岡嵜 友輔
オカザキ ユウスケ化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター 助教
list
Last Updated :2023/05/27
基本情報
協力講座
所属学協会
学位
出身大学院・研究科等
出身学校・専攻等
経歴
- 自 2020年12月, 至 現在京都大学, 化学研究所, 助教
- 自 2018年04月, 至 2020年11月日本学術振興会特別研究員（PD)
- 自 2015年04月, 至 2018年03月日本学術振興会特別研究員（DC1)
- 自 2012年04月, 至 2015年03月三菱総合研究所 研究員
ID,URL
ORCID ID
J-Global ID
研究者番号
40823745外部リンク
関連Webサイト
researchmap URL
list
Last Updated :2023/05/27
研究
研究テーマ・研究概要
研究テーマ
淡水湖をフィールドとした微生物生態学研究概要
琵琶湖をはじめとする大水深淡水湖を主な対象とした微生物生態学に取り組んでいる。フィールド（湖沼調査）・ドライ（大規模環境ゲノム解析）・ウェット（培養実験・顕微鏡観察）の3つのアプローチを併用しながら、コンパクトかつ網羅的な研究が可能な湖ならではの強みを活かし、微生物学、生態学、さらには生命科学全般の諸問題に答えうる研究への展開を目指している。
研究キーワード
研究分野
論文
- Metagenomic analysis of ecological niche overlap and community collapse in microbiome dynamicsHiroaki Fujita; Masayuki Ushio; Kenta Suzuki; Masato S. Abe; Masato Yamamichi; Yusuke Okazaki; Alberto Canarini; Ibuki Hayashi; Keitaro Fukushima; Shinji Fukuda; E. Toby Kiers; Hirokazu TojubioRxiv, 2023年01月18日
- Facilitative interaction networks in experimental microbial community dynamicsHiroaki Fujita; Masayuki Ushio; Kenta Suzuki; Masato S. Abe; Masato Yamamichi; Yusuke Okazaki; Alberto Canarini; Ibuki Hayashi; Keitaro Fukushima; Shinji Fukuda; E. Toby Kiers; Hirokazu TojuFrontiers in Microbiology, 2023年04月11日, 査読有り
- A Fast and Easy Method to Co-extract DNA and RNA from an Environmental Microbial SampleYusuke Okazaki; Tuyen Thi Nguyen; Arisa Nishihara; Hisashi Endo; Hiroyuki Ogata; Shin-ichi Nakano; Hideyuki TamakiMicrobes and Environments, 2023年, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
- Characterization of a bloom-associated alphaproteobacterial lineage, ‘Candidatus Phycosocius’: insights into freshwater algal-bacterial interactionsYuuhiko Tanabe; Haruyo Yamaguchi; Masaki Yoshida; Atsushi Kai; Yusuke OkazakiISME Communications, 2023年03月11日, 査読有り
- Long-Read-Resolved, Ecosystem-Wide Exploration of Nucleotide and Structural Microdiversity of Lake Bacterioplankton GenomesYusuke Okazaki; Shin-ichi Nakano; Atsushi Toyoda; Hideyuki TamakimSystems, 2022年08月08日, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
- Ecogenomics sheds light on diverse lifestyle strategies in freshwater CPR.Maria-Cecilia Chiriac; Paul-Adrian Bulzu; Adrian-Stefan Andrei; Yusuke Okazaki; Shin-Ichi Nakano; Markus Haber; Vinicius Silva Kavagutti; Paul Layoun; Rohit Ghai; Michaela M SalcherMicrobiome, 2022年06月04日, 査読有り
- Microdiversity and phylogeographic diversification of bacterioplankton in pelagic freshwater systems revealed through long-read amplicon sequencingYusuke Okazaki; Shohei Fujinaga; Michaela M. Salcher; Cristiana Callieri; Atsushi Tanaka; Ayato Kohzu; Hideo Oyagi; Hideyuki Tamaki; Shin-ichi NakanoMicrobiome, 2021年01月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
- Long-read metagenomics using PromethION uncovers oral bacteriophages and their interaction with host bacteriaKoji Yahara; Masato Suzuki; Aki Hirabayashi; Wataru Suda; Masahira Hattori; Yutaka Suzuki; Yusuke OkazakiNature Communications, 2021年01月, 査読有り, 最終著者
- Describing macroecological patterns in microbes: Approaches for comparative analyses of operational taxonomic unit read number distribution with a case study of global oceanic bacteriaRyosuke Nakadai; Yusuke Okazaki; Shunsuke MatsuokaEnvironmental DNA, 2020年10月, 査読有り
