基本情報

全学メールアドレス

• 全学メールアドレス

  sekine.shiori.6ykyoto-u.ac.jp

所属学協会

• 自 2024年, 至 現在

  日本ミトコンドリア学会
• 自 2006年, 至 現在

  生化学会
• 自 2006年, 至 現在

  分子生物学会
• 自 2026年04月

  日本薬学会

学位

• 2011年03月24日

  東京大学博士（薬学）
• 2008年03月24日

  東京大学修士（薬学）

出身大学院・研究科等

• 東京大学, 大学院薬学系研究科生命薬学専攻博士課程, 修了
• 東京大学, 大学院薬学系研究科生命薬学専攻修士課程, 修了

出身学校・専攻等

• 東京大学, 薬学部薬学科, 卒業

出身高等学校

• 出身高等学校

  桜蔭高校, おういんこうこう

経歴

• 自 2026年04月, 至 現在

  京都大学大学院薬学研究科オルガネラ情報学分野, 教授
• 自 2025年10月, 至 2026年03月

  京都大学大学院薬学研究科オルガネラ情報学分野, 教授（クロスアポイントメント）
• 自 2023年07月, 至 2026年03月

  Aging Institute, Department of Cell Biology, University of Pittsburgh, Assistant Professor (PI)
• 自 2019年01月, 至 2023年06月

  Aging Institute, Department of Medicine, University of Pittsburgh, Assistant Professor (PI)
• 自 2016年04月, 至 2018年12月

  NIH, NINDS, Richard J. Youle Lab, 日本学術振興会海外特別研究員
• 自 2013年02月, 至 2016年03月

  東京大学大学院薬学系研究科細胞情報学教室, 助教
• 自 2012年04月, 至 2013年01月

  東京大学大学院薬学系研究科細胞情報学教室, 特任助教
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  東京大学大学院薬学系研究科細胞情報学教室, 特任研究員

ID,URL

• ORCID ID

  0000-0001-9962-833X

• J-Global ID

  202301010533489242

• 研究者番号

  70612654

• 外部リンク

  https://www.shiorilab.net

researchmap URL

• https://researchmap.jp/Shiori_Sekine

研究

研究テーマ・研究概要

• 研究テーマ

  ミトコンドリアにおける環境変化の感知と細胞応答制御機構の解明

• 研究概要

  ミトコンドリアが細胞内外の環境変化を感知し、その情報を適切な細胞応答へと変換する分子機構の解明に取り組む。特に、生体内小分子の変動やミトコンドリアストレスに着目し、タンパク質の切断・分解、安定性、局在変化を介した環境感知・シグナル伝達機構を解析する。さらに、オルガネラ間の機能連関や組織特異的なミトコンドリア機能、その生理・病態学的意義を解明し、ミトコンドリア機能異常を標的とした新たな創薬基盤の構築を目指す。

研究キーワード

• ミトコンドリア、ストレス応答、タンパク質輸送、生体内小分子、オルガネラコミュニケーション、プロテオスタシス

研究分野

• ライフサイエンス, 分子生物学
• ライフサイエンス, 細胞生物学

論文

• A unified mechanism for mitochondrial damage sensing in PINK1-Parkin-mediated mitophagy.

  Julia A Thayer; Jennifer D Petersen; Xiaoping Huang; Luiza M Gruel Budet; James Hawrot; Daniel M Ramos; Shiori Sekine; Yan Li; Michael E Ward; Derek P Narendra

  The EMBO journal, 2025年11月20日, 査読有り

  
• Mitophagy mitigates mitochondrial fatty acid β-oxidation deficient cardiomyopathy.

  Nuo Sun; Hayley Barta; Samhita Chaudhuri; Kangxuan Chen; Jiacheng Jin; Hongke Luo; Mingchong Yang; Judith Krigman; Ruohan Zhang; Shridhar Sanghvi; Shiori Sekine; Hannah Sanders; Dominic Kolonay; Mudra Patel; Kedryn Baskin; Harpreet Singh; Pengyi Zhang; Gang Xin; Toren Finkel

  Nature communications, 2025年07月01日, 査読有り

  
• Metabolite tunes MDV pathway to maintain mitochondrial fitness.

  Shiori Sekine; Yusuke Sekine

  Molecular cell, 2025年04月03日, 招待有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• OMA1 clears traffic jam in TOM tunnel in mammals.

  Shiori Sekine; Yusuke Sekine

  The Journal of cell biology, 2024年05月06日, 招待有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• A mitochondrial iron-responsive pathway regulated by DELE1.

  Yusuke Sekine; Ryan Houston; Eva-Maria Eckl; Evelyn Fessler; Derek P Narendra; Lucas T Jae; Shiori Sekine

  Molecular cell, 2023年06月15日, 査読有り, 責任著者

  
• TIM23 facilitates PINK1 activation by safeguarding against OMA1-mediated degradation in damaged mitochondria.

