intestine-like tissue by reproducing interstitial flow

  Sayaka Deguchi; Kaori Kosugi; Naoki Takeishi; Yukio Watanabe; Shiho Morimoto; Ryosuke Negoro; Fuki Yokoi; Hiroki Futatsusako; May Nakajima-Koyama; Mio Iwasaki; Takuya Yamamoto; Yoshiya Kawaguchi; Yu-suke Torisawa; Kazuo Takayama

  Cell Stem Cell, 2024年07月

  
• In vitro reconstitution of epigenetic reprogramming in the human germ line.

  Yusuke Murase; Ryuta Yokogawa; Yukihiro Yabuta; Masahiro Nagano; Yoshitaka Katou; Manami Mizuyama; Ayaka Kitamura; Pimpitcha Puangsricharoen; Chika Yamashiro; Bo Hu; Ken Mizuta; Taro Tsujimura; Takuya Yamamoto; Kosuke Ogata; Yasushi Ishihama; Mitinori Saitou

  Nature, 2024年05月20日

  
• Hit-and-run silencing of endogenous DUX4 by targeting DNA hypomethylation on D4Z4 repeats in facioscapulohumeral muscular dystrophy

  Mitsuru Sasaki-Honda; Tatsuya Jonouchi; Meni Arai; Junjie He; Kazusa Okita; Satoko Sakurai; Takuya Yamamoto; Hidetoshi Sakurai

  2022年04月12日

  
• Endothelial ROBO4 suppresses PTGS2/COX-2 expression and inflammatory diseases.

  Masato Tanaka; Keisuke Shirakura; Yui Takayama; Miki Μatsui; Yukio Watanabe; Takuya Yamamoto; Junya Takahashi; Shota Tanaka; Nobumasa Hino; Takefumi Doi; Masanori Obana; Yasushi Fujio; Kazuo Takayama; Yoshiaki Okada

  Communications biology, 2024年05月18日

  
• Micro-patterned culture of iPSC-derived alveolar and airway cells distinguishes SARS-CoV-2 variants.

  Atsushi Masui; Rina Hashimoto; Yasufumi Matsumura; Takuya Yamamoto; Miki Nagao; Takeshi Noda; Kazuo Takayama; Shimpei Gotoh

  Stem cell reports, 2024年04月09日

  この論文にアクセスする：

  
• A let-7 microRNA-RALB axis links the immune properties of iPSC-derived megakaryocytes with platelet producibility

  Si Jing Chen; Kazuya Hashimoto; Kosuke Fujio; Karin Hayashi; Sudip Kumar Paul; Akinori Yuzuriha; Wei-Yin Qiu; Emiri Nakamura; Maria Alejandra Kanashiro; Mio Kabata; Sou Nakamura; Naoshi Sugimoto; Atsushi Kaneda; Takuya Yamamoto; Hirohide Saito; Naoya Takayama; Koji Eto

  Nature Communications, 2024年03月22日

  この論文にアクセスする：

  
• Oxidative phosphorylation is a pivotal therapeutic target of fibrodysplasia ossificans progressiva.

  Liping Sun; Yonghui Jin; Megumi Nishio; Makoto Watanabe; Takeshi Kamakura; Sanae Nagata; Masayuki Fukuda; Hirotsugu Maekawa; Shunsuke Kawai; Takuya Yamamoto; Junya Toguchida

  Life science alliance, 2024年05月

  この論文にアクセスする：

  
• SARS-CoV-2-induced disruption of a vascular bed in a microphysiological system caused by type-I interferon from bronchial organoids.

  Kazuya Fujimoto; Yoshikazu Kameda; Yuta Nagano; Sayaka Deguchi; Takuya Yamamoto; Rafal P Krol; Peter Gee; Yasufumi Matsumura; Toru Okamoto; Miki Nagao; Kazuo Takayama; Ryuji Yokokawa

  Lab on a chip, 2024年01月22日

  
• Selective induction of human renal interstitial progenitor-like cell lineages from iPSCs reveals development of mesangial and EPO-producing cells

  Hiraku Tsujimoto; Azusa Hoshina; Shin-Ichi Mae; Toshikazu Araoka; Wang Changting; Yoshihiro Ijiri; May Nakajima-Koyama; Satoko Sakurai; Kazusa Okita; Ken Mizuta; Akira Niwa; Megumu K. Saito; Mitinori Saitou; Takuya Yamamoto; Cecilia Graneli; Kevin J. Woollard; Kenji Osafune

  Cell Reports, 2024年01月

  この論文にアクセスする：

  
• Periportal hepatocyte proliferation at midgestation governs maternal glucose homeostasis in mice

  Satoshi Kozuki; Mio Kabata; Satoko Sakurai; Keiko Iwaisako; Tomomi Nishimura; Masakazu Toi; Takuya Yamamoto; Fumiko Toyoshima

  Communications Biology, 2023年12月04日

  
• Hypoblast from human pluripotent stem cells regulates epiblast development.

  Takumi Okubo; Nicolas Rivron; Mio Kabata; Hideki Masaki; Keiko Kishimoto; Katsunori Semi; May Nakajima-Koyama; Haruko Kunitomi; Belinda Kaswandy; Hideyuki Sato; Hiromitsu Nakauchi; Knut Woltjen; Mitinori Saitou; Erika Sasaki; Takuya Yamamoto; Yasuhiro Takashima

  Nature, 2023年12月05日

  
• Intracytoplasmic sperm injection induces transgenerational abnormalities in mice

  Mito Kanatsu-Shinohara; Yusuke Shiromoto; Narumi Ogonuki; Kimiko Inoue; Satoko Hattori; Kento Miura; Naomi Watanabe; Ayumi Hasegawa; Keiji Mochida; Takuya Yamamoto; Tsuyoshi Miyakawa; Atsuo Ogura; Takashi Shinohara

  Journal of Clinical Investigation, 2023年11月15日

  
• High-quality single-cell transcriptomics from ovarian histological sections during folliculogenesis.

  Hiroki Ikeda; Shintaro Miyao; So Nagaoka; Tomoya Takashima; Sze-Ming Law; Takuya Yamamoto; Kazuki Kurimoto

  Life science alliance, 2023年11月

  
• Tertiary Lymphoid Tissues Are Microenvironments with Intensive Interactions between Immune Cells and Proinflammatory Parenchymal Cells in Aged Kidneys

  Takahisa Yoshikawa; Akiko Oguchi; Naoya Toriu; Yuki Sato; Takashi Kobayashi; Osamu Ogawa; Hironori Haga; Satoko Sakurai; Takuya Yamamoto; Yasuhiro Murakawa; Motoko Yanagita

  Journal of the American Society of Nephrology, 2023年08月07日

  この論文にアクセスする：

  
• Rat post-implantation epiblast-derived pluripotent stem cells produce functional germ cells

  Kenyu Iwatsuki; Mami Oikawa; Hisato Kobayashi; Christopher A. Penfold; Makoto Sanbo; Takuya Yamamoto; Shinichi Hochi; Kazuki Kurimoto; Masumi Hirabayashi; Toshihiro Kobayashi

  Cell Reports Methods, 2023年07月

  
• Cellular senescence induction leads to progressive cell death via the INK4a-RB pathway in naked mole-rats.

  Yoshimi Kawamura; Kaori Oka; Takashi Semba; Mayuko Takamori; Yuki Sugiura; Riyo Yamasaki; Yusuke Suzuki; Takeshi Chujo; Mari Nagase; Yuki Oiwa; Shusuke Fujioka; Sayuri Homma; Yuki Yamamura; Shingo Miyawaki; Minoru Narita; Takaichi Fukuda; Yusuke Sakai; Takatsugu Ishimoto; Kazuhito Tomizawa; Makoto Suematsu; Takuya Yamamoto; Hidemasa Bono; Hideyuki Okano; Kyoko Miura

  The EMBO journal, 2023年07月11日, 査読有り

  
• Directionality of developing skeletal muscles is set by mechanical forces.

  Kazunori Sunadome; Alek G Erickson; Delf Kah; Ben Fabry; Csaba Adori; Polina Kameneva; Louis Faure; Shigeaki Kanatani; Marketa Kaucka; Ivar Dehnisch Ellström; Marketa Tesarova; Tomas Zikmund; Jozef Kaiser; Steven Edwards; Koichiro Maki; Taiji Adachi; Takuya Yamamoto; Kaj Fried; Igor Adameyko

  Nature communications, 2023年05月27日, 査読有り

  
• Virological characterization of the 2022 outbreak-causing monkeypox virus using human keratinocytes and colon organoids.

  Yukio Watanabe; Izumi Kimura; Rina Hashimoto; Ayaka Sakamoto; Naoko Yasuhara; Takuya Yamamoto; Kei Sato; Kazuo Takayama

  Journal of medical virology, 2023年06月

  この論文にアクセスする：

  
• CD153/CD30 signaling promotes age-dependent tertiary lymphoid tissue expansion and kidney injury.

  Yuki Sato; Akiko Oguchi; Yuji Fukushima; Kyoko Masuda; Naoya Toriu; Keisuke Taniguchi; Takahisa Yoshikawa; Xiaotong Cui; Makiko Kondo; Takeshi Hosoi; Shota Komidori; Yoko Shimizu; Harumi Fujita; Li Jiang; Yingyi Kong; Takashi Yamanashi; Jun Seita; Takuya Yamamoto; Shinya Toyokuni; Yoko Hamazaki; Masakazu Hattori; Yasunobu Yoshikai; Peter Boor; Jürgen Floege; Hiroshi Kawamoto; Yasuhiro Murakawa; Nagahiro Minato; Motoko Yanagita

  The Journal of clinical investigation, 2022年01月18日

  この論文にアクセスする：

  
• Modeling SARS-CoV-2 infection and its individual differences with ACE2-expressing human iPS cells.

  Emi Sano; Sayaka Deguchi; Ayaka Sakamoto; Natsumi Mimura; Ai Hirabayashi; Yukiko Muramoto; Takeshi Noda; Takuya Yamamoto; Kazuo Takayama

  iScience, 2021年05月21日, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Allogeneic offspring produced by induction of PD-L1 in spermatogonial stem cells via self-renewal stimulation.

  Takashi Shinohara; Takuya Yamamoto; Hiroko Morimoto; Yusuke Shiromoto; Mito Kanatsu-Shinohara

  Stem cell reports, 2023年04月11日, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Evaluation of Broad Anti-Coronavirus Activity of Autophagy-Related Compounds Using Human Airway Organoids.

  Rina Hashimoto; Tomokazu Tamura; Yukio Watanabe; Ayaka Sakamoto; Naoko Yasuhara; Hayato Ito; Masahiro Nakano; Hiromitsu Fuse; Akira Ohta; Takeshi Noda; Yasufumi Matsumura; Miki Nagao; Takuya Yamamoto; Takasuke Fukuhara; Kazuo Takayama

  Molecular pharmaceutics, 2023年04月03日, 査読有り

  
• Elucidation of the liver pathophysiology of COVID-19 patients using liver-on-a-chips.