- Genome‐resolved viral and cellular metagenomes revealed potential key virus‐host interactions in a deep freshwater lakeYusuke Okazaki; Yosuke Nishimura; Takashi Yoshida; Hiroyuki Ogata; Shin‐ichi NakanoEnvironmental Microbiology, 2019年12月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
- Metaepigenomic analysis reveals the unexplored diversity of DNA methylation in an environmental prokaryotic community.Satoshi Hiraoka; Yusuke Okazaki; Mizue Anda; Atsushi Toyoda; Shin-Ichi Nakano; Wataru IwasakiNature communications, 2019年01月11日, 査読有り
- Widespread Dominance of Kinetoplastids and Unexpected Presence of Diplonemids in Deep Freshwater Lakes.Mukherjee I; Hodoki Y; Okazaki Y; Fujinaga S; Ohbayashi K; Nakano SIFrontiers in microbiology, 2019年, 査読有り
- The Broad Habitat Spectrum of the CL500-11 Lineage (Phylum Chloroflexi), a Dominant Bacterioplankton in Oxygenated Hypolimnia of Deep Freshwater LakesYusuke Okazaki; Michaela M. Salcher; Cristiana Callieri; Shin-ichi NakanoFrontiers in Microbiology, 2018年11月27日, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
- Hidden in plain sight-highly abundant and diverse planktonic freshwater Chloroflexi.Mehrshad M; Salcher MM; Okazaki Y; Nakano SI; Šimek K; Andrei AS; Ghai RMicrobiome, 2018年10月, 査読有り
- Distributions and geochemical behaviors of oxyanion-forming trace elements and uranium in the Hövsgöl–Baikal–Yenisei water system of Mongolia and RussiaAkihito Mochizuki; Takahiro Murata; Ko Hosoda; Toshiya Katano; Yuji Tanaka; Tetsuro Mimura; Osamu Mitamura; Shin ichi Nakano; Yusuke Okazaki; Yuko Sugiyama; Yasuhiro Satoh; Yasunori Watanabe; Ayuriin Dulmaa; Chananbaatar Ayushsuren; Darmaa Ganchimeg; Valentin V. Drucker; Vladimir A. Fialkov; Masahito SugiyamaJournal of Geochemical Exploration, 2018年05月, 査読有り
- Ubiquity and quantitative significance of bacterioplankton lineages inhabiting the oxygenated hypolimnion of deep freshwater lakesYusuke Okazaki; Shohei Fujinaga; Atsushi Tanaka; Ayato Kohzu; Hideo Oyagi; Shin-ichi NakanoISME JOURNAL, 2017年10月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
- Vertical partitioning of freshwater bacterioplankton community in a deep mesotrophic lake with a fully oxygenated hypolimnion (Lake Biwa, Japan)Yusuke Okazaki; Shin-Ichi NakanoENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY REPORTS, 2016年10月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
- A novel alphaproteobacterial ectosymbiont promotes the growth of the hydrocarbon-rich green alga Botryococcus brauniiYuuhiko Tanabe; Yusuke Okazaki; Masaki Yoshida; Hiroshi Matsuura; Atsushi Kai; Takashi Shiratori; Ken-ichiro Ishida; Shin-ichi Nakano; Makoto M. WatanabeSCIENTIFIC REPORTS, 2015年07月, 査読有り
- Seasonal dominance of CL500-11 bacterioplankton (phylum Chloroflexi) in the oxygenated hypolimnion of Lake Biwa, JapanYusuke Okazaki; Yoshikuni Hodoki; Shin-ichi NakanoFEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY, 2013年01月, 査読有り, 筆頭著者
MISC
- 大水深淡水湖のユニークな微生物生態系岡崎友輔海洋化学研究, 2022年04月, 筆頭著者
- 湖沼の微生物生態系が教えてくれること岡﨑 友輔日本微生物生態学会誌, 2021年
- 一杯の湖水に秘められた難題岡崎友輔生物工学会誌, 2020年11月, 筆頭著者
- ネオウイルス学に出会うまで岡崎友輔ネオウイルス学ニュースレター, 2019年11月, 筆頭著者
- 琵琶湖堆積物からの過去100年のウイルス叢復元の試み本庄三恵; 槻木玲美; 加三千宣; 岡崎友輔; 木村成子; 吉田天士; 左子芳彦; 工藤洋日本生態学会大会講演要旨(Web), 2019年
- メタゲノム解析でひも解く淡水湖のファージの多様性と生態岡崎友輔; 西村陽介; 吉田天士; 緒方博之; 中野伸一日本微生物生態学会大会(Web), 2019年