  Shiori Akabane; Kiyona Watanabe; Hidetaka Kosako; Shun-Ichi Yamashita; Kohei Nishino; Masahiro Kato; Shiori Sekine; Tomotake Kanki; Noriyuki Matsuda; Toshiya Endo; Toshihiko Oka

  Cell reports, 2023年05月30日, 査読有り

  
• Discovery of bactericides as an acute mitochondrial membrane damage inducer.

  Ryan Houston; Yusuke Sekine; Mads B Larsen; Kei Murakami; Steven J Mullett; Stacy G Wendell; Derek P Narendra; Bill B Chen; Shiori Sekine

  Molecular biology of the cell, 2021年11月01日, 査読有り, 責任著者

  
• Thiol-Cleavable Biotin for Chemical and Enzymatic Biotinylation and Its Application to Mitochondrial TurboID Proteomics.

  Haorong Li; Ashley M Frankenfield; Ryan Houston; Shiori Sekine; Ling Hao

  Journal of the American Society for Mass Spectrometry, 2021年09月01日, 査読有り

  
• Cellular metabolic stress responses via organelles.

  Yusuke Sekine; Ryan Houston; Shiori Sekine

  Experimental cell research, 2021年03月01日, 査読有り, 招待有り

  
• Acetylation-mediated remodeling of the nucleolus regulates cellular acetyl-CoA responses.

  Ryan Houston; Shiori Sekine; Michael J Calderon; Fayaz Seifuddin; Guanghui Wang; Hiroyuki Kawagishi; Daniela A Malide; Yuesheng Li; Marjan Gucek; Mehdi Pirooznia; Alissa J Nelson; Matthew P Stokes; Jacob Stewart-Ornstein; Steven J Mullett; Stacy G Wendell; Simon C Watkins; Toren Finkel; Yusuke Sekine

  PLoS biology, 2020年11月, 査読有り

  
• The coupling of translational control and stress responses.

  Ryan Houston; Shiori Sekine; Yusuke Sekine

  Journal of biochemistry, 2020年08月01日, 査読有り, 招待有り

  
• Loss of CHCHD2 and CHCHD10 activates OMA1 peptidase to disrupt mitochondrial cristae phenocopying patient mutations.

  Yi-Ting Liu; Xiaoping Huang; Diana Nguyen; Mario K Shammas; Beverly P Wu; Eszter Dombi; Danielle A Springer; Joanna Poulton; Shiori Sekine; Derek P Narendra

  Human molecular genetics, 2020年06月03日, 査読有り

  
• The mitochondrial protein PGAM5 suppresses energy consumption in brown adipocytes by repressing expression of uncoupling protein 1.

  Sho Sugawara; Yusuke Kanamaru; Shiori Sekine; Lila Maekawa; Akinori Takahashi; Tadashi Yamamoto; Kengo Watanabe; Takao Fujisawa; Kazuki Hattori; Hidenori Ichijo

  The Journal of biological chemistry, 2020年04月24日, 査読有り

  
• PINK1 import regulation at a crossroad of mitochondrial fate: the molecular mechanisms of PINK1 import.

  Shiori Sekine

  Journal of biochemistry, 2020年03月01日, 査読有り, 招待有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• Reciprocal Roles of Tom7 and OMA1 during Mitochondrial Import and Activation of PINK1.

  Shiori Sekine; Chunxin Wang; Dionisia P Sideris; Eric Bunker; Zhe Zhang; Richard J Youle

  Molecular cell, 2019年03月07日, 査読有り, 筆頭著者

  
• PINK1 import regulation; a fine system to convey mitochondrial stress to the cytosol.

  Shiori Sekine; Richard J Youle

  BMC biology, 2018年01月10日, 査読有り, 招待有り, 筆頭著者

  
• Mitochondrial fission facilitates the selective mitophagy of protein aggregates.

  Jonathon L Burman; Sarah Pickles; Chunxin Wang; Shiori Sekine; Jose Norberto S Vargas; Zhe Zhang; Alice M Youle; Catherine L Nezich; Xufeng Wu; John A Hammer; Richard J Youle

  The Journal of cell biology, 2017年10月02日, 査読有り

  
• Structures of PGAM5 Provide Insight into Active Site Plasticity and Multimeric Assembly.

  Apirat Chaikuad; Panagis Filippakopoulos; Sean R Marcsisin; Sarah Picaud; Martin Schröder; Shiori Sekine; Hidenori Ichijo; John R Engen; Kohsuke Takeda; Stefan Knapp

  Structure (London, England : 1993), 2017年07月05日, 査読有り

  
• [Mitochondrial proteolysis and its roles in stress responses].

