基本情報

協力講座

• 情報学研究科, 知能情報学専攻 生命システム情報学, 教授

学位

• 工学博士(東京大学)

出身大学院・研究科等

• 東京大学, 大学院工学系研究科情報工学専攻博士課程, 修了
• 東京大学, 大学院工学系研究科航空学専門課程修士課程, 修了

出身学校・専攻等

• 東京大学, 工学部航空学科, 卒業

出身高等学校

• 出身高等学校

  栃木県立宇都宮高等学校, とちぎけんりつうつのみやこうとうがっこう

経歴

• 自 2001年10月, 至 現在

  京都大学, 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター, 教授
• 自 1996年04月, 至 2001年09月

  東京大学, 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター, 助教授
• 自 1994年04月, 至 1996年03月

  群馬大学, 工学部 情報工学科, 助教授
• 自 1989年04月, 至 1994年03月

  通商産業省工業技術院機械技術研究所, 研究員

プロフィール

• プロフィール

  [略歴]
  1989年3月 東京大学大学院工学系研究科情報工学専攻博士課程修了（工学博士）
  1989年4月～1994年3月 通商産業省工業技術院機械技術研究所研究員
  1994年4月～1996年3月 群馬大学工学部情報工学科助教授
  1996年4月～2001年9月 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター助教授
  2001年2月～2001年8月 カリフォルニア大学バークレー校客員研究員
  2001年11月～2003年3月 京都大学大学院情報学研究科知能情報学専攻併任教授
  2001年11月～2003年3月 京都大学大学院情報学研究科知能情報学専攻併任教授
  2001年10月～ 京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター教授
  2020年4月～ 国立情報学研究所客員教授

  
  

  [研究分野]
  バイオインフォマティクス、離散アルゴリズム、複雑ネットワーク、ニューラルネットワーク

  
  

   

  
  

   

使用言語

• 英語

ID,URL

• J-Global ID

  201401096521596568

• 外部リンク

  http://www.bic.kyoto-u.ac.jp/takutsu/members/takutsu/japanese.html

関連Webサイト

• http://www.bic.kyoto-u.ac.jp/takutsu/members/takutsu/japanese.html

researchmap URL

• https://researchmap.jp/7000008292

研究

研究テーマ・研究概要

• 研究テーマ

  バイオインフォマティクス、複雑ネットワーク、離散アルゴリズム

• 研究概要

  バイオインフォマティクスおよびシステム生物学を対象に、情報科学および数理科学の観点を中心に、理論から実際に利用可能なシステムの構築に至るまで、研究・開発に取り組んでいます。

研究分野

• 情報通信, 知能情報学, 複雑ネットワーク
• 情報通信, 情報学基礎論, 離散アルゴリズム
• 情報通信, 生命、健康、医療情報学, バイオインフォマティクス

論文

• A unified approach to inferring chemical compounds with the desired aqueous solubility

  Muniba Batool; Naveed Ahmed Azam; Jianshen Zhu; Kazuya Haraguchi; Liang Zhao; Tatsuya Akutsu

  Journal of Cheminformatics, 2025年03月26日

  
• Quadratic descriptors and reduction methods in a two-layered model for compound inference

  Jianshen Zhu; Naveed Ahmed Azam; Shengjuan Cao; Ryota Ido; Kazuya Haraguchi; Liang Zhao; Hiroshi Nagamochi; Tatsuya Akutsu

  Frontiers in Genetics, 2025年01月29日

  
• A Method for Inferring Polymers Based on Linear Regression and Integer Programming

  Ryota Ido; Shengjuan Cao; Jianshen Zhu; Naveed Ahmed Azam; Kazuya Haraguchi; Liang Zhao; Hiroshi Nagamochi; Tatsuya Akutsu

  IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2024年11月, 査読有り

  
• A Simple Greedy Algorithm for Finding Functional Relations: Efficient Implementation and Average Case Anaylsis.

  Tatsuya Akutsu; Satoru Miyano; Satoru Kuhara

  Discovery Science, 2000年

  
• Analysis of Carcinogenic Involvement of MicroRNA Pattern in Peripheral Non-Cancerous Tissues and Chronic Viral Liver Injury.

  Tomohiro Umezu; Tomoya Mori; Hidenori Toyoda; Kohsuke Kanekura; Akihiro Tamori; Takahiro Ochiya; Masahiko Kuroda; Tatsuya Akutsu; Yoshiki Murakami

  International journal of molecular sciences, 2024年07月18日, 査読有り

  
• Computational identification of eukaryotic promoters based on cascaded deep capsule neural networks

  Yan Zhu; Fuyi Li; Dongxu Xiang; Tatsuya Akutsu; Jiangning Song; Cangzhi Jia

  Briefings in Bioinformatics, 2021年07月01日

  
• Breast Cancer Subtype by Imbalanced Omics Data through A Deep Learning Fusion Model

  Jingwen Zeng; Hongmin Cai; Tatsuya Akutsu

  PervasiveHealth: Pervasive Computing Technologies for Healthcare, 2020年01月19日

  
• PAnDE: Averaged n-dependence estimators for positive unlabeled learning

  Fuyi Li; Jiangning Song; Chen Li; Tatsuya Akutsu; Yang Zhang

  ICIC Express Letters, Part B: Applications, 2017年

  
• On pac learnability of functional dependencies

  Tatsuya Akutsu; Atsuhiro Takasu

  Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 1993年

  
• A practically efficient algorithm for identifying critical control proteins in directed probabilistic biological networks.

  Yusuke Tokuhara; Tatsuya Akutsu; Jean-Marc Schwartz; Jose C Nacher

  NPJ systems biology and applications, 2024年08月12日, 査読有り

  
• Target control of linear directed networks based on the path cover problem.

  Wataru Someya; Tatsuya Akutsu; Jose C Nacher

  Scientific reports, 2024年07月23日, 査読有り

  
• A mixed integer linear programming formulation to artificial neural networks

  Tatsuya Akutsu; Hiroshi Nagamochi

  PervasiveHealth: Pervasive Computing Technologies for Healthcare, 2019年

  
• Grammar-based compression for directed and undirected generalized series-parallel graphs using integer linear programming

  Morihiro Hayashida; Hitoshi Koyano; Tatsuya Akutsu

  BIOINFORMATICS 2018 - 9th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, Proceedings; Part of 11th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies, BIOSTEC 2018, 2018年

  
• Algorithms for analysis and control of Boolean networks

  Tatsuya Akutsu

  Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2018年

  
• DiCleave: a deep learning model for predicting human Dicer cleavage sites.

  Lixuan Mu; Jiangning Song; Tatsuya Akutsu; Tomoya Mori

  BMC Bioinform., 2024年01月, 査読有り

  
• Accurate multi-view clustering to seek the cross-viewed yet uniform sample assignment via tensor feature matching.

  Yue Zhang; Wuxiu Quan; Tatsuya Akutsu; Li Liu 0031; Hongmin Cai; Bin Zhang 0050

  Inf. Sci., 2024年04月, 査読有り

  
• On the Generative Power of ReLU Network for Generating Similar Strings.

  Mamoona Ghafoor; Tatsuya Akutsu

  IEEE Access, 2024年04月, 査読有り, 最終著者, 責任著者

  
• Multi-shelled ECIF: improved extended connectivity interaction features for accurate binding affinity prediction.

  Koji Shiota; Tatsuya Akutsu

  Bioinformatics advances, 2023年10月, 査読有り, 最終著者

  
• ProsperousPlus: a one-stop and comprehensive platform for accurate protease-specific substrate cleavage prediction and machine-learning model construction.

  Fuyi Li; Cong Wang; Xudong Guo; Tatsuya Akutsu; Geoffrey I Webb; Lachlan J M Coin; Lukasz Kurgan; Jiangning Song

  Briefings in bioinformatics, 2023年09月22日, 査読有り

  
• SMG: self-supervised masked graph learning for cancer gene identification.

  Yan Cui; Zhikang Wang; Xiaoyu Wang; Yiwen Zhang; Ying Zhang; Tong Pan; Zhe Zhang; Shanshan Li; Yuming Guo; Tatsuya Akutsu; Jiangning Song

  Briefings in bioinformatics, 2023年09月22日, 査読有り, 責任著者

  
• Common Attractors in Multiple Boolean Networks.

  Yu Cao; Wenya Pi; Chun-Yu Lin; Ulrike Munzner; Masahiro Ohtomo; Tatsuya Akutsu

  IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics, 2023年09月, 査読有り, 最終著者, 責任著者

  
• Measuring criticality in control of complex biological networks.

  Wataru Someya; Tatsuya Akutsu; Jean-Marc Schwartz; Jose C Nacher

  NPJ systems biology and applications, 2024年01月20日, 査読有り

  
• Whole-Brain Evaluation of Cortical Microconnectomes.

  Kouki Matsuda; Arata Shirakami; Ryota Nakajima; Tatsuya Akutsu; Masanori Shimono

  eNeuro, 2023年10月, 査読有り

  
• Metrics for RNA Secondary Structure Comparison.

  Feiqi Wang; Tatsuya Akutsu; Tomoya Mori

  Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2023年, 招待有り, 責任著者

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• [Analysis of structures and dynamics of biological information networks].

  Tatsuya Akutsu; Tomoshiro Ochiai; Jose C Nacher

  Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme, 2005年12月

  
• 21aTP-11 原核生物における代謝ネットワークの構造と成育温度の関係(生物・生態系(社会・言語・ゲーム等含む)1,領域11,統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理)

  竹本 和広; ナチェル ホセ・C; 阿久津 達也

  日本物理学会講演概要集, 2007年

  
• iAMPCN: a deep-learning approach for identifying antimicrobial peptides and their functional activities.

  Jing Xu; Fuyi Li; Chen Li; Xudong Guo; Cornelia Landersdorfer; Hsin-Hui Shen; Anton Y Peleg; Jian Li; Seiya Imoto; Jianhua Yao; Tatsuya Akutsu; Jiangning Song

  Briefings in bioinformatics, 2023年07月20日, 査読有り, 責任著者

  
• AQDnet: Deep Neural Network for Protein-Ligand Docking Simulation.

  Koji Shiota; Akira Suma; Hiroyuki Ogawa; Takuya Yamaguchi; Akio Iida; Takahiro Hata; Mutsuyoshi Matsushita; Tatsuya Akutsu; Masaru Tateno

  ACS omega, 2023年07月04日, 査読有り

  
• PFresGO: an attention mechanism-based deep-learning approach for protein annotation by integrating gene ontology inter-relationships.

  Tong Pan; Chen Li; Yue Bi; Zhikang Wang; Robin B Gasser; Anthony W Purcell; Tatsuya Akutsu; Geoffrey I Webb; Seiya Imoto; Jiangning Song

  Bioinformatics (Oxford, England), 2023年03月01日, 査読有り

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• ResNetKhib: a novel cell type-specific tool for predicting lysine 2-hydroxyisobutylation sites via transfer learning.

  Xiaoti Jia; Pei Zhao; Fuyi Li; Zhaohui Qin; Haoran Ren; Junzhou Li; Chunbo Miao; Quanzhi Zhao; Tatsuya Akutsu; Gensheng Dou; Zhen Chen; Jiangning Song

  Briefings Bioinform., 2023年03月, 査読有り

  
• Densest subgraph-based methods for protein-protein interaction hot spot prediction.

  Ruiming Li; Jung-Yu Lee 0001; Jinn-Moon Yang; Tatsuya Akutsu

  BMC Bioinformatics, 2022年10月, 査読有り, 最終著者

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• A Method for Molecular Design Based on Linear Regression and Integer Programming

  Jianshen Zhu; Naveed A. Azam; Kazuya Haraguchi; Liang Zhao; Hiroshi Nagamochi; Tatsuya Akutsu

  2022 12th International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics, 2022年01月07日, 査読有り, 最終著者

  
• eSPRESSO: topological clustering of single-cell transcriptomics data to reveal informative genes for spatio–temporal architectures of cells

  Tomoya Mori; Toshiro Takase; Kuan-Chun Lan; Junko Yamane; Cantas Alev; Azuma Kimura; Kenji Osafune; Jun K. Yamashita; Tatsuya Akutsu; Hiroaki Kitano; Wataru Fujibuchi

  BMC Bioinformatics, 2023年06月15日, 査読有り

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• On the complexity of tree edit distance with variables

  Tatsuya Akutsu; Tomoya Mori; Naotoshi Nakamura; Satoshi Kozawa; Yuhei Ueno; Thomas N Sato

  33rd International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC 2022), 2022年12月, 査読有り

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• Analyses and Algorithms for Predecessor and Control Problems for Boolean Networks of Bounded Indegree

  Akutsu Tatsuya; Hayashida Morihiro; Zhang Shu-Qin; Ching Wai-Ki; Ng Michael K.

  Information and Media Technologies, 2009年

  
• A new approach to the design of acyclic chemical compounds using skeleton trees and integer linear programming

  Fan Zhang; Jianshen Zhu; Rachaya Chiewvanichakorn; Aleksandar Shurbevski; Hiroshi Nagamochi; Tatsuya Akutsu

  Applied Intelligence, 2022年03月25日, 査読有り, 最終著者

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• バイオインフォマティクスにおける基本アルゴリズム(数学者のための分子生物学入門,研究会報告)

  阿久津, 達也; 山西, 芳裕

  物性研究, 2003年10月20日

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• MSNet-4mC: Learning effective multi-scale representations for identifying DNA N4-methylcytosine sites.

  Chunting Liu; Jiangning Song; Hiroyuki Ogata; Tatsuya Akutsu

  Bioinformatics (Oxford, England), 2022年10月07日, 査読有り, 最終著者, 責任著者

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• An FVS-Based Approach to Attractor Detection in Asynchronous Random Boolean Networks.

  Trinh Van Giang; Tatsuya Akutsu; Kunihiko Hiraishi

  IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2022年03月, 査読有り

  
• Adjustive Linear Regression and Its Application to the Inverse QSAR.

  Jianshen Zhu; Kazuya Haraguchi; Hiroshi Nagamochi; Tatsuya Akutsu

  Proceedings of the 15th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies(BIOINFORMATICS), 2022年, 査読有り, 最終著者

  
• PROST: AlphaFold2-aware Sequence-Based Predictor to Estimate Protein Stability Changes upon Missense Mutations.

