基本情報

学部兼担

• 農学部

所属学協会

• 日本応用糖質科学会(旧日本澱粉学会)
• 日本生化学会
• 日本農芸化学会
• The Japanese Society of Applied Glycoscience
• and Agrochemistry
• Biotechnology
• Japan Society for Bioscience
• The Japanese Biochemical Society

学位

• 農学修士(京都大学)
• 農学博士(京都大学)

出身大学院・研究科等

• 京都大学, 大学院農学研究科修士課程食品工学専攻, 修了

出身学校・専攻等

• 神戸大学, 農学部農芸化学科, 卒業

経歴

• 自 1993年, 至 2005年

  京都大学助教授
• 自 1993年, 至 2001年

  Kyoto University, Associate Professor
• 自 1980年, 至 1993年

  京都大学助手
• 自 1980年, 至 1993年

  Kyoto University, Research Assistant

使用言語

• 英語

ID,URL

• J-Global ID

  200901042900442281

• 外部リンク

  http://food.food.kyoto-u.ac.jp

関連Webサイト

• http://www.structure.kais.kyoto-u.ac.jp/

researchmap URL

• https://researchmap.jp/read0012948

研究

研究テーマ・研究概要

• 研究テーマ

  タンパク質・酵素のX線結晶構造解析

• 研究概要

  アミラーゼ、トランスグルタミナーゼなどの食品産業酵素および卵白タンパク質やダイズタンパク質の構造と機能の相関をX線結晶構造解析法によって決定し、これらのタンパク質の機能改善を試みている。

研究キーワード

• 多糖リアーゼ
• アミラーゼ
• 構造生物学

研究分野

• ライフサイエンス, 食品科学
• ライフサイエンス, 応用生物化学
• ライフサイエンス, 構造生物化学

論文

• Structural and thermodynamic characterization of endo-1,3-β-glucanase: Insights into the substrate recognition mechanism.

  Oda M; Inaba S; Kamiya N; Bekker GJ; Mikami B

  Biochimica et biophysica acta, 2018年03月, 査読有り

  
• Positive charges on the surface of thaumatin are crucial for the multi-point interaction with the sweet receptor

  Tetsuya Masuda; Satomi Kigo; Mayuko Mitsumoto; Keisuke Ohta; Mamoru Suzuki; Bunzo Mikami; Naofumi Kitabatake; Fumito Tani

  Frontiers in Molecular Biosciences, 2018年02月13日, 査読有り

  
• Alternative substrate-bound conformation of bacterial solute-binding protein involved in the import of mammalian host glycosaminoglycans

  Sayoko Oiki; Reiko Kamochi; Bunzo Mikami; Kousaku Murata; Wataru Hashimoto

  SCIENTIFIC REPORTS, 2017年12月, 査読有り

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• Binding mode of metal ions to the bacterial iron import protein EfeO

  Kanate Temtrirath; Kenji Okumura; Yukie Maruyama; Bunzo Mikami; Kousaku Murata; Wataru Hashimoto

  BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 2017年11月, 査読有り

  
• A solute-binding protein in the closed conformation induces ATP hydrolysis in a bacterial ATP-binding cassette transporter involved in the import of alginate

  Ai Kaneko; Kasumi Uenishi; Yukie Maruyama; Nobuhiro Mizuno; Seiki Baba; Takashi Kumasaka; Bunzo Mikami; Kousaku Murata; Wataru Hashimoto

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2017年09月, 査読有り

  
• A bacterial ABC transporter enables import of mammalian host glycosaminoglycans

  Sayoko Oiki; Bunzo Mikami; Yukie Maruyama; Kousaku Murata; Wataru Hashimoto

  SCIENTIFIC REPORTS, 2017年04月, 査読有り

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• Atomic resolution structure of serine protease proteinase K at ambient temperature

  Tetsuya Masuda; Mamoru Suzuki; Shigeyuki Inoue; Changyong Song; Takanori Nakane; Eriko Nango; Rie Tanaka; Kensuke Tono; Yasumasa Joti; Takashi Kameshima; Takaki Hatsui; Makina Yabashi; Bunzo Mikami; Osamu Nureki; Keiji Numata; So Iwata; Michihiro Sugahara

  SCIENTIFIC REPORTS, 2017年03月, 査読有り

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• Role of the Tyr270 residue in 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase from Mesorhizobium loti

  Jun Kobayashi; Hiromi Yoshida; Toshiharu Yagi; Shigehiro Kamitori; Hideyuki Hayashi; Kimihiko Mizutani; Nobuyuki Takahashi; Bunzo Mikami

  JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING, 2017年02月, 査読有り

  
• Structural and Biochemical Studies Reveal a Putative FtsZ Recognition Site on the Z-ring Stabilizer ZapD

  Hwajung Choi; Kyungjin Min; Bunzo Mikami; Hye-Jin Yoon; Hyung Ho Lee

  MOLECULES AND CELLS, 2016年11月, 査読有り

  
• "Silent" Amino Acid Residues at Key Subunit Interfaces Regulate the Geometry of Protein Nanocages

  Shengli Zhang; Jiachen Zang; Xiaorong Zhang; Hai Chen; Bunzo Mikami; Guanghua Zhao

  ACS NANO, 2016年11月, 査読有り

  
• Crystal structure of a putative oligopeptide-binding periplasmic protein from a hyperthermophile

  Hye-Jin Yoon; Hee Jung Kim; Bunzo Mikami; Yeon Gyu Yu; Hyung Ho Lee

  EXTREMOPHILES, 2016年09月, 査読有り

  
• Conformational Change in the Active Site of Streptococcal Unsaturated Glucuronyl Hydrolase Through Site-Directed Mutagenesis at Asp-115

  Yusuke Nakamichi; Sayoko Oiki; Bunzo Mikami; Kousaku Murata; Wataru Hashimoto

  PROTEIN JOURNAL, 2016年08月, 査読有り

  
• Structural determinants in bacterial 2-keto-3-deoxy-D-gluconate dehydrogenase KduD for dual-coenzyme specificity

  Ryuichi Takase; Yukie Maruyama; Sayoko Oiki; Bunzo Mikami; Kousaku Murata; Wataru Hashimoto

  PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS, 2016年07月, 査読有り

  
• A Hypersweet Protein: Removal of The Specific Negative Charge at Asp21 Enhances Thaumatin Sweetness

  Tetsuya Masuda; Keisuke Ohta; Naoko Ojiro; Kazuki Murata; Bunzo Mikami; Fumito Tani; Piero Andrea Temussi; Naofumi Kitabatake

  SCIENTIFIC REPORTS, 2016年02月, 査読有り

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• Crystal structure of the N-myristoylated lipopeptide-bound MHC class I complex

  Daisuke Morita; Yukie Yamamoto; Tatsuaki Mizutani; Takeshi Ishikawa; Juri Suzuki; Tatsuhiko Igarashi; Naoki Mori; Takashi Shiina; Hidetoshi Inoko; Hiroaki Fujita; Kazuhiro Iwai; Yoshimasa Tanaka; Bunzo Mikami; Masahiko Sugita

  NATURE COMMUNICATIONS, 2016年01月, 査読有り

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• Structure of Spo0M, a sporulation-control protein from Bacillus subtilis

  Yo Sonoda; Kimihiko Mizutani; Bunzo Mikami

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS, 2015年12月, 査読有り

  
• Structural and functional studies of a metallo-β-lactamase unveil a new type of structurally encoded nickel-containing heterodinuclear site.

  Choi H; Kim HJ; Matsuura A; Mikami B; Yoon HJ; Lee HH

  Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography, 2015年10月01日, 査読有り

  
• Preparation and characterization of the RNase H domain of Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase

  Kosaku Nishimura; Kanta Yokokawa; Tetsuro Hisayoshi; Kosuke Fukatsu; Ikumi Kuze; Atsushi Konishi; Bunzo Mikami; Kenji Kojima; Kiyoshi Yasukawa

  PROTEIN EXPRESSION AND PURIFICATION, 2015年09月, 査読有り

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• Structure of a Bacterial ABC Transporter Involved in the Import of an Acidic Polysaccharide Alginate

  Yukie Maruyama; Takafumi Itoh; Ai Kaneko; Yu Nishitani; Bunzo Mikami; Wataru Hashimoto; Kousaku Murata

  STRUCTURE, 2015年09月, 査読有り

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• Metabolic Fate of Unsaturated Glucuronic/Iduronic Acids from Glycosaminoglycans MOLECULAR IDENTIFICATION AND STRUCTURE DETERMINATION OF STREPTOCOCCAL ISOMERASE AND DEHYDROGENASE

  Yukie Maruyama; Sayoko Oiki; Ryuichi Takase; Bunzo Mikami; Kousaku Murata; Wataru Hashimoto

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2015年03月, 査読有り

  
• Preliminary X-ray analysis of the binding domain of the soybean vacuolar sorting receptor complexed with a sorting determinant of a seed storage protein

  Nobuyuki Maruyama; Tomohiro Goshi; Shigeru Sugiyama; Mayumi Niiyama; Hiroaki Adachi; Kazufumi Takano; Satoshi Murakami; Tsuyoshi Inoue; Yusuke Mori; Hiroyoshi Matsumura; Bunzo Mikami

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS, 2015年02月, 査読有り

  
• Crystal structure of class III chitinase from pomegranate provides the insight into its metal storage capacity

  Taro Masuda; Guanghua Zhao; Bunzo Mikami

  BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY, 2015年01月, 査読有り

  
• Crystal structure of 5-formyl-3-hydroxy-2-methylpyridine 4-carboxylic acid 5-dehydrogenase, an NAD⁺-dependent dismutase from Mesorhizobium loti.

  Mugo AN; Kobayashi J; Mikami B; Yoshikane Y; Yagi T; Ohnishi K

  Biochemical and biophysical research communications, 2015年01月, 査読有り

  
• Atomic structure of recombinant thaumatin II reveals flexible conformations in two residues critical for sweetness and three consecutive glycine residues

  Tetsuya Masuda; Bunzo Mikami; Fumito Tani

  BIOCHIMIE, 2014年11月, 査読有り

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• Structure-based Conversion of the Coenzyme Requirement of a Short-chain Dehydrogenase/Reductase Involved in Bacterial Alginate Metabolism

  Ryuichi Takase; Bunzo Mikami; Shigeyuki Kawai; Kousaku Murata; Wataru Hashimoto

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2014年11月, 査読有り

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• The crystal structure of a crustacean prophenoloxidase provides a clue to understanding the functionality of the type3 copper proteins

  Taro Masuda; Kyosuke Momoji; Takashi Hirata; Bunzo Mikami

  FEBS JOURNAL, 2014年06月, 査読有り

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• Structure of 4-pyridoxolactonase from Mesorhizobium loti

  Jun Kobayashi; Yu Yoshikane; Toshiharu Yagi; Seiki Baba; Kimihiko Mizutani; Nobuyuki Takahashi; Bunzo Mikami

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS, 2014年04月, 査読有り

  
• Crystal Structure of a Bacterial Unsaturated Glucuronyl Hydrolase with Specificity for Heparin*

  Yusuke Nakamichi; Bunzo Mikami; Kousaku Murata; Wataru Hashimoto

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2014年02月, 査読有り

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• Crystal Structure of Pedobacter heparinus Heparin Lyase Hep III with the Active Site in a Deep Cleft

  Wataru Hashimoto; Yukie Maruyama; Yusuke Nakamichi; Bunzo Mikami; Kousaku Murata

  BIOCHEMISTRY, 2014年02月, 査読有り

  
• Purification, crystallization and preliminary crystallographic analysis of soybean mature glycinin A1bB2

  Krisna Prak; Bunzo Mikami; Takafumi Itoh; Takako Fukuda; Nobuyuki Maruyama; Shigeru Utsumi

  Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications, 2013年08月, 査読有り

  
• Crystal structure of pyridoxine 4-oxidase from Mesorhizobium loti

  Andrew Njagi Mugo; Jun Kobayashi; Taiji Yamasaki; Bunzo Mikami; Kouhei Ohnishi; Yu Yoshikane; Toshiharu Yagi

  BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS, 2013年06月, 査読有り

  
• Crystal structure of a major seed storage protein, 11S proglobulin, from Amaranthus hypochondriacus: Insight into its physico-chemical properties

  Mary Rose Tandang-Silvas; Cerrone S. Cabanos; Laura Denisse Carrazco Pena; Ana Paulina Barba De La Rosa; Juan Alberto Osuna-Castro; Shigeru Utsumi; Bunzo Mikami; Nobuyuki Maruyama

  FOOD CHEMISTRY, 2012年11月, 査読有り

  
• Structure of β-1,4-mannanase from the common sea hare Aplysia kurodai at 1.05 Å resolution

  K. Mizutani; S. Tsuchiya; M. Toyoda; Y. Nanbu; K. Tominaga; K. Yuasa; N. Takahashi; A. Tsuji; B. Mikami

  Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications, 2012年10月, 査読有り

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• Kinetic monitoring of site-directed mutational β-amylase catalysis on a 27-MHz QCM

  T. Mori; M. Shibata; T. Nihira; B. Mikami; Y. Okahata

  Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic, 2012年10月, 査読有り

  
• Induced-fit motion of a lid loop involved in catalysis in alginate lyase A1-III

  Bunzo Mikami; Mizuho Ban; Sachiko Suzuki; Hye-Jin Yoon; Osamu Miyake; Masayuki Yamasaki; Kohei Ogura; Yukie Maruyama; Wataru Hashimoto; Kousaku Murata

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-STRUCTURAL BIOLOGY, 2012年09月, 査読有り

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• Structural and functional characterization of recombinant medaka fish alpha-amylase expressed in yeast Pichia pastoris

  Kimihiko Mizutani; Mayuko Toyoda; Yuichiro Otake; Soshi Yoshioka; Nobuyuki Takahashi; Bunzo Mikami

  BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS, 2012年08月, 査読有り

  
• The extension peptide of plant ferritin from sea lettuce contributes to shell stability and surface hydrophobicity

  Taro Masuda; Shin-Ichiro Morimoto; Bunzo Mikami; Haruhiko Toyohara

  PROTEIN SCIENCE, 2012年06月, 査読有り

  
• Recognition of Heteropolysaccharide Alginate by Periplasmic Solute-Binding Proteins of a Bacterial ABC Transporter

  Yu Nishitani; Yukie Maruyama; Takafumi Itoh; Bunzo Mikami; Wataru Hashimoto; Kousaku Murata

  BIOCHEMISTRY, 2012年05月, 査読有り

  
• Atomic structure of the sweet-tasting protein thaumatin I at pH 8.0 reveals the large disulfide-rich region in domain II to be sensitive to a pH change

  Tetsuya Masuda; Keisuke Ohta; Bunzo Mikami; Naofumi Kitabatake; Fumito Tani

  BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 2012年03月, 査読有り

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• Crystallization and preliminary X-ray analysis of alginate importer from Sphingomonas sp A1

  Yukie Maruyama; Takafumi Itoh; Yu Nishitani; Bunzo Mikami; Wataru Hashimoto; Kousaku Murata

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS, 2012年03月, 査読有り

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• X-ray structures of transferrins and related proteins

  Kimihiko Mizutani; Mayuko Toyoda; Bunzo Mikami

  BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENERAL SUBJECTS, 2012年03月, 査読有り

  
• Crystallization and preliminary X-ray analysis of pyridoxine 4-oxidase, the first enzyme in pyridoxine degradation pathway I

  Andrew Njagi Mugo; Jun Kobayashi; Bunzo Mikami; Kouhei Ohnishi; Toshiharu Yagi

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS, 2012年01月, 査読有り

  
• Crystal Structures of Protein Glutaminase and Its Pro Forms Converted into Enzyme-Substrate Complex

  Ryota Hashizume; Yukiko Maki; Kimihiko Mizutani; Nobuyuki Takahashi; Hiroyuki Matsubara; Akiko Sugita; Kimihiko Sato; Shotaro Yamaguchi; Bunzo Mikami

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2011年11月, 査読有り

  
• Crystal structure of phosphopantetheine adenylyltransferase from Enterococcus faecalis in the ligand-unbound state and in complex with ATP and pantetheine

  Hye-Jin Yoon; Ji Yong Kang; Bunzo Mikami; Hyung Ho Lee; Se Won Suh

  MOLECULES AND CELLS, 2011年11月, 査読有り

  
• Crystal structure of the major peanut allergen Ara h 1

  Cerrone Cabanos; Hiroyuki Urabe; Mary Rose Tandang-Silvas; Shigeru Utsumi; Bunzo Mikami; Nobuyuki Maruyama

