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深井 周也

フカイ シュウヤ

理学研究科 化学専攻相関化学講座 教授

深井 周也
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    Last Updated :2022/07/02

    基本情報

    学部兼担

    • 理学部

    学位

    • 修士(理学)(東京大学)
    • 博士(理学)(東京大学)

    経歴

    • 自 2020年03月, 至 現在
      京都大学, 大学院理学研究科 化学専攻, 教授
    • 自 2018年04月, 至 2020年02月
      東京大学, 定量生命科学研究所, 准教授
    • 自 2016年12月, 至 2018年03月
      東京大学, 分子細胞生物学研究所, 准教授
    • 自 2007年05月, 至 2016年11月
      東京大学, 放射光連携研究機構, 准教授
    • 自 2006年04月, 至 2007年05月
      東京工業大学, バイオ研究基盤支援総合センター, 助教授(2007年4月より准教授に名称変更)
    • 自 2003年06月, 至 2006年03月
      東京工業大学, 大学院生命理工学研究科生命情報専攻, 助手
    • 自 2002年04月, 至 2003年07月
      スタンフォード大学, 医学部分子細胞生理学科, 日本学術振興会海外特別研究員

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      Last Updated :2022/07/02

      研究

      研究キーワード

      • 構造生物化学
      • Structural biological chemistry

      研究分野

      • ライフサイエンス, 構造生物化学

      論文

      • 1P-033 マグネシウムトランスポーターMgtE細胞質ドメインのX線結晶構造解析(蛋白質・構造機能相関(1),第46回日本生物物理学会年会)
        Tanaka Yoshiki; Hattori Motoyuki; Fukai Shuya; Ishitani Ryuichiro; Nureki Osamu
        生物物理, 2008年
      • 3S2-3 細菌型Secトランスロコン複合体の結晶構造解析(3S2 膜を介した物質輸送・シグナル変換の構造基盤,第46回日本生物物理学会年会)
        塚崎 智也; Mori Hiroyuki; Fukai Shuya; Ishitani Ryuichiro; Perederina Anna; Vassylyev Dmitry G.; Ito Koreaki; Nureki Osamu
        生物物理, 2008年
      • 14-3-3 proteins stabilize LGI1-ADAM22 levels to regulate seizure thresholds in mice
        Norihiko Yokoi; Yuko Fukata; Kei Okatsu; Atsushi Yamagata; Yan Liu; Makoto Sanbo; Yuri Miyazaki; Teppei Goto; Manabu Abe; Hidetoshi Kassai; Kenji Sakimura; Dies Meijer; Masumi Hirabayashi; Shuya Fukai; Masaki Fukata
        Cell Reports, 2021年12月, 査読有り
      • Structural basis for specific recognition of K6-linked polyubiquitin chains by the TAB2 NZF domain
        Yanjun Li; Kei Okatsu; Shuya Fukai; Yusuke Sato
        Biophysical Journal, 2021年07月, 査読有り
      • Canonical versus non-canonical transsynaptic signaling of neuroligin 3 tunes development of sociality in mice
        Tomoyuki Yoshida; Atsushi Yamagata; Ayako Imai; Juhyon Kim; Hironori Izumi; Shogo Nakashima; Tomoko Shiroshima; Asami Maeda; Shiho Iwasawa-Okamoto; Kenji Azechi; Fumina Osaka; Takashi Saitoh; Katsumi Maenaka; Takashi Shimada; Yuko Fukata; Masaki Fukata; Jumpei Matsumoto; Hisao Nishijo; Keizo Takao; Shinji Tanaka; Shigeo Okabe; Katsuhiko Tabuchi; Takeshi Uemura; Masayoshi Mishina; Hisashi Mori; Shuya Fukai
        Nature Communications, 2021年03月, 査読有り, 責任著者
      • LGI1–ADAM22–MAGUK configures transsynaptic nanoalignment for synaptic transmission and epilepsy prevention
        Yuko Fukata; Xiumin Chen; Satomi Chiken; Yoko Hirano; Atsushi Yamagata; Hiroki Inahashi; Makoto Sanbo; Hiromi Sano; Teppei Goto; Masumi Hirabayashi; Hans-Christian Kornau; Harald Prüss; Atsushi Nambu; Shuya Fukai; Roger A. Nicoll; Masaki Fukata
        Proceedings of the National Academy of Sciences, 2021年01月19日, 査読有り
      • A Human DUB Protein Array for Clarification of Linkage Specificity of Polyubiquitin Chain and Application to Evaluation of Its Inhibitors
        Hirotaka Takahashi; Satoshi Yamanaka; Shohei Kuwada; Kana Higaki; Kohki Kido; Yusuke Sato; Shuya Fukai; Fuminori Tokunaga; Tatsuya Sawasaki
        Biomedicines, 2020年06月04日, 査読有り, 招待有り
      • Molecular bases for HOIPINs-mediated inhibition of LUBAC and innate immune responses.
        Oikawa D; Sato Y; Ohtake F; Komakura K; Hanada K; Sugawara K; Terawaki S; Mizukami Y; Phuong HT; Iio K; Obika S; Fukushi M; Irie T; Tsuruta D; Sakamoto S; Tanaka K; Saeki Y; Fukai S; Tokunaga F.
        Communications Biology, 2020年04月, 査読有り
      • Subquinocin, a small molecule inhibitor of CYLD and USP-family deubiquitinating enzymes, promotes NF-κB signaling.
        Satoshi Yamanaka; Yusuke Sato; Daisuke Oikawa; Eiji Goto; Shuya Fukai; Fuminori Tokunaga; Hirotaka Takahashi; Tatsuya Sawasaki
        Biochemical and biophysical research communications, 2020年03月26日, 査読有り
      • A SNARE geranylgeranyltransferase essential for the organization of the Golgi apparatus.
        Ryutaro Shirakawa; Sakurako Goto-Ito; Kota Goto; Shonosuke Wakayama; Haremaru Kubo; Natsumi Sakata; Duc Anh Trinh; Atsushi Yamagata; Yusuke Sato; Hiroshi Masumoto; Jinglei Cheng; Toyoshi Fujimoto; Shuya Fukai; Hisanori Horiuchi
        The EMBO journal, 2020年03月03日, 査読有り, 責任著者
      • Structural insights into selective interaction between type IIa receptor protein tyrosine phosphatases and Liprin-α.
        Maiko Wakita; Atsushi Yamagata; Tomoko Shiroshima; Hironori Izumi; Asami Maeda; Mizuki Sendo; Ayako Imai; Keiko Kubota; Sakurako Goto-Ito; Yusuke Sato; Hisashi Mori; Tomoyuki Yoshida; Shuya Fukai
        Nature communications, 2020年01月31日, 査読有り, 最終著者, 責任著者
      • Structural insights into ubiquitin recognition and Ufd1 interaction of Npl4.
        Yusuke Sato; Hikaru Tsuchiya; Atsushi Yamagata; Kei Okatsu; Keiji Tanaka; Yasushi Saeki; Shuya Fukai
        Nature communications, 2019年12月13日, 査読有り
      • Structural basis of ubiquitin recognition by the winged-helix domain of Cockayne syndrome group B protein.
        Tomio S Takahashi; Yusuke Sato; Atsushi Yamagata; Sakurako Goto-Ito; Masafumi Saijo; Shuya Fukai
        Nucleic acids research, 2019年04月23日, 査読有り
      • Structural basis of guanine nucleotide exchange for Rab11 by SH3BP5.
        Sakurako Goto-Ito; Nobukatsu Morooka; Atsushi Yamagata; Yusuke Sato; Ken Sato; Shuya Fukai
        Life science alliance, 2019年04月, 査読有り
      • Crystal structure of the central and the C-terminal RNase domains of colicin D implicated its translocation pathway through inner membrane of target cell.
        Chang JW; Sato Y; Ogawa T; Arakawa T; Fukai S; Fushinobu S; Masaki H
        Journal of biochemistry, 2018年11月, 査読有り
      • Structural insights into modulation and selectivity of transsynaptic neurexin-LRRTM interaction.
        Atsushi Yamagata; Sakurako Goto-Ito; Yusuke Sato; Tomoko Shiroshima; Asami Maeda; Masahiko Watanabe; Takashi Saitoh; Katsumi Maenaka; Tohru Terada; Tomoyuki Yoshida; Takeshi Uemura; Shuya Fukai
        Nature communications, 2018年09月27日, 査読有り
