基本情報

協力講座

• 医学研究科, 分子医学系（システムゲノム医学分野）, 教授

学位

• Ｐｈ．Ｄ．(Free University Berlin)

経歴

• 自 2018年12月, 至 現在

  IFOM癌研究所
• 自 2018年12月, 至 現在

  国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター
• 自 2016年08月, 至 2018年11月

  理化学研究所, イノベーション推進センター
• 自 2015年06月, 至 2018年11月

  理化学研究所, 予防医療・診断技術開発プログラム
• 自 2010年08月, 至 2015年05月

  マックスデルブリュック分子医学研究所, システム医科学部門
• 自 2008年04月, 至 2010年07月

  京都大学医学部付属病院

プロフィール

• プロフィール

  京都大学医学部を平成20年卒業。京都大学医学部付属病院にて研修医を行った後、ドイツ学術交流会奨学生として平成22年よりマックスデルブリュック分子医学研究所（ドイツベルリン）にてヒトゲノム研究に従事。平成26年ベルリン自由大学にてPhDを取得。平成27年より理化学研究所予防医療・診断技術開発プログラムマネージャー。平成28年より理化学研究所にて研究室を主宰し（平成28年イノベーション推進センターユニットリーダー、平成30年より生命医科学研究センターチームリーダー兼ミラノがん研究所IFOMのグループリーダー）。令和2年より京都大学高等研究院ヒト生物学高等研究拠点（ASHBi）教授。

使用言語

• 日本語
• 英語

ID,URL

• ORCID ID

  0000-0002-5415-1352

• J-Global ID

  202101005935224123

• 研究者番号

  50765469

• 外部リンク

  https://ashbi.kyoto-u.ac.jp/ja/groups/murakawa-g/

researchmap URL

• https://researchmap.jp/yasuhiro_murakawa

研究

研究テーマ・研究概要

• 研究テーマ

  ヒト医科学　ゲノミクス　システム生物学　バイオインフォマティクス　分子生物学

• 研究概要

  個人の遺伝情報が、ヒトの体の中でどのようにして働き、「生病老死」を司っているのかほとんどわかっていません。我々は、古典的生化学、分子生物学、システム生物学、情報科学、霊長類学、医学などを融合させて、私たちを人間たらしめているヒトゲノムの研究をしています。約31億塩基対からなるヒトゲノムの理解には、ヒトの体を構成しているそれぞれの細胞において、どのような刺激・転写因子で、どのゲノム領域から、どのくらいのRNA分子が読み出され、どのような転写後調節（スプライシング、安定性制御、翻訳など）を受けて、最終的にどのような機能を果たすのか？この一つ一つのプロセスを高精細に計測し、得られた膨大なデータを統合的に解析する必要があります。そのために、様々なバックグランドのメンバーが集まり、NET-CAGE法、シングルセル解析法、短鎖・長鎖シークエンス技術、人工知能、イメージングといった最先端技術を駆使しています。自分たちのオリジナルなゲノム解析技術を開発し、自分たちしか観ることのできないゲノム観を俯瞰することで、新しい科学的概念、そして新しい革新的医療を生み出します。

研究キーワード

• ヒトゲノム解析
• 医学
• ヒト生物学
• バイオインフォマティクス
• 次世代シークエンス解析
• エンハンサー
• 遺伝子発現制御
• シングルセル解析
• 進化遺伝学

研究分野

• ライフサイエンス, システムゲノム科学
• ライフサイエンス, ゲノム生物学
• ライフサイエンス, 分子生物学

論文

• 非ヒト霊長類におけるCD34陽性造血幹前駆細胞の分子的および機能的解析

  大嶋 慎一郎; シンハ・ラフール; バーガット・シュルティ; 竹内 一博; 築山 智之; 伊藤 亮治; 村川 泰裕; 山本 玲

  日本血液学会学術集会, 2023年10月

  
• Transcriptional enhancers in human neuronal differentiation provide clues to neuronal disorders.

  Masahito Yoshihara; Andrea Coschiera; Jörg A Bachmann; Mariangela Pucci; Haonan Li; Shruti Bhagat; Yasuhiro Murakawa; Jere Weltner; Eeva-Mari Jouhilahti; Peter Swoboda; Pelin Sahlén; Juha Kere

  EMBO reports, 2025年02月13日

  
• 急性白血病における新規RNA分子及び治療標的の同定

  和田 典也; 加藤 匠矢; シュルティー・バーガット; 平林 茂樹; 孫 楽; 小口 綾貴子; 竹内 一博; 関戸 翔; 平井 公也; チャン・ジーウェイ; 岩崎 惇; 諫田 淳也; 阪本 貴士; 白川 康太郎; 高折 晃史; 村川 泰裕

  日本血液学会学術集会, 2023年10月

  
• Corrigenda: SecA defects are accompanied by dysregulation of MukB, DNA gyrase, chromosome partitioning and DNA superhelicity in Escherichia coli

  Shun Adachi; Yasuhiro Murakawa; Sota Hiraga

  Microbiology (United Kingdom), 2020年

  
• An atlas of transcribed enhancers across helper T cell diversity for decoding human diseases.

  Akiko Oguchi; Akari Suzuki; Shuichiro Komatsu; Hiroyuki Yoshitomi; Shruti Bhagat; Raku Son; Raoul Jean Pierre Bonnal; Shohei Kojima; Masaru Koido; Kazuhiro Takeuchi; Keiko Myouzen; Gyo Inoue; Tomoya Hirai; Hiromi Sano; Yujiro Takegami; Ai Kanemaru; Itaru Yamaguchi; Yuki Ishikawa; Nao Tanaka; Shigeki Hirabayashi; Riyo Konishi; Sho Sekito; Takahiro Inoue; Juha Kere; Shunichi Takeda; Akifumi Takaori-Kondo; Itaru Endo; Shinpei Kawaoka; Hideya Kawaji; Kazuyoshi Ishigaki; Hideki Ueno; Yoshihide Hayashizaki; Massimiliano Pagani; Piero Carninci; Motoko Yanagita; Nicholas Parrish; Chikashi Terao; Kazuhiko Yamamoto; Yasuhiro Murakawa

  Science (New York, N.Y.), 2024年07月05日

  
• 炎症性微小環境、三次リンパ組織の腎組織障害メカニズムの解明

  好川 貴久; 小口 綾貴子; 鳥生 直哉; 佐藤 有紀; 山本 拓也; 村川 泰裕; 柳田 素子

  日本臨床分子医学会学術総会プログラム・抄録集, 2024年04月

  
• 腎三次リンパ組織の形成メカニズムの解明

  好川 貴久; 小口 綾貴子; 佐藤 有紀; 山本 拓也; 村川 泰裕; 柳田 素子

  日本内科学会雑誌, 2022年02月

  
• Regulation of lymphoid-myeloid lineage bias through Regnase-1/3-mediated control of Nfkbiz.

