基本情報

協力講座

• 生命科学研究科, 高次生命科学専攻 細胞増殖統御学

学部兼担

• 国際高等教育院

学位

• Ｍ．Ｓ．(Katholieke HogeschoolBrugge-Oostende)
• Ｍ．Ｓ．(Ghent University)
• 博士（生命科学）(東京大学)

経歴

• 京都大学

ID,URL

• ORCID ID

  0000-0003-2180-5732

• J-Global ID

  201601007061521273

関連Webサイト

• https://genomics.virus.kyoto-u.ac.jp/alexisvdb/

researchmap URL

• https://researchmap.jp/alexisvdb

研究

研究テーマ・研究概要

• 研究テーマ

  エピジェネティクス・転写・転写後レベルにわたる遺伝子発現の制御機構の予測

• 研究概要

  Biological data is often high-dimensional, and therefore difficult to process, visualize, and analyze. The goal of my research is the discovery of new insights in biological data using bioinformatics approaches. Recent projects include the prediction of new regulators from thousands of gene expression samples (RNA-seq), and understanding the timing of epigenetic modifications from ChIP-seq data. Currently, I am developing a bioinformatics method for finding interesting genes in single-cell RNA-seq data.

研究分野

• ライフサイエンス, システムゲノム科学

論文

• Delamination of trophoblast-like syncytia from the amniotic ectodermal analogue in human primed embryonic stem cell-based differentiation model.

  Masatoshi Ohgushi; Nobuko Taniyama; Alexis Vandenbon; Mototsugu Eiraku

  Cell reports, 2022年06月21日

  
• Evaluation of critical data processing steps for reliable prediction of gene co-expression from large collections of RNA-seq data.

  Alexis Vandenbon

  PloS one, 2022年

  
• Enhancement of Regnase-1 expression with stem loop-targeting antisense oligonucleotides alleviates inflammatory diseases.

  Ka Man Tse; Alexis Vandenbon; Xiaotong Cui; Takashi Mino; Takuya Uehata; Keiko Yasuda; Ayuko Sato; Tohru Tsujimura; Fabian Hia; Masanori Yoshinaga; Makoto Kinoshita; Tatsusada Okuno; Osamu Takeuchi

  Science translational medicine, 2022年05月11日

  
• Cyclin J-CDK complexes limit innate immune responses by reducing proinflammatory changes in macrophage metabolism.

  Yee Kien Chong; Sarang Tartey; Yuki Yoshikawa; Koshi Imami; Songling Li; Masanori Yoshinaga; Ai Hirabayashi; Guohao Liu; Alexis Vandenbon; Fabian Hia; Takuya Uehata; Takashi Mino; Yutaka Suzuki; Takeshi Noda; Dominique Ferrandon; Daron M Standley; Yasushi Ishihama; Osamu Takeuchi

  Science signaling, 2022年04月12日

  
• Profibrotic function of pulmonary group 2 innate lymphoid cells is controlled by regnase-1.

  Yoshinari Nakatsuka; Ai Yaku; Tomohiro Handa; Alexis Vandenbon; Yuki Hikichi; Yasutaka Motomura; Ayuko Sato; Masanori Yoshinaga; Kiminobu Tanizawa; Kizuku Watanabe; Toyohiro Hirai; Kazuo Chin; Yutaka Suzuki; Takuya Uehata; Takashi Mino; Tohru Tsujimura; Kazuyo Moro; Osamu Takeuchi

  The European respiratory journal, 2021年03月, 査読有り

  
• A clustering-independent method for finding differentially expressed genes in single-cell transcriptome data.

  Alexis Vandenbon; Diego Diez

  Nature communications, 2020年08月28日, 査読有り

  
• Zinc Finger Protein St18 Protects against Septic Death by Inhibiting VEGF-A from Macrophages.