      • Structural insights into ubiquitin phosphorylation by PINK1.
        Okatsu K; Sato Y; Yamano K; Matsuda N; Negishi L; Takahashi A; Yamagata A; Goto-Ito S; Mishima M; Ito Y; Oka T; Tanaka K; Fukai S
        Scientific reports, 2018年07月, 査読有り
      • Structural basis of epilepsy-related ligand–receptor complex LGI1–ADAM22
        Atsushi Yamagata; Yuri Miyazaki; Norihiko Yokoi; Hideki Shigematsu; Yusuke Sato; Sakurako Goto-Ito; Asami Maeda; Teppei Goto; Makoto Sanbo; Masumi Hirabayashi; Mikako Shirouzu; Yuko Fukata; Masaki Fukata; Shuya Fukai
        Nature Communications, 2018年04月18日, 査読有り, 最終著者, 責任著者
      • Structural basis of trans-synaptic interactions between PTPδ and SALMs for inducing synapse formation.
        Goto-Ito S; Yamagata A; Sato Y; Uemura T; Shiroshima T; Maeda A; Imai A; Mori H; Yoshida T; Fukai S
        Nature communications, 2018年01月18日, 査読有り
      • Structural insights into two distinct binding modules for Lys63-linked polyubiquitin chains in RNF168
        Tomio S. Takahashi; Yoshihiro Hirade; Aya Toma; Yusuke Sato; Atsushi Yamagata; Sakurako Goto-Ito; Akiko Tomita; Shinichiro Nakada; Shuya Fukai
        Nature Communications, 2018年01月12日, 査読有り
      • Structural basis for specific cleavage of Lys6-linked polyubiquitin chains by USP30.
        Yusuke Sato; Kei Okatsu; Yasushi Saeki; Koji Yamano; Noriyuki Matsuda; Ai Kaiho; Atsushi Yamagata; Sakurako Goto-Ito; Minoru Ishikawa; Yuichi Hashimoto; Keiji Tanaka; Shuya Fukai
        Nature structural & molecular biology, 2017年11月, 査読有り
      • Structural basis for CRMP2-induced axonal microtubule formation
        Shinsuke Niwa; Fumio Nakamura; Yuri Tomabechi; Mari Aoki; Hideki Shigematsu; Takashi Matsumoto; Atsushi Yamagata; Shuya Fukai; Nobutaka Hirokawa; Yoshio Goshima; Mikako Shirouzu; Ryo Nitta
        SCIENTIFIC REPORTS, 2017年09月, 査読有り
      • Structural basis of the interaction between Topoisomerase IIIβ and the TDRD3 auxiliary factor.
        Goto-Ito S; Yamagata A; Takahashi TS; Sato Y; Fukai S
        Scientific reports, 2017年02月, 査読有り
      • Crystal structure of Sec10, a subunit of the exocyst complex
        Jianxing Chen; Atsushi Yamagata; Keiko Kubota; Yusuke Sato; Sakurako Goto-Ito; Shuya Fukai
        SCIENTIFIC REPORTS, 2017年01月, 査読有り
      • Distinct Roles for the N- and C-terminal Regions of M-Sec in Plasma Membrane Deformation during Tunneling Nanotube Formation
        Shunsuke Kimura; Masami Yamashita; Megumi Yamakami-Kimura; Yusuke Sato; Atsushi Yamagata; Yoshihiro Kobashigawa; Fuyuhiko Inagaki; Takako Amada; Koji Hase; Toshihiko Iwanaga; Hiroshi Ohno; Shuya Fukai
        SCIENTIFIC REPORTS, 2016年09月, 査読有り
      • Structure of Slitrk2-PTPδ complex reveals mechanisms for splicing-dependent trans-synaptic adhesion.
        Yamagata A; Sato Y; Goto-Ito S; Uemura T; Maeda A; Shiroshima T; Yoshida T; Fukai S
        Scientific reports, 2015年05月, 査読有り
      • Mechanisms of splicing-dependent trans-synaptic adhesion by PTPδ-IL1RAPL1/IL-1RAcP for synaptic differentiation.
        Yamagata A; Yoshida T; Sato Y; Goto-Ito S; Uemura T; Maeda A; Shiroshima T; Iwasawa-Okamoto S; Mori H; Mishina M; Fukai S
        Nature communications, 2015年04月, 査読有り
      • Structures of CYLD USP with Met1-or Lys63-linked diubiquitin reveal mechanisms for dual specificity
        Yusuke Sato; Eiji Goto; Yuri Shibata; Yuji Kubota; Atsushi Yamagata; Sakurako Goto-Ito; Keiko Kubota; Jun-ichiro Inoue; Mutsuhiro Takekawa; Fuminori Tokunaga; Shuya Fukai
        NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY, 2015年03月, 査読有り
      • Structural Basis for Ubiquitin Recognition by Ubiquitin-Binding Zinc Finger of FAAP20
        Aya Toma; Tomio S. Takahashi; Yusuke Sato; Atsushi Yamagata; Sakurako Goto-Ito; Shinichiro Nakada; Atsuhiko Fukuto; Yasunori Horikoshi; Satoshi Tashiro; Shuya Fukai
        PLOS ONE, 2015年03月, 査読有り
      • Switching and emergence of CTL epitopes in HIV-1 infection
        Chungyong Han; Ai Kawana-Tachikawa; Akihisa Shimizu; Dayong Zhu; Hitomi Nakamura; Eisuke Adachi; Tadashi Kikuchi; Michiko Koga; Tomohiko Koibuchi; George F. Gao; Yusuke Sato; Atsushi Yamagata; Eric Martin; Shuya Fukai; Zabrina L. Brumme; Aikichi Iwamoto
        RETROVIROLOGY, 2014年05月, 査読有り
      • Core Structures of Ubiquitin Dictate Its Dynamics and Function
        Shuya Fukai
        JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 2014年04月, 査読有り
      • Structure of TCR and antigen complexes at an immunodominant CTL epitope in HIV-1 infection
        Akihisa Shimizu; Ai Kawana-Tachikawa; Atsushi Yamagata; Chungyong Han; Dayong Zhu; Yusuke Sato; Hitomi Nakamura; Tomohiko Koibuchi; Jonathan Carlson; Eric Martin; Chanson J. Brumme; Yi Shi; George F. Gao; Zabrina L. Brumme; Shuya Fukai; Aikichi Iwamoto
        SCIENTIFIC REPORTS, 2013年11月, 査読有り
      • Get1 Stabilizes an Open Dimer Conformation of Get3 ATPase by Binding Two Distinct Interfaces
        Keiko Kubota; Atsushi Yamagata; Yusuke Sato; Sakurako Goto-Ito; Shuya Fukai
        JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 2012年09月, 査読有り
      • Molecular Basis of Lys-63-linked Polyubiquitination Inhibition by the Interaction between Human Deubiquitinating Enzyme OTUB1 and Ubiquitin-conjugating Enzyme UBC13
        Yusuke Sato; Atsushi Yamagata; Sakurako Goto-Ito; Keiko Kubota; Rikako Miyamoto; Shinichiro Nakada; Shuya Fukai
        JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2012年07月, 査読有り
      • Specific recognition of linear ubiquitin chains by the Npl4 zinc finger (NZF) domain of the HOIL-1L subunit of the linear ubiquitin chain assembly complex
        Yusuke Sato; Hiroaki Fujita; Azusa Yoshikawa; Masami Yamashita; Atsushi Yamagata; Stephen E. Kaiser; Kazuhiro Iwai; Shuya Fukai
        PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2011年12月, 査読有り
      • Structure and function of a membrane component SecDF that enhances protein export
        Tomoya Tsukazaki; Hiroyuki Mori; Yuka Echizen; Ryuichiro Ishitani; Shuya Fukai; Takeshi Tanaka; Anna Perederina; Dmitry G. Vassylyev; Toshiyuki Kohno; Andres D. Maturana; Koreaki Ito; Osamu Nureki
        NATURE, 2011年06月, 査読有り