  Sayaka Deguchi; Kaori Kosugi; Rina Hashimoto; Ayaka Sakamoto; Masaki Yamamoto; Rafal P Krol; Peter Gee; Ryosuke Negoro; Takeshi Noda; Takuya Yamamoto; Yu-Suke Torisawa; Miki Nagao; Kazuo Takayama

  PNAS nexus, 2023年03月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Endoderm-derived islet1-expressing cells differentiate into endothelial cells to function as the vascular HSPC niche in zebrafish.

  Hiroyuki Nakajima; Hiroyuki Ishikawa; Takuya Yamamoto; Ayano Chiba; Hajime Fukui; Keisuke Sako; Moe Fukumoto; Kenny Mattonet; Hyouk-Bum Kwon; Subhra P Hui; Gergana D Dobreva; Kazu Kikuchi; Christian S M Helker; Didier Y R Stainier; Naoki Mochizuki

  Developmental cell, 2023年02月06日, 査読有り

  
• Reconstituting human somitogenesis in vitro.

  Yoshihiro Yamanaka; Sofiane Hamidi; Kumiko Yoshioka-Kobayashi; Sirajam Munira; Kazunori Sunadome; Yi Zhang; Yuzuru Kurokawa; Rolf Ericsson; Ai Mieda; Jamie L Thompson; Janet Kerwin; Steven Lisgo; Takuya Yamamoto; Naomi Moris; Alfonso Martinez-Arias; Taro Tsujimura; Cantas Alev

  Nature, 2023年02月, 査読有り

  
• Safety and tolerability of bosutinib in patients with amyotrophic lateral sclerosis (iDReAM study): A multicentre, open-label, dose-escalation phase 1 trial.

  Keiko Imamura; Yuishin Izumi; Makiko Nagai; Kazutoshi Nishiyama; Yasuhiro Watanabe; Ritsuko Hanajima; Naohiro Egawa; Takashi Ayaki; Ryosuke Oki; Koji Fujita; Ryuji Uozumi; Akiko Morinaga; Tomoko Hirohashi; Yosuke Fujii; Takuya Yamamoto; Harutsugu Tatebe; Takahiko Tokuda; Naoto Takahashi; Satoshi Morita; Ryosuke Takahashi; Haruhisa Inoue

  EClinicalMedicine, 2022年11月

  この論文にアクセスする：

  
• Resistance to chemical carcinogenesis induction via a dampened inflammatory response in naked mole-rats.

  Kaori Oka; Shusuke Fujioka; Yoshimi Kawamura; Yoshihiro Komohara; Takeshi Chujo; Koki Sekiguchi; Yuki Yamamura; Yuki Oiwa; Natsuko Omamiuda-Ishikawa; Shohei Komaki; Yoichi Sutoh; Satoko Sakurai; Kazuhito Tomizawa; Hidemasa Bono; Atsushi Shimizu; Kimi Araki; Takuya Yamamoto; Yasuhiro Yamada; Hiroyuki Oshiumi; Kyoko Miura

  Communications biology, 2022年03月30日, 査読有り

  
• Generation of human bronchial organoids for SARS-CoV-2 research

  Tatsuya Suzuki; Yumi Itoh; Yusuke Sakai; Akatsuki Saito; Daisuke Okuzaki; Daisuke Motooka; Shohei Minami; Takeshi Kobayashi; Takuya Yamamoto; Toru Okamoto; Kazuo Takayama

  2020年05月26日

  
• Induction of fetal meiotic oocytes from embryonic stem cells in cynomolgus monkeys

  Sayuri Gyobu‐Motani; Yukihiro Yabuta; Ken Mizuta; Yoshitaka Katou; Ikuhiro Okamoto; Masanori Kawasaki; Ayaka Kitamura; Tomoyuki Tsukiyama; Chizuru Iwatani; Hideaki Tsuchiya; Taro Tsujimura; Takuya Yamamoto; Tomonori Nakamura; Mitinori Saitou

  The EMBO Journal, 2023年03月16日, 査読有り

  
• SARS-CoV-2 disrupts respiratory vascular barriers by suppressing Claudin-5 expression.

  Rina Hashimoto; Junya Takahashi; Keisuke Shirakura; Risa Funatsu; Kaori Kosugi; Sayaka Deguchi; Masaki Yamamoto; Yugo Tsunoda; Maaya Morita; Kosuke Muraoka; Masato Tanaka; Tomoaki Kanbara; Shota Tanaka; Shigeyuki Tamiya; Nagisa Tokunoh; Atsushi Kawai; Masahito Ikawa; Chikako Ono; Keisuke Tachibana; Masuo Kondoh; Masanori Obana; Yoshiharu Matsuura; Akihiro Ohsumi; Takeshi Noda; Takuya Yamamoto; Yasuo Yoshioka; Yu-Suke Torisawa; Hiroshi Date; Yasushi Fujio; Miki Nagao; Kazuo Takayama; Yoshiaki Okada

  Science advances, 2022年09月23日, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• RNA-Sequencing Analysis of Differentially Expressed Genes in Human iPSC-Derived Cardiomyocytes.

  Chikako Okubo; Megumi Narita; Takuya Yamamoto; Yoshinori Yoshida

  Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2021年

  
• Cell response analysis in SARS-CoV-2 infected bronchial organoids.

  Emi Sano; Tatsuya Suzuki; Rina Hashimoto; Yumi Itoh; Ayaka Sakamoto; Yusuke Sakai; Akatsuki Saito; Daisuke Okuzaki; Daisuke Motooka; Yukiko Muramoto; Takeshi Noda; Tomohiko Takasaki; Jun-Ichi Sakuragi; Shohei Minami; Takeshi Kobayashi; Takuya Yamamoto; Yasufumi Matsumura; Miki Nagao; Toru Okamoto; Kazuo Takayama

  Communications biology, 2022年05月30日, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Tceal5 and Tceal7 Function in C2C12 Myogenic Differentiation via Exosomes in Fetal Bovine Serum.

  Aika Sawada; Takuya Yamamoto; Takahiko Sato

  International journal of molecular sciences, 2022年02月12日

  
• Resolution of the curse of dimensionality in single-cell RNA sequencing data analysis

  Yusuke Imoto; Tomonori Nakamura; Emerson G Escolar; Michio Yoshiwaki; Yoji Kojima; Yukihiro Yabuta; Yoshitaka Katou; Takuya Yamamoto; Yasuaki Hiraoka; Mitinori Saitou

  Life Science Alliance, 2022年12月

  この論文にアクセスする：

  
• Single-cell RNA-seq reveals heterogeneity in hiPSC-derived muscle progenitors and E2F family as a key regulator of proliferation.

  Minas Nalbandian; Mingming Zhao; Hiroki Kato; Tatsuya Jonouchi; May Nakajima-Koyama; Takuya Yamamoto; Hidetoshi Sakurai

  Life science alliance, 2022年08月

  この論文にアクセスする：

  
• Vasculature atrophy causes a stiffened microenvironment that augments epidermal stem cell differentiation in aged skin

  Ryo Ichijo; Koichiro Maki; Mio Kabata; Teruasa Murata; Arata Nagasaka; Seiichiro Ishihara; Hisashi Haga; Tetsuya Honda; Taiji Adachi; Takuya Yamamoto; Fumiko Toyoshima

  Nature Aging, 2022年07月11日

  
• Nucleome programming is required for the foundation of totipotency in mammalian germline development

  Masahiro Nagano; Bo Hu; Shihori Yokobayashi; Akitoshi Yamamura; Fumiya Umemura; Mariel Coradin; Hiroshi Ohta; Yukihiro Yabuta; Yukiko Ishikura; Ikuhiro Okamoto; Hiroki Ikeda; Naofumi Kawahira; Yoshiaki Nosaka; Sakura Shimizu; Yoji Kojima; Ken Mizuta; Tomoko Kasahara; Yusuke Imoto; Killian Meehan; Roman Stocsits; Gordana Wutz; Yasuaki Hiraoka; Yasuhiro Murakawa; Takuya Yamamoto; Kikue Tachibana; Jan‐Michel Peters; Leonid A Mirny; Benjamin A Garcia; Jacek Majewski; Mitinori Saitou

  The EMBO Journal, 2022年07月04日

  
• Multi-omics approach reveals posttranscriptionally regulated genes are essential for human pluripotent stem cells.

  Mio Iwasaki; Yuka Kawahara; Chikako Okubo; Tatsuya Yamakawa; Michiko Nakamura; Tsuyoshi Tabata; Yohei Nishi; Megumi Narita; Akira Ohta; Hirohide Saito; Takuya Yamamoto; Masato Nakagawa; Shinya Yamanaka; Kazutoshi Takahashi

  iScience, 2022年05月20日

  この論文にアクセスする：

  
• Functional primordial germ cell-like cells from pluripotent stem cells in rats.

  Mami Oikawa; Hisato Kobayashi; Makoto Sanbo; Naoaki Mizuno; Kenyu Iwatsuki; Tomoya Takashima; Keiko Yamauchi; Fumika Yoshida; Takuya Yamamoto; Takashi Shinohara; Hiromitsu Nakauchi; Kazuki Kurimoto; Masumi Hirabayashi; Toshihiro Kobayashi

  Science (New York, N.Y.), 2022年04月08日

  
• The oncogene-dependent resistance to reprogramming unveils cancer therapeutic targets

  Kenji Ito; Kohei Nagata; Sho Ohta; Yutaka Matsuda; Tomoyo Ukai; Ichiro Yasuda; Akira Ota; Ryota Kobayashi; Mio Kabata; Nao Sankoda; Tatsuya Maeda; Knut Woltjen; Liying Yang; Reo Maruyama; Ryohei Katayama; Takuya Yamamoto; Yasuhiro Yamada

  Cell Reports, 2022年04月

  
• MYCL-mediated reprogramming expands pancreatic insulin-producing cells

  Michitada Hirano; Yusei So; Shin Tsunekawa; Mio Kabata; Sho Ohta; Hiroshi Sagara; Nao Sankoda; Jumpei Taguchi; Yosuke Yamada; Tomoyo Ukai; Makoto Kato; Jiro Nakamura; Manabu Ozawa; Takuya Yamamoto; Yasuhiro Yamada

  Nature Metabolism, 2022年02月10日

  
• Delineation of biliary epithelial cell dynamics in maternal liver during pregnancy

  Satoshi Kozuki; Satoko Sakurai; Atsushi Suzuki; Takuya Yamamoto; Fumiko Toyoshima

  Genes to Cells, 2022年01月10日

  
• A versatile and robust cell purification system with an RNA-only circuit composed of microRNA-responsive ON and OFF switches.

