基本情報

学部兼担

• 農学部

所属学協会

• 園芸学会
• 日本育種学会
• International Society for Horticultural Science

学位

• 修士（農学）(京都大学)
• 博士（農学）(京都大学)

出身大学院・研究科等

• 京都大学, 大学院農学研究科修士課程農学専攻, 修了
• 京都大学, 大学院農学研究科博士後期課程農学専攻, 修了

出身学校・専攻等

• 京都大学, 農学部資源生物科学科, 卒業

出身高等学校

• 出身高等学校

  岡山県立倉敷青陵高等学校, おかやまけんりつくらしきせいりょうこうとうがっこう

経歴

• 自 2019年05月, 至 現在

  京都大学, 大学院農学研究科, 助教
• 自 2018年04月, 至 2019年04月

  京都大学, 大学院農学研究科, 研究員
• 自 2016年04月, 至 2018年03月

  日本学術振興会, 特別研究員DC2

ID,URL

• J-Global ID

  201801013623000497

researchmap URL

• https://researchmap.jp/nishiyama020

研究

研究テーマ・研究概要

• 研究テーマ

  果樹の遺伝育種、育種法、ゲノムに関する研究

• 研究概要

  果樹の様々な重要形質に関する遺伝解析を行っている。カキとブルーベリーを主な対象に研究している。カキ甘渋性・果実サイズの遺伝解析、ブルーベリーのゲノミクス、新たな果樹の育種法の開発。

研究キーワード

• 果樹園芸学
• 倍数性
• 遺伝

研究分野

• 環境・農学, 園芸科学

論文

• Integer programming for selecting set of informative markers in paternity inference.

  Soichiro Nishiyama; Kengo Sato; Ryutaro Tao

  BMC bioinformatics, 2022年07月08日, 筆頭著者, 責任著者

  
• Phenotypic evaluation of shape diversity in persimmon fruit using two- and three-dimensional imaging

  A. Kusumi; Y. Osako; R. Nakano; S. Nishiyama; R. Tao

  Acta Horticulturae, 2022年04月

  
• Candidate gene analysis for ASTRINGENCY controlling fruit astringency in Diospyros kaki based on mRNA- and small RNA-sequencing analyses

  Y. Fujiwara; S. Nishiyama; N. Onoue; R. Matsuzaki; K. Yonemori; R. Tao

  Acta Horticulturae, 2022年04月

  
• Genome-Wide Identification of Loci Associated With Phenology-Related Traits and Their Adaptive Variations in a Highbush Blueberry Collection

  Kyoka Nagasaka; Soichiro Nishiyama; Mao Fujikawa; Hisayo Yamane; Kenta Shirasawa; Ebrahiem Babiker; Ryutaro Tao

  Frontiers in Plant Science, 2022年01月21日, 責任著者

  
• Characterization of Tissue-specific Transcriptomic Responses to Seedlessness Induction by Gibberellin in Table Grape

  Soichiro Nishiyama; Daisuke Yoshimura; Akihiko Sato; Keizo Yonemori

  The Horticulture Journal, 2022年, 責任著者

  
• Insights into the Physiological and Molecular Mechanisms Underlying Highbush Blueberry Fruit Growth Affected by the Pollen Source

  Kyoka Nagasaka; Hisayo Yamane; Soichiro Nishiyama; Shu Ebihara; Ryusuke Matsuzaki; Masakazu Shoji; Ryutaro Tao

  The Horticulture Journal, 2022年

  
• Characterization of a gene co-expression network associated with mgst, the pollen modifier gene of gametophytic self-incompatibility in sweet cherry (prunus avium l.)

  K. Ono; E. T. Chang; S. Nishiyama; A. Wünsch; R. Tao; K. Ono

  Acta Horticulturae, 2021年06月

  
• Frequent reversion and continuous size variation in the small fruit mutant 'totsutanenashi' persimmon

  S. Wang; C. L. Tam; I. Naito; S. Nishiyama; R. Tao

  Acta Horticulturae, 2021年06月

  
• Genomics-based discrimination of 2n gamete formation mechanisms in polyploids: a case study in nonaploid Diospyros kaki ‘Akiou’

  Peng Sun; Soichiro Nishiyama; Hideaki Asakuma; Roeland E Voorrips; Jianmin Fu; Ryutaro Tao

  G3 Genes|Genomes|Genetics, 2021年05月29日, 責任著者

  
• Allelic distribution at SNP loci within bud dormancy-related QTLs in Japanese apricot (Prunus mume) collections

  T. Hsiang; W. Chen; H. Yamane; S. Nishiyama; R. Nakano; R. Tao

  Acta Horticulturae, 2021年05月

  
• Genomic insight into the developmental history of southern highbush blueberry populations.