      • Structural basis for the Rho- and phosphoinositide-dependent localization of the exocyst subunit Sec3
        Masami Yamashita; Kazuo Kurokawa; Yusuke Sato; Atsushi Yamagata; Hisatoshi Mimura; Azusa Yoshikawa; Ken Sato; Akihiko Nakano; Shuya Fukai
        NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY, 2010年02月, 査読有り
      • Structural insight into the membrane insertion of tail-anchored proteins by Get3
        Atsushi Yamagata; Hisatoshi Mimura; Yusuke Sato; Masami Yamashita; Azusa Yoshikawa; Shuya Fukai
        GENES TO CELLS, 2010年01月, 査読有り
      • Structural basis for specific recognition of Lys 63-linked polyubiquitin chains by NZF domains of TAB2 and TAB3
        Yusuke Sato; Azusa Yoshikawa; Masami Yamashita; Atsushi Yamagata; Shuya Fukai
        EMBO JOURNAL, 2009年12月, 査読有り
      • Mechanism for the definition of elongation and termination by the class II CCA-adding enzyme
        Yukimatsu Toh; Daijiro Takeshita; Tomoyuki Numata; Shuya Fukai; Osamu Nureki; Kozo Tomita
        EMBO JOURNAL, 2009年11月, 査読有り
      • Crystal structure of the NEMO ubiquitin-binding domain in complex with Lys 63-linked di-ubiquitin
        Azusa Yoshikawa; Yusuke Sato; Masami Yamashita; Hisatoshi Mimura; Atsushi Yamagata; Shuya Fukai
        FEBS LETTERS, 2009年10月, 査読有り
      • Tuberous Sclerosis Tumor Suppressor Complex-like Complexes Act as GTPase-activating Proteins for Ral GTPases
        Ryutaro Shirakawa; Shuya Fukai; Mitsunori Kawato; Tomohito Higashi; Hirokazu Kondo; Tomoyuki Ikeda; Ei Nakayama; Katsuya Okawa; Osamu Nureki; Takeshi Kimura; Toru Kita; Hisanori Horiuchi
        JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2009年08月, 査読有り
      • Structural basis for specific recognition of Lys 63-linked polyubiquitin chains by tandem UIMs of RAP80
        Yusuke Sato; Azusa Yoshikawa; Hisatoshi Mimura; Masami Yamashita; Atsushi Yamagata; Shuya Fukai
        EMBO JOURNAL, 2009年08月, 査読有り
      • Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of GCIP/HHM transcriptional regulator
        Azusa Seto; Hiroaki Ikushima; Toshiyasu Suzuki; Yusuke Sato; Shuya Fukai; Keiko Yuki; Keiji Miyazawa; Kohei Miyazono; Ryuichiro Ishitani; Osamu Nureki
        ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS, 2009年01月, 査読有り
      • Conformational transition of Sec machinery inferred from bacterial SecYE structures
        Tomoya Tsukazaki; Hiroyuki Mori; Shuya Fukai; Ryuichiro Ishitani; Takaharu Mori; Naoshi Dohmae; Anna Perederina; Yuji Sugita; Dmitry G. Vassylyev; Koreaki Ito; Osamu Nureki
        NATURE, 2008年10月, 査読有り
      • Structural basis for specific cleavage of Lys 63-linked polyubiquitin chains
        Yusuke Sato; Azusa Yoshikawa; Atsushi Yamagata; Hisatoshi Mimura; Masami Yamashita; Kayoko Ookata; Osamu Nureki; Kazuhiro Iwai; Masayuki Komada; Shuya Fukai
        NATURE, 2008年09月, 査読有り
      • Biochemical characterization of the Rho GTPase-regulated actin assembly by diaphanous-related formins, mDia1 and daam1, in platelets
        Tomohito Higashi; Tomoyuki Ikeda; Ryutaro Shirakawa; Hirokazu Kondo; Mitsunori Kawato; Masahito Horiguchi; Tomohiko Okuda; Katsuya Okawa; Shuya Fukai; Osamu Nureki; Toru Kita; Hisanori Horiuchi
        JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2008年03月, 査読有り
      • Regulation of platelet dense granule secretion by the Ral GTPase-exocyst pathway
        Mitsunori Kawato; Ryutaro Shirakawa; Hirokazu Kondo; Tomohito Higashi; Tomoyuki Ikeda; Katsuya Okawa; Shuya Fukai; Osamu Nureki; Toru Kita; Hisanori Horiuchi
        JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2008年01月, 査読有り
      • Crystal structure of human DAAM1 formin homology 2 domain
        Masami Yamashita; Tomohito Higashi; Shiro Suetsugu; Yusuke Sato; Tomoyuki Ikeda; Ryutaro Shirakawa; Toru Kita; Tadaomi Takenawa; Hisanori Horiuchi; Shuya Fukai; Osamu Nureki
        GENES TO CELLS, 2007年11月, 査読有り
      • Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of the cytosolic domain of the Mg2+ transporter MgtE
        Yoshiki Tanaka; Motoyuki Hattori; Shuya Fukai; Ryuichiro Ishitania; Osamu Nureki
        ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS, 2007年08月, 査読有り
      • Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of the full-length Mg2+ transporter MgtE
        Motoyuki Hattori; Yoshiki Tanaka; Shuya Fukai; Ryuichiro Ishitani; Osamu Nureki
        ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS, 2007年08月, 査読有り
      • Crystal structure of the MgtE Mg2+ transporter
        Motoyuki Hattori; Yoshiki Tanaka; Shuya Fukai; Ryuichiro Ishitani; Osamu Nureki
        NATURE, 2007年08月, 査読有り
      • Crystallization and crystallographic analysis of yeast Sec2p, a guanine nucleotide-exchange factor for the yeast Rab GTPase Sec4p
        Yusuke Sato; Shuya Fukai; Osamu Nureki
        ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS, 2007年07月, 査読有り
      • Crystal structure of the Sec4p-Sec2p complex in the nucleotide exchanging intermediate state
        Yusuke Sato; Shuya Fukai; Ryuichiro Ishitani; Osamu Nureki
        PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2007年05月, 査読有り
      • Asymmetric coiled-coil structure with guanine nucleotide exchange activity
        Yusuke Sato; Ryutaro Shirakawa; Hisanori Horiuchi; Naoshi Dohmae; Shuya Fukai; Osamu Nureki
        STRUCTURE, 2007年02月, 査読有り
      • Crystal structures of leucyl/phenylalanyl-tRNA-protein transferase and its complex with an aminoacyl-tRNA analog
        Kyoko Suto; Yoshihiro Shimizu; Kazunori Watanabe; Takuya Ueda; Shuya Fukai; Osamu Nureki; Kozo Tomita
        EMBO JOURNAL, 2006年12月, 査読有り
      • Functional categorization of the conserved basic amino acid residues in TrmH (tRNA (Gm18) methyltansferase) enzymes
        Kazunori Watanabe; Osamu Nureki; Shuya Fukai; Yaeta Endo; Hiroyuki Hori
        JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2006年11月, 査読有り
      • Complete crystallographic analysis of the dynamics of CCA sequence addition
        Kozo Tomita; Ryuichiro Ishitani; Shuya Fukai; Osamu Nureki
        NATURE, 2006年10月, 査読有り
      • Snapshots of tRNA sulphuration via an adenylated intermediate
