基本情報

学部兼担

• 工学部

学内兼務

• 学際融合教育研究推進センター, スーパーグローバルコース 化学系ユニット

学位

• 修士（工学）(京都大学)
• 博士（工学）(京都大学)

ID,URL

• J-Global ID

  201401054098801783

researchmap URL

• https://researchmap.jp/7000010395

研究

研究分野

• ライフサイエンス, 生物有機化学

論文

• Molecular technologies in life innovation: Novel molecular technologies for labeling and functional control of proteins under live cell conditions

  Itaru Hamachi; Shigeki Kiyonaka; Tomonori Tamura; Ryou Kubota

  Molecular Technology: Materials Innovation, 2019年02月06日

  
• A conditional proteomics approach to profile proteins under zinc-rich environments

  Tomonori Tamura; Itaru Hamachi

  Seikagaku, 2018年

  
• Revisiting PFA-mediated tissue fixation chemistry: FixEL enables trapping of small molecules in the brain to visualize their distribution changes

  野中 洋; 美野 丈晴; 坂本 清志; Jae Hoon Oh; 渡邉 侑; 石川 守; 對馬 暁洋; 天池 一真; 清中 茂樹; 田村 朋則; A. Radu Aricescu; 掛川 渉; 三浦 会里子; 柚崎 通介; 浜地 格

  Chem, 2023年02月, 査読有り

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• Concomitant Mitral Regurgitation in Severe Aortic Stenosis-A Report From the CURRENT AS Registry

  R Murai; Y Kawase; T Taniguchi; T Morimoto; K Kadota; M Ohya; T Shimada; T Maruo; Y Fuku; T Komiya; K Ando; M Hanyu; N Kanamori; T Aoyama; K Murata; T Onodera; F Yamazaki; T Kitai; Y Furukawa; T Koyama; M Miyake; C Izumi; Y Nakagawa; K Yamanaka; H Mitsuoka; M Shirotani; M Kato; S Miki; H Nakajima; Y Hirano; S Miyazaki; T Saga; S Sugioka; S Matsuda; M Matsuda; T Ogawa; K Nagao; T Inada; S Nakayama; H Mabuchi; Y Takeuchi; H Sakamoto; G Sakaguchi; K Yamane; H Eizawa; M Toyofuku; T Tamura; A Iwakura; M Ishii; M Akao; K Shiraga; E Minamino-Muta; T Kato; M Inoko; K Ueyama; T Ikeda; Y Himura; A Komasa; K Ishii; K Hotta; Y Sato; K Fujiwara; Y Kato; I Kouchi; Y Inuzuka; S Ikeguchi; S Miwa; C Maeda; E Shinoda; J Nishizawa; T Jinnai; N Higashitani; M Kitano; Y Morikami; S Kitaguchi; K Minatoya; T Kimura

  CIRCULATION JOURNAL, 2022年03月

  
• システイン以外のアミノ酸残基を標的とする不可逆阻害薬

  田村 朋則

  日本薬理学雑誌, 2022年

  
• オルガネラ膜特異的なホスファチジルコリンのライブイメージング

  田村 朋則; 浜地 格

  実験医学, 2021年

  
• Endogenous Cell-Surface Receptor Modification by Metal Chelation-Assisted Pyridinium Oxime Catalyst

  Vikram Thimaradka; Hayata Utsunomiya; Tomonori Tamura; Itaru Hamachi

  Organic Letters, 2023年03月22日, 査読有り, 責任著者

  
• Revisiting PFA-mediated tissue fixation chemistry: FixEL enables trapping of small molecules in the brain to visualize their distribution changes

  Hiroshi Nonaka; Takeharu Mino; Seiji Sakamoto; Jae Hoon Oh; Yu Watanabe; Mamoru Ishikawa; Akihiro Tsushima; Kazuma Amaike; Shigeki Kiyonaka; Tomonori Tamura; A. Radu Aricescu; Wataru Kakegawa; Eriko Miura; Michisuke Yuzaki; Itaru Hamachi

  Chem, 2023年02月, 査読有り

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• Chemical biology tools for imaging-based analysis of organelle membranes and lipids

  Tomonori Tamura; Itaru Hamachi

  Current Opinion in Chemical Biology, 2022年10月, 査読有り, 招待有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• Light-induced stabilization of microtubules by photo-crosslinking of a Tau-derived peptide

