岡嵜友輔(化学研究所附属バイオインフォマティクスセンター) | 京都大学教育研究活動データベース

岡嵜友輔

オカザキユウスケ

化学研究所附属バイオインフォマティクスセンター助教

Last Updated :2022/05/14

基本情報

協力講座

理学研究科, 生物科学専攻生体分子情報学講座, 助教

所属学協会

日本陸水学会

日本微生物生態学会

学位

修士（理学）(京都大学)

博士（理学）(京都大学)

出身大学院・研究科等

京都大学, 大学院理学研究科生物科学専攻修士課程, 修了

京都大学, 大学院理学研究科生物科学専攻博士後期課程, 修了

出身学校・専攻等

京都大学, 理学部理学科, 卒業

経歴

自 2020年12月, 至現在
京都大学, 化学研究所, 助教

自 2018年04月, 至 2020年11月
日本学術振興会特別研究員（PD)

自 2015年04月, 至 2018年03月
日本学術振興会特別研究員（DC1)

自 2012年04月, 至 2015年03月
三菱総合研究所研究員

ID,URL

関連Webサイト

https://yusukeokazaki.weebly.com/

researchmap URL

https://researchmap.jp/yokazaki

Last Updated :2022/05/14

研究

研究テーマ・研究概要

研究テーマ
淡水湖をフィールドとした微生物生態学
研究概要
琵琶湖をはじめとする大水深淡水湖を主な対象とした微生物生態学に取り組んでいる。フィールド（湖沼調査）・ドライ（大規模環境ゲノム解析）・ウェット（培養実験・顕微鏡観察）の3つのアプローチを併用しながら、コンパクトかつ網羅的な研究が可能な湖ならではの強みを活かし、微生物学、生態学、さらには生命科学全般の諸問題に答えうる研究への展開を目指している。

研究キーワード

ウイルス

細菌

メタゲノム

琵琶湖

陸水学

微生物生態学

研究分野

ライフサイエンス, ゲノム生物学

ライフサイエンス, 進化生物学

ライフサイエンス, 生態学、環境学

ライフサイエンス, 水圏生命科学

論文

Microdiversity and phylogeographic diversification of bacterioplankton in pelagic freshwater systems revealed through long-read amplicon sequencing
Yusuke Okazaki; Shohei Fujinaga; Michaela M. Salcher; Cristiana Callieri; Atsushi Tanaka; Ayato Kohzu; Hideo Oyagi; Hideyuki Tamaki; Shin-ichi Nakano
Microbiome, 2021年01月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

Long-read metagenomics using PromethION uncovers oral bacteriophages and their interaction with host bacteria
Koji Yahara; Masato Suzuki; Aki Hirabayashi; Wataru Suda; Masahira Hattori; Yutaka Suzuki; Yusuke Okazaki
Nature Communications, 2021年01月, 査読有り

Describing macroecological patterns in microbes: Approaches for comparative analyses of operational taxonomic unit read number distribution with a case study of global oceanic bacteria
Ryosuke Nakadai; Yusuke Okazaki; Shunsuke Matsuoka
Environmental DNA, 2020年10月, 査読有り

Genome‐resolved viral and cellular metagenomes revealed potential key virus‐host interactions in a deep freshwater lake
Yusuke Okazaki; Yosuke Nishimura; Takashi Yoshida; Hiroyuki Ogata; Shin‐ichi Nakano
Environmental Microbiology, 2019年12月, 査読有り, 筆頭著者

Metaepigenomic analysis reveals the unexplored diversity of DNA methylation in an environmental prokaryotic community.
Satoshi Hiraoka; Yusuke Okazaki; Mizue Anda; Atsushi Toyoda; Shin-Ichi Nakano; Wataru Iwasaki
Nature communications, 2019年01月11日, 査読有り

Widespread Dominance of Kinetoplastids and Unexpected Presence of Diplonemids in Deep Freshwater Lakes.
Mukherjee I; Hodoki Y; Okazaki Y; Fujinaga S; Ohbayashi K; Nakano SI
Frontiers in microbiology, 2019年, 査読有り

The Broad Habitat Spectrum of the CL500-11 Lineage (Phylum Chloroflexi), a Dominant Bacterioplankton in Oxygenated Hypolimnia of Deep Freshwater Lakes
Yusuke Okazaki; Michaela M. Salcher; Cristiana Callieri; Shin-ichi Nakano
Frontiers in Microbiology, 2018年11月27日, 査読有り, 筆頭著者

Hidden in plain sight-highly abundant and diverse planktonic freshwater Chloroflexi.
Mehrshad M; Salcher MM; Okazaki Y; Nakano SI; Šimek K; Andrei AS; Ghai R
Microbiome, 2018年10月, 査読有り

Distributions and geochemical behaviors of oxyanion-forming trace elements and uranium in the Hövsgöl–Baikal–Yenisei water system of Mongolia and Russia
Akihito Mochizuki; Takahiro Murata; Ko Hosoda; Toshiya Katano; Yuji Tanaka; Tetsuro Mimura; Osamu Mitamura; Shin ichi Nakano; Yusuke Okazaki; Yuko Sugiyama; Yasuhiro Satoh; Yasunori Watanabe; Ayuriin Dulmaa; Chananbaatar Ayushsuren; Darmaa Ganchimeg; Valentin V. Drucker; Vladimir A. Fialkov; Masahito Sugiyama
Journal of Geochemical Exploration, 2018年05月, 査読有り

