基本情報

協力講座

• 薬学研究科, 医薬創成情報科学専攻 医薬創成情報科学講座, 教授
• 理学研究科, 生物科学専攻 生体分子情報学講座, 教授

学位

• 修士（理学）(京都大学)
• 博士（理学）(京都大学)

使用言語

• 英語
• フランス語

ID,URL

• J-Global ID

  201301080969730019

• 研究者番号

  70291432

• 外部リンク

  https://cls.kuicr.kyoto-u.ac.jp/

関連Webサイト

• https://cls.kuicr.kyoto-u.ac.jp/

researchmap URL

• https://researchmap.jp/hiroyuki.ogata

研究

研究テーマ・研究概要

• 研究テーマ

  ウイルスゲノム、微生物ゲノム、ゲノム進化、メタゲノム、バイオインフォマティクス、微生物生態学

• 研究概要

  微生物の多様性と時空間分布の意味を進化学と生態学の視点で理解することを目的としています。主に巨大ウイルスの進化、海洋微生物の機能と環境との相互作用を中心に研究をしています。

研究分野

• ライフサイエンス, 水圏生命科学

論文

• Discovery of Viral Myosin Genes With Complex Evolutionary History Within Plankton

  Soichiro Kijima; Tom O. Delmont; Urara Miyazaki; Morgan Gaia; Hisashi Endo; Hiroyuki Ogata

  Frontiers in Microbiology, 2021年06月07日, 査読有り, 最終著者, 責任著者

  
• The Evolution of Rag Gene Enhancers and Transcription Factor E and Id Proteins in the Adaptive Immune System

  Genki Yoshikawa; Kazuko Miyazaki; Hiroyuki Ogata; Masaki Miyazaki

  International Journal of Molecular Sciences, 2021年05月31日, 査読有り, 責任著者

  
• Multiple mutations in RNA polymerase β-subunit gene (rpoB) in Streptomyces incarnatus NRRL8089 enhance production of antiviral antibiotic sinefungin: modeling rif cluster region by density functional theory

  Saori Ogawa; Hitomi Shimidzu; Koji Fukuda; Naoki Tsunekawa; Toshiyuki Hirano; Fumitoshi Sato; Kei Yura; Tomohisa Hasunuma; Kozo Ochi; Michio Yamamoto; Wataru Sakamoto; Kentaro Hashimoto; Hiroyuki Ogata; Tadayoshi Kanao; Michiko Nemoto; Kenji Inagaki; Takashi Tamura

  Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry, 2021年04月24日, 査読有り

  
• Quantitative Assessment of Nucleocytoplasmic Large DNA Virus and Host Interactions Predicted by Co-occurrence Analyses

  Lingjie Meng; Hisashi Endo; Romain Blanc-Mathieu; Samuel Chaffron; Rodrigo Hernández-Velázquez; Hiroto Kaneko; Hiroyuki Ogata

  mSphere, 2021年04月21日, 査読有り, 最終著者

  
• A Persistent Giant Algal Virus, with a Unique Morphology, Encodes an Unprecedented Number of Genes Involved in Energy Metabolism

  Romain Blanc-Mathieu; Håkon Dahle; Antje Hofgaard; David Brandt; Hiroki Ban; Jörn Kalinowski; Hiroyuki Ogata; Ruth-Anne Sandaa

  Journal of Virology, 2021年03月25日, 査読有り

  
• Draft Genome Sequence of Medusavirus Stheno, Isolated from the Tatakai River of Uji, Japan

  Koki Yoshida; Ruixuan Zhang; Kimberly G. Garcia; Hisashi Endo; Yasuhiro Gotoh; Tetsuya Hayashi; Masaharu Takemura; Hiroyuki Ogata

  Microbiology Resource Announcements, 2021年01月07日, 査読有り, 最終著者

  
• The complete genomic sequence of the novel myovirus RP13 infecting Ralstonia solanacearum, the causative agent of bacterial wilt

  Takeru Kawasaki; Hisashi Endo; Hiroyuki Ogata; Orawan Chatchawankanphanich; Takashi Yamada

  Archives of Virology, 2021年01月02日, 査読有り

  
• Eukaryotic virus composition can predict the efficiency of carbon export in the global ocean

  Hiroto Kaneko; Romain Blanc-Mathieu; Hisashi Endo; Samuel Chaffron; Tom O. Delmont; Morgan Gaia; Nicolas Henry; Rodrigo Hernández-Velázquez; Canh Hao Nguyen; Hiroshi Mamitsuka; Patrick Forterre; Olivier Jaillon; Colomban de Vargas; Matthew B. Sullivan; Curtis A. Suttle; Lionel Guidi; Hiroyuki Ogata

  iScience, 2021年01月, 査読有り, 最終著者

  
• Mucosal microbiota and gene expression are associated with long-term remission after discontinuation of adalimumab in ulcerative colitis

  Toshiharu Sakurai; Hiroki Nishiyama; Kazuko Sakai; Marco A. De Velasco; Tomoyuki Nagai; Yoriaki Komeda; Hiroshi Kashida; Akiyoshi Okada; Isao Kawai; Kazuto Nishio; Hiroyuki Ogata; Masatoshi Kudo

  Scientific Reports, 2020年12月

  
• Deficiency of Gankyrin in the small intestine is associated with augmented colitis accompanied by altered bacterial composition of intestinal microbiota

  Toshiharu Sakurai; Hiroki Nishiyama; Tomoyuki Nagai; Susumu Goto; Hiroyuki Ogata; Masatoshi Kudo

  BMC Gastroenterology, 2020年12月, 査読有り

  
• Ecological Structuring of Temperate Bacteriophages in the Inflammatory Bowel Disease-Affected Gut

  Hiroki Nishiyama; Hisashi Endo; Romain Blanc-Mathieu; Hiroyuki Ogata

  Microorganisms, 2020年10月27日

  
• The transcription factor E2A activates multiple enhancers that drive Rag expression in developing T and B cells

  Kazuko Miyazaki; Hitomi Watanabe; Genki Yoshikawa; Kenian Chen; Reiko Hidaka; Yuki Aitani; Kai Osawa; Rie Takeda; Yotaro Ochi; Shizue Tani-ichi; Takuya Uehata; Osamu Takeuchi; Koichi Ikuta; Seishi Ogawa; Gen Kondoh; Yin C. Lin; Hiroyuki Ogata; Masaki Miyazaki

  Science Immunology, 2020年09月04日, 査読有り

  
• Biogeography of marine giant viruses reveals their interplay with eukaryotes and ecological functions

  Endo H; Blanc-Mathieu R; Li Y; Salazar G; Henry N; Labadie K; de Vargas C; Sullivan M.B; Bowler C; Wincker P; Karp-Boss L; Sunagawa S; Ogata H

  Nature Ecology & Evolution, 2020年09月, 査読有り, 最終著者, 責任著者

  
• Tara Oceans: towards global ocean ecosystems biology

  Shinichi Sunagawa; Silvia G. Acinas; Peer Bork; Chris Bowler; Damien Eveillard; Gabriel Gorsky; Lionel Guidi; Daniele Iudicone; Eric Karsenti; Fabien Lombard; Hiroyuki Ogata; Stephane Pesant; Matthew B. Sullivan; Patrick Wincker; Colomban de Vargas

  Nature Reviews Microbiology, 2020年05月12日, 査読有り

  
• An Optimized Metabarcoding Method for Mimiviridae

  Florian Prodinger; Hisashi Endo; Yasuhiro Gotoh; Yanze Li; Daichi Morimoto; Kimiho Omae; Kento Tominaga; Romain Blanc-Mathieu; Yoshihito Takano; Tetsuya Hayashi; Keizo Nagasaki; Takashi Yoshida; Hiroyuki Ogata

  Microorganisms, 2020年04月02日, 査読有り

  
• Diel cycling of the cosmopolitan abundant Pelagibacter virus 37-F6: one of the most abundant viruses on earth.