  Soei Watari; Hiroshi Inaba; Tomonori Tamura; Arif Md. Rashedul Kabir; Akira Kakugo; Kazuki Sada; Itaru Hamachi; Kazunori Matsuura

  Chemical Communications, 2022年, 査読有り, 招待有り

  
• Organelle‐Selective Labeling of Choline‐Containing Phospholipids (CPLs) and Real‐Time Imaging in Living Cells

  Masaki Tsuchiya; Tomonori Tamura; Itaru Hamachi

  Current Protocols, 2021年04月22日, 査読有り, 招待有り

  
• Organelle-selective click labeling coupled with flow cytometry allows pooled CRISPR screening of genes involved in phosphatidylcholine metabolism.

  Masaki Tsuchiya; Nobuhiko Tachibana; Kohjiro Nagao; Tomonori Tamura; Itaru Hamachi

  Cell metabolism, 2023年03月07日

  
• 内在性タンパク質に対する選択的ケミカルラベリングの新手法 : リガンド指向型トシル化学によるラベル化の可能性

  田村 朋則; 浜地 格

  化学と生物, 2010年03月01日

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• In Situ Protein Labeling in Complex Environments

  T. Tamura; H. Shigemitsu; I. Hamachi

  Comprehensive Supramolecular Chemistry II, 2017年06月22日, 査読有り

  
• Enhanced Suppression of a Protein–Protein Interaction in Cells Using Small-Molecule Covalent Inhibitors Based on an N-Acyl-N-alkyl Sulfonamide Warhead

  Tsuyoshi Ueda; Tomonori Tamura; Masaharu Kawano; Keiya Shiono; Fruzsina Hobor; Andrew J. Wilson; Itaru Hamachi

  Journal of the American Chemical Society, 2021年03月31日, 責任著者

  
• Site-specific covalent labeling of His-tag fused proteins with N-acyl-N-alkyl sulfonamide reagent

  Vikram Thimaradka; Jae Hoon Oh; Christina Heroven; A. Radu Aricescu; Michisuke Yuzaki; Tomonori Tamura; Itaru Hamachi

  Bioorganic & Medicinal Chemistry, 2021年01月, 責任著者

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• Organelle membrane-specific chemical labeling and dynamic imaging in living cells

  Tomonori Tamura; Alma Fujisawa; Masaki Tsuchiya; Yuying Shen; Kohjiro Nagao; Shin Kawano; Yasushi Tamura; Toshiya Endo; Masato Umeda; Itaru Hamachi

  Nature Chemical Biology, 2020年12月, 筆頭著者

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• Imaging and Profiling of Proteins under Oxidative Conditions in Cells and Tissues by Hydrogen-Peroxide-Responsive Labeling

  Hao Zhu; Tomonori Tamura; Alma Fujisawa; Yuki Nishikawa; Rong Cheng; Mikiko Takato; Itaru Hamachi

  Journal of the American Chemical Society, 2020年09月16日

  
• Chemical Tools for Endogenous Protein Labeling and Profiling

  Kazuki Shiraiwa; Rong Cheng; Hiroshi Nonaka; Tomonori Tamura; Itaru Hamachi

  CELL CHEMICAL BIOLOGY, 2020年08月, 査読有り

  
• Development of a Photoactivatable Proximity Labeling Method for the Identification of Nuclear Proteins

  Tomonori Tamura; Mikiko Takato; Keiya Shiono; Itaru Hamachi

  CHEMISTRY LETTERS, 2020年02月, 査読有り

  
• Development of a Cell-Based Ligand-Screening System for Identifying Hsp90 Inhibitors

  Tsuyoshi Ueda; Tomonori Tamura; Itaru Hamachi

  BIOCHEMISTRY, 2020年01月, 査読有り

  
• Development of a Nitric Oxide-Responsive Labeling Reagent for Proteome Analysis of Live Cells.

  Yuki Nishikawa; Takayuki Miki; Masashi Awa; Keiko Kuwata; Tomonori Tamura; Itaru Hamachi

  ACS chemical biology, 2019年03月15日, 査読有り

  
• Selective and reversible modification of kinase cysteines with chlorofluoroacetamides.