        Tomoyuki Numata; Yoshiho Ikeuchi; Shuya Fukai; Tsutomu Suzuki; Osamu Nureki
        NATURE, 2006年07月, 査読有り
      • Structural basis of RNA-dependent recruitment of glutamine to the genetic code
        H Oshikane; K Sheppard; S Fukai; Y Nakamura; R Ishitani; T Numata; RL Sherrer; L Feng; E Schmitt; M Panvert; S Blanquet; Y Mechulam; D Soll; O Nureki
        SCIENCE, 2006年06月, 査読有り
      • Crystallization and preliminary X-ray analysis of the tRNA thiolation enzyme MnmA from Escherichia coli complexed with tRNA(Glu)
        T Numata; Y Ikeuchi; S Fukai; H Adachi; H Matsumura; K Takano; S Murakami; T Inoue; Y Mori; T Sasaki; T Suzuki; O Nureki
        ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS, 2006年04月, 査読有り
      • Purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction of SecDF, a translocon-associated membrane protein, from Thermus thermophilus
        T Tsukazaki; H Mori; S Fukai; T Numata; A Perederina; H Adachi; H Matsumura; K Takano; S Murakami; T Inoue; Y Mori; T Sasaki; DG Vassylyev; O Nureki; K Ito
        ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS, 2006年04月, 査読有り
      • Structural basis for sulfur relay to RNA mediated by heterohexameric TusBCD complex
        T Numata; S Fukai; Y Ikeuchi; T Suzuki; O Nureki
        STRUCTURE, 2006年02月, 査読有り
      • Structural basis for anticodon recognition by methionyl-tRNA synthetase
        K Nakanishi; Y Ogiso; T Nakama; S Fukai; O Nureki
        NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY, 2005年10月, 査読有り
      • Structural basis for lysidine formation by ATP pyrophosphatase accompanied by a lysine-specific loop and a tRNA-recognition domain
        K Nakanishi; S Fukai; Y Ikeuchi; A Soma; Y Sekine; T Suzuki; O Nureki
        PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2005年05月, 査読有り
      • Roles of conserved amino acid sequence motifs in the SpoU (TrmH) RNA methyltransferase family
        K Watanabe; O Nureki; S Fukai; R Ishii; H Okamoto; S Yokoyama; Y Endo; H Hori
        JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2005年03月, 査読有り
      • Structural basis for template-independent RNA polymerization
        K Tomita; S Fukai; R Ishitani; T Ueda; N Takeuchi; DG Vassylyev; O Nureki
        NATURE, 2004年08月, 査読有り, 筆頭著者
      • Deep knot structure for construction of active site and cofactor binding site of tRNA modification enzyme
        O Nureki; K Watanabe; S Fukai; R Ishii; Y Endo; H Hori; S Yokoyama
        STRUCTURE, 2004年04月, 査読有り
      • A short peptide insertion crucial for angiostatic activity of human tryptophanyl-tRNA synthetase
        Y Kise; SW Lee; SG Park; S Fukai; T Sengoku; R Ishii; S Yokoyama; S Kim; O Nureki
        NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY, 2004年02月, 査読有り
      • Crystal structures of the CP1 domain from Thermus thermophilus isoleucyl-tRNA synthetase and its complex with L-valine
        R Fukunaga; S Fukai; R Ishitani; O Nureki; S Yokoyama
        JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2004年02月, 査読有り
      • A short peptide insertion crucial for angiostatic activity of human tryptophanyl-tRNA synthetase
        Yoshiaki Kise; Sang Won Lee; Sang Gyu Park; Shuya Fukai; Toru Sengoku; Ryohei Ishii; Shigeyuki Yokoyama; Sunghoon Kim; Osamu Nureki
        Nature Structural and Molecular Biology, 2004年02月, 査読有り
      • Structural basis of the interaction between RalA and Sec5, a subunit of the sec6/8 complex
        S Fukai; HT Matern; Jagath, JR; RH Scheller; AT Brunger
        EMBO JOURNAL, 2003年07月, 査読有り, 筆頭著者
      • Mechanism of molecular interactions for tRNA(Val) recognition by valyl-tRNA synthetase
        S Fukai; O Nureki; S Sekine; A Shimada; DG Vassylyev; S Yokoyama
        RNA-A PUBLICATION OF THE RNA SOCIETY, 2003年01月, 査読有り
      • Crystal structure of the complex of human epidermal growth factor and receptor extracellular domains
        H Ogiso; R Ishitani; O Nureki; S Fukai; M Yamanaka; JH Kim; K Saito; A Sakamoto; M Inoue; M Shirouzu; S Yokoyama
        CELL, 2002年09月, 査読有り
      • Crystal structure of the homologous-pairing domain from the human Rad52 recombinase in the undecameric form
        W Kagawa; H Kurumizaka; R Ishitani; S Fukai; O Nureki; T Shibata; S Yokoyama
        MOLECULAR CELL, 2002年08月, 査読有り
      • Crystal structure of archaeosine tRNA-guanine transglycosylase
        R Ishitani; O Nureki; S Fukai; T Kijimoto; N Nameki; M Watanabe; H Kondo; M Sekine; N Okada; S Nishimura; S Yokoyama
        JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 2002年05月, 査読有り
      • Mutational separation of two pathways for editing by a class I tRNA synthetase
        TL Hendrickson; TK Nomanbhoy; de Crecy-Lagard, V; S Fukai; O Nureki; S Yokoyama; P Schimmel
        MOLECULAR CELL, 2002年02月, 査読有り
      • Crystal structure of the CENP-B protein-DNA complex: the DNA-binding domains of CENP-B induce kinks in the CENP-B box DNA
        Y Tanaka; O Nureki; H Kurumizaka; S Fukai; S Kawaguchi; M Ikuta; J Iwahara; T Okazaki; S Yokoyama
        EMBO JOURNAL, 2001年12月, 査読有り
      • Crystal structure of human AUH protein, a single-stranded RNA binding homolog of enoyl-CoA hydratase
        K Kurimoto; S Fukai; O Nureki; Y Muto; S Yokoyama
        STRUCTURE, 2001年12月, 査読有り
      • Structural basis for double-sieve discrimination of L-valine from L-isoleucine and L-threonine by the complex of tRNA(Val) and valyl-tRNA synthetase
        S Fukai; O Nureki; S Sekine; A Shimada; JS Tao; DG Vassylyev; S Yokoyama
        CELL, 2000年11月, 査読有り
      • Enzyme structure with two catalytic sites for double-sieve selection of substrate
        O Nureki; DG Vassylyev; M Tateno; A Shimada; T Nakama; S Fukai; M Konno; TL Hendrickson; P Schimmel; S Yokoyama
        SCIENCE, 1998年04月, 査読有り
      • Neurexins play a crucial role in cerebellar granule cell survival by organizing autocrine machinery for neurotrophins
        Takeshi Uemura; Emi Suzuki-Kouyama; Shiori Kawase; Taiga Kurihara; Misato Yasumura; Tomoyuki Yoshida; Shuya Fukai; Maya Yamazaki; Peng Fei; Manabu Abe; Masahiko Watanabe; Kenji Sakimura; Masayoshi Mishina; Katsuhiko Tabuchi
        Cell Reports, 2022年04月, 査読有り