  Takuya Uehata; Shinnosuke Yamada; Daisuke Ori; Alexis Vandenbon; Amir Giladi; Adam Jelinski; Yasuhiro Murakawa; Hitomi Watanabe; Kazuhiro Takeuchi; Kazunori Toratani; Takashi Mino; Hisanori Kiryu; Daron M Standley; Tohru Tsujimura; Tomokatsu Ikawa; Gen Kondoh; Markus Landthaler; Hiroshi Kawamoto; Hans-Reimer Rodewald; Ido Amit; Ryo Yamamoto; Masaki Miyazaki; Osamu Takeuchi

  Blood, 2023年11月03日

  
• Tertiary Lymphoid Tissues Are Microenvironments with Intensive Interactions between Immune Cells and Proinflammatory Parenchymal Cells in Aged Kidneys

  Takahisa Yoshikawa; Akiko Oguchi; Naoya Toriu; Yuki Sato; Takashi Kobayashi; Osamu Ogawa; Hironori Haga; Satoko Sakurai; Takuya Yamamoto; Yasuhiro Murakawa; Motoko Yanagita

  Journal of the American Society of Nephrology, 2023年08月07日

  この論文にアクセスする：

  
• Mobile element variation contributes to population-specific genome diversification, gene regulation and disease risk.

  Shohei Kojima; Satoshi Koyama; Mirei Ka; Yuka Saito; Erica H Parrish; Mikiko Endo; Sadaaki Takata; Misaki Mizukoshi; Keiko Hikino; Atsushi Takeda; Asami F Gelinas; Steven M Heaton; Rie Koide; Anselmo J Kamada; Michiya Noguchi; Michiaki Hamada; Yoichiro Kamatani; Yasuhiro Murakawa; Kazuyoshi Ishigaki; Yukio Nakamura; Kaoru Ito; Chikashi Terao; Yukihide Momozawa; Nicholas F Parrish

  Nature genetics, 2023年05月11日

  
• HTLV-1 bZIP factor impairs DNA mismatch repair system.

  Maki Sakurada-Aono; Takashi Sakamoto; Masayuki Kobayashi; Yoko Takiuchi; Fumie Iwai; Kohei Tada; Hiroyuki Sasanuma; Shigeki Hirabayashi; Yasuhiro Murakawa; Kotaro Shirakawa; Chihiro Sakamoto; Keisuke Shindo; Jun-Ichirou Yasunaga; Masao Matsuoka; Yves Pommier; Shunichi Takeda; Akifumi Takaori-Kondo

  Biochemical and biophysical research communications, 2023年03月21日

  
• Comprehensive characterization of the embryonic factor LEUTX.

  Lisa Gawriyski; Eeva-Mari Jouhilahti; Masahito Yoshihara; Liangru Fei; Jere Weltner; Tomi T Airenne; Ras Trokovic; Shruti Bhagat; Mari H Tervaniemi; Yasuhiro Murakawa; Kari Salokas; Xiaonan Liu; Sini Miettinen; Thomas R Bürglin; Biswajyoti Sahu; Timo Otonkoski; Mark S Johnson; Shintaro Katayama; Markku Varjosalo; Juha Kere

  iScience, 2023年03月17日

  
• Two ovarian candidate enhancers, identified by time series enhancer RNA analyses, harbor rare genetic variations identified in ovarian insufficiency.

  Ryuichi Nakagawa; Kei Takasawa; Maki Gau; Atsumi Tsuji-Hosokawa; Hideya Kawaji; Yasuhiro Murakawa; Shuji Takada; Masashi Mikami; Satoshi Narumi; Maki Fukami; Rajini Sreenivasan; Tetsuo Maruyama; Elena Tucker; Liang Zhao; Josephine Bowles; Andrew Sinclair; Peter Koopman; Yoshihide Hayashizaki; Tomohiro Morio; Kenichi Kashimada

  Hum Mol Genet, 2022年02月03日, 査読有り

  
• DUX4 is a multifunctional factor priming human embryonic genome activation.

  Sanna Vuoristo; Shruti Bhagat; Christel Hydén-Granskog; Masahito Yoshihara; Lisa Gawriyski; Eeva-Mari Jouhilahti; Vipin Ranga; Mahlet Tamirat; Mikko Huhtala; Ida Kirjanov; Sonja Nykänen; Kaarel Krjutškov; Anastassius Damdimopoulos; Jere Weltner; Kosuke Hashimoto; Gaëlle Recher; Sini Ezer; Priit Paluoja; Pauliina Paloviita; Yujiro Takegami; Ai Kanemaru; Karolina Lundin; Tomi T Airenne; Timo Otonkoski; Juha S Tapanainen; Hideya Kawaji; Yasuhiro Murakawa; Thomas R Bürglin; Markku Varjosalo; Mark S Johnson; Timo Tuuri; Shintaro Katayama; Juha Kere

  iScience, 2022年04月15日, 査読有り

  
• DUX4 regulates oocyte to embryo transition in human

  Sanna Vuoristo; Christel Hydén-Granskog; Masahito Yoshihara; Shruti Bhagat; Lisa Gawriyski; Eeva-Mari Jouhilahti; Anastassius Damdimopoulos; Vipin Ranga; Mahlet Tamirat; Mikko Huhtala; Kosuke Hashimoto; Kaarel Krjutskov; Gaëlle Recher; Sini Ezer; Priit Paluoja; Pauliina Paloviita; Yujiro Takegami; Ai Kanemaru; Karolina Lundin; Tomi Airenne; Timo Otonkoski; Juha S Tapanainen; Hideya Kawaji; Yasuhiro Murakawa; Thomas R Bürglin; Markku Varjosalo; Mark S Johnson; Timo Tuuri; Shintaro Katayama; Juha Kere

  bioRxiv, 2019年08月12日

  
• Chromosomal-scale de novo genome assemblies of Cynomolgus Macaque and Common Marmoset.

  Vasanthan Jayakumar; Osamu Nishimura; Mitsutaka Kadota; Naoki Hirose; Hiromi Sano; Yasuhiro Murakawa; Yumiko Yamamoto; Masataka Nakaya; Tomoyuki Tsukiyama; Yasunari Seita; Shinichiro Nakamura; Jun Kawai; Erika Sasaki; Masatsugu Ema; Shigehiro Kuraku; Hideya Kawaji; Yasubumi Sakakibara

  Scientific data, 2021年06月28日

  
• Intravital imaging identifies the VEGF-TXA2 axis as a critical promoter of PGE2 secretion from tumor cells and immune evasion.

  Yoshinobu Konishi; Hiroshi Ichise; Tetsuya Watabe; Choji Oki; Shinya Tsukiji; Yoko Hamazaki; Yasuhiro Murakawa; Akifumi Takaori-Kondo; Kenta Terai; Michiyuki Matsuda

  Cancer research, 2021年05月25日

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• The embryonic ontogeny of the gonadal somatic cells in mice and monkeys.

  Kotaro Sasaki; Akiko Oguchi; Keren Cheng; Yasuhiro Murakawa; Ikuhiro Okamoto; Hiroshi Ohta; Yukihiro Yabuta; Chizuru Iwatani; Hideaki Tsuchiya; Takuya Yamamoto; Yasunari Seita; Mitinori Saitou

  Cell reports, 2021年05月04日

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• Identification of candidate PAX2-regulated genes implicated in human kidney development.