  Yoshihiko Fujita; Moe Hirosawa; Karin Hayashi; Takeshi Hatani; Yoshinori Yoshida; Takuya Yamamoto; Hirohide Saito

  Science advances, 2022年01月07日

  この論文にアクセスする：

  
• DMRT1-mediated reprogramming drives development of cancer resembling human germ cell tumors with features of totipotency

  Jumpei Taguchi; Hirofumi Shibata; Mio Kabata; Masaki Kato; Kei Fukuda; Akito Tanaka; Sho Ohta; Tomoyo Ukai; Kanae Mitsunaga; Yosuke Yamada; So I Nagaoka; Sho Yamazawa; Kotaro Ohnishi; Knut Woltjen; Tetsuo Ushiku; Manabu Ozawa; Mitinori Saitou; Yoichi Shinkai; Takuya Yamamoto; Yasuhiro Yamada

  Nature Communications, 2021年12月

  
• Retinoic acid regulates erythropoietin production cooperatively with hypoxia-inducible factors in human iPSC-derived erythropoietin-producing cells

  Naoko Katagiri; Hirofumi Hitomi; Shin-Ichi Mae; Maki Kotaka; Li Lei; Takuya Yamamoto; Akira Nishiyama; Kenji Osafune

  Scientific Reports, 2021年12月

  この論文にアクセスする：

  
• The X chromosome dosage compensation program during the development of cynomolgus monkeys.

  Ikuhiro Okamoto; Tomonori Nakamura; Kotaro Sasaki; Yukihiro Yabuta; Chizuru Iwatani; Hideaki Tsuchiya; Shin-Ichiro Nakamura; Masatsugu Ema; Takuya Yamamoto; Mitinori Saitou

  Science (New York, N.Y.), 2021年11月19日

  
• Inherent genomic properties underlie the epigenomic heterogeneity of human induced pluripotent stem cells

  Shihori Yokobayashi; Yukihiro Yabuta; Masato Nakagawa; Keisuke Okita; Bo Hu; Yusuke Murase; Tomonori Nakamura; Guillaume Bourque; Jacek Majewski; Takuya Yamamoto; Mitinori Saitou

  Cell Reports, 2021年11月

  この論文にアクセスする：

  
• In vitro reconstitution of the whole male germ-cell development from mouse pluripotent stem cells.

  Yukiko Ishikura; Hiroshi Ohta; Takuya Sato; Yusuke Murase; Yukihiro Yabuta; Yoji Kojima; Chika Yamashiro; Tomonori Nakamura; Takuya Yamamoto; Takehiko Ogawa; Mitinori Saitou

  Cell stem cell, 2021年09月01日

  
• Aging and CMV Infection Affect Pre-existing SARS-CoV-2-Reactive CD8+ T Cells in Unexposed Individuals

  Norihide Jo; Rui Zhang; Hideki Ueno; Takuya Yamamoto; Daniela Weiskopf; Miki Nagao; Shinya Yamanaka; Yoko Hamazaki

  Frontiers in Aging, 2021年08月10日

  この論文にアクセスする：

  
• The embryonic ontogeny of the gonadal somatic cells in mice and monkeys.

  Kotaro Sasaki; Akiko Oguchi; Keren Cheng; Yasuhiro Murakawa; Ikuhiro Okamoto; Hiroshi Ohta; Yukihiro Yabuta; Chizuru Iwatani; Hideaki Tsuchiya; Takuya Yamamoto; Yasunari Seita; Mitinori Saitou

  Cell reports, 2021年05月04日

  この論文にアクセスする：

  
• Extracellular laminin regulates hematopoietic potential of pluripotent stem cells through integrin β1-ILK-β-catenin-JUN axis.

  Akinori Yuzuriha; Sou Nakamura; Naoshi Sugimoto; Shunsuke Kihara; Masato Nakagawa; Takuya Yamamoto; Kiyotoshi Sekiguchi; Koji Eto

  Stem cell research, 2021年05月

  この論文にアクセスする：

  
• GATA transcription factors, SOX17 and TFAP2C, drive the human germ-cell specification program.

  Yoji Kojima; Chika Yamashiro; Yusuke Murase; Yukihiro Yabuta; Ikuhiro Okamoto; Chizuru Iwatani; Hideaki Tsuchiya; Masataka Nakaya; Tomoyuki Tsukiyama; Tomonori Nakamura; Takuya Yamamoto; Mitinori Saitou

  Life science alliance, 2021年05月

  この論文にアクセスする：

  
• Cyclosporin A and FGF signaling support the proliferation/survival of mouse primordial germ cell-like cells in vitro†.

  Hiroshi Ohta; Yukihiro Yabuta; Kazuki Kurimoto; Tomonori Nakamura; Yusuke Murase; Takuya Yamamoto; Mitinori Saitou

  Biology of reproduction, 2021年02月11日

  
• An interplay of NOX1-derived ROS and oxygen determines the spermatogonial stem cell self-renewal efficiency under hypoxia.

  Hiroko Morimoto; Takuya Yamamoto; Takehiro Miyazaki; Narumi Ogonuki; Atsuo Ogura; Takashi Tanaka; Mito Kanatsu-Shinohara; Chihiro Yabe-Nishimura; Hongliang Zhang; Yves Pommier; Andreas Trumpp; Takashi Shinohara

  Genes & development, 2021年02月01日

  この論文にアクセスする：

  
• Vasculature-driven stem cell population coordinates tissue scaling in dynamic organs

  Ryo Ichijo; Mio Kabata; Hiroyasu Kidoya; Fumitaka Muramatsu; Riki Ishibashi; Kota Abe; Ko Tsutsui; Hirokazu Kubo; Yui Iizuka; Satsuki Kitano; Hitoshi Miyachi; Yoshiaki Kubota; Hironobu Fujiwara; Aiko Sada; Takuya Yamamoto; Fumiko Toyoshima

  Science Advances, 2021年02月

  この論文にアクセスする：

  
• Epithelial expression of Gata4 and Sox2 regulates specification of the squamous-columnar junction via MAPK/ERK signaling in mice.

  Nao Sankoda; Wataru Tanabe; Akito Tanaka; Hirofumi Shibata; Knut Woltjen; Tsutomu Chiba; Hironori Haga; Yoshiharu Sakai; Masaki Mandai; Takuya Yamamoto; Yasuhiro Yamada; Shinji Uemoto; Yoshiya Kawaguchi

  Nature communications, 2021年01月25日

  この論文にアクセスする：

  
• Capturing Human Trophoblast Development with Naive Pluripotent Stem Cells In Vitro

  Shingo Io; Mio Kabata; Yoshiki Iemura; Katsunori Semi; Nobuhiro Morone; Ikuhiro Okamoto; Tomonori Nakamura; Yoji Kojima; Chizuru Iwatani; Hideaki Tsuchiya; Belinda Kaswandy; Eiji Kondoh; Mitinori Saitou; Takuya Yamamoto; Masaki Mandai; Yasuhiro Takashima

  Cell Stem Cell, 2020年12月18日

  
• Long-term expansion with germline potential of human primordial germ cell-like cells in vitro.

  Yusuke Murase; Yukihiro Yabuta; Hiroshi Ohta; Chika Yamashiro; Tomonori Nakamura; Takuya Yamamoto; Mitinori Saitou

  The EMBO journal, 2020年11月02日

  
• Identification of distinct loci for de novo DNA methylation by DNMT3A and DNMT3B during mammalian development.

  Masaki Yagi; Mio Kabata; Akito Tanaka; Tomoyo Ukai; Sho Ohta; Kazuhiko Nakabayashi; Masahito Shimizu; Kenichiro Hata; Alexander Meissner; Takuya Yamamoto; Yasuhiro Yamada

  Nature communications, 2020年06月24日, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Recapitulating the human segmentation clock with pluripotent stem cells.

  Mitsuhiro Matsuda; Yoshihiro Yamanaka; Maya Uemura; Mitsujiro Osawa; Megumu K Saito; Ayako Nagahashi; Megumi Nishio; Long Guo; Shiro Ikegawa; Satoko Sakurai; Shunsuke Kihara; Thomas L Maurissen; Michiko Nakamura; Tomoko Matsumoto; Hiroyuki Yoshitomi; Makoto Ikeya; Noriaki Kawakami; Takuya Yamamoto; Knut Woltjen; Miki Ebisuya; Junya Toguchida; Cantas Alev

  Nature, 2020年04月, 査読有り

  
• ZGLP1 is a determinant for the oogenic fate in mice.

  So I Nagaoka; Fumio Nakaki; Hidetaka Miyauchi; Yoshiaki Nosaka; Hiroshi Ohta; Yukihiro Yabuta; Kazuki Kurimoto; Katsuhiko Hayashi; Tomonori Nakamura; Takuya Yamamoto; Mitinori Saitou

  Science (New York, N.Y.), 2020年02月13日, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• RNA-binding protein ptbp1 regulates alternative splicing and transcriptome in spermatogonia and maintains spermatogenesis in concert with nanos3

  Manami Senoo; Hiroshi Hozoji; Yu Ishikawa-Yamauchi; Takashi Takijiri; Sho Ohta; Tomoyo Ukai; Mio Kabata; Takuya Yamamoto; Yasuhiro Yamada; Masahito Ikawa; Manabu Ozawa

  Journal of Reproduction and Development, 2020年

  
• Smarcb1 maintains the cellular identity and the chromatin landscapes of mouse embryonic stem cells.

  Sakakura M; Ohta S; Yagi M; Tanaka A; Norihide J; Woltjen K; Yamamoto T; Yamada Y

  Biochemical and biophysical research communications, 2019年11月, 査読有り

  
• Induction of the Germ-Cell Fate from Pluripotent Stem Cells in Cynomolgus Monkeys.

  Sakai Y; Nakamura T; Okamoto I; Gyobu-Motani S; Ohta H; Yabuta Y; Tsukiyama T; Iwatani C; Tsuchiya H; Ema M; Morizane A; Takahashi J; Yamamoto T; Saitou M

  Biology of reproduction, 2019年11月, 査読有り

  
• Metalloprotease-Dependent Attenuation of BMP Signaling Restricts Cardiac Neural Crest Cell Fate

  Arai, Hiroyuki N; Sato, Fuminori; Yamamoto, Takuya; Woltjen, Knut; Kiyonari, Hiroshi; Yoshimoto, Yuki; Shukunami, Chisa; Akiyama, Haruhiko; Kist, Ralf; Sehara-Fujisawa, Atsuko

  CELL REPORTS, 2019年10月15日, 査読有り

  
• Cell-type dependent enhancer binding of the EWS/ATF1 fusion gene in clear cell sarcomas.

