基本情報

全学メールアドレス

• 全学メールアドレス

  ishikawa.masato.7vkyoto-u.ac.jp

学位

• 2020年03月23日

  東京大学博士（科学）

出身学校・専攻等

• 東京大学, 理学部生物情報科学科, 卒業

ID,URL

• ORCID ID

  0009-0009-6057-8959

• J-Global ID

  202301001791143327

researchmap URL

• https://researchmap.jp/masatoiskw

研究

論文

• Probabilistic coupling of cellular and microenvironmental heterogeneity by masked self-supervised learning

  Yasuhiro Kojima; Yosuke Tanaka; Haruka Hirose; Fumiko Chiwaki; Kazuya Nishimura; Shuto Hayashi; Kota Itahashi; Masato Ishikawa; Teppei Shimamura; Hiroyuki Mano

  2026年04月24日

  
• Inferring extrinsic factor-dependent single-cell transcriptome dynamics using a deep generative model

  Yasuhiro Kojima; Yuko Arioka; Haruka Hirose; Shuto Hayashi; Yusuke Mizuno; Keiki Nagaharu; Hiroki Okumura; Masato Ishikawa; Kohshi Ohishi; Yutaka Suzuki; Norio Ozaki; Teppei Shimamura

  2024年04月01日

  
• Single-cell colocalization analysis using a deep generative model

  Yasuhiro Kojima; Shinji Mii; Shuto Hayashi; Haruka Hirose; Masato Ishikawa; Masashi Akiyama; Atsushi Enomoto; Teppei Shimamura

  Cell Systems, 2024年02月, 査読有り

  
• RENGE infers gene regulatory networks using time-series single-cell RNA-seq data with CRISPR perturbations

  Masato Ishikawa; Seiichi Sugino; Yoshie Masuda; Yusuke Tarumoto; Yusuke Seto; Nobuko Taniyama; Fumi Wagai; Yuhei Yamauchi; Yasuhiro Kojima; Hisanori Kiryu; Kosuke Yusa; Mototsugu Eiraku; Atsushi Mochizuki

  Communications Biology, 2023年12月28日, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  この論文にアクセスする：

  
• Constrained vertebrate evolution by pleiotropic genes

  Haiyang Hu; Masahiro Uesaka; Song Guo; Kotaro Shimai; Tsai-Ming Lu; Fang Li; Satoko Fujimoto; Masato Ishikawa; Shiping Liu; Yohei Sasagawa; Guojie Zhang; Shigeru Kuratani; Jr-Kai Yu; Takehiro G. Kusakabe; Philipp Khaitovich; Naoki Irie

  Nature Ecology & Evolution, 2017年09月25日, 査読有り

  

MISC

• 制御ネットワーク構造に基づく遺伝子発現操作による細胞の運命制御

  樽本雄介; 山内悠平; 杉野成一; 石川雅人; 永樂元次; 望月敦史; 遊佐宏介

  日本ゲノム編集学会大会要旨集, 2025年

  
• 遺伝子制御ネットワークの構造に基づく細胞運命の制御

  望月敦史; 小林健司; 佐藤ゆたか; 石川雅人; 永樂元次; 遊佐宏介

  日本ゲノム編集学会大会要旨集, 2024年

  
• 遺伝子制御ネットワークの動態の操作による細胞の運命制御

  樽本雄介; 杉野成一; 山内悠平; 石川雅人; 和穎文; 永樂元次; 望月敦史; 遊佐宏介

  日本ゲノム編集学会大会要旨集, 2024年

  
• 摂動後の発現ダイナミクスに基づく遺伝子制御ネットワーク推定

  石川雅人; 杉野成一; 増田芳恵; 樽本雄介; 瀬戸裕介; 谷山暢子; 和穎文; 山内悠平; 小嶋泰弘; 木立尚孝; 遊佐宏介; 永樂元次; 望月敦史

  日本数理生物学会年会(Web), 2024年

  

講演・口頭発表等

• 遺伝子制御ダイナミクスに基づく細胞運命操作

  石川雅人

  第2回データサイエンスと生命医科学研究のフロンティアシンポジウム, 2026年03月16日, 招待有り

  
• Inferring key regulators of cell fate via dynamical systems learning

  Masato Ishikawa

  Joint Meeting of Asian Conference for Mathematical Biology and Annual Meeting of Japanese Society for Mathematical Biology (ACMB-JSMB2025), 2025年07月

  
• Inferring the regulatory function underlying gene expression dynamics by integrating gene regulatory networks

  Masato Ishikawa; Atsushi Mochizuki

  Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference (APBJC2024), 2024年10月

  
• 摂動後の発現ダイナミクスに基づく遺伝子制御ネットワーク推定

  石川雅人

  NGS EXPO 2024, 2024年09月05日, 招待有り

  
• 情報科学と力学系理論に基づく遺伝子発現ダイナミクスのモデル推定

  石川雅人

  バイオインフォマティクス分野講演会, 2024年01月, 招待有り

  
• Inference of gene regulatory networks based on expression dynamics induced by gene perturbations

  Masato Ishikawa

  OKO International Symposium 2023, 2023年08月, 招待有り

  
• 摂動後の発現時系列データを用いた遺伝子制御ネットワーク推定法

  石川雅人; 永樂 元次; 遊佐 宏介; 山内 悠平; 木立 尚孝; 望月 敦史

  第60回日本生物物理学会年会, 2022年09月, 招待有り

  

外部資金：その他

• 遺伝子制御ダイナミクスに基づく細胞運命操作

  科学技術振興機構, 戦略的創造研究推進事業 ACT-X

  自 2024年, 至 2026年

  石川雅人

教育

担当科目

• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＩＤ

  9145, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＩＣ

  9144, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＩＢ

  9143, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＢ

  9139, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＡ

  9138, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＩＡ

  9142, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＤ

  9141, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＣ

  9140, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  生物科学特論Ｂ

  9012, 後期, 理学研究科, 2
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  統合型複合科目（自然群m）

  N186, 前期, 国際高等教育院, 4
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＩＤ

  9145, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＤ

  9141, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＣ

  9140, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＢ

  9139, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＩＣ

  9144, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＩＢ

  9143, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＩＡ

  9142, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＡ

  9138, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  生物科学特論Ｂ

  9012, 後期, 理学研究科, 2
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  統合科学・少人数演習付

  Y103, 前期, 国際高等教育院, 4