  Shahid Iqbal; Fang Ge; Fuyi Li; Tatsuya Akutsu; Yuanting Zheng; Robin B. Gasser; Dong-Jun Yu; Geoffrey I. Webb; Jiangning Song

  Journal of Chemical Information and Modeling, 2022年, 査読有り

  
• 1P-279 酸化ストレス下におけるアポトーシス制御機構の数理的解明(放射線生物/活性酸素,第46回日本生物物理学会年会)

  Mouri Kazunari; Nacher Jose C.; Akutsu Tatsuya

  生物物理, 2008年

  
• Optimizing substitution matrices by separating score distributions.

  Yuichiro Hourai; Tatsuya Akutsu; Yutaka Akiyama

  Bioinformatics (Oxford, England), 2004年04月12日

  
• Point matching under non-uniform distortions

  Tatsuya Akutsu; Kyotetsu Kanaya; Akira Ohyama; Asao Fujiyama

  Discrete Applied Mathematics, 2003年04月01日, 査読有り

  
• Statistical Significance of Tree Similarity Scores

  Aoki Kiyoko F.; Yamaguchi Atsuko; Okuno Yasushi; Akutsu Tatsuya; Ueda Nobuhisa; Kanehisa Minoru; Mamitsuka Hiroshi

  Genome Informatics, 2003年

  
• DP Algorithms for RNA Secondary Structure Prediction with Pseudoknots

  Akutsu Tatsuya

  Genome Informatics, 1997年

  
• Enhancement of the "PROTEIX" Database System for Three-Dimensional Protein Structures

  阿久津 達也; 百武 稔郎

  Genome Informatics, 1994年

  
• iFeatureOmega: an integrative platform for engineering, visualization and analysis of features from molecular sequences, structural and ligand data sets.

  Zhen Chen; Xuhan Liu; Pei Zhao; Chen Li; Yanan Wang; Fuyi Li; Tatsuya Akutsu; Chris Bain; Robin B Gasser; Junzhou Li; Zuoren Yang; Xin Gao; Lukasz Kurgan; Jiangning Song

  Nucleic acids research, 2022年05月07日, 査読有り

  
• Comparison of the Representational Power of Random Forests, Binary Decision Diagrams, and Neural Networks.

  So Kumano; Tatsuya Akutsu

  Neural Computation, 2022年03月23日, 査読有り, 最終著者, 責任著者

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• Identifying miRNA-Gene Common and Specific Regulatory Modules for Cancer Subtyping by a High-Order Graph Matching Model.

  Jiazhou Chen; Guoqiang Han; Aodan Xu; Tatsuya Akutsu; Hongmin Cai

  IEEE ACM Trans. Comput. Biol. Bioinform., 2023年01月, 査読有り

  
• Critical assessment of computational tools for prokaryotic and eukaryotic promoter prediction.

  Meng Zhang; Cangzhi Jia; Fuyi Li; Chen Li; Yan Zhu; Tatsuya Akutsu; Geoffrey I Webb; Quan Zou; Lachlan J M Coin; Jiangning Song

  Briefings in bioinformatics, 2022年03月10日, 査読有り

  
• A novel graph convolutional neural network for predicting interaction sites on protein kinase inhibitors in phosphorylation.

  Feiqi Wang; Yun-Ti Chen; Jinn-Moon Yang; Tatsuya Akutsu

  Scientific reports, 2022年01月07日, 査読有り, 最終著者

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• Identification of periodic attractors in Boolean networks using a priori information.

  Ulrike Münzner; Tomoya Mori; Marcus Krantz; Edda Klipp; Tatsuya Akutsu

  PLoS computational biology, 2022年01月, 査読有り, 最終著者, 責任著者

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• Attractor detection and enumeration algorithms for Boolean networks.

  Tomoya Mori; Tatsuya Akutsu

  Computational and structural biotechnology journal, 2022年05月, 査読有り, 最終著者, 責任著者

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• Systematic Characterization of Lysine Post-translational Modification Sites Using MUscADEL.

  Zhen Chen; Xuhan Liu; Fuyi Li; Chen Li; Tatiana Marquez-Lago; André Leier; Geoffrey I Webb; Dakang Xu; Tatsuya Akutsu; Jiangning Song

  Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2022年, 査読有り, 責任著者

  
• Knowledge-based system for computer-aided drug design.

  Einoshin Suzuki; Tatsuya Akutsu; Setsuo Ohsuga

  Knowledge Based Systems, 1993年

  
• Logic-based approach to expert systems in chemistry.

  Tatsuya Akutsu; Einoshin Suzuki; Setsuo Ohsuga

  Knowledge Based Systems, 1991年

  
• 生体内ネットワーク構造の数理モデルと情報解析

  阿久津 達也; ナチェル・ディエズ ホセ・カルロス

  生物物理, 2007年03月25日

  
• Algorithms for Computing an Optimal Protein Threading with Profiles and Distance Restraints

  Akutsu Tatsuya; Hayashida Morihiro; Tomita Etsuji; Suzuki Jun'ichi; Horimoto Katsuhisa

  Genome Informatics, 2003年

  
• Protein Structure Alignment Using a Graph Matching Technique

  阿久津 達也

  Genome Informatics, 1995年

  
• On Pattern Matching Methods for Three Dimensional Protein Structures

  阿久津 達也

  Genome Informatics, 1993年

  
• PROTEIX: An Interactive Database System for Three Dimensional Protein Structures

  阿久津 達也

  Genome Informatics, 1993年

  
• Protein Structure Analysis Using Continuous Density Hidden Markov Models

  Hayashida Morihiro; Ueda Nobuhisa; Horimoto Katsuhisa; Akutsu Tatsuya

  Genome Informatics, 2002年

  
• 遺伝子発現制御ネットワークの論理的解析

  阿久津 達也

  生物物理, 1999年12月01日

  
• 3I0924 Exploring Feature Extraction Method for Time Series Data Obtained by Molecular Dynamics Simulation(3I Protein: Measurement & Analysis 1,The 49th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

  Kamada Mayumi; Toda Mikito; Hayashida Morihiro; Robertazzi Arturo; Knapp Ernst Walter; Akutsu Tatsuya

  生物物理, 2011年

  
• An Inverse QSAR Method Based on Linear Regression and Integer Programming

  Jianshen Zhu; Naveed Ahmed Azam; Kazuya Haraguchi; Liang Zhao; Hiroshi Nagamochi; Tatsuya Akutsu

  Frontiers in Bioscience-Landmark, 2022年06月10日, 査読有り, 最終著者

  
• Molecular Design Based on Artificial Neural Networks, Integer Programming and Grid Neighbor Search

  Naveed Ahmed Azam; Jianshen Zhu; Kazuya Haraguchi; Liang Zhao; Hiroshi Nagamochi; Tatsuya Akutsu

  2021 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2021年12月09日, 査読有り, 最終著者

  
• 機械学習QSARの整数計画法に基づく逆解析法

  Hiroshi NAGAMOCHI; Jianshen ZHU; Naveed Ahmed AZAM; Kazuya HARAGUCHI; Liang ZHAO; Tatsuya AKUTSU

  Journal of Computer Chemistry, Japan, 2021年

  
• Message from the Editor-in-Chief

  Tatsuya Akutsu

  IPSJ Transactions on Bioinformatics, 2009年

  
• Probabilistic Critical Controllability Analysis of Protein Interaction Networks Integrating Normal Brain Ageing Gene Expression Profiles.

  Eimi Yamaguchi; Tatsuya Akutsu; Jose C Nacher

  International journal of molecular sciences, 2021年09月13日, 査読有り

  
• On the Compressive Power of Boolean Threshold Autoencoders.

  Avraham A. Melkman; Sini Guo; Wai-Ki Ching; Pengyu Liu 0002; Tatsuya Akutsu

  IEEE Trans. Neural Networks Learn. Syst., 2023年02月, 査読有り, 最終著者, 責任著者

  
• An Inverse QSAR Method Based on Decision Tree and Integer Programming.

  Kouki Tanaka; Jianshen Zhu; Naveed Ahmed Azam; Kazuya Haraguchi; Liang Zhao 0013; Hiroshi Nagamochi; Tatsuya Akutsu

  Proc. 17th International Conference on Intelligent Computing Theories and Application, 2021年08月, 査読有り

  
• Codependency and mutual exclusivity for gene community detection from sparse single-cell transcriptome data.

  Natsu Nakajima; Tomoatsu Hayashi; Katsunori Fujiki; Katsuhiko Shirahige; Tetsu Akiyama; Tatsuya Akutsu; Ryuichiro Nakato

  Nucleic acids research, 2021年07月22日, 査読有り

  
• An Improved Integer Programming Formulation for Inferring Chemical Compounds with Prescribed Topological Structures.

  Jianshen Zhu; Naveed Ahmed Azam; Kazuya Haraguchi; Liang Zhao 0013; Hiroshi Nagamochi; Tatsuya Akutsu

  Proc. 34th International Conference on Industrial, Engineering and Other Applications of Applied Intelligent Systems, 2021年07月, 査読有り

  
• iLearnPlus: a comprehensive and automated machine-learning platform for nucleic acid and protein sequence analysis, prediction and visualization.

  Zhen Chen; Pei Zhao; Chen Li; Fuyi Li; Dongxu Xiang; Yong-Zi Chen; Tatsuya Akutsu; Roger J Daly; Geoffrey I Webb; Quanzhi Zhao; Lukasz Kurgan; Jiangning Song

  Nucleic acids research, 2021年06月04日, 査読有り

  
• Uncovering and classifying the role of driven nodes in control of complex networks.

  Yuma Shinzawa; Tatsuya Akutsu; Jose C Nacher

  Scientific reports, 2021年05月05日, 査読有り, 責任著者

  
• Inhibitory neurons exhibit high controlling ability in the cortical microconnectome.

  Motoki Kajiwara; Ritsuki Nomura; Felix Goetze; Masanori Kawabata; Yoshikazu Isomura; Tatsuya Akutsu; Masanori Shimono

  PLoS computational biology, 2021年04月, 査読有り

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• An Inverse QSAR Method Based on a Two-Layered Model and Integer Programming.

  Yu Shi; Jianshen Zhu; Naveed Ahmed Azam; Kazuya Haraguchi; Liang Zhao; Hiroshi Nagamochi; Tatsuya Akutsu

  International journal of molecular sciences, 2021年03月11日, 査読有り

  
• On the Distribution of Successor States in Boolean Threshold Networks.

  Sini Guo; Pengyu Liu 0002; Wai-Ki Ching; Tatsuya Akutsu

  IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems, 2022年, 査読有り, 最終著者, 責任著者

  
• Databases for Protein-Protein Interactions.

  Natsu Nakajima; Tatsuya Akutsu; Ryuichiro Nakato

  Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2021年, 査読有り, 招待有り

  
• A Novel Method for Inferring Chemical Compounds With Prescribed Topological Substructures Based on Integer Programming.

  Jianshen Zhu; Naveed Ahmed Azam; Fan Zhang; Aleksandar Shurbevski; Kazuya Haraguchi; Liang Zhao 0013; Hiroshi Nagamochi; Tatsuya Akutsu

  IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2022年, 査読有り, 最終著者, 責任著者

  
• Anthem: a user customised tool for fast and accurate prediction of binding between peptides and HLA class I molecules.

  Shutao Mei; Fuyi Li; Dongxu Xiang; Rochelle Ayala; Pouya Faridi; Geoffrey I Webb; Patricia T. Illing; Jamie Rossjohn; Tatsuya Akutsu; Nathan P. Croft; Anthony W. Purcell; Jiangning Song

  Briefings Bioinform., 2021年, 査読有り

  
• New and improved algorithms for unordered tree inclusion.

  Tatsuya Akutsu; Jesper Jansson; Ruiming Li; Atsuhiro Takasu; Takeyuki Tamura

  Theor. Comput. Sci., 2021年, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• DeepVF: a deep learning-based hybrid framework for identifying virulence factors using the stacking strategy.

  Ruopeng Xie; Jiahui Li; Jiawei Wang; Wei Dai; André Leier; Tatiana T. Marquez-Lago; Tatsuya Akutsu; Trevor Lithgow; Jiangning Song; Yanju Zhang

  Briefings Bioinform., 2021年, 査読有り

  
• Discrimination of attractors with noisy nodes in Boolean networks.

  Xiaoqing Cheng; Wai-Ki Ching; Sini Guo; Tatsuya Akutsu

  Autom., 2021年, 査読有り, 最終著者, 責任著者

  
• A novel method for inference of acyclic chemical compounds with bounded branch-height based on artificial neural networks and integer programming.

  Naveed Ahmed Azam; Jianshen Zhu; Yanming Sun; Yu Shi; Aleksandar Shurbevski; Liang Zhao 0013; Hiroshi Nagamochi; Tatsuya Akutsu

  Algorithms Mol. Biol., 2021年, 査読有り, 最終著者, 責任著者

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• Weighted minimum feedback vertex sets and implementation in human cancer genes detection.

  Ruiming Li; Chun-Yu Lin; Weifeng Guo; Tatsuya Akutsu

  BMC Bioinform., 2021年, 査読有り, 最終著者, 責任著者

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• ReCGBM: a gradient boosting-based method for predicting human dicer cleavage sites.

  Pengyu Liu; Jiangning Song; Chun-Yu Lin; Tatsuya Akutsu

  BMC Bioinform., 2021年, 査読有り, 最終著者, 責任著者

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• A New Integer Linear Programming Formulation to the Inverse QSAR/QSPR for Acyclic Chemical Compounds Using Skeleton Trees.

  Fan Zhang; Jianshen Zhu; Rachaya Chiewvanichakorn; Aleksandar Shurbevski; Hiroshi Nagamochi; Tatsuya Akutsu

  Proc. 33rd International Conference on Industrial, Engineering and Other Applications of Applied Intelligent Systems (IEA/AIE 2020), 2020年09月, 査読有り, 最終著者

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• Comprehensive review and assessment of computational methods for predicting RNA post-transcriptional modification sites from RNA sequences.

  Zhen Chen 0009; Pei Zhao; Fuyi Li; Yanan Wang; Alexander Ian Smith; Geoffrey I. Webb; Tatsuya Akutsu; Abdelkader Baggag; Halima Bensmail; Jiangning Song

  Briefings Bioinform., 2020年09月, 査読有り

  
• Network control principles for identifying personalized driver genes in cancer.

  Weifeng Guo; Shaowu Zhang 0001; Tao Zeng; Tatsuya Akutsu; Luonan Chen

  Briefings Bioinform., 2020年09月, 査読有り

  
• Comparison of pseudoknotted RNA secondary structures by topological centroid identification and tree edit distance

  Wang F; Akutsu T; Mori T

  Journal of Computational Biology, 2020年09月, 査読有り

  
• A comprehensive review and performance evaluation of bioinformatics tools for HLA class I peptide-binding prediction.