  Yuta Yamamura; Kengo Furuichi; Yasuhiro Murakawa; Shigeki Hirabayashi; Masahito Yoshihara; Keisuke Sako; Shinji Kitajima; Tadashi Toyama; Yasunori Iwata; Norihiko Sakai; Kazuyoshi Hosomichi; Philip M Murphy; Atsushi Tajima; Keisuke Okita; Kenji Osafune; Shuichi Kaneko; Takashi Wada

  Scientific reports, 2021年04月27日

  
• APOBEC3B is preferentially expressed at the G2/M phase of cell cycle.

  Shigeki Hirabayashi; Kotaro Shirakawa; Yoshihito Horisawa; Tadahiko Matsumoto; Hiroyuki Matsui; Hiroyuki Yamazaki; Anamaria Daniela Sarca; Yasuhiro Kazuma; Ryosuke Nomura; Yoshinobu Konishi; Suguru Takeuchi; Emani Stanford; Hideya Kawaji; Yasuhiro Murakawa; Akifumi Takaori-Kondo

  Biochemical and biophysical research communications, 2021年03月26日

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• Significance of HMGA2 expression as independent poor prognostic marker in perihilar and distal cholangiocarcinoma resected with curative intent.

  Tomoaki Takahashi; Hideya Kawaji; Yasuhiro Murakawa; Yoshihide Hayashizaki; Takashi Murakami; Yasuhiro Yabushita; Yuki Homma; Takafumi Kumamoto; Ryusei Matsuyama; Itaru Endo

  European journal of surgical oncology : the journal of the European Society of Surgical Oncology and the British Association of Surgical Oncology, 2021年02月

  
• CAGE-seq reveals that HIV-1 latent infection does not trigger unique cellular responses in a Jurkat T cell model.

  Hiroyuki Matsui; Kotaro Shirakawa; Yoshinobu Konishi; Shigeki Hirabayashi; Anamaria Daniela Sarca; Hirofumi Fukuda; Ryosuke Nomura; Emani Stanford; Yoshihito Horisawa; Yasuhiro Kazuma; Tadahiko Matsumoto; Hiroyuki Yamazaki; Yasuhiro Murakawa; Emilie Battivelli; Eric Verdin; Yoshio Koyanagi; Akifumi Takaori-Kondo

  Journal of virology, 2021年01月27日

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• CAGE-seq analysis of osteoblast derived from cleidocranial dysplasia human induced pluripotent stem cells.

  Akio Ooki; Shoko Onodera; Akiko Saito; Akiko Oguchi; Yasuhiro Murakawa; Teruo Sakamoto; Kenji Sueishi; Yasushi Nishii; Toshifumi Azuma

  Bone, 2020年12月

  
• HTLV-1 contains a high CG dinucleotide content and is susceptible to the host antiviral protein ZAP.

  Paola Miyazato; Misaki Matsuo; Benjy J Y Tan; Michiyo Tokunaga; Hiroo Katsuya; Saiful Islam; Jumpei Ito; Yasuhiro Murakawa; Yorifumi Satou

  Retrovirology, 2019年12月16日

  
• Codon bias confers stability to human mRNAs.

  Fabian Hia; Sheng Fan Yang; Yuichi Shichino; Masanori Yoshinaga; Yasuhiro Murakawa; Alexis Vandenbon; Akira Fukao; Toshinobu Fujiwara; Markus Landthaler; Tohru Natsume; Shungo Adachi; Shintaro Iwasaki; Osamu Takeuchi

  EMBO reports, 2019年11月05日

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• NET-CAGE characterizes the dynamics and topology of human transcribed cis-regulatory elements.

  Shigeki Hirabayashi; Shruti Bhagat; Yu Matsuki; Yujiro Takegami; Takuya Uehata; Ai Kanemaru; Masayoshi Itoh; Kotaro Shirakawa; Akifumi Takaori-Kondo; Osamu Takeuchi; Piero Carninci; Shintaro Katayama; Yoshihide Hayashizaki; Juha Kere; Hideya Kawaji; Yasuhiro Murakawa

  Nature genetics, 2019年09月

  
• Endogenous APOBEC3B Overexpression Constitutively Generates DNA Substitutions and Deletions in Myeloma Cells.

  Hiroyuki Yamazaki; Kotaro Shirakawa; Tadahiko Matsumoto; Shigeki Hirabayashi; Yasuhiro Murakawa; Masayuki Kobayashi; Anamaria Daniela Sarca; Yasuhiro Kazuma; Hiroyuki Matsui; Wataru Maruyama; Hirofumi Fukuda; Ryutaro Shirakawa; Keisuke Shindo; Masaki Ri; Shinsuke Iida; Akifumi Takaori-Kondo

  Scientific reports, 2019年05月09日

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• Genomic Instability of iPSCs and Challenges in Their Clinical Applications.

  Masahito Yoshihara; Akiko Oguchi; Yasuhiro Murakawa

  Advances in experimental medicine and biology, 2019年

  
• Selective Activation of Alternative MYC Core Promoters by Wnt-Responsive Enhancers.

  Jorge A Bardales; Evin Wieser; Hideya Kawaji; Yasuhiro Murakawa; Xavier Darzacq

  Genes, 2018年05月23日

  
• Hotspots of De Novo Point Mutations in Induced Pluripotent Stem Cells.

  Masahito Yoshihara; Ryoko Araki; Yasuji Kasama; Misato Sunayama; Masumi Abe; Kohji Nishida; Hideya Kawaji; Yoshihide Hayashizaki; Yasuhiro Murakawa

  Cell reports, 2017年10月10日

  
• HTLV-1 bZIP factor suppresses TDP1 expression through inhibition of NRF-1 in adult T-cell leukemia.

  Yoko Takiuchi; Masayuki Kobayashi; Kohei Tada; Fumie Iwai; Maki Sakurada; Shigeki Hirabayashi; Kayoko Nagata; Kotaro Shirakawa; Keisuke Shindo; Jun-Ichirou Yasunaga; Yasuhiro Murakawa; Vinodh Rajapakse; Yves Pommier; Masao Matsuoka; Akifumi Takaori-Kondo

  Scientific reports, 2017年10月09日

  
• Genomic Instability of iPSCs: Challenges Towards Their Clinical Applications.

  Masahito Yoshihara; Yoshihide Hayashizaki; Yasuhiro Murakawa

  Stem cell reviews and reports, 2017年02月

  
• The Lupus Autoantigen La Prevents Mis-channeling of tRNA Fragments into the Human MicroRNA Pathway.

  Daniele Hasler; Gerhard Lehmann; Yasuhiro Murakawa; Filippos Klironomos; Leonhard Jakob; Friedrich A Grässer; Nikolaus Rajewsky; Markus Landthaler; Gunter Meister

  Molecular cell, 2016年07月07日

  
• Enhanced Identification of Transcriptional Enhancers Provides Mechanistic Insights into Diseases.