  Kenta Maruyama; Hiroyasu Kidoya; Naoki Takemura; Erika Sugisawa; Osamu Takeuchi; Takeshi Kondo; Mohammed Mansour Abbas Eid; Hiroki Tanaka; Mikaël M Martino; Nobuyuki Takakura; Yasunori Takayama; Shizuo Akira; Alexis Vandenbon; Yutaro Kumagai

  Cell reports, 2020年07月14日, 査読有り

  
• Codon bias confers stability to human mRNAs.

  Fabian Hia; Sheng Fan Yang; Yuichi Shichino; Masanori Yoshinaga; Yasuhiro Murakawa; Alexis Vandenbon; Akira Fukao; Toshinobu Fujiwara; Markus Landthaler; Tohru Natsume; Shungo Adachi; Shintaro Iwasaki; Osamu Takeuchi

  EMBO reports, 2019年11月05日, 査読有り

  
• Waves of chromatin modifications in mouse dendritic cells in response to LPS stimulation.

  Alexis Vandenbon; Yutaro Kumagai; Mengjie Lin; Yutaka Suzuki; Kenta Nakai

  Genome biology, 2018年09月19日, 査読有り

  
• Pulmonary Regnase-1 orchestrates the interplay of epithelium and adaptive immune systems to protect against pneumonia.

  Yoshinari Nakatsuka; Alexis Vandenbon; Takashi Mino; Masanori Yoshinaga; Takuya Uehata; Xiaotong Cui; Ayuko Sato; Tohru Tsujimura; Yutaka Suzuki; Atsuyasu Sato; Tomohiro Handa; Kazuo Chin; Teiji Sawa; Toyohiro Hirai; Osamu Takeuchi

  Mucosal immunology, 2018年07月, 査読有り

  
• Guidance of regulatory T cell development by Satb1-dependent super-enhancer establishment (vol 18, pg 173, 2017)

  Yohko Kitagawa; Naganari Ohkura; Yujiro Kidani; Alexis Vandenbon; Keiji Hirota; Ryoji Kawakami; Keiko Yasuda; Daisuke Motooka; Shota Nakamura; Motonari Kondo; Ichiro Taniuchi; Terumi Kohwi-Shigematsu; Shimon Sakaguchi

  NATURE IMMUNOLOGY, 2017年11月, 査読有り

  
• Regnase-1 Maintains Iron Homeostasis via the Degradation of Transferrin Receptor 1 and Prolyl-Hydroxylase- Domain-Containing Protein 3 mRNAs

  Masanori Yoshinaga; Yoshinari Nakatsuka; Alexis Vandenbon; Daisuke Ori; Takuya Uehata; Tohru Tsujimura; Yutaka Suzuki; Takashi Mino; Osamu Takeuchi

  CELL REPORTS, 2017年05月, 査読有り

  
• Modeling the cis-regulatory modules of genes expressed in developmental stages of Drosophila melanogaster

  Yosvany Lopez; Alexis Vandenbon; Akinao Nose; Kenta Nakai

  PEERJ, 2017年05月, 査読有り

  
• Microarray analysis of macrophage response to infection with Streptococcus oralis reveals the immunosuppressive effect of hydrogen peroxide

  Hitomi Matsushima; Yutaro Kumagai; Alexis Vandenbon; Hideo Kataoka; Miki Kadena; Haruka Fukamachi; Takafumi Arimoto; Hirobumi Morisaki; Nagatoshi Fujiwara; Nobuo Okahashi; Hirotaka Kuwata

  BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 2017年04月, 査読有り

  
• Microarray and gene co -expression analysis reveals that melatonin attenuates immune responses and modulates actin rearrangement in macrophages

  Miki Kadena; Yutaro Kumagai; Alexis Vandenbon; Hitomi Matsushima; Haruka Fukamachi; Noboru Maruta; Hideo Kataoka; Takafumi Arimoto; Hirobumi Morisaki; Takahiro Funatsu; Hirotaka Kuwata

  BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 2017年04月, 査読有り

  
• Erratum: Guidance of regulatory T cell development by Satb1-dependent super-enhancer establishment.