  Shingo Komura; Kenji Ito; Sho Ohta; Tomoyo Ukai; Mio Kabata; Fumiaki Itakura; Katsunori Semi; Yutaka Matsuda; Kyoichi Hashimoto; Hirofumi Shibata; Masamitsu Sone; Norihide Jo; Kazuya Sekiguchi; Takatoshi Ohno; Haruhiko Akiyama; Katsuji Shimizu; Knut Woltjen; Manabu Ozawa; Junya Toguchida; Takuya Yamamoto; Yasuhiro Yamada

  Nature communications, 2019年09月05日, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Aging of spermatogonial stem cells by Jnk-mediated glycolysis activation.

  Mito Kanatsu-Shinohara; Takuya Yamamoto; Hidehiro Toh; Yasuhiro Kazuki; Kanako Kazuki; Junichi Imoto; Kazuho Ikeo; Motohiko Oshima; Katsuhiko Shirahige; Atsushi Iwama; Yoichi Nabeshima; Hiroyuki Sasaki; Takashi Shinohara

  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2019年08月13日, 査読有り

  
• Core Transcription Factors Promote Induction of PAX3-Positive Skeletal Muscle Stem Cells.

  Takahiko Sato; Koki Higashioka; Hidetoshi Sakurai; Takuya Yamamoto; Naoki Goshima; Morio Ueno; Chie Sotozono

  Stem cell reports, 2019年08月13日, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• De Novo DNA Methylation at Imprinted Loci during Reprogramming into Naive and Primed Pluripotency.

  Yagi M; Kabata M; Ukai T; Ohta S; Tanaka A; Shimada Y; Sugimoto M; Araki K; Okita K; Woltjen K; Hochedlinger K; Yamamoto T; Yamada Y

  Stem cell reports, 2019年05月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• ROS amplification drives mouse spermatogonial stem cell self-renewal.

  Hiroko Morimoto; Mito Kanastu-Shinohara; Narumi Ogonuki; Satoshi Kamimura; Atsuo Ogura; Chihiro Yabe-Nishimura; Yoshifumi Mori; Takeshi Morimoto; Satoshi Watanabe; Kinya Otsu; Takuya Yamamoto; Takashi Shinohara

  Life science alliance, 2019年04月, 査読有り

  
• Human Pluripotent Stem Cell-Derived Tumor Model Uncovers the Embryonic Stem Cell Signature as a Key Driver in Atypical Teratoid/Rhabdoid Tumor.

  Yukinori Terada; Norihide Jo; Yoshiki Arakawa; Megumi Sakakura; Yosuke Yamada; Tomoyo Ukai; Mio Kabata; Kanae Mitsunaga; Yohei Mineharu; Sho Ohta; Masato Nakagawa; Susumu Miyamoto; Takuya Yamamoto; Yasuhiro Yamada

  Cell reports, 2019年03月05日, 査読有り

  
• Differentiation and isolation of iPSC-derived remodeling ductal plate-like cells by use of an AQP1-GFP reporter human iPSC line.

  Matsui S; Ochiai M; Yasuda K; Mae SI; Kotaka M; Toyoda T; Yamamoto T; Osafune K

  Stem cell research, 2019年03月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Exocrine tissue-driven TFF2 prevents apoptotic cell death of endocrine lineage during pancreas organogenesis.

  Koji Hirata; Sota Kodama; Yasuhiro Nakano; Yasuko Minaki-Nakagawa; Yoshiki Aoyama; Morito Sakikubo; Toshihiko Goto; Masahiro Yoshida; Toshihiko Masui; Takuya Yamamoto; Shinji Uemoto; Yoshiya Kawaguchi

  Scientific reports, 2019年02月07日, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Modeling the Human Segmentation Clock with Pluripotent Stem Cells

  Mitsuhiro Matsuda; Yoshihiro Yamanaka; Maya Uemura; Mitsujiro Osawa; Megumu K. Saito; Ayako Nagahashi; Megumi Nishio; Long Guo; Shiro Ikegawa; Satoko Sakurai; Shunsuke Kihara; Michiko Nakamura; Tomoko Matsumoto; Hiroyuki Yoshitomi; Makoto Ikeya; Takuya Yamamoto; Knut Woltjen; Miki Ebisuya; Junya Toguchida; Cantas Alev

  bioRxiv, 2019年02月

  
• 【代謝が変える細胞と個体の運命】分化多能性の獲得・維持と代謝

  曽根 正光; 山本 拓也

  生化学, 2019年02月, 査読有り

  
• OVOL1 Influences the Determination and Expansion of iPSC Reprogramming Intermediates.

  Kagawa H; Shimamoto R; Kim SI; Oceguera-Yanez F; Yamamoto T; Schroeder T; Woltjen K

  Stem cell reports, 2019年02月, 査読有り

  
• In vivo reprogramming drives Kras-induced cancer development

  Hirofumi Shibata; Shingo Komura; Yosuke Yamada; Nao Sankoda; Akito Tanaka; Tomoyo Ukai; Mio Kabata; Satoko Sakurai; Bunya Kuze; Knut Woltjen; Hironori Haga; Yatsuji Ito; Yoshiya Kawaguchi; Takuya Yamamoto; Yasuhiro Yamada

  Nature Communications, 2018年12月01日, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Generation of human oogonia from induced pluripotent stem cells in vitro.

  Yamashiro C; Sasaki K; Yabuta Y; Kojima Y; Nakamura T; Okamoto I; Yokobayashi S; Murase Y; Ishikura Y; Shirane K; Sasaki H; Yamamoto T; Saitou M

  Science (New York, N.Y.), 2018年10月, 査読有り

  
• A β1-tubulin-based megakaryocyte maturation reporter system identifies novel drugs that promote platelet production.

  Hideya Seo; Si Jing Chen; Kazuya Hashimoto; Hiroshi Endo; Yohei Nishi; Akira Ohta; Takuya Yamamoto; Akitsu Hotta; Akira Sawaguchi; Hideki Hayashi; Noritaka Koseki; George J Murphy; Kazuhiko Fukuda; Naoshi Sugimoto; Koji Eto

  Blood advances, 2018年09月11日, 査読有り

  
• Unveiling epigenetic regulation in cancer, aging, and rejuvenation with in vivo reprogramming technology.

  Sogabe Y; Seno H; Yamamoto T; Yamada Y

  Cancer science, 2018年09月, 査読有り

  
• Turbulence Activates Platelet Biogenesis to Enable Clinical Scale Ex Vivo Production.

  Ito Y; Nakamura S; Sugimoto N; Shigemori T; Kato Y; Ohno M; Sakuma S; Ito K; Kumon H; Hirose H; Okamoto H; Nogawa M; Iwasaki M; Kihara S; Fujio K; Matsumoto T; Higashi N; Hashimoto K; Sawaguchi A; Harimoto KI; Nakagawa M; Yamamoto T; Handa M; Watanabe N; Nishi E; Arai F; Nishimura S; Eto K

  Cell, 2018年07月26日, 査読有り

  
• Srf destabilizes cellular identity by suppressing cell-type-specific gene expression programs.

  Takashi Ikeda; Takafusa Hikichi; Hisashi Miura; Hirofumi Shibata; Kanae Mitsunaga; Yosuke Yamada; Knut Woltjen; Kei Miyamoto; Ichiro Hiratani; Yasuhiro Yamada; Akitsu Hotta; Takuya Yamamoto; Keisuke Okita; Shinji Masui

  Nature communications, 2018年04月11日, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Principles for the regulation of multiple developmental pathways by a versatile transcriptional factor, BLIMP1

  Tadahiro Mitani; Yukihiro Yabuta; Hiroshi Ohta; Tomonori Nakamura; Chika Yamashiro; Takuya Yamamoto; Mitinori Saitou; Kazuki Kurimoto

  NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2017年12月, 査読有り

  
• The Sexual Dimorphism of Dietary Restriction Responsiveness in Caenorhabditis elegans

  Sakiko Honjoh; Akiko Ihara; Yukiko Kajiwara; Takuya Yamamoto; Eisuke Nishida

  CELL REPORTS, 2017年12月, 査読有り

  
• Bone morphogenetic protein and retinoic acid synergistically specify female germ-cell fate in mice.

  Hidetaka Miyauchi; Hiroshi Ohta; So Nagaoka; Fumio Nakaki; Kotaro Sasaki; Katsuhiko Hayashi; Yukihiro Yabuta; Tomonori Nakamura; Takuya Yamamoto; Mitinori Saitou

  The EMBO journal, 2017年11月02日, 査読有り

  
• Structural and spatial chromatin features at developmental gene loci in human pluripotent stem cells

  Hiroki Ikeda; Masamitsu Sone; Shinya Yamanaka; Takuya Yamamoto

  NATURE COMMUNICATIONS, 2017年11月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Evolutionarily Distinctive Transcriptional and Signaling Programs Drive Human Germ Cell Lineage Specification from Pluripotent Stem Cells.

  Yoji Kojima; Kotaro Sasaki; Shihori Yokobayashi; Yoshitake Sakai; Tomonori Nakamura; Yukihiro Yabuta; Fumio Nakaki; So Nagaoka; Knut Woltjen; Akitsu Hotta; Takuya Yamamoto; Mitinori Saitou

  Cell stem cell, 2017年10月05日, 査読有り

  
• Antisense Oligonucleotides Reduce RNA Foci in Spinocerebellar Ataxia 36 Patient iPSCs.

  Kosuke Matsuzono; Keiko Imamura; Nagahisa Murakami; Kayoko Tsukita; Takuya Yamamoto; Yuishin Izumi; Ryuji Kaji; Yasuyuki Ohta; Toru Yamashita; Koji Abe; Haruhisa Inoue

  Molecular therapy. Nucleic acids, 2017年09月15日, 査読有り

  
• Analysis of neural crest cells from Charcot-Marie-Tooth disease patients demonstrates disease-relevant molecular signature

  Fukiko Kitani-Morii; Keiko Imamura; Takayuki Kondo; Ryo Ohara; Takako Enami; Ran Shibukawa; Takuya Yamamoto; Kazuya Sekiguchi; Junya Toguchida; Toshiki Mizuno; Masanori Nakagawa; Haruhisa Inoue

  NEUROREPORT, 2017年09月, 査読有り

  
• Antagonistic Interactions between Extracellular Signal-Regulated Kinase Mitogen-Activated Protein Kinase and Retinoic Acid Receptor Signaling in Colorectal Cancer Cells

  Masamichi Imajo; Kunio Kondoh; Takuya Yamamoto; Kei Nakayama; May Nakajima-Koyama; Eisuke Nishida

  MOLECULAR AND CELLULAR BIOLOGY, 2017年08月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Derivation of ground-state female ES cells maintaining gamete-derived DNA methylation

  Masaki Yagi; Satoshi Kishigami; Akito Tanaka; Katsunori Semi; Eiji Mizutani; Sayaka Wakayama; Teruhiko Wakayama; Takuya Yamamoto; Yasuhiro Yamada

  NATURE, 2017年08月, 査読有り

  
• iPSC-based drug repositioning identifies Src/c-Abl as a therapeutic target for ALS motor neurons.