  Yasuhiro Murakawa; Masahito Yoshihara; Hideya Kawaji; Miki Nishikawa; Hatem Zayed; Harukazu Suzuki; Fantom Consortium; Yoshihide Hayashizaki

  Trends in genetics : TIG, 2016年02月

  
• RC3H1 post-transcriptionally regulates A20 mRNA and modulates the activity of the IKK/NF-κB pathway.

  Yasuhiro Murakawa; Michael Hinz; Janina Mothes; Anja Schuetz; Michael Uhl; Emanuel Wyler; Tomoharu Yasuda; Guido Mastrobuoni; Caroline C Friedel; Lars Dölken; Stefan Kempa; Marc Schmidt-Supprian; Nils Blüthgen; Rolf Backofen; Udo Heinemann; Jana Wolf; Claus Scheidereit; Markus Landthaler

  Nature communications, 2015年07月14日

  
• LARP4B is an AU-rich sequence associated factor that promotes mRNA accumulation and translation.

  Maritta Küspert; Yasuhiro Murakawa; Katrin Schäffler; Jens T Vanselow; Elmar Wolf; Stefan Juranek; Andreas Schlosser; Markus Landthaler; Utz Fischer

  RNA (New York, N.Y.), 2015年07月

  
• Regnase-1 and Roquin Regulate a Common Element in Inflammatory mRNAs by Spatiotemporally Distinct Mechanisms.

  Takashi Mino; Yasuhiro Murakawa; Akira Fukao; Alexis Vandenbon; Hans-Hermann Wessels; Daisuke Ori; Takuya Uehata; Sarang Tartey; Shizuo Akira; Yutaka Suzuki; Carola G Vinuesa; Uwe Ohler; Daron M Standley; Markus Landthaler; Toshinobu Fujiwara; Osamu Takeuchi

  Cell, 2015年05月21日

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• Dynamic nature of SecA and its associated proteins in Escherichia coli.

  Shun Adachi; Yasuhiro Murakawa; Sota Hiraga

  Frontiers in microbiology, 2015年

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• Roquin binding to target mRNAs involves a winged helix-turn-helix motif.

  Anja Schuetz; Yasuhiro Murakawa; Eva Rosenbaum; Markus Landthaler; Udo Heinemann

  Nature communications, 2014年12月11日

  
• A variety of dicer substrates in human and C. elegans.

  Agnieszka Rybak-Wolf; Marvin Jens; Yasuhiro Murakawa; Margareta Herzog; Markus Landthaler; Nikolaus Rajewsky

  Cell, 2014年11月20日

  
• SecA defects are accompanied by dysregulation of MukB, DNA gyrase, chromosome partitioning and DNA superhelicity in Escherichia coli.

  Shun Adachi; Yasuhiro Murakawa; Sota Hiraga

  Microbiology (Reading, England), 2014年08月

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• Integrative analysis revealed the molecular mechanism underlying RBM10-mediated splicing regulation.

  Yongbo Wang; Andreas Gogol-Döring; Hao Hu; Sebastian Fröhler; Yunxia Ma; Marvin Jens; Jonas Maaskola; Yasuhiro Murakawa; Claudia Quedenau; Markus Landthaler; Vera Kalscheuer; Dagmar Wieczorek; Yang Wang; Yuhui Hu; Wei Chen

  EMBO molecular medicine, 2013年09月

  
• Cold-induced RNA-binding proteins regulate circadian gene expression by controlling alternative polyadenylation.

  Yuting Liu; Wenchao Hu; Yasuhiro Murakawa; Jingwen Yin; Gang Wang; Markus Landthaler; Jun Yan

  Scientific reports, 2013年

  
• Liver transplantation for severe hepatitis in patients with common variable immunodeficiency.

  Yasuhiro Murakawa; Aya Miyagawa-Hayashino; Yasuhiro Ogura; Hiroto Egawa; Shinya Okamoto; Yuji Soejima; Manabu Kurosawa; Shinji Sumiyoshi; Shinji Uemoto; Hironori Haga

  Pediatric transplantation, 2012年09月

  
• The mRNA-bound proteome and its global occupancy profile on protein-coding transcripts.

  Alexander G Baltz; Mathias Munschauer; Björn Schwanhäusser; Alexandra Vasile; Yasuhiro Murakawa; Markus Schueler; Noah Youngs; Duncan Penfold-Brown; Kevin Drew; Miha Milek; Emanuel Wyler; Richard Bonneau; Matthias Selbach; Christoph Dieterich; Markus Landthaler

  Molecular cell, 2012年06月08日

  
• The vital link between the ubiquitin-proteasome pathway and DNA repair: impact on cancer therapy.

  Akira Motegi; Yasuhiro Murakawa; Shunichi Takeda

  Cancer letters, 2009年09月28日

  
• Inhibitors of the proteasome suppress homologous DNA recombination in mammalian cells.

  Yasuhiro Murakawa; Eiichiro Sonoda; Louise J Barber; Weihua Zeng; Kyoko Yokomori; Hiroshi Kimura; Atsuko Niimi; Alan Lehmann; Guang Yu Zhao; Helfrid Hochegger; Simon J Boulton; Shunichi Takeda

  Cancer research, 2007年09月15日

  
• RAD18 and poly(ADP-ribose) polymerase independently suppress the access of nonhomologous end joining to double-strand breaks and facilitate homologous recombination-mediated repair.

  Alihossein Saberi; Helfrid Hochegger; David Szuts; Li Lan; Akira Yasui; Julian E Sale; Yoshihito Taniguchi; Yasuhiro Murakawa; Weihua Zeng; Kyoko Yokomori; Thomas Helleday; Hirobumi Teraoka; Hiroshi Arakawa; Jean-Marie Buerstedde; Shunichi Takeda

  Molecular and cellular biology, 2007年04月

  
• A critical role for the ubiquitin-conjugating enzyme Ubc13 in initiating homologous recombination.

  Guang Yu Zhao; Eiichiro Sonoda; Louise J Barber; Hayato Oka; Yasuhiro Murakawa; Kouichi Yamada; Tsuyoshi Ikura; Xin Wang; Masahiko Kobayashi; Kenichi Yamamoto; Simon J Boulton; Shunichi Takeda

  Molecular cell, 2007年03月09日

  

MISC

• 標準ゲノム・RNA塩基配列データベースD3Gの更新

  川路英哉; 加藤匠矢; 伊藤昌可; 須田亙; 村川泰裕; 村川泰裕; 河合純; 河合純

  日本核酸医薬学会年会講演要旨集(CD-ROM), 2023年

  
• マウスを用いた経時的エンハンサーRNA解析による卵巣体細胞特異的エンハンサー候補領域および疾患感受性領域の同定

  中川竜一; 高澤啓; 我有茉希; 辻敦美; 川路英哉; 川路英哉; 村川泰裕; 高田修治; 三上剛史; 鳴海覚志; 深見真紀; 丸山哲夫; 林崎良英; 森尾友宏; 鹿島田健一