  Francisco Martinez-Hernandez; Elaine Luo; Kento Tominaga; Hiroyuki Ogata; Takashi Yoshida; Edward F DeLong; Manuel Martinez-Garcia

  Environmental microbiology reports, 2020年04月, 査読有り

  
• Algal Viruses Belonging to a Subgroup Within the Mimiviridae Family

  Ruth-Anne Sandaa; Håkon Dahle; Corina P.D. Brussaard; Hiroyuki Ogata; Romain Blanc-Mathieu

  Reference Module in Life Sciences, 2020年, 査読有り

  
• In silico Prediction of Virus-Host Interactions for Marine Bacteroidetes With the Use of Metagenome-Assembled Genomes.

  Kento Tominaga; Daichi Morimoto; Yosuke Nishimura; Hiroyuki Ogata; Takashi Yoshida

  Frontiers in microbiology, 2020年, 査読有り

  
• Genome-resolved viral and cellular metagenomes revealed potential key virus-host interactions in a deep freshwater lake.

  Okazaki Y; Nishimura Y; Yoshida T; Ogata H; Nakano S

  Environ. Microbiol., 2019年10月, 査読有り

  
• The earth is small for “leviathans”: long distance dispersal of giant viruses across aquatic environments.

  Li Y; Endo H; Gotoh Y; Watai H; Ogawa N; Blanc-Mathieu R; Yoshida T; Ogata H

  Microbes Environ., 2019年09月25日, 査読有り

  
• Viruses of the eukaryotic plankton are predicted to increase carbon export efficiency in the global sunlit ocean

  Romain Blanc-Mathieu; Hiroto Kaneko; Hisashi Endo; Samuel Chaffron; Rodrigo Hern{\'{a; ndez-Vel{\'{a } }zquez; Canh Hao Nguyen; Hiroshi Mamitsuka; Nicolas Henry; Colomban de Vargas; Matthew B. Sullivan; Curtis A. Suttle; Lionel Guidi; Hiroyuki Ogata

  2019年07月, 査読有り

  
• Marine DNA Viral Macro- and Microdiversity from Pole to Pole.

  Gregory A.C; Zayed A.A; Conceicao-Neto N; Temperton B; Bolduc B; Alberti A; Ardyna M; Arkhipova K; Carmichael M; Cruaud C; Dimier C; Dominguez-Huerta G; Ferland J; Kandels S; Liu Y; Marec C; Pesant S; Picheral M; Pisarev S; Poulain J; Tremblay J.E; Vik D; Tara Oceans Coordinators; Babin M; Bowler C; Culley A.I; de Vargas C; Dutilh B.E; Iudicone D; Karp-Boss L; Roux S; Sunagawa S; Wincker P; Sullivan M

  Cell., 2019年05月, 査読有り

  
• Assessing the viral content of uncultured picoeukaryotes in the global-ocean by single cell genomics

  Castillo Y.M; Mangot J.-F; Benites F; Logares R; Kuronishi M; Ogata H; Jaillon O; Massana R; Sebastián M; Vaqué D

  Cell., 2019年05月, 査読有り

  
• Medusavirus, a Novel Large DNA Virus Discovered from Hot Spring Water.

  Genki Yoshikawa; Romain Blanc-Mathieu; Chihong Song; Yoko Kayama; Tomohiro Mochizuki; Kazuyoshi Murata; Hiroyuki Ogata; Masaharu Takemura

  Journal of virology, 2019年04月15日, 査読有り

  
• KofamKOALA: KEGG ortholog assignment based on profile HMM and adaptive score threshold

  Takuya Aramaki; Romain Blanc-Mathieu; Hisashi Endo; Koichi Ohkubo; Minoru Kanehisa; Susumu Goto; Hiroyuki Ogata

  2019年04月

  
• Fifteen Marseilleviruses Newly Isolated From Three Water Samples in Japan Reveal Local Diversity of Marseilleviridae.

  Keita Aoki; Reika Hagiwara; Motohiro Akashi; Kenta Sasaki; Kazuyoshi Murata; Hiroyuki Ogata; Masaharu Takemura

  Frontiers in microbiology, 2019年, 査読有り

  
• Global trends in marine plankton diversity across kingdoms of life.

  Ibarbalz F.M; Henry N; Brandão M.C; Martini S; Busseni G; Byrne H; Coelho L.P; Endo H; Gasol J.M; Gregory A.C; Mahé F; Rigonato J; Royo-Llonch M; Salazar G; Sanz-Sáez I; Scalco E; Soviadan D; Zayed A.A; Zingone A; Labadie K; Ferland J; Marec C; Kandels S; Picheral M; Dimier C; Poulain J; Pisarev S; Carmichael M; Pesant S; Tara Oceans Coordinators; Babin M; Boss E; Iudicone D; Jaillon O; Acinas S.G; Ogata H; Pelletier E; Stemmann L; Sullivan M.B; Sunagawa S; Bopp L; de Vargas C; Karp-Boss L; Wincker P; Lombard F; Bowler C; Zinger L

  Cell., 2019年, 査読有り

  
• Gene expression changes and community turnover differentially shape the global ocean metatranscriptome.

  Salazar G; Paoli L; Alberti A; Huerta-Cepas J; Ruscheweyh H.-J; Cuenca M; Field C.M; Coelho L.P; Cruaud C; Engelen S; Gregory A.C; Labadie K; Marec C; Pelletier E; Royo-Llonch M; Roux S; Sánchez P; Uehara H; Zayed A.A; Zeller G; Carmichae M; Dimier C; Ferland J; Kandels S; Picheral M; Pisarev S; Poulain J; Tara Oceans Coordinators; Acinas S.G; Babin M; Bork P; Bowler C; de Vargas C; Guidi L; Hingamp P; Iudicone D; Karp-Boss L; Karsenti E; Ogata H; Pesant S; Speich S; Sullivan M.B; Wincker P; Sunagawa S

  Cell., 2019年, 査読有り

  
• Community‐Level Responses to Iron Availability in Open Ocean Plankton Ecosystems

  Caputi L; Carradec Q; Eveillard D; Kirilovsky A; Pelletier; Pierella Karlusich J.J; Vieira F.R.J; Villar E; Chaffron S; Malviya S; Scalco E; Acinas S.G; Alberti A; Aury J.-M; Benoiston A.-S; Bertrand A; Biard T; Bittner L; Boccara M; Brum J.R; Brunet C; Busseni G; Carratala A; Claustre H; Coelho L.P; Colin S; D’Aniello S; Da Silva C; Del Core M; Dore H; Gasparini S; Kokoszka F; Jamet J.-L; Lejeusne C; Lepoivre C; Lescot M; Lima-Mendez G; Lombard F; Lukes J; Maillet N; Madoui M.-A; Martinez E; Mazzocchi M.G; Neou M.B; Paz-Yepes J; Poulain J; Ramondenc S; Romagnan J.-B; Roux S; Manta D.S; Sanges R; Speich S; Sprovieri M; Sunagawa S; Taillander V; Tanaka A; Tirichine L; Trottier C; Uitz J; Veluchamy A; Vesela J; Vincent F; Yau S; Kandels-Lewis S; Searson S; Dimier C; Picheral M; Tara Oceans Coordinators; Bork P; Boss E; de Vargas C; Follows M.J; Grimsley N; Guidi L; Hingamp P; Karsenti E; Sordino P; Stemmann L; Sullivan M.B; Tagliabue A; Zingone A; Garczarek L; d’Ortenzio F; Testor P; Not F; Ribera d’Alcala M; Wincker P; Bowler C; Iudicone D

  Global Biogeochem. Cycles, 2019年01月, 査読有り

  
• Community-level responses to iron availability in open ocean planktonic ecosystems.