  Soichiro Nishiyama; Mao Fujikawa; Hisayo Yamane; Kenta Shirasawa; Ebrahiem Babiker; Ryutaro Tao

  Heredity, 2021年01月, 筆頭著者, 責任著者

  
• Functional and expressional analyses of apple FLC-like in relation to dormancy progress and flower bud development.

  Soichiro Nishiyama; Miwako Cecile Matsushita; Hisayo Yamane; Chikako Honda; Kazuma Okada; Yosuke Tamada; Shigeki Moriya; Ryutaro Tao

  Tree physiology, 2019年11月14日, 筆頭著者

  
• Changes in cytokinin metabolism in a small fruit mutant of ‘Hiratanenashi’ persimmon (Diospyros kaki Thunb.)

  I. Naito; S. Nishiyama; M. Gao-Takai; M. Gao-Takai; H. Yamane; R. Tao

  Acta Horticulturae, 2018年08月30日

  
• Comparative Mapping of the ASTRINGENCY Locus Controlling Fruit Astringency in Hexaploid Persimmon (Diospyros kaki Thunb.) with the Diploid D. lotus Reference Genome

  Nishiyama Soichiro; Onoue Noriyuki; Kono Atsushi; Sato Akihiko; Ushijima Koichiro; Yamane Hisayo; Tao Ryutaro; Yonemori Keizo

  HORTICULTURE JOURNAL, 2018年07月, 筆頭著者

  
• RNA-sequencing Analysis Identifies Genes Associated with Chilling-mediated Endodormancy Release in Apple

  Takeuchi Takanori; Matsushita Miwako Cecile; Nishiyama Soichiro; Yamane Hisayo; Banno Kiyoshi; Tao Ryutaro

  JOURNAL OF THE AMERICAN SOCIETY FOR HORTICULTURAL SCIENCE, 2018年05月, 筆頭著者

  
• Identification of QTLs controlling chilling and heat requirements for dormancy release and bud break in Japanese apricot (Prunus mume)

  Yuto Kitamura; Tsuyoshi Habu; Hisayo Yamane; Soichiro Nishiyama; Kei Kajita; Takuya Sobue; Takashi Kawai; Koji Numaguchi; Tetsuya Nakazaki; Akira Kitajima; Ryutaro Tao

  Tree Genetics and Genomes, 2018年04月01日

  
• Characterization of a gene regulatory network underlying astringency loss in persimmon fruit.

  Soichiro Nishiyama; Noriyuki Onoue; Atsushi Kono; Akihiko Sato; Keizo Yonemori; Ryutaro Tao

  Planta, 2018年03月, 筆頭著者

  
• カキ(Diospyro kaki)‘平核無’果実と‘平核無’由来の小果変異系統‘突核無’の果実間の,生理学的特性及び遺伝子発現の差異

  羽生剛; 山根久代; 内藤一平; 西山総一郎; 野中亜優美; 河井崇; 山田寿; 田尾龍太郎

  Horticulture Journal, 2016年

  
• EFFECT OF ABA TREATMENT ON TANNIN ACCUMULATION AT AN EARLY STAGE OF FRUIT DEVELOPMENT IN PERSIMMON

  S. Nishiyama; K. Yonemori; J. Ueda

  Acta Horticulturae, 2014年07月

  
• IDENTIFICATION OF PLANT HORMONES IN ENDOSPERM LIQUID OF MANGOSTEEN FRUITS AT YOUNG DEVELOPMENTAL STAGES

  K. Yonemori; S. Nishiyama; C. Yapwattanaphun; J. Ueda

  Acta Horticulturae, 2014年07月

  
• Development of Molecular Markers Associated with Sexuality in Diospyros lotus L. and Their Application in D-kaki Thunb

  Takashi Akagi; Kei Kajita; Takanori Kibe; Haruka Morimura; Tomoyuki Tsujimoto; Soichiro Nishiyama; Takashi Kawai; Hisayo Yamane; Ryutaro Tao

  JOURNAL OF THE JAPANESE SOCIETY FOR HORTICULTURAL SCIENCE, 2014年07月

  