      MISC

      • ユビキチンリガーゼUBE3Aは26Sプロテアソームの負の調節因子である
        土屋光; 尾勝圭; 田中啓二; 深井周也; 佐伯泰
        日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2020年
      • ミトコンドリア外膜への自由な局在化によるPINK1の活性化
        尾勝圭; 松田憲之; 深井周也
        日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2019年
      • USP30によるLys6結合型ユビキチン鎖特異的切断機構の構造的基盤
        佐藤裕介; 尾勝圭; 佐伯泰; 山野晃史; 松田憲之; 海保愛; 山形敦史; 伊藤桜子; 石川稔; 橋本祐一; 田中啓二; 深井周也
        日本生化学会大会(Web), 2017年
      • 大腸菌のtRNAArgを切断するリボヌクレアーゼ毒素,コリシンDの分子構造解析
        張榮維; 佐藤裕介; 小川哲弘; 荒川孝俊; 伏信進矢; 深井周也; 正木春彦
        日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2017年
      • 遺伝子点変異による精神神経疾患の発症機構解明 シナプスオーガナイザー遺伝子点変異導入マウスを用いた神経発達障害発症機構の解明
        吉田 知之; 山形 敦史; 田端 彩子; 和泉 宏謙; 城島 知子; 金 主賢; 深田 優子; 深田 正紀; 高雄 啓三; 森 寿; 深井 周也
        日本生物学的精神医学会・日本神経精神薬理学会合同年会プログラム・抄録集, 2017年09月
      • Roles of type IIa receptor protein tyrosine phosphatases as synaptic organizers
        Shuya Fukai; Tomoyuki Yoshida
        The FEBS Journal, 2020年12月10日, 査読有り, 招待有り, 筆頭著者, 責任著者
      • シナプス接着分子群の構造基盤の最前線
        深井 周也
        生化学, 2020年04月, 査読有り, 招待有り
      • 細胞間コミュニケーションのトランススケールな理解 ―シナプス形成を例に
        深井 周也
        実験医学, 2020年03月, 査読有り, 招待有り
      • Insights into the mechanisms of epilepsy from structural biology of LGI1-ADAM22.
        Atsushi Yamagata; Shuya Fukai
        Cellular and molecular life sciences : CMLS, 2020年01月, 査読有り
      • Structural insights into leucine-rich repeat-containing synaptic cleft molecules.
        Atsushi Yamagata; Shuya Fukai
        Current opinion in structural biology, 2019年02月, 査読有り
      • 中枢シナプス形成を誘導するシナプスオーガナイザー複合体の構造基盤
        深井周也; 山形敦史
        生化学, 2016年06月, 査読有り, 招待有り
      • 神経細胞間シナプス形成とその調節メカニズム
        山形敦史; 深井周也
        日本結晶学会誌, 2015年10月, 査読有り, 招待有り
      • シナプス形成を誘導する膜受容体の機能と構造
        深井周也; 植村 健; 吉田知之
        実験医学 増刊, 2014年
      • The regulation of cell function by linkage-specific polyubiquitin binding
        Yusuke Sato; Shuya Fukai
        Seikagaku, 2012年, 査読有り
      • Mechanism for de-ubiquitination of K 63-linked polyubiquitin chains
        Shuya Fukai
        Seikagaku, 2009年, 査読有り
      • Expectation for the cell-free synthesis of the multisubunit complex towards the three-dimensional structure determination
        Shuya Fukai
        SEIKAGAKU, 2007年03月, 査読有り
      • 古細菌のグルタミン翻訳系にかかわる酵素類の結晶構造解析
        石谷隆一郎; 押鐘浩之; 大森淳彦; SHEPPARD Kelly; 渡邉信久; 深井周也; SOLL Dieter; 濡木理
        生化学, 2007年
      • A molecular tunnel required for cooperation of an asparaginase and a Glu-tRNAG(Gln) kinase in Gln-tRNA formation
        K Sheppard; L Feng; H Oshikane; Y Nakamura; S Fukai; O Nureki; D Soll
        FASEB JOURNAL, 2006年03月