  Caputi L; Carradec Q; Eveillard D; Kirilovsky A; Pelletier; Pierella Karlusich J.J; Vieira F.R.J; Villar E; Chaffron S; Malviya S; Scalco E; Acinas S.G; Alberti A; Aury J.-M; Benoiston A.-S; Bertrand A; Biard T; Bittner L; Boccara M; Brum J.R; Brunet C; Busseni G; Carratala A; Claustre H; Coelho L.P; Colin S; D’Aniello S; Da Silva C; Del Core M; Dore H; Gasparini S; Kokoszka F; Jamet J.-L; Lejeusne C; Lepoivre C; Lescot M; Lima-Mendez G; Lombard F; Lukes J; Maillet N; Madoui M.-A; Martinez E; Mazzocchi M.G; Neou M.B; Paz-Yepes J; Poulain J; Ramondenc S; Romagnan J.-B; Roux S; Manta D.S; Sanges R; Speich S; Sprovieri M; Sunagawa S; Taillander V; Tanaka A; Tirichine L; Trottier C; Uitz J; Veluchamy A; Vesela J; Vincent F; Yau S; Kandels-Lewis S; Searson S; Dimier C; Picheral M; Tara Oceans Coordinators; Bork P; Boss E; de Vargas C; Follows M.J; Grimsley N; Guidi L; Hingamp P; Karsenti E; Sordino P; Stemmann L; Sullivan M.B; Tagliabue A; Zingone A; Garczarek L; d’Ortenzio F; Testor P; Not F; Ribera d’Alcala M; Wincker P; Bowler C; Iudicone D

  Global Biogeochem. Cycles, 2019年01月, 査読有り

  
• Minimum Information about Uncultivated Virus Genomes (MIUViG): a community consensus on standards and best practices for describing genome sequences from uncultivated viruses.

  Roux S; Adriaenssens E.M; Dutilh B.E; Koonin E.V; Kropinski A.M; Krupovic M; Kuhn J.H; Lavigne R; Brister J.R; Varsani A; Amid C; Aziz R.K; Bordenstein S.R; Bork P; Breitbart M; Cochrane G.R; Daly R.A; Desnues C; Duhaime M.B; Emerson J.B; Enault F; Fuhrman J.A; Hingamp P; Hugenholtz P; Hurwitz B.L; Ivanova N.N; Labonte J.M; Lee K.-B; Malmstrom R.R; Martinez-Garcia M; Mizrachi I; Ogata H; Paez-Espino D; Petit M.-A; Putonti C; Rattei T; Reyes A; Rodriguez-Valera F; Rosario K; Schriml L; Schulz F; Steward G.F; Sullivan M.B; Sunagawa S; Suttle C.A; Temperton B; Tringe S.G; Vega Thurber R; Webster N.S; Whiteson K.L; Wilhelm S.W; Wommack K.E; Woyke T; Wrighton K; Yilmaz P; Yoshida T; Young M.J; Yutin N; Allen L.Z; Kyrpides N.C; Eloe-Fadrosh E.A

  Nat. Biotechnol., 2019年01月, 査読有り

  
• Single-cell genomics of multiple uncultured stramenopiles reveals underestimated functional diversity across oceans

  Yoann Seeleuthner; Samuel Mondy; Vincent Lombard; Quentin Carradec; Eric Pelletier; Marc Wessner; Jade Leconte; Jean-François Mangot; Julie Poulain; Karine Labadie; Ramiro Logares; Shinichi Sunagawa; Véronique De Berardinis; Marcel Salanoubat; Céline Dimier; Stefanie Kandels-Lewis; Marc Picheral; Sarah Searson; Silvia G. Acinas; Emmanuel Boss; Michael Follows; Gabriel Gorsky; Nigel Grimsley; Lee Karp-Boss; Uros Krzic; Fabrice Not; Hiroyuki Ogata; Jeroen Raes; Emmanuel G. Reynaud; Christian Sardet; Sabrina Speich; Lars Stemmann; Didier Velayoudon; Jean Weissenbach; Stephane Pesant; Nicole Poulton; Ramunas Stepanauskas; Peer Bork; Chris Bowler; Pascal Hingamp; Matthew B. Sullivan; Daniele Iudicone; Ramon Massana; Jean-Marc Aury; Bernard Henrissat; Eric Karsenti; Olivier Jaillon; Mike Sieracki; Colomban De Vargas; Patrick Wincker

  Nature Communications, 2018年12月01日, 査読有り

  
• Diatom diversity through HTS-metabarcoding in coastal European seas.

  Piredda R; Claverie J.-M; Decelle J; de Vargas C; Dunthorn M; Edvardsen B; Eikrem W; Forster D; Kooistra W.H.C.F; Logares R; Massana R; Montresor M; Not F; Ogata H; Pawlowski J; Romac S; Sarno D; Stoeck T; Zingone A

  Sci. Rep., 2018年12月, 査読有り

  
• Degenerate PCR primers to reveal the diversity of giant viruses in coastal waters.

  Li Y; Hingamp P; Watai H; Endo H; Yoshida T; Ogata H

  Viruses, 2018年09月, 査読有り

  
• MAPLE 2.3.0: an improved system for evaluating the functionomes of genomes and metagenomes.

  Arai W; Taniguchi T; Goto S; Moriya Y; Uehara H; Takemoto K; Ogata H; Takami H

  Biosci. Biotechnol. Biochem., 2018年05月, 査読有り

  
• Minimum Information about Uncultivated Virus Genomes (MIUViG): a community consensus on standards and best practices for describing genome sequences from uncultivated viruses.

  Roux S; Adriaenssens E.M; Dutilh B.E; Koonin E.V; Kropinski A.M; Krupovic M; Kuhn J.H; Lavigne R; Brister J.R; Varsani A; Amid C; Aziz R.K; Bordenstein S.R; Bork P; Breitbart M; Cochrane G.R; Daly R.A; Desnues C; Duhaime M.B; Emerson J.B; Enault F; Fuhrman J.A; Hingamp P; Hugenholtz P; Hurwitz B.L; Ivanova N.N; Labonte J.M; Lee K.-B; Malmstrom R.R; Martinez-Garcia M; Mizrachi I; Ogata H; Paez-Espino D; Petit M.-A; Putonti C; Rattei T; Reyes A; Rodriguez-Valera F; Rosario K; Schriml L; Schulz F; Steward G.F; Sullivan M.B; Sunagawa S; Suttle C.A; Temperton B; Tringe S.G; Vega Thurber R; Webster N.S; Whiteson K.L; Wilhelm S.W; Wommack K.E; Woyke T; Wrighton K; Yilmaz P; Yoshida T; Young M.J; Yutin N; Allen L.Z; Kyrpides N.C; Eloe-Fadrosh E.A

  Nat. Biotechnol., 2018年, 査読有り

  
• Contrasting biogeography and diversity patterns between diatoms and haptophytes in the central Pacific Ocean.

  Endo H; Ogata H; Suzuki K

  Sci. Rep., 2018年, 査読有り

  
• Taxon richness of "Megaviridae" exceeds those of Bacteria and Archaea in the ocean.

  Mihara T; Koyano H; Hingamp P; Grimsley N; Goto S; Ogata H

  Microbes Environ., 2018年, 査読有り

  
• Xanthomonas citri jumbo phage XacN1 exhibits a wide host range and high complement of tRNA genes.

  Yoshikawa G; Askora A; Blanc-Mathieu R; Kawasaki T; Li Y; Nakano M; Ogata H; Yamada T

  Sci. Rep., 2018年, 査読有り

  
• Locality and diel cycling of viral production revealed by a 24 h time course cross-omics analysis in a coastal region of Japan.

  Yoshida T; Nishimura Y; Watai H; Haruki N; Morimoto D; Kaneko H; Honda T; Yamamoto K; Hingamp P; Sako Y; Goto S; Ogata H

  ISME J., 2018年, 査読有り

  
• A global ocean atlas of eukaryotic genes.