  Naoya Shindo; Hirokazu Fuchida; Mami Sato; Kosuke Watari; Tomohiro Shibata; Keiko Kuwata; Chizuru Miura; Kei Okamoto; Yuji Hatsuyama; Keisuke Tokunaga; Seiichi Sakamoto; Satoshi Morimoto; Yoshito Abe; Mitsunori Shiroishi; Jose M M Caaveiro; Tadashi Ueda; Tomonori Tamura; Naoya Matsunaga; Takaharu Nakao; Satoru Koyanagi; Shigehiro Ohdo; Yasuchika Yamaguchi; Itaru Hamachi; Mayumi Ono; Akio Ojida

  Nature chemical biology, 2019年03月, 査読有り

  
• Chemistry for Covalent Modification of Endogenous/Native Proteins: From Test Tubes to Complex Biological Systems

  Tomonori Tamura; Itaru Hamachi

  JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, 2019年02月, 査読有り

  
• Chemical proteomics for subcellular proteome analysis

  Hao Zhu; Tomonori Tamura; Itaru Hamachi

  CURRENT OPINION IN CHEMICAL BIOLOGY, 2019年02月, 査読有り

  
• Chemical Profiling of the Endoplasmic Reticulum Proteome Using Designer Labeling Reagents.

  Alma Fujisawa; Tomonori Tamura; Yuki Yasueda; Keiko Kuwata; Itaru Hamachi

  Journal of the American Chemical Society, 2018年12月12日, 査読有り

  
• Rapid labelling and covalent inhibition of intracellular native proteins using ligand-directed N-Acyl-N-Alkyl sulfonamide

  Tomonori Tamura; Tsuyoshi Ueda; Taiki Goto; Taku Tsukidate; Yonatan Shapira; Yuki Nishikawa; Alma Fujisawa; Itaru Hamachi

  Nature Communications, 2018年12月01日, 査読有り

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• コンディショナルプロテオミクスによる亜鉛周辺タンパク質のプロファイリング (特集 生体内金属の動態解明とその制御 : 分子から細胞,臨床まで)

  田村 朋則; 浜地 格

  生化学, 2018年06月

  
• In Situ Construction of Protein-Based Semisynthetic Biosensors

  Tsuyoshi Ueda; Tomonori Tamura; Itaru Hamachi

  ACS Sensors, 2018年03月23日, 査読有り

  
• Recognition-driven chemical labeling of endogenous proteins in multi-molecular crowding in live cells

  Kazuma Amaike; Tomonori Tamura; Itaru Hamachi

  CHEMICAL COMMUNICATIONS, 2017年11月, 査読有り

  
• Affinity-Guided Oxime Chemistry for Selective Protein Acylation in Live Tissue Systems

  Tomonori Tamura; Zhining Song; Kazuma Amaike; Shin Lee; Sifei Yin; Shigeki Kiyonaka; Itaru Hamachi

  JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, 2017年10月, 査読有り

  
• A Set of Organelle-Localizable Reactive Molecules for Mitochondrial Chemical Proteomics in Living Cells and Brain Tissues.

  Yuki Yasueda; Tomonori Tamura; Alma Fujisawa; Keiko Kuwata; Shinya Tsukiji; Shigeki Kiyonaka; Itaru Hamachi

  Journal of the American Chemical Society, 2016年06月22日, 査読有り

  
• Recent Advance in Organic Chemistry for Protein Labeling under Live Cell Conditions

  Yuki Nishikawa; Tomonori Tamura; Itaru Hamachi

  JOURNAL OF SYNTHETIC ORGANIC CHEMISTRY JAPAN, 2016年05月, 査読有り

  
• Nucleus-selective Chemical Proteomics Using Hoechst-tagged Reactive Molecules

  Yuki Yasueda; Tomonori Tamura; Itaru Hamachi

  CHEMISTRY LETTERS, 2016年03月, 査読有り

  
• Biomembrane-embedded Catalysts for Membrane-associated Protein Labeling on Red Blood Cells

  Yuki Yasueda; Tomonori Tamura; Keiko Kuwara; Yousuke Takaoka; Itaru Hamachi

  CHEMISTRY LETTERS, 2015年12月, 査読有り

  
• Analysis of Cell-Surface Receptor Dynamics through Covalent Labeling by Catalyst-Tethered Antibody