  MOLECULAR IMMUNOLOGY, 2011年10月, 査読有り

  
• Formate Oxidase, an Enzyme of the Glucose-Methanol-Choline Oxidoreductase Family, Has a His-Arg Pair and 8-Formyl-FAD at the Catalytic Site

  Daiju Doubayashi; Takumi Ootake; Yosifumi Maeda; Masaya Oki; Yuji Tokunaga; Akihiko Sakurai; Yukio Nagaosa; Bunzo Mikami; Hiroyuki Uchida

  BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY, 2011年09月, 査読有り

  
• Structural Determinants of Discrimination of NAD(+) from NADH in Yeast Mitochondrial NADH Kinase Pos5

  Takuya Ando; Kazuto Ohashi; Akihito Ochiai; Bunzo Mikami; Shigeyuki Kawai; Kousaku Murata

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2011年08月, 査読有り

  
• Crystal structure of the sweet-tasting protein thaumatin II at 1.27Å

  T. Masuda; K. Ohta; F. Tani; B. Mikami; N. Kitabatake

  Biochemical and Biophysical Research Communications, 2011年07月, 査読有り

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• Expression, crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of thermostable β-1,3-xylanase from Thermotoga neapolitana strain DSM 4359

  F. Okazaki; C. Ogino; A. Kondo; B. Mikami; Y. Kurebayashi; H. Tsuruta

  Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications, 2011年07月, 査読有り

  
• High-resolution structure of the recombinant sweet-tasting protein thaumatin I

  Tetsuya Masuda; Keisuke Ohta; Bunzo Mikami; Naofumi Kitabatake

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS, 2011年06月, 査読有り

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• The Development of Transgenic Crops to Improve Human Health by Advanced Utilization of Seed Storage Proteins

  Nobuyuki Maruyama; Bunzo Mikami; Shigeru Utsumi

  BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY, 2011年05月, 査読有り

  
• High-throughput construction of expression system using yeast Pichia pastoris, and its application to membrane proteins

  Kimihiko Mizutani; Soshi Yoshioka; Yukiko Mizutani; So Iwata; Bunzo Mikami

  PROTEIN EXPRESSION AND PURIFICATION, 2011年05月, 査読有り

  
• Heterosubunit Composition and Crystal Structures of a Novel Bacterial M16B Metallopeptidase

  Yukie Maruyama; Asako Chuma; Bunzo Mikami; Wataru Hashimoto; Kousaku Murata

  JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 2011年03月, 査読有り

  
• Crystal structure of bacterial cell-surface alginate-binding protein with an M75 peptidase motif

  Yukie Maruyama; Akihito Ochiai; Bunzo Mikami; Wataru Hashimoto; Kousaku Murata

  BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 2011年02月, 査読有り

  
• Structural Determinants in Streptococcal Unsaturated Glucuronyl Hydrolase for Recognition of Glycosaminoglycan Sulfate Groups

  Yusuke Nakamichi; Yukie Maruyama; Bunzo Mikami; Wataru Hashimoto; Kousaku Murata

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2011年02月, 査読有り

  
• Crystal structure of bacterial cell-surface alginate-binding protein with an M75 peptidase motif

  Yukie Maruyama; Akihito Ochiai; Bunzo Mikami; Wataru Hashimoto; Kousaku Murata

  BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 2011年02月, 査読有り

  
• The Crystal Structure of SDR-Type Pyridoxal 4-Dehydrogenase of Mesorhizobium loti

  Huy Nhat Chu; Jun Kobayashi; Bunzo Mikami; Toshiharu Yagi

  BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY, 2011年02月, 査読有り

  
• Single-Crystal X-ray Diffraction Study of a Magnetically Oriented Microcrystal Array of Lysozyme

  Fumiko Kimura; Kimihiko Mizutani; Bunzo Mikami; Tsunehisa Kimurat

  CRYSTAL GROWTH & DESIGN, 2011年01月, 査読有り

  
• Molecular Design of Seed Storage Proteins for Enhanced Food Physicochemical Properties

  Mary Rose G. Tandang-Silvas; Evelyn Mae Tecson-Mendoza; Bunzo Mikami; Shigeru Utsumi; Nobuyuki Maruyama

  ANNUAL REVIEW OF FOOD SCIENCE AND TECHNOLOGY, VOL 2, 2011年, 査読有り

  
• Refolding and Polymerization Pathways of Neuroserpin

  Sayaka Takehara; Juan Zhang; Xiaoyan Yang; Nobuyuki Takahashi; Bunzo Mikami; Maki Onda

  JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 2010年11月, 査読有り

  
• Functional Analysis of the Cucumisin Propeptide as a Potent Inhibitor of Its Mature Enzyme

  Masataka Nakagawa; Megumi Ueyama; Hiroki Tsuruta; Tomohide Uno; Kengo Kanamaru; Bunzo Mikami; Hiroshi Yamagata

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2010年09月, 査読有り

  
• The universal mechanism for iron translocation to the ferroxidase site in ferritin, which is mediated by the well conserved transit site

  Taro Masuda; Fumiyuki Goto; Toshihiro Yoshihara; Bunzo Mikami

  BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 2010年09月, 査読有り

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• Crystallization and preliminary X-ray analysis of the major peanut allergen Ara h 1 core region

  Cerrone Cabanos; Hiroyuki Urabe; Taro Masuda; Mary Rose Tandang-Silvas; Shigeru Utsumi; Bunzo Mikami; Nobuyuki Maruyama

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS, 2010年09月, 査読有り

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• Crystallization and preliminary X-ray analysis of formate oxidase, an enzyme of the glucose-methanol-choline oxidoreductase family

  Yoshifumi Maeda; Daiju Doubayashi; Takumi Ootake; Masaya Oki; Bunzo Mikami; Hiroyuki Uchida

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS, 2010年09月, 査読有り

  
• Molecular identification of unsaturated uronate reductase prerequisite for alginate metabolism in Sphingomonas sp A1

  Ryuichi Takase; Akihito Ochiai; Bunzo Mikami; Wataru Hashimoto; Kousaku Murata

  BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS, 2010年09月, 査読有り

  
• Crystal Structure of Exotype Alginate Lyase Atu3025 from Agrobacterium tumefaciens

  Akihito Ochiai; Masayuki Yamasaki; Bunzo Mikami; Wataru Hashimoto; Kousaku Murata

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2010年08月, 査読有り

  
• Soybean Basic 7S Globulin: Subunit Heterogeneity and Molecular Evolution

  Andrei D. Shutov; Krisna Park; Takako Fukuda; Sergei V. Rudakov; Angela S. Rudakova; Mary Rose Tandang-Silvas; Keigo Fujiwara; Bunzo Mikami; Shigeru Utsumi; Nobuyuki Maruyama

  BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY, 2010年08月, 査読有り

  
• Mutational studies of the peptidoglycan hydrolase FlgJ of Sphingomonas sp strain A1

  Yukie Maruyama; Akihito Ochiai; Takafumi Itoh; Bunzo Mikami; Wataru Hashimoto; Kousaku Murata

  JOURNAL OF BASIC MICROBIOLOGY, 2010年08月, 査読有り

  
• Expression, purification and preliminary crystallization of amaranth 11S proglobulin seed storage protein from Amaranthus hypochondriacus L.

  Mary Rose Tandang-Silvas; Laura Carrazco-Pena; Ana Paulina Barba de la Rosa; Juan Alberto Osuna-Castro; Shigeru Utsumi; Bunzo Mikami; Nobuyuki Maruyama

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS, 2010年08月, 査読有り

  
• Conservation and divergence on plant seed 11S globulins based on crystal structures

  Mary Rose G. Tandang-Silvas; Takako Fukuda; Chisato Fukuda; Krisna Prak; Cerrone Cabanos; Aiko Kimura; Takafumi Itoh; Bunzo Mikami; Shigeru Utsumi; Nobuyuki Maruyama

  BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS, 2010年07月, 査読有り

  
• Crystallization and preliminary X-ray analysis of L-azetidine-2-carboxylate hydrolase from Pseudomonas sp strain A2C

  Mayuko Toyoda; Keiji Jitsumori; Bunzo Mikami; Lawrence P. Wackett; Tatsuo Kurihara; Nobuyoshi Esaki

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS, 2010年06月, 査読有り

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• X-ray analysis of bilirubin oxidase from Myrothecium verrucaria at 2.3 Å resolution using a twinned crystal

  K. Mizutani; M. Toyoda; K. Sagara; N. Takahashi; A. Sato; Y. Kamitaka; S. Tsujimura; Y. Nakanishi; T. Sugiura; S. Yamaguchi; K. Kano; B. Mikami

  Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications, 2010年06月, 査読有り

  
• Crystallization and preliminary X-ray analysis of SDR-type pyridoxal dehydrogenase from Mesorhizobium loti

  Huy Nhat Chu; Jun Kobayashi; Yu Yoshikane; Bunzo Mikami; Toshiharu Yagi

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS, 2010年06月, 査読有り

  
• Crystal Structure of Plant Ferritin Reveals a Novel Metal Binding Site That Functions as a Transit Site for Metal Transfer in Ferritin

  Taro Masuda; Fumiyuki Goto; Toshihiro Yoshihara; Bunzo Mikami

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2010年02月, 査読有り

  
• Structural and Functional Characterization of Recombinant Human Serum Transferrin Secreted from Pichia pastoris

  Kimihiko Mizutani; Kazuhiko Hashimoto; Nobuyuki Takahashi; Masaaki Hirose; Shigeo Aibara; Bunzo Mikami

  BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY, 2010年02月, 査読有り

  
• Crystal Structure of Cold-Active Alkaline Phosphatase from the Psychrophile Shewanella sp.

  Hiroki Tsuruta; Bunzo Mikami; Tetsuo Higashi; Yasuo Aizono

  BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY, 2010年01月, 査読有り

  
• Protein-Engineering Study of Contribution of Conceivable D-Serine Residues to the Thermostabilization of Ovalbumin under Alkaline Conditions

  Nobuyuki Takahashi; Maki Maeda; Masayuki Yamasaki; Bunzo Mikami

  CHEMISTRY & BIODIVERSITY, 2010年, 査読有り

  
• Crystal Structure of Family 14 Polysaccharide Lyase with pH-dependent Modes of Action

  Kohei Ogura; Masayuki Yamasaki; Takashi Yamada; Bunzo Mikami; Wataru Hashimoto; Kousaku Murata

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2009年12月, 査読有り

  
• Crystallization and preliminary X-ray analysis of 4-pyridoxolactonase from Mesorhizobium loti

  Sayoko Matsuda; Nana Yokochi; Yu Yoshikane; Jun Kobayashi; Chu Nhat Huy; Seiki Baba; Seiki Kuramitsu; Bunzo Mikami; Toshiharu Yagi

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS, 2009年09月, 査読有り

  
• Substrate Specificity of Streptococcal Unsaturated Glucuronyl Hydrolases for Sulfated Glycosaminoglycan

  Yukie Maruyama; Yusuke Nakamichi; Takafumi Itoh; Bunzo Mikami; Wataru Hashimoto; Kousaku Murata

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2009年07月, 査読有り

  
• Two Crystal Structures of Lysyl-tRNA Synthetase from Bacillus stearothermophilus in Complex with Lysyladenylate-Like Compounds: Insights into the Irreversible Formation of the Enzyme-Bound Adenylate of l-Lysine Hydroxamate

  Haruko Sakurama; Teisuke Takita; Bunzo Mikami; Takafumi Itoh; Kiyoshi Yasukawa; Kuniyo Inouye

  JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, 2009年05月, 査読有り

  
• Crystallization and preliminary crystallographic analysis of the cell-surface alginate-binding protein Algp7 isolated from Sphingomonas sp A1

  Wataru Hashimoto; Akihito Ochiai; Jinshan He; Takafumi Itoh; Bunzo Mikami; Kousaku Murata

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS, 2009年05月, 査読有り

  
• The 2.1-Å Crystal Structure of Native Neuroserpin Reveals Unique Structural Elements That Contribute to Conformational Instability

  S. Takehara; M. Onda; J. Zhang; M. Nishiyama; X. Yang; B. Mikami; D.A. Lomas

  Journal of Molecular Biology, 2009年04月, 査読有り

  
• Structural Determinants Responsible for Substrate Recognition and Mode of Action in Family 11 Polysaccharide Lyases

  Akihito Ochiai; Takafumi Itoh; Bunzo Mikami; Wataru Hashimoto; Kousaku Murata

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2009年04月, 査読有り

  
• Crystal structure of the glycosidase family 73 peptidoglycan hydrolase FlgJ

  Wataru Hashimoto; Akihito Ochiai; Keiko Momma; Takafumi Itoh; Bunzo Mikami; Yukie Maruyama; Kousaku Murata

  BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 2009年03月, 査読有り

  
• Structure of 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase from Haemophilus influenzae complexed with the substrate 3-deoxy-manno-octulosonate in the β-configuration

  H.-J. Yoon; M.-J. Ku; B. Mikami; S.W. Suh

  Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography, 2008年12月, 査読有り

  
• The role of group bulkiness in the catalytic activity of psychrophile cold-active protein tyrosine phosphatase

  Hiroki Tsuruta; Bunzo Mikami; Chiaki Yamamoto; Hiroshi Yamagata

  FEBS JOURNAL, 2008年09月, 査読有り

  
• Substrate recognition by family 7 alginate lyase from Sphingomonas sp A1

  Kohei Ogura; Masayuki Yamasaki; Bunzo Mikami; Wataru Hashimoto; Kousaku Murata

  JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 2008年07月, 査読有り

  
• Characterization and crystallography of recombinant 7S globulins of adzuki bean and structure-function relationships with 7S globulins of various crops

  Takako Fukuda; Nobuyuki Maruyama; Mohamad Ramlan Mohamed Salleh; Bunzo Mikami; Shigeru Utsumi

  JOURNAL OF AGRICULTURAL AND FOOD CHEMISTRY, 2008年06月, 査読有り

  
• Crystal structure of UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferase from Haemophilus influenzae in complex with UDP-N-acetylglucosamine and fosfomycin

  Hye-Jin Yoon; Sang Jae Lee; Bunzo Mikami; Hyun-Ju Park; Jakyung Yoo; Se Won Suh

  PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS, 2008年05月, 査読有り

  
• Crystal structure of YihS in complex with D-mannose: Structural annotation of Escherichia coli and Salmonella enterica yihS-encoded proteins to an aldose-ketose isomerase

  Takafumi Itoh; Bunzo Mikami; Wataru Hashimoto; Kousaku Murata

  JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 2008年04月, 査読有り

  
• Crystal structure of a novel bacterial cell-surface flagellin binding to a polysaccharide

  Yukie Maruyama; Misato Momma; Bunzo Mikami; Wataru Hashimoto; Kousaku Murata

  BIOCHEMISTRY, 2008年02月, 査読有り

  
• Superchannel of bacteria: Biological significance and new horizons

  Kousaku Murata; Shigeyuki Kawai; Bunzo Mikami; Wataru Hashimoto

  BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY, 2008年02月, 査読有り

  
• Crystal structure of pyridoxamine-pyruvate aminotransferase from Mesorhizobium loti MAFF303099

  Yu Yoshikane; Nana Yokochi; Masayuki Yamasaki; Kimihiko Mizutani; Kouhei Ohnishi; Bunzo Mikami; Hideyuki Hayashi; Toshiharu Yagi

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2008年01月, 査読有り

  
• A novel structural fold in polysaccharide lyases: Bacillus subtilis family 11 rhamnogalacturonan lyase YesW with an eight-bladed β-propeller

  A. Ochiai; T. Itoh; Y. Maruyama; A. Kawamata; B. Mikami; W. Hashimoto; K. Murata

  Journal of Biological Chemistry, 2007年12月, 査読有り

  
• Hydration of vinyl ether groups by unsaturated glycoside hydrolases and their role in bacterial pathogenesis

  Wataru Hashimoto; Takafumi Itoh; Yukie Maruyama; Bunzo Mikami; Kousaku Murata

  INTERNATIONAL MICROBIOLOGY, 2007年12月, 査読有り

  
• Crystal Structure of Glycoside Hydrolase Family 78 α-L-Rhamnosidase from Bacillus sp. GL1

  Z. Cui; Y. Maruyama; B. Mikami; W. Hashimoto; K. Murata

  Journal of Molecular Biology, 2007年11月, 査読有り

  
• Specific and high-affinity binding of tetramerized PD-L1 extracellular domain to PD-1-expressing cells: possible application to enhance T cell function

  Selgo Terawaki; Yoshimasa Tanaka; Tornokazu Nagakura; Tarnon Hayashi; Shiro Shibayama; Kaori Muroi; Taku Okazaki; Bunzo Mikami; David N. Garboczi; Tasuku Honjo; Nagahiro Minato

