基本情報

学部兼担

• 農学部

所属学協会

• 植物インフォマティクス研究会
• 日本育種学会

学位

• 2025年03月24日

  京都大学博士（農学）
• 修士（農学）(京都大学)

ID,URL

• ORCID ID

  0000-0003-2737-3299

• J-Global ID

  202101009379363718

• 研究者番号

  50911682

researchmap URL

• https://researchmap.jp/slt666666

研究

研究テーマ・研究概要

• 研究テーマ

  ゲノム育種、生物情報学

論文

• Unlocking gene regulatory networks for crop resilience and sustainable agriculture

  Richalynn Leong; Xin He; Bob Sebastiaan Beijen; Toshiyuki Sakai; Jorge Goncalves; Pingtao Ding

  Nature Biotechnology, 2025年07月02日, 査読有り

  
• A root-specific NLR network mediates immune signaling of resistance genes against plant parasitic nematodes

  Daniel Lüdke; Toshiyuki Sakai; Jiorgos Kourelis; AmirAli Toghani; Hiroaki Adachi; Andrés Posbeyikian; Raoul Frijters; Hsuan Pai; Adeline Harant; Juan Carlos Lopez-Agudelo; Bozeng Tang; Karin Ernst; Martin Ganal; Adriaan Verhage; Chih-Hang Wu; Sophien Kamoun

  The Plant Cell, 2025年06月24日, 査読有り

  
• Genome Sequencing of Chinese yam (Dioscorea polystachya): analysis of PEBP gene family diversity and identification of a potential tuber inducing factor

  Tatjana Ried; Marie Bolger; Jenny Riekötter; Toshiyuki Sakai; Janina Epping

  2025年03月13日

  
• A hierarchical immune receptor network in lettuce reveals contrasting patterns of evolution in sensor and helper NLRs

  Hsuan Pai; Toshiyuki Sakai; Andres Posbeyikian; Raoul Frijters; Yu Sugihara; Mauricio P. Contreras; Jiorgos Kourelis; Hiroaki Adachi; Sophien Kamoun; AmirAli Toghani

  2025年02月25日

  
• The N-terminal executioner domains of NLR immune receptors are functionally conserved across major plant lineages

  Khong-Sam Chia; Jiorgos Kourelis; Martin Vickers; Toshiyuki Sakai; Sophien Kamoun; Philip Carella

  2022年10月19日

  
• A chromosome-scale genome assembly of Timorese crabgrass (Digitaria radicosa): a useful genomic resource for the Poaceae

  Koki Minoji; Toshiyuki Sakai

  G3: Genes, Genomes, Genetics, 2024年10月10日, 査読有り, 最終著者, 責任著者

  
• Phylogenomics of Plant NLR Immune Receptors to Identify Functionally Conserved Sequence Motifs

  Toshiyuki Sakai; AmirAli Toghani; Hiroaki Adachi

  BIO-PROTOCOL, 2024年07月, 査読有り, 筆頭著者

  
• The NRC0 gene cluster of sensor and helper NLR immune receptors is functionally conserved across asterid plants

  Toshiyuki Sakai; Mauricio P Contreras; Claudia Martinez-Anaya; Daniel Lüdke; Sophien Kamoun; Chih-Hang Wu; Hiroaki Adachi

  The Plant Cell, 2024年06月04日, 査読有り, 筆頭著者

  
• The N-terminal domains of NLR immune receptors exhibit structural and functional similarities across divergent plant lineages

  Khong-Sam Chia; Jiorgos Kourelis; Albin Teulet; Martin Vickers; Toshiyuki Sakai; Joseph F Walker; Sebastian Schornack; Sophien Kamoun; Philip Carella

  The Plant Cell, 2024年04月10日, 査読有り

  
• Reproductive Responses to Increased Shoot Density and Global Change Drivers in a Widespread Clonal Wetland Species, Schoenoplectus americanus