  Takahiro Hayashi; Yuki Yasueda; Tomonori Tamura; Yousuke Takaoka; Itaru Hamachi

  JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, 2015年04月, 査読有り

  
• Extended Affinity-guided DMAP Chemistry with a Finely Tuned Acyl Donor for Intracellular FKBP12 Labeling

  Zhining Song; Yousuke Takaoka; Yoshiyuki Kioi; Kazuhiro Komatsu; Tomonori Tamura; Takayuki Miki; Itaru Hamachi

  CHEMISTRY LETTERS, 2015年03月, 査読有り

  
• Labeling proteins by affinity-guided dmap chemistry

  Tomonori Tamura; Itaru Hamachi

  Site-Specific Protein Labeling: Methods and Protocols, 2015年01月05日, 査読有り

  
• Recent Progress in Design of Protein-Based Fluorescent Biosensors and Their Cellular Applications

  Tomonori Tamura; Itaru Hamachi

  ACS CHEMICAL BIOLOGY, 2014年12月, 査読有り

  
• Live cell off-target identification of lapatinib using ligand-directed tosyl chemistry.

  Yamaura K; Kuwata K; Tamura T; Kioi Y; Takaoka Y; Kiyonaka S; Hamachi I

  Chemical communications (Cambridge, England), 2014年11月, 査読有り

  
• Semisynthetic lectin-4-dimethylaminopyridine conjugates for labeling and profiling glycoproteins on live cell surfaces.

  Hayashi T; Sun Y; Tamura T; Kuwata K; Song Z; Takaoka Y; Hamachi I

  Journal of the American Chemical Society, 2013年08月, 査読有り

  
• Fluorophore Labeling of Native FKBP12 by Ligand-Directed Tosyl Chemistry Allows Detection of Its Molecular Interactions in Vitro and in Living Cells

  Tomonori Tamura; Yoshiyuki Kioi; Takayuki Miki; Shinya Tsukiji; Itaru Hamachi

  JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, 2013年05月, 査読有り

  
• Native FKBP12 Engineering by Ligand-Directed Tosyl Chemistry: Labeling Properties and Application to Photo-Cross-Linking of Protein Complexes in Vitro and in Living Cells

  Tomonori Tamura; Shinya Tsukiji; Itaru Hamachi

  JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, 2012年02月, 査読有り

  
• Quenched Ligand-Directed Tosylate Reagents for One-Step Construction of Turn-On Fluorescent Biosensors

  Shinya Tsukiji; Hangxiang Wang; Masayoshi Miyagawa; Tomonori Tamura; Yousuke Takaoka; Itaru Hamachi

  JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, 2009年07月, 査読有り

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• Ligand-directed tosyl chemistry for protein labeling in vivo

  Shinya Tsukiji; Masayoshi Miyagawa; Yousuke Takaoka; Tomonori Tamura; Itaru Hamachi

  NATURE CHEMICAL BIOLOGY, 2009年05月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  

MISC

• 4価型人工ペプチドを用いたホスファチジン酸結合プローブの開発

  小川 莉奈; 長尾 耕治郎; 原 雄二; 田村 朋則; 浜地 格; 井上 飛鳥; 青木 淳賢; 高橋 美帆; 西川 喜代孝; 梅田 真郷

  脂質生化学研究, 2015年05月

  
• 生体金属動態の分子科学-「生命金属科学」への展開 コンディショナルプロテオミクスによる亜鉛関連タンパク質群の同定

  田村 朋則; 三木 卓幸; 西川 雄貴; 清中 茂樹; 若林 真樹; 石濱 泰; 浜地 格

  生命科学系学会合同年次大会, 2017年12月

  
• コンディショナルプロテオミクスによる亜鉛関連タンパク質群の同定

  田村朋則; 三木卓幸; 西川雄貴; 清中茂樹; 若林真樹; 石濱泰; 浜地格; 浜地格

  日本生化学会大会(Web), 2017年

  

書籍等出版物

• 生命金属ダイナミクス : 生体内における金属の挙動と制御

  古川, 良明; 神戸, 大朋; 城, 宜嗣; 津本, 浩平, 分担執筆

  エヌ・ティー・エス, 2021年01月

  京大の蔵書を調べる：

  