  Imamura K; Izumi Y; Watanabe A; Tsukita K; Woltjen K; Yamamoto T; Hotta A; Kondo T; Kitaoka S; Ohta A; Tanaka A; Watanabe D; Morita M; Kaji R; Takuma H; Tamaoka A; Kunath T; Wray S; Furuya H; Era T; Fujisawa T; Nishotoh H; Kengo H; Ichijo H; Julien J-P; Obata N; Hosokawa M; Akiyama H; Ayaki T; Ito H; Takahashi R; Yamanaka S; Inoue H

  Science Translational Medicine, 2017年05月, 査読有り

  
• Hybrid Cellular Metabolism Coordinated by Zic3 and Esrrb Synergistically Enhances Induction of Naive Pluripotency

  Masamitsu Sone; Nobuhiro Morone; Tomonori Nakamura; Akito Tanaka; Keisuke Okita; Knut Woltjen; Masato Nakagawa; John E. Heuser; Yasuhiro Yamada; Shinya Yamanaka; Takuya Yamamoto

  Cell Metabolism, 2017年05月, 査読有り

  
• The Src/c-Abl pathway is a potential therapeutic target in amyotrophic lateral sclerosis

  Keiko Imamura; Yuishin Izumi; Akira Watanabe; Kayoko Tsukita; Knut Woltjen; Takuya Yamamoto; Akitsu Hotta; Takayuki Kondo; Shiho Kitaoka; Akira Ohta; Akito Tanaka; Dai Watanabe; Mitsuya Morita; Hiroshi Takuma; Akira Tamaoka; Tilo Kunath; Selina Wray; Hirokazu Furuya; Takumi Era; Kouki Makioka; Koichi Okamoto; Takao Fujisawa; Hideki Nishitoh; Kengo Homma; Hidenori Ichijo; Jean-Pierre Julien; Nanako Obata; Masato Hosokawa; Haruhiko Akiyama; Satoshi Kaneko; Takashi Ayaki; Hidefumi Ito; Ryuji Kaji; Ryosuke Takahashi; Shinya Yamanaka; Haruhisa Inoue

  SCIENCE TRANSLATIONAL MEDICINE, 2017年05月, 査読有り

  
• In vitro expansion of mouse primordial germ cell-like cells recapitulates an epigenetic blank slate.

  Ohta H; Kurimoto K; Okamoto I; Nakamura T; Yabuta Y; Miyauchi H; Yamamoto T; Okuno Y; Hagiwara M; Shirane K; Sasaki H; Saitou M

  The EMBO journal, 2017年05月, 査読有り

  
• Clonal Variation of Human Induced Pluripotent Stem Cells for Induction into the Germ Cell Fate.

  Yokobayashi S; Okita K; Nakagawa M; Nakamura T; Yabuta Y; Yamamoto T; Saitou M

  Biology of reproduction, 2017年04月, 査読有り

  
• Discrimination of Stem Cell Status after Subjecting Cynomolgus Monkey Pluripotent Stem Cells to Naïve Conversion.

  Honda A; Kawano Y; Izu H; Choijookhuu N; Honsho K; Nakamura T; Yabuta Y; Yamamoto T; Takashima Y; Hirose M; Sankai T; Hishikawa Y; Ogura A; Saitou M

  Scientific reports, 2017年03月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Activin A in combination with ERK1/2 MAPK pathway inhibition sustains propagation of mouse embryonic stem cells

  Yuhei Ashida; May Nakajima-Koyama; Akira Hirota; Takuya Yamamoto; Eisuke Nishida

  GENES TO CELLS, 2017年02月, 査読有り

  
• Proteasome impairment in neural cells derived from HMSN-P patient iPSCs

  Nagahisa Murakami; Keiko Imamura; Yuishin Izumi; Naohiro Egawa; Kayoko Tsukita; Takako Enami; Takuya Yamamoto; Toshitaka Kawarai; Ryuji Kaji; Haruhisa Inoue

  MOLECULAR BRAIN, 2017年02月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Nat1 promotes translation of specific proteins that induce differentiation of mouse embryonic stem cells

  Hayami Sugiyama; Kazutoshi Takahashi; Takuya Yamamoto; Mio Iwasaki; Megumi Narita; Masahiro Nakamura; Tim A. Rand; Masato Nakagawa; Akira Watanabe; Shinya Yamanaka

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2017年01月, 査読有り

  
• Cellular context-dependent consequences of Apc mutations on gene regulation and cellular behavior

  Kyoichi Hashimoto; Yosuke Yamada; Katsunori Semi; Masaki Yagi; Akito Tanaka; Fumiaki Itakura; Hitomi Aoki; Takahiro Kunisada; Knut Woltjen; Hironori Haga; Yoshiharu Sakai; Takuya Yamamoto; Yasuhiro Yamada

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2017年01月, 査読有り

  
• In Vitro Derivation and Propagation of Spermatogonial Stem Cell Activity from Mouse Pluripotent Stem Cells.

  Ishikura Y; Yabuta Y; Ohta H; Hayashi K; Nakamura T; Okamoto I; Yamamoto T; Kurimoto K; Shirane K; Sasaki H; Saitou M

  Cell reports, 2016年12月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Shifting transcriptional machinery is required for long-term memory maintenance and modification in Drosophila mushroom bodies

  Yukinori Hirano; Kunio Ihara; Tomoko Masuda; Takuya Yamamoto; Ikuko Iwata; Aya Takahashi; Hiroko Awata; Naosuke Nakamura; Mai Takakura; Yusuke Suzuki; Junjiro Horiuchi; Hiroyuki Okuno; Minoru Saitoe

  NATURE COMMUNICATIONS, 2016年11月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• The Germ Cell Fate of Cynomolgus Monkeys Is Specified in the Nascent Amnion.

  Sasaki K; Nakamura T; Okamoto I; Yabuta Y; Iwatani C; Tsuchiya H; Seita Y; Nakamura S; Shiraki N; Takakuwa T; Yamamoto T; Saitou M

  Developmental cell, 2016年10月, 査読有り

  
• A developmental coordinate of pluripotency among mice, monkeys and humans.

  Nakamura T; Okamoto I; Sasaki K; Yabuta Y; Iwatani C; Tsuchiya H; Seita Y; Nakamura S; Yamamoto T; Saitou M

  Nature, 2016年08月, 査読有り

  
• Identification of MMP1 as a novel risk factor for intracranial aneurysms in ADPKD using iPSC models

  Tomonaga Ameku; Daisuke Taura; Masakatsu Sone; Tomohiro Numata; Masahiro Nakamura; Fumihiko Shiota; Taro Toyoda; Satoshi Matsui; Toshikazu Araoka; Tetsuhiko Yasuno; Shin-Ichi Mae; Hatasu Kobayashi; Naoya Kondo; Fumiyo Kitaoka; Naoki Amano; Sayaka Arai; Tomoko Ichisaka; Norio Matsuura; Sumiko Inoue; Takuya Yamamoto; Kazutoshi Takahashi; Isao Asaka; Yasuhiro Yamada; Yoshifumi Ubara; Eri Muso; Atsushi Fukatsu; Akira Watanabe; Yasunori Sato; Tatsutoshi Nakahata; Yasuo Mori; Akio Koizumi; Kazuwa Nakao; Shinya Yamanaka; Kenji Osafune

  SCIENTIFIC REPORTS, 2016年07月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• An EWS-FLI1-Induced Osteosarcoma Model Unveiled a Crucial Role of Impaired Osteogenic Differentiation on Osteosarcoma Development

  Shingo Komura; Katsunori Semi; Fumiaki Itakura; Hirofumi Shibata; Takatoshi Ohno; Akitsu Hotta; Knut Woltjen; Takuya Yamamoto; Haruhiko Akiyama; Yasuhiro Yamada

  STEM CELL REPORTS, 2016年04月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Persistent Requirement and Alteration of the Key Targets of PRDM1 During Primordial Germ Cell Development in Mice.

  Chika Yamashiro; Takayuki Hirota; Kazuki Kurimoto; Tomonori Nakamura; Yukihiro Yabuta; So I Nagaoka; Hiroshi Ohta; Takuya Yamamoto; Mitinori Saitou

  Biology of reproduction, 2016年01月, 査読有り

  
• Induction of Pluripotency in Astrocytes through a Neural Stem Cell-like State

  May Nakajima-Koyama; Joonseong Lee; Sho Ohta; Takuya Yamamoto; Eisuke Nishida

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2015年12月, 査読有り

  
• Secreted Ephrin Receptor A7 Promotes Somatic Cell Reprogramming by Inducing ERK Activity Reduction

  Joonseong Lee; May Nakajima-Koyama; Masamitsu Sone; Makito Koga; Miki Ebisuya; Takuya Yamamoto; Eisuke Nishida

  STEM CELL REPORTS, 2015年10月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Robust In Vitro Induction of Human Germ Cell Fate from Pluripotent Stem Cells.

  Sasaki K; Yokobayashi S; Nakamura T; Okamoto I; Yabuta Y; Kurimoto K; Ohta H; Moritoki Y; Iwatani C; Tsuchiya H; Nakamura S; Sekiguchi K; Sakuma T; Yamamoto T; Mori T; Woltjen K; Nakagawa M; Yamamoto T; Takahashi K; Yamanaka S

  Cell stem cell, 2015年08月, 査読有り

  
• New Protocol to Optimize iPS Cells for Genome Analysis of Fibrodysplasia Ossificans Progressiva

  Yoshihisa Matsumoto; Makoto Ikeya; Kyosuke Hino; Kazuhiko Horigome; Makoto Fukuta; Makoto Watanabe; Sanae Nagata; Takuya Yamamoto; Takanobu Otsuka; Junya Toguchida

  STEM CELLS, 2015年06月, 査読有り

  
• SC3-seq: a method for highly parallel and quantitative measurement of single-cell gene expression.