Ubiquity and quantitative significance of bacterioplankton lineages inhabiting the oxygenated hypolimnion of deep freshwater lakes
Yusuke Okazaki; Shohei Fujinaga; Atsushi Tanaka; Ayato Kohzu; Hideo Oyagi; Shin-ichi Nakano
ISME JOURNAL, 2017年10月, 査読有り

Vertical partitioning of freshwater bacterioplankton community in a deep mesotrophic lake with a fully oxygenated hypolimnion (Lake Biwa, Japan)
Yusuke Okazaki; Shin-Ichi Nakano
ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY REPORTS, 2016年10月, 査読有り

A novel alphaproteobacterial ectosymbiont promotes the growth of the hydrocarbon-rich green alga Botryococcus braunii
Yuuhiko Tanabe; Yusuke Okazaki; Masaki Yoshida; Hiroshi Matsuura; Atsushi Kai; Takashi Shiratori; Ken-ichiro Ishida; Shin-ichi Nakano; Makoto M. Watanabe
SCIENTIFIC REPORTS, 2015年07月, 査読有り

Seasonal dominance of CL500-11 bacterioplankton (phylum Chloroflexi) in the oxygenated hypolimnion of Lake Biwa, Japan
Yusuke Okazaki; Yoshikuni Hodoki; Shin-ichi Nakano
FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY, 2013年01月, 査読有り

MISC

湖沼の微生物生態系が教えてくれること
岡﨑友輔
日本微生物生態学会誌, 2021年

一杯の湖水に秘められた難題
岡崎友輔
生物工学会誌, 2020年11月, 筆頭著者

ネオウイルス学に出会うまで
岡崎友輔
ネオウイルス学ニュースレター, 2019年11月, 筆頭著者

琵琶湖堆積物からの過去100年のウイルス叢復元の試み
本庄三恵; 槻木玲美; 加三千宣; 岡崎友輔; 木村成子; 吉田天士; 左子芳彦; 工藤洋
日本生態学会大会講演要旨(Web), 2019年

メタゲノム解析でひも解く淡水湖のファージの多様性と生態
岡崎友輔; 西村陽介; 吉田天士; 緒方博之; 中野伸一
日本微生物生態学会大会(Web), 2019年

育志賞の受賞にあたって
岡崎友輔
陸水学雑誌 = Japanese journal of limnology, 2018年05月

琵琶湖沖に生息する細菌・ウイルスのメタゲノム解析
岡崎友輔
京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステム研究成果報告書, 2017年

P-19 琵琶湖表層における生物生産が深水層の細菌群集に与える影響(A.水圏生態系,ポスター発表)
岡崎友輔; 中野伸一
日本微生物生態学会講演要旨集, 2010年

受賞

2018年03月
日本学術振興会, 第8回育志賞

外部資金：その他

先端的環境ゲノム解析で迫る原核生物の種内ゲノム多様化の謎
京都大学教育研究振興財団令和3年度研究活動推進助成
自 2021年07月01日, 至 2022年03月31日
岡崎友輔

環境微生物・ウイルスのドライな謎にウェットに迫る
京都大学創立 125 周年記念ファンド【くすのき・125】
自 2021年09月13日, 至 2025年03月31日
岡崎友輔

Last Updated :2022/05/14

教育

担当科目

自 2021年04月, 至 2022年03月
バイオインフォマティクス
前期, 理学研究科

自 2021年04月, 至 2022年03月
バイオインフォマティクス
前期, 理学部

自 2021年04月, 至 2022年03月
バイオインフォマティクスゼミナールＩＡ
前期, 理学研究科

自 2021年04月, 至 2022年03月
バイオインフォマティクスゼミナールＩＢ
後期, 理学研究科

自 2021年04月, 至 2022年03月
バイオインフォマティクスゼミナールＩＣ
前期, 理学研究科

自 2021年04月, 至 2022年03月
バイオインフォマティクスゼミナールＩＤ
後期, 理学研究科

自 2021年04月, 至 2022年03月
バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＡ
前期, 理学研究科

自 2021年04月, 至 2022年03月
バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＢ
後期, 理学研究科

自 2021年04月, 至 2022年03月
バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＣ
前期, 理学研究科

自 2021年04月, 至 2022年03月
バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＤ
後期, 理学研究科

自 2021年04月, 至 2022年03月
バイオ情報スキル
通年不定, 薬学研究科

自 2021年04月, 至 2022年03月
バイオインフォマティクス特論
後期, 理学研究科

自 2021年04月, 至 2022年03月
バイオインフォマティクス理論
後期不定, 薬学研究科

Last Updated :2022/05/14

大学運営

部局運営(役職等)

自 2021年04月01日, 至 2022年03月31日
化学研究所広報委員会委員

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