  Shutao Mei; Fuyi Li; André Leier; Tatiana T. Marquez-Lago; Kailin Giam; Nathan P. Croft; Tatsuya Akutsu; Alexander Ian Smith; Jian Li; Jamie Rossjohn; Anthony W. Purcell; Jiangning Song

  Briefings Bioinform., 2020年07月, 査読有り

  
• Extracting boolean and probabilistic rules from trained neural networks.

  Pengyu Liu; Avraham A. Melkman; Tatsuya Akutsu

  Neural Networks, 2020年06月, 査読有り, 最終著者, 責任著者

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• iLearn : an integrated platform and meta-learner for feature engineering, machine-learning analysis and modeling of DNA, RNA and protein sequence data.

  Zhen Chen 0009; Pei Zhao; Fuyi Li; Tatiana T. Marquez-Lago; André Leier; Jerico Nico De Leon Revote; Yan Zhu; David R. Powell; Tatsuya Akutsu; Geoffrey I. Webb; Kuo-Chen Chou; Alexander Ian Smith; Roger J. Daly; Jian Li 0052; Jiangning Song

  Briefings Bioinform., 2020年05月, 査読有り

  
• Procleave: Predicting Protease-specific Substrate Cleavage Sites by Combining Sequence and Structural Information.

  Fuyi Li; André Leier; Quanzhong Liu; Yanan Wang; Dongxu Xiang; Tatsuya Akutsu; Geoffrey I. Webb; Alexander Ian Smith; Tatiana T. Marquez-Lago; Jian Li 0052; Jiangning Song

  Genom. Proteom. Bioinform., 2020年02月, 査読有り

  
• A Novel Method for the Inverse QSAR/QSPR based on Artificial Neural Networks and Mixed Integer Linear Programming with Guaranteed Admissibility

  Naveed Azam; Rachaya Chiewvanichakorn; Fan Zhang; Aleksandar Shurbevski; Hiroshi Nagamochi; Tatsuya Akutsu

  Proceedings of the 13th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies, 2020年02月, 査読有り, 最終著者

  
• DeepCleave: a deep learning predictor for caspase and matrix metalloprotease substrates and cleavage sites.

  Fuyi Li; Jinxiang Chen; André Leier; Tatiana T. Marquez-Lago; Quanzhong Liu; Yanze Wang; Jerico Nico De Leon Revote; Alexander Ian Smith; Tatsuya Akutsu; Geoffrey I. Webb; Lukasz A. Kurgan; Jiangning Song

  Bioinform., 2020年02月, 査読有り

  
• PeNGaRoo, a combined gradient boosting and ensemble learning framework for predicting non-classical secreted proteins.

  Yanju Zhang; Sha Yu; Ruopeng Xie; Jiahui Li; André Leier; Tatiana T. Marquez-Lago; Tatsuya Akutsu; Alexander Ian Smith; Zongyuan Ge; Jiawei Wang; Trevor Lithgow; Jiangning Song

  Bioinform., 2020年02月, 査読有り

  
• A Method for the Inverse QSAR/QSPR Based on Artificial Neural Networks and Mixed Integer Linear Programming

  Rachaya Chiewvanichakorn; Chenxi Wang; Zhe Zhang; Aleksandar Shurbevski; Hiroshi Nagamochi; Tatsuya Akutsu

  Proceedings of the 2020 10th International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics, 2020年01月19日, 査読有り, 最終著者

  
• An Overview of Bioinformatics Methods for Analyzing Autism Spectrum Disorders.

  Shogo Nakashima; Jose C Nacher; Jiangning Song; Tatsuya Akutsu

  Current pharmaceutical design, 2020年, 査読有り, 最終著者, 責任著者

  
• Improved Hardness of Maximum Common Subgraph Problems on Labeled Graphs of Bounded Treewidth and Bounded Degree.

  Tatsuya Akutsu; Avraham A. Melkman; Takeyuki Tamura

  Int. J. Found. Comput. Sci., 2020年, 査読有り

  
• A Novel Method for Inference of Chemical Compounds of Cycle Index Two with Desired Properties Based on Artificial Neural Networks and Integer Programming.

  Jianshen Zhu; Chenxi Wang; Aleksandar Shurbevski; Hiroshi Nagamochi; Tatsuya Akutsu

  Algorithms, 2020年, 査読有り

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• Circulating Exosomal miRNA Profiles Predict the Occurrence and Recurrence of Hepatocellular Carcinoma in Patients with Direct-Acting Antiviral-Induced Sustained Viral Response.

  Saori Itami-Matsumoto; Michiyo Hayakawa; Sawako Uchida-Kobayashi; Masaru Enomoto; Akihiro Tamori; Kazuyuki Mizuno; Hidenori Toyoda; Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu; Takahiro Ochiya; Norifumi Kawada; Yoshiki Murakami

  Biomedicines, 2019年11月03日, 査読有り

  
• Identification of the Structure of a Probabilistic Boolean Network From Samples Including Frequencies of Outcomes.

  Akutsu T; Melkman AA

  IEEE transactions on neural networks and learning systems, 2019年08月, 査読有り

  
• Convolutional neural network approach to lung cancer classification integrating protein interaction network and gene expression profiles.

  Matsubara T; Ochiai T; Hayashida M; Akutsu T; Nacher JC

  Journal of bioinformatics and computational biology, 2019年06月, 査読有り

  
• Deep learning with evolutionary and genomic profiles for identifying cancer subtypes.

  Lin CY; Ruan P; Li R; Yang JM; See S; Song J; Akutsu T

  Journal of bioinformatics and computational biology, 2019年06月, 査読有り

  
• Probabilistic controllability approach to metabolic fluxes in normal and cancer tissues.

  Schwartz JM; Otokuni H; Akutsu T; Nacher JC

  Nature communications, 2019年06月, 査読有り

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• On the number of driver nodes for controlling a Boolean network when the targets are restricted to attractors.

  Hou W; Ruan P; Ching WK; Akutsu T

  Journal of theoretical biology, 2019年02月, 査読有り

  
• Network controllability analysis of intracellular signalling reveals viruses are actively controlling molecular systems.

  Ravindran V; Nacher JC; Akutsu T; Ishitsuka M; Osadcenco A; Sunitha V; Bagler G; Schwartz JM; Robertson DL

  Scientific reports, 2019年02月, 査読有り

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• Optimal string clustering based on a Laplace-like mixture and EM algorithm on a set of strings.

  Array,Morihiro Hayashida; Tatsuya Akutsu

  J. Comput. Syst. Sci., 2019年, 査読有り

  
• Systematic analysis and prediction of type IV secreted effector proteins by machine learning approaches.

  Jiawei Wang; Bingjiao Yang; Yi An; Tatiana T. Marquez-Lago; André Leier; Jonathan Wilksch; Qingyang Hong; Yang Zhang 0010; Morihiro Hayashida; Tatsuya Akutsu; Geoffrey I. Webb; Richard A. Strugnell; Jiangning Song; Trevor Lithgow

  Briefings Bioinform., 2019年, 査読有り

  
• iProt-Sub: a comprehensive package for accurately mapping and predicting protease-specific substrates and cleavage sites.

  Jiangning Song; Yanan Wang; Fuyi Li; Tatsuya Akutsu; Neil D. Rawlings; Geoffrey I. Webb; Kuo-Chen Chou

  Briefings Bioinform., 2019年, 査読有り

  
• Bastion3: a two-layer ensemble predictor of type III secreted effectors.

  Jiawei Wang; Jiahui Li; Bingjiao Yang; Ruopeng Xie; Tatiana T. Marquez-Lago; André Leier; Morihiro Hayashida; Tatsuya Akutsu; Yanju Zhang; Kuo-Chen Chou; Joel Selkrig; Tieli Zhou; Jiangning Song; Trevor Lithgow

  Bioinform., 2019年, 査読有り

  
• Causalcall: Nanopore Basecalling Using a Temporal Convolutional Network.

  Jingwen Zeng; Hongmin Cai; Hong Peng; Haiyan Wang; Yue Zhang; Tatsuya Akutsu

  Frontiers in genetics, 2019年, 査読有り

  
• Large-scale comparative assessment of computational predictors for lysine post-translational modification sites.

  Zhen Chen; Xuhan Liu; Fuyi Li; Chen Li 0021; Tatiana T. Marquez-Lago; André Leier; Tatsuya Akutsu; Geoffrey I. Webb; Dakang Xu; Alexander Ian Smith; Lei Li 0013; Kuo-Chen Chou; Jiangning Song

  Briefings Bioinform., 2019年, 査読有り

  
• Computational analysis and prediction of lysine malonylation sites by exploiting informative features in an integrative machine-learning framework.

  Yanju Zhang; Ruopeng Xie; Jiawei Wang; André Leier; Tatiana T. Marquez-Lago; Tatsuya Akutsu; Geoffrey I. Webb; Kuo-Chen Chou; Jiangning Song

  Briefings Bioinform., 2019年, 査読有り

  
• Twenty years of bioinformatics research for protease-specific substrate and cleavage site prediction: a comprehensive revisit and benchmarking of existing methods.

  Fuyi Li; Yanan Wang; Chen Li 0021; Tatiana T. Marquez-Lago; André Leier; Neil D. Rawlings; Gholamreza Haffari; Jerico Nico De Leon Revote; Tatsuya Akutsu; Kuo-Chen Chou; Anthony W. Purcell; Robert N. Pike; Geoffrey I. Webb; Alexander Ian Smith; Trevor Lithgow; Roger J. Daly; James C. Whisstock; Jiangning Song

  Briefings Bioinform., 2019年, 査読有り

  
• Toward more accurate prediction of caspase cleavage sites: a comprehensive review of current methods, tools and features.

  Yu Bao; Simone Marini; Takeyuki Tamura; Mayumi Kamada; Shingo Maegawa; Hiroshi Hosokawa; Jiangning Song; Tatsuya Akutsu

  Briefings Bioinform., 2019年, 査読有り

  
• Resource Cut, a New Bounding Procedure to Algorithms for Enumerating Tree-Like Chemical Graphs.

  Nishiyama Y; Shurbevski A; Nagamochi H; Akutsu T

  IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics, 2019年01月, 査読有り

  
• Protease target prediction via matrix factorization.

  Simone Marini; Francesca Vitali; Sara Rampazzi; Andrea Demartini; Tatsuya Akutsu

  Bioinform., 2019年, 査読有り

  
• Controllability Methods for Identifying Associations Between Critical Control ncRNAs and Human Diseases.

  Nacher JC; Akutsu T

  Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2019年, 査読有り

  
• Finding and analysing the minimum set of driver nodes required to control multilayer networks.

  Nacher JC; Ishitsuka M; Miyazaki S; Akutsu T

  Scientific reports, 2019年01月, 査読有り

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• Quokka: a comprehensive tool for rapid and accurate prediction of kinase family-specific phosphorylation sites in the human proteome.

  Li F; Li C; Marquez-Lago TT; Leier A; Akutsu T; Purcell AW; Ian Smith A; Lithgow T; Daly RJ; Song J; Chou KC

  Bioinformatics (Oxford, England), 2018年12月, 査読有り

  
• Computing Minimum Reaction Modifications in a Boolean Metabolic Network.

  Tamura T; Lu W; Song J; Akutsu T

  IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics, 2018年11月, 査読有り

  
• A simple linear-time algorithm for computing the centroid and canonical form of a plane graph and its applications

  Tatsuya Akutsu; Colin De La Higuera; Takeyuki Tamura

  Leibniz International Proceedings in Informatics, LIPIcs, 2018年05月01日, 査読有り

  
• Enumerating chemical mono-block 3-augmented trees with two junctions

  Yuui Tamura; Hiroshi Nagamochi; Aleksandar Shurbevski; Tatsuya Akutsu

  ACM International Conference Proceeding Series, 2018年01月18日, 査読有り

  
• New and Improved Algorithms for Unordered Tree Inclusion.

  Tatsuya Akutsu; Jesper Jansson,Ruiming Li; Atsuhiro Takasu; Takeyuki Tamura

  29th International Symposium on Algorithms and Computation, ISAAC 2018, December 16-19, 2018, Jiaoxi, Yilan, Taiwan, 2018年, 査読有り

  
• New Algorithms for Unordered Tree Inclusion.