MISC

• 3Dスキャナを用いたカキ果実の複雑形状発達の定量解析

  久住あかね; 西山総一郎; 田尾龍太郎

  園芸学研究 別冊, 2022年

  
• 三次元電子顕微鏡法と機械学習によるカキタンニン細胞の微細構造イメージング

  西山総一郎; 田尾龍太郎; 米森敬三

  園芸学研究 別冊, 2022年

  
• ブルーベリーの味および食感特性が果実の嗜好性に与える影響

  平岩尚樹; 山根久代; 西山総一郎; 田尾龍太郎

  園芸学研究 別冊, 2022年

  
• カキ‘平核無’に生じた小果変異の起源と多面発現

  西山総一郎; WANG S.; TAM Chun-Lai; 田尾龍太郎

  園芸学研究 別冊, 2021年

  
• 倍数体における非還元配偶子形成メカニズム識別手法の提案

  西山総一郎; SUN P.; 朝隈英昭; VOORRIPS Roeland; FU Jianmin; 田尾龍太郎

  育種学研究, 2021年

  
• 倍数体モデルに基づくサザンハイブッシュブルーベリーのゲノムワイドアソシエーション解析

  長坂京香; 西山総一郎; 藤川真央; 山根久代; 白澤健太; BABIKER Ebrahiem; 田尾龍太郎

  園芸学研究 別冊, 2021年

  
• 深層学習を用いた野外環境におけるカキ果実の検出と品種識別

  久住あかね; 大迫祐太朗; 中野龍平; 西山総一郎; 田尾龍太郎

  園芸学研究 別冊, 2021年

  
• ハイブッシュブルーベリーの果実発達に及ぼす花粉親の影響

  長坂京香; 山根久代; 西山総一郎; 海老原脩; 松崎隆介; 庄子雅和; 田尾龍太郎

  園芸学研究 別冊, 2021年

  
• 実生の花粉親を同定するためのマーカーセット最適化アルゴリズムの開発

  西山総一郎; 田尾龍太郎

  園芸学研究 別冊, 2021年

  
• カキ甘渋性を制御する候補遺伝子の探索

  藤原陽介; 西山総一郎; 尾上典之; 松崎隆介; 米森敬三; 田尾龍太郎

  園芸学研究 別冊, 2021年

  
• サザンハイブッシュブルーベリーにおける重要形質のゲノムワイドアソシエーション解析

  西山総一郎; 藤川真央; 山根久代; 白澤健太; BABIKER Ebrahiem; 田尾龍太郎

  園芸学研究 別冊, 2020年

  
• 九倍体カキ’平核無’とその枝変わり群の系統分化

  西山総一郎; WANG S.; 田尾龍太郎

  育種学研究, 2020年

  
• Genetic Diversity and Population Structure Analysis of Vaccinium Corymbosum Assessed By Double Digest Restriction-Site Associated DNA Sequencing

  Babiker Ebrahiem; Fujikawa Mao; Tao Ryutaro; Yamane Hisayo; Nishiyama Soichiro; Shirasawa Kenta