  Nakamura T; Yabuta Y; Okamoto I; Aramaki S; Yokobayashi S; Kurimoto K; Sekiguchi K; Nakagawa M; Yamamoto T; Saitou M

  Nucleic acids research, 2015年05月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Quantitative Dynamics of Chromatin Remodeling during Germ Cell Specification from Mouse Embryonic Stem Cells

  Kazuki Kurimoto; Yukihiro Yabuta; Katsuhiko Hayashi; Hiroshi Ohta; Hiroshi Kiyonari; Tadahiro Mitani; Yoshinobu Moritoki; Kenjiro Kohri; Hiroshi Kimura; Takuya Yamamoto; Yuki Katou; Katsuhiko Shirahige; Mitinori Saitou

  CELL STEM CELL, 2015年05月, 査読有り

  
• KLF4 N-Terminal Variance Modulates Induced Reprogramming to Pluripotency

  Shin-Il Kim; Fabian Oceguera-Yanez; Ryoko Hirohata; Sara Linker; Keisuke Okita; Yasuhiro Yamada; Takuya Yamamoto; Shinya Yamanaka; Knut Woltjen

  STEM CELL REPORTS, 2015年04月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• 体細胞初期化過程における選択的スプライシングの変化とその分子機構

  太田 翔; 山本 拓也

  生化学, 2014年12月, 査読有り, 招待有り

  
• Derivation of Mesenchymal Stromal Cells from Pluripotent Stem Cells through a Neural Crest Lineage using Small Molecule Compounds with Defined Media

  Makoto Fukuta; Yoshinori Nakai; Kosuke Kirino; Masato Nakagawa; Kazuya Sekiguchi; Sanae Nagata; Yoshihisa Matsumoto; Takuya Yamamoto; Katsutsugu Umeda; Toshio Heike; Naoki Okumura; Noriko Koizumi; Takahiko Sato; Tatsutoshi Nakahata; Megumu Saito; Takanobu Otsuka; Shigeru Kinoshita; Morio Ueno; Makoto Ikeya; Junya Toguchida

  PLOS ONE, 2014年12月, 査読有り

  
• miR-195/497 induce postnatal quiescence of skeletal muscle stem cells

  Takahiko Sato; Takuya Yamamoto; Atsuko Sehara-Fujisawa

  NATURE COMMUNICATIONS, 2014年08月, 査読有り

  
• Premature Termination of Reprogramming In Vivo Leads to Cancer Development through Altered Epigenetic Regulation

  Kotaro Ohnishi; Katsunori Semi; Takuya Yamamoto; Masahito Shimizu; Akito Tanaka; Kanae Mitsunaga; Keisuke Okita; Kenji Osafune; Yuko Arioka; Toshiyuki Maeda; Hidenobu Soejima; Hisataka Moriwaki; Shinya Yamanaka; Knut Woltjen; Yasuhiro Yamada

  CELL, 2014年02月, 査読有り

  
• Global Splicing Pattern Reversion during Somatic Cell Reprogramming

  Sho Ohta; Eisuke Nishida; Shinya Yamanaka; Takuya Yamamoto

  CELL REPORTS, 2013年10月, 査読有り

  
• Response to comment on "Drug screening for ALS using patient-specific induced pluripotent stem cells".

  Naohiro Egawa; Shiho Kitaoka; Kayoko Tsukita; Motoko Naitoh; Kazutoshi Takahashi; Takuya Yamamoto; Fumihiko Adachi; Takayuki Kondo; Keisuke Okita; Isao Asaka; Takashi Aoi; Akira Watanabe; Yasuhiro Yamada; Asuka Morizane; Jun Takahashi; Takashi Ayaki; Hidefumi Ito; Katsuhiro Yoshikawa; Satoko Yamawaki; Shigehiko Suzuki; Dai Watanabe; Hiroyuki Hioki; Takeshi Kaneko; Kouki Makioka; Koichi Okamoto; Hiroshi Takuma; Akira Tamaoka; Kazuko Hasegawa; Takashi Nonaka; Masato Hasegawa; Akihiro Kawata; Minoru Yoshida; Tatsutoshi Nakahata; Ryosuke Takahashi; Maria C N Marchetto; Fred H Gage; Shinya Yamanaka; Haruhisa Inoue

  Science translational medicine, 2013年06月05日, 査読有り

  
• Fetal Skeletal Muscle Progenitors Have Regenerative Capacity after Intramuscular Engraftment in Dystrophin Deficient Mice

  Hiroshi Sakai; Takahiko Sato; Hidetoshi Sakurai; Takuya Yamamoto; Kazunori Hanaoka; Didier Montarras; Atsuko Sehara-Fujisawa

  PLOS ONE, 2013年05月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Efficient and Reproducible Myogenic Differentiation from Human iPS Cells: Prospects for Modeling Miyoshi Myopathy In Vitro

  Akihito Tanaka; Knut Woltjen; Katsuya Miyake; Akitsu Hotta; Makoto Ikeya; Takuya Yamamoto; Tokiko Nishino; Emi Shoji; Atsuko Sehara-Fujisawa; Yasuko Manabe; Nobuharu Fujii; Kazunori Hanaoka; Takumi Era; Satoshi Yamashita; Ken-ichi Isobe; En Kimura; Hidetoshi Sakurai

  PLOS ONE, 2013年04月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Transcription factors interfering with dedifferentiation induce cell type-specific transcriptional profiles

  Takafusa Hikichi; Ryo Matoba; Takashi Ikeda; Akira Watanabe; Takuya Yamamoto; Satoko Yoshitake; Miwa Tamura-Nakano; Takayuki Kimura; Masayoshi Kamon; Mari Shimura; Koichi Kawakami; Akihiko Okuda; Hitoshi Okochi; Takafumi Inoue; Atsushi Suzuki; Shinji Masui

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2013年04月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Genetically Matched Human iPS Cells Reveal that Propensity for Cartilage and Bone Differentiation Differs with Clones, not Cell Type of Origin

  Akira Nasu; Makoto Ikeya; Takuya Yamamoto; Akira Watanabe; Yonghui Jin; Yoshihisa Matsumoto; Kazuo Hayakawa; Naoki Amano; Shingo Sato; Kenji Osafune; Tomoki Aoyama; Takashi Nakamura; Tomohisa Kato; Junya Toguchida

  PLOS ONE, 2013年01月, 査読有り

  
• A Fasting-Responsive Signaling Pathway that Extends Life Span in C. elegans

  Masaharu Uno; Sakiko Honjoh; Mitsuhiro Matsuda; Haruka Hoshikawa; Saya Kishimoto; Tomohito Yamamoto; Miki Ebisuya; Takuya Yamamoto; Kunihiro Matsumoto; Eisuke Nishida

  CELL REPORTS, 2013年01月, 査読有り

  
• Dose-dependent roles for canonical Wnt signalling in de novo crypt formation and cell cycle properties of the colonic epithelium

  A. Hirata; J. Utikal; S. Yamashita; H. Aoki; A. Watanabe; T. Yamamoto; H. Okano; N. Bardeesy; T. Kunisada; T. Ushijima; A. Hara; R. Jaenisch; K. Hochedlinger; Y. Yamada

  Development (Cambridge), 2013年, 査読有り

  
• A Small Molecule that Promotes Cardiac Differentiation of Human Pluripotent Stem Cells under Defined, Cytokine- and Xeno-free Conditions

  Itsunari Minami; Kohei Yamada; Tomomi G. Otsuji; Takuya Yamamoto; Yan Shen; Shinya Otsuka; Shin Kadota; Nobuhiro Morone; Maneesha Barve; Yasuyuki Asai; Tatyana Tenkova-Heuser; John E. Heuser; Motonari Uesugi; Kazuhiro Aiba; Norio Nakatsuji

  CELL REPORTS, 2012年11月, 査読有り

  
• Induced pluripotent stem cells from CINCA syndrome patients as a model for dissecting somatic mosaicism and drug discovery

  Takayuki Tanaka; Kazutoshi Takahashi; Mayu Yamane; Shota Tomida; Saori Nakamura; Koichi Oshima; Akira Niwa; Ryuta Nishikomori; Naotomo Kambe; Hideki Hara; Masao Mitsuyama; Nobuhiro Morone; John E. Heuser; Takuya Yamamoto; Akira Watanabe; Aiko Sato-Otsubo; Seishi Ogawa; Isao Asaka; Toshio Heike; Shinya Yamanaka; Tatsutoshi Nakahata; Megumu K. Saito

  BLOOD, 2012年08月, 査読有り

  
• Drug Screening for ALS Using Patient-Specific Induced Pluripotent Stem Cells

  Naohiro Egawa; Shiho Kitaoka; Kayoko Tsukita; Motoko Naitoh; Kazutoshi Takahashi; Takuya Yamamoto; Fumihiko Adachi; Takayuki Kondo; Keisuke Okita; Isao Asaka; Takashi Aoi; Akira Watanabe; Yasuhiro Yamada; Asuka Morizane; Jun Takahashi; Takashi Ayaki; Hidefumi Ito; Katsuhiro Yoshikawa; Satoko Yamawaki; Shigehiko Suzuki; Dai Watanabe; Hiroyuki Hioki; Takeshi Kaneko; Kouki Makioka; Koichi Okamoto; Hiroshi Takuma; Akira Tamaoka; Kazuko Hasegawa; Takashi Nonaka; Masato Hasegawa; Akihiro Kawata; Minoru Yoshida; Tatsutoshi Nakahata; Ryosuke Takahashi; Maria C. N. Marchetto; Fred H. Gage; Shinya Yamanaka; Haruhisa Inoue

  SCIENCE TRANSLATIONAL MEDICINE, 2012年08月, 査読有り

  
• ABL1 regulates spindle orientation in adherent cells and mammalian skin

  Shigeru Matsumura; Mayumi Hamasaki; Takuya Yamamoto; Miki Ebisuya; Mizuho Sato; Eisuke Nishida; Fumiko Toyoshima

  NATURE COMMUNICATIONS, 2012年01月, 査読有り

  
• ERK5 Regulates Muscle Cell Fusion through Klf Transcription Factors

  Kazunori Sunadome; Takuya Yamamoto; Miki Ebisuya; Kunio Kondoh; Atsuko Sehara-Fujisawa; Eisuke Nishida

  DEVELOPMENTAL CELL, 2011年02月, 査読有り

  
• The Kinase SGK1 in the Endoderm and Mesoderm Promotes Ectodermal Survival by Down-Regulating Components of the Death-Inducing Signaling Complex

  Tatsuya Endo; Morioh Kusakabe; Kazunori Sunadome; Takuya Yamamoto; Eisuke Nishida

  SCIENCE SIGNALING, 2011年01月, 査読有り

  
• Revolving movement of a dynamic cluster of actin filaments during mitosis

  Masaru Mitsushima; Kazuhiro Aoki; Miki Ebisuya; Shigeru Matsumura; Takuya Yamamoto; Michiyuki Matsuda; Fumiko Toyoshima; Eisuke Nishida

  JOURNAL OF CELL BIOLOGY, 2010年11月, 査読有り

  
• Noninvasive method for assessing the human circadian clock using hair follicle cells

  Makoto Akashi; Haruhiko Soma; Takuro Yamamoto; Asuka Tsugitomi; Shiko Yamashita; Takuya Yamamoto; Eisuke Nishida; Akio Yasuda; James K. Liao; Koichi Node

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2010年08月, 査読有り

  
• Signalling through RHEB-1 mediates intermittent fasting-induced longevity in C-elegans

  Sakiko Honjoh; Takuya Yamamoto; Masaharu Uno; Eisuke Nishida

  NATURE, 2009年02月, 査読有り

  
• Ripples from neighbouring transcription

  Miki Ebisuya; Takuya Yamamoto; May Nakajima; Eisuke Nishida

  NATURE CELL BIOLOGY, 2008年09月, 査読有り

  
• Requirement for ERK MAP kinase in mouse preimplantation development

  Momoko Maekawa; Takuya Yamamoto; Michiaki Kohno; Masatoshi Takeichi; Eisuke Nishida

  DEVELOPMENT, 2007年08月, 査読有り

  
• ERK MAP kinase in G cell cycle progression and cancer.