  Carradec Q; Pelletier E; Da Silva C; Alberti A; Seeleuthner Y; Blanc-Mathieu R; Lima-Mendez G; Rocha F; Tirichine L; Labadie K; Kirilovsky A; Bertrand A; Engelen S; Madoui M.-A; Meheust R; Poulain J; Romac S; Richter D; Yoshikawa G; Dimier C; Kandels-Lewis S; Picheral M; Searson S; Tara Oceans Coordinators; Jaillon O; Aury J.-M; Karsenti E; Sullivan M.B; Sunagawa S; Bork P; Not F; Hingamp P; Raes J; Guidi L; Ogata H; de Vargas C; Iudicone D; Bowler C; Wincker P

  Nat. Commun., 2018年, 査読有り

  
• Supplementation of pancreatic digestive enzymes alters the composition of intestinal microbiota in mice

  Hiroki Nishiyama; Tomoyuki Nagai; Masatoshi Kudo; Yoshihisa Okazaki; Yoshinao Azuma; Tomohiro Watanabe; Susumu Goto; Hiroyuki Ogata; Toshiharu Sakurai

  Biochemical and Biophysical Research Communications, 2018年01月, 査読有り

  
• Habitat Alterations by Viruses: Strategies by Tupanviruses and Others.

  Hiroyuki Ogata

  Microbes Environ, 2018年, 招待有り

  
• Structural and Phylogenetic Diversity of Anaerobic Carbon-Monoxide Dehydrogenases.

  Masao Inoue; Issei Nakamoto; Kimiho Omae; Tatsuki Oguro; Hiroyuki Ogata; Takashi Yoshida; Yoshihiko Sako

  Frontiers in microbiology, 2018年, 査読有り

  
• Viral to metazoan marine plankton nucleotide sequences from the Tara Oceans expedition

  Adriana Alberti; Julie Poulain; Stefan Engelen; Karine Labadie; Sarah Romac; Isabel Ferrera; Guillaume Albini; Jean-Marc Aury; Caroline Belser; Alexis Bertrand; Corinne Cruaud; Corinne Da Silva; Carole Dossat; Frederick Gavory; Shahinaz Gas; Julie Guy; Maud Haquelle; E'krame Jacoby; Olivier Jaillon; Arnaud Lemainque; Eric Pelletier; Gaelle Samson; Mark Wessner; Silvia G. Acinas; Marta Royo-Llonch; Francisco M. Cornejo-Castillo; Ramiro Logares; Beatriz Fernandez-Gomez; Chris Bowler; Guy Cochrane; Clara Amid; Petra Ten Hoopen; Colomban De Vargas; Nigel Grimsley; Elodie Desgranges; Stefanie Kandels-Lewis; Hiroyuki Ogata; Nicole Poulton; Michael E. Sieracki; Ramunas Stepanauskas; Matthew B. Sullivan; Jennifer R. Brum; Melissa B. Duhaime; Bonnie T. Poulos; Bonnie L. Hurwitz; Stephane Pesant; Eric Karsenti; Patrick Wincker

  SCIENTIFIC DATA, 2017年08月, 査読有り

  
• ViPTree: the viral proteomic tree server

  Yosuke Nishimura; Takashi Yoshida; Megumi Kuronishi; Hideya Uehara; Hiroyuki Ogata; Susumu Goto

  BIOINFORMATICS, 2017年08月, 査読有り

  
• Discriminating the reaction types of plant type III polyketide synthases

  Yugo Shimizu; Hiroyuki Ogata; Susumu Goto

  BIOINFORMATICS, 2017年07月, 査読有り

  
• Replications of Two Closely Related Groups of Jumbo Phages Show Different Level of Dependence on Host-encoded RNA Polymerase

  Takeru Matsui; Genki Yoshikawa; Tomoko Mihara; Orawan Chatchawankanphanich; Takeru Kawasaki; Miyako Nakano; Makoto Fujie; Hiroyuki Ogata; Takashi Yamada

  FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, 2017年06月, 査読有り

  
• Environmental Viral Genomes Shed New Light on Virus-Host Interactions in the Ocean

  Yosuke Nishimura; Hiroyasu Watai; Takashi Honda; Tomoko Mihara; Kimiho Omae; Simon Roux; Romain Blanc-Mathieu; Keigo Yamamoto; Pascal Hingamp; Yoshihiko Sako; Matthew B. Sullivan; Susumu Goto; Hiroyuki Ogata; Takashi Yoshida

  MSPHERE, 2017年03月, 査読有り

  
• Type III Polyketide Synthases: Functional Classification and Phylogenomics

  Yugo Shimizu; Hiroyuki Ogata; Susumu Goto

  CHEMBIOCHEM, 2017年01月, 査読有り

  
• A Ralstonia solanacearum phage ϕRP15 is closely related to Viunalikeviruses and encodes 19 tRNA-related sequences

  Tomoko Mihara; Mohamed A. Nasr-Eldin; Orawan Chatchawankanphanich; Anjana Bhunchoth; Namthip Phironrit; Takeru Kawasaki; Miyako Nakano; Makoto Fujie; Hiroyuki Ogata; Takashi Yamada

  Virology Reports, 2016年12月01日, 査読有り

  
• Ecogenomics and potential biogeochemical impacts of globally abundant ocean viruses

  Simon Roux; Jennifer R. Brum; Bas E. Dutilh; Shinichi Sunagawa; Melissa B. Duhaime; Alexander Loy; Bonnie T. Poulos; Natalie Solonenko; Elena Lara; Julie Poulain; Stephane Pesant; Stefanie Kandels-Lewis; Celine Dimier; Marc Picheral; Sarah Searson; Corinne Cruaud; Adriana Alberti; Carlos M. Duarte; Josep M. Gasol; Dolors Vaque; Peer Bork; Silvia G. Acinas; Patrick Wincker; Matthew B. Sullivan

  NATURE, 2016年09月, 査読有り

  
• Benthic protists: the under-charted majority

  Dominik Forster; Micah Dunthorn; Frederic Mahe; John R. Dolan; Stephane Audic; David Bass; Lucie Bittner; Christophe Boutte; Richard Christen; Jean-Michel Claverie; Johan Decelle; Bente Edvardsen; Elianne Egge; Wenche Eikrem; Angelique Gobet; Wiebe H. C. F. Kooistra; Ramiro Logares; Ramon Massana; Marina Montresor; Fabrice Not; Hiroyuki Ogata; Jan Pawlowski; Massimo C. Pernice; Sarah Romac; Kamran Shalchian-Tabrizi; Nathalie Simon; Thomas A. Richards; Sebastien Santini; Diana Sarno; Raffaele Siano; Daniel Vaulot; Patrick Wincker; Adriana Zingone; Colomban de Vargas; Thorsten Stoeck

  FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY, 2016年08月, 査読有り

  
• Two asian jumbo phages, phi RSL2 and phi RSF1, infect Ralstonia solanacearum and show common features of phi KZ-related phages

  Anjana Bhunchoth; Romain Blanc-Mathieu; Tomoko Mihara; Yosuke Nishimura; Ahmed Askora; Namthip Phironrit; Chalida Leksomboon; Orawan Chatchawankanphanich; Takeru Kawasaki; Miyako Nakano; Makoto Fujie; Hiroyuki Ogata; Takashi Yamada

  VIROLOGY, 2016年07月, 査読有り

  
• DNA repair genes in the Megavirales pangenome

  Romain Blanc-Mathieu; Hiroyuki Ogata

  CURRENT OPINION IN MICROBIOLOGY, 2016年06月, 査読有り, 招待有り

  
• Reverse transcriptase genes are highly abundant and transcriptionally active in marine plankton assemblages

  Magali Lescot; Pascal Hingamp; Kenji K. Kojima; Emilie Villar; Sarah Romac; Alaguraj Veluchamy; Martine Boccara; Olivier Jaillon; Daniele Iudicone; Chris Bowler; Patrick Wincker; Jean-Michel Claverie; Hiroyuki Ogata

  ISME JOURNAL, 2016年05月, 査読有り

  
• Plankton networks driving carbon export in the oligotrophic ocean

  Lionel Guidi; Samuel Chaffron; Lucie Bittner; Damien Eveillard; Abdelhalim Larhlimi; Simon Roux; Youssef Darzi; Stephane Audic; Leo Berline; Jennifer R. Brum; Luis Pedro Coelho; Julio Cesar Ignacio Espinoza; Shruti Malviya; Shinichi Sunagawa; Celine Dimier; Stefanie Kandels-Lewis; Marc Picheral; Julie Poulain; Sarah Searson; Lars Stemmann; Fabrice Not; Pascal Hingamp; Sabrina Speich; Mick Follows; Lee Karp-Boss; Emmanuel Boss; Hiroyuki Ogata; Stephane Pesant; Jean Weissenbach; Patrick Wincker; Silvia G. Acinas; Peer Bork; Colomban de Vargas; Daniele Iudicone; Matthew B. Sullivan; Jeroen Raes; Eric Karsenti; Chris Bowler; Gabriel Gorsky