  Aoi Kudoh; J. Patrick Megonigal; J. Adam Langley; Genevieve L. Noyce; Toshiyuki Sakai; Dennis F. Whigham

  Estuaries and Coasts, 2023年09月15日, 査読有り

  
• Jurassic NLR: conserved and dynamic evolutionary features of the atypically ancient immune receptor ZAR1

  Hiroaki Adachi; Toshiyuki Sakai; Jiorgos Kourelis; Hsuan Pai; Jose L Gonzalez Hernandez; Yoshinori Utsumi; Motoaki Seki; Abbas Maqbool; Sophien Kamoun

  The Plant Cell, 2023年07月19日, 査読有り

  
• Whole-genome analysis of recombinant inbred rice lines reveals a quantitative trait locus on chromosome 3 with genotype-by-environment interaction effects

  Toshiyuki Sakai; Tomoaki Fujioka; Toyokazu Uemura; Shinichi Saito; Ryohei Terauchi; Akira Abe

  G3 Genes|Genomes|Genetics, 2023年04月13日, 査読有り, 筆頭著者

  この論文にアクセスする：

  
• An atypical NLR protein modulates the NRC immune receptor network in Nicotiana benthamiana

  Hiroaki Adachi; Toshiyuki Sakai; Adeline Harant; Hsuan Pai; Kodai Honda; AmirAli Toghani; Jules Claeys; Cian Duggan; Tolga O. Bozkurt; Chih-hang Wu; Sophien Kamoun

  PLOS Genetics, 2023年01月19日, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Isolation of Pikps, an allele of Pik, from the aus rice cultivar Shoni.

  Basavaraj Kovi; Toshiyuki Sakai; Akira Abe; Eiko Kanzaki; Ryohei Terauchi; Motoki Shimizu

  Genes & genetic systems, 2023年01月07日

  
• RefPlantNLR is a comprehensive collection of experimentally validated plant disease resistance proteins from the NLR family

  Jiorgos Kourelis; Toshiyuki Sakai; Hiroaki Adachi; Sophien Kamoun

  PLOS Biology, 2021年10月20日, 査読有り

  
• A vector system for fast-forward studies of the HOPZ-ACTIVATED RESISTANCE1 (ZAR1) resistosome in the model plant Nicotiana benthamiana

  Adeline Harant; Hsuan Pai; Toshiyuki Sakai; Sophien Kamoun; Hiroaki Adachi

  Plant Physiology, 2021年10月11日, 査読有り

  
• Chromatin accessibility landscapes activated by cell-surface and intracellular immune receptors

  Pingtao Ding; Toshiyuki Sakai; Ram Krishna Shrestha; Nicolas Manosalva Perez; Wenbin Guo; Bruno Pok Man Ngou; Shengbo He; Chang Liu; Xiaoqi Feng; Runxuan Zhang; Klaas Vandepoele; Dan MacLean; Jonathan D G Jones

  Journal of Experimental Botany, 2021年08月13日, 査読有り

  
• RIL-StEp: epistasis analysis of rice recombinant inbred lines (RILs) reveals candidate interacting genes that control seed hull color and leaf chlorophyll content

  Toshiyuki Sakai; Akira Abe; Motoki Shimizu; Ryohei Terauchi

  G3 Genes|Genomes|Genetics, 2021年04月19日, 査読有り, 筆頭著者

  この論文にアクセスする：

  
• High‐resolution expression profiling of selected gene sets during plant immune activation

  Pingtao Ding; Bruno Pok Man Ngou; Oliver J. Furzer; Toshiyuki Sakai; Ram Krishna Shrestha; Dan MacLean; Jonathan D. G. Jones

  Plant Biotechnology Journal, 2020年07月, 査読有り

  
• An N-terminal motif in NLR immune receptors is functionally conserved across distantly related plant species

  Hiroaki Adachi; Mauricio P Contreras; Adeline Harant; Chih-hang Wu; Lida Derevnina; Toshiyuki Sakai; Cian Duggan; Eleonora Moratto; Tolga O Bozkurt; Abbas Maqbool; Joe Win; Sophien Kamoun

  eLife, 2019年11月27日, 査読有り

  