  HORTSCIENCE, 2019年09月

  
• トランスクリプトーム解析による日本タイプ完全甘と中国タイプ完全甘のPA蓄積制御メカニズムの比較

  西山総一郎; 尾上典之; 河野淳; 佐藤明彦; 田尾龍太郎; 米森敬三

  園芸学研究 別冊, 2019年

  
• カキの果実発達を制御する遺伝子発現ネットワーク

  西山総一郎; 尾上典之; 河野淳; 佐藤明彦; 米森敬三; 田尾龍太郎

  園芸学研究 別冊, 2019年

  
• ddRAD-seq法によるハイブッシュブルーベリーの集団構造解析

  藤川真央; BABIKER Ebrahiem; 西山総一郎; 山根久代; 白澤健太; 田尾龍太郎

  園芸学研究 別冊, 2019年

  
• カキ甘渋性決定遺伝子座の多様性解析

  西山総一郎; 藏本晃栄; 尾上典之; 河野淳; 佐藤明彦; 米森敬三; 田尾龍太郎

  園芸学研究 別冊, 2018年

  
• カキ甘渋性に関する共発現ネットワーク解析

  西山総一郎; 尾上典之; 河野淳; 佐藤明彦; 米森敬三; 田尾龍太郎

  園芸学研究 別冊, 2017年

  
• カキ甘渋性決定遺伝子座とシンテニィのあるマメガキゲノム領域の解析

  西山総一郎; 尾上典之; 河野淳; 佐藤明彦; 牛島幸一郎; 山根久代; 田尾龍太郎; 米森敬三

  園芸学研究 別冊, 2017年

  
• カキ甘渋性に関するトランスクリプトーム解析

  西山総一郎; 尾上典之; 河野淳; 佐藤明彦; 米森敬三; 田尾龍太郎

  園芸学研究 別冊, 2016年

  
• ‘平核無’の小果突然変異体‘突核無’の果実におけるサイトカイニン含量および遺伝子発現の変化

  内藤一平; 西山総一郎; 高居恵愛; 山根久代; 田尾龍太郎

  園芸学研究 別冊, 2016年

  
• Comparative genomics of the locus controlling astringency in Diospyros species.

  Nishiyama, S; A. Kono; N. Onoue; A. Sato; K. Ushijima; H. Yamane; R. Tao; K. Yonemori

  Abst. Plant & Animal Genome, 2016年

  
• Effectiveness of Molecular Markers for Detecting the Non-astringent Trait of Chinese Persimmon and a Trial to Identify the Gene Conferring Chinese PCNA Trait in 'Luo Tian Tian Shi'

  Keizo Yonemori; Soichiro Nishiyama; Hisayo Yamane; Akihiko Sato

  HORTSCIENCE, 2015年09月

  
• マメガキを用いたカキの甘渋性決定遺伝子座の比較ゲノム解析

  西山総一郎; 佐藤明彦; 河野淳; 尾上典之; 牛島幸一郎; 山根久代; 田尾龍太郎; 米森敬三

  園芸学研究 別冊, 2015年

  

講演・口頭発表等

• 倍数性果樹のゲノム特性-カキとブルーベリーの育種努力の歴史と展望-

  西山総一郎

  「高次倍数体をどうにかする会」2021冬, 2021年12月23日, 招待有り

  
• Physiological and genetic characterization of ‘Totsutanenashi’, a nonaploid persimmon mutant bearing extremely small size fruit

  Soichiro Nishiyama; Chiho Iwami; Sheng Wang; ChunLai Tam; Ryutaro Tao

  7th International Symposium on Persimmon, 2021年09月23日

  
• DNA sequence diversity of the astringency-controlling locus in Diospyros kaki

  Tao, R; A. Kuramoto; S. Nishiyama

  7th International Symposium on Persimmon, 2021年09月24日

  
• 高次倍数体のSNP検出

  西山総一郎

  園芸作物バイオインフォマティクス入門3, 2021年09月10日, 招待有り

  
• Characterization of population structure and genetic variation of chilling requirement in southern highbush blueberry

  Nishiyama, S; M. Fujikawa; H. Yamane; K. Shirasawa; E. Babiker; R. Tao

  XII International Vaccinium Symposium, 2021年08月30日

  
• Genome-wide association mapping of phenology-ralted traits in southern highbush blueberry using ddRAD-seq

  Babiker, E; K. Nagasaka; S. Nishiyama; M. Fujikawa; H. Yamane; R. Tao

  Annual meeting of American Society for Horticultural Science, 2021年08月05日

  
• Genetic analysis of proanthocyanidin accumulation in hexaploid persimmon

  Soichiro Nishiyama

  The 4th KU-KUGSA Bilateral Symposium, 2018年12月05日, 招待有り

  
• Genetics of proanthocyanidins accumulation control in persimmon fruit

  Soichiro Nishiyama

  HZAU-NTU-KU Joint Horticulture Symposium, 2018年09月03日, 招待有り

  
• カキ甘渋性の分子制御機構解明にむけて

  西山総一郎

  福井県立大学 生物資源学先端セミナー, 2018年07月17日, 招待有り

  
• Toward isolation of a gene conferring astringency loss in persimmon fruit

  Nishiyama, S; N. Onoue; A. Kono; A. Sato; K. Yonemori; R. Tao

  Plant and Animal Genome XXV, 2017年01月17日

  
• Transcriptome analysis for astringency in persimmon fruit

  Nishiyama, S; N. Onoue; A. Kono; A. Sato; K. Yonemori; R. Tao

  The ISHS VI International Symposium on Persimmon, 2016年10月17日

  

外部資金：科学研究費補助金

• ゲノミクスと果実フェノミクスに基づく倍数体果樹育種の新展開

  国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(A))

  小区分39030:園芸科学関連

  京都大学

  西山 総一郎

  自 2022年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付

  果樹;カキ;倍数性;ゲノム;機械学習

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21KK0269/
• エピジェネティックなトランスポゾン時空間特異的転移制御による果実発達機構の解明