  Kitagawa Y; Ohkura N; Kidani Y; Vandenbon A; Hirota K; Kawakami R; Yasuda K; Motooka D; Nakamura S; Kondo M; Taniuchi I; Kohwi-Shigematsu T; Sakaguchi S

  Nature immunology, 2017年03月, 査読有り

  
• Guidance of regulatory T cell development by Satb1-dependent super-enhancer establishment

  Yohko Kitagawa; Naganari Ohkura; Yujiro Kidani; Alexis Vandenbon; Keiji Hirota; Ryoji Kawakami; Keiko Yasuda; Daisuke Motooka; Shota Nakamura; Motonari Kondo; Ichiro Taniuchi; Terumi Kohwi-Shigematsu; Shimon Sakaguchi

  NATURE IMMUNOLOGY, 2017年02月, 査読有り

  
• Mapping circulating serum miRNAs to their immune-related target mRNAs.

  Bakhtiyor Nosirov; Joël Billaud; Alexis Vandenbon; Diego Diez; Edward Wijaya; Ken J Ishii; Shunsuke Teraguchi; Daron M Standley

  Advances and applications in bioinformatics and chemistry : AABC, 2017年, 査読有り

  
• Genome-wide map of RNA degradation kinetics patterns in dendritic cells after LPS stimulation facilitates identification of primary sequence and secondary structure motifs in mRNAs

  Yutaro Kumagai; Alexis Vandenbon; Shunsuke Teraguchi; Shizuo Akira; Yutaka Suzuki

  BMC GENOMICS, 2016年12月, 査読有り

  
• A rare subset of skin-tropic regulatory T cells expressing Il10/Gzmb inhibits the cutaneous immune response

  Ryoyo Ikebuchi; Shunsuke Teraguchi; Alexis Vandenbon; Tetsuya Honda; Francis H. W. Shand; Yasutaka Nakanishi; Takeshi Watanabe; Michio Tomura

  SCIENTIFIC REPORTS, 2016年10月, 査読有り

  
• Immuno-Navigator, a batch-corrected coexpression database, reveals cell type-specific gene networks in the immune system

  Alexis Vandenbon; Viet H. Dinh; Norihisa Mikami; Yohko Kitagawa; Shunsuke Teraguchi; Naganari Ohkura; Shimon Sakaguchi

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2016年04月, 査読有り

  
• Regnase-1 and Roquin Regulate a Common Element in Inflammatory mRNAs by Spatiotemporally Distinct Mechanisms

  Takashi Mino; Yasuhiro Murakawa; Akira Fukao; Alexis Vandenbon; Hans-Hermann Wessels; Daisuke Ori; Takuya Uehata; Sarang Tartey; Shizuo Akira; Yutaka Suzuki; Carola G. Vinuesa; Uwe Ohler; Daron M. Standley; Markus Landthaler; Toshinobu Fujiwara; Osamu Takeuchi

  CELL, 2015年05月, 査読有り

  
• Hydroxypropyl-β-cyclodextrin spikes local inflammation that induces Th2 cell and T follicular helper cell responses to the coadministered antigen.

  Onishi M; Ozasa K; Kobiyama K; Ohata K; Kitano M; Taniguchi K; Homma T; Kobayashi M; Sato A; Katakai Y; Yasutomi Y; Wijaya E; Igarashi Y; Nakatsu N; Ise W; Inoue T; Yamada H; Vandenbon A; Standley DM; Kurosaki T; Coban C; Aoshi T; Kuroda E; Ishii KJ

  Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950), 2015年03月, 査読有り

  
• Dynamics of enhancers in myeloid antigen presenting cells upon LPS stimulation

  Alexis Vandenbon; Shunsuke Teraguchi; Osamu Takeuchi; Yutaka Suzuki; Daron M. Standley

  BMC GENOMICS, 2014年12月, 査読有り

  
• Akirin2 is critical for inducing inflammatory genes by bridging IκB-ζ and the SWI/SNF complex.