  Shiori Sekine

  Nihon yakurigaku zasshi. Folia pharmacologica Japonica, 2017年, 招待有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• The Ablation of Mitochondrial Protein Phosphatase Pgam5 Confers Resistance Against Metabolic Stress.

  Shiori Sekine; Akari Yao; Kazuki Hattori; Sho Sugawara; Isao Naguro; Masato Koike; Yasuo Uchiyama; Kohsuke Takeda; Hidenori Ichijo

  EBioMedicine, 2016年03月, 査読有り, 筆頭著者

  
• KLHDC10 Deficiency Protects Mice against TNFα-Induced Systemic Inflammation.

  Namiko Yamaguchi; Shiori Sekine; Isao Naguro; Yusuke Sekine; Hidenori Ichijo

  PloS one, 2016年, 査読有り

  
• Apoptosis Signal-regulating Kinase 1 (ASK1)-p38 Pathway-dependent Cytoplasmic Translocation of the Orphan Nuclear Receptor NR4A2 Is Required for Oxidative Stress-induced Necrosis.

  Takeshi Watanabe; Shiori Sekine; Isao Naguro; Yusuke Sekine; Hidenori Ichijo

  The Journal of biological chemistry, 2015年04月24日, 査読有り

  
• Mitochondrial proteolysis: its emerging roles in stress responses.

  Shiori Sekine; Hidenori Ichijo

  Biochimica et biophysica acta, 2015年02月, 査読有り, 招待有り, 筆頭著者

  
• Rhomboid protease PARL mediates the mitochondrial membrane potential loss-induced cleavage of PGAM5.

  Shiori Sekine; Yusuke Kanamaru; Masato Koike; Ayako Nishihara; Masahiro Okada; Hideyuki Kinoshita; Miki Kamiyama; Junichi Maruyama; Yasuo Uchiyama; Naotada Ishihara; Kohsuke Takeda; Hidenori Ichijo

  The Journal of biological chemistry, 2012年10月05日, 査読有り, 筆頭著者

  
• The phosphorylation-dependent regulation of mitochondrial proteins in stress responses.

  Yusuke Kanamaru; Shiori Sekine; Hidenori Ichijo; Kohsuke Takeda

  Journal of signal transduction, 2012年, 査読有り

  
• Mitochondrial phosphoglycerate mutase 5 uses alternate catalytic activity as a protein serine/threonine phosphatase to activate ASK1.

  Kohsuke Takeda; Yoshiko Komuro; Teruyuki Hayakawa; Haruka Oguchi; Yosuke Ishida; Shiori Murakami; Takuya Noguchi; Hideyuki Kinoshita; Yusuke Sekine; Shun-ichiro Iemura; Tohru Natsume; Hidenori Ichijo

  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2009年07月28日, 査読有り

  
• Stress signaling in cancer.

  Shiori Murakami; Takuya Noguchi; Kohsuke Takeda; Hidenori Ichijo

  Cancer science, 2007年10月, 査読有り, 招待有り, 筆頭著者

  
• Involvement of ROS-dependent activation of ASK1-p38 pathway in ATP-induced apoptosis in macrophage

  Takuya Noguchi; Shiori Murakami; Hisashi Fukutomi; Kohsuke Takeda; Hidenori Ichijo

  MOLECULAR BIOTECHNOLOGY, 2007年09月, 査読有り

  
• ASK1-dependent recruitment and activation of macrophages induce hair growth in skin wounds.

  Nao Osaka; Takumi Takahashi; Shiori Murakami; Atsushi Matsuzawa; Takuya Noguchi; Takeshi Fujiwara; Hiroyuki Aburatani; Keiji Moriyama; Kohsuke Takeda; Hidenori Ichijo

  The Journal of cell biology, 2007年03月26日, 査読有り

  

講演・口頭発表等

• Mitochondrial Import-Coupled Stress Response

  Sekine S.

  TokyoMito 2025, 2025年09月01日

  
• Mitochondrial Import-Coupled Stress Response

  Sekine S.

  OsakaMito 2025, 2025年08月29日

  
• Mitochondria-based Iron Monitoring Pathway and Its Role in Erythroid Survival

  Sekine S.

  Gordon Research Conference, Erythropoiesis: Cellular and Molecular Mechanisms, Pathogenesis, and Clinical Translation, 2025年06月09日

  
• Mitochondria-based Iron Monitoring Pathway regulated by DELE1 import

  Sekine S.

  Cell Symposia, Metabolites: Organellar communication in health and disease, 2025年05月12日

  
• The tug-of-war of mitochondrial proteins as a sensing mechanism for stress and small biomolecules

  Sekine S.

  UTAH-OSAKA MITO 2025, 2025年04月23日

  
• Mitochondria-based Iron Monitoring Pathway

  Sekine S.

  第97回 日本生化学会, 2024年11月08日

  
• Mitochondria-based Iron Monitoring Pathway

  Sekine S.