  INTERNATIONAL IMMUNOLOGY, 2007年07月, 査読有り

  
• Preliminary crystallographic analysis of L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase, an enzyme involved in an alternative bacterial pathway of L-arabinose metabolism

  Naoko Shimada; Bunzo Mikami; Seiya Watanabe; Keisuke Makino

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS, 2007年05月, 査読有り

  
• A structural factor responsible for substrate recognition by Bacillus sp GL1 xanthan lyase that acts specifically on pyruvated side chains of Xanthan

  Yukie Maruyama; Bunzo Mikami; Wataru Hashimoto; Kousaku Murata

  BIOCHEMISTRY, 2007年01月, 査読有り

  
• Synthesis of pyrophosphate-containing compounds that stimulate Vγ2Vδ2 T cells: Application to cancer immunotherapy

  Y. Tanaka; H. Kobayashi; T. Terasaki; H. Toma; A. Aruga; T. Uchiyama; K. Mizutani; B. Mikami; C.T. Morita; N. Minato

  Medicinal Chemistry, 2007年01月, 査読有り

  
• Crystal structure of unsaturated glucuronyl hydrolase complexed with substrate

  Takafumi Itoh; Wataru Hashimoto; Bunzo Mikami; Kousaku Murata

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2006年10月, 査読有り

  
• Structure of unsaturated rhamnogalacturonyl hydrolase complexed with substrate

  Takafumi Toh; Akihito Ochiai; Bunzo Mikami; Wataru Hashimoto; Kousaku Murata

  BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 2006年09月, 査読有り

  
• A novel glycoside hydrolase family 105: The structure of family 105 unsaturated rhamnogalacturonyl hydrolase complexed with a disaccharide in comparison with family 88 enzyme complexed with the disaccharide

  Takafumi Itoh; Akihito Ochiai; Bunzo Mikami; Wataru Hashimoto; Kousaku Murata

  JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 2006年07月, 査読有り

  
• Crystallization and preliminary crystallographic analysis of the family GH78 α-L-rhamnosidase RhaB from Bacillus sp. GL1

  Z. Cui; Y. Maruyama; B. Mikami; W. Hashimoto; K. Murata

  Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications, 2006年07月, 査読有り

  
• Sequence and analysis of the 46.6-kb plasmid pA1 from Sphingomonas sp. A1 that corresponds to the typical IncP-1β plasmid backbone without any accessory gene

  K.M. Harada; Y. Aso; W. Hashimoto; B. Mikami; K. Murata

  Plasmid, 2006年07月, 査読有り

  
• Structure of 8Sα globulin, the major seed storage protein of mung bean

  T. Itoh; R.N. Garcia; M. Adachi; Y. Maruyama; E.M. Tecson-Mendoza; B. Mikami; S. Utsumi

  Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography, 2006年07月, 査読有り

  
• Crystal structure of pullulanase: Evidence for parallel binding of oligosaccharides in the active site

  Bunzo Mikami; Hiroyuki Iwamoto; Dominggus Malle; Hye-Jin Yoon; Elif Demirkan-Sarikaya; Yoshihiro Mezaki; Yoshio Katsuya

  JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 2006年06月, 査読有り

  
• Substrate recognition by unsaturated glucuronyl hydrolase from Bacillus sp GLI

  T Toh; W Hashimoto; B Mikami; K Murata

  BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 2006年05月, 査読有り

  
• Crystallization and preliminary X-ray analysis of an exotype alginate lyase Atu3025 from Agrobacterium tumefaciens strain C58, a member of polysaccharide lyase family 15

  A Ochiai; M Yamasaki; B Mikami; W Hashimoto; K Murata

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS, 2006年05月, 査読有り

  
• Crystallization and preliminary X-ray analysis of the rhamnogalacturonan lyase YesW from Bacillus subtilis strain 168, a member of polysaccharide lyase family 11

  A Ochiai; M Yamasaki; T Itoh; B Mikami; W Hashimoto; K Murata

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS, 2006年05月, 査読有り

  
• Overexpression, purification and preliminary X-ray analysis of pullulanase from Bacillus subtilis strain 168

  D Malle; T Itoh; W Hashimoto; K Murata; S Utsumi; B Mikami

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS, 2006年04月, 査読有り

  
• Engineered membrane superchannel improves bioremediation potential of dioxin-degrading bacteria

  Y Aso; Y Miyamoto; KM Harada; K Momma; S Kawai; W Hashimoto; B Mikami; K Murata

  NATURE BIOTECHNOLOGY, 2006年02月, 査読有り

  
• Crystal structure of a metal ion-bound IS200 transposase

  HH Lee; JY Yoon; HS Kim; JY Kang; KH Kim; DJ Kim; JY Ha; B Mikami; HJ Yoon; SW Suh

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2006年02月, 査読有り

  
• Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of xylitol dehydrogenase, a key enzyme for bioethanol production using yeast

  J. Matsui; S. Watanabe; T. Kodaki; B. Mikami; K. Makino

  20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology，Kyoto Japan，2006.6.18-23, 2006年, 査読有り

  
• Crystal structure and some properties of a major house dust mite allergen, Derf 2

  M Suzuki; Y Tanaka; S Korematsu; B Mikami; N Minato

  BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 2006年01月, 査読有り

  
• Structure of aluminium-bound ovotransferrin at 2.15 Å resolution

  K. Mizutani; B. Mikami; S. Aibara; M. Hirose

  Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography, 2005年12月, 査読有り

  
• Proteomics-based identification of outer-membrane proteins responsible for import of macromolecules in Sphingonionas sp A1: Alginate-binding flagellin on the cell surface

  W Hashimoto; JS He; Y Wada; H Nankai; B Mikami; K Murata

  BIOCHEMISTRY, 2005年10月, 査読有り

  
• A structural basis for depolymerization of alginate by polysaccharide lyase family-7

  M Yamasaki; K Ogura; W Hashimoto; B Mikami; K Murata

  JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 2005年09月, 査読有り

  
• Glycosylation of genistin into soluble inclusion complex form of cyclic glucans by enzymatic modification

  D Li; SA Roh; JH Shim; B Mikami; MY Baik; CS Park; KH Park

  JOURNAL OF AGRICULTURAL AND FOOD CHEMISTRY, 2005年08月, 査読有り

  
• Structural basis of a fungal galectin from Agrocybe cylindracea for recognizing sialoconjugate

  M Ban; HJ Yoon; E Demirkan; S Utsumi; B Mikami; F Yagi

  JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 2005年08月, 査読有り

  
• Crystal structure of nicotinic acid mononucleotide adenylyltransferase from Pseudomonas aeruginosa in its Apo and substrate-complexed forms reveals a fully open conformation

  HJ Yoon; HL Kim; B Mikami; SW Suh

  JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 2005年08月, 査読有り

  
• Crystal structure of Bacillus sp GL1 xanthan lyase complexed with a substrate: Insights into the enzyme reaction mechanism

  Y Maruyama; W Hashimoto; B Mikami; K Murata

  JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 2005年07月, 査読有り

  
• α-Amylase from B. amyloliquefaciens: Purification, characterization, raw starch degradation and expression in E. coli

  E.S. Demirkan; B. Mikami; M. Adachi; T. Higasa; S. Utsumi

  Process Biochemistry, 2005年07月, 査読有り

  
• Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of UDP-N-Acetylglucosamine enolpyruvyl transferase from Haemophilus influenzae in complex with UDP-N-Acetylglucosamine and fosfomycin

  HJ Yoon; MJ Ku; HJ Ahn; BI Lee; B Mikami; SW Suh

  MOLECULES AND CELLS, 2005年06月, 査読有り

  
• Molecular conversion of NAD kinase to NADH kinase through single amino acid residue substitution

  S Mori; S Kawai; F Shi; B Mikami; K Murata

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2005年06月, 査読有り

  
• Direct evidence for Sphingomonas sp A1 periplasmic proteins as macromolecule-binding proteins associated with the ABC transporter: Molecular insights into alginate transport in the periplasm

  K Momma; Y Mishima; W Hashimoto; B Mikami; K Murata

  BIOCHEMISTRY, 2005年04月, 査読有り

  
• Structure and function of bacterial super-biosystem responsible for import and depolymerization of macromolecules

  W Hashimoto; K Momma; Y Maruyama; M Yamasaki; B Mikami; K Murata

  BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY, 2005年04月, 査読有り

  
• Hypothesis: Structures, evolution, and ancestor of glucose kinases in the hexokinase family

  S Kawai; T Mukai; S Mori; B Mikami; K Murata

  JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING, 2005年04月, 査読有り

  
• Structural analysis of threonine 342 mutants of soybean β-amylase: Role of a conformational change of the inner loop in the catalytic mechanism

  Y.-N. Kang; A. Tanabe; M. Adachi; S. Utsumi; B. Mikami

  Biochemistry, 2005年04月, 査読有り

  
• Crystallization and preliminary X-ray analysis of alginate lyases A1-II and A1-II′ from Sphingomonas sp. A1

  M. Yamasaki; K. Ogura; S. Moriwaki; W. Hashimoto; K. Murata; B. Mikami

  Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications, 2005年03月, 査読有り

  
• NAD-binding mode and the significance of intersubunit contact revealed by the crystal structure of Mycobacterium tuberculosis NAD kinase-NAD complex

  S Mori; M Yamasaki; Y Maruyama; K Momma; S Kawai; W Hashimoto; B Mikami; K Murata

  BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 2005年02月, 査読有り

  
• Crystallization and preliminary crystallographic analysis of endo-1,3-β-glucanase from Arthrobacter sp.

  Z. Pang; Y.-N. Kang; M. Ban; M. Oda; R. Kobayashi; M. Ohnishi; B. Mikami

  Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications, 2005年01月, 査読有り

  
• Crystal structure of cold-active protein-tyrosine phosphatase from a psychrophile, Shewanella sp.

  H Tsuruta; B Mikami; Y Aizono

  JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, 2005年01月, 査読有り

  
• Super-channel in bacteria: Structural and functional aspects of a novel biosystem for the import and depolymerization of macromolecules

  W Hashimoto; M Yamasaki; T Itoh; K Momma; B Mikami; K Murata

  JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING, 2004年12月, 査読有り

  
• Crystallographic studies of Mycobacterium tuberculosis polyphosphate/ATP-NAD kinase complexed with NAD

  S Mori; M Yamasaki; Y Maruyuma; K Momma; S Kawai; W Hashimoto; B Mikami; K Murata

  JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING, 2004年11月, 査読有り

  
• Crystal structure of bacterial inorganic polyphosphate/ATP-glucomannokinase - Insights into kinase evolution

  T Mukai; S Kawai; S Mori; B Mikami; K Murata

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2004年11月, 査読有り

  
• Crystal structure of peptide deformylase from Staphylococcus aureus in complex with actinonin, a naturally occurring antibacterial agent

  HJ Yoon; HL Kim; SK Lee; HW Kim; HW Kim; JY Lee; B Mikami; SW Suh

  PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS, 2004年11月, 査読有り

  
• Crystallization and preliminary X-ray analysis of pyridoxal 4-dehydrogenase, the second enzyme in degradation pathway I of pyridoxine

  N Yokochi; Y Yoshikane; T Yagi; M Yamasaki; B Mikami

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY, 2004年11月, 査読有り

  
• Engineering of the pH optimum of Bacillus cereus β-amylase: Conversion of the pH optimum from a bacterial type to a higher-plant type

  A. Hirata; M. Adachi; S. Utsumi; B. Mikami

  Biochemistry, 2004年10月, 査読有り

  
• Crystallization and preliminary crystallographic analysis of monodehydroascorbate radical reductase from cucumber

  S Sano; YN Kang; H Shigemizu; N Morishita; HJ Yoon; K Saito; K Asada; B Mikami

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY, 2004年08月, 査読有り

  
• Structure and function of a hypothetical Pseudomonas aeruginosa protein PA1167 classified into family PL-7: A novel alginate lyase with a β-sandwich fold

  M. Yamasaki; S. Moriwaki; O. Miyake; W. Hashimoto; K. Murata; B. Mikami

  Journal of Biological Chemistry, 2004年07月, 査読有り

  
• Crystal structure of unsaturated glucuronyl hydrolase, responsible for the degradation of glycosaminoglycan, from Bacillus sp. GL1 at 1.8 Å resolution

  T. Itoh; S. Akao; W. Hashimoto; B. Mikami; K. Murata

  Journal of Biological Chemistry, 2004年07月, 査読有り

  
• The roles of Glu186 and Glu380 in the catalytic reaction of soybean β-amylase

  Y.-N. Kang; M. Adachi; S. Utsumi; B. Mikami

  Journal of Molecular Biology, 2004年06月, 査読有り

  
• A redox-controlled molecular switch revealed by the crystal structure of a bacterial heme PAS sensor

  H Kurokawa; DS Lee; M Watanabe; Sagami, I; B Mikami; CS Raman; T Shimizu

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2004年05月, 査読有り

  
• Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of nicotinic acid mononucleotide adenylyltransferase from Pseudomonas aeruginosa

  HL Kim; HJ Yoon; JY Ha; BI Lee; HH Lee; B Mikami; SW Suh

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY, 2004年05月, 査読有り

  
• Posttranslational processing of polysaccharide lyase: maturation route for gellan lyase in Bacillus sp GL1

  O Miyake; E Kobayashi; H Nankai; W Hashimoto; B Mikami; K Murata

  ARCHIVES OF BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS, 2004年02月, 査読有り

  
• Structure of the core region of the soybean β-conglycinin α′ subunit

  Y. Maruyama; N. Maruyama; B. Mikami; S. Utsumi

  Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography, 2004年02月, 査読有り

  
• Structural and Enzymatic Analysis of Soybean β-Amylase Mutants with Increased pH Optimum

  A. Hirata; M. Adachi; A. Sekine; Y.-N. Kang; S. Utsumi; B. Mikami

  Journal of Biological Chemistry, 2004年02月, 査読有り

  
• Change in the crystal packing of soybean β-amylase mutants substituted at a few surface amino acid residues

  Y.-N. Kang; M. Adachi; B. Mikami; S. Utsumi

  Protein Engineering, 2003年11月, 査読有り

  
• Recognition mechanism of non-peptide antigens by human γδ T cells

  S. Yamashita; Y. Tanaka; M. Harazaki; B. Mikami; N. Minato

  International Immunology, 2003年11月, 査読有り

  
• X-ray crystallographic studies of HemK from Thermotoga maritima, an N-5-glutamine methyltransferase

  HJ Yoon; KY Kang; HJ Ahn; SM Shim; JY Ha; SK Lee; B Mikami; SW Suh

  MOLECULES AND CELLS, 2003年10月, 査読有り

  
• Crystallization and preliminary X-ray analysis of inorganic poly phosphate/ATP-glucomannokinase from Arthrobacter sp strain KM

  T Mukai; S Kawai; S Mori; B Mikami; K Murata

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY, 2003年09月, 査読有り

  
• Crystallization and preliminary X-ray analysis of alginate lyase, a member of family PL-7, from Pseudomonas aeruginosa

  M Yamasaki; S Moriwaki; W Hashimoto; B Mikami; K Murata

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY, 2003年08月, 査読有り

  
• A novel member of glycoside hydrolase family 88: Overexpression, purification, and characterization of unsaturated β-glucuronyl hydrolase of Bacillus sp. Gl1

  S. Mori; S. Akao; H. Nankai; W. Hashimoto; B. Mikami; K. Murata

  Protein Expression and Purification, 2003年05月, 査読有り

  
• Crystallization and preliminary X-ray analysis of a novel unsaturated glucuronyl hydrolase from Bacillus sp GL1

  S Mori; S Akao; O Miyake; H Nankai; W Hashimoto; B Mikami; K Murata

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY, 2003年05月, 査読有り

  
• Crystal structure of Bacillus sp GL1 xanthan lyase, which acts on the side chains of xanthan

  W Hashimoto; H Nankai; B Mikami; K Murata

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2003年02月, 査読有り

  
• Crystal structure of AlgQ2, a macromolecule (alginate)-binding protein of Sphingomonas sp. A1, complexed with an alginate tetrasaccharide at 1.6-Å resolution

  Y. Mishima; K. Momma; W. Hashimoto; B. Mikami; K. Murata

  Journal of Biological Chemistry, 2003年02月, 査読有り

  
• Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of plant ferritin from Glycine max

  T Masuda; B Mikami; F Goto; T Yoshihara; S Utsumi

  BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS, 2003年01月, 査読有り

  
• Crystallization and preliminary X-ray studies of cold-active protein-tyrosine phosphatase of Shewanella sp.