  Tatsuya Akutsu; Jesper Jansson; Ruiming Li; Atsuhiro Takasu; Takeyuki Tamura

  CoRR, 2017年

  
• On Observability of Attractors in Boolean Networks

  Yushan Qiu; Xiaoqing Cheng; Wai-Ki Ching; Hao Jiang; Tatsuya Akutsu

  PROCEEDINGS 2015 IEEE INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS AND BIOMEDICINE, 2015年, 査読有り

  
• Analysis of critical and redundant nodes in controlling directed and undirected complex networks using dominating sets

  Jose C. Nacher; Tatsuya Akutsu

  Journal of Complex Networks, 2014年, 査読有り

  
• Network completion for static gene expression data

  Natsu Nakajima; Tatsuya Akutsu

  Advances in Bioinformatics, 2014年, 査読有り

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• A polynomial-time algorithm for computing the maximum common connected edge subgraph of outerplanar graphs of bounded Degree

  Tatsuya Akutsu; Takeyuki Tamura

  Algorithms, 2013年, 査読有り

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• On the complexity of finding a largest common subtree of bounded degree

  Tatsuya Akutsu; Takeyuki Tamura; Avraham A. Melkman; Atsuhiro Takasu

  Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2013年, 査読有り

  
• On the degree distribution of projected networks mapped from bipartite networks

  J. C. Nacher; T. Akutsu

  Physica A: Statistical Mechanics and its Applications, 2011年11月01日, 査読有り

  
• The role of internal duplication in the evolution of multi-domain proteins

  J. C. Nacher; M. Hayashida; T. Akutsu

  BIOSYSTEMS, 2010年08月, 査読有り

  
• Prediction of protein folding rates from structural topology and complex network properties

  Jiangning Song; Kazuhiro Takemoto; Hongbin Shen; Hao Tan; M. Michael Gromiha; Tatsuya Akutsu

  IPSJ Transactions on Bioinformatics, 2010年, 査読有り

  
• Finding minimum reaction cuts of metabolic networks under a Boolean model using integer programming and feedback vertex sets

  Tamura T; Takemoto K; Akutsu, T

  International Journal of Knowledge Discovery in Bioinformatics, 2010年01月, 査読有り

  
• A mathematical model for generating bipartite graphs and its application to protein networks

  J. C. Nacher; T. Ochiai; M. Hayashida; T. Akutsu

  JOURNAL OF PHYSICS A-MATHEMATICAL AND THEORETICAL, 2009年12月, 査読有り

  
• Distribution and enumeration of attractors in probabilistic Boolean networks

  M. Hayashida; T. Tamura; T. Akutsu; W. -K. Ching; Y. Cong

  IET SYSTEMS BIOLOGY, 2009年11月, 査読有り

  
• Algorithms for singleton attractor detection in planar and nonplanar AND/OR Boolean networks

  Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu

  Mathematics in Computer Science, 2009年03月, 査読有り

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• Emergence of scale-free distribution in protein-protein interaction networks based on random selection of interacting domain pairs

  J. C. Nacher; M. Hayashida; T. Akutsu

  BIOSYSTEMS, 2009年02月, 査読有り

  
• Detecting a Singleton Attractor in a Boolean Network Utilizing SAT Algorithms

  Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu

  IEICE TRANSACTIONS ON FUNDAMENTALS OF ELECTRONICS COMMUNICATIONS AND COMPUTER SCIENCES, 2009年02月, 査読有り

  
• Domain-based prediction and analysis of protein-protein interactions

  Tatsuya Akutsu; Morihiro Hayashida

  Biological Data Mining in Protein Interaction Networks, 2009年, 査読有り

  
• Integer programming-based methods for attractor detection and control of boolean networks

  Tatsuya Akutsu; Morihiro Hayashida; Takeyuki Tamura

  Proceedings of the IEEE Conference on Decision and Control, 2009年, 査読有り

  
• A Clustering Method for Analysis of Sequence Similarity Networks of Proteins Using Maximal Components of Graphs

  Hayashida Morihiro; Akutsu Tatsuya; Nagamochi Hiroshi

  Information and Media Technologies, 2008年03月15日, 査読有り

  
• Integer programming-based approach to allocation of reporter genes for cell array analysis.

  Morihiro Hayashida; Fuyan Sun; Sachiyo Aburatani; Katsuhisa Horimoto; Tatsuya Akutsu

  International journal of bioinformatics research and applications, 2008年

  
• Integer programming-based approach to allocation of reporter genes for cell array analysis.

  Morihiro Hayashida; Fuyan Sun; Sachiyo Aburatani; Katsuhisa Horimoto; Tatsuya Akutsu

  Int. J. Bioinform. Res. Appl., 2008年

  
• Algorithms and complexity analyses for control of singleton attractors in Boolean networks

  Takeyuki Tamura; Morihiro Hayashida; Tatsuya Akutsu; Shu-Qin Zhang; Wai-Ki Ching

  Eurasip Journal on Bioinformatics and Systems Biology, 2008年, 査読有り

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• Emergence of the self-similar property in gene expression dynamics

  T. Ochiai; J. C. Nacher; T. Akutsu

  Physica A: Statistical Mechanics and its Applications, 2007年08月15日, 査読有り

  
• Algorithms for finding small attractors in boolean networks

  Shu-Qin Zhang; Morihiro Hayashida; Tatsuya Akutsu; Wai-Ki Ching; Michael K. Ng

  Eurasip Journal on Bioinformatics and Systems Biology, 2007年, 査読有り

  
• Sensitivity of the power-law exponent in gene expression distribution to mRNA decay rate

  J. C. Nacher; T. Akutsu

  Physics Letters, Section A: General, Atomic and Solid State Physics, 2006年12月18日, 査読有り

  
• Protein domain networks: Scale-free mixing of positive and negative exponents

  JC Nacher; M Hayashida; T Akutsu

  PHYSICA A-STATISTICAL MECHANICS AND ITS APPLICATIONS, 2006年07月, 査読有り

  
• Selecting informative genes for cancer classification using gene expression data

  Tatsuya Akutsu; Satoru Miyano

  Computational and Statistical Approaches to Genomics, 2006年, 査読有り

  
• Protein threading with profiles and distance constraints using clique based algorithms

  Bahadur K.C. Dukka; Etsuji Tomita; Jun'ichi Suzuki; Katsuhisa Horimoto; Tatsuya Akutsu

  Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2006年, 査読有り

  
• The role of log-normal dynamics in the evolution of biochemical pathways

  J. C. Nacher; T. Ochiai; T. Yamada; M. Kanehisa; T. Akutsu

  BioSystems, 2006年01月, 査読有り

  
• 原核生物の代謝ネットワークにおける 構造の乱雑さと生育温度の関係

  竹本和広; ホセ・C・ナチェル; 阿久津達也

  日本ソフトウェア科学会研究会資料, 2006年, 査読有り

  
• A novel representation of protein sequences for prediction of subcellular location using support vector machines

  Setsuro Matsuda; Jean-Philippe Vert; Hiroto Saigo; Nobuhisa Ueda; Hiroyuki Toh; Tatsuya Akutsu

  Protein Science, 2005年11月, 査読有り

  
• On the relation between fluctuation and scaling-law in gene expression time series from yeast to human

  J. C. Nacher; T. Ochiai; T. Akutsu

  Modern Physics Letters B, 2005年10月20日, 査読有り

  
• On construction of stochastic genetic networks based on gene expression sequences

  Wai-Ki Ching; Michael M. Ng; Eric S. Fung; Tatsuya Akutsu

  International Journal of Neural Systems, 2005年08月, 査読有り

  
• A probabilistic model for mining labeled ordered trees: Capturing patterns in carbohydrate sugar chains

  Nobuhisa Ueda; Kiyoko F. Aoki-Kinoshita; Atsuko Yamaguchi; Tatsuya Akutsu; Hiroshi Mamitsuka

  IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, 2005年08月, 査読有り

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• Graph kernels for molecular structure-activity relationship analysis with support vector machines

  Pierre Mahé; Nobuhisa Ueda; Tatsuya Akutsu; Jean-Luc Perret; Jean-Philippe Vert

  Journal of Chemical Information and Modeling, 2005年07月, 査読有り

  
• A stochastic approach to multi-gene expression dynamics

  T. Ochiai; J. C. Nacher; T. Akutsu

  Physics Letters, Section A: General, Atomic and Solid State Physics, 2005年05月16日, 査読有り

  
• Fast and accurate database homology search using upper bounds of local alignment scores

  Masumi Itoh; Susumu Goto; Tatsuya Akutsu; Minoru Kanehisa

  Bioinformatics, 2005年04月01日, 査読有り

  
• Two complementary representations of a scale-free network

  J. C. Nacher; T. Yamada; S. Goto; M. Kanehisa; T. Akutsu

  Physica A: Statistical Mechanics and its Applications, 2005年04月01日, 査読有り

  
• A score matrix to reveal the hidden links in glycans

  KF Aoki; H Mamitsuka; T Akutsu; M Kanehisa

  BIOINFORMATICS, 2005年04月, 査読有り

  
• Flexible construction of hierarchical scale-free networks with general exponent

  J. C. Nacher; N. Ueda; M. Kanehisa; T. Akutsu

  Physical Review E - Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, 2005年03月, 査読有り

  
• Performance analysis of a greedy algorithm for inferring Boolean functions

  D Fukagawa; T Akutsu

  INFORMATION PROCESSING LETTERS, 2005年01月, 査読有り

  
• Clustering under the line graph transformation: Application to reaction network

  Jose C. Nacher; Nobuhisa Ueda; Takuji Yamada; Minoru Kanehisa; Tatsuya Akutsu

  BMC Bioinformatics, 2004年12月24日, 査読有り

  
• A constructive approach to gene expression dynamics

  T. Ochiai; J. C. Nacher; T. Akutsu

  Physics Letters, Section A: General, Atomic and Solid State Physics, 2004年09月27日, 査読有り

  
• Protein homology detection using string alignment kernels

  Hiroto Saigo; Jean-Philippe Vert; Nobuhisa Ueda; Tatsuya Akutsu

  Bioinformatics, 2004年07月22日, 査読有り

  
• KCaM (KEGG Carbohydrate Matcher): a software tool for analyzing the structures of carbohydrate sugar chains

  KF Aoki; A Yamaguchi; N Ueda; T Akutsu; H Mamitsuka; S Goto; M Kanehisa

  NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2004年07月, 査読有り

  
• Optimizing substitution matrices by separating score distributions.

  Yuichiro Hourai; Tatsuya Akutsu; Yutaka Akiyama

  Bioinform., 2004年

  
• Managing and analyzing carbohydrate data

  Kiyoko F. Aoki; Nobuhisa Ueda; Atsuko Yamaguchi; Tatsuya Akutsu; Minoru Kanehisa; Hiroshi Mamitsuka

  SIGMOD Record, 2004年, 査読有り

  
• Identification of genetic networks by strategic gene disruptions and gene overexpressions under a boolean model

  T Akutsu; S Kuhara; O Maruyama; S Miyano

  THEORETICAL COMPUTER SCIENCE, 2003年04月, 査読有り

  
• Inferring qualitative relations in genetic networks and metabolic pathways

  Tatsuya Akutsu; Satoru Miyano; Satoru Kuhara

  Bioinformatics, 2000年, 査読有り

  
• On the approximation of protein threading

  Tatsuya Akutsu; Satoru Miyano

  Theoretical Computer Science, 1999年01月17日, 査読有り

  
• Distribution of Distances and Triangles in Point Sets and Its Application to Largest Common Point Set Problems

  Tatsuya Akutsu; Hisao Tamaki; Takeshi Tokuyama

  Proc. 13th ACM Symposium on Computational Geometry, 1997年06月, 査読有り

  
• Protein structure alignment using dynamic programming and iterative improvement

  T Akutsu

  IEICE TRANSACTIONS ON INFORMATION AND SYSTEMS, 1996年12月, 査読有り

  
• On PAC learnability of functional dependencies

  Tatsuya Akutsu; Atsuhiro Takasu

  New Generation Computing, 1994年12月, 査読有り

  

MISC

• Cycle-Configuration: A Novel Graph-theoretic Descriptor Set for Molecular Inference

  Bowen Song; Jianshen Zhu; Naveed Ahmed Azam; Kazuya Haraguchi; Liang Zhao; Tatsuya Akutsu

  arXiv, 2024年08月12日

  
• DeepBL: A deep learning-based approach for in silico discovery of beta-lactamases

  Yanan Wang; Fuyi Li; Manasa Bharathwaj; Natalia C Rosas; André Leier; Tatsuya Akutsu; Geoffrey I Webb; Tatiana T Marquez-Lago; Jian Li; Trevor Lithgow; Jiangning Song

  Briefings in Bioinformatics, 2021年07月01日

  
• タンパク質間相互作用ネットワークにおける相互作用ドメイン対の確率的選択に基づくべき乗分布のモデル化

  NACHER J.C.; HAYASHIDA Morihiro; AKUTSU Tatsuya

  IPSJ SIG technical reports, 2008年12月10日

  
• non-coding RNA-タンパク質相互作用ネットワークとその制御性の特徴分析

  香々見 春菜; 阿久津 達也; ナチェル ホセ

  研究報告バイオ情報学（BIO）, 2014年12月11日

  
• 非線形競合現象における保存則と安定性 : システムの外部摂動からの回復現象

  上地 理沙; 阿久津 達也

  数理解析研究所講究録, 2013年10月

  このMISCにアクセスする：

  
• Markov property on Gene Expression Dynamics

  落合 友四郎; ナチュルディエス ホセカルロス; 阿久津 達也

  電子情報通信学会技術研究報告. NLP, 非線形問題, 2004年09月06日

  
• Minimum Multiset Covering 問題の近似アルゴリズムについて

  柳浦 豊; 下薗 真一; 阿久津 達也

  電子情報通信学会技術研究報告. COMP, コンピュテーション, 2001年11月09日

  
• DNA 2次元電気泳動画像のパターンマッチング : 問題の困難さとヒューリスティック・アルゴリズム

  阿久津 達也; 金家 京徹; 大山 彰; 藤山 秋佐夫

  電子情報通信学会技術研究報告. PRMU, パターン認識・メディア理解, 2000年05月04日

  
• 特集「分子生物情報学の新展開の編集にあたって (「分子生物情報学の新展開」)

  阿久津 達也; 麻生川 稔; 小長谷 明彦; Tatsuya Akutsu; Minoru Asogawa; Akihiko Konagaya

  人工知能学会誌 = Journal of Japanese Society for Artificial Intelligence, 2000年01月01日

  
• ブーリアンネットワークの高速同定アルゴリズム

  阿久津 達也; 宮野 悟; 久原 哲

  情報処理学会研究報告アルゴリズム（AL）, 1999年01月27日

  
• A Parallel Algorithm for Determining the Congruence of Point Sets in Three-Dimensions

  AKUTSU Tatsuya

  IEICE transactions on information and systems, 1995年04月25日

  
• タンパク質立体構造の折れ線による近似とその構造マッチングへの応用

  阿久津 達也; 田下 博

  情報処理学会研究報告情報学基礎（FI）, 1995年02月07日

  
• A linear time pattern matching algorithm between a string and a tree

  AKUTSU Tatsuya

  Proceedings of the 4th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, Padova, Italy, 1993, 1993年

  
• A linear time pattern matching algorithm between a string and a tree

  AKUTSU Tatsuya

  Proc. CPM'93, 1993年

  
• Efficient Determination of Cluster Boundaries for Gene Expression Data Using Hierarchical Clustering (テーマ:特集「宇宙とAI」および一般)