  FASEB conference, Trace Elements in Biology and Medicine, 2024年06月11日

  
• Mitochondrial Import-Coupled Stress Response

  Sekine S.

  1st PittCell conference, 2024年05月02日

  
• A mitochondrial iron-responsive pathway regulated by DELE1 import

  Sekine S.

  第46回 日本分子生物学会, 2023年12月06日

  
• Mitochondrial Import-Coupled Stress Response ~ A fine system to signal from mitochondria to the cytosol~

  Sekine S.

  10th Translational Research in Mitochondria/Metabolism in Aging and Disease (TRiMAD) Conference, 2023年11月17日

  
• Discovery of novel mitochondrial stressor that induces acute mitochondrial membrane perturbation.

  Sekine S

  第94回 日本生化学会, 2021年

  
• Molecular Mechanisms of Stress-Dependent PINK1 Import Regulation.

  Sekine S

  Gordon Research Conference, Protein Transport Across Cell Membranes, 2020年

  
• PINK1 import regulation at a crossroad of mitochondrial fate.

  Sekine S

  第42回 日本分子生物学会, 2019年

  
• Stress-dependent PINK1 import regulation.

  Sekine S

  1st International YoungMito Meeting, 2018年

  
• PARL-mediated cleavage of PGAM5 in stress responses.

  Sekine S

  EMBO workshop Mitochondrial Quality Control, 2017年

  
• The Analysis of stress response in mitochondria.

  Sekine S

  第89回 日本薬理学会, 2016年

  

書籍等出版物

• マイトファジー：オートファゴソーム・リソソーム形成機構

  関根史織

  実験医学：ユビキチン化を介したオルガネロファジー（羊土社）, 2017年

  
• ミトコンドリア局在型プロテインホスファターゼPGAM5とストレス応答

  医学のあゆみ：ストレスシグナルと疾患―細胞恒常性維持機構の破綻と病態（医歯薬出版）, 2015年

  
• 生体内のROS管理の破綻とがん形成

  関根史織; 一條秀憲

  実験医学増刊号：in vivo実験医学によるヒト疾患解明の最前線（羊土社）, 2012年

  
• ASK1のシグナル伝達

  村上史織; 野口拓也; 一條秀憲

  神経変性疾患のサイエンス（南山堂）, 2007年

  

外部資金：科学研究費補助金

• ミトコンドリアストレス応答の分子基盤解明

  国際共同研究加速基金(帰国発展研究)

  生物学

  京都大学

  関根 史織

  自 2026年02月15日, 至 2029年03月31日, 交付

  ミトコンドリア;ストレス応答;シグナル伝達;タンパク質輸送;プロテオスタシス

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25K24922/
• 活性酸素センサー分子とそのシグナル伝達機構

  新学術領域研究(研究領域提案型)

  生物系

  大阪大学

  三木 裕明

  自 2014年07月10日, 至 2019年03月31日, 完了

  シグナル伝達;ストレス

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PLANNED-26111007/
• ストレスシグナルの動的制御機構解明による創薬基盤の確立

  基盤研究(S)

  東京大学

  一條 秀憲

  自 2013年05月31日, 至 2018年03月31日, 完了

  ASK1;ASKファミリー;酸化ストレス;浸透圧ストレス;小胞体ストレス;ミトコンドリアストレス;シグナル伝達;ストレス

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25221302/

教育

担当科目

• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  早期専門研究体験

  C504, 後期, 薬学部, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  専門研究導入演習Ｂ

  C506, 後期, 薬学部, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  専門研究導入演習Ａ

  C505, 後期, 薬学部, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  早期専門研究体験

  C504, 前期, 薬学部, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  基盤生体分子薬学実習

  4204, 通年不定, 薬学研究科, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  特別実習（オルガネラ情報学）

  D182, 通年, 薬学部, 10
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  特別実習[オルガネラ情報学]

  E830, 通年, 薬学部, 14
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  生物化学１（物質生化学）

  A201, 後期, 薬学部, 2
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  生物化学I（物質生化学）

  C201, 後期, 薬学部, 2
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  基盤生体分子薬学実験

  3204, 通年不定, 薬学研究科, 4
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  薬学専門実習IV

  C906, 後期, 薬学部, 3
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  創薬生物科学概論

  8103, 前期不定, 薬学研究科, 2
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  薬学研究概論

  6002, 前期不定, 薬学研究科, 2
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  基盤生体分子薬学演習

  2304, 通年不定, 薬学研究科, 2
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  創薬生命科学概論

  1027, 前期不定, 薬学研究科, 2

大学運営

全学運営(役職等)

• 自 2026年04月01日, 至 2028年03月31日

  京都大学大学院教育支援機構ＳＰＲＩＮＧプログラム　健康・医療・生命分野選考委員会 委員