  H Tsuruta; B Mikami; C Yamamoto; Y Aizono

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY, 2002年09月, 査読有り

  
• Structure and function of bacterial "Super-channel" for macromolecule import

  W Hashimoto; B Mikami; K Murata

  SEIKAGAKU, 2002年07月, 査読有り

  
• Reaction mechanism of alanine racemase from Bacillus stearothermophilus: X-ray crystallographic studies of the enzyme bound with N-(5′-phosphopyridoxyl)alanine

  A. Watanabe; T. Yoshimura; B. Mikami; H. Hayashi; H. Kagamiyama; N. Esaki

  Journal of Biological Chemistry, 2002年05月, 査読有り

  
• Crystal structure of AlgQ2, a macromolecule (alginate)-binding protein of Sphingomonas sp. A1 at 2.0 Å resolution

  K. Momma; B. Mikami; Y. Mishima; W. Hashimoto; K. Murata

  Journal of Molecular Biology, 2002年03月, 査読有り

  
• Loop-inserted and thermostabilized structure of P1-P1′ cleaved ovalbumin mutant R339T

  M. Yamasaki; Y. Arii; B. Mikami; M. Hirose

  Journal of Molecular Biology, 2002年01月, 査読有り

  
• A super-channel in bacteria: Macromolecule uptake and depolymerization systems of Sphingomonas sp A1 with a special cell surface structure

  Y Mishima; K Momma; O Miyake; W Hashimoto; B Mikami; K Murata

  BIOTECHNOLOGY & GENETIC ENGINEERING REVIEWS, VOL 19, 2002年, 査読有り

  
• Essential contribution of germline-encoded lysine residues in Jγ1.2 segment to the recognition of nonpeptide antigens by human γδ T cells

  F. Miyagawa; Y. Tanaka; S. Yamashita; B. Mikami; K. Danno; M. Uehara; N. Minato

  Journal of Immunology, 2001年12月, 査読有り

  
• Super-channel in bacteria: function and structure of the macromolecule import system mediated by a pit-dependent ABC transporter

  Y Mishima; K Momma; W Hashimoto; B Mikami; K Murata

  FEMS MICROBIOLOGY LETTERS, 2001年11月, 査読有り

  
• Purification and crystallization of α-amylases from mucoid and non-mucoid B. amyloliquefaciens strains

  E. Sarikaya; B. Mikami

  Journal of Crystal Growth, 2001年11月, 査読有り

  
• Super-channel in bacteria: Function and structure of a macromolecule import system mediated by a pit-dependent ABC transporter

  W Hashimoto; K Momma; Y Mishima; B Mikami; K Murata

  BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY, 2001年09月, 査読有り

  
• Crystallization and preliminary X-ray analysis of NAD kinase from Mycobacterium tuberculosis H37Rv

  S Mori; S Kawai; B Mikami; K Murata

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY, 2001年09月, 査読有り

  
• Anion-mediated Fe3+ release mechanism in ovotransferrin C-lobe - A structurally identified SO42- binding site and its implications for the kinetic pathway

  K Mizutani; BK Muralidhara; H Yamashita; S Tabata; B Mikami; M Hirose

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2001年09月, 査読有り

  
• Domain closure mechanism in transferrins: New viewpoints about the hinge structure and motion as deduced from high resolution crystal structures of ovotransferrin N-lobe

  K Mizutani; B Mikami; M Hirose

  JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 2001年06月, 査読有り

  
• Crystallization and preliminary X-ray analysis of AlgS, a bacterial ATP-binding cassette (ABC) protein specific to macromolecule import

  Y Mishima; K Momma; W Hashimoto; B Mikami; K Murata

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY, 2001年06月, 査読有り

  
• Crystal structures of recombinant and native soybean β-conglycinin β homotrimers

  N. Maruyama; M. Adachi; K. Takahashi; K. Yagasaki; M. Kohno; Y. Takenaka; E. Okuda; S. Nakagawa; B. Mikami; S. Utsumi

  European Journal of Biochemistry, 2001年06月, 査読有り

  
• Effect of His192 mutation on the activity of alginate lyase A1-III from Sphingomonas species A1

  HJ Yoon; YJ Choi; O Miyake; W Hashimoto; K Murata; B Mikami

  JOURNAL OF MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY, 2001年02月, 査読有り

  
• Crystal structure of soybean proglycinin alaB1b homotrimer

  M Adachi; Y Takenaka; AB Gidamis; B Mikami; S Utsumi

  JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 2001年01月, 査読有り

  
• Crystal structure of alginate lyase A1-III complexed with trisaccharide product at 2.0 Å resolution

  H.-J. Yoon; W. Hashimoto; O. Miyake; K. Murata; B. Mikami

  Journal of Molecular Biology, 2001年, 査読有り

  
• Crystal structure of N-acyl-D-glucosamine 2-epimerase from porcine kidney at 2.0 Å resolution

  T. Itoh; B. Mikami; I. Maru; Y. Ohta; W. Hashimoto; K. Murata

  Journal of Molecular Biology, 2000年11月10日, 査読有り

  
• C8/119S mutation of major mite allergen Derf-2 leads to degenerate secondary structure and molecular polymerization and induces potent and exclusive Th1 cell differentiation

  S Korematsu; Y Tanaka; S Hosoi; S Koyanagi; T Yokota; B Mikami; N Minato

  JOURNAL OF IMMUNOLOGY, 2000年09月, 査読有り

  
• Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of NADPH: Azodicarbonyl/quinone oxidoreductase, a plant ζ-crystallin

  J. Mano; H.-J. Yoon; K. Asada; E. Babiychuk; D. Inzé; B. Mikami

  Biochimica et Biophysica Acta - Protein Structure and Molecular Enzymology, 2000年07月, 査読有り

  
• Overexpression in Escherichia coli, purification, and characterization of Sphingomonas sp A1 alginate lyases

  HJ Yoon; W Hashimoto; O Miyake; M Okamoto; B Mikami; K Murata

  PROTEIN EXPRESSION AND PURIFICATION, 2000年06月, 査読有り

  
• Crystal structure at 1.9 Å Resolution of the apoovotransferrin N-lobe bound by sulfate anions: Implications for the domain opening and iron release mechanism

  K. Mizutani; H. Yamashita; B. Mikami; M. Hirose

  Biochemistry, 2000年03月28日, 査読有り

  
• Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of alginate lyase A1-II from Sphingomonas species A1

  H.-J. Yoon; W. Hashimoto; Y. Katsuya; Y. Mezaki; K. Murata; B. Mikami

  Biochimica et Biophysica Acta - Protein Structure and Molecular Enzymology, 2000年02月09日, 査読有り

  
• Comparison of degradation abilities of α- and β-amylases on raw starch granules

  E. Sarikaya; T. Higasa; M. Adachi; B. Mikami

  Process Biochemistry, 2000年02月, 査読有り

  
• Crystal structure at 1.9 (]J1009[) resolution of apo-ovotransferrin N-lobe bound by sulfate anions : Implication for the domain opening and iron release

  三上 文三

  Biochemistry,39/3258,, 2000年, 査読有り

  
• Crystal structure of hen apo-ovotransferrin - Both lopes adopt an open conformation upon loss of iron

  H Kurokawa; JC Dewan; B Mikami; JC Sacchettini; M Hirose

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 1999年10月, 査読有り

  
• Tyrosine 265 of alanine racemase serves as a base abstracting α-hydrogen from L-alanine: The counterpart residue to lysine 39 specific to D-alanine

  A. Watanabe; T. Yoshimura; B. Mikami; N. Esaki

  Journal of Biochemistry, 1999年10月, 査読有り

  
• Special cell surface structure, and novel macromolecule transport/depolymerization system of Sphingomonas sp A1

  K Momma; W Hashimoto; O Miyake; HJ Yoon; S Kawai; Y Mishima; B Mikami; K Murata

  JOURNAL OF INDUSTRIAL MICROBIOLOGY & BIOTECHNOLOGY, 1999年10月, 査読有り

  
• Structure of the starch-binding domain of Bacillus cereus β-amylase

  H.-J. Yoon; A. Hirata; M. Adachi; A. Sekine; S. Utsumi; B. Mikami

  Journal of Microbiology and Biotechnology, 1999年10月, 査読有り

  
• Crystal structure of alginate lyase A1-III from Sphingomonas species A1 at 1.78 Å resolution

  H.-J. Yoon; B. Mikami; W. Hashimoto; K. Murata

  Journal of Molecular Biology, 1999年07月09日, 査読有り

  
• Structure of raw starch-digesting Bacillus cereus β-amylase complexed with maltose

  B. Mikami; M. Adachi; T. Kage; E. Sarikaya; T. Nanmori; R. Shinke; S. Utsumi

  Biochemistry, 1999年06月, 査読有り

  
• Alternative structural state of transferrin - The crystallographic analysis of iron-loaded but domain-opened ovotransferrin N-lobe

  K Mizutani; H Yamashita; H Kurokawa; B Mikami; M Hirose

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 1999年04月, 査読有り

  
• Enzymatic and genetic bases on assimilation, depolymerization, and transport of heteropolysaccharides in bacteria

  W Hashimoto; K Momma; H Miki; Y Mishima; E Kobayashi; O Miyake; S Kawai; H Nankai; B Mikami; K Murata

  JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING, 1999年02月, 査読有り

  
• Crystal structure of alginate lyase A1-(]G0003[) from Sphingomanas Species A1 at 1.78 A resolution.

  三上 文三

  Journal of Molecular Biology,290/, 1999年, 査読有り

  
• Purification and some properties of pheophorbidase in Chenopodium album

  K Watanabe; H Ohta; T Tsuchiya; B Mikami; T Masuda; Y Shioi; K Takamiya

  PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, 1999年01月, 査読有り

  
• Structure of separated starch-binding domain of ┣DBBacillus cereus(/)-┫DB β-amylase

  三上 文三

  The Journal of Microbiology and Biotechnology,9/619,, 1999年, 査読有り

  
• Alternative structual state of transterrin

  三上 文三

  Journal of Biological Chemistry,274/, 1999年, 査読有り

  
• The crystal structure of the sevenfold mutant of barley β-amylase with increased thermostability at 2.5 Å resolution

  B. Mikami; H.-J. Yoon; N. Yoshigi

  Journal of Molecular Biology, 1999年, 査読有り

  
• Crystal structure of recombinant soybean β-amylase complexed with β- cyclodextrin

  M. Adachi; B. Mikami; T. Katsube; S. Utsumi

  Journal of Biological Chemistry, 1998年07月, 査読有り

  
• Purification and characterization of two isozymes of chlorophyllase from mature leaves of Chenopodium album

  T Tsuchiya; H Ohta; T Masuda; B Mikami; N Kita; Y Shioi; K Takamiya

  PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, 1997年09月, 査読有り

  
• β-アミラーゼの構造を見る

  三上 文三

  化学と生物,35/3,199, 1997年, 査読有り

  
• The crystal structure of lipase II from Rhizopus niveus at 2.2 Å resolution

  M. Kohno; J. Funatsu; B. Mikami; W. Kugimiya; T. Matsuo; Y. Morita

  Journal of Biochemistry, 1996年09月, 査読有り

  
• Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of N-acyl-D-glucosamine 2-epimerase from porcine kidney

  Maru, I; J Ohnishi; Y Ohta; W Hashimoto; Y Tsukada; K Murata; B Mikami

  JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, 1996年09月, 査読有り

  
• Crystallization and X-ray Analysis of Normal and Modified Recombinant Soybean Proglycinins: Three-Dimensional Structure of Normal Proglycinin at 6 Å Resolution

  S. Utsumi; A.B. Gidamis; Y. Takenaka; N. Maruyama; M. Adachi; B. Mikami

  ACS Symposium Series, 1996年, 査読有り

  
• The crystal structure of lipase II from ┣DBRhizopus(/)-┫DB ┣DBniveus(/)-┫DB at 2.2 (]J1009[) resolution

  三上 文三

  The Journal of Biochemistry,120/,505-510, 1996年, 査読有り

  
• The role of SH and S-S groups in Bacillus cereus β-amylase

  K. Nomura; I. Yoneda; T. Nanmori; R. Shinke; Y. Morita; B. Mikami

  Journal of Biochemistry, 1995年12月, 査読有り

  
• Crystal structure of diferric hen ovotransferrin at 2.4 Å resolution

  H. Kurokawa; B. Mikami; M. Hirose

  Journal of Molecular Biology, 1995年11月24日, 査読有り

  
• MOLECULAR CHARACTERIZATION OF MONODEHYDROASCORBATE RADICAL REDUCTASE FROM CUCUMBER HIGHLY EXPRESSED IN ESCHERICHIA-COLI

  S SANO; C MIYAKE; B MIKAMI; K ASADA

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 1995年09月, 査読有り

  
• β-アミラーゼの活性中心

  三上 文三

  日本農藝化學會誌, 1995年08月01日, 査読有り

  
• Active site of soybeanβ-amylase

  三上 文三

  ,69/8,1046-1049, 1995年, 査読有り

  
• Crystal structures of soybean β-amylase reacted with β-maltose and maltal: Active site components and their apparent roles in catalysis

  B. Mikami; M. Degano; E.J. Hehre; J.C. Sacchettini

  Biochemistry, 1994年06月, 査読有り

  
• CRYSTALLIZATION AND PRELIMINARY-X-RAY ANALYSIS OF COPPER AMINE OXIDASE FROM ESCHERICHIA-COLI K-12

  JH ROB; H SUZUKI; H KUMAGAI; M YAMASHITA; H AZAKAMI; Y MUROOKA; B MIKAMI

  JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 1994年05月, 査読有り

  
• CRYSTALLIZATION AND PRELIMINARY-X-RAY ANALYSIS OF SOYBEAN PROGLYCININS MODIFIED BY PROTEIN ENGINEERING

  AB GIDAMIS; B MIKAMI; T KATSUBE; S UTSUMI; M KITO

  BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY, 1994年04月, 査読有り

  
• CRUCIAL ROLE OF INTRALOBE PEPTIDE-PEPTIDE INTERACTIONS IN THE UPTAKE AND RELEASE OF IRON BY OVOTRANSFERRIN

  H KUROKAWA; B MIKAMI; M HIROSE

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 1994年03月, 査読有り

  
• Two sulfhydryl groups near the active site of soybean beta-amylase

  B. Mikami; K. Nomura; Y. Morita

  Bioscience, Biotechnology and Biochemistry, 1994年01月, 査読有り

  
• CRYSTALLIZATION AND PRELIMINARY-X-RAY DIFFRACTION STUDIES OF BACTERIAL ALGINATE LYASE

  B MIKAMI; T HISANO; T YAMASHITA; T INOSE; M TAKAGI; K SAKAGUCHI; A KIMURA; T IMANAKA; K MURATA

  JOURNAL OF FERMENTATION AND BIOENGINEERING, 1994年, 査読有り

  
• STRUCTURAL EVIDENCE FOR A PH-SENSITIVE DILYSINE TRIGGER IN THE HEN OVOTRANSFERRIN N-LOBE - IMPLICATIONS FOR TRANSFERRIN IRON RELEASE

  JC DEWAN; B MIKAMI; M HIROSE; JC SACCHETTINI

  BIOCHEMISTRY, 1993年11月, 査読有り

  
• CRYSTALLIZATION AND PRELIMINARY-X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF THE SOYBEAN PROGLYCININ EXPRESSED IN ESCHERICHIA-COLI

  S UTSUMI; AB GIDAMIS; B MIKAMI; M KITO

  JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 1993年09月, 査読有り

  
• Cloning of the β-amylase gene from Bacillus cereus and characteristics of the primary structure of the enzyme

  T. Nanmori; M. Nagai; Y. Shimizu; R. Shinke; B. Mikami

  Applied and Environmental Microbiology, 1993年02月, 査読有り

  
• The 2.0-Å resolution structure of soybean β-amylase complexed with α-cyclodextrin

  B. Mikami; E.J. Hehre; M. Sato; Y. Katsube; M. Hirose; Y. Morita; J.C. Sacchettini

  Biochemistry, 1993年, 査読有り

  
• オボトランスフェリンのX線結晶構造解析

  三上 文三

  京都大学食糧科学研究所報告,56,27-28, 1993年, 査読有り

  
• Three-dimensional structure of soybean β-amylase determined at 3.0 Å resolution: Preliminary chain tracing of the complex with α-cyclodextrin

  B. Mikami; M. Sato; T. Shibata; M. Hirose; S. Aibara; Y. Katsube; Y. Morita

  Journal of Biochemistry, 1992年, 査読有り

  
• Complete amino acid sequence of endo-β-N-acetylglucosaminidase from Flavobacterium sp.