      講演・口頭発表等

      • ケモテクノロジーが拓くユビキチンニューフロンティア ヒトDUBアレイ技術を用いたUSP特異的阻害剤の開発
        高橋 宏隆; 山中 聡士; 桑田 翔平; 檜垣 佳奈; 佐藤 裕介; 深井 周也; 徳永 文稔; 澤崎 達也
        日本生化学会大会プログラム・講演要旨集, 2020年09月, (公社)日本生化学会
      • コムギ無細胞タンパク質合成系を基盤としたヒト脱ユビキチン化酵素タンパク質アレイの作製と応用
        高橋宏隆; 山中聡士; 後藤栄治; 及川大輔; 佐藤裕介; 深井周也; 徳永文稔; 澤崎達也
        日本病態プロテアーゼ学会学術集会プログラム抄録集, 2019年
      • Npl4によるユビキチン鎖認識およびUfd1結合様式の構造基盤
        佐藤裕介; 土屋光; 田中啓二; 佐伯泰; 深井周也
        日本細胞生物学会大会(Web), 2019年
      • コムギ無細胞系を用いて作製したヒト脱ユビキチン化酵素(DUB)プロテインアレイによるポリユビキチン鎖基質特異性解析とDUB阻害剤の選択性評価
        高橋宏隆; 山中聡士; 桑田翔平; 後藤栄治; 今井賢一郎; 富井健太郎; 佐藤裕介; 深井周也; 徳永文稔; 澤崎達也
        日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2018年
      • ユビキチン・コード:細胞内の最も難解な暗号を読む USP30によるLys6結合型ユビキチン鎖特異的切断機構の構造的基盤
        佐藤 裕介; 尾勝 圭; 佐伯 泰; 山野 晃史; 松田 憲之; 海保 愛; 山形 敦史; 伊藤 桜子; 石川 稔; 橋本 祐一; 田中 啓二; 深井 周也
        生命科学系学会合同年次大会, 2017年12月, 生命科学系学会合同年次大会運営事務局
      • 遺伝子点変異による精神神経疾患の発症機構解明 シナプスオーガナイザー遺伝子点変異導入マウスを用いた神経発達障害発症機構の解明
        吉田 知之; 山形 敦史; 田端 彩子; 和泉 宏謙; 城島 知子; 金 主賢; 深田 優子; 深田 正紀; 高雄 啓三; 森 寿; 深井 周也
        日本生物学的精神医学会・日本神経精神薬理学会合同年会プログラム・抄録集, 2017年09月, 日本生物学的精神医学会・日本神経精神薬理学会
      • 2SEA-06 構造生物学からのコメント(2SEA 新学術領域「細胞シグナリング複合体によるシグナル検知・伝達・応答の構造的基礎」共催,構造細胞生物学の生物物理学的こころ,シンポジウム,日本生物物理学会第51回年会(2013年度))
        深井 周也
        生物物理, 2013年, 一般社団法人 日本生物物理学会
      • Secトランスロコンと共に機能するSecDF膜蛋白質の結晶構造
        塚崎智也; 森博幸; 越前友香; 石谷隆一郎; 深井周也; PEREDERINA Anna; VASSYLYEV; Dmitry G; 田中剛史; 河野俊之; 伊藤維昭; 濡木理
        日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2010年05月15日
      • Crystal structure of SecDF, a Sec translocon-associated membrane protein.
        Tsukazaki T; Mori H; Echizen Y; Ishitani R; Fukai S; Tanaka T; Perederina A; Vassylyev D G; Kohno H; Echizen Y; Ishitani R; Fukai S; Tanaka T; Perederina A; Vassylyev D G; Kohno T; Ito K; Nureki O
        The 3rd International Symposium on Protein Community, Nara, September 13-16, 2010, 2010年
      • 細菌型Secトランスロコンの構造から明らかとなったタンパク質膜透過装置の構造変化
        塚崎智也; 森博幸; 深井周也; 石谷隆一郎; 森貴治; 堂前直; PEREDERINA Anna; 杉田有治; VASSYLYEV; Dmitry G; 伊藤維昭; 濡木理
        日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2009年04月24日
      • 細菌型Secトランスロコンの構造から明らかとなったタンパク質膜透過装置の構造変化
        塚崎智也; 森博幸; 深井周也; 石谷隆一郎; 森貴治; 堂前直; PEREDERINA Anna; 杉田有治; VASSYLYEV Dmitry G.; 伊藤維昭; 濡木理
        日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2009年
      • 細菌型Sec トランスロコン腹合体の結晶構析
        Tsukazaki, T; Mori, H; Fukai, S; Ishitani, R; Perederina, A; Vassylyev, D. G; Ito, K; Nureki
        第46 回日本生物物理学会、福岡、2008 年12 月 3-5 日, 2008年
      • Crystal structure of T. thermophilus Sec translocon with an Fab fragment implies a translocation-initiating state of SecY.
        Tsukazaki T; Mori H; Fukai S; Ishitani R; Mori T; Dohmae N; Perederina A; Sugita Y; Vassylyev D. G; Ito K; Nureki O
        シンポジウム 「タンパク機発現システム - シャペロンからトランスロケーターまで」 第 回日本分子生物学会年会、第 回日本生化学会大会 合同大会 神戸 2008 年12月9-12 日, 2008年
      • S06A2 非翻訳RNAの化学修飾の構造基盤(ncRNAのプロセスと機能に関わる構造生物学,シンポジウム,第45回日本生物物理学会年会)
        沼田 倫征; 中西 孝太郎; 鈴木 陽子; 野間 あきこ; 池内 与志徳; 鈴木 勉; 深井 周也; 石谷 隆一郎; 濡木 理
        生物物理, 2007年11月20日, 日本生物物理学会
      • 1P014 Snapshots of tRNA sulfuration via an adenylated intermediate(1. Protein structure and dynamics (I),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)
        Numata Tomoyuki; Ikeuchi Yoshiho; Fukai Shuya; Suzuki Tsutomu; Nureki Osamu
        Biophysics, 2006年10月01日, The Biophysical Society of Japan
      • 高度好熱菌由来トランスロコン関連膜タンパク質SecDFの精製・結晶化ならびにX線回折
        塚崎智也; 森博幸; 深井周也; 沼田倫征; PEREDERINA Anna; 安達宏昭; 松村浩由; 高野和文; 村上聡; 井上豪; 森勇介; 佐々木孝友; VASSYLYEV; Dmitry G; 濡木理; 伊藤維昭
        日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2006年03月31日
      • タンパク3000プロジェクト「転写・翻訳」拠点の成果(23)-メタン菌特有システイニル及びセレノシステイニルtRNA形成機構の立体構造解析
        荒磯裕平; 押鐘浩之; 深井周也; SALAZAR Juan; YUAN Jing; SOLL Dieter; 濡木理
        日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2006年
      • タンパク3000プロジェクト「転写・翻訳」拠点の成果(21)-古細菌特有アミノ基転移酵素GatDE/tRNA複合体の立体構造解析
        押鐘浩之; 中村裕子; 深井周也; 石谷隆一郎; SHEPPARD Kelly; FENG Liang; SOLL Dieter; 濡木理
        日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2006年
      • 3P219 立体構造解析に向けたほ乳類Exocyst複合体の調製(細胞生物的課題(接着・運動・骨格・伝達・膜)))
        深井 周也; 白川 龍太郎; 堀内 久徳; 大川 克也; 三尾 和弘; 丸山 雄介; 佐藤 主税; 濡木 理
        生物物理, 2005年10月19日, 日本生物物理学会
      • Structural change of tRNA (Gm18) methyltransferase by binding of methyl donor analogues.
        Watanabe K; Nureki O; Fukai S; Endo Y; Hori H
        Nucleic acids symposium series (2004), 2005年
      • Structural analysis of Thermus thermophilus protein translocation complexes.
        Tsukazaki T; Mori H; Peredrerina A; Vassylyev D. G; Fukai S; Nureki O; Ito K
        International Symposium on Life of Proteins. Maturation, Translocation and Quality Control in the Cell. 10.30-11.3, Awajisima, Hyogo, Japan, 2005, 2005年
      • 2P060 A. aeolicus tRNA^2リシジン合成酵素の結晶構造とその反応触媒機構(蛋白質 A) 構造)
        中西 孝太郎; 深井 周也; 池内 与志穂; 相馬 亜希子; 鈴木 勉; 濡木 理
        生物物理, 2004年, 一般社団法人 日本生物物理学会
      • 2P059 tRNAのチオ化修飾に関与するTusBCD複合体の結晶構造解析(蛋白質 A) 構造)
        沼田 倫征; 深井 周也; 池内 与志穂; 鈴木 勉; 濡木 理
        生物物理, 2004年, 一般社団法人 日本生物物理学会
      • The Activation Mechanism of the Epidermal Growth Factor Receptor
        SAITO Kazuki; OGISO Hideo; ISHITANI Ryuichiro; NUREKI Osamu; FUKAI Shuya; YAMANAKA Mari; KIM Jae-Hoon; SHIROUZU Mikako; YOKOYAMA Shigeyuki
        Peptide science : proceedings of the ... Japanese Peptide Symposium, 2003年02月01日
      • Structural basis for amino acid and tRNA recognition by class I aminoacyl-tRNA synthetases
        O Nureki; S Fukai; S Sekine; A Shimada; T Terada; T Nakama; M Shirouzu; DG Vassylyev; S Yokoyama
        COLD SPRING HARBOR SYMPOSIA ON QUANTITATIVE BIOLOGY, 2001年, COLD SPRING HARBOR LAB PRESS