  Moesa Harry Amri; K. C. Dukka Bahadur; 阿久津 達也

  人工知能基本問題研究会, 2005年07月15日

  
• 相互作用RNA2次構造予測―形式文法によるアプローチ―

  加藤有己; 阿久津 達也; 関 浩之

  情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO）, 2007年12月21日

  
• 研究会千夜一夜 : バイオインフォマティクスへの誘い-バイオ情報学研究会-

  阿久津 達也

  情報処理, 2007年12月15日

  
• 形式文法に基づくRNA 2次構造予測

  加藤 有己; 関 浩之; 阿久津 達也

  電子情報通信学会技術研究報告. IT, 情報理論, 2007年11月20日

  
• 遺伝子発現量ダイナミックスにおける自己相似性について

  落合 友四郎; J.C.Nacher; 阿久津 達也

  情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO）, 2005年07月25日

  
• 線形計画法による非線形システムS - systemの推定

  阿久津 達也; 宮野 悟; 久原 哲

  情報処理学会研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）, 1999年11月25日

  
• 配列のローカル・アラインメントの困難さについて

  阿久津 達也

  情報処理学会研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）, 1999年05月14日

  
• ゲノム情報：3. 幾何的マッチングによるタンパク質立体構造の比較

  阿久津 達也

  情報処理, 1996年10月15日

  
• 線形計画法による遺伝情報解析のためのスコア関数の学習

  田下 博; 阿久津 達也

  情報処理学会研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）, 1996年07月26日

  
• 平面的化学構造の正規形を計算するO （n2）時間アルゴリズム

  阿久津 達也

  情報処理学会論文誌, 1992年12月15日

  
• 関数従属性の近似学習アルゴリズムについて

  高須 淳宏; 阿久津 達也

  全国大会講演論文集, 1993年09月27日

  
• 局所アラインメントカーネルを用いたアミノ酸置換行列の最適化

  西郷 浩人; ジャンフィリップ・ヴェール; 阿久津 達也

  情報処理学会研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）, 2006年03月17日

  
• 特徴ベクトルからの化学構造の推定

  阿久津 達也; 深川 大路

  情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO）, 2006年02月10日

  
• 最適degenerate pattern探索アルゴリズムと転写因子結合部位同定問題への適用

  篠崎 大輔; 阿久津 達也; 丸山 修

  情報処理学会研究報告アルゴリズム（AL）, 2003年09月19日

  
• 「情報処理学会論文誌：数理モデル化と応用」の編集にあたって

  阿久津 達也

  情報処理学会論文誌数理モデル化と応用（TOM）, 2003年05月15日

  
• 位置依存スコア行列の例からの学習の計算複雑度について

  阿久津 達也; 坂内 英夫; 宮野 悟; オットザーシャ

  情報処理学会研究報告アルゴリズム（AL）, 2002年01月24日

  
• ゲノム情報科学-観測技術の進展を支えるインフォマティクス-

  阿久津 達也

  情報処理, 2002年01月15日

  
• 行列乗算とハッシュ関数を用いたブーリアンネットワークの同定アルゴリズム

  阿久津 達也; 宮野 悟; 久原 哲

  情報処理学会研究報告アルゴリズム（AL）, 1999年11月08日

  
• RNA二次構造予測のための近似アルゴリズム

  阿久津 達也

  情報処理学会研究報告アルゴリズム（AL）, 1998年05月20日

  
• ゲノム情報解析におけるスコア関数学習の計算複雑度について

  阿久津 達也; 柳浦睦憲

  情報処理学会研究報告アルゴリズム（AL）, 1997年05月16日

  
• 点集合の距離重複度列のノルムと最大部分集合問題

  阿久津 達也; 玉木 久夫; 徳山 豪

  情報処理学会研究報告アルゴリズム（AL）, 1997年01月23日

  
• タンパク質スレッディング問題の近似について

  阿久津 達也

  情報処理学会研究報告アルゴリズム（AL）, 1996年05月29日

  
• 最小キーおよび最適部分構造スクリーンの近似

  阿久津 達也; 鮑豊

  情報処理学会研究報告アルゴリズム（AL）, 1995年09月21日

  
• 二つの点集合の最大共通部分点集合を求めるランダマイズド・アルゴリズム

  阿久津 達也

  情報処理学会研究報告アルゴリズム（AL）, 1995年07月20日

  
• 二次元配列間の距離について

  阿久津 達也

  情報処理学会研究報告アルゴリズム（AL）, 1995年03月17日

  
• 可変長ギャップ付き文字列に対する近似マッチング・アルゴリズム

  阿久津 達也

  情報処理学会研究報告アルゴリズム（AL）, 1995年01月23日

  
• タンパク質立体構造に対する部分構造検索およびアラインメント・アルゴリズム

  阿久津 達也

  情報処理学会研究報告アルゴリズム（AL）, 1994年09月21日

  
• 高次元点集合の合同性判定について

  阿久津 達也

  情報処理学会研究報告アルゴリズム（AL）, 1994年03月17日

  
• Don't Care記号つき文字列に対する近似マッチング・アルゴリズム

  阿久津 達也

  情報処理学会研究報告アルゴリズム（AL）, 1993年10月01日

  
• 複数の点集合の最大共通部分集合の近似可能性について

  阿久津 達也

  情報処理学会研究報告アルゴリズム（AL）, 1993年05月28日

  
• グラフの各辺両端点の小さい方の次数和に関する上限の初等的証明と幾何学問題への応用

  阿久津 達也; 青木 保一; 長谷川 進; 今井 浩; 徳山 豪

  情報処理学会研究報告アルゴリズム（AL）, 1991年07月22日

  
• κ個のミスマッチを許した点集合マッチング・アルゴリズム

  阿久津 達也

  電子情報通信学会技術研究報告. COMP, コンピュテーション, 2004年04月15日

  
• 代謝および遺伝子ネットワーク解析のための情報技術

  阿久津 達也

  システム/制御/情報 : システム制御情報学会誌 = Systems, control and information, 2004年03月15日

  
• パス頻度の上下限制約を満たす木状化合物の二段階列挙法

  鈴木 政喜; 永持 仁; 阿久津 達也

  研究報告バイオ情報学（BIO）, 2012年03月21日

  
• Prediction of protein residue contacts using discriminative random field

  Mayumi Kamada; Morihiro Hayashida; Jiangning Song; Tatsuya Akutsu

  研究報告バイオ情報学（BIO）, 2011年11月24日

  
• Prediction of protein residue contacts using discriminative random field

  Mayumi Kamada; Morihiro Hayashida; Jiangning Song; Tatsuya Akutsu

  研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）, 2011年11月24日

  
• Integer Programming and Dynamic Programming-based Methods of Optimizing Control Policy in Probabilistic Boolean Networks with Hard Constraints (バイオ情報学(BIO) Vol.2011-BIO-24)

  Xi Chen; Tatsuya Akutsu; Takeyuki Tamura; Wai-KiChing

  研究報告バイオ情報学（BIO）, 2011年03月03日

  
• タンパク質間相互作用強度予測の高速化と困難性

  林田 守広; 上田 展久; 阿久津 達也

  電子情報通信学会論文誌. A, 基礎・境界, 2005年01月01日

  
• TD-1-3 バイオインフォマティクスにおける知識発見

  阿久津 達也

  電子情報通信学会ソサイエティ大会講演論文集, 2001年08月29日

  
• A Minimum Path Decomposition of the Hasse Diagram for Testing the Consistency of Functional Dependencies

  Takasu Atsuhiro; Akutsu Tatsuya

  IEICE transactions on information and systems, 1993年02月25日

  
• 遺伝子ネットワーク解明のためのアルゴリズム

  阿久津 達也

  電子情報通信学会ソサイエティ大会講演論文集, 1998年09月07日

  
• 構造トポロジーと複雑ネットワーク特徴量からのタンパク質フォールディング速度予測

  宋 江寧; 竹本 和広; 沈 紅斌; 檀 浩; マイケル・グロミハ; 阿久津 達也

  研究報告バイオ情報学（BIO）, 2010年06月11日

  
• A Quadsection Algorithm for Grammar-Based Image Compression (数理モデル化と問題解決(MPS) Vol.2010-MPS-78)

  HAYASHIDA MORIHIRO; RUAN PEIYING; AKUTSU TATSUYA

  情報処理学会研究報告, 2010年06月

  
• A Quadsection Algorithm for Grammar-Based Image Compression

  Morihiro Hayashida; Peiying Ruan; Tatsuya Akutsu

  研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）, 2010年05月14日

  
• Prediction of RNA Secondary Structures with Binding Sites Using Dynamic Programming Algorithm (バイオ情報学(BIO) Vol.2009-BIO-17)

  Unyanee Poolsap; Yuki Kato; Tatsuya Akutsu

  研究報告バイオ情報学（BIO）, 2009年05月18日

  
• A_007 Approximation Algorithms for Optimal RNA Secondary Structures Common to Multiple Sequences

  Tamura Takeyuki; Akutsu Tatsuya

  情報科学技術フォーラム一般講演論文集, 2006年08月21日

  
• Dynamic Programming and Clique Based Approaches for Protein Threading with Profiles and Constraints

  AKUTSU Tatsuya; HAYASHIDA Morihiro; BAHADUR K. C. Dukka; TOMITA Etsuji; SUZUKI Jun'ichi; HORIMOTO Katsuhisa

  IEICE transactions on fundamentals of electronics, communications and computer sciences, 2006年05月01日

  
• Detection and Enumeration of Steady States in Biological Information Networks (Acceleration and Visualization of Computation for Enumeration Problems)

  阿久津 達也

  数理解析研究所講究録, 2009年04月

  このMISCにアクセスする：

  
• Efficient Computation of Impact Degrees for Multiple Reactions in Metabolic Networks with Cycles (バイオ情報学(BIO) Vol.2009-BIO-18)

  CONG YANG; TAMURA TAKEYUKI; AKUTSU TATSUYA

  情報処理学会研究報告, 2009年10月

  
• バイオインフォマティクス

  阿久津達也

  情報の科学と技術, 2021年06月, 招待有り, 筆頭著者, 最終著者, 責任著者

  
• シングルセルデータを用いた共発現遺伝子ネットワークと排他的発現遺伝子の推定手法

  仲嶋なつ; 阿久津達也; 中戸隆一郎

  細胞, 2020年11月, 招待有り

  
• Analysis of Boolean Networks and Boolean Models of Metabolic Networks

  Tatsuya Akutsu

  Application of Omics, AI and Blockchain in Bioinformatics Research (Book Chapter), 2019年11月, 招待有り, 筆頭著者, 最終著者, 責任著者

  
• On the minimum number of genes required for discriminating steady states under a Boolean model

  Cheng Xiaoqing; Tamura Takeyuki; Ching Wai-Ki; Akutsu Tatsuya

  情報処理学会第51回バイオ情報学研究会, 2017年09月

  
• A short review of methods for Caspase cleavage site prediction.

  情報処理学会第51回バイオ情報学研究会, 2017年09月

  
• 最小支配集合に基づく有向生体ネットワーク解析のための高速アルゴリズム

  石塚雅之; 阿久津達也; ナチェルホセ

  情報処理学会バイオ情報学研究会, 2017年06月

  
• 数理と人工知能技術によるゲノム情報と化学情報の解析

  阿久津達也

  海洋化学研究, 2016年11月12日

  
• Exact Identification of the Structure of a Probabilistic Boolean Network from Samples

  Xiaoqing Cheng; Tomoya Mori; Yushan Qiu; Wai-Ki Ching; Tatsuya Akutsu

  IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2016年11月

  このMISCにアクセスする：

  
• Enumerating Naphthalene Isomers of Tree-like Chemical Graphs.

  Fei He; Akiyoshi Hanai; 永持 仁; Tatsuya Akutsu

  BIOINFORMATICS, 2016年02月, 査読有り

  
• 文字列データの統計的クラスタリングのためのLaplace様混合モデルとEMアルゴリズムの理論

  小谷野仁; 林田守広; 阿久津達也

  日本応用数理学会年会講演予稿集(CD-ROM), 2015年09月02日

  
• 根付き順序木の圧縮における分割型文法とオイラー文字列との比較

  劉立偉; 森智弥; 趙楊; 林田守広; 阿久津達也

  電子情報通信学会技術研究報告, 2015年06月16日

  
• 文字列の集合上のLaplace様混合モデルとEMアルゴリズムに基づく文字列クラスタリング

  小谷野仁; 林田守広; 阿久津達也

  電子情報通信学会技術研究報告, 2015年06月16日

  
• Network Completion for Static Gene Expression Data

  Natsu Nakajima; Tatsuya Akutsu

  研究報告バイオ情報学（BIO）, 2015年03月13日

  
• タンパク質ドメイン構成に基づくプロテオーム圧縮

  林田守広; 阮佩穎; 阿久津達也

  研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）, 2014年09月18日

  
• A-008 On Observability of Steady States in a Boolean Network

  Akutsu Tatsuya; Tamura Takeyuki

  情報科学技術フォーラム講演論文集, 2014年08月19日

  
• Prediction of Heterotrimeric Protein Complexes by Two-phase Learning Using Neighboring Kernels (情報論的学習理論と機械学習)

  RUAN PEIYING; HAYASHIDA MORIHIRO; MARUYAMA OSAMU; AKUTSU TATSUYA

  電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報, 2014年06月25日

  
• 文字列の距離空間上の最大マージン識別器とそのタンパク質科学への応用 (情報論的学習理論と機械学習)

  小谷野 仁; 林田 守広; 阿久津 達也

  電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報, 2014年06月25日

  
• Grammar-based Compression for Multiple Trees Using Integer Programming

  ZHAO YANG; HAYASHIDA MORIHIRO; CAO YUE; HWANG JAEWOOK; AKUTSU TATSUYA

  電子情報通信学会技術研究報告. IBISML, 情報論的学習理論と機械学習, 2014年06月18日

  
• Prediction of Heterotrimeric Protein Complexes by Two-phase Learning Using Neighboring Kernels

  Peiying Ruan; Morihiro Hayashida; Osamu Maruyama; Tatsuya Akutsu

  研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）, 2014年06月18日

  
• Prediction of Heterotrimeric Protein Complexes by Two-phase Learning Using Neighboring Kernels

  Peiying Ruan; Morihiro Hayashida; Osamu Maruyama; Tatsuya Akutsu

  研究報告バイオ情報学（BIO）, 2014年06月18日

  
• Grammar-based Compression for Multiple Trees Using Integer Programming

  Yang Zhao; Morihiro Hayashida; Yue Cao; Jaewook Hwang; Tatsuya Akutsu

  研究報告バイオ情報学（BIO）, 2014年06月18日

  
• 文字列の距離空間上の最大マージン識別器とそのタンパク質科学への応用

  小谷野 仁; 林田 守広; 阿久津 達也

  研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）, 2014年06月18日

  
• Parallelization of Enumerating Tree-like Chemical Compounds by Breadth-first Search Order

  Morihiro Hayashida; Jira Jindalertudomdee; Yang Zhao; Tatsuya Akutsu

  研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）, 2014年02月24日

  
• Algorithms for Finding a Largest Common Subtree of Bounded Degree

  Tatsuya Akutsu; Takeyuki Tamura; AvrahamA.Melkman; Atsuhiro Takasu

  研究報告アルゴリズム（AL）, 2014年01月23日

  
• Breadth-first Search Approach to Enumeration of Tree-like Chemical Compounds

  Yang Zhao; Morihiro Hayashida; Jira Jindalertudomdee; Hiroshi Nagamochi; Tatsuya Akutsu