  日本内分泌学会雑誌, 2022年

  
• 腎修復を制御する微小環境、三次リンパ組織における細胞間相互作用の解明

  好川 貴久; 小緑 翔太; 小口 綾貴子; 細井 健史; 佐藤 有紀; 村川 泰裕; 柳田 素子

  日本腎臓学会誌, 2020年07月

  
• Involvement of SecA, SecY and AcpP in chromosome partition of Escherichia coli

  Shun Adachi; Yasuhiro Murakawa; Sota Hiraga

  GENES & GENETIC SYSTEMS, 2014年12月

  
• 非ヒト霊長類のトランスクリプトーム・アトラス

  廣瀬直毅; 廣瀬直毅; 依馬正次; 佐々木えりか; GUSEV Oleg; GUSEV Oleg; 河合純; 村川泰裕; 村川泰裕; 川路英哉; 川路英哉; 川路英哉

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2020年

  
• 白血病を維持する腫瘍エンハンサーの検索

  村川泰裕

  日本応用酵素協会誌, 2021年

  
• 広域電子顕微鏡解析からみる腎病理の未来図

  小口綾貴子; 小口綾貴子; 村川泰裕; 村川泰裕; 村川泰裕; 村川泰裕; 柳田素子; 久米慧嗣; 久米慧嗣; 久米慧嗣

  月刊腎臓内科, 2021年

  
• 白血病を維持する腫瘍エンハンサーの検索

  村川泰裕

  日本応用酵素協会誌, 2020年

  
• GWASで複雑形質を解くぞ!転写性エンハンサーから紐解くGWAS-SNP

  小口綾貴子; 小口綾貴子; 村川泰裕

  実験医学, 2020年

  
• 「切片SEM法」の基礎と生物学・医学生物学研究への応用 SEMによる切片の広域撮像技術と生体組織の網羅的形態解析への展望

  久米慧嗣; 久米慧嗣; 久米慧嗣; 久米慧嗣; 村川泰裕

  顕微鏡, 2020年

  
• CAGE法を用いた骨肉腫細胞株におけるアドリアマイシン耐性の網羅的解析

  佐々恵太; 末原義之; 小口綾貴子; 栗原大聖; 佐野圭; 林大久生; 金栄智; 赤池慶祐; 大久保武人; 高木辰哉; 金子和夫; 村川泰裕; 齋藤剛

  日本整形外科学会雑誌, 2020年

  
• NET-CAGE法を用いたエンハンサー解析による疾患発症メカニズムの解明

  石川駿; 佐藤卓; 村川泰裕; 樗木俊聡

  月刊糖尿病・内分泌代謝科, 2020年

  
• 軟部肉腫におけるCAGE法を用いたプロモーターレベルでの網羅的遺伝子発現プロファイリング

  佐野圭; 末原義之; 小口綾貴子; 林大久生; 佐々恵太; 栗原大聖; 赤池慶祐; 高木辰哉; 金栄智; 大久保武人; 村川泰裕; 金子和夫; 齋藤剛

  日本整形外科学会雑誌, 2020年

  
• ミクログリアの加齢性機能変容を引き起こす転写制御機構

  石川駿; 佐藤卓; 平林茂樹; 山田翔太; 村川泰裕; 樗木俊聡

  日本病理学会会誌, 2020年

  
• 白血病を維持する腫瘍エンハンサーの検索

  村川泰裕

  日本応用酵素協会誌, 2019年

  
• 紡錘形細胞肉腫のCAGE法(cap analysis of gene expression法)を用いた網羅的遺伝子発現解析

  佐野圭; 末原義之; 林大久生; 村川泰裕; 栗原大聖; 赤池慶祐; 高木辰哉; 金栄智; 大久保武人; 金子和夫; 齋藤剛

  日本整形外科学会雑誌, 2019年

  
• 病理形態学の新技術 電子線・X線イメージング技術が織りなす画像ビッグデータ時代の病理学

  久米慧嗣; 久米慧嗣; 久米慧嗣; 田村勝; 小林紀郎; 小林紀郎; 小林紀郎; 小林紀郎; 村川泰裕; 村川泰裕

  病理と臨床, 2019年

  
• 核酸医薬創薬に資する霊長類オミックスデータベースの構築

  廣瀬直毅; 村川泰裕; 川路英哉; 川路英哉; 川路英哉; 河合純

  日本核酸医薬学会年会講演要旨集, 2019年

  
• 霊長類DNA/RNAデータベースの構築と医療への応用

  河合純; 廣瀬直毅; 佐野浩美; 岡崎康司; 八木研; 山本由美子; 依馬正次; 清田弥寿成; 築山智之; 中家雅隆; 佐々木えりか; 井上貴史; 渡部聡朗; 榊原康文; JAYAKUMAR Vasanthan; 内藤雄樹; 村川泰裕; 川路英哉; 川路英哉

  Journal of Toxicological Sciences, 2019年

  
• 広域電子顕微鏡技術による生体組織のビッグデータ解析

  久米慧嗣; 久米慧嗣; 村川泰裕; CHENN Guihua; 小口綾貴子; 田村勝; 小林紀郎; 桝屋啓志; 須賀三雄; 前田光代; 片岡洋祐; 片岡洋祐

  日本病理学会会誌, 2019年

  
• 非ヒト霊長類ゲノムの非コード領域の機能解析

  廣瀬直毅; 依馬正次; 佐々木えりか; 河合純; 村川泰裕; 川路英哉; 川路英哉; 川路英哉

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2019年

  
• Hi-Cを用いたカニクイザルとマーモセットの染色体スケールゲノムスキャフォールディング

  門田満隆; 西村理; JAYAKUMAR Vasanthan; 榊原康文; 井上貴史; 佐々木えりか; 依馬正次; 佐野浩美; 廣瀬直毅; 村川泰裕; 川路英哉; 川路英哉; 河合純; 工樂樹洋

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2019年

  
• 腎の機能成熟と障害抵抗性のパラドックス

  北井悠一朗; 佐藤有紀; 小口綾貴子; 村川泰裕; 柳田素子

  日本腎臓学会誌, 2019年

  
• 男性ホルモンによる腎成熟制御機構の多層的オミックス解析

  佐藤有紀; 北井悠一郎; 内野詠一郎; 小口綾貴子; 永森收志; 金井好克; 曽我朋義; 村川泰裕; 柳田素子

  日本腎臓学会誌, 2019年

  
• CAGE法を用いた紡錘形細胞肉腫における網羅的遺伝子発現解析

  佐野圭; 末原義之; 林大久生; 村川泰裕; 栗原大聖; 赤池慶祐; 高木辰哉; 金栄智; 大久保武人; 金子和夫; 齋藤剛

  日本整形外科学会雑誌, 2019年

  
• HTLV-1RNAsの転写後調節におけるZC3HAV1蛋白質の果たし得る役割

  宮里パオラ; 宮里パオラ; タン ベンジー; タン ベンジー; 徳永美知代; 徳永美知代; 勝屋弘雄; 勝屋弘雄; 松尾美沙希; 松尾美沙希; 伊東潤平; 村川泰裕; 佐藤賢文; 佐藤賢文