  Tartey S; Matsushita K; Vandenbon A; Ori D; Imamura T; Mino T; Standley DM; Hoffmann JA; Reichhart JM; Akira S; Takeuchi O

  The EMBO journal, 2014年10月, 査読有り

  
• A Set of Structural Features Defines the Cis-Regulatory Modules of Antenna-Expressed Genes in Drosophila melanogaster

  Yosvany Lopez; Alexis Vandenbon; Kenta Nakai

  PLOS ONE, 2014年08月, 査読有り

  
• Differential roles of epigenetic changes and Foxp3 expression in regulatory T cell-specific transcriptional regulation

  Hiromasa Morikawa; Naganari Ohkura; Alexis Vandenbon; Masayoshi Itoh; Sayaka Nagao-Sato; Hideya Kawaji; Timo Lassmann; Piero Carninci; Yoshihide Hayashizaki; Alistair R. R. Forrest; Daron M. Standley; Hiroshi Date; Shimon Sakaguchi

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2014年04月, 査読有り

  
• Malt1-induced cleavage of regnase-1 in CD4(+) helper T cells regulates immune activation.

  Takuya Uehata; Hidenori Iwasaki; Alexis Vandenbon; Kazufumi Matsushita; Eduardo Hernandez-Cuellar; Kanako Kuniyoshi; Takashi Satoh; Takashi Mino; Yutaka Suzuki; Daron M Standley; Tohru Tsujimura; Hiromi Rakugi; Yoshitaka Isaka; Osamu Takeuchi; Shizuo Akira

  Cell, 2013年05月23日, 査読有り

  
• A Parzen window-based approach for the detection of locally enriched transcription factor binding sites

  Alexis Vandenbon; Yutaro Kumagai; Shunsuke Teraguchi; Karlou Mar Amada; Shizuo Akira; Daron M. Standley

  BMC BIOINFORMATICS, 2013年01月, 査読有り

  
• The Transcription Factor Jdp2 Controls Bone Homeostasis and Antibacterial Immunity by Regulating Osteoclast and Neutrophil Differentiation

  Kenta Maruyama; Masahiro Fukasaka; Alexis Vandenbon; Tatsuya Saitoh; Takumi Kawasaki; Takeshi Kondo; Kazunari K. Yokoyama; Hiroyasu Kidoya; Nobuyuki Takakura; Daron Standley; Osamu Takeuchi; Shizuo Akira

  IMMUNITY, 2012年12月, 査読有り

  
• A novel unbiased measure for motif co-occurrence predicts combinatorial regulation of transcription

  Alexis Vandenbon; Yutaro Kumagai; Shizuo Akira; Daron M. Standley

  BMC GENOMICS, 2012年12月, 査読有り

  
• Systems biology approaches to toll-like receptor signaling

  Alexis Vandenbon; Shunsuke Teraguchi; Shizuo Akira; Kiyoshi Takeda; Daron M. Standley

  WILEY INTERDISCIPLINARY REVIEWS-SYSTEMS BIOLOGY AND MEDICINE, 2012年09月, 査読有り

  
• Stochastic binary modeling of cells in continuous time as an alternative to biochemical reaction equations

  Shunsuke Teraguchi; Yutaro Kumagai; Alexis Vandenbon; Shizuo Akira; Daron M. Standley

  PHYSICAL REVIEW E, 2011年12月, 査読有り

  
• The Jmjd3-Irf4 axis regulates M2 macrophage polarization and host responses against helminth infection

  Takashi Satoh; Osamu Takeuchi; Alexis Vandenbon; Koubun Yasuda; Yoshiaki Tanaka; Yutaro Kumagai; Tohru Miyake; Kazufumi Matsushita; Toshihiko Okazaki; Tatsuya Saitoh; Kiri Honma; Toshifumi Matsuyama; Katsuyuki Yui; Tohru Tsujimura; Daron M. Standley; Kenji Nakanishi; Kenta Nakai; Shizuo Akira

  NATURE IMMUNOLOGY, 2010年10月, 査読有り

  
• IκBζ is essential for natural killer cell activation in response to IL-12 and IL-18.