  研究報告バイオ情報学（BIO）, 2013年12月04日

  
• Prediction of Heterodimeric Protein Complexes from Weighted Protein-Protein Interaction Networks Using Novel Features and Kernel Functions

  Peiying Ruan; Morihiro Hayashida; Osamu Maruyama; Tatsuya Akutsu

  研究報告バイオ情報学（BIO）, 2013年12月04日

  
• Breadth-first Search Approach to Enumeration of Tree-like Chemical Compounds

  Yang Zhao; Morihiro Hayashida; Jira Jindalertudomdee; Hiroshi Nagamochi; Tatsuya Akutsu

  研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）, 2013年12月04日

  
• A Dominating Set Approach to Structural Controllability of Unidirectional Bipartite Networks

  JoseC.Nacher; Tatsuya Akutsu

  研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）, 2013年09月19日

  
• Survival Analysis by Penalized Regression and Matrix Factorization

  Yeuntyng Lai; Morihiro Hayashida; Tatsuya Akutsu

  研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）, 2013年09月19日

  
• Inferring Strengths of Protein-Protein Interactions Using Support Vector Regression

  Yusuke Sakuma; Mayumi Kamada; Morihiro Hayashida; Tatsuya Akutsu

  研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）, 2013年07月15日

  
• Comparison and enumeration of chemical graphs

  Tatsuya Akutsu; Hiroshi Nagamochi

  Computational and Structural Biotechnology Journal, 2013年

  このMISCにアクセスする：

  
• BI-7-5 遺伝子ネットワークと代謝ネットワークの離散数理モデルとその制御(BI-7.情報ネットワーク科学が目指すもの,依頼シンポジウム,ソサイエティ企画)

  阿久津 達也

  電子情報通信学会総合大会講演論文集, 2012年03月06日

  
• Integer programming-based method for grammar-based compression of ordered and unordered trees (特集 「脳科学と知識処理」および一般)

  趙 楊; 林田 守広; 阿久津 達也

  人工知能基本問題研究会, 2010年07月31日

  
• 高さ制約付き無順序木の高速類似検索アルゴリズムについて

  深川大路; 阿久津達也; 高須淳宏; 安達淳

  情報処理学会全国大会講演論文集, 2010年03月08日

  
• 2K-1 高さ制約付き無順序木の高速類似検索アルゴリズムについて(情報爆発時代におけるアルゴリズム高率化,一般セッション,「情報爆発」時代に向けた新IT基盤技術,情報処理学会創立50周年記念(第72回)全国大会)

  深川 大路; 阿久津 達也; 高須 淳宏; 安達 淳

  全国大会講演論文集, 2010年03月08日

  
• 高さの制限された無順序木の編集距離問題に対する近似アルゴリズム

  阿久津達也; 深川大路; 高須淳宏

  電子情報通信学会技術研究報告. COMP, コンピュテーション, 2009年06月22日

  
• Statistical learning algorithm for tree similarity (特集「知識発見の諸科学への応用」および一般)

  高須 淳宏; 深川 大路; 阿久津 達也

  人工知能基本問題研究会, 2008年09月17日

  
• 確率モデルに基づく木の類似度のパラメータ学習について

  深川大路; 高須淳宏; 阿久津達也

  情報処理学会全国大会講演論文集, 2008年03月13日

  
• 2J-3 確率モデルに基づく木の類似度のパラメータ学習について(情報爆発時代におけるマルチメディアデータと交通情報システム,一般セッション,「情報爆発」時代に向けた新しいIT基盤技術)

  深川 大路; 高須 淳宏; 阿久津 達也

  全国大会講演論文集, 2008年03月13日

  
• Recent progress on the analysis of power-law features in complex cellular networks

  J. C. Nacher; T. Akutsu

  Cell Biochemistry and Biophysics, 2007年09月

  
• タンパク質間相互作用強度の計算機による予測法 (タンパク質間相互作用)

  林田 守広; 阿久津 達也

  生体の科学, 2007年09月

  
• Enumerating tree-like chemical structures from feature vector

  H. Fujiwara; L. Zhao; Hiroshi Nagamochi; T. Akutsu; W. Jiexun

  2007 Korea-Japan Joint Workshop on Algorithms and Computation, pp. 48-55, 2007年, 査読有り

  
• グラフの極大成分を用いた生物ネットワークの解析

  林田 守広; 阿久津 達也; 永持仁

  情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO）, 2006年09月15日

  
• 木の編集距離の文字列の編集距離による近似

  阿久津 達也; 深川 大路; 高須 淳宏

  電子情報通信学会技術研究報告. COMP, コンピュテーション, 2006年05月17日

  
• タンパク質ドメインネットワークにおける混合スケールフリー次数分布

  JoseC.Nacher; 林田 守広; 阿久津 達也

  情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO）, 2006年02月10日

  
• 生物情報ネットワークの構造およびダイナミクス解析 (ゲノムから生命システムへ) -- (ゲノムから情報科学)

  阿久津 達也; 落合 友四郎; Nacher Jose C.

  蛋白質核酸酵素, 2005年12月

  
• パス頻度ベクトルからのグラフ推定問題の困難性について

  阿久津 達也; 深川 大路

  電子情報通信学会技術研究報告. COMP, コンピュテーション, 2005年04月11日

  
• 制約付きプロファイルアライメント

  阿久津 達也; 林田 守広; 富田 悦次; 鈴木 純一; 堀本 勝久

  電子情報通信学会技術研究報告. COMP, コンピュテーション, 2004年01月22日

  
• ブール関数推定のための貪欲アルゴリズムの性能解析

  深川 大路; 阿久津 達也

  電子情報通信学会技術研究報告. COMP, コンピュテーション, 2003年04月18日

  

講演・口頭発表等

• 機械学習と混合整数線形計画法に基づいた化合物推定

  原口 和也; 朱 見深; アザム ナビード アフマド; 趙 亮; 阿久津 達也

  スケジューリング・シンポジウム2024, 2024年09月17日

  
• 線形閾値関数に基づく自己符号化器における復号化器の頂点数について

  阿久津 達也; Melkman Avraham

  人工知能学会 第129回人工知能基本問題研究, 2024年09月05日

  
• 生成AIの進展と分子設計への応用

  阿久津 達也

  The First Workshop on Graph Learning and Applications, 2024年08月03日, 招待有り

  
• Analysis of Biological Networks Using Graph Theoretic Concepts

  Tatsuya Akutsu

  2024 16th International Conference on Bioinformatics and Biomedical Technology, 2024年05月25日, 招待有り

  
• On the Number of Nodes in Autoencoders with Linear Threshold Activation Functions and Random Forests

  Tatsuya Akutsu

  Prediction Science Seminar (RIKEN), 2024年02月02日, 招待有り

  
• ランダムフォレストとMILPを用いた化合物推定法

  武智将平; 朱見深; アザム ナビード アフマド; 原口和也; 趙亮; 阿久津達也

  2023年日本オペレーションズ・リサーチ学会秋季研究発表会, 2023年09月14日

  
• Graph Theoretic Approaches to Analysis of Biological Networks

  阿久津 達也

  2023 13th International Conference on Biomedical Engineering and Technology (ICBET 2023), 2023年06月16日, 招待有り

  
• On the Complexity of Tree Edit Distance with Variables

  阿久津 達也

  33rd International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC 2022), 2022年12月19日

  
• 生体ネットワークの推定と制御のための数理とアルゴリズム

  阿久津達也

  第11回生命医薬情報学連合大会, 2022年09月15日, 招待有り

  
• Network-based Approaches to Identification of Important Genes and Proteins

  Tatsuya Akutsu

  2022 10th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICBCB 2022), 2022年05月14日, 招待有り

  
• On the Compressive Power of Boolean Threshold Autoencoders

  Tatsuya Akutsu

  The 1st Online Conference on Algorithms, 2021年09月27日, 招待有り

  
• Control and Observation of Boolean Networks when Targets are Restricted to Attractors

  Tatsuya Akutsu

  Modeling and Control of Boolean Dynamical Systems (Workshop in European Control Conference 2021), 2021年06月29日, 招待有り

  
• Graph Theoretic Approaches to Analysis and Control of Biological Networks

  Tatsuya Akutsu

  2021 IEEE the 9th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2021年05月21日, 招待有り

  
• A New Integer Linear Programming Formulation to the Inverse QSAR/QSPR for Acyclic Chemical Compounds Using Skeleton Trees

  Fan Zhang; Jianshen Zhu; Rachaya Chiewvanichakorn; Aleksandar Shurbevski; Hiroshi Nagamochi; Tatsuya Akutsu

  33rd International Conference on Industrial, Engineering and Other Applications of Applied Intelligent Systems, 2020年09月24日

  
• A Novel Method for the Inverse QSAR/QSPR based on Artificial Neural Networks and Mixed Integer Linear Programming with Guaranteed Admissibility

  Naveed Ahmed AzamRachaya Chiewvanichakorn; Fan Zhang; Aleksandar Shurbevski; Hiroshi Nagamochi; Tatsuya Akutsu

  13th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies (BIOSTEC 2020), 2020年02月24日

  
• Breast cancer subtype by imbalanced omics data through a deep learning fusion model

  J. Zeng; H. Cai; T. Akutsu

  10th International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics (ICBBB 2020), 2020年01月21日

  
• Procleave: A Bioinformatic Approach for Protease-specific Substrate Cleavage Site Prediction by Combining Sequence and Structural Information

  Fuyi Li; Tatsuya Akutsu; Jian Li; Jiangning Song

  10h International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics (ICBBB2020), 2020年01月21日

  
• A method for the inverse QSAR/QSPR based on artificial neural networks and mixed integer linear programming

  R. ChiewvanichakornC. Wang; Z. Zhang; A. Shurbevski; H. Nagamochi; T. Akutsu

  10th International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics (ICBBB 2020), 2020年01月20日

  
• Boolean Network-Based Approaches towards Precisions Medicine

  阿久津 達也

  Workshop on Precision Network Medicine in the era of big data! (ICSB 2019), 2019年10月31日, 招待有り

  
• 生体ネットワーク制御の ための数理モデル

  阿久津 達也

  生命情報科学若手の会 第11回研究会, 2019年10月19日, 招待有り

  
• Boolean Network-based Approaches for Controlling Genetic Networks and Metabolic Networks

  Tatsuya Akutsu

  International Symposium on the Genetics of Industrial Microorganisms (GIM 2019), 2019年09月09日, 招待有り

  
• Python と Scikit-learn によるバイオインフォマティクスデータ解析

  阿久津 達也

  データサイエンススクール 2019 -京都大学データサイエンス教育公開ワークショップ-, 2019年08月02日, 招待有り

  
• Graph theoretic approaches to controllability of biological networks

  阿久津 達也

  Workshop on Bioinformatics and Data Analysis, 2019年06月15日, 招待有り

  
• A Method for Analyzing Single Cell Expression Data Based on PCA, Gaussian Mixture Model, and Kullback–Leibler Divergence

  阿久津 達也

  Japan-Germany International Workshop 2019-1 The Human Cell Type Authentication Initiative, 2019年05月15日, 招待有り

  
• 細胞種情報解析における数理モデル概説

  阿久津 達也

  第1回 幹細胞情報学イニシアチブ研究会, 2019年05月10日, 招待有り

  
• A mixed integer linear programming formulation to artificial neural networks

  阿久津 達也; 永持 仁

  2nd International Conference on Information Science and Systems, 2019年03月17日

  
• 確率ブーリアンネットワークの部分例の出現頻度からの同定可能性について

  阿久津 達也

  第109回人工知能基本問題研究会, 2019年03月14日

  
• バイオインフォマティクスにおけるデータサイエンス

  阿久津 達也

  Data Science Spring School 2019, 2019年02月27日

  
• Integration and Analysis of Heterogeneous Biological Data via Convolutional Neural Networks and Matrix Factorization

  阿久津 達也

  9th International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics, 2019年01月08日, 招待有り

  
• Algorithms for Analysis and Control of Boolean Networks

  阿久津 達也

  5th International Conference on Algorithms for Computational Biology, 2018年06月25日, 招待有り

  
• Minimum Dominating Set-based Approaches for Analyzing and Controlling Biological Networks

  阿久津 達也

  2016 Biotech and Pharmaceutical Service Platform - Biological Network Analysis Conference, 2016年11月04日

  
• Minimum Dominating Set-Based Approaches for Controlling and Analyzing Biological Networks

  阿久津 達也

  The 2016 (26th) Annual Meeting of the Japanese Society for Mathematical Biology, 2016年09月07日

  
• Minimum Dominating Set-Based Approaches for Controlling and Analyzing Biological Networks

  阿久津 達也

  Controlling Complex Network Systems in Biology (Workshop), 2016年09月05日

  
• Extensions and Applications of the Minimum Dominating Set-Based Approach to Controllability of Complex Networks

  阿久津 達也

  Controlling Complex Networks (Satellite Symposium of International School and Conference on Network Science), 2016年05月30日

  

書籍等出版物

• バイオインフォマティクスのための人工知能入門 : 基礎から行列・テンソル分解/深層学習まで

  阿久津, 達也

  朝倉書店, 2024年05月

  京大の蔵書を調べる：

  
• 複雑ネットワークと制御理論

  阿久津; 達也、ホセ・ナチェル, 共著

  森北出版, 2023年06月

  京大の蔵書を調べる：

  
• バイオインフォマティクス : Pythonによる実践レシピ

  阿久津, 達也; 竹本, 和広(共訳)

  朝倉書店, 2020年08月

  京大の蔵書を調べる：

  
• Algorithms for Analysis, Inference, and Control of Boolean Networks

  阿久津 達也, 単著, 216 pages

  World Scientific, 2018年04月, 査読無し

  
• Sequence alignment algorithms: Applications to glycans and trees and tree-like structures

  Akutsu T

  Handbook of Chemoinformatics Algorithms , , 363-381, 2010年, 査読無し

  
• バイオインフォマティクス ー配列データ解析と構造予測ー

  阿久津 達也

  朝倉書店, 2007年05月, 査読無し

  
• バイオインフォマティクスの数理とアルゴリズム

  丸山 修; 阿久津 達也, 共著

  共立出版, 2007年02月, 査読無し

  
• バイオインフォマティクス ―確率モデルによる遺伝子配列解析ー

  阿久津 達也; 浅井 潔; 矢田 哲士, 共訳

  2001年03月, 査読無し

  