  日本HTLV-1学会学術集会, 2019年

  
• 腎臓の機能成熟と障害抵抗性のパラドックス

  北井悠一朗; 佐藤有紀; 小口綾貴子; 村川泰裕; 柳田素子

  日本心血管内分泌代謝学会学術総会プログラム及び抄録集, 2019年

  
• 新規のNET-CAGE-seq法により明らかになる遺伝子発現ネットワークの正体

  村川泰裕

  日本内分泌学会雑誌, 2018年

  
• ncRNAの医科学と医療 I ゲノム砂漠に潜むエンハンサーからみえる病気のメカニズム

  小口綾貴子; 村川泰裕

  医学のあゆみ, 2018年

  
• 腎組織のイメージングビッグデータ解析

  村川泰裕; 久米慧嗣; 前田光代; 須賀三雄; 田村勝; 小林紀郎

  日本腎臓学会誌, 2018年

  
• 腎臓の機能成熟と障害抵抗性のパラドックス

  北井悠一朗; 佐藤有紀; 小口綾貴子; 村川泰裕; 柳田素子

  日本腎臓学会誌, 2018年

  
• ゲノムデータの再生医療への応用:iPS細胞におけるゲノム変異の解明

  村川泰裕

  日本再生医療学会総会(Web), 2018年

  
• 次世代ヒト科学を推進するゲノム基盤の構築

  村川泰裕; 廣瀬直毅; 佐野浩美; 川路英哉; 川路英哉; 河合純

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2018年

  
• 非ヒト霊長類のトランスクリプトーム解析

  廣瀬直毅; 佐野浩美; 八木研; 岡崎康司; 渡部聡朗; 井上貴史; 佐々木えりか; 中家雅隆; 築山智之; 清田弥寿成; 依馬正次; 村川泰裕; 川路英哉; 川路英哉; 河合純

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2018年

  
• 核酸医薬創薬に資する霊長類オミックスデータベースの構築

  河合純; 川路英哉; 村川泰裕; 佐野浩美; 依馬正次; 清田弥寿成; 築山智之; 中家雅隆; 佐々木えりか; 井上貴史; 渡部聡朗

  日本核酸医薬学会年会講演要旨集, 2018年

  
• ヒトmRNA/pre-mRNA/lncRNA/pre-lncRNAデータベースの構築

  廣瀬直毅; 内藤雄樹; 村川泰裕; 河合純; 川路英哉; 川路英哉

  日本核酸医薬学会年会講演要旨集, 2018年

  
• 心筋細胞への高い分化指向性を有するiPS細胞株のスクリーニング法の開発

  大橋文哉; 大橋文哉; 大橋文哉; 宮川繁; 安田智; 三浦巧; 黒田拓也; 齋藤充弘; 八代健太; 増田茂夫; 伊東絵望子; 伊藤昌可; 川路英哉; 村川泰裕; 吉原正仁; 鮫島正; 河合純; 澤芳樹; 佐藤陽治

  日本再生医療学会総会(Web), 2018年

  
• Cap Analysis of Gene Expression法

  平林茂樹; 平林茂樹; 村川泰裕; 村川泰裕

  月刊腎臓内科・泌尿器科, 2017年

  
• iPS細胞ゲノムにおける点変異のホットスポットの同定

  吉原正仁; 吉原正仁; 荒木良子; 砂山美里; 安倍真澄; 西田幸二; 川路英哉; 川路英哉; 川路英哉; 林崎良英; 村川泰裕; 村川泰裕

  再生医療, 2017年

  
• トランスクリプトームを高精細・高塩基解像度に読み解く

  村川泰裕

  Genome and Transcriptome toward Future Clinical Innovation. RIKEN Symposium, 2017, 2017年

  
• CAGE法の新展開~研究から臨床応用にむけて~

  村川泰裕

  日本臨床プロテオーム研究会要旨集(Web), 2017年

  
• ゲノムワイド解析により明らかになるDicerタンパク質の新たな標的RNAと機能

  村川泰裕

  細胞工学, 2015年

  
• 活性エンハンサーの高感度ゲノムワイド同定

  村川泰裕

  かなえ医薬振興財団研究業績集(Web), 2015年

  
• 転写後調節のゲノムワイド解析

  村川泰裕

  日本生化学会大会(Web), 2015年

  
• 分類不能型免疫不全症を背景に劇症肝炎により肝移植に至った2例

  宮川文; 黒澤学; 村川泰裕; 真鍋俊明

  日本病理学会会誌, 2010年

  
• ユビキチン化によるDNA修復の制御機構

  茂木章; 村川泰裕; 武田俊一

  実験医学, 2008年

  
• ユビキチン化によるDNA修復の制御機構

  茂木章; 村川泰裕; 武田俊一

  細胞工学, 2007年

  

産業財産権

• WO2017-130750, JP2017001097, RNAの末端領域に対応する核酸の塩基配列を解読する方法およびDNAエレメントの分析方法

  村川 泰裕; 竹上 雄治郎

  

受賞

• 2008年03月10日

  京都大学, 総長賞

外部資金：科学研究費補助金

• IgG4関連疾患の創薬ターゲットとなり得る病因関連エンハンサーRNAの探索

  挑戦的研究(萌芽)

  中区分57:口腔科学およびその関連分野

  九州大学

  前原 隆

  自 2021年07月09日, 至 2024年03月31日, 交付

  IgG4-RD

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21K19607/
• エンハンサー解析手法を用いた大腸癌リンパ節転移の有無による原発巣の差異の解明

  基盤研究(C)

  小区分55020:消化器外科学関連

  横浜市立大学

  渡邉 純

  自 2021年04月01日, 至 2024年03月31日, 交付

  エンハンサー;CAGEとRNA-seq;大腸癌;リンパ節転移;エンハンサーRNA;CAGE法

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21K08738/
• 機能ゲノミクス解析とハイスループット解析を用いた線維性異形成症新規治療法開発

  基盤研究(B)

  小区分57060:外科系歯学関連

  東京歯科大学

  東 俊文

  自 2021年04月01日, 至 2024年03月31日, 交付

  iPS細胞;GNAS;骨芽細胞分化;Hedghog;骨異形成症;線維化;骨芽細胞;線維性骨異形成症;遺伝性稀少疾患;骨芽細胞分化誘導;FGFG2;McCuneAlbright 症候群;シングルセル解析;ゴーリン症候群

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21H03146/
• 発癌関連転写制御領域（エンハンサー）の網羅的同定の為の国際共同研究

  国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))

  中区分50:腫瘍学およびその関連分野

  国立研究開発法人理化学研究所

  村川 泰裕

  自 2020年10月27日, 至 2023年03月31日, 完了

  エンハンサー;発現;早期転写応答;乳がん;c-MYC;ATM;エストロゲン;ノンコーディングRNA;遺伝子発現;発がん;ヒトゲノム科学;遺伝子発現制御;発癌

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20KK0186/
• 1細胞エンハンサー解析法の確立による新たな機能性ゲノム学の開拓