  NATURE, 2016年04月, 査読有り

  
• Linking Virus Genomes with Host Taxonomy

  Tomoko Mihara; Yosuke Nishimura; Yugo Shimizu; Hiroki Nishiyama; Genki Yoshikawa; Hideya Uehara; Pascal Hingamp; Susumu Goto; Hiroyuki Ogata

  VIRUSES-BASEL, 2016年03月, 査読有り

  
• Identification of a new oat beta-amylase by functional proteomics

  Nihed Ben Halima; Bassem Khemakhem; Imen Fendri; Hiroyuki Ogata; Patrick Baril; Chantal Pichon; Slim Abdelkafi

  BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS, 2016年01月, 査読有り

  
• Deep sequencing of amplified Prasinovirus and host green algal genes from an Indian Ocean transect reveals interacting trophic dependencies and new genotypes

  Camille Clerissi; Yves Desdevises; Sarah Romac; Stephane Audic; Colomban de Vargas; Silvia G. Acinas; Raffaella Casotti; Julie Poulain; Patrick Wincker; Pascal Hingamp; Hiroyuki Ogata; Nigel Grimsley

  ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY REPORTS, 2015年12月, 査読有り

  
• Marine protist diversity in European coastal waters and sediments as revealed by high-throughput sequencing

  Ramon Massana; Angelique Gobet; Stephane Audic; David Bass; Lucie Bittner; Christophe Boutte; Aurelie Chambouvet; Richard Christen; Jean-Michel Claverie; Johan Decelle; John R. Dolan; Micah Dunthorn; Bente Edvardsen; Irene Forn; Dominik Forster; Laure Guillou; Olivier Jaillon; Wiebe H. C. F. Kooistra; Ramiro Logares; Frederic Mahe; Fabrice Not; Hiroyuki Ogata; Jan Pawlowski; Massimo C. Pernice; Ian Probert; Sarah Romac; Thomas Richards; Sebastien Santini; Kamran Shalchian-Tabrizi; Raffaele Siano; Nathalie Simon; Thorsten Stoeck; Daniel Vaulot; Adriana Zingone; Colomban de Vargas

  ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, 2015年10月, 査読有り

  
• Evolution of Eukaryotic DNA Polymerases via Interaction Between Cells and Large DNA Viruses

  Masaharu Takemura; Shin-ichi Yokobori; Hiroyuki Ogata

  JOURNAL OF MOLECULAR EVOLUTION, 2015年08月, 査読有り

  
• The ocean sampling day consortium

  Anna Kopf; Mesude Bicak; Renzo Kottmann; Julia Schnetzer; Ivaylo Kostadinov; Katja Lehmann; Antonio Fernandez-Guerra; Christian Jeanthon; Eyal Rahav; Matthias Ullrich; Antje Wichels; Gunnar Gerdts; Paraskevi Polymenakou; Giorgos Kotoulas; Rania Siam; Rehab Z. Abdallah; Eva C. Sonnenschein; Thierry Cariou; Fergal O'Gara; Stephen Jackson; Sandi Orlic; Michael Steinke; Julia Busch; Bernardo Duarte; Isabel Cacador; Joao Canning-Clode; Oleksandra Bobrova; Viggo Marteinsson; Eyjolfur Reynisson; Clara Magalhaes Loureiro; Gian Marco Luna; Grazia Marina Quero; Carolin R. Loescher; Anke Kremp; Marie E. DeLorenzo; Lise Ovreas; Jennifer Tolman; Julie LaRoche; Antonella Penna; Marc Frischer; Timothy Davis; Barker Katherine; Christopher P. Meyer; Sandra Ramos; Catarina Magalhaes; Florence Jude-Lemeilleur; Ma Leopoldina Aguirre-Macedo; Shiao Wang; Nicole Poulton; Scott Jones; Rachel Collin; Jed A. Fuhrman; Pascal Conan; Cecilia Alonso; Noga Stambler; Kelly Goodwin; Michael M. Yakimov; Federico Baltar; Levente Bodrossy; Jodie Van De Kamp; Dion M. F. Frampton; Martin Ostrowski; Paul Van Ruth; Paul Malthouse; Simon Claus; Klaas Deneudt; Jonas Mortelmans; Sophie Pitois; David Wallom; Ian Salter; Rodrigo Costa; Declan C. Schroeder; Mahrous M. Kandil; Valentina Amaral; Florencia Biancalana; Rafael Santana; Maria Luiza Pedrotti; Takashi Yoshida; Hiroyuki Ogata; Tim Ingleton; Kate Munnik; Naiara Rodriguez-Ezpeleta; Veronique Berteaux-Lecellier; Patricia Wecker; Ibon Cancio; Daniel Vaulot; Christina Bienhold; Hassan Ghazal; Bouchra Chaouni; Soumya Essayeh; Sara Ettamimi; El Houcine Zaid; Noureddine Boukhatem; Abderrahim Bouali; Rajaa Chahboune; Said Barrijal; Mohammed Timinouni; Fatima El Otmani; Mohamed Bennani; Marianna Mea; Nadezhda Todorova; Ventzislav Karamfilov; Petra ten Hoopen; Guy Cochrane; Stephane L'Haridon; Kemal Can Bizsel; Alessandro Vezzi; Federico M. Lauro; Patrick Martin; Rachelle M. Jensen; Jamie Hinks; Susan Gebbels; Riccardo Rosselli; Fabio De Pascale; Riccardo Schiavon; Antonina dos Santos; Emilie Villar; Stephane Pesant; Bruno Cataletto; Francesca Malfatti; Ranjith Edirisinghe; Jorge A. Herrera Silveira; Michele Barbier; Valentina Turk; Tinkara Tinta; Wayne J. Fuller; Ilkay Salihoglu; Nedime Serakinci; Mahmut Cerkez Ergoren; Eileen Bresnan; Juan Iriberri; Paul Anders Fronth Nyhus; Edvardsen Bente; Hans Erik Karlsen; Peter N. Golyshin; Josep M. Gasol; Snejana Moncheva; Nina Dzhembekova; Zackary Johnson; Christopher David Sinigalliano; Maribeth Louise Gidley; Adriana Zingone; Roberto Danovaro; George Tsiamis; Melody S. Clark; Ana Cristina Costa; Monia El Bour; Ana M. Martins; R. Eric Collins; Anne-Lise Ducluzeau; Jonathan Martinez; Mark J. Costello; Linda A. Amaral-Zettler; Jack A. Gilbert; Neil Davies; Dawn Field; Frank Oliver Gloeckner

  GIGASCIENCE, 2015年06月, 査読有り

  
• Life-cycle modification in open oceans accounts for genome variability in a cosmopolitan phytoplankton

  Peter von Dassow; Uwe John; Hiroyuki Ogata; Ian Probert; El Mahdi Bendif; Jessica U. Kegel; Stephane Audic; Patrick Wincker; Corinne Da Silva; Jean-Michel Claverie; Scott Doney; David M. Glover; Daniella Mella Flores; Yeritza Herrera; Magali Lescot; Marie-Jose Garet-Delmas; Colomban de Vargas

  ISME JOURNAL, 2015年06月, 査読有り

  
• Draft genome sequence of four coccolithoviruses: Emiliania huxleyi virus EhV-88, EhV-201, EhV-207, and EhV-208.