MISC

• ベンサミアナタバコのNRC免疫受容体ネットワークを負に制御するNLRの同定

  安達広明; 安達広明; 堺俊之; 堺俊之; WU Chih-hang; WU Chih-hang; KAMOUN Sophien

  日本植物病理学会報, 2022年

  
• 葉身形態に関与する新規NRL2相互作用因子の同定

  石川和也; 杉原優; 伊藤和江; 宇津志博恵; 小笠原由美子; 神崎英子; 堺俊之; 寺内良平; 阿部陽

  育種学研究, 2022年

  
• 病原微生物を認識する植物の免疫受容体の進化

  安達広明; 安達広明; 大津美奈; 大津美奈; 堺俊之

  月刊細胞, 2022年

  
• 異なる環境で栽培したイネ組換え近交系統群の農業形質変動及び遺伝子-環境間相互作用の解析

  藤岡智明; 阿部陽; 堺俊之; 堺俊之; 寺内良平; 仲條眞介; 上村豊和; 川島史寛; 斎藤真一; 小林恭子

  日本作物学会講演会要旨集, 2020年

  

講演・口頭発表等

• NAM集団に基づく最適な交雑モデルを考慮したゲノム育種

  堺 俊之

  日本育種学会 第146回講演会 第65回シンポジウム, 2024年09月19日

  
• NAM集団を⽤いたゲノミック予測モデルの構築とイネ育種への応⽤

  堺俊之; 寺内良平; 阿部陽

  第６回植物インフォマティクス研究会, 2023年10月

  
• イネNAM集団を用いたGenomic Predictionモデルの構築および育種への応用

  堺 俊之; 寺内 良平; 阿部 陽

  第142回講演会日本育種学会, 2022年09月

  

受賞

• 2023年10月28日

  第6回植物インフォマティクス研究会 優秀発表賞
• 2022年10月13日

  日本育種学会 第142回講演会 優秀発表賞

  イネNAM集団を用いたGenomic Predictionモデルの構築および育種への応用, 国内学会・会議・シンポジウム等の賞

外部資金：科学研究費補助金

• eQTL解析によるイネ免疫応答転写制御の解明

  研究活動スタート支援

  0602:生産環境農学およびその関連分野

  京都大学

  堺 俊之

  自 2021年08月30日, 至 2023年03月31日, 完了

  eQTL解析;発現差異解析;eQTL;遺伝子発現;ゲノムワイド関連解析;抵抗性遺伝子

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21K20582/
• Elucidation of transcriptional regulation of rice immune response using comparative transcriptome analysis

  基盤研究(C)

  小区分39040:植物保護科学関連

  京都大学

  堺 俊之

  自 2022年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付

  発現量解析;種間比較発現解析;生物種間の発現解析;発現差異解析;NLR

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K05649/
• イネNAM集団を用いた高精度ゲノミックデザインモデルの構築と有用ハプロタイプの解明

  基盤研究(B)

  小区分39010:遺伝育種科学関連

  公益財団法人岩手生物工学研究センター

  阿部 陽

  自 2023年04月01日, 至 2026年03月31日, 交付

  イネ;ゲノミック予測;デザイン育種;QTL;エピスタシス

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23H02189/
• NLR生物学の基礎的理解による作物耐病性増強

  国際共同研究加速基金(国際先導研究)

  生物系

  京都大学

  寺内 良平

  自 2023年11月17日, 至 2030年03月31日, 交付

  作物耐病性;病原菌;植物;NLR;抵抗性育種;抵抗性タンパク質;植物病害防除;イネ;コムギ;ウリ類

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23K20042/
• 3次元回帰モデリングによるイネのゲノムワイド多環境出穂期予測システムの開発

  基盤研究(B)