  挑戦的研究(萌芽)

  中区分39:生産環境農学およびその関連分野

  京都大学

  山根 久代

  自 2021年07月09日, 至 2024年03月31日, 交付

  DNAメチル化;エピジェネティクス;果実成熟;トランスポゾン;果樹

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21K19113/
• 完全甘ガキ性決定遺伝子の同定と機能解析

  若手研究

  小区分39030:園芸科学関連

  京都大学

  西山 総一郎

  自 2021年04月01日, 至 2024年03月31日, 交付

  果樹;プロアントシアニジン;倍数性;果実品質;ゲノム;ゲノム解析

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21K14848/
• 作物科学研究へのパラダイムシフトを誘起するカキ属植物の研究加速化のための基盤形成

  挑戦的研究(開拓)

  中区分39:生産環境農学およびその関連分野

  京都大学

  田尾 龍太郎

  自 2020年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付

  果樹;遺伝子情報;機械学習;果実形状;遺伝子機能評価;倍数体

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20K20454/
• カキ果実のプロアントシアニジン蓄積の組織学的解析とその分子生物学的制御機構の解明

  基盤研究(C)

  小区分39030:園芸科学関連

  龍谷大学

  米森 敬三

  自 2020年04月01日, 至 2023年03月31日, 交付

  タンニン細胞;果樹;カキ;渋味;蓄積制御

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20K06038/
• ゲノム科学と認知科学の融合による消費者指向型高品質ブルーベリー育種の基盤整備

  国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))

  中区分39:生産環境農学およびその関連分野

  京都大学

  田尾 龍太郎

  自 2019年10月07日, 至 2024年03月31日, 交付

  果樹;園芸;嗜好性;栽培化;倍数体

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19KK0156/
• カキ小果変異体に着目した果実サイズ制御機構の解明

  若手研究

  小区分39030:園芸科学関連

  京都大学

  西山 総一郎

  自 2019年04月01日, 至 2021年03月31日, 完了

  果樹;ゲノム;倍数体;トランスクリプトーム;果実発達;果実品質;倍数性;器官サイズ;全ゲノム解析;枝変わり

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19K15832/
• カキ果実におけるプロアントシアニジン蓄積制御機構解明

  研究活動スタート支援

  0602:生産環境農学およびその関連分野

  京都大学

  西山 総一郎

  自 2018年08月24日, 至 2020年03月31日, 完了

  園芸学;果実;二次代謝;トランスクリプトーム;ゲノム;倍数性;甘渋性;倍数体ゲノム;フラボノイド

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18H06008/
• カキの特異なプロアントシアニジン蓄積の基盤となる分子遺伝学的機構の解明と応用

  基盤研究(B)

  小区分39030:園芸科学関連

  京都大学

  西山 総一郎

  自 2023年04月01日, 至 2027年03月31日, 採択

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23H02202/

教育

担当科目

• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  果樹園芸学専攻実験２

  AC35, 通年, 農学研究科, 5
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  果樹園芸学専攻実験１

  AC34, 通年, 農学研究科, 5
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  果樹園芸学演習２

  AB17, 通年, 農学研究科, 4
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  果樹園芸学演習１

  AB16, 通年, 農学研究科, 4
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  植物分子育種学

  5375, 後期, 農学部, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  園芸科学演習

  5285, 通年, 農学部, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  果樹園芸学専攻実験２

  AC35, 通年, 農学研究科, 5
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  果樹園芸学演習１

  AB16, 通年, 農学研究科, 4
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  園芸科学演習

  5285, 通年, 農学部, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  果樹園芸学専攻実験１

  AC34, 通年, 農学研究科, 5
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  果樹園芸学演習２

  AB17, 通年, 農学研究科, 4
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  園芸科学演習

  通年, 農学部
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  果樹園芸学専攻実験１

  通年, 農学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  果樹園芸学専攻実験２

  通年, 農学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  果樹園芸学演習１

  通年, 農学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  果樹園芸学演習２

  通年, 農学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  園芸科学演習

  通年, 農学部
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  果樹園芸学専攻実験１

  通年, 農学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  果樹園芸学専攻実験２

  通年, 農学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  果樹園芸学演習１

  通年, 農学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  果樹園芸学演習２

  通年, 農学研究科

大学運営

部局運営(役職等)

• 自 2021年04月01日, 至 2023年03月31日

  情報セキュリティ・システム委員会　委員