  K. Takegawa; B. Mikami; S. Iwahara; Y. Morita; K. Yamamoto; T. Tochikura

  European Journal of Biochemistry, 1991年11月, 査読有り

  
• ダイズβ-アミラーゼのX線構造解析

  三上 文三

  澱粉科学,38/2, 1991年, 査読有り

  
• X-ray crytal structure analysis of soybean β-amylase

  三上 文三

  Denpun Kagaku,38/2, 1991年, 査読有り

  
• CRYSTALLIZATION OF AND PRELIMINARY CRYSTALLOGRAPHIC DATA FOR THE N-TERMINAL HALF-MOLECULE OF OVOTRANSFERRIN

  B MIKAMI; M HIROSE

  JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, 1990年12月, 査読有り

  
• POSITIONS OF SUBSTITUTED AMINO-ACIDS IN SOYBEAN BETA-AMYLASE ISOZYMES

  ES JI; B MIKAMI; JP KIM; Y MORITA

  AGRICULTURAL AND BIOLOGICAL CHEMISTRY, 1990年11月, 査読有り

  
• CRYSTALLIZATION OF AND PRELIMINARY CRYSTALLOGRAPHIC DATA FOR ALLOSTERIC L-LACTATE DEHYDROGENASE FROM BIFIDOBACTERIUM-LONGUM

  S IWATA; T MINOWA; B MIKAMI; Y MORITA; T OHTA

  JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, 1989年10月, 査読有り

  
• ダイズβ‐アミラーゼの構造とＳＨ基の反応性

  三上文三; 野村啓一; 馬島肇一; 森田雄平

  澱粉科学, 1989年06月, 査読有り

  
• SPINACH FERREDOXIN-NITRITE REDUCTASE - CHARACTERIZATION OF CATALYTIC ACTIVITY AND INTERACTION OF THE ENZYME WITH SUBSTRATES

  B MIKAMI; S IDA

  JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, 1989年01月, 査読有り

  
• PRIMARY STRUCTURE OF AN N-LINKED SUGAR CHAIN DERIVED FROM GLUCOAMYLASE OF RHIZOPUS-NIVEUS

  K TAKEGAWA; N KAWASAKI; S IWAHARA; K YAMAMOTO; T TOCHIKURA; B MIKAMI; Y MORITA

  BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA, 1989年01月, 査読有り

  
• ダイズβ-アミラーゼの構造とSH基の反応性

  三上 文三

  澱粉科学,36/2, 1989年, 査読有り

  
• CRYSTALLIZATION OF AND PRELIMINARY CRYSTALLOGRAPHIC DATA FOR BACILLUS-STEAROTHERMOPHILUS CYCLODEXTRIN GLUCANOTRANSFERASE

  M KUBOTA; B MIKAMI; Y TSUJISAKA; Y MORITA

  JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, 1988年07月, 査読有り

  
• Elucidation of the role of sugar chains in glucoamylase using endo-β-N-acetylglucosaminidase from Flavobacterium sp.

  K. Takegawa; M. Inami; K. Yamamoto; H. Kumagai; T. Tochikura; B. Mikami; Y. Morita

  Biochimica et Biophysica Acta (BBA)/Protein Structure and Molecular, 1988年07月, 査読有り

  
• PURIFICATION, CRYSTALLIZATION, AND CHARACTERIZATION OF PEROXIDASE FROM COPRINUS-CINEREUS

  Y MORITA; H YAMASHITA; B MIKAMI; H IWAMOTO; S AIBARA; M TERADA; J MINAMI

  JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, 1988年04月, 査読有り

  
• PRIMARY STRUCTURE AND FUNCTION OF BETA-AMYLASE

  B MIKAMI; Y MORITA; C FUKAZAWA

  SEIKAGAKU, 1988年03月, 査読有り

  
• Primary structure and function of beta-amylase

  B. Mikami; Y. Morita; C. Fukazawa

  Seikagaku. The Journal of Japanese Biochemical Society, 1988年03月, 査読有り

  
• Partial amino acid sequences around sulfhydryl groups of soybean β-amylase

  K. Nomura; B. Mikami; Y. Morita

  Journal of Biochemistry, 1987年08月, 査読有り

  
• Effect of modification of sulfhydryl groups in soybean β-amylase on the interaction with substrate and inhibitors

  K. Nomura; B. Mikami; Y. Nagao; Y. Morita

  Journal of Biochemistry, 1987年08月, 査読有り

  
• Interaction of soybean β-amy1ase with glucose

  K. Nomura; B. Mikami; Y. Morita

  Journal of Biochemistry, 1986年11月, 査読有り

  
• REVERSIBLE INACTIVATION OF FERREDOXIN-NITRATE REDUCTASE FROM THE CYANOBACTERIUM PLECTONEMA-BORYANUM - THE ROLE OF SUPEROXIDE ANION AND CYANIDE

  B MIKAMI; S IDA

  PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, 1986年09月, 査読有り

  
• N-tenninal sequence of soybean β-amylase

  B. Mikami; K. Nomura; Y. Morita

  Journal of Biochemistry, 1986年08月, 査読有り

  
• CHANGES IN LIPOXYGENASE COMPONENTS OF RICE SEEDLINGS DURING GERMINATION

  H OHTA; S IDA; B MIKAMI; Y MORITA

  PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, 1986年07月, 査読有り

  
• SPINACH FERREDOXIN NITRITE REDUCTASE - A PURIFICATION PROCEDURE AND CHARACTERIZATION OF CHEMICAL-PROPERTIES

  S IDA; B MIKAMI

  BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA, 1986年06月, 査読有り

  
• PURIFICATION AND PROPERTIES OF FERREDOXIN NITRATE REDUCTASE FROM THE CYANOBACTERIUM PLECTONEMA-BORYANUM

  B MIKAMI; S IDA

  BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA, 1984年, 査読有り

  
• PURIFICATION AND CHARACTERIZATION OF ASSIMILATORY NITRATE REDUCTASE FROM THE CYANOBACTERIUM PLECTONEMA-BORYANUM

  S IDA; B MIKAMI

  PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, 1983年, 査読有り

  
• Interaction of native and SH-modified β-amylase of soybean with cyclohexadextrin and maltose

  B. Mikami; K. Nomura; Y. Morita

  Journal of Biochemistry, 1983年, 査読有り

  
• Location of sh groups along the polypeptide chain of soybean β-amylase

  B. Mikami; Y. Morita

  Journal of Biochemistry, 1983年, 査読有り

  
• Circular dichroism and the conformational properties of soybean β-amylase

  E. Mori; B. Mikami; Y. Morita; B. Jirgensons

  Archives of Biochemistry and Biophysics, 1981年, 査読有り

  
• Chemical modification of sulfhydryl groups in soybean β-amylase

  B. Mikami; S. Aibara; Y. Morita

  Journal of Biochemistry, 1980年, 査読有り

  

MISC

• 変調磁場により作製した蛋白質擬単結晶の構造解析

  三上文三

  第61回日本木材学会大会, 2011年, 査読有り

  
• アゼチジン-2-カルボン酸加水分解酵素のX線結晶構造解析

  三上文三

  日本農芸化学会2011年度大会, 2011年, 査読有り

  
• フレキシブルループに変異を導入したKlebsiella由来プルラナーゼの熱安定性

  三上文三

  日本農芸化学会2011年度大会, 2011年, 査読有り

  
• 結晶構造に基づくβ－アミラーゼの活性部位ループの機能解析

  三上文三

  日本農芸化学会2011年度大会, 2011年, 査読有り

  
• 苦味を制御する鶏卵抗体の作製とその評価

  三上文三

  日本農芸化学会2011年度大会, 2011年, 査読有り

  
• 出芽酵母Pos5が高いNADHキナーゼ活性を示す構造要因

  三上文三

  日本農芸化学会2011年度大会, 2011年, 査読有り

  
• 酵母Pichia pastorisを用いたハイスループット発現系構築法の開発：膜タンパク質・分泌タンパク質への応用

  三上文三

  日本農芸化学会2011年度大会, 2011年, 査読有り

  
• 分子モデルに基づいた制限酵素EcoT38Iの機能解析

  三上文三

  日本農芸化学会2011年度大会, 2011年, 査読有り

  
• ギ酸オキシダーゼへの変異導入によるフラビン補酵素構造変化

  三上文三

  日本農芸化学会2011年度大会, 2011年, 査読有り

  
• ニューロセルピンのリフォールディングとポリマー化経路

  三上文三

  日本農芸化学会2011年度大会, 2011年, 査読有り

  
• 生物種を超えて共通するフェリチンにおける鉄貯蔵機構

  三上文三

  日本農芸化学会2011年度大会, 2011年, 査読有り

  
• オボアルブミンにおけるアミロイド形成コアの探索

  三上文三

  日本農芸化学会2011年度大会, 2011年, 査読有り

  
• 甘味タンパク質ソーマチンの甘味発現機構

  三上文三

  日本農芸化学会2011年度大会, 2011年, 査読有り

  
• 連鎖球菌由来不飽和グルクロニルヒドロラーゼのグリコサミノグリカン二糖に対する硫酸基認識

  三上文三

  日本農芸化学会2011年度大会, 2011年, 査読有り

  
• 結晶構造に基づくプロテイングルタミナーゼの酵素機能解析

  三上文三

  日本農芸化学会2011年度大会, 2011年, 査読有り

  
• 植物フェリチンの立体構造解析より明らかとなった種を超えて共通するフェリチンにおける鉄貯蔵機構

  増田太郎; 後藤文之; 吉原利一; 三上文三

  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2010年05月15日, 査読有り

  
• X-Ray crystallographic analysis of mung bean 8S globulin.

  Mikami, B; Moriya, T; Tandang, M; Masuda, T; Utsumi S

  SPring-8 User Experiment Report 2010A1309, 2010., 2010年

  
• リゾチームの擬単結晶のX線構造解析

  三上文三

  第59回高分子学会年次大会, 2010年, 査読有り

  
• ギ酸オキシダーゼへの変異の導入によるフラビン補酵素の構造変化

  三上文三

  北陸合同バイオシンポジウム2010, 2010年, 査読有り

  
• GMCオキシダーゼファミリーに属するギ酸オキシダーゼの活性部位には8-formyl FAD とHis-Arg 対が存在する

  三上文三

  北陸合同バイオシンポジウム2010, 2010年, 査読有り

  
• Crystal Structure of Protein-Glutaminase and Its Pro-Structures Similar to Enzyme-Substrate Complex

  Bunzo Mikami

  26th European Crystallographic Meeting, 2010年, 査読有り

  
• ギ酸オキシダーゼの立体構造と補酵素の解明

  三上文三

  日本生化学会北陸支部第28回大会, 2010年, 査読有り

  
• Sphingomonas属細菌A1株由来ペプチドグリカン分解酵素の立体構造に基づく触媒機構解析

  三上文三

  日本農芸化学会関西支部大会（第466回講演会）, 2010年, 査読有り

  
• 硫酸化グリコサミノグリカンに作用する連鎖球菌由来不飽和グルクロニルヒドロラーゼの基質認識機構

  三上文三

  日本農芸化学会関西支部大会（第466回講演会）, 2010年, 査読有り

  
• ニューロセルピンのリフォールディングとポリマー化の関わり

  三上文三

  日本蛋白質科学会第10回年会, 2010年, 査読有り

  
• X-ray single crystal analysis of a pseudo single crystal of protein microcrystalline powders

  Bunzo Mikami

  Pacifichem 2010, 2010年, 査読有り

  
• 結晶構造比較による11Sグロブリンの保存性と多様性の解析

  三上文三

  日本農芸化学会2010年度大会, 2010年, 査読有り

  
• プルラナーゼの保存領域３を含むループのinduced-fit motionは活性発現に必要か？

  三上文三

  日本農芸化学会2010年度大会, 2010年, 査読有り

  
• ダイズβ－アミラーゼのフレキシブルループ変異体の結晶構造

  三上文三

  日本農芸化学会2010年度大会, 2010年, 査読有り

  
• Mgイオン存在下で再生したCold-active protein tyrosine phosphataseの立体構造解析

  三上文三

  日本農芸化学会2010年度大会, 2010年, 査読有り

  
• メダカの分泌タンパク質αアミラーゼの酵母を用いた発現系の構築

  三上文三

  日本農芸化学会2010年度大会, 2010年, 査読有り

  
• 甘味タンパク質ソーマチンのX線結晶構造解析 (2)アルギニン82の重要性

  三上文三

  日本農芸化学会2010年度大会, 2010年, 査読有り

  
• 植物フェリチンの立体構造と鉄貯蔵機構の解析

  三上文三

  日本農芸化学会2010年度大会, 2010年, 査読有り

  
• 天然型ニューロセルピンのポリマー化機構

  三上文三

  日本農芸化学会2010年度大会, 2010年, 査読有り

  
• S-オボアルブミン形成におけるセリン残基の役割：D-セリン生成の可能性に関するタンパク質工学的研究

  三上文三

  日本農芸化学会2010年度大会, 2010年, 査読有り

  
• Serpinスーパーファミリーに高度に保存されたTrp残基のインヒビター活性発現における役割

  三上文三

  日本農芸化学会2010年度大会, 2010年, 査読有り

  
• アルギン酸輸送ABCトランスポーターの機能解析と予備的X線結晶構造解析

  三上文三

  日本農芸化学会2010年度大会, 2010年, 査読有り

  
• ヒト苦味受容体（hTAS2R16）の酵母を用いた発現系構築

  三上文三

  日本農芸化学会2010年度大会, 2010年, 査読有り

  
• Role of induced-fit motion in the active site of Klebsiella pullulanase

  Bunzo Mikami

  日本生化学会83回大会, 2010年, 査読有り

  
• ビタミンB6 分解酵素4-pyridoxolactonase のX 線結晶構造解析

  三上文三

  日本生化学会83回大会, 2010年, 査読有り

  
• 結晶構造から明らかにされた制限酵素EcoT38I のユニークな反応機構

  三上文三

  日本生化学会83回大会, 2010年, 査読有り

  
• 甘味関連タンパク質の機能発現に関する高分解能構造解析.

  Masuda, T; Kigo, S; Mikami, B; Kitabatake, N

  SPring-8 User Experiment Report 2009B1379, 2009., 2009年

  
• X-ray crystallographic analysis of phytoferritin subunit from soybean

  Masuda, T; Goto, F; Yoshihara, T; Yoshimura, T; Mikami, B

  SPring-8 User Experiment Report 2009A1249, 2009., 2009年

  
• アルギン酸代謝に関わる細菌由来α-ケト酸還元酵素のX線結晶構造

  三上文三

  日本農芸化学会関西支部第458回講演会, 2009年, 査読有り

  
• ニワトリ卵白リゾチーム擬単結晶のX線構造解析

  三上文三

  第4回日本磁気科学会年会, 2009年, 査読有り

  
• プロ型プロテイングルタミナーゼのX線結晶構造解析

  三上文三

  第56回日本生化学会近畿支部例会, 2009年, 査読有り

  
• X 線結晶構造解析により明らかとなった野生型ニューロセルピンのポリマー化要因

  三上文三

  日本蛋白質科学会第9回年会, 2009年, 査読有り

  
• endo‒ 1,3 ‒β‒glucanase の構造や機能における触媒残基とCa2+ の役割

  三上文三

  日本蛋白質科学会第9回年会, 2009年, 査読有り

  
• ダイズフェリチン（SFER4）24 量体のX 線結晶構造解析

  三上文三

  日本蛋白質科学会第9回年会, 2009年, 査読有り

  
• Structural determinants responsible for mode of action in polysaccharide lyases for biofuel production

  Bunzo Mikami

  日本生化学会82回大会, 2009年, 査読有り

  
• A novel streptococcal unsaturated glucuronyl hydrolases specific for sulfated glycosaminoglycans

  Bunzo Mikami

  日本生化学会82回大会, 2009年, 査読有り

  
• Coenzyme-binding mode in α-keto acid reductase responsible for alginate metabolism

  三上文三

  日本生化学会82回大会, 2009年, 査読有り

  
• 2T6p-17 出芽酵母Pos5 が強力なNADH キナーゼ活性を示し得る構造要因

  三上文三

  日本生化学会82回大会, 2009年, 査読有り

  
• ニューロセルピンの結晶構造により明らかとなった複数のポリマー化経路

  三上文三

  日本生化学会82回大会, 2009年, 査読有り

  
• 好冷菌Shewanella sp.が産生するCold-active alkaline phosphatase の結晶構造

  三上文三

  日本生化学会82回大会, 2009年, 査読有り

  
• ニューロセルピンのX線結晶構造解析

  三上文三

  日本農芸化学会2009年度大会, 2009年, 査読有り

  
• デンプン枝切り酵素のサブサイト－２および＋２の役割

  三上文三

  日本農芸化学会2009年度大会, 2009年, 査読有り

  
• 褐藻アルギン酸の糖化に関わる細菌由来エキソ型リアーゼの構造・機能相関

  三上文三

  日本農芸化学会2009年度大会, 2009年, 査読有り

  
• オボアルブミンのアミロイド線維形成:内在性ペプチドの添加効果

  三上文三

  日本農芸化学会2009年度大会, 2009年, 査読有り

  
• ファミリーGH73ペプチドグリカン分解酵素のX線結晶構造

  三上文三

  日本農芸化学会2009年度大会, 2009年, 査読有り

  
• ファミリーPL-14多糖リアーゼvAL-1(S)の構造・機能相関

  三上文三

  日本農芸化学会2009年度大会, 2009年, 査読有り

  
• 細菌由来アルギン酸輸送ABCトランスポーターの発現・機能解析と結晶化

  三上文三

  日本農芸化学会2009年度大会, 2009年, 査読有り

  
• Chryseobacterium proteolyticum 9670株由来プロテイングルタミナーゼの結晶構造解析

  三上文三

  日本農芸化学会2009年度大会, 2009年, 査読有り

  
• Streptomyces mobaraensis 由来プロ体トランスグルタミナーゼの結晶構造解析

  三上文三

  日本農芸化学会2009年度大会, 2009年, 査読有り

  
• 制限酵素EcoT38Iの結晶構造解析

  三上文三

  日本農芸化学会2009年度大会, 2009年, 査読有り

  
• The PD-1/PD-L1 complex resembles the antigen-binding Fv domains of antibodies and T cell receptors

  David Yin-Wei Lin; Yoshimasa Tanaka; Masashi Iwasaki; Apostolos G. Gittis; Hua-Poo Su; Bunzo Mikami; Taku Okazaki; Tasuku Honjo; Nagahiro Minato; David N. Garboczi

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2008年02月, 査読有り

  
• Molecular mechanism of the structural change of egg white proteins.