  Nissimov JI; Worthy CA; Rooks P; Napier JA; Kimmance SA; Henn MR; Ogata H; Allen MJ

  J Virol, 2015年05月, 査読有り

  
• Determinants of community structure in the global plankton interactome

  Gipsi Lima-Mendez; Karoline Faust; Nicolas Henry; Johan Decelle; Sebastien Colin; Fabrizio Carcillo; Samuel Chaffron; J. Cesar Ignacio-Espinosa; Simon Roux; Flora Vincent; Lucie Bittner; Youssef Darzi; Jun Wang; Stephane Audic; Leo Berline; Gianluca Bontempi; Ana M. Cabello; Laurent Coppola; Francisco M. Cornejo-Castillo; Francesco d'Ovidio; Luc De Meester; Isabel Ferrera; Marie-Jose Garet-Delmas; Lionel Guidi; Elena Lara; Stephane Pesant; Marta Royo-Llonch; Guillem Salazar; Pablo Sanchez; Marta Sebastian; Caroline Souffreau; Celine Dimier; Marc Picheral; Sarah Searson; Stefanie Kandels-Lewis; Gabriel Gorsky; Fabrice Not; Hiroyuki Ogata; Sabrina Speich; Lars Stemmann; Jean Weissenbach; Patrick Wincker; Silvia G. Acinas; Shinichi Sunagawa; Peer Bork; Matthew B. Sullivan; Eric Karsenti; Chris Bowler; Colomban de Vargas; Jeroen Raes; Silvia G. Acinas; Peer Bork; Emmanuel Boss; Chris Bowler; Colomban De Vargas; Michael Follows; Gabriel Gorsky; Nigel Grimsley; Pascal Hingamp; Daniele Iudicone; Olivier Jaillon; Stefanie Kandels-Lewis; Lee Karp-Boss; Eric Karsenti; Uros Krzic; Fabrice Not; Hiroyuki Ogata; Stephane Pesant; Jeroen Raes; Emmanuel G. Reynaud; Christian Sardet; Mike Sieracki; Sabrina Speich; Lars Stemmann; Matthew B. Sullivan; Shinichi Sunagawa; Didier Velayoudon; Jean Weissenbach; Patrick Wincker

  SCIENCE, 2015年05月, 査読有り

  
• Eukaryotic plankton diversity in the sunlit ocean

  Colomban de Vargas; Stephane Audic; Nicolas Henry; Johan Decelle; Frederic Mahe; Ramiro Logares; Enrique Lara; Cedric Berney; Noan Le Bescot; Ian Probert; Margaux Carmichael; Julie Poulain; Sarah Romac; Sebastien Colin; Jean-Marc Aury; Lucie Bittner; Samuel Chaffron; Micah Dunthorn; Stefan Engelen; Olga Flegontova; Lionel Guidi; Ales Horak; Olivier Jaillon; Gipsi Lima-Mendez; Julius Lukes; Shruti Malviya; Raphael Morard; Matthieu Mulot; Eleonora Scalco; Raffaele Siano; Flora Vincent; Adriana Zingone; Celine Dimier; Marc Picheral; Sarah Searson; Stefanie Kandels-Lewis; Silvia G. Acinas; Peer Bork; Chris Bowler; Gabriel Gorsky; Nigel Grimsley; Pascal Hingamp; Daniele Iudicone; Fabrice Not; Hiroyuki Ogata; Stephane Pesant; Jeroen Raes; Michael E. Sieracki; Sabrina Speich; Lars Stemmann; Shinichi Sunagawa; Jean Weissenbach; Patrick Wincker; Eric Karsenti

  SCIENCE, 2015年05月, 査読有り

  
• Patterns and ecological drivers of ocean viral communities

  Jennifer R. Brum; J. Cesar Ignacio-Espinoza; Simon Roux; Guilhem Doulcier; Silvia G. Acinas; Adriana Alberti; Samuel Chaffron; Corinne Cruaud; Colomban de Vargas; Josep M. Gasol; Gabriel Gorsky; Ann C. Gregory; Lionel Guidi; Pascal Hingamp; Daniele Iudicone; Fabrice Not; Hiroyuki Ogata; Stephane Pesant; Bonnie T. Poulos; Sarah M. Schwenck; Sabrina Speich; Celine Dimier; Stefanie Kandels-Lewis; Marc Picheral; Sarah Searson; Peer Bork; Chris Bowler; Shinichi Sunagawa; Patrick Wincker; Eric Karsenti; Matthew B. Sullivan

  SCIENCE, 2015年05月, 査読有り

  
• Environmental characteristics of Agulhas rings affect interocean plankton transport

  Emilie Villar; Gregory K. Farrant; Michael Follows; Laurence Garczarek; Sabrina Speich; Stephane Audic; Lucie Bittner; Bruno Blanke; Jennifer R. Brum; Christophe Brunet; Raffaella Casotti; Alison Chase; John R. Dolan; Fabrizio d'Ortenzio; Jean-Pierre Gattuso; Nicolas Grima; Lionel Guidi; Christopher N. Hill; Oliver Jahn; Jean-Louis Jamet; Herve Le Goff; Cyrille Lepoivre; Shruti Malviya; Eric Pelletier; Jean-Baptiste Romagnan; Simon Roux; Sebastien Santini; Eleonora Scalco; Sarah M. Schwenck; Atsuko Tanaka; Pierre Testor; Thomas Vannier; Flora Vincent; Adriana Zingone; Celine Dimier; Marc Picheral; Sarah Searson; Stefanie Kandels-Lewis; Silvia G. Acinas; Peer Bork; Emmanuel Boss; Colomban de Vargas; Gabriel Gorsky; Hiroyuki Ogata; Stephane Pesant; Matthew B. Sullivan; Shinichi Sunagawa; Patrick Wincker; Eric Karsenti; Chris Bowler; Fabrice Not; Pascal Hingamp; Daniele Iudicone

  SCIENCE, 2015年05月, 査読有り

  
• Structure and function of the global ocean microbiome

  Shinichi Sunagawa; Luis Pedro Coelho; Samuel Chaffron; Jens Roat Kultima; Karine Labadie; Guillem Salazar; Bardya Djahanschiri; Georg Zeller; Daniel R. Mende; Adriana Alberti; Francisco M. Cornejo-Castillo; Paul I. Costea; Corinne Cruaud; Francesco d'Ovidio; Stefan Engelen; Isabel Ferrera; Josep M. Gasol; Lionel Guidi; Falk Hildebrand; Florian Kokoszka; Cyrille Lepoivre; Gipsi Lima-Mendez; Julie Poulain; Bonnie T. Poulos; Marta Royo-Llonch; Hugo Sarmento; Sara Vieira-Silva; Celine Dimier; Marc Picheral; Sarah Searson; Stefanie Kandels-Lewis; Chris Bowler; Colomban de Vargas; Gabriel Gorsky; Nigel Grimsley; Pascal Hingamp; Daniele Iudicone; Olivier Jaillon; Fabrice Not; Hiroyuki Ogata; Stephane Pesant; Sabrina Speich; Lars Stemmann; Matthew B. Sullivan; Jean Weissenbach; Patrick Wincker; Eric Karsenti; Jeroen Raes; Silvia G. Acinas; Peer Bork

  SCIENCE, 2015年05月, 査読有り

  
• Characterisation of three novel giant viruses reveals huge diversity among viruses infecting Prymnesiales (Haptophyta)

  Torill Vik Johannessen; Gunnar Bratbak; Aud Larsen; Hiroyuki Ogata; Elianne S. Egge; Bente Edvardsen; Wenche Eikrem; Ruth-Anne Sandaa

  VIROLOGY, 2015年02月, 査読有り

  
• A decade of giant virus genomics: Surprising discoveries opening new questions

  Hiroyuki Ogata; Masaharu Takemura

  Global Virology I-Identifying and Investigating Viral Diseases, 2015年01月01日, 査読有り

  
• The 474-kilobase-pair complete genome sequence of CeV-01B, a virus infecting Haptolina (Chrysochromulina) ericina (Prymnesiophyceae)

  Lucie Gallot-Lavall�e; Ant�nio Pagarete; Matthieu Legendre; Sebastien Santini; Ruth-Anne Sandaa; Heinz Himmelbauer; Hiroyuki Ogata; Gunnar Bratbak; Jean-Michel Claverie