      外部資金:科学研究費補助金

      • ケモテクノロジーの分子基盤を創出するユビキチン構造生物学
        新学術領域研究(研究領域提案型)
        複合領域
        京都大学;東京大学
        深井 周也
        自 2018年06月29日, 至 2023年03月31日, 交付
        構造生物学;分子間相互作用;ユビキチン;シグナル伝達;タンパク質工学;ケミカルバイオロジー;キメラ化合物
      • ケモテクノロジーが拓くユビキチンニューフロンティア
        新学術領域研究(研究領域提案型)
        複合領域
        公益財団法人東京都医学総合研究所
        佐伯 泰
        自 2018年06月29日, 至 2023年03月31日, 交付
        ユビキチン;ケミカルバイオロジー;翻訳後修飾;タンパク質分解;シグナル伝達;ステープルペプチド
      • てんかん関連複合体LGI1-ADAM22-PSD-95とその制御因子の構造解析
        基盤研究(A)
        中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
        京都大学;東京大学
        深井 周也
        自 2018年04月01日, 至 2022年03月31日, 交付
        構造生物学;分子間相互作用;膜受容体;てんかん;シナプス;足場タンパク質;パルミトイル化;パルミトリル化
      • BRCC36複合体によるK63結合型ユビキチン鎖特異的切断メカニズムの解明
        特別研究員奨励費
        東京大学
        自 2015年11月09日, 至 2018年03月31日, 完了
        分子認識;DNA修復;タンパク質複合体;ユビキチン;X線結晶構造解析;構造生物学;X線結晶構造解析
      • ユビキチン鎖を介したDNA損傷応答制御の構造基盤
        基盤研究(A)
        東京大学
        深井 周也
        自 2012年04月01日, 至 2016年03月31日, 完了
        分子認識;DNA修復;タンパク質複合体;ユビキチン;X線結晶構造解析;構造生物学;X線結晶構造解析
      • 小胞輸送の制御に関わる分子複合体群のX線結晶構造解析
        新学術領域研究(研究領域提案型)
        生物系
        東京大学
        深井 周也
        自 2010年04月01日, 至 2015年03月31日, 完了
        分子認識;シグナル伝達;タンパク質複合体;X線結晶構造解析;構造生物学;小胞輸送;低分子量GTPase
      • 細胞シグナリング複合体によるシグナル検知・伝達・応答の構造的基礎
        新学術領域研究(研究領域提案型)
        生物系
        奈良先端科学技術大学院大学
        箱嶋 敏雄
        自 2010年04月01日, 至 2015年03月31日, 完了
        構造生物学;生化学;細胞生物学;分子生物学;生物物理学;タンパク質;相互作用;X線結晶学;NMR;電子顕微鏡;複合体;シグナル伝達
      • ポリユビキチン鎖認識の構造生物学
        若手研究(A)
        東京大学
        深井 周也
        完了
        X線結晶構造解析;ユビキチン;分子間相互作用;炎症シグナル;DNA損傷応答;シグナル伝達;生体分子;蛋白質;分子認識
      • 膜蛋白質のコンフォメーション特異的な結晶化を可能にする抗体断片の開発
        特定領域研究
        生物系
        東京大学
        三村 久敏
        完了
        植物;膜蛋白質;膜輸送体;H^+ポンプ;抗体断片;結晶化;X線結晶解析
      • Exocyst複合体の再構成と構造解析
        特定領域研究
        生物系
        東京大学
        深井 周也
        完了
        低分子量GTPase;X線結晶構造解析;シグナル伝達;生体分子;蛋白質;分子認識;膜タンパク質;小胞輸送;膜融合;分子間相互作用
      • RabGTPase活性化機構の構造的基盤
        若手研究(B)
        東京大学
        深井 周也
        完了
        X線結晶構造解析;低分子量GTPase;分子間相互作用;膜タンパク質;小胞輸送;膜融合;グアニンヌクレオチド交換因子
      • Yipタンパク質ファミリーの結晶構造解析
        特定領域研究
        生物系
        東京大学
        深井 周也
        完了
        X線結晶構造解析;膜タンパク質;低分子量GTPase;小胞輸送;膜融合;分子間相互作用
      • 開口放出で働く繋留因子Exocyst複合体の立体構造解析
        特定領域研究
        生物系
        東京大学;東京工業大学
        深井 周也
        完了
        X線結晶構造解析;電子顕微鏡;超分子複合体;小胞輸送;低分子量GTPase;開口放出;膜融合
      • 開口放出を制御するタンパク質複合体群の立体構造解析
        特定領域研究
        生物系
        東京工業大学
        深井 周也
        完了
        X線結晶構造解析;小胞輸送;電子顕微鏡;繋留因子;開口放出;膜融合
      • X線結晶構造解析に基づく嗅覚・味覚・温覚レセプターの情報変換メカニズムの解明
        特定領域研究
        生物系
        東京工業大学
        深井 周也
        完了
        X線結晶構造解析;膜タンパク質;イオン輸送体;受容体;膜透過装置;イオンチャネル;Gタンパク質共役型受容体
      • 分子シャペロンのX線結晶構造解析
        特定領域研究
        生物系
        東京工業大学
        深井 周也
        完了
        X線結晶構造解析;シャペロン;膜透過装置;膜タンパク質;ATPase
      • 繋留因子群の立体構造解析による膜融合制御機構の解明
        特定領域研究
        生物系
        東京工業大学
        深井 周也
        完了
        X線結晶構造解析;小胞輸送;電子顕微鏡;繋留因子;開口放出;膜融合;small GTPase
      • ラットSec6/8複合体の構造・機能解析による,膜融合制御機構の解明
        若手研究(B)
        東京工業大学
        深井 周也
        完了
        X線結晶構造解析;小胞輸送;電子顕微鏡;繋留因子;開口放出;膜融合;small GTPase
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        Last Updated :2022/07/02