  Takahashi, N; Mikami, B; Oe, T

  SPring-8 User Experiment Report 2008A1266, 2008., 2008年

  
• X-Ray crystallographic analysis of a type II restriction endonuclease, R.EcoT38I, from Escherichia coli TH38.

  Kita, K; Nagao, J; Mikami, B

  SPring-8 User Experiment Report 2008A1219, 2008., 2008年

  
• 枯草菌による植物細胞壁の分解:多糖ラムノガラクツロナンリアーゼYesWのX線結晶構造

  三上文三

  日本農芸化学会関西支部第449回講演会, 2008年, 査読有り

  
• サルモネラ菌由来マンノースイソメラーゼYihSの機能と立体構造

  三上文三

  日本農芸化学会関西支部第454回講演会, 2008年, 査読有り

  
• 新規アラビノース代謝経路に関与するL-2-ケト-3-デオキシアラボネート脱水酵素の結晶構造解析

  嶋田直子; 三上文三; 渡邉誠也; 小瀧努; 牧野圭祐

  第30回日本分子生物学会大会第80回日本生化学会大会合同大会，横浜，2007.12.11-15, 2007年, 査読有り

  
• 新規アラビノース代謝経路に関与する酵素L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydrataseの結晶構造解析

  嶋田直子; 渡邉誠也; 小瀧努; 三上文三; 牧野圭祐

  京都大学21世紀COEプログラム「環境調和型エネルギーの研究教育拠点形成」成果発表会，京都，2007.3.12-13, 2007年, 査読有り

  
• バイオマス高効率変換酵素の立体構造解明および機能変換

  松井絢子; 依田香子; 渡邉誠也; 小瀧努; 三上文三; 牧野圭祐

  京都大学21世紀COEプログラム「環境調和型エネルギーの研究教育拠点形成」成果発表会，京都，2007.3.12-13, 2007年, 査読有り

  
• Crystal structure of soybean 11S globulin: Glycinin A3B4 homohexamer

  M Adachi; J Kanamori; T Masuda; K Yagasaki; K Kitamura; B Mikami; S Utsumi

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2003年06月, 査読有り

  

講演・口頭発表等

• 似て非なる二種のタイプ3銅タンパク質・フェノールオキシダーゼとヘモシアニン

  増田 太郎; 河内 達暉; 的場 康幸; 豊原 治彦; 三上 文三

  日本農芸化学会2018年度大会, 2018年03月17日

  
• ループ領域がソーマチンの甘味、熱安定性に与える影響

  光本 麻佑子; 三上 文三; 谷 史人; 桝田 哲哉

  日本農芸化学会2018年度大会, 2018年03月17日

  
• 非凍結結晶を用いたβ－アミラーゼ（E380A）と基質との複合体のpH変化の解析

  三上 文三; 安達 基泰; 姜 有那; 水谷 公彦; 高橋 延行

  日本農芸化学会2018年度大会, 2018年03月17日

  
• MDシミュレーションにより明らかとなったイネジベレリン代謝酵素の活性機構

  竹原 清日; 三上 文三; 桜庭 俊; 松岡 信; 上口(田中) 美弥子

  日本農芸化学会2018年度大会, 2018年03月16日

  
• Klebsiella pneumoniae pullulanaseとcyclodextrinの相互作用様式の解明

  坂 直樹; 田中 啓一郎; 山野 小波; 水谷 公彦; 高橋 延行; 岩本 博行; 三上 文三

  日本農芸化学会2018年度大会, 2018年03月16日

  
• グリコサミノグリカンの輸送に関わる細菌タンパク質は二種類の基質結合型closed構造をとる

  老木 紗予子; 佐藤 賢宏; 蒲地 玲子; 三上 文三; 村田 幸作; 橋本 渉

  日本農芸化学会2018年度大会, 2018年03月16日

  
• スター活性が低下した変異型EcoO109I制限酵素とDNA複合体のX線結晶構造解析

  渡邉 幸夫; 三上 文三; 喜多 恵子

  日本農芸化学会2018年度大会, 2018年03月16日

  
• グリコサミノグリカンの輸送に関わる細菌由来基質結合タンパク質のドメインダイナミクス

  老木 紗予子; 蒲地 玲子; 三上 文三; 村田 幸作; 橋本 渉

  日本農芸化学会2017年度大会, 2017年03月20日

  
• 貝類由来セルラーゼEG27IIのX線結晶構造解析および機能解析

  野村 泰介; 水谷 公彦; 岩瀬 久夢; 高橋 延行; 三上 文三

  日本農芸化学会2017年度大会, 2017年03月19日

  
• 非凍結結晶を用いたβ-アミラーゼ／基質複合体のpHによる構造変化の解析

  三上 文三; 河村 和広; 安達 基泰; 姜 有那; 水谷 公彦; 高橋 延行

  日本農芸化学会2017年度大会, 2017年03月18日

  
• ジベレリン生合成および代謝酵素の構造解析と機能解析

  竹原 清日; 三上 文三; 河合 恭甫; 松岡 信; 上口(田中) 美弥子

  日本農芸化学会2017年度大会, 2017年03月18日

  
• 甘味タンパク質ソーマチンの甘味発現機構

  光本 麻佑子; 大久保 喬平; 三上 文三; 谷 史人; 桝田 哲

  日本農芸化学会2017年度大会, 2017年03月18日

  
• 苦味受容体抗体による苦味感受性の増強

  壇 淳; 金谷 華帆; 佐藤 創平; 水谷 公彦; 三上 文三; 前橋 健二; 伊井野 貴史; 堀江 健二; 金 武祚; 林 由佳子

  日本農芸化学会2017年度大会, 2017年03月18日

  
• βーアミラーゼ／マルトース複合体結晶の室温での測定によって明らかにされた構造のpH依存性

  三上 文三

  第30回欧州結晶学会, 2016年09月01日

  
• 非凍結結晶を用いたβ‐アミラーゼ／マルトース複合体のpHによる構造変化の解析

  三上 文三; 河村 和広; 安達 基泰; 姜 有那; 水谷 公彦; 高橋 延行

  日本農芸化学会2016年度大会, 2016年03月30日

  
• 酸性多糖の代謝に関わる還元酵素の補酵素要求性に関わる構造要因

  高瀬 隆一; 丸山 如江; 老木 紗予子; 三上 文三; 村田 幸作; 橋本 渉

  日本農芸化学会2016年度大会, 2016年03月30日

  
• 枯草菌芽胞形成制御因子Spo0Mタンパク質の構造と機能に関する研究

  園田 陽; 水谷 公彦; 三上 文三

  日本農芸化学会2016年度大, 2016年03月29日

  
• ギ酸オキシダーゼの亜硝酸を電子受容体とする酸化半反応

  田邊 直人; 道林 泰樹; 中垣 康平; 沖 昌也; 三上 文三; 内田 博之

  日本農芸化学会2016年度大会, 2016年03月29日

  
• イネジベレリン2酸化酵素は多量体構造形成によりジベレリン代謝を促進する

  竹原 清日; 三上 文三; 樫尾 徹; 松岡 信; 上口(田中) 美弥子

  日本農芸化学会2016年度大会, 2016年03月29日

  
• 動物細胞外マトリックス（グリコサミノグリカン）を基質とする病原性細菌ABCトランスポーター

  老木 紗予子; 丸山 如江; 三上 文三; 村田 幸作; 橋本 渉

  日本農芸化学会2016年度大会, 2016年03月28日

  
• 大豆リポキシゲナーゼT756R・dG変異体の酵素学的性質と結晶構造解析

  日置 友輔; 長屋 敦; 三上 文三; 高橋 延行; 水谷 公彦

  日本農芸化学会2016年度大会, 2016年03月28日

  
• 甘味タンパク質ソーマチンの甘味強化

  桝田 哲哉; 太田 圭介; 小代 奈央子; 村田 一輝; 三上 文三; 谷 史人; Temussi Piero; 北畠 直文

  日本農芸化学会2016年度大会, 2016年03月28日

  
• MMLV 逆転写酵素の RNase H ドメインの調製と性状解析

  西村 耕作; 横川 貫太; 深津 浩佑; 久世 郁実; 久好 哲郎; 小西 篤; 三上 文三; 兒島 憲二; 保川 清

  日本農芸化学会2015年度大会, 2015年03月29日

  
• 麹菌Aspergillus oryzae由来グルコアミラーゼのX線構造解析

  永吉 恵美; 水谷 公彦; 高橋 延行; 三上 文三; 瀧井 幸男

  日本農芸化学会2015年度大会, 2015年03月28日

  
• β‐アミラーゼ／マルトース複合体結晶構造のpH変化

  三上 文三; 河村 和広; 安達 基泰; 水谷 公彦; 高橋 延行

  日本農芸化学会2015年度大会, 2015年03月28日

  
• 連鎖球菌による哺乳類細胞外マトリクス（グリコサミノグリカン）の分解：不飽和グルクロニルヒドロラーゼの反応機構

  中道 優介; 老木 紗予子; 三上 文三; 村田 幸作; 橋本 渉

  日本農芸化学会2015年度大会, 2015年03月28日

  
• 甘味タンパク質ソーマチンの連続フェムト秒結晶構造解析

  桝田 哲哉; 南後 恵理子; 菅原 道泰; 鈴木 守; 登野 健介; 城地 保昌; 亀島 敬; Park Jaehyun; Song Changyong; 初井 宇記; 矢橋 牧名; 大久保 喬平; 三上 文三; 北畠 直文; 谷 史人; 岩田 想

  日本農芸化学会2015年度大会, 2015年03月28日

  
• 基質結合タンパク質依存的ABCトランスポーターによる多糖認識

  丸山 如江; 立石 彬; 金子 あい; 三上 文三; 橋本 渉; 村田 幸作

  日本農芸化学会2015年度大会, 2015年03月27日

  
• 紫外吸収分光法とX線結晶構造解析によるリジル-tRNA合成酵素とL-リジンの結合の解析およびその誘導適合機構に対する洞察

  滝田 禎亮; 三上 文三; 井上 國世

  日本農芸化学会2015年度大会, 2015年03月27日

  
• イネにおけるジベレリン代謝酵素の構造と機能解析

  竹原 清日; 三上 文三; 樫尾 徹; 松岡 信; 上口(田中) 美弥子

  日本農芸化学会2015年度大会, 2015年03月27日

  
• ジベレリン生合成・代謝酵素のX線結晶構造解析

  竹原 清日; 三上 文三; 樫尾 徹; 松岡 信; 上口(田中) 美弥子

  日本農芸化学会2014年度大会, 2014年03月30日

  
• 連鎖球菌による宿主細胞外マトリクス（グリコサミノグリカン）の代謝機構

  橋本 渉; 丸山 如江; 高瀬 隆一; 中道 優介; 三上 文三; 村田 幸作

  日本農芸化学会2014年度大会, 2014年03月29日

  
• Ｘ線結晶構造解析によるダイズβ-アミラーゼの反応機構の解明

  三上 文三; 姜 有那; 安達 基泰; 河村 和広; 水谷 公彦; 高橋 延行

  日本農芸化学会2014年度大会, 2014年03月28日

  
• 新規フェノールオキシダーゼの立体構造が示唆するタイプ3銅蛋白質の機能分化について

  増田 太郎; 百次 恭佑; 平田 孝; 三上 文三

  日本農芸化学会2014年度大会, 2014年03月28日

  
• N-末端ドメインが関与する植物型フェリチンの鉄放出機構

  増田 太郎; 杉原 格; 森本 晋一郎; 三上 文三; 豊原 治彦

  日本農芸化学会2013年度大会, 2013年03月27日

  
• 体腔依存多糖取り込みABCトランスポーターの構造機能相関とその応用

  橋本 渉; 丸山 如江; 三上 文三; 村田 幸作

  日本農芸化学会2013年度大会, 2013年03月27日

  
• ギ酸オキシダーゼは一酸化窒素還元活性を持つ

  内田 博之; 瀬古 雄亮; 黒柳 美莉; 若泉 杏奈; 沖 昌也; 櫻井 明彦; 三上 文三

  日本農芸化学会2013年度大, 2013年03月26日

  
• 苦味受容体hT2R16に対する鶏卵抗体の作製およびその特性評価

  佐藤 創平; 藤戸 洋聡; 水谷 公彦; 三上 文三; 伏木 亨; 前橋 健二; 山下 裕輔; 伊井野 貴史; 堀江 健二; 金 武祚; 松村 康生; 林 由佳子

  日本農芸化学会2013年度大会, 2013年03月26日

  
• Ｘ線結晶構造解析によるダイズβ-アミラーゼの反応機構の解明

  三上 文三; 姜 有那; 安達 基泰; 河村 和広; 水谷 公彦; 高橋 延行

  日本農芸化学会2013年度大会, 2013年03月25日

  
• 細菌由来アルギン酸ABCトランスポーターの立体構造と基質輸送

  丸山 如江; 金子 あい; 三上 文三; 橋本 渉; 村田 幸作

  日本農芸化学会2013年度大会, 2013年03月25日

  
• 複合体結晶構造に基づくアゼチジン-2-カルボン酸加水分解酵素の反応機構

  豊田 真悠子; 実森 啓二; WACKETT Lawrence; 江崎 信芳; 栗原 達夫; 三上 文三

  日本農芸化学会2013年度大会, 2013年03月25日

  
• 酸性多糖の代謝に関わる細菌由来α-ケト酸還元酵素のX線結晶構造解析

  高瀬 隆一; 三上 文三; 橋本 渉; 村田 幸作

  日本農芸化学会2012年度大会, 2012年03月25日

  
• オボアルブミン重合体形成におけるフォールディング中間体の寄与

  杉田 知衣梨; 高橋 延行; 三上 文三

  日本農芸化学会2012年度大会, 2012年03月24日

  
• 高等植物型フェリチンのN-末端領域はフェリチン多量体の会合に関与する

  増田 太郎; 森本 晋一郎; 三上 文三; 豊原 治彦

  日本農芸化学会2012年度大会, 2012年03月24日

  
• Aspergillus oryzae RIB40 由来ギ酸オキシダーゼにおける Arg554 の機能

  若泉 杏奈; 大竹 拓; 沖 昌也; 内田 博之; 三上 文三

  日本農芸化学会2012年度大会, 2012年03月24日

  
• 多糖アルギン酸の取り込みに関わる細菌由来ABCトランスポーターのX線結晶構造解析

  丸山 如江; 伊藤 貴文; 西谷 悠; 三上 文三; 橋本 渉; 村田 幸作

  日本農芸化学会2012年度大会, 2012年03月24日

  
• 酵母Pichia pastorisで発現した、組換えメダカαアミラーゼの結晶構造解析

  水谷 公彦; 豊田 真悠子; 吉岡 宗嗣; 大竹 雄一郎; 三上 文三

  日本農芸化学会2012年度大会, 2012年03月23日

  
• 微生物由来プルラナーゼのフレキシブルループ変異酵素の性質

  岩本 博行; 佐藤 孝憲; Malle Dominggus; 三上 文三

  日本農芸化学会2012年度大会, 2012年03月23日

  
• 高分解能X線結晶構造解析による甘味タンパク質ソーマチンの甘味発現機構の解明

  桝田 哲哉; 太田 圭介; 三上 文三; 北畠 直文; 谷 史人

  日本農芸化学会2012年度大会, 2012年03月23日

  
• Ｘ線結晶構造解析によるダイズβ-アミラーゼの反応機構の解明

  三上 文三; 奥村 覚二; 山田 壮介; 安達 基泰; 水谷 公彦; 高橋 延行

  日本農芸化学会2012年度大会, 2012年03月23日

  
• 海洋性超好熱菌Thermotoga neapolitana由来β-1,3-キシラナーゼの耐熱性を導く要因の解析

  山崎 清志; 岡崎 文美; 荻野 千秋; 近藤 昭彦; 三上 文三; 榑林 陽一; 鶴田 宏樹

  日本農芸化学会2012年度大会, 2012年03月23日

  
• 結晶構造に基づくプロテイングルタミナーゼの酵素機能解析

  牧 由起子; 橋爪 亮太; 水谷 公彦; 高橋 延行; 松原 寛敬; 松永 亜希子; 山口 庄太郎; 三上 文三

  日本農芸化学会2011年度大会, 2011年03月27日

  
• 結晶構造に基づいたアミラーゼの触媒機能の解明

  第11回関西グライコサイエンスフォーラム, 2010年

  
• 実験室系発生器・放射光施設両方を利用した効果的なデータ収集と構造解析

  日本蛋白質科学会第9回年会, 2009年

  

書籍等出版物

• レーニンジャーの新生化学［第6 版］―生化学と分子生物学の基本原理―(川嵜敏祐 監修 中山和久 編集)、第4章 タンパク質の三次元構造

  三上 文三, 共訳, pp.163-223

  廣川書店, 2015年02月, 査読無し

  
• 日本の結晶学（ＩＩ）

  三上 文三, 分担執筆, pp. 376

  日本結晶学会, 2014年07月, 査読無し

  
• 大豆のすべて 北村啓介 編集 第2節2.1 グロブリンたんぱく質 一時構造、二次構造、三次構造

  三上 文三, 分担執筆, pp.115-121

  サイエンス フォーラム, 2010年02月, 査読無し

  
• X-Ray crystallographic analysis of peanut conarachin.