  Genome Announcements, 2015年, 査読有り

  
• Open science resources for the discovery and analysis of Tara Oceans data

  Stephane Pesant; Fabrice Not; Marc Picheral; Stefanie Kandels-Lewis; Noan Le Bescot; Gabriel Gorsky; Daniele Iudicone; Eric Karsenti; Sabrina Speich; Romain Trouble; Celine Dimier; Sarah Searson

  SCIENTIFIC DATA, 2015年, 査読有り

  
• 海洋巨大ウイルス―ゲノムから見えたきた多様性と生態

  三原知子; 五斗進; 緒方博之

  生物の科学 遺伝, 2015年

  
• 【特集にあたって】知られざるウイルスの世界をあばく

  武村政春; 緒方博之

  生物の科学 遺伝, 2015年

  
• Prasinovirus distribution in the Northwest Mediterranean Sea is affected by the environment and particularly by phosphate availability

  Camille Clerissi; Nigel Grimsley; Lucie Subirana; Eric Maria; Louise Oriol; Hiroyuki Ogata; Herve Moreau; Yves Desdevises

  VIROLOGY, 2014年10月, 査読有り

  
• Development of DNA mismatch repair gene, MutS, as a diagnostic marker for detection and phylogenetic analysis of algal Megaviruses

  William H. Wilson; Ilana C. Gilg; Amy Duarte; Hiroyuki Ogata

  VIROLOGY, 2014年10月, 査読有り

  
• Metagenomic 16S rDNA Illumina tags are a powerful alternative to amplicon sequencing to explore diversity and structure of microbial communities

  Ramiro Logares; Shinichi Sunagawa; Guillem Salazar; Francisco M. Cornejo-Castillo; Isabel Ferrera; Hugo Sarmento; Pascal Hingamp; Hiroyuki Ogata; Colomban de Vargas; Gipsi Lima-Mendez; Jeroen Raes; Julie Poulain; Olivier Jaillon; Patrick Wincker; Stefanie Kandels-Lewis; Eric Karsenti; Peer Bork; Silvia G. Acinas

  ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, 2014年09月, 査読有り

  
• Unveiling of the Diversity of Prasinoviruses (Phycodnaviridae) in Marine Samples by Using High-Throughput Sequencing Analyses of PCR-Amplified DNA Polymerase and Major Capsid Protein Genes

  Camille Clerissi; Nigel Grimsley; Hiroyuki Ogata; Pascal Hingamp; Julie Poulain; Yves Desdevises

  APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, 2014年05月, 査読有り

  
• Patterns of Rare and Abundant Marine Microbial Eukaryotes

  Ramiro Logares; Stephane Audic; David Bass; Lucie Bittner; Christophe Boutte; Richard Christen; Jean-Michel Claverie; Johan Decelle; John R. Dolan; Micah Dunthorn; Bente Edvardsen; Angelique Gobet; Wiebe H. C. F. Kooistra; Frederic Mahe; Fabrice Not; Hiroyuki Ogata; Jan Pawlowski; Massimo C. Pernice; Sarah Romac; Kamran Shalchian-Tabrizi; Nathalie Simon; Thorsten Stoeck; Sebastien Santini; Raffaele Siano; Patrick Wincker; Adriana Zingone; Thomas A. Richards; Colomban de Vargas; Ramon Massana

  CURRENT BIOLOGY, 2014年04月, 査読有り

  
• 巨大ウイルスがもたらしたパンドラの箱

  緒方博之; 武村政春

  生物の科学 遺伝, 2014年

  
• Exploring nucleo-cytoplasmic large DNA viruses in Tara Oceans microbial metagenomes

  Pascal Hingamp; Nigel Grimsley; Silvia G. Acinas; Camille Clerissi; Lucie Subirana; Julie Poulain; Isabel Ferrera; Hugo Sarmento; Emilie Villar; Gipsi Lima-Mendez; Karoline Faust; Shinichi Sunagawa; Jean-Michel Claverie; Herve Moreau; Yves Desdevises; Peer Bork; Jeroen Raes; Colomban de Vargas; Eric Karsenti; Stefanie Kandels-Lewis; Olivier Jaillon; Fabrice Not; Stephane Pesant; Patrick Wincker; Hiroyuki Ogata

  ISME JOURNAL, 2013年09月, 査読有り

  
• Pan genome of the phytoplankton Emiliania underpins its global distribution

  Betsy A. Read; Jessica Kegel; Mary J. Klute; Alan Kuo; Stephane C. Lefebvre; Florian Maumus; Christoph Mayer; John Miller; Adam Monier; Asaf Salamov; Jeremy Young; Maria Aguilar; Jean-Michel Claverie; Stephan Frickenhaus; Karina Gonzalez; Emily K. Herman; Yao-Cheng Lin; Johnathan Napier; Hiroyuki Ogata; Analissa F. Sarno; Jeremy Shmutz; Declan Schroeder; Colomban de Vargas; Frederic Verret; Peter von Dassow; Klaus Valentin; Yves Van de Peer; Glen Wheeler; Joel B. Dacks; Charles F. Delwiche; Sonya T. Dyhrman; Gernot Gloeckner; Uwe John; Thomas Richards; Alexandra Z. Worden; Xiaoyu Zhang; Igor V. Grigoriev; Andrew E. Allen; Kay Bidle; M. Borodovsky; C. Bowler; Colin Brownlee; J. Mark Cock; Marek Elias; Vadim N. Gladyshev; Marco Groth; Chittibabu Guda; Ahmad Hadaegh; Maria Debora Iglesias-Rodriguez; J. Jenkins; Bethan M. Jones; Tracy Lawson; Florian Leese; Erika Lindquist; Alexei Lobanov; Alexandre Lomsadze; Shehre-Banoo Malik; Mary E. Marsh; Luke Mackinder; Thomas Mock; Bernd Mueller-Roeber; Antonio Pagarete; Micaela Parker; Ian Probert; Hadi Quesneville; Christine Raines; Stefan A. Rensing; Diego Mauricio Riano-Pachon; Sophie Richier; Sebastian Rokitta; Yoshihiro Shiraiwa; Darren M. Soanes; Mark van der Giezen; Thomas M. Wahlund; Bryony Williams; Willie Wilson; Gordon Wolfe; Louie L. Wurch

  NATURE, 2013年07月, 査読有り

  
• Diversity patterns of uncultured Haptophytes unravelled by pyrosequencing in Naples Bay

  Lucie Bittner; Angelique Gobet; Stephane Audic; Sarah Romac; Elianne S. Egge; Sebastien Santini; Hiroyuki Ogata; Ian Probert; Bente Edvardsen; Colomban De Vargas

  MOLECULAR ECOLOGY, 2013年01月, 査読有り

  
• Cyanophage Infection in the Bloom-Forming Cyanobacteria Microcystis aeruginosa in Surface Freshwater

  Yukari Yoshida-Takashima; Mitsuhiro Yoshida; Hiroyuki Ogata; Keizo Nagasaki; Shingo Hiroishi; Takashi Yoshida

  MICROBES AND ENVIRONMENTS, 2012年12月, 査読有り

  
• Phycodnavirus Potassium Ion Channel Proteins Question the Virus Molecular Piracy Hypothesis

  Kay Hamacher; Timo Greiner; Hiroyuki Ogata; James L. Van Etten; Manuela Gebhardt; Luis P. Villarreal; Cristian Cosentino; Anna Moroni; Gerhard Thiel

  PLOS ONE, 2012年06月, 査読有り

  
• Identification of a new phospholipase D in Carica papaya latex

  Slim Abdelkafi; Abdelkarim Abousalham; Imen Fendri; Hiroyuki Ogata; Nathalie Barouh; Benjamin Fouquet; Frantz Scheirlinckx; Pierre Villeneuve; Frederic Carriere

  GENE, 2012年05月, 査読有り

  
• Draft Genome Sequence of Four Coccolithoviruses: Emiliania huxleyi Virus EhV-88, EhV-201, EhV-207, and EhV-208

  Jozef I. Nissimov; Charlotte A. Worthy; Paul Rooks; Johnathan A. Napier; Susan A. Kimmance; Matthew R. Henn; Hiroyuki Ogata; Michael J. Allen