- 育志賞の受賞にあたって岡崎 友輔陸水学雑誌 = Japanese journal of limnology, 2018年05月
- 琵琶湖沖に生息する細菌・ウイルスのメタゲノム解析岡崎 友輔京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステム研究成果報告書, 2017年
- P-19 琵琶湖表層における生物生産が深水層の細菌群集に与える影響(A.水圏生態系,ポスター発表)岡崎 友輔; 中野 伸一日本微生物生態学会講演要旨集, 2010年
講演・口頭発表等
- “湖の微生物生態系”を対象としたゲノム・多型・遺伝子発現の網羅的比較解析岡崎友輔; 中野 伸一; 豊田 敦; 玉木 秀幸日本微生物生態学会第35回大会, 2022年11月01日
- 湖沼深⽔層の細菌の⽣態学岡崎友輔; 中野伸一日本陸水学会第86回大会, 2022年09月
- Long-read-resolved, ecosystem-wide exploration of nucleotide and structural microdiversity of lake bacterioplankton genomesYusuke Okazaki; Shin-ichi Nakano; Atsushi Toyoda; Hideyuki Tamaki18th International Symposium on Microbial Ecology, 2022年08月
- Long- and short-read-resolved microdiversity of lake bacterioplankton genomes岡崎友輔METAGENOMICS FORUM, 2022年04月, 招待有り
- ロングリード解析で拓くメタゲノムビニングの限界と環境細菌ゲノムの微小多様性岡崎友輔; 中野伸一; 豊田敦; 玉木秀幸微生物生態学会第34回大会, 2021年10月
- ロングリードメタゲノム解析で拓く環境微生物の多様性岡崎友輔大隅基礎科学創成財団 微生物コンソーシアム, 2021年10月, 招待有り
- 湖内および湖間の細菌のゲノム多様性の解明岡崎友輔; 藤永承平; 田中敦; 高津文人; 大八木英夫; 中野伸一日本陸水学会第85回大会, 2021年09月
- Ecogenomics of bacteria and viruses in the water column of Lake BiwaYusuke Okazaki35th Congress of the International Society of Limnology, 2021年08月
- 大水深淡水湖のユニークな微生物生態系岡崎友輔京都化学者クラブ 第374 回例会, 2021年08月, 招待有り
- ロングリードアンプリコンシーケンスで紐解く湖沼細菌の系統内多様性岡崎友輔2021 PacBio Japan Virtual User Group Meeting, 2021年05月, 招待有り
受賞
外部資金：科学研究費補助金
- 未培養ウイルスの宿主は誰か？：環境中のウイルスと細菌のゲノムをつなぐ若手研究小区分45040:生態学および環境学関連京都大学岡崎 友輔自 2022年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付メタゲノム;琵琶湖;微生物生態学
- 溶存有機物の長期残存性を規定する分子複雑性とその規定要因の解明基盤研究(B)小区分63010:環境動態解析関連神戸大学木田 森丸自 2022年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付溶存有機物;長期残存性;微生物;分子多様性;低分子
- ウイルスによる赤潮崩壊現象を裏打ちする分子生態学的メカニズムに関する研究基盤研究(A)中区分40:森林圏科学、水圏応用科学およびその関連分野高知大学長崎 慶三自 2022年04月01日, 至 2027年03月31日, 交付赤潮;ウイルス;長鎖反復アミノ酸長鎖配列;糖鎖;宿主特異性
- 無光層―太陽光の届かない水圏―に棲息する巨大ウイルスの生態基盤研究(A)中区分40:森林圏科学、水圏応用科学およびその関連分野京都大学緒方 博之自 2022年04月01日, 至 2026年03月31日, 交付巨大ウイルス;無光層;生態
- 湖沼の深水層に卓越する未知の有機物循環系の解明基盤研究(A)中区分40:森林圏科学、水圏応用科学およびその関連分野京都大学中野 伸一自 2022年04月01日, 至 2026年03月31日, 交付湖沼深水層;有機物動態;高分子溶存有機物;沈降粒子;微生物ループ
- 微生物窒素ポンプ：貧栄養水域への未知の栄養塩供給経路を実証する基盤研究(B)小区分63010:環境動態解析関連滋賀県琵琶湖環境科学研究センター山口 保彦自 2021年04月01日, 至 2024年03月31日, 交付溶存有機物;窒素循環;アミノ酸;細菌;窒素同位体
- 湖沼深水層に特有の微生物ループの解明挑戦的研究(萌芽)京都大学中野 伸一自 2017年06月30日, 至 2019年03月31日, 完了湖沼;深水層;微生物ループ;CL500-11細菌;キネトプラスチド鞭毛虫;ピコ植物プランクトン;微生物群集組成;細菌;原生生物;鞭毛虫;湖沼深水層;群集ゲノム解析;食物連鎖
外部資金：その他
list
Last Updated :2023/05/27
教育
担当科目
- 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日基礎化学実験N308, 前期, 国際高等教育院, 2
- 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日研究計画作文演習Ａ8402, 通年不定, 薬学研究科, 1
- 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日薬学実験コーチング演習Ａ8301, 通年不定, 薬学研究科, 1
- 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日創薬情報科学特論8207, 後期不定, 薬学研究科, 1
- 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日研究計画作文演習Ｂ8403, 通年不定, 薬学研究科, 1
- 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日バイオインフォマティクスゼミナールＩＢ9062, 後期, 理学研究科, 1
- 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日バイオインフォマティクスゼミナールＩＡ9061, 前期, 理学研究科, 1
- 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＡ9065, 前期, 理学研究科, 1
- 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日バイオインフォマティクスゼミナールＩＤ9064, 後期, 理学研究科, 1
- 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日バイオインフォマティクスゼミナールＩＣ9063, 前期, 理学研究科, 1
- 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＢ9066, 後期, 理学研究科, 1