  Satoru Torii; Takuya Yamamoto; Yoshiki Tsuchiya; Eisuke Nishida

  Cancer science, 2006年08月, 査読有り

  
• Continuous ERK activation downregulates anti proliferative genes throughout G1 phase to allow cell-cycle progression

  T Yamamoto; M Ebisuya; F Ashida; K Okamoto; S Yonehara; E Nishida

  CURRENT BIOLOGY, 2006年06月, 査読有り

  
• Requirement of the MAP kinase signaling pathways for mouse preimplantation development

  M Maekawa; T Yamamoto; T Tanoue; Y Yuasa; O Chisaka; E Nishida

  DEVELOPMENT, 2005年04月, 査読有り

  
• Regulatory mechanisms and function of ERK MAP kinases

  S Torii; K Nakayama; T Yamamoto; E Nishida

  JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, 2004年11月, 査読有り

  
• Sef is a spatial regulator for Ras/MAP kinase signaling

  S Torii; M Kusakabe; T Yamamoto; M Maekawa; E Nishida

  DEVELOPMENTAL CELL, 2004年07月, 査読有り

  
• Regulation of subcellular localization of the antiproliferative protein Tob by its nuclear export signal and bipartite nuclear localization signal sequences

  M Maekawa; T Yamamoto; E Nishida

  EXPERIMENTAL CELL RESEARCH, 2004年04月, 査読有り

  
• Modular structure of a docking surface on MAPK phosphatases

  T Tanoue; T Yamamoto; E Nishida

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2002年06月, 査読有り

  
• A novel MAPK phosphatase MKP-7 acts preferentially on JNK/SAPK and p38 alpha and beta MAPKs

  T Tanoue; T Yamamoto; R Maeda; E Nishida

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2001年07月, 査読有り

  

MISC

• 炎症性微小環境、三次リンパ組織の腎組織障害メカニズムの解明

  好川 貴久; 小口 綾貴子; 鳥生 直哉; 佐藤 有紀; 山本 拓也; 村川 泰裕; 柳田 素子

  日本臨床分子医学会学術総会プログラム・抄録集, 2024年04月

  
• ハダカデバネズミ由来神経幹細胞の樹立とDNA修復能の解析

  山村祐紀; 河村佳見; 大岩祐基; 岡香織; 大西伸幸; 山本拓也; 三浦恭子

  日本遺伝学会大会プログラム・予稿集, 2020年

  
• EWS/ATF1融合遺伝子は細胞種特異的なエンハンサーに結合して明細胞肉腫を発生させる

  河村真吾; 伊藤謙治; 大野貴敏; 清水克時; WOLTJEN Knut; 小沢学; 戸口田淳也; 山本拓也; 秋山治彦; 山田泰広

  日本整形外科学会雑誌, 2022年

  
• EWS/ATF1融合遺伝子は細胞種特異的なエンハンサーに結合して明細胞肉腫を発生させる

  河村真吾; 伊藤謙治; 大野貴敏; 清水克時; WOLTJEN Knut; 小沢学; 戸口田淳也; 山本拓也; 秋山治彦; 山田泰広

  日本整形外科学会雑誌, 2020年

  
• マウスEWS/FLI1誘導性骨肉腫モデルが明らかとした肉腫発生に関わる重要事項-EWS/FLI1とcancer genomeがもたらす細胞分化異常-

  河村真吾; 河村真吾; 蝉克憲; 板倉史晃; 柴田博史; 堀田秋津; WOLTJEN Knut; 山本拓也; 大野貴敏; 秋山治彦; 山田泰広

  日本整形外科学会雑誌, 2016年

  
• マウスEWS/FLI1誘導性骨肉腫モデルが明らかとした肉腫発生に関わる重要事項-EWS/FLI1とcancer genomeがもたらす細胞分化異常-

  河村真吾; 河村真吾; 蝉克憲; 板倉史晃; 柴田博史; 堀田秋津; WOLTJEN Knut; 山本拓也; 大野貴敏; 秋山治彦; 山田泰広

  日本整形外科学会雑誌, 2016年

  
• EWS-FLI1誘導性骨肉腫モデルによって骨分化障害が肉腫発生に重要な役割をもつことが明らかとなった

  河村真吾; 蝉克憲; 板倉史晃; 柴田博史; 堀田秋津; KNUT Woltjen; 山本拓也; 大野貴敏; 秋山治彦; 山田泰広

  日本整形外科学会雑誌, 2016年

  
• ハダカデバネズミの炎症応答の減弱は発がん耐性に寄与している

  藤岡周助; 藤岡周助; 岡香織; 河村佳見; 河村佳見; 菰原義弘; 中條岳志; 山村祐紀; 大岩祐基; 須藤洋一; 小巻翔平; 大豆生田夏子; 櫻井智子; 清水厚志; 坊農秀雅; 富澤一仁; 山本拓也; 山田泰広; 押海裕之; 三浦恭子; 三浦恭子

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2021年03月

  
• Generation of human oogonia from induced pluripotent stem cells in vitro

  Chika Yamashiro; Kotaro Sasaki; Yukihiro Yabuta; Yoji Kojima; Tomonori Nakamura; Ikuhiro Okamoto; Shihori Yokobayashi; Yusuke Murase; Yukiko Ishikura; Kenjiro Shirane; Hiroyuki Sasaki; Takuya Yamamoto; Mitinori Saitou

  Obstetrical and Gynecological Survey, 2019年03月01日

  
• Disease Modeling of Pituitary Adenoma Using Human Pluripotent Stem Cells

  Ryusaku Matsumoto; Hidetaka Suga; Hiroshi Arima; Takuya Yamamoto

  Cancers, 2022年08月

  
• Complex organ construction from human pluripotent stem cells for biological research and disease modeling with new emerging techniques

  Ryusaku Matsumoto; Takuya Yamamoto; Yutaka Takahashi

  International Journal of Molecular Sciences, 2021年10月

  
• iPSC model for demyelinating Charcot-Marie-Tooth disease

  Kitani-Morii F; Imamura K; Kondo T; Ohara R; Yamamoto T; Sekiguchi K; Toguchida J; Mizuno T; Nakagawa M; Inoue H

  58th Annual Meeting of the Japanese Society of Neurology, Kyoto., 2017年09月16日

  
• Hybrid cellular metabolism coordinated by Zic3 and Esrrb synergistically enhances somatic cell reprogramming.

  Masamitsu Sone; Shinya Yamanaka; Takuya Yamamoto

  ISSCR 2017, Boston, USA, June 14-17, 2017, 2017年06月, 査読有り

  
• Synthetic miRNA Switch Technology Elucidates Heterogeneity in Regulation of Immortalized Megakaryocyte Cell Lines, Associated with Improvement of Platelet Generation Efficiency for Clinical Use

  Kazuya Hashimoto; Satoshi Matsuura; Yoshihiko Fujita; Karin Hayashi; Naoshi Sugimoto; Takuya Yamamoto; Hirohide Saito; Koji Eto

  BLOOD, 2016年12月

  
• ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR AND ZIC FAMILY TRANSCRPTION FACTORS SYNERGISTICALLY ENHANCE SOMATIC CELL REPROGRAMMING

  Sone M; Yamanaka S; Yamamoto T

  第13 回ISSCR（2015.6.24-27 ストックホルム）, 2015年06月, 査読有り

  
• CHROMATIN INTERACTIONS AT DEVELOPMENTAL GENE LOCI ARE REESTABLISHED BY SOMATIC CELL REPROGRAMMING

  Hiroki Ikeda; Masamitsu Sone; Shinya Yamanaka; Takuya Yamamoto

  第13 回ISSCR（2015.6.24-27 ストックホルム）, 2015年06月, 査読有り

  
• Genomic correction of mutant TDP-43 iPSCs

  Tsuge I; Tsukita K; Naito M; Suzuki S; Sakuma T; Yamamoto T; Hotta A; Yamanaka S; Inoue H

  56th Annual Meeting of the Japanese Society of Neurology, Niigata., 2015年05月21日

  
• ANALYSIS OF LONG-RANGE CHROMATIN INTERACTION NETWORKS IN PLURIPOTENT STEM CELLS

  Hiroki Ikeda; Masamitsu Sone; Shinya Yamanaka; Takuya Yamamoto

  第12 回ISSCR（2014.6.18-21 バンクーバー）, 2014年06月, 査読有り

  
• RNA splicing regulation during somatic cell reprogramming

  Ohta S; Nishida E; Yamanaka S; Yamamoto T

  第11 回ISSCR（2013.6.12-15 ボストン）, 2013年07月, 査読有り

  
• Exploration of chromatin interactions in pluripotent stem cells

  Hiroki Ikeda; Masamitsu Sone; Shinya Yamanaka; Takuya Yamamoto

  第11 回ISSCR（2013.6.12-15 ボストン）, 2013年06月, 査読有り

  
• Inferring the transcription networks required for induction of pluripotecy

  Sone M; Yamanaka S; Yamamoto T

  第10 回ISSCR（2012.6.13-16．横浜）, 2013年06月, 査読有り

  
• Transcription factors interfering with dedifferentiation induce cell type-specific transcriptional profiles

  Hikichi Takafusa; Matoba Ryo; Ikeda Takashi; Watanabe Akira; Yamamoto Takuya; Yoshitake Satoko; Tamura-Nakano Miwa; Kimura Takayuki; Kamon Masayoshi; Shimura Mari; Kawakami Koichi; Okuda Akihiko; Okochi Hitoshi; Inoue Takafumi; Suzuki Atsushi; Masui Shinji

  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2013年04月02日

  このMISCにアクセスする：

  
• Dynamic alteration in rna splicing during somatic cell reprogramming

  Ohta S; Nishida E; Yamanaka S; Yamamoto T

  第10 回ISSCR（2012.6.13-16．横浜）, 2012年06月, 査読有り

  
• Global analysis of higher-order chromatin structure in pluripotent stem cells

  Ikeda H; Sone M; Yamanaka S; Yamamoto T

  第10 回ISSCR（2012.6.13-16．横浜）, 2012年06月

  
• Genetically matched human iPS cells revealed that the propensity for iPS cells to differentiate into cartilage lineage cells differs with clones, but not cell type of origin