  Mikami, B; Urabe, H; Tandang, M; Masuda, T; Maruyama, N; Utsumi S

  Spring-8 User Experiment Report 2010A6538, 2010., 2010年, 査読無し

  
• X-Ray crystallographic analysis of vacuolar sorting receptor (VSR) from soybean cells .

  Mikami, B; Maruyama, N; Utsumi S

  SPring-8 User Experiment Report 2010B6538, 2010., 2010年, 査読無し

  
• X-Ray crystallographic analysis of a mutant mung bean 8S globulin.

  Mikami, B; Yamazaki, Y; Maruyama, N; Tandang, M; Masuda, T; Itoh, T; Utsumi S

  SPring-8 User Experiment Report 2010B1456, 2010., 2010年, 査読無し

  
• グロブリンタンパク質．大豆のすべて（喜多村啓介他編）

  三上文三; 丸山伸之; 内海 成

  p. 115-121、サイエンスフォーラム、東京、2010., 2010年, 査読無し

  
• X-Ray crystallographic analysis of mutant beta-amylase/maltose complex.-Titration of two loop conformations of V99N by maltose-

  Mikami, B; Tanabe, A; Hashizume, R; Yoshimura, T

  Pring-8 User Experiment Report 2010A1489, 2010., 2010年, 査読無し

  
• X-Ray crystallographic analysis of mutant beta-amylase/maltose complex.-Titration of two loop conformations of K295A by maltose-.

  Mikami, B; Tanabe, A; Adachi, M; Okumura, T

  SPring-8 User Experiment Report 2010B1181, 2010., 2010年, 査読無し

  
• X-Ray crystallographic analysis of mung bean 8S globulin.

  Mikami, B; Moriya, T; Tandang, M; Masuda, T; Utsumi S

  SPring-8 User Experiment Report 2010A1309, 2010., 2010年, 査読無し

  
• X-ray Crystal Structure of Sphingomonas sp. A1 α-Keto Acid Reductase for Alginate Metabolism.

  Takase, R; Ochiai, A; Nakamichi, Y; Itoh, T; Ogura, K; Mikami, B; Hashimoto, W; Murata, K

  SPring-8 User Experiment Report 2009A1179, 2009., 2009年, 査読無し

  
• X-Ray crystallographic analysis of plant seed globulins.

  Mikami, B; Tandang, M; Maryuama, N; Itoh, T; Takehara, S; Utsumi, S

  SPring-8 User Experiment Report 2009B6935, 2009., 2009年, 査読無し

  
• X-Ray crystallographic analysis of pro legumin from amaranth.

  Mikami, B; Tandang, M; Yoshimura, T; Hashizume, R; Masuda, T; Maruyama, N

  SPring-8 User Experiment Report 2009B1299, 2009., 2009年, 査読無し

  
• X-ray crystallographic analysis of mutant b-amylase/maltose complex. -Titration of two loop conformations of G97A by maltose-.

  Mikami, B; Toyoda, Y; Saito, T; Adachi, M; Utsumi, S

  SPring-8 User Experiment Report 2009A1168, 2009., 2009年, 査読無し

  
• X-ray crystallographic analysis of loop-less beta-amylase/maltose complex.

  Mikami, B; Adachi, M; Tanabe, A; Hashizume, R; Yoshimura, T; Utsumi, S

  SPring-8 User Experiment Report 2009B1461, 2009., 2009年, 査読無し

  
• Crystal structure of the metallopeptidase family M16 enzyme from Sphingomonas sp. strain A1.

  Maruyama, Y; Chuma, A; Ochiai, A; Ogura, K; Nakamichi, Y; Mikami, B; Hashimoto, W; Murata, K

  SPring-8 User Experiment Report 2009B1192, 2009., 2009年, 査読無し

  
• 植物細胞壁多糖からのバイオエタノール生産に関わる細菌酵素系の構造生物学.

  Takase, R; Ochiai, A; Itoh, T; Ogura, K; Mikami, B; Hashimoto, W; Murata, K

  SPring-8 User Experiment Report 2009B1177, 2009., 2009年, 査読無し

  
• 味覚関連タンパク質の機能発現に関する構造生物学的解析

  Masuda, T; Kigo, S; Ohta, K; Mikami, B; Kitabatake, N

  SPring-8 User Experiment Report 2009A1096, 2009., 2009年, 査読無し

  
• X-Ray crystallographic analysis of peanut conarachin.

  Mikami, B; Urabe, H; Yoshimura, T; Hashizume, R; Maruyama, N; Utsumi, S

  SPring-8 User Experiment Report 2009A1165, 2009., 2009年, 査読無し

  
• X-ray structural analysis of the metallopeptidase family M16 enzyme.

  Maruyama, Y; Chuma, A; Ochiai, A; Ogura, K; Nakamichi, Y; Mikami, B; Hashimoto, W; Murata, K

  SPring-8 User Experiment Report 2009A1329, 2009., 2009年, 査読無し

  
• 甘味関連タンパク質の機能発現に関する高分解能構造解析.

  Masuda, T; Kigo, S; Mikami, B; Kitabatake, N

  SPring-8 User Experiment Report 2009B1379, 2009., 2009年, 査読無し

  
• X-ray crystallographic analysis of phytoferritin subunit from soybean

  Masuda, T; Goto, F; Yoshihara, T; Yoshimura, T; Mikami, B

  SPring-8 User Experiment Report 2009A1249, 2009., 2009年, 査読無し

  
• X-Ray crystallographic analysis of soybean ferritin variant E173A.

  Masuda, T; Kishi, N; Mikami, B; Goto, F; Yoshihara, T

  SPring-8 User Experiment Report 2009A6935, 2009., 2009年, 査読無し

  
• Structural biology of polysaccharides-degrading enzymes: X-ray crystallographic analysis of bacterial peptidoglycan hydrolase.

  Ochiai, A; Itoh, T; Ogura, K; Mikami, B; Hashimoto, W; Murata, K

  SPring-8 User Experiment Report 2008A1322, 2008., 2008年, 査読無し

  
• Structural Biology of Transport of Metal Ions in Living Body: X-ray Crystallographic Analyses of Transferrin and Transferrin-receptor as a Fundamental Research for Drug-delivery.

  Mizutani, K; Toyoda, M; Mikami, B

  SPring-8 User Experiment Report 2008B1023, 2008., 2008年, 査読無し

  
• Crystal Structure of Alginate-Binding Protein (AlgQ1) in Complex with Unsaturated Mannuronic Acid Trisaccharide.

  Itoh, T; Ogura, K; Nakamichi, Y; Mikami, B; Hashimoto, W; Murata, K

  SPring-8 User Experiment Report 2008A1191, 2008., 2008年, 査読無し

  
• Molecular mechanism of the structural transition of egg white proteins.

  Takahashi, N; Mikami, B; Mizutani, K; Toyoda, M

  SPring-8 User Experiment Report 2008B1297, 2008., 2008年, 査読無し

  
• X-Ray crystallographic analysis of cleaved phaseolin.

  Mikami, B; Park, K; Maruyama, N; Shutov, A; Utsumi, S

  SPring-8 User Experiment Report 2008B1574, 2008., 2008年, 査読無し

  
• X-ray crystallographic analysis of beta-amylase/maltose complex -Titration of two loop conformations by maltose-.

  Mikami, B; Kang, Y.N; Tanabe, A; Utsumi, S

  SPring-8 User Experiment Report 2008A1252, 2008., 2008年, 査読無し

  
• X-Ray crystallographic analysis of soybean ferritin.

  Masuda, T; Mikami, B; Goto, F; Yoshihara, T

  SPring-8 User Experiment Report 2008B6828, 2008., 2008年, 査読無し

  
• Structural Insights into the Reaction mechanism of Coenzyme-Independent Mannose Isomerase.

  Itoh, T; Ochiai, A; Ogura, K; Mikami, B; Hashimoto, W; Murata, K

  SPring-8 User Experiment Report 2008A1119, 2008., 2008年, 査読無し

  
• X-ray crystallographic analysis of mutant beta-amylase/maltose complex -Titration of two loop conformations of D101N and D101E by maltose-.

  Mikami, B; Tanabe, A; Utsumi, S

  SPring-8 User Experiment Report 2008B1522, 2008., 2008年, 査読無し

  
• X-ray Crystal Structure of Sphingomonas sp. A1 Peptidoglycan Hydrolase Categorized to Family GH-73.

  Hashimoto, W; Ochiai, A; Itoh, T; Ogura, K; Mikami, B; Maruyama, Y; Murata, K

  SPring-8 User Experiment Report 2008A1112, 2008., 2008年, 査読無し

  
• Crystal structure analysis of pea prolegumin.

  Mikami, B; Fukuda, T; Fukuda, C; Park, K; Maruyama, N; Utsumi, S

  SPring-8 User Experiment Report 2009B6935, 2009., 2008年, 査読無し

  
• Molecular mechanism of the structural change of egg white proteins.

  Takahashi, N; Mikami, B; Oe, T

  SPring-8 User Experiment Report 2008A1266, 2008., 2008年, 査読無し

  
• X-Ray crystallographic analysis of a type II restriction endonuclease, R.EcoT38I, from Escherichia coli TH38.

  Kita, K; Nagao, J; Mikami, B

  SPring-8 User Experiment Report 2008A1219, 2008., 2008年, 査読無し

  
• Structure of β-amylase in enzyme chemistry and molecular biology of amylases and related enzymes

  三上 文三

  CRC Press Inc.,/,145-153, 1995年, 査読無し

  
• Handbook of amylase and related enzymes their sources, isolation methods, properties and applications

  三上 文三

  Pergamon Press,, 1988年, 査読無し

  

Works（作品等）

• 文部科学省タンパク3000プロジェクト （４） タンパク質高次構造形成と機能発現

  自 2002年

  
• 農業生物資源研究所イネゲノムプロジェクト タンパク質立体構造解析に基づく遺伝子機能の解明

  自 2002年

  
• Rice genome project

  自 2002年

  
• Protein 3000 project

  自 2002年

  

受賞

• 1994年

  農芸化学奨励賞

外部資金：科学研究費補助金

• 動物細胞外粘液物質を介した腸内優占菌と宿主との相利共生機構の解明

  基盤研究(B)

  小区分38060:応用分子細胞生物学関連

  京都大学

  橋本 渉

  自 2021年04月01日, 至 2024年03月31日, 交付

  腸内細菌叢;動物宿主;相利共生;ムチン;グリコサミノグリカン;微生物叢;常在機構;膜小胞;プロバイオティクス;Bacteroides;γ-アミノ酪酸

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21H02156/
• 動物細胞外マトリックスを標的とする微生物叢の動態と定着機構の解明及びその応用展開

  基盤研究(B)

  小区分38060:応用分子細胞生物学関連

  京都大学

  橋本 渉

  自 2018年04月01日, 至 2021年03月31日, 完了

  微生物叢;グリコサミノグリカン;常在機構;感染機構;プロバイオティクス;X線結晶構造解析;ムチン

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18H02166/
• 食糧関連タンパク質・酵素の機能解明

  基盤研究(B)

  京都大学

  三上 文三

  自 2016年04月01日, 至 2019年03月31日, 完了

  構造生物学;タンパク質工学;酵素工学;X線結晶構造解析;アミラーゼ;プルラナーゼ;プロテイングルタミナーゼ;糖質関連酵素;食糧関連酵素・タンパク質;トランスグルタミナーゼ;糖転移酵素;x線結晶構造解析;食糧関連酵素の構造生物学;食糧関連酵素のタンパク質工学;食糧関連酵素のＸ線結晶構造解析;タンパク質結晶構造解析

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16H04909/
• 動物の細胞外マトリクスを標的とする病原性細菌の定着・感染機構に関する構造生命科学

  基盤研究(B)

  京都大学

  橋本 渉

  自 2015年04月01日, 至 2018年03月31日, 完了

  病原性細菌;細胞外マトリクス;グリコサミノグリカン;フォスフォトランスフェラーゼ系;ABCトランスポーター;分解・代謝酵素;遺伝子クラスター;X線結晶構造解析;連鎖球菌;連鎖桿菌;細胞外マトリックス;細菌;分解系;輸送系;宿主細胞外マトリクス;代謝酵素;動物細胞外マトリクス;酵素;輸送体;分解酵素

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15H04629/
• 構造生物学的手法による神経変性病治療薬開発のための新しい戦略

  基盤研究(C)

  大阪府立大学

  恩田 真紀

  自 2014年04月01日, 至 2017年03月31日, 完了

  neuroserpin;tPA;inhibitor;drug design;serpin;alzheimer;neurodegeneration;dementia

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26440079/
• 重篤なアレルギー症状を引き起こす小麦タンパク質の分子構造の解明

  基盤研究(B)

  京都大学

  丸山 伸之

  自 2014年04月01日, 至 2017年03月31日, 完了

  アレルゲン;小麦;エピトープ;食品;アレルギー;食物;植物;種子

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26282018/
• 新規金属集積蛋白質の分子設計と環境浄化への応用

  挑戦的萌芽研究

  京都大学

  増田 太郎

  自 2012年04月01日, 至 2015年03月31日, 完了

  蛋白質;立体構造;金属;リガンド;メタロプロテイン;フェノールオキシダーゼ;キチナーゼ;フェリチン

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24658287/
• 食品関連酵素の可動ループ機能の解明

  基盤研究(B)

  京都大学

  三上 文三

  自 2012年04月01日, 至 2015年03月31日, 完了

  応用構造生物学;タンパク質工学;酵素工学;X線結晶構造解析;酵素反応機構;タンパク質結晶構造解析;構造生物学;タンパク質構造変化;食品関連酵素;酵素反応

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24380054/
• 構造生物学的手法によるセルピン病治療薬開発のための新しい戦略

  基盤研究(C)

  大阪府立大学

  恩田 真紀

  自 2011年04月01日, 至 2014年03月31日, 完了

  serpin;conformational diseases;dementia;folding;neurodegeneration;drug design;neuroserpin;ovalbumin;serpins;Protein folding;Dementia;Protein Folding;Conformational Diseases;Serpin;脳神経疾患;生物物理;蛋白質;痴呆;フォールディング;神経変性;コンフォメーション病

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23570195/
• 基質結合タンパク質と巨大分子特異的ＡＢＣインポーターとの複合体の構造と機能