  挑戦的研究(萌芽)

  中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野

  国立研究開発法人理化学研究所

  村川 泰裕

  自 2020年07月30日, 至 2022年03月31日, 完了

  エンハンサー;シングルセル解析;遺伝子発現制御;ヒトゲノム解析;遺伝子発現ネットワーク;バイオインフォマティクス;ゲノムサイエンス;シングルセル;機能性ゲノム学;オミックス解析

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20K21407/
• 運動器における幹細胞老化の理解と制御

  基盤研究(B)

  小区分56020:整形外科学関連

  近畿大学

  寺村 岳士

  自 2020年04月01日, 至 2023年03月31日, 完了

  幹細胞;幹細胞老化;再生医療;運動器;遺伝子発現;遺伝子治療;間葉系幹細胞;筋衛星細胞;老化;ゲノム解析;組織幹細胞;転写制御

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20H03810/
• エンハンサーの遺伝的発現制御の解明による免疫疾患解析

  基盤研究(A)

  中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野

  国立研究開発法人理化学研究所

  寺尾 知可史

  自 2020年04月01日, 至 2024年03月31日, 交付

  エンハンサー;遺伝子発現;ゲノム医療;遺伝多型

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20H00462/
• APOBEC3によるゲノム変異導入と癌のクローン進化の病態解明

  基盤研究(B)

  小区分50010:腫瘍生物学関連

  京都大学

  高折 晃史

  自 2019年04月01日, 至 2022年03月31日, 完了

  APOBEC;がん;クローン進化;ゲノム変異;シチジン脱アミノ化;C-to-T変異;APOBEC3;癌のクローン進化;癌の多様性;治療抵抗性;マウスモデル;APOBEC signature;CAGE法;シングルセル解析;癌の不均一性

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19H03502/
• ミクログリアの時空的転写制御変容による脳恒常性機能低下機構の解明

  基盤研究(A)

  中区分49:病理病態学、感染・免疫学およびその関連分野

  東京医科歯科大学

  樗木 俊聡

  自 2019年04月01日, 至 2023年03月31日, 完了

  ミクログリア;老化;アルツハイマー病;転写性エンハンサー;NET-CAGE;エンハンサー;NET-CAGE法;活性化エンハンサー;CAGE法;ライフステージ

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19H01024/
• 超微細画像情報の健康インフォマティクスによる次世代健康診断法の構築

  挑戦的研究(萌芽)

  中区分59:スポーツ科学、体育、健康科学およびその関連分野

  国立研究開発法人理化学研究所

  久米 慧嗣

  自 2018年06月29日, 至 2021年03月31日, 完了

  画像ビッグデータ;電子顕微鏡;画像セグメンテーション;深層学習;未病状態;血液細胞;健康インフォマティクス;概念関係モデル;生物情報学;健康・未病;超微形態解析;BioImageDbs;セマンティックセグメンテーション;画像インフォマティクス;細胞の超微形態;電子顕微鏡解析;画像認識;未病診断;超微細画像;広域電子顕微鏡解析;次世代健康診断法;未病

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18K19766/
• ゲノムワイドエンハンサー解析を用いたTWIST1の変形性関節症寄与メカニズム解明

  基盤研究(C)

  小区分56020:整形外科学関連

  岡山大学

  長谷井 嬢

  自 2018年04月01日, 至 2022年03月31日, 完了

  TWIST1;転写因子;エンハンサー;ゲノムワイド

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18K09065/
• 新規技術による白血病の包括的エンハンサー解析と分子病態解明

  基盤研究(A)

  中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野

  国立研究開発法人理化学研究所

  村川 泰裕

  自 2018年04月01日, 至 2021年03月31日, 完了

  白血病;エンハンサー;ゲノム解析技術;バイオマーカー;転写ネットワーク;NET-CAGE;造血器悪性腫瘍;ヒトゲノム科学;ノンコーディングゲノム・RNA;次世代シークエンシング;バイオインフォマティクス;ゲノム科学;遺伝子発現制御;次世代シークエンサー;造血器腫瘍;NET-CAGE法;腫瘍;ゲノム解析

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18H03992/
• エンハンサー同定の新技術を開発し、腫瘍に認める遺伝子発現異常の原因を解明する

  若手研究(A)

  国立研究開発法人理化学研究所

  村川 泰裕

  自 2016年04月01日, 至 2019年03月31日, 完了

  ゲノム科学;転写ネットワーク;バイオインフォマティクス;エンハンサー;CAGE解析;NET-CAGE法;次世代シークエンシング;腫瘍;遺伝子発現制御;次世代シークエンサー;造血器腫瘍

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16H06153/
• 次世代トランスクリプトーム解析を用いた肺癌個別化医療開発

  基盤研究(B)

  小区分49020:人体病理学関連

  順天堂大学

  林 大久生

  自 2022年04月01日, 至 2026年03月31日, 交付

  肺癌;CAGE;トランスクリプトーム解析;エンハンサー;肺がん;個別化医療

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22H02842/
• 口腔扁平苔癬の創薬ターゲットの探索～病因T細胞と関連エンハンサーRNAの同定～

  挑戦的研究(開拓)

  中区分57:口腔科学およびその関連分野

  九州大学

  中村 誠司

  自 2022年06月30日, 至 2025年03月31日, 交付

  口腔扁平苔癬;口腔扁平上皮癌;シングルセルRNA;T細胞;エンハンサーRNA;シングルセル

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K18401/
• ゲノムエンハンサーの作動原理の解明

  特別研究員奨励費

  小区分43050:ゲノム生物学関連

  京都大学

  自 2022年09月28日, 至 2025年03月31日, 交付

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22F22079/
• ゲノムエンハンサーの作動原理の解明

  特別研究員奨励費

  小区分43050:ゲノム生物学関連

  京都大学

  村川 泰裕

  自 2023年03月08日, 至 2025年03月31日, 交付

  エンハンサー

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22KF0209/
• TWIST1発現に基づく高組織寄与MSCを用いた新しい組織再生医療と新規MSCマーカーの開発

  基盤研究(B)

  小区分56020:整形外科学関連

  近畿大学

  寺村 岳士

  自 2023年04月01日, 至 2026年03月31日, 交付

  間葉系幹細胞;糖鎖解析;細胞表面抗原;未分化維持機構;scRNAseq

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23H03034/
• 次世代遺伝子発現解析法に立脚したシーケンスレスながん分子サブタイプ規定法の開発

  基盤研究(A)

  中区分56:生体機能および感覚に関する外科学およびその関連分野

  名古屋大学

  赤松 秀輔

  自 2023年04月01日, 至 2027年03月31日, 交付

  前立腺癌;分子サブタイプ;ロングリードRNAシーケンス;単一細胞核シーケンス;多重免疫染色

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23H00435/
• ゼブラフィッシュ膀胱癌異種移植Avatarモデルによる個別薬効評価の実装化基盤研究

  基盤研究(B)