  JOURNAL OF VIROLOGY, 2012年03月, 査読有り

  
• Draft Genome Sequence of the Coccolithovirus Emiliania huxleyi Virus 202

  Jozef I. Nissimov; Charlotte A. Worthy; Paul Rooks; Johnathan A. Napier; Susan A. Kimmance; Matthew R. Henn; Hiroyuki Ogata; Michael J. Allen

  JOURNAL OF VIROLOGY, 2012年02月, 査読有り

  
• Draft Genome Sequence of the Coccolithovirus Emiliania huxleyi Virus 203

  Jozef I. Nissimov; Charlotte A. Worthy; Paul Rooks; Johnathan A. Napier; Susan A. Kimmance; Matthew R. Henn; Hiroyuki Ogata; Michael J. Allen

  JOURNAL OF VIROLOGY, 2011年12月, 査読有り

  
• Unveiling the transcriptional features associated with coccolithovirus infection of natural Emiliania huxleyi blooms

  Antonio Pagarete; Gildas Le Corguille; Bela Tiwari; Hiroyuki Ogata; Colomban de Vargas; William H. Wilson; Michael J. Allen

  FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY, 2011年12月, 査読有り

  
• A Holistic Approach to Marine Eco-Systems Biology

  Eric Karsenti; Silvia G. Acinas; Peer Bork; Chris Bowler; Colomban De Vargas; Jeroen Raes; Matthew Sullivan; Detlev Arendt; Francesca Benzoni; Jean-Michel Claverie; Mick Follows; Gaby Gorsky; Pascal Hingamp; Daniele Iudicone; Olivier Jaillon; Stefanie Kandels-Lewis; Uros Krzic; Fabrice Not; Hiroyuki Ogata; Stephane Pesant; Emmanuel Georges Reynaud; Christian Sardet; Michael E. Sieracki; Sabrina Speich; Didier Velayoudon; Jean Weissenbach; Patrick Wincker

  PLOS BIOLOGY, 2011年10月, 査読有り

  
• Mimivirus reveals Mre11/Rad50 fusion proteins with a sporadic distribution in eukaryotes, bacteria, viruses and plasmids

  Takashi Yoshida; Jean-Michel Claverie; Hiroyuki Ogata

  VIROLOGY JOURNAL, 2011年09月, 査読有り

  
• Two new subfamilies of DNA mismatch repair proteins (MutS) specifically abundant in the marine environment

  Hiroyuki Ogata; Jessica Ray; Kensuke Toyoda; Ruth-Anne Sandaa; Keizo Nagasaki; Gunnar Bratbak; Jean-Michel Claverie

  ISME JOURNAL, 2011年07月, 査読有り

  
• Draft genome sequence of the coccolithovirus EhV-84

  Jozef I. Nissimov; Charlotte A. Worthy; Paul Rooks; Johnathan A. Napier; Susan A. Kimmance; Matthew R. Henn; Hiroyuki Ogata; Michael J. Allen

  STANDARDS IN GENOMIC SCIENCES, 2011年, 査読有り

  
• A jumbo phage infecting the phytopathogen Ralstonia solanacearum defines a new lineage of the Myoviridae family

  Takashi Yamada; Souichi Satoh; Hiroki Ishikawa; Akiko Fujiwara; Takeru Kawasaki; Makoto Fujie; Hiroyuki Ogata

  VIROLOGY, 2010年03月, 査読有り

  
• Distribution of Giant Viruses in Marine Environments.

  Ogata H; Monier A; Claverie J.-M

  Global Change: Mankind-Marine Environment Interactions, 2010年

  
• Identification and biochemical characterization of a GDSL-motif carboxylester hydrolase from Carica papaya latex

  Slim Abdelkafi; Hiroyuki Ogata; Nathalie Barouh; Benjamin Fouquet; Regine Lebrun; Michel Pina; Frantz Scheirlinckx; Pierre Villeneuve; Frederic Carriere

  BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-MOLECULAR AND CELL BIOLOGY OF LIPIDS, 2009年11月, 査読有り

  
• Remarkable sequence similarity between the dinoflagellate-infecting marine girus and the terrestrial pathogen African swine fever virus

  Hiroyuki Ogata; Kensuke Toyoda; Yuji Tomaru; Natsuko Nakayama; Yoko Shirai; Jean-Michel Claverie; Keizo Nagasaki

  VIROLOGY JOURNAL, 2009年10月, 査読有り

  
• Ten good reasons not to exclude giruses from the evolutionary picture

  Jean-Michel Claverie; Hiroyuki Ogata

  NATURE REVIEWS MICROBIOLOGY, 2009年08月, 査読有り

  
• Horizontal gene transfer of an entire metabolic pathway between a eukaryotic alga and its DNA virus

  Adam Monier; Antonio Pagarete; Colomban de Vargas; Michael J. Allen; Betsy Read; Jean-Michel Claverie; Hiroyuki Ogata

  GENOME RESEARCH, 2009年08月, 査読有り

  
• Mimivirus and Mimiviridae: Giant viruses with an increasing number of potential hosts, including corals and sponges

  Jean-Michel Claverie; Renata Grzela; Audrey Lartigue; Alain Bernadac; Serge Nitsche; Jean Vacelet; Hiroyuki Ogata; Chantal Abergel

  JOURNAL OF INVERTEBRATE PATHOLOGY, 2009年07月, 査読有り

  
• Mimivirus

  J. -M. Claverie; C. Abergel; H. Ogata

  LESSER KNOWN LARGE DSDNA VIRUSES, 2009年, 査読有り

  
• Transcriptome analysis of functional differentiation between haploid and diploid cells of Emiliania huxleyi, a globally significant photosynthetic calcifying cell

  Peter von Dassow; Hiroyuki Ogata; Ian Probert; Patrick Wincker; Corinne Da Silva; Stephane Audic; Jean-Michel Claverie; Colomban de Vargas

  GENOME BIOLOGY, 2009年, 査読有り

  
• Microbiology - How to infect a mimivirus

  Hiroyuki Ogata; Jean-Michel Claverie

  SCIENCE, 2008年09月, 査読有り

  
• Ma-LMM01 infecting toxic Microcystis aeruginosa illuminates diverse cyanophage genome strategies

  Takashi Yoshida; Keizo Nagasaki; Yukari Takashima; Yoko Shirai; Yuji Tomaru; Yoshitake Takao; Shigetaka Sakamoto; Shingo Hiroishi; Hiroyuki Ogata

  JOURNAL OF BACTERIOLOGY, 2008年03月, 査読有り

  
• Taxonomic distribution of large DNA viruses in the sea

  Adam Monier; Jean-Michel Claverie; Hiroyuki Ogata

  GENOME BIOLOGY, 2008年, 査読有り

  
• Marine mimivirus relatives are probably large algal viruses

  Adam Monier; Jens Borggaard Larsen; Ruth-Anne Sandaa; Gunnar Bratbak; Jean-Michel Claverie; Hiroyuki Ogata

  VIROLOGY JOURNAL, 2008年01月, 査読有り

  
• Horizontal gene transfer and nucleotide compositional anomaly in large DNA viruses

  Adam Monier; Jean-Michel Claverie; Hiroyuki Ogata

  BMC GENOMICS, 2007年12月, 査読有り

  
• Horizontal gene transfer and nucleotide compositional anomaly in large DNA viruses

  Adam Monier; Jean-Michel Claverie; Hiroyuki Ogata

  BMC GENOMICS, 2007年12月, 査読有り

  
• Lateral gene transfer between obligate intracellular bacteria: Evidence from the Rickettsia massiliae genome

  Guillaume Blanc; Hiroyuki Ogata; Catherine Robert; Stephane Audic; Jean-Michel Claverie; Didier Raoult

  GENOME RESEARCH, 2007年11月, 査読有り

  
• Unique genes in giant viruses: Regular substitution pattern and anomalously short size

  Hiroyuki Ogata; Jean-Michel Claverie

  GENOME RESEARCH, 2007年09月, 