受賞

• 2023年09月15日

  日本バイオインフォマティクス学会, 2022年度日本バイオインフォマティクス学会賞

  生体ネットワークの推定と制御に関する数理的・先駆的研究,, 日本国, 国内学会・会議・シンポジウム等の賞

  阿久津達也
• 2014年09月05日

  FIT（情報科学技術フォーラム）, FIT奨励賞
• 2014年10月26日

  InTech (Open Access Publisher),, Intech Award Diploma
• 2014年12月18日

  情報処理学会　バイオ情報学研究会, SIGBIO功労賞
• 2009年12月16日

  The 20th International Conference on Genome Informatics, 2009 Oxford Journals - JSBi Bioinformatics Prize (Best Poster Award)
• 2006年

  情報処理学会　数理モデル化と問題解決研究会, SIGMPS功労賞
• 2004年12月15日

  15th International Conference on Genome Informatics, 2004 Oxford University Press Bioinformatics Prize (Best Poster Award)
• 2016年06月03日

  情報処理学会, 情報処理学会フェロー
• 2020年09月25日

  The 33th International Conference on Industrial, Engineering & Other Applications of Applied Intelligent Systems, Best Theory Paper Award

外部資金：科学研究費補助金

• 離散原像問題の解析と応用

  基盤研究(A)

  中区分61:人間情報学およびその関連分野

  京都大学

  阿久津 達也

  自 2018年04月01日, 至 2023年03月31日, 完了

  逆問題;ニューラルネットワーク;整数計画法;ケモインフォマティクス;バイオインフォマティクス;グラフアルゴリズム;特徴ベクトル;生成AI

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18H04113/
• 汎がんモジュールとネットワーク解析による制御部分ネットワークの同定

  特別研究員奨励費

  京都大学

  阿久津 達也

  自 2017年11月10日, 至 2020年03月31日, 完了

  汎がんモジュール;タンパク質相互作用ネットワーク;遺伝子発現量;遺伝子変異;遺伝子進化;深層学習;ブーリアンネットワーク

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17F17353/
• データ融合によるタンパク質切断解析および疾患との関連性発見

  特別研究員奨励費

  京都大学

  阿久津 達也

  自 2015年11月09日, 至 2017年03月31日, 完了

  caspase;protease;data fution;bioinformatics;Protein cleavage;Data fusion;Machine learning,

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15F15788/
• 複雑ネットワークに対する構造的に頑健な制御手法

  挑戦的萌芽研究

  京都大学

  阿久津 達也

  自 2014年04月01日, 至 2018年03月31日, 完了

  複雑ネットワーク;スケールフリーネットワーク;ブーリアンネットワーク;遺伝子ネットワーク;最小支配集合;構造的可制御性;ロバストネス

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26540125/
• 離散的手法と統計的手法の融合による構造設計法

  基盤研究(A)

  京都大学

  阿久津 達也

  自 2014年04月01日, 至 2019年03月31日, 完了

  ケモインフォマティクス;構造列挙;グラフアルゴリズム;カーネル法;生物情報ネットワーク;化学構造;特徴ベクトル;ヶモインフォマティクス;グラフ列挙

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26240034/
• 複雑生体ネットワークの離散モデルに基づく制御

  挑戦的萌芽研究

  京都大学

  阿久津 達也

  自 2010年04月01日, 至 2013年03月31日, 完了

  複雑生体ネットワーク;ブーリアンネットワーク;スケールフリーネットワーク;遺伝子ネットワーク;代謝ネットワーク;制御理論;構造的可制御性;代謝流束解析;線形離散時間システム;確率ブーリアンネットワーク;制御;アトラクター;NP完全;Canalyzing関数

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22650045/
• 離散的手法とカーネル法の融合による構造設計法

  基盤研究(A)

  京都大学

  阿久津 達也

  自 2010年04月01日, 至 2015年03月31日, 完了

  特徴ベクトル;カーネル法;化学構造;グラフ理論;立体異性体;構造列挙;木構造;異性体;ベンゼン環;構造比較;外平面的グラフ

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22240009/
• 複雑生体構造のデータ圧縮を通じた発生原理の解明

  挑戦的萌芽研究

  京都大学

  阿久津 達也

  自 2007年04月01日, 至 2010年03月31日, 完了

  L-system;グラフ文法;文法圧縮;複雑系;代謝ネットワーク;木構造;文脈自由文法;発生;オイラー文字列;文字列圧縮;生体構造;データ圧縮;編集距離;無順序木;グラフ構造;Eulerツアー;画像圧縮;タンパク質立体構造

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19650053/
• グラフ理論とカーネル法の融合による化学構造設計法

  基盤研究(A)

  京都大学

  阿久津 達也

  自 2007年04月01日, 至 2010年03月31日, 完了

  カーネル法;グラフアルゴリズム;特徴ベクトル;サポートベクターマシン;列挙アルゴリズム;動的計画法;ケモインフォマティクス;グラフ理論;RNA二次構造;タンパク質立体構造;化学構造;立体異性体;木構造;外平面的グラフ;構造活性相関;光学異性体;外平面グラフ

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19200022/
• 生物情報ネットワークの構造および動的挙動の数理解析

  特定領域研究

  生物系

  京都大学

  阿久津 達也

  自 2005年04月01日, 至 2010年03月31日, 完了

  遺伝子ネットワーク;代謝ネットワーク;タンパク質相互作用;スケールフリーネットワーク;タンパク質ドメイン;遺伝子発現;大規模進化動力学モデル;生物情報ネットワーク;スケールフリー;進化動力学モデル;緑膿菌;ブーリアンネットワーク;形態形成;神経細胞;遺伝子発現データ;オペロン;ネットワーク定常状態;概日リズム;バイオインフォマティクス;システム生物学;べき乗則;遺伝子間相互作用

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17017019/
• 構造を持つ生物情報データからの共通パターン抽出法

  基盤研究(B)

  京都大学

  阿久津 達也

  自 2004年04月01日, 至 2007年03月31日, 完了

  配列アラインメント;三角不等式;編集距離;オイラー文字列;カーネル法;サポートベクタマシン;化学構造;細胞内局在部位予測;特徴ベクトル;木構造;平面的グラフ;クラスタリング;タンパク質配列;生物情報ネットワーク;グラフカーネル;アルゴリズム;タンパク質細胞内局在部位予測;サポートベクターマシン;パターンマッチング;モチーフ抽出;国際情報交換;フランス;位置特異的スコア行列;最大共通部分点集合;糖鎖, sequence alignment;triangle inequality;edit distance;Euler string;kernel method;support vector machine;chemical structure;subcellular location prediction

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16300092/
• プロテオーム解析データからの知識発見に関する情報科学的基礎付け

  基盤研究(B)

  東京大学

  宮野 悟

  自 2003年04月01日, 至 2006年03月31日, 完了

  タンパク質ネットワーク;遺伝子ネットワーク;タンパク質相互作用情報;タンパク質-RNA相互作用予測;パスウェイモデリング;シミュレーション;タンパク質相互作用;マイクロアレイ解析;パスウェイシミュレーション, protein network;gene network;protein-protein interaction;protein-RNA interaction prediction;pathway modeling;simulation

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15300099/
• バイオインフォマティクスのための共通パターン抽出アルゴリズムの研究

  基盤研究(C)

  京都大学

  阿久津 達也

  自 2001年04月01日, 至 2004年03月31日, 完了

  バイオインフォマティクス;パターンマッチング;配列モチーフ;アルゴリズム;カーネル法;位置依存スコア行列;局所アライメント;サポートベクタマシン;ローカルアライメント;ホモロジー検索;点集合;合同性判定;最大共通部分点集合;近似マッチング;モチーフ抽出;最大クリーク;電気泳動;スポットマッチング;構造アライメント;GIBBSサンプリング;相対エントロピー;ローカルサーチ, Bioinformatics;Pattern matching;Sequence motif;Algorithms;Kernel method;Position specific score matrix;Local alignment

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13680394/
• cDNAマイクロアレイデータからの知識発見に関する情報科学的基礎付け

  基盤研究(B)

  東京大学

  宮野 悟

  自 2000年04月01日, 至 2003年03月31日, 完了

  遺伝子ネットワーク;知識発見;質的ネットワーク;ブーリンアンネットワーク;マイクロアレイ;ハイブリッドペトリネット;システムバイオロジー;学習;ブーリアンネットワーク, Gene network;Knowledge discovery;Qualitative network;Boolean network;Microarray;Hybrid Petri net;Systems biology;Computational learning

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12480080/
• 高度データベースの構築と検索

  特定領域研究

  生物系

  京都大学

  五斗 進

  自 2000年04月01日, 至 2005年03月31日, 完了

  データベース;バイオインフォマティクス;オントロジー;アルゴリズム;分子間相互作用;反応ネットワーク;グリッド;ネットワークトポロジー;化合物構造比較;糖鎖構造データベース;グラフトポロジー;統合データベース;タンパク質立体構造予測;文献からの知識抽出;タンパク質間相互作用予測;グリッドコンピューティング;分子生物学データベース;酵素反応;グラフ比較;相関クラスタ;経路探索;アミノ酸配列類似度データ;リンク情報;相関ルール発見手法;ゲノムデータベース;知識抽出;マイクロアレイ発現データ, Database;Bioinformatics;Ontology;Algorithm;Molecular interaction;Reaction network;GRID;Network topology

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12208007/
• ゲノム統合データベースからの知識発見

  特定領域研究

  生物系

  東京大学

  森下 真一

  自 2000年04月01日, 至 2005年03月31日, 完了

  バイオインフォマティクス;ゲノム解読;siRNA;転写開始点;比較ゲノム;表現型;フェノーム;顕微鏡画像解析;遺伝子予測;ゲノムアノテーション;RNAi;遺伝子発現量解析;ゲノム配列解読;ゲノム解析ソフトウエア;DNAチップ;オリゴマ設計;ゲノム情報;アルゴリズム;データマイニング;ヒトゲノム;アラインメント;アミノ酸モチーフ;データベース;ゲノム, Bioinformatics;Genome Sequencing;siRNA;Transcription Start Site Analysis;Comparative Genomics;Phenome;Image Processing of Micrographs

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12208003/
• 非線形の歪みに対応可能な幾何図形のマッチング・アルゴリズム

  奨励研究(A)

  東京大学

  阿久津 達也

  自 1998年04月01日, 至 2000年03月31日, 完了

  計算幾何学;パターンマッチング;幾何マッチング;アルゴリズム;電気泳動;DNAマイクロアレイ

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-10780171/
• 二分決定グラフを知識表現に用いたデータマイニングシステムの開発

  基盤研究(B)

  東京大学

  宮野 悟

  自 1997年04月01日, 至 2000年03月31日, 完了

  二分決定グラフ;学習;知識発見;パターンマッチングアルゴリズム;データマイニング;計算量;情報量;ゲノム;データマインイング;ゲノム情報, binary decision diagram;learning;knowledge discovery;pattern matching algorithm;data mining;computational complexity;entropy;genome

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-09558032/
• ゲノムの生物知識情報

  特定領域研究(A)

  京都大学

  金久 實

  自 1996年04月01日, 至 2001年03月31日, 完了

  ゲノム解析;遺伝子機能予測;タンパク質立体構造予測;データベース;ネットワーク;分子間相互作用;パスウェイ;遺伝子疾患;配列解析, Genome analysis;Gene function prediction;Protein structure prediction;Database;Network;Molecular interactions;Pathway;Genetic diseases

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-08283103/
• 並列及び分散計算とその応用

  国際学術研究

  群馬大学

  五十嵐 善英

  自 1995年04月01日, 至 1997年03月31日, 完了

  並列;分散;アルゴリズム;計算機;半導体;デバイス;通信;同期;並列・分散処理;並列オペレーティングシステム;並列・分散アルゴリズム;耐故障性;VLSIレイアウト;AND-EXOR論理式;遺伝情報解析;デバイスシミュレーション, parallel;distribution;algorithm;computer;semi-conductor;device;communication;synchronization;fault-tolerant

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-07045019/
• 離散原像問題の深化と展開

  基盤研究(A)

  中区分61:人間情報学およびその関連分野

  京都大学

  阿久津 達也

  自 2022年04月01日, 至 2027年03月31日, 交付

  離散原像問題;ニューラルネットワーク;整数計画法;ケモインフォマティクス;バイオインフォマティクス;逆問題;深層学習;自己符号化器

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22H00532/
• 複数生体ネットワークの定常状態の解析と制御

  挑戦的研究(萌芽)

  中区分62:応用情報学およびその関連分野

  京都大学

  阿久津 達也

  自 2022年06月30日, 至 2025年03月31日, 交付

  生体ネットワーク;定常状態制御;多層ネットワーク;遺伝子ネットワーク;ブーリアンネットワーク;編集距離

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K19830/
• 一細胞遺伝子発現データを用いた細胞個別化制御手法

  特別研究員奨励費

  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連

  京都大学

  阿久津 達也

  自 2023年11月15日, 至 2026年03月31日, 交付

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23KF0243/

教育

担当科目

• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  生命情報学

  9119, 前期, 工学部, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  生命情報学特論

  3179, 後期, 情報学研究科, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  生命情報学基礎論

  3159, 前期, 情報学研究科, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  生命情報学

  9119, 前期, 工学部, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  生命情報学特論

  3179, 後期, 情報学研究科, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  生命情報学基礎論

  3159, 前期, 情報学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  知能情報学セミナー III

  3194, 後期, 情報学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  知能情報学セミナー I

  3190, 前期, 情報学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  知能情報学セミナー IV

  3196, 後期, 情報学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生命情報学基礎論

  3159, 前期, 情報学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  Seminar on IST III

  3195, 後期, 情報学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  Seminar on IST I

  3191, 前期, 情報学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  Seminar on IST IV

  3197, 後期, 情報学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  Seminar on IST II

  3193, 前期, 情報学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  知能情報学セミナー II

  3192, 前期, 情報学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生命情報学特論

  3179, 後期, 情報学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生命情報学

  9119, 前期, 工学部, 2
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  Advanced Study in IST I

  通年, 情報学研究科
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  Advanced Study in IST II