  基盤研究(B)

  摂南大学;京都大学

  村田 幸作

  自 2011年04月01日, 至 2014年03月31日, 完了

  ABCトランスポーター;酸性多糖輸送;Sphingomonas属細菌;Ｘ線結晶構造;輸送体分子進化;X線結晶構造;基質結合タンパク質;アルギン酸;スフィンゴモナス属細菌;X線結晶構造解析;プロテオリポソーム再構成系;ヘテロ多糖;高分子輸送;アルギン酸結合タンパク質;ABCタンパク質

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23380049/
• 食糧関連酵素のループ機能の解明

  基盤研究(B)

  京都大学

  三上 文三

  自 2009年04月01日, 至 2012年03月31日, 完了

  タンパク質工学;応用構造生物学;X線結晶構造解析;酵素反応機構;酵素;タンパク質構造変化;フレキシブルループ;酵素反応;構造生物学

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21380064/
• 細菌鞭毛フラジェリンの構造機能相関と細胞表層局在化機構

  基盤研究(B)

  京都大学

  村田 幸作

  自 2008年04月01日, 至 2011年03月31日, 完了

  フラジェリン;鞭毛;ペプチドグリカン加水分解酵素;メタロペプチダーゼ;X線結晶構造解析;体腔形成細菌;細菌細胞表層構造;アルギン酸;ペプチドグリカン加水分解楮;スフィンゴモナス属細菌;超チャネル;ペプチドグリカン構造;ペプチドグリカン分解酵素;X線結晶構造;フラジェリン進化

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20380049/
• クモ糸様タンパク質に注目した貝殻作りの分子機構の解明

  基盤研究(B)

  京都大学

  豊原 治彦

  自 2006年04月01日, 至 2009年03月31日, 完了

  バイオミネラリゼーション;マガキ;炭酸カルシウム;石灰化;クモ糸様タンパク質;凝集沈殿剤;貝殻;クモ糸様タンパク;ペプチド;クモ系;バイオミネラリゼーシ;カルシウム;外套膜

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18380124/
• 食糧関連酵素・タンパク質のループ工学

  基盤研究(B)

  京都大学

  三上 文三

  自 2006年04月01日, 至 2008年03月31日, 完了

  ナノバイオ;酵素;タンパク質工学;可動ループ;X線結晶構造解析, nanobio;enzyme;protein eneineering;mobile loop;X-ray crystal analysis

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18380067/
• タンパク質の「揺らぎ」と機能発現における水分子の役割

  特定領域研究

  理工系

  京都大学

  村田 幸作

  自 2006年04月01日, 至 2008年03月31日, 完了

  枯草菌;X線結晶構造解析;植物細胞壁;侵入・感染機構;不飽和ガラクツロニルヒドロラーゼ;ラムノガラクツロナン;水和;ビニルエーテル結合;連鎖球菌;細胞外マトリックス;グリコサミノグリカン;ヒアルロン酸リアーゼ;不飽和グルクロニルヒドロラーゼ;水和反応;反応機構

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18031018/
• 低温で高い触媒効率を発揮する低温活性酵素の構造要因の解明

  基盤研究(C)

  神戸大学

  鶴田 宏樹

  自 2005年04月01日, 至 2007年03月31日, 完了

  低温環境;低温活性酵素;フォスファターゼ;X線結晶構造解析;疎水性相互作用;低温活性機構;変異型酵素解析;高分解能X線結晶構造解析;変異体ライブラリー, low temperature environment;cold-active enzyme;phosphatase;X-ray structural analysis;hydrophobic interaction

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17613001/
• 鞭毛タンパク質フラジェリンの機能解析による細菌細胞表層構造の構築原理と鞭毛進化

  基盤研究(B)

  京都大学

  村田 幸作

  自 2005年04月01日, 至 2008年03月31日, 完了

  Sphingomonas;アルギン酸;フラジェリン;鞭毛;レセプター;X線結晶構造解析;体腔;T4ファージ;フィンガードメイン;鞭毛タンパク質;細菌細胞表層構造;Sphingomonas属細菌;鞭毛進化;細胞表層;襞構造, Sphingomonas;Alginate;Flagellin;Flagellum;Receptor;X-ray crystallography;Pit;T4 phage

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17380053/
• 酵素リアーゼの共通機能を規定する非共通アミノ酸配列の生物学的意義

  基盤研究(B)

  京都大学

  村田 幸作

  自 2002年04月01日, 至 2005年03月31日, 完了

  多糖リアーゼ;構造生物学;X線結晶構造解析;タンパク質構造機能相関;Sphingomonas属細菌;Bacillus属細菌;糖質加水分解酵素;糖質エピメラーゼ;翻訳後修飾機構;ヒドロラーゼ;エピメラーゼ;Sphingomonas;Bacillus;アルギン酸リアーゼ;翻訳後修飾;X線結晶構造;オートプロセシング;タンパク質・遺伝子の進化;キサンタンリアーゼ, Polysaccharide lyase;Structural biology;X-ray crystallography;Structure;function relationship of protein;Sphingomonas;Bacillus;Primary structure;Protein module

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-14360052/
• β-アミラーゼのドメイン工学

  基盤研究(C)

  京都大学

  三上 文三

  自 2000年04月01日, 至 2002年03月31日, 完了

  β-アミラーゼ;X線結晶構造解析;至適pH;デンプン吸着ドメイン;タンパク質工学;至適pHの変換, β-amylase;protein engineering;X-ray crystallography;optimum pH;starch binding domain

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12660077/
• 細菌細胞表層における体腔の高次空間構造と高分子輸送機構

  特定領域研究(A)

  京都大学

  村田 幸作

  自 2000年04月01日, 至 2001年03月31日, 完了

  ABCトランスポーター;高分子膜輸送;ABCタンパク質;結合タンパク質;アルギン酸;X線結晶構造解析;スフィンゴモナス;体腔

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12019237/
• β-アミラーゼのドメイン工学

  基盤研究(C)

  京都大学

  三上 文三

  自 1998年04月01日, 至 2000年03月31日, 完了

  β-アミラーゼ;タンパク質工学;X線結晶構造解析;澱粉吸着;澱粉吸着ドメイン, β-amylase;protein engineering;x-ray crystal analysis;starch binding;starch-binding domain

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-10660084/
• 鉄イオンによるトランスフェリンの分子スイッチ機構:高次構造変換過程のX線結晶構造解析

  重点領域研究

  京都大学

  広瀬 正明

  自 1997年04月01日, 至 1998年03月31日, 完了

  トランスフェリン;オボトランスフェリン;X線結晶構造解析;分子スイッチ;高次構造変換;鉄イオン

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-09235215/
• β-アミラーゼのタンパク質工学

  基盤研究(C)

  京都大学

  三上 文三

  自 1996年04月01日, 至 1998年03月31日, 完了

  β-アミラーゼ;X線結晶構造解析;タンパク質工学;生デンプン分解, beta-amylase;protein engineering;X-ray crystal analysis;thermostability

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-08660109/
• 細菌アルギン酸リアーゼX線結晶構造解析と反応機構

  基盤研究(C)

  京都大学

  村田 幸作

  自 1995年04月01日, 至 1997年03月31日, 完了

  難治性細菌感染症;緑膿菌;アルギン酸;X線結晶構造解析;アルギン酸リアーゼ, Bacterial infection;Pseudomonas aeruginosa;Alginate;X-ray diffraction;Alginate lyase

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-07660111/
• β-アミラーゼのタンパク質工学

  一般研究(C)

  京都大学

  三上 文三

  自 1994年04月01日, 至 1996年03月31日, 完了

  β-アミラーゼ;タンパク質工学;X線結晶構造解析, beta-amylase;protein engineering;x-ray crystal analysis

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-06660104/
• β-アミラーゼのX線結晶構造解析による触媒機構の解析

  国際学術研究

  京都大学

  三上 文三

  自 1994年04月01日, 至 1995年03月31日, 完了

  β-アミラーゼ;X線結晶構造解析;酵素基質複合体;酵素反応機構;フレキシブルループ, beta-amylase;X-ray crystallography;enzyme mechanism;enzyme-substrate complex

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-06044121/
• 食品蛋白質の分子構造変換による機能特性の発現機構-モルテングロビュールの役割

  一般研究(B)

  京都大学

  広瀬 正明

  自 1993年04月01日, 至 1996年03月31日, 完了

  食品蛋白質;モンテングロビュール;食品機能特性;オボアルブミン;オボトランスフェリン;血清アルブミン;モルテングロビュール;タンパク構造変換;タンパク質フラグメント, Food proteins;Molten globule;Food functionality;Ovalbumin;Ovotransferrin;Serum albumin

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-05453170/
• ペルオキシダーゼのX線結晶構造解析と機能に関する研究

  一般研究(C)

  京都大学

  森田 雄平

  自 1988年04月01日, 至 1989年03月31日, 完了

  ペルオキシダーゼ;タンパク質X線構造解析;ミエロペルオキシダーゼ;ヘムタンパク質

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-63560084/
• ヒト正常白血球結晶ミエロペルオキシダーゼの構造と機能に関する研究

  一般研究(B)

  京都大学

  森田 雄平

  自 1986年04月01日, 至 1988年03月31日, 完了

  ミエロペルオキシダーゼの構造;カタラーゼ活性;ヒト白血球, Myeloperoxidase, structure of;Catalase activity

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-61470128/
• 非凍結X線結晶構造解析による酵素機能の解明

  基盤研究(C)

  小区分38030:応用生物化学関連

  京都大学

  三上 文三

  自 2022年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付

  非凍結X線結晶構造解析;常温Ｘ線結晶構造解析;酵素のpHによる構造変化;酵素反応機構;β-アミラーゼ;結晶内酵素反応;X線結晶構造解析;非凍結結晶;構造生物学

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K05441/

外部資金：その他

• X線結晶構造解析によるβ-アミラーゼの構造と機能に関する研究
• 食糧タンパク質の立体構造に関する研究
• 食糧関連酵素の立体構造に関する研究

教育

担当科目

• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  応用生命科学入門I

  前期, 農学部
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  構造生物学

  後期, 農学部
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  生物理化学実験

  前期, 農学部
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  応用生命科学

  後期, 全学共通科目
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  応用構造生物学専攻実験

  農学研究科
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  応用構造生物学専攻演習

  農学研究科
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  応用構造生物学

  農学研究科
• 自 2012年04月, 至 2013年03月

  応用生命科学

  後期, 全学共通科目
• 自 2012年04月, 至 2013年03月

  応用生命科学入門Ｉ

  前期, 農学部
• 自 2012年04月, 至 2013年03月

  構造生物学

  後期, 農学部
• 自 2012年04月, 至 2013年03月

  生物理化学実験

  前期, 農学部
• 自 2013年04月, 至 2014年03月

  応用生命科学入門Ｉ

  前期, 農学部
• 自 2013年04月, 至 2014年03月

  構造生物学

  後期, 農学部
• 自 2013年04月, 至 2014年03月

  生物理化学実験

  前期, 農学部
• 自 2013年04月, 至 2014年03月

  応用生命科学 I

  前期集中, 農学研究科
• 自 2013年04月, 至 2014年03月

  応用構造生物学講義

  前期集中, 農学研究科
• 自 2013年04月, 至 2014年03月

  応用構造生物学専攻演習

  通年, 農学研究科
• 自 2013年04月, 至 2014年03月

  応用構造生物学専攻実験

  通年, 農学研究科
• 自 2013年04月, 至 2014年03月

  応用生命科学

  後期, 全学共通科目
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  応用生命科学入門Ｉ

  前期, 農学部
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  構造生物学

  後期, 農学部
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  専門外国書講読

  前期, 農学部
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  生物理化学実験

  前期, 農学部
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  応用生命科学 I

  前期集中, 農学研究科
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  応用構造生物学講義

  前期集中, 農学研究科
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  応用構造生物学専攻演習

  通年, 農学研究科
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  応用構造生物学専攻実験

  通年, 農学研究科
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  応用生命科学

  後期, 全学共通科目
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  タンパク質の構造を見る、触る

  前期集中, 全学共通科目
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  応用構造生物学専攻実験１

  通年, 農学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  応用構造生物学専攻実験

  通年, 農学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  応用構造生物学専攻演習１

  通年, 農学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  応用構造生物学専攻演習

  通年, 農学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  応用構造生物学講義

  前期集中, 農学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  応用生命科学 I

  前期集中, 農学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  応用生命科学入門Ｉ

  前期, 農学部
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  構造生物学

  後期, 農学部
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  生物理化学実験

  前期, 農学部
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  ILASセミナー

  前期集中, 全学共通科目
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  応用構造生物学専攻実験１

  通年, 農学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  応用構造生物学専攻実験２

  通年, 農学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  応用構造生物学専攻実験

  通年, 農学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  応用構造生物学専攻演習１

  通年, 農学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  応用構造生物学専攻演習２

  通年, 農学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  応用構造生物学専攻演習

  通年, 農学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  応用構造生物学講義

  前期集中, 農学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  応用生命科学 I

  前期集中, 農学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  応用生命科学入門Ｉ

  前期, 農学部
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  構造生物学

  後期, 農学部
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  生物理化学実験

  前期, 農学部
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  応用構造生物学専攻実験１

  通年, 農学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  応用構造生物学専攻実験２

  通年, 農学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  応用構造生物学専攻実験

  通年, 農学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  応用構造生物学専攻演習１

  通年, 農学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  応用構造生物学専攻演習２

  通年, 農学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  応用構造生物学専攻演習

  通年, 農学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  応用構造生物学講義

  前期集中, 農学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  応用生命科学 I

  前期集中, 農学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  応用生命科学入門I

  前期, 農学部
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  構造生物学

  後期, 農学部
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  生物理化学実験

  前期, 農学部
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  応用構造生物学専攻実験１

  通年, 農学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  応用構造生物学専攻実験２

  通年, 農学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  応用構造生物学専攻演習１

  通年, 農学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  応用構造生物学専攻演習２

  通年, 農学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  応用構造生物学講義

  前期集中, 農学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  応用生命科学Ｉ

  前期集中, 全学共通科目
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  応用生命科学 I

  前期集中, 農学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  応用生命科学入門I

  前期, 農学部
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  構造生物学

  後期, 農学部
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  生物理化学実験

  前期, 農学部

非常勤講師

• 自 2010年, 至 2010年

  同志社大学, 生命医学部
• 自 2009年, 至 2009年

  同志社大学, 生命医学部
• 自 2009年, 至 2009年

  神戸大学, 農学部
• 自 2009年, 至 2009年

  島根大学, 農学部
• 自 2008年, 至 2008年

  近畿大学, 農学部

大学運営

全学運営(役職等)

• 自 2012年04月01日, 至 2014年03月31日

  原子力研究整備委員会 委員
• 自 2014年04月01日, 至 2016年03月31日

  原子力研究整備委員会 委員
• 自 2009年06月19日, 至 2011年06月18日

  宇治地区学術情報・通信整備運用委員会 委員
• 自 2011年06月19日, 至 2015年03月31日

  宇治地区学術情報・通信整備運用委員会 委員
• 自 2010年04月01日, 至 2012年03月31日

  宇治地区施設整備・将来計画委員会 委員
• 自 2012年04月01日, 至 2014年03月31日

  宇治地区施設整備・将来計画委員会 委員
• 自 2014年04月01日, 至 2016年03月31日

  宇治地区施設整備・将来計画委員会 委員
• 自 2012年04月01日, 至 2013年03月31日

  附属図書館運営委員会 委員
• 自 2011年04月01日, 至 2013年03月31日

  附属図書館協議会 委員
• 自 2011年04月01日, 至 2012年03月31日

  附属図書館選書小委員会 委員
• 自 2016年04月01日, 至 2018年03月31日

  原子力研究整備委員会 委員
• 自 2016年01月01日, 至 2016年12月31日

  宇治キャンパス公開実行委員会 委員
• 自 2016年04月01日, 至 2018年03月31日

  宇治地区施設整備・将来計画委員会 委員
• 自 2016年04月01日, 至 2018年03月31日

  京都大学化学研究所「化学関連分野の深化・連携を基軸とする先端・学際研究拠点」平成28～29年度専門小委員会

部局運営(役職等)

• 自 2012年04月01日, 至 2014年03月31日

  宇治地区施設整備・将来計画委員会
• 自 2014年04月01日, 至 2016年03月31日

  宇治地区施設整備・将来計画委員会
• 自 2013年04月01日, 至 2017年03月31日

  情報セキュリティ・システム委員会　委員
• 自 2015年04月01日, 至 2016年03月31日

  応用生命科学科長
• 自 2015年04月01日, 至 2016年03月31日

  評価委員会　委員
• 自 2005年04月01日

  放射線障害防止委員会　委員