受賞

• 2020年03月23日

  日本化学会, 第６９回日本化学会進歩賞
• 2019年04月

  日本化学会, 第９９回日本化学会春季年会　優秀講演賞（学術）
• 2017年09月

  日本化学会　生体機能関連化学部会, 第１１回バイオ関連化学シンポジウム部会　講演賞
• 2016年02月

  井上科学振興財団, 第３２回井上研究奨励賞
• 2012年04月

  日本化学会, 第９２回日本化学会春季年会　学生講演賞

外部資金：科学研究費補助金

• オルガネラ代謝物の化学標識による時空間メタボローム解析

  基盤研究(B)

  小区分37010:生体関連化学

  京都大学

  田村 朋則

  自 2021年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付

  オルガネラ;メタボロミクス;代謝物

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21H02058/
• 生命金属動態の理解に向けた金属イオンConditionalプロテオミクス法の開発

  新学術領域研究(研究領域提案型)

  複合領域

  京都大学

  田村 朋則

  自 2019年06月28日, 至 2024年03月31日, 交付

  コンディショナルプロテオミクス;生命金属;銅;タンパク質修飾

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PLANNED-19H05764/
• 電位依存性カルシウムチャネルの電子顕微鏡観察を可能にする新規化学修飾法の開発

  若手研究

  小区分37010:生体関連化学

  京都大学

  田村 朋則

  自 2018年04月01日, 至 2020年03月31日, 完了

  カルシウムチャネル;神経;可視化;P/Q型Ca2+チャネル;タンパク質化学修飾;電子顕微鏡;P/Q型カルシウムチャネル;蛍光イメージング;ケミカルバイオロジー

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18K14334/
• 細胞内在性蛋白質間相互作用のイメージング解析を指向した新規蛋白質ラベル化法の開発

  若手研究(B)

  京都大学

  田村 朋則

  自 2015年04月01日, 至 2017年03月31日, 完了

  タンパク質化学修飾;タンパク質ラベリング;蛋白質化学修飾;細胞内有機化学;蛍光イメージング;FKBP12

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15K17884/
• 生体分子夾雑の有機化学の開拓

  特別推進研究

  理工系

  京都大学

  浜地 格

  自 2023年04月01日, 至 2028年03月31日, 交付

  分子夾雑;生命化学;脳内有機化学;リガンド指向性化学;ケミカルバイオロジー

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23H05405/
• オルガネラ代謝物の化学標識による時空間メタボローム解析

  基盤研究(B)

  小区分37010:生体関連化学

  京都大学

  田村 朋則

  自 2021年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付

  脂質;イメージング;リピドミクス;オルガネラ;メタボロミクス;代謝物

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23K21151/

教育

担当科目

• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  生物化学工学

  7030, 後期, 工学部, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  分析化学II（先端化学）

  7431, 前期, 工学部, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  先端生物化学続論

  P836, 前期集中, 工学研究科, 1
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  生物有機化学

  H813, 後期, 工学研究科, 1.5
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  先端生物化学

  H836, 前期, 工学研究科, 3
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  分析化学II（先端化学）

  7431, 前期, 工学部, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  生物化学工学

  7030, 後期, 工学部, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  先端生物化学続論

  P836, 前期集中, 工学研究科, 1
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  先端生物化学

  H836, 前期, 工学研究科, 3
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  先端生物化学

  H836, 前期, 工学研究科, 3
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生物化学工学

  7030, 後期, 工学部, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  先端生物化学続論

  P836, 前期集中, 工学研究科, 1
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  分析化学II（先端化学）

  7431, 前期, 工学部, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生物有機化学

  H813, 後期, 工学研究科, 1.5
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生命化学基礎（先端化学）

  7426, 後期, 工学部, 2
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  先端生物化学

  前期, 工学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  先端生物化学続論

  前期集中, 工学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  分析化学II（工業基礎化学）

  前期, 工学部
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  生命化学基礎（工業基礎化学）

  後期, 工学部
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  生物化学工学

  後期, 工学部
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  生物有機化学

  後期集中, 工学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  先端生物化学

  前期, 工学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  先端生物化学続論

  前期集中, 工学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  分析化学II（先端化学）

  前期, 工学部
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生命化学基礎（先端化学）

  後期, 工学部
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生物化学工学

  後期, 工学部