  通年, 情報学研究科
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  知能情報学特殊研究１

  通年, 情報学研究科
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  知能情報学特殊研究２

  通年, 情報学研究科
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  生命情報学

  後期, 工学部
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  知能情報学特別セミナー

  通年, 情報学研究科
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  生命情報学特別セミナー

  後期, 情報学研究科
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  システム生物情報学

  後期, 全学共通科目
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  生命情報学入門

  前期, 全学共通科目
• 自 2011年04月, 至 2012年03月

  生命情報学基礎論

  前期, 情報学研究科
• 自 2012年04月, 至 2013年03月

  生命情報学

  後期, 全学共通科目
• 自 2012年04月, 至 2013年03月

  生命情報学

  後期, 工学部
• 自 2012年04月, 至 2013年03月

  生命情報学基礎論

  前期, 情報学研究科
• 自 2012年04月, 至 2013年03月

  生命情報学特別セミナー

  後期, 情報学研究科
• 自 2012年04月, 至 2013年03月

  知能情報学特別セミナー

  通年, 情報学研究科
• 自 2012年04月, 至 2013年03月

  知能情報学特殊研究２

  通年, 情報学研究科
• 自 2012年04月, 至 2013年03月

  知能情報学特殊研究１

  通年, 情報学研究科
• 自 2013年04月, 至 2014年03月

  生命情報学

  後期, 工学部
• 自 2013年04月, 至 2014年03月

  知能情報学特殊研究１

  通年, 情報学研究科
• 自 2013年04月, 至 2014年03月

  知能情報学特殊研究１

  前期集中, 情報学研究科
• 自 2013年04月, 至 2014年03月

  知能情報学特殊研究２

  通年, 情報学研究科
• 自 2013年04月, 至 2014年03月

  生命情報学基礎論

  前期, 情報学研究科
• 自 2013年04月, 至 2014年03月

  知能情報学特別セミナー

  通年, 情報学研究科
• 自 2013年04月, 至 2014年03月

  生命情報学特別セミナー

  後期, 情報学研究科
• 自 2013年04月, 至 2014年03月

  生命情報学

  後期, 全学共通科目
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  生命情報学

  後期, 工学部
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  知能情報学特殊研究 I

  通年, 情報学研究科
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  知能情報学特殊研究１

  通年, 情報学研究科
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  知能情報学特殊研究２

  通年, 情報学研究科
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  生命情報学基礎論

  前期, 情報学研究科
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  知能情報学特別セミナー

  通年, 情報学研究科
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  生命情報学特別セミナー

  後期, 情報学研究科
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  生命情報学

  後期, 全学共通科目
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  Advanced Study in IST I

  通年, 情報学研究科
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  Advanced Study in IST II

  通年, 情報学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  Advanced Study in IST I

  通年, 情報学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  Advanced Study in IST II

  通年, 情報学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  生命情報学

  後期, 工学部
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  生命情報学基礎論

  前期, 情報学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  生命情報学特別セミナー

  後期, 情報学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  知能情報学特別セミナー

  通年, 情報学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  知能情報学特殊研究２

  前期集中, 情報学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  知能情報学特殊研究２

  通年, 情報学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  知能情報学特殊研究１

  通年, 情報学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  知能情報学特殊研究 I

  通年, 情報学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  計算科学が拓く世界

  後期, 全学共通科目
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  Advanced Study in IST I

  通年, 情報学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  Advanced Study in IST II

  通年, 情報学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  生命情報学

  後期, 工学部
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  生命情報学基礎論

  前期, 情報学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  生命情報学特別セミナー

  後期, 情報学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  生命情報学特論

  後期, 情報学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  知能情報学特別セミナー

  通年, 情報学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  知能情報学特殊研究２

  通年, 情報学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  知能情報学特殊研究１

  通年, 情報学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  知能情報学特殊研究 I

  通年, 情報学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  計算科学が拓く世界

  後期, 全学共通科目
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  Advanced Study in IST I

  通年, 情報学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  Advanced Study in IST II

  通年, 情報学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  生命情報学

  後期, 工学部
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  生命情報学基礎論

  前期, 情報学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  生命情報学特別セミナー

  後期, 情報学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  生命情報学特論

  後期, 情報学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  知能情報学特別セミナー

  通年, 情報学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  知能情報学特殊研究２

  通年, 情報学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  知能情報学特殊研究１

  通年, 情報学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  計算科学が拓く世界

  前期, 全学共通科目
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  生命情報学

  前期, 工学部
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  生命情報学基礎論

  前期, 情報学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  生命情報学特論

  後期, 情報学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  生命情報学

  前期, 工学部
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  生命情報学基礎論

  前期, 情報学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  生命情報学特論

  後期, 情報学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  生命情報学

  前期, 工学部
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  生命情報学基礎論

  前期, 情報学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  生命情報学特論

  後期, 情報学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  Seminar on IST III

  後期, 情報学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  Seminar on IST II

  前期, 情報学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  Seminar on IST I

  前期, 情報学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  Seminar on IST IV

  後期, 情報学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生命情報学

  前期, 工学部
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生命情報学基礎論

  前期, 情報学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生命情報学特論

  後期, 情報学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  知能情報学セミナー III

  後期, 情報学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  知能情報学セミナー II

  前期, 情報学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  知能情報学セミナー I

  前期, 情報学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  知能情報学セミナー IV

  後期, 情報学研究科

博士学位審査

• Learning Discriminative Neural Representations for Visual Recognition（画像認識のための識別性の高いニューラル表現の学習）

  蔡　溯東, 情報学研究科, 副査

  2024年03月25日
• Learning Discriminative Neural Representations for Visual Recognition（画像認識のための識別性の高いニューラル表現の学習）

  蔡　溯東, 情報学研究科, 副査

  2024年03月25日
• Novel Methods for Chemical Compound Inference Based on Machine Learning and Mixed Integer Linear Programming（機械学習と混合整数線形計画法に基づく新しい化合物推定手法）

  朱　見深, 情報学研究科, 副査

  2023年09月25日
• Treatment Effect Estimation from Small Observational Data（小規模観察データからの介入効果推定）

  原田　将之介, 情報学研究科, 副査

  2023年03月23日
• Analysis of Biological Networks by Graph Theory-based Methods（生物情報ネットワークのグラフ理論に基づく解析法）

  李　瑞明, 情報学研究科, 主査

  2023年03月23日
• Algorithms for Stable Matching Problems toward Real-World Applications （現実世界での応用に向けた安定マッチング問題のアルゴリズム）

  濱田　浩気, 情報学研究科, 副査

  2022年03月23日
• Predicting with Structured Data: Graphs, Ranks, and Time Series （構造化データに対する予測手法：グラフ，順序，時系列）

  段　九鼎, 情報学研究科, 副査

  2021年07月26日
• Design of Computational Models for Analyzing Graph-Structured Biological Data （グラフ構造をもつ生物情報データに対する計算モデルのデザイン）

  王　菲琪, 情報学研究科, 主査

  2022年03月23日
• Extracting Rules from Trained Machine Learning Models with Applications in Bioinformatics （機械学習モデルからの知識抽出と生命情報学への応用）

  LIU PENGYU, 情報学研究科, 主査

  2021年05月24日

非常勤講師

• 自 2024年09月21日, 至 2025年03月31日

  バイオインフォマティクス特論、バイオインフォマティクス論

  期間中14回 1回　2時間, 関西大学
• 自 2024年04月01日, 至 2024年09月30日

  生命情報学

  前期15時間 , 京都大学, 工学部
• 自 2024年10月01日, 至 2025年03月31日

  情報理工学特別講義

  後期18時間 , 九州大学, 大学院システム情報科学府
• 自 2024年04月01日, 至 2024年06月30日

  生物情報ソフトウェア特論

  期間中12回 総時間数21時間, 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科
• 自 2023年09月21日, 至 2024年03月31日

  バイオインフォマティクス特論、バイオインフォマティクス論

  期間中14回、1回　2時間, 関西大学
• 自 2023年04月01日, 至 2023年09月30日

  生命情報学

  前期15時間, 京都大学, 工学部
• 自 2023年10月01日, 至 2024年03月31日

  情報理工学特別講義

  後期18時間, 九州大学, 大学院システム情報科学府
• 自 2022年04月01日, 至 2022年09月30日

  生命情報学

  前期15時間, 工学部
• 自 2022年04月01日, 至 2022年06月30日

  生物情報ソフトウェア特論

  期間中12回、総時間数21時間, 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科
• 自 2022年09月21日, 至 2023年03月31日

  バイオインフォマティクス特論、バイオインフォマティクス論

  期間中14回、1回　2時間, 関西大学
• 自 2022年10月01日, 至 2023年03月31日

  情報理工学特別講義

  期間中1回（3日間）、総時間数18時間, 九州大学, 大学院システム情報科学府

大学運営

全学運営(役職等)

• 自 2013年04月01日, 至 2015年03月31日

  化学研究所附属バイオインフォマティクスセンター長
• 自 2014年10月01日, 至 2018年03月31日

  大学評価委員会点検・評価実行委員会 委員
• 自 2017年04月01日, 至 2019年03月31日

  化学研究所附属バイオインフォマティクスセンター長

部局運営(役職等)

• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  化学研究所ゲノムネット推進室運営委員会委員
• 自 2024年04月01日, 至 2026年03月31日

  情報環境機構基盤システム運用委員会 委員
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  化学研究所情報セキュリティ委員会副委員長
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  化学研究所自己点検評価委員会委員
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  化学研究所自己点検評価委員会
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  化学研究所総務・教務委員会
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  化学研究所情報セキュリティ委員会
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  化学研究所ゲノムネット推進室運営委員会
• 自 2023年04月01日, 至 2025年03月31日

  情報環境整備委員会ソフトウェアライセンス専門委員会 委員
• 自 2023年04月01日, 至 2025年03月31日

  大学院生命科学研究科附属放射線生物研究センター運営委員会 委員
• 自 2022年04月01日, 至 2024年03月31日

  化学研究所ゲノムネット推進室運営委員会 委員
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  化学研究所情報セキュリティ委員会副委員長
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  化学研究所総務・教務委員会副委員長
• 自 2022年04月01日, 至 2024年03月31日

  情報環境機構基盤システム運用委員会委員
• 自 2006年04月01日, 至 2008年03月31日

  学術情報メディアセンター全国共同利用運営委員会 委員
• 自 2011年04月01日

  化学研究所ゲノムネット推進室運営委員会 委員
• 自 2013年04月01日, 至 2014年03月31日

  化学研究所運営委員会 委員
• 自 2013年04月01日, 至 2014年03月31日

  化学研究所建物管理委員会 委員
• 自 2013年04月01日, 至 2014年03月31日

  化学研究所自己点検評価委員会 委員
• 自 2013年04月01日, 至 2014年03月31日

  化学研究所情報システム技術委員会 委員長
• 自 2013年04月01日, 至 2014年03月31日

  化学研究所情報セキュリティ委員会 委員
• 自 2013年07月01日, 至 2015年06月30日

  研究用計算機専門委員会 委員
• 自 2014年04月01日, 至 2015年03月31日

  化学研究所運営委員会 委員
• 自 2014年04月01日, 至 2015年03月31日

  化学研究所建物管理委員会 委員
• 自 2014年04月01日, 至 2015年03月31日

  化学研究所自己点検評価委員会 委員
• 自 2014年04月01日, 至 2015年03月31日

  化学研究所情報システム技術委員会 委員
• 自 2014年04月01日, 至 2015年03月31日

  化学研究所情報セキュリティ委員会 委員長
• 自 2014年04月01日, 至 2016年03月31日

  学術情報メディアセンター全国共同利用運営委員会 委員
• 自 2015年04月01日, 至 2017年03月31日

  化学研究所ゲノムネット推進室運営委員会 委員
• 自 2015年04月01日, 至 2016年03月31日

  化学研究所建物管理委員会 委員
• 自 2015年04月01日, 至 2016年03月31日

  化学研究所情報システム技術委員会 委員長
• 自 2015年04月01日, 至 2016年03月31日

  化学研究所情報セキュリティ委員会 副委員長
• 自 2015年07月01日, 至 2018年03月31日

  研究用計算機専門委員会 委員
• 自 2016年04月01日, 至 2017年03月31日

  化学研究所講演委員会 委員長
• 自 2016年04月01日, 至 2017年03月31日

  化学研究所情報システム技術委員会 委員長
• 自 2016年04月01日, 至 2017年03月31日

  化学研究所情報セキュリティ委員会 副委員長
• 自 2016年04月01日, 至 2017年03月31日

  化学研究所設備運営委員会 委員
• 自 2017年04月01日, 至 2019年03月31日

  化学研究所ゲノムネット推進室運営委員会 委員
• 自 2017年04月01日, 至 2018年03月31日

  化学研究所運営委員会 委員
• 自 2017年04月01日, 至 2018年03月31日

  化学研究所建物管理委員会 委員
• 自 2017年04月01日, 至 2018年03月31日

  化学研究所自己点検評価委員会 委員
• 自 2017年04月01日, 至 2018年03月31日

  化学研究所情報システム技術委員会 委員長
• 自 2017年04月01日, 至 2018年03月31日

  化学研究所情報セキュリティ委員会 副委員長
• 自 2018年04月01日, 至 2019年03月31日

  化学研究所運営委員会 委員
• 自 2018年04月01日, 至 2019年03月31日

  化学研究所自己点検評価委員会 委員
• 自 2018年04月01日, 至 2019年03月31日

  化学研究所情報システム技術委員会 委員長
• 自 2018年04月01日, 至 2019年03月31日

  化学研究所情報セキュリティ委員会 副委員長
• 自 2019年04月01日, 至 2020年03月31日

  化学研究所自己点検評価委員会 委員
• 自 2019年04月01日, 至 2020年03月31日

  化学研究所将来問題・研究活性化委員会 委員
• 自 2019年04月01日, 至 2020年03月31日

  化学研究所情報システム技術委員会 委員長
• 自 2019年04月01日, 至 2020年03月31日

  化学研究所情報セキュリティ委員会 副委員長
• 自 2020年04月01日, 至 2022年03月31日

  化学研究所ゲノムネット推進室運営委員会委員
• 自 2020年04月01日, 至 2021年03月31日

  化学研究所情報システム技術委員会委員長
• 自 2020年04月01日, 至 2021年03月31日

  化学研究所情報セキュリティ委員会副委員長
• 自 2021年04月01日, 至 2022年03月31日

  化学研究所財務委員会委員
• 自 2021年04月01日, 至 2022年03月31日

  化学研究所情報セキュリティ委員会副委員長
• 自 2021年04月01日, 至 2022年03月31日

  化学研究所情報システム技術委員会委員長