  Miyake T; Satoh T; Kato H; Matsushita K; Kumagai Y; Vandenbon A; Tani T; Muta T; Akira S; Takeuchi O

  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2010年10月, 査読有り

  
• Modeling tissue-specific structural patterns in human and mouse promoters

  Alexis Vandenbon; Kenta Nakai

  NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2010年01月, 査読有り

  
• Markov chain-based promoter structure modeling for tissue-specific expression pattern prediction

  Alexis Vandenbon; Yuki Miyamoto; Noriko Takimoto; Takehiro Kusakabe; Kenta Nakai

  DNA RESEARCH, 2008年02月, 査読有り

  
• USING SIMPLE RULES ON PRESENCE AND POSITIONING OF MOTIFS FOR PROMOTER STRUCTURE MODELING AND TISSUE-SPECIFIC EXPRESSION PREDICTION

  Alexis Vandenbon; Kenta Nakai

  GENOME INFORMATICS 2008, VOL 21, 2008年, 査読有り

  

MISC

• A rare subset of skin-tropic regulatory T cells expressing Il10/Gzmb inhibits the cutaneous immune response

  Michio Tomura; Ryoyo Ikebuchi; Shunsuke Teraguchi; Alexis Vandenbon; Shand H. W. Francis; Tetsuya Honda

  JOURNAL OF IMMUNOLOGY, 2017年05月

  

講演・口頭発表等

• singleCellHaystack: A clustering-independent method for finding differentially expressed genes in single-cell transcriptome data

  Alexis Vandenbon

  Tsukuba Bioinformatics Assembly, 2021年10月21日, 招待有り

  
• singleCellHaystack: A clustering-independent method for predicting differentially expressed genes in single cell transcriptome data

  Alexis Vandenbon

  1st International Symposium of CCII -Bioinformatics and its application to cancer and other diseases, 2021年01月15日

  
• singleCellHaystack: A clustering-independent method for predicting differentially expressed genes in single cell transcriptome data

  Alexis Vandenbon

  Human Cell Atlas Asia Meeting 2020, 2020年10月22日

  
• Prediction of regulatory mechanisms of gene expression at the epigenetic, transcriptional and post-transcriptional level

  バンデンボン アレクシス

  第8回生命医薬情報学連合大会, 2019年09月10日, 招待有り

  
• singleCellHaystack, A clustering-independent method for predicting differentially expressed genes in single cell transcriptome data

  バンデンボン アレクシス

  第8回生命医薬情報学連合大会, 2019年09月10日

  
• Navigating gene co-expression data in the immune system and finding interesting genes in single-cell haystacks

  バンデンボン アレクシス

  2019年03月08日, 招待有り

  
• Reconstructing biological networks using large-scale gene expression data

  バンデンボン アレクシス

  第２回 生命情報研究会, 2017年02月21日

  
• Waves of chromatin remodeling in mouse dendritic cells in response to lipopolysaccharide stimulation

  バンデンボン アレクシス

  第54回日本生物物理学会年会, 2016年11月24日, 招待有り

  
• Immuno-Navigator, a batch-corrected coexpression database, reveals cell type-specific gene networks in the immune system

  バンデンボン アレクシス

  第５回生命医薬情報学連合大会, 2016年09月30日

  
• Analysing cell type-specific gene networks using Immuno-Navigator

  バンデンボン アレクシス

  InCoB2016, 2016年09月21日

  
• Dynamics of enhancers in myeloid antigen presenting cells upon LPS stimulation

  バンデンボン アレクシス

  GIW ISCB-ASIA 2014, 2014年12月17日

  
• A novel unbiased measure for motif co-occurrence predicts combinatorial regulation of transcription