  小区分39010:遺伝育種科学関連

  国立研究開発法人国際農林水産業研究センター

  齊藤 大樹

  自 2024年04月01日, 至 2028年03月31日, 交付

  出穂期;モデリング;育種ツール;ゲノムワイド;環境応答性

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24K01733/
• イネNLRome-病原菌エフェクター相互作用の全貌解明と育種利用

  特別推進研究

  生物系

  京都大学

  寺内 良平

  自 2024年04月01日, 至 2029年03月31日, 交付

  イネ;いもち病;抵抗性遺伝子;感染性;共進化

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24H00010/
• イネNAM集団を用いた高精度ゲノミックデザインモデルの構築と有用ハプロタイプの解明

  基盤研究(B)

  小区分39010:遺伝育種科学関連

  公益財団法人岩手生物工学研究センター

  阿部 陽

  自 2023年04月01日, 至 2026年03月31日, 交付

  ゲノミック予測;デザイン育種;エピスタシス;イネ;QTL

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23K26882/

教育

担当科目

• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  情報基礎演習［農学部］

  T007, 後期, 国際高等教育院, 2
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  栽培植物起原学専攻演習

  DF02, 前期, 農学研究科, 1.5
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  栽培植物起原学専攻演習

  DF02, 後期, 農学研究科, 1.5
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  栽培植物起原学専攻実験

  DG02, 前期, 農学研究科, 3
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  栽培植物起原学専攻実験

  DG02, 後期, 農学研究科, 3
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  ゲノム情報解析入門

  5323, 後期, 農学部, 2
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  資源植物科学演習

  5303, 通年, 農学部, 2
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  生物統計学

  5691, 後期, 農学部, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  情報基礎演習［農学部］

  T007, 後期, 国際高等教育院, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  栽培植物起原学専攻演習

  DF02, 前期, 農学研究科, 1.5
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  栽培植物起原学専攻演習

  DF02, 後期, 農学研究科, 1.5
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  栽培植物起原学専攻実験

  DG02, 後期, 農学研究科, 3
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  栽培植物起原学専攻実験

  DG02, 前期, 農学研究科, 3
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  ゲノム情報解析入門

  5323, 後期, 農学部, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  資源植物科学演習

  5303, 通年, 農学部, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  情報基礎演習［農学部］

  T007, 後期, 国際高等教育院, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  栽培植物起原学専攻演習２

  DB21, 通年, 農学研究科, 3
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  栽培植物起原学専攻演習１

  DB20, 通年, 農学研究科, 3
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  栽培植物起原学専攻実験２

  DC21, 通年, 農学研究科, 6
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  栽培植物起原学専攻実験１

  DC20, 通年, 農学研究科, 6
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  資源植物科学演習

  5303, 通年, 農学部, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  ゲノム情報解析入門

  5323, 後期, 農学部, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  栽培植物起原学専攻演習１

  DB20, 通年, 農学研究科, 3
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  栽培植物起原学専攻演習２

  DB21, 通年, 農学研究科, 3
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  栽培植物起原学専攻実験１

  DC20, 通年, 農学研究科, 6
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  情報基礎演習［農学部］

  T007, 後期, 国際高等教育院, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  栽培植物起原学専攻実験２

  DC21, 通年, 農学研究科, 6
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  情報基礎演習［農学部］

  後期, 全学共通科目
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  栽培植物起原学専攻実験１

  通年, 農学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  栽培植物起原学専攻実験２

  通年, 農学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  栽培植物起原学専攻演習１

  通年, 農学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  栽培植物起原学専攻演習２

  通年, 農学研究科

その他の教育実績

• IAEA RAS5094 Regional Training Course on Mutation Breeding and
  Molecular Technique for Crop Improvement from 22 April to 3 May 2024 at Kasetsart
  University, Bangkok, Thailand
• FAO and IAEA joint training course:
  RER5024 – Enhancing Productivity and Resilience to Climate Change of Major Food Crops in Europe and Central Asia – Virtual Event – Regional Training Course on Molecular Techniques for Crop Improvement of Mutant Populations, 1 – 5 August 2022