        教育

        担当科目

        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          生物化学演習
          3628, 後期, 理学部, 2
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          相関化学演習IIB
          7205, 後期, 理学研究科, 1
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          相関化学ゼミナールIIA
          7100, 前期, 理学研究科, 1
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          相関化学演習IIC
          7206, 前期, 理学研究科, 1
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          生物化学IV
          4614, 前期, 理学部, 2
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          相関化学演習IID
          7207, 後期, 理学研究科, 1
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          相関化学ゼミナールIIB
          7101, 後期, 理学研究科, 1
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          ケミカルバイオロジー概論
          7001, 前期, 理学研究科, 2
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          相関化学ゼミナールIID
          7103, 後期, 理学研究科, 1
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          生物化学 I
          2626, 後期, 理学部, 2
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          相関化学演習IIA
          7204, 前期, 理学研究科, 1
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          相関化学ゼミナールIIC
          7102, 前期, 理学研究科, 1
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          化学課題研究2
          5629, 通年集中, 理学部, 12
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          化学特別講義6
          7253, 通年集中, 理学研究科, 1
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          生物化学II
          8601, 前期, 理学部, 2
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          化学課題研究2
          通年, 理学部
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          生物化学 I
          後期, 理学部
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          生物化学演習
          後期, 理学部
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          相関化学ゼミナールIIA
          前期, 理学研究科
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          相関化学ゼミナールIIB
          後期, 理学研究科
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          相関化学ゼミナールIIC
          前期, 理学研究科
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          相関化学ゼミナールIID
          後期, 理学研究科
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          相関化学演習IIA
          前期, 理学研究科
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          相関化学演習IIB
          後期, 理学研究科
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          相関化学演習IIC
          前期, 理学研究科
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          相関化学演習IID
          後期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          化学課題研究2
          通年, 理学部
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          生体分子構造論
          後期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          生物化学 I
          後期, 理学部
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          生物化学演習
          後期, 理学部
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          相関化学ゼミナールIIA
          前期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          相関化学ゼミナールIIB
          後期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          相関化学ゼミナールIIC
          前期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          相関化学ゼミナールIID
          後期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          相関化学演習IIA
          前期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          相関化学演習IIB
          後期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          相関化学演習IIC
          前期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          相関化学演習IID
          後期, 理学研究科

        博士学位審査

        • Investigating Advanced Properties of Modular DNAs as Biohybrid Catalyst and Aptamer (高度な特性を有するモジュラーDNAのバイオハイブリッド触媒及びアプタマーとしての応用)
          廉 知恵, 理学研究科, 副査
          2022年03月23日
        • Biomolecular nanotechnology-based approaches to investigate nucleic acid interactions (バイオ分子ナノテクノロジーに基づいた核酸相互作用の調査)
          Shubham Mishra, 理学研究科, 副査
          2022年03月23日
        • DNA based Photo-controllable Extracellular Matrix-like Scaffolds to Understand and Control Cell Behaviour (DNAを用いた光制御細胞外マトリックス様足場による細胞行動の理解と制御)
          Soumya Sethi, 理学研究科, 副査
          2022年03月23日
        list
          Last Updated :2022/07/02

          大学運営

          部局運営(役職等)

          • 自 0004年01月20日, 至 0003年31月21日
            理学研究科SACRA広報・社会連携部門委員会委員
          • 自 0004年01月20日, 至 0003年31月21日
            理学研究科SACRA広報・社会連携部門委員会 広報小委員会委員
          • 自 2020年04月01日, 至 2021年03月31日
            理学研究科SACRA広報・社会連携部門委員会委員
          • 自 2020年04月01日, 至 2021年03月31日
            理学研究科SACRA広報・社会連携部門委員会 広報小委員会委員
          • 自 2021年04月01日, 至 2022年03月31日
            理学研究科将来計画委員会委員
          • 自 2021年04月01日, 至 2022年03月31日
            理学研究科自己点検・評価委員会委員
          • 自 2021年04月01日, 至 2022年03月31日
            理学研究科大学院教育常任委員会委員
          • 自 2021年04月01日, 至 2022年03月31日
            理学研究科大学院教育教務委員会委員
          • 自 2021年04月01日, 至 2022年03月31日
            理学研究科放射線委員会委員
          • 自 2021年04月01日, 至 2022年03月31日
            理学研究科放射線障害防止委員会委員
          • 自 2021年04月01日, 至 2023年03月31日
            理学研究科サイエンス連携探索センター(SACRA)運営協議会委員
          • 自 2021年04月01日, 至 2022年03月31日
            理学研究科SACRA広報・社会連携部門委員会委員
          • 自 2021年04月01日, 至 2022年03月31日
            理学研究科SACRA広報・社会連携部門委員会 広報小委員会委員長
          • 自 2021年04月01日, 至 2022年03月31日
            理学研究科研究科会議構成員

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