- 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＤ9068, 後期, 理学研究科, 1
- 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＣ9067, 前期, 理学研究科, 1
- 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日バイオインフォマティクス特論9137, 後期, 理学研究科, 2
- 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日バイオインフォマティクス9136, 前期, 理学研究科, 2
- 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日生物科学特論Ｂ9012, 後期, 理学研究科, 2
- 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日バイオインフォマティクス3768, 前期, 理学部, 2
- 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日バイオ情報スキル5001, 通年不定, 薬学研究科, 4
- 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日創発医薬科学研究Ａ8406, 通年不定, 薬学研究科, 4
- 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日創発医薬科学研究Ｂ8407, 通年不定, 薬学研究科, 4
- 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日ゲノムインフォマティクスC408, 前期, 薬学部, 2
- 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日バイオインフォマティクス理論1113, 後期不定, 薬学研究科, 2
- 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日科学論文解読演習Ａ8404, 通年不定, 薬学研究科, 2
- 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日科学論文解読演習Ｂ8405, 通年不定, 薬学研究科, 2
- 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日科学論文解読演習Ａ8404, 通年不定, 薬学研究科, 2
- 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日バイオインフォマティクスゼミナールＩＢ9062, 後期, 理学研究科, 1
- 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日バイオ情報スキル5001, 通年不定, 薬学研究科, 4
- 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日生物科学特論Ｂ9012, 後期, 理学研究科, 2
- 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日薬学実験コーチング演習Ａ8301, 通年不定, 薬学研究科, 1
- 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日バイオインフォマティクスゼミナールＩＣ9063, 前期, 理学研究科, 1
- 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＢ9066, 後期, 理学研究科, 1
- 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＡ9065, 前期, 理学研究科, 1
- 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日バイオインフォマティクス3768, 前期, 理学部, 2
- 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日バイオインフォマティクスゼミナールＩＡ9061, 前期, 理学研究科, 1
- 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＤ9068, 後期, 理学研究科, 1
- 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＣ9067, 前期, 理学研究科, 1
- 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日研究計画作文演習Ａ8402, 通年不定, 薬学研究科, 1
- 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日創発医薬科学研究Ａ8406, 通年不定, 薬学研究科, 4
- 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日バイオインフォマティクス9136, 前期, 理学研究科, 2
- 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日バイオインフォマティクスゼミナールＩＤ9064, 後期, 理学研究科, 1
- 自 2021年04月, 至 2022年03月バイオインフォマティクス前期, 理学研究科
- 自 2021年04月, 至 2022年03月バイオインフォマティクス前期, 理学部
- 自 2021年04月, 至 2022年03月バイオインフォマティクスゼミナールＩＡ前期, 理学研究科
- 自 2021年04月, 至 2022年03月バイオインフォマティクスゼミナールＩＢ後期, 理学研究科
- 自 2021年04月, 至 2022年03月バイオインフォマティクスゼミナールＩＣ前期, 理学研究科
- 自 2021年04月, 至 2022年03月バイオインフォマティクスゼミナールＩＤ後期, 理学研究科
- 自 2021年04月, 至 2022年03月バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＡ前期, 理学研究科
- 自 2021年04月, 至 2022年03月バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＢ後期, 理学研究科
- 自 2021年04月, 至 2022年03月バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＣ前期, 理学研究科
- 自 2021年04月, 至 2022年03月バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＤ後期, 理学研究科
- 自 2021年04月, 至 2022年03月バイオ情報スキル通年不定, 薬学研究科
- 自 2021年04月, 至 2022年03月バイオインフォマティクス特論後期, 理学研究科
- 自 2021年04月, 至 2022年03月バイオインフォマティクス理論後期不定, 薬学研究科