  小区分56030:泌尿器科学関連

  三重大学

  井上 貴博

  自 2024年04月01日, 至 2027年03月31日, 交付

  膀胱癌;患者由来異種移植モデル;ゼブラフィッシュ;シスプラチン;耐性機序

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24K02576/
• TWIST1発現に基づく高組織寄与MSCを用いた新しい組織再生医療と新規MSCマーカーの開発

  基盤研究(B)

  小区分56020:整形外科学関連

  近畿大学

  寺村 岳士

  自 2023年04月01日, 至 2026年03月31日, 交付

  再生医療;間葉系幹細胞;転写因子;糖鎖解析;細胞表面抗原;未分化維持機構;scRNAseq

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23K27725/
• 次世代トランスクリプトーム解析を用いた肺癌個別化医療開発

  基盤研究(B)

  小区分49020:人体病理学関連

  順天堂大学

  林 大久生

  自 2022年04月01日, 至 2026年03月31日, 交付

  がん;トランスクリプトーム;肺がん;遺伝子;肺癌;CAGE;トランスクリプトーム解析;エンハンサー;個別化医療

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23K24104/

教育

博士学位審査

• Delving into gene-set multiplex networks facilitated by a k-nearest neighbor-based measure of similarity(k-最近傍法に基づく類似性尺度による、遺伝子セットの多重ネットワーク解析)

  Zheng Cheng, 医学研究科, 主査

  2024年03月25日
• Deep generative design of RNA family sequences(RNAファミリー配列の深層生成設計)

  角　俊輔, 医学研究科, 主査

  2024年03月25日
• Synthetic circular RNA switches and circuits that control protein expression in mammalian cells(哺乳類細胞における遺伝子発現制御を可能とする人工環状RNAスイッチ及び回路の開発)

  亀田　重賢, 医学研究科, 主査

  2024年03月25日
• Leveraging genomics and proteomics to identify therapeutic targets for COVID-19 and cardiometabolic diseases(ゲノム・プロテオーム解析を用いたCOVID-19および心血管代謝疾患の創薬標的同定)

  吉治　智志, 医学研究科, 主査

  2024年03月25日
• Comprehensive analysis of full-length transcripts reveals novel splicing abnormalities and oncogenic transcripts in liver cancer(完全長転写産物の網羅的解析による肝細胞癌における新規スプラシング異常と発がん性転写産物の解明)

  清瀨　大樹, 医学研究科, 主査

  2023年05月23日
• Conserved Double Translation Initiation Site for Δ160p53 Protein Hints at Isoform’s Key Role in Mammalian Physiology(哺乳類間で保存されたp53タンパク質の二つ翻訳開始点はΔ160p53アイソフォームの重要な生理学的役割を示唆する)

  Lopez Iniesta Maria Jose, 医学研究科, 主査

  2023年11月24日
• RNA-seq-based miRNA signature as an independent predictor of relapse in pediatric B-cell acute lymphoblastic leukemia(RNA-seqに基づくmiRNAシグネチャーは小児B細胞性急性リンパ性白血病患者の独立した再発予測因子となる)

  窪田　博仁, 医学研究科, 主査

  2024年03月25日
• Evolutionary histories of breast cancer and related clones(乳癌とその関連クローンの進化の歴史)

  西村　友美, 医学研究科, 主査

  2024年03月25日
• A large-scale targeted proteomics of plasma extracellular vesicles shows utility for prognosis prediction subtyping in colorectal cancer(血漿細胞外小胞体を対象とした大規模ターゲットプロテオミクスの大腸癌予後予測サブタイプ分類における有用性)

  笠原　桂子, 医学研究科, 副査

  2023年05月23日
• Combined landscape of single-nucleotide variants and copy number alterations in clonal hematopoiesis(クローン性造血における遺伝子変異とコピー数異常の全体像)

  佐伯　龍之介, 医学研究科, 主査

  2023年03月23日
• Genome-wide Survival Analysis for Macular Neovascularization Development in Central Serous Chorioretinopathy Revealed Shared Genetic Susceptibility with Polypoidal Choroidal Vasculopathy(ゲノムワイド生存解析により同定された中心性漿液性脈絡網膜症における黄斑新生血管発症とポリープ状脈絡膜血管症との遺伝的背景共有の発見)

  森　雄貴, 医学研究科, 主査

  2023年03月23日
• Expansion of gastric intestinal metaplasia with copy number aberrations contributes to field cancerization(コピー数異常を伴う胃腸上皮化生の拡大は領域性の癌化に寄与する)

  熊谷　健, 医学研究科, 主査

  2022年07月25日
• Disease modeling of pulmonary fibrosis using human pluripotent stem cell-derived alveolar organoids(ヒト多能性幹細胞由来の肺胞オルガノイドを用いた肺線維症の疾患モデリング)

  末澤　隆浩, 医学研究科, 主査

  2022年09月26日
• Cutaneous Liver X Receptor Activation Prevents the Formation of Imiquimod-Induced Psoriatic Dermatitis (皮膚のliver X受容体の活性化はイミキモド誘導乾癬モデルの形成を抑制する)

  OTSUKA MASAYUKI, 医学研究科, 主査

  2022年03月23日
• Prognostic stratification for IDH-wild-type lower-grade astrocytoma by Sanger sequencing and copy-number alteration analysis with MLPA (サンガーシークエンスとMLPAを用いたコピー数変異解析でIDH野生型低悪性度星細胞腫の予後を層別化できる)

  牧野　恭秀, 医学研究科, 主査

  2022年03月23日
• Clinical impact of detecting low-frequency variants in cell-free DNA on treatment of castration-resistant prostate cancer (血中遊離DNAにおける低頻度変異検出が去勢抵抗性前立腺癌の治療に与える影響)

  水野　桂, 医学研究科, 主査

  2022年03月23日
• In silico analysis of inner ear development using public whole embryonic body single-cell RNA-sequencing data (マウスの全身の単一細胞RNAシークエンシング公開データを利用した内耳発生のin silico解析)

  山本　亮介, 医学研究科, 主査

  2022年03月23日
• Comparative evaluation of the extraction and analysis of urinary phospholipids and lysophospholipids using MALDI-TOF/MS (MALDI-TOF/MSを用いた尿中リン脂質およびリゾリン脂質の抽出法および分析法に関する比較検討)

  李　新, 医学研究科, 主査

  2021年07月26日
• HBO1-MLL interaction promotes AF4/ENL/P-TEFb-mediated leukemogenesis (HBO1とMLLは結合しAF4/ENL/P-TEFb複合体による白血化を促進する)

  髙橋　慧, 医学研究科, 主査

  2022年03月23日
• Trp53 Mutation in Keratin 5 (Krt5)-Expressing Basal Cells Facilitates the Development of Basal Squamous-Like Invasive Bladder Cancer in the Chemical Carcinogenesis of Mouse Bladder (ケラチン５発現基底細胞でのTrp53遺伝子変異はマウス化学発癌モデルの基底扁平上皮様サブタイプ筋層浸潤性膀胱癌の形成を促進する)

  増田　憲彦, 医学研究科, 主査

  2022年01月24日

非常勤講師

• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  滋賀医科大学