  Nasu A; Kato T; Yamamoto T; Ikeya M; Toguchida J

  第10 回ISSCR（2012.6.15．横浜）, 2012年06月, 査読有り

  
• 同一ドナーの異なる組織より樹立したiPS 細胞の比較検討

  那須輝; 加藤友久; 山本拓也; 中村孝志; 池谷真; 戸口田淳也

  第11 回日本再生医療学会（2012.6.13．横浜）, 2012年, 査読有り

  
• 体細胞初期化過程における選択的スプライシング制御の変化

  太田翔; 西田栄介; 山中伸弥; 山本拓也

  第34回日本分子生物学会年会、パシフィコ横浜、2011.12.13-16, 2011年12月, 査読有り

  
• 体細胞初期化過程における選択的スプライシング制御機構の解明

  太田翔; 西田栄介; 山中伸弥; 山本拓也

  第84回日本生化学会大会、京都 2011.9.21-24., 2011年09月, 査読有り

  
• ABL1による 細胞分裂軸方向の制御機構

  松村繁; 濱崎真弓; 山本拓也; 戎家美紀; 佐藤みずほ; 西田栄介; 豊島文子

  第63 回 日本細胞生物学会大会、札幌、2011 年6 月 27-29 日( ポスター), 2011年06月, 査読有り

  
• Genome-wide survey of kinases identified ABL 1 as a novel regulator of spindle orientation \nin adherent cells and mammalian skin.

  S. Matsumura; M. Hamasaki; T. Yamamoto; M. Ebisuya; M. Sato; E. Nishida; F. Toyoshima

  EMBO Conference “Centrosomes and Spindle Pole Bodies", October 2-6, 2011, Barcelona, Spain (oral), 2011年, 査読有り

  
• Comaprison of human iPSCs generated from different \ntissues of identical donors．

  Nasu A; Kato T; Yamamoto T; Nakamura T; Toguchida J

  第33 回日本分子生物学会年会（2010.12.10 神戸）, 2010年12月10日, 査読有り

  
• The Dissection of Reprogramming Process in Murine Induced Pluripotent Stem Cells via Expression Patterns of Single-cells

  IWABUCHI Kumiko A; ICHISAKA Tomoko; YAMAMOTO Takuya; OKITA Keisuke; YAMANAKA Shinya

  生化学, 2010年

  
• 【細胞核の初期化メカニズム 多能性・全能性獲得のナゾに迫る】iPS細胞の樹立からみた「遺伝子導入と核のリプログラミング」

  山本 拓也; 山中 伸弥

  Medical Bio, 2009年09月

  
• 【幹細胞研究の最近の進歩 多能性幹細胞】幹細胞の多分化性/シグナル 未分化維持のシグナル MAPキナーゼシグナル伝達経路と多能性幹細胞

  山本 拓也; 西田 栄介

  最新医学, 2009年03月

  
• c-Abl チロシンキナーゼ による細胞分裂軸の制御機構

  松村繁; 濱畸眞弓; 戎家美紀; 山本拓也; 西田栄介; 豊島文子

  第32 回日本分子生物学会年会、横浜、2009年12月9-12 日, 2009年, 査読有り

  
• c-Abl チロシンキナーゼ によるマウス胎杼の皮膚基底層における細胞分裂軸の制御機構

  松村繁; 濱畸眞弓; 戎家美紀; 山本拓也; 西田栄介; 豊島文子

  第82 回日本生化学会大会、神戸、2009 年10月21-24 日, 2009年, 査読有り

  
• 【蛋白質の修飾と機能制御】MAPキナーゼERKの時空間制御

  山本 拓也; 西田 栄介

  蛋白質・核酸・酵素, 2007年06月

  
• 【シグナル伝達研究2005-'06 生命現象や疾患を支配する分子メカニズムと新しい研究法 現在と未来】シグナル伝達の主要因子・経路 MAPキナーゼカスケードの多様な役割

  山本 拓也; 西田 栄介

  実験医学, 2005年06月

  
• MAPキナーゼカスケードの多様な役割

  山本拓也; 西田栄介

  実験医学増刊号, 2005年06月, 招待有り

  
• The role of ERK MAP kinase in the G0/G1 to S phase transition

  Miki Ebisuya; Takuya Yamamoto; Eisuke Nishida

  CELL STRUCTURE AND FUNCTION, 2004年05月

  
• 【臨床遺伝子学'03 がんのジェネティクス】増殖因子からがんへ

  山本 拓也; 西田 栄介

  最新医学, 2003年09月

  

講演・口頭発表等

• Dynamic alteration in RNA splicing during somatic cell reprogramming

  YAMAMOTO Takuya

  Global COE Program “Education and Research Center for Stem Cell Medicine” Final Symposium,, 2012年12月04日, 招待有り

  
• Reversion of somatic splicing during the reprogramming process

  YAMAMOTO Takuya

  CLS-iCeMS Joint Symposium, 2012年04月21日, 招待有り

  
• 次世代シークエンサーを用いたiPS細胞研究

  山本 拓也

  第35回近畿肉腫研究会, 2010年12月18日, 招待有り

  
• 次世代シーケンサーを用いたiPS細胞研究

  山本 拓也

  Japan Sequencing Forum 2010, 2010年09月30日, 招待有り

  
• 次世代シークエンサーSOLiDを用いたiPS細胞研究

  山本 拓也

  第43回日本発生生物学会ランチョンセミナー, 2010年06月23日, 招待有り

  
• 次世代シークエンサーを用いたiPS細胞研究

  山本 拓也

  第57回日本生化学会近畿支部例会, 2010年05月22日, 招待有り

  

外部資金：科学研究費補助金

• 多能性幹細胞におけるRNAレギュローム

  基盤研究(B)

  小区分48040:医化学関連

  京都大学

  山本 拓也

  自 2019年04月01日, 至 2022年03月31日, 完了

  RNA２次構造;多能性幹細胞;翻訳制御;RNA2次構造;転写後修飾;RNA制御

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19H03418/
• 多能性幹細胞におけるＲＮＡ２次構造およびタンパク質翻訳調整機構の解明

  特別研究員奨励費

  小区分48040:医化学関連

  京都大学

  山本 拓也

  自 2019年04月25日, 至 2021年03月31日, 完了

  多能性幹細胞;RNA2次構造;翻訳制御

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19F19112/
• 細胞分化可塑性を規定する染色体高次構造の解析

  新学術領域研究(研究領域提案型)

  生物系

  京都大学

  山本 拓也

  自 2015年04月01日, 至 2017年03月31日, 完了

  ゲノム;発生・分化;発生･分化

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PUBLICLY-15H01352/
• 体細胞初期化過程における内在性レトロトランスポゾンの役割

  挑戦的萌芽研究

  京都大学

  山本 拓也

  自 2014年04月01日, 至 2016年03月31日, 完了

  ゲノム;発生・分化;発生･分化

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26670137/
• iPS細胞における個性の評価法の開発

  若手研究(B)

  京都大学

  山本 拓也

  自 2010年04月01日, 至 2012年03月31日, 完了

  再生医学;再生医療;遺伝子発現;多能性幹細胞

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22790287/
• 細胞核初期化の分子基盤

  特別推進研究

  生物系

  京都大学

  山中 伸弥

  自 2007年04月01日, 至 2012年03月31日, 完了

  再生医学;幹細胞;分化多能性;核初期化;転写因子

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19002014/
• 最長寿・発がん耐性齧歯類ハダカデバネズミ特異的制御遺伝子群の機能の解明

  挑戦的研究(開拓)

  中区分42:獣医学、畜産学およびその関連分野

  熊本大学

  三浦 恭子

  自 2022年06月30日, 至 2025年03月31日, 交付

  ハダカデバネズミ

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K18355/
• ヒト胸腺発生の理解に向けたiPS細胞と胎児組織の統合トランスクリプトーム解析

  国際共同研究加速基金(海外連携研究)

  中区分48:生体の構造と機能およびその関連分野

  京都大学

  濱崎 洋子

  自 2023年09月08日, 至 2026年03月31日, 交付

  胸腺;iPS細胞;発生;単一細胞トランスクリプトーム解析

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23KK0136/
• 血管－上皮相互作用による酸素交換場形成の共通原理の解析

  基盤研究(B)

  小区分44040:形態および構造関連

  国立研究開発法人国立循環器病研究センター

  中嶋 洋行

  自 2024年04月01日, 至 2028年03月31日, 交付

  血管内皮細胞;生体イメージング;ガス交換組織;上皮細胞

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24K02057/
• ハダカデバネズミの「健康長寿」システムを構成する分子基盤の解明

  基盤研究(A)

  中区分42:獣医学、畜産学およびその関連分野

  熊本大学

  三浦 恭子

  自 2024年04月01日, 至 2027年03月31日, 交付

  ハダカデバネズミ

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24H00542/

教育

担当科目

• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  ゲノム生命科学特論

  M216, 前期集中, 国際高等教育院, 1
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  ゲノム生命科学特論

  1038, 通年集中, 生命科学研究科, 1
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  ゲノム生命科学特論

  1038, 通年集中, 生命科学研究科, 1
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  ゲノム生命科学特論

  M216, 前期集中, 国際高等教育院, 1
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  ゲノム生命科学特論

  M216, 前期集中, 国際高等教育院, 1
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  ゲノム生命科学特論

  1038, 通年集中, 生命科学研究科, 1
• 自 2012年04月, 至 2013年03月

  細胞と物質をつなぐ科学

  後期, 全学共通科目
• 自 2013年04月, 至 2014年03月

  細胞と物質をつなぐ科学

  後期, 全学共通科目
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  細胞と物質をつなぐ科学

  後期, 全学共通科目
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  細胞と物質をつなぐ科学

  後期, 全学共通科目
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  ゲノム生命科学特論

  通年集中, 生命科学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  ゲノム生命科学特論

  通年集中, 生命科学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  ゲノム生命科学特論

  通年集中, 生命科学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  ゲノム生命科学特論

  通年集中, 生命科学研究科

大学運営

部局運営(役職等)

• 自 2011年06月01日

  運営小委員会A（高速シークエンサー委員会）
• 自 2020年04月01日, 至 2026年03月31日

  共通機器管理運営委員会3号委員
• 自 2014年04月01日, 至 2026年03月31日

  情報管理委員会
• 自 2019年04月01日, 至 2021年03月31日

  倫理審査委員会1号委員
• 自 2020年04月01日, 至 2026年03月31日

  財務委員会2号委員
• 自 2020年01月23日, 至 2025年03月31日

  動物実験施設運営委員会2号委員