  バンデンボン アレクシス

  InCoB2012, 2012年10月05日

  
• Modeling the structures of promoters of virus-induced genes

  バンデンボン アレクシス

  Bioinformatics in Immunology workshop, 2009年11月06日

  
• Towards a More Complex Grammar for Promoter Architecture Models

  バンデンボン アレクシス

  JSBi 2008, 2008年12月16日

  
• Using Simple Rules on Presence and Positioning of Motifs for Promoter Structure Modeling and Tissue-specific Expression Prediction

  バンデンボン アレクシス

  GIW 2008, 2008年12月03日

  
• Markov Chain-based Promoter Structure Modeling

  バンデンボン アレクシス

  ISMB/ECCB 2007, 2007年07月25日

  

受賞

• 2019年09月10日

  日本バイオインフォマティクス学会, Oxford Journals - Japanese Society for Bioinformatics Prize

外部資金：科学研究費補助金

• Comprehensive optimization of cell type-specific gene co-expression networks and construction of a cell type-specific co-expression database

  基盤研究(C)

  小区分43060:システムゲノム科学関連

  京都大学

  VANDENBON ALEXIS

  自 2020年04月01日, 至 2023年03月31日, 交付

  gene expression;gene co-expression;data normalization;database;batch effects;RNA-seq;network analysis

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20K06609/
• 単細胞遺伝子発現解析による高機能な制御性T細胞の集積を誘導する皮膚炎治療薬の開発

  若手研究(B)

  大阪大谷大学

  池渕 良洋

  自 2015年04月01日, 至 2017年03月31日, 完了

  制御性T細胞;炎症性皮膚疾患;免疫抑制;シングルセル解析;細胞遊走;KikGRマウス;接触性皮膚炎;ケモカイン

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15K19687/
• 免疫応答の制御に関与するプロモータの網羅的な構造特徴の抽出とモデル化

  若手研究(B)

  大阪大学

  VANDENBON ALEXIS

  自 2011年04月28日, 至 2013年03月31日, 完了

  自然免疫;バイオインフォマティクス;配列解析;転写制御;エピジェネティクス;転写因子;マクロファージ;樹状細胞

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23710234/
• 細胞種特異的発現を決めるエンハンサー文法の探求

  基盤研究(C)

  小区分43060:システムゲノム科学関連

  東京大学

  中井 謙太

  自 2022年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付

  細胞種特異的発現制御;クロマチンループ;自然言語モデル;ゲノム情報解析;モチーフ文法

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K06189/

教育

担当科目

• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  ILAS Seminar-E2

  Z002, 前期, 国際高等教育院, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  Introductory Statistics-E2

  N804, 後期, 国際高等教育院, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  ILAS Seminar-E2

  Z002, 後期, 国際高等教育院, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  Basic Data Analysis-E2

  N809, 前期, 国際高等教育院, 2
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  Basic Data Analysis-E2

  前期, 全学共通科目
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  ILAS Seminar-E2

  前期, 全学共通科目
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  ILAS Seminar-E2

  後期, 全学共通科目
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  Introductory Statistics-E2

  後期, 全学共通科目
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  Basic Data Analysis-E2

  前期, 全学共通科目
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  ILAS Seminar-E2

  前期, 全学共通科目
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  ILAS Seminar-E2

  後期, 全学共通科目
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  Introductory Statistics-E2

  後期, 全学共通科目
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  Basic Data Analysis-E2

  前期, 全学共通科目
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  ILAS Seminar-E2:Introductory Bioinformatics（バイオイ…

  後期, 全学共通科目
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  ILAS Seminar-E2:Programming for data analysis（データ…

  前期, 全学共通科目
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  Introductory Statistics-E2

  後期, 全学共通科目
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  Basic Data Analysis-E2

  前期, 全学共通科目
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  ILAS Seminar-E2:Introductory Bioinformatics（バイオイ…

  後期, 全学共通科目
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  ILAS Seminar-E2:Programming for data analysis（データ…

  前期, 全学共通科目
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  Introductory Statistics-E2

  後期, 全学共通科目

大学運営

部局運営(役職等)

• 自 2022年04月01日

  情報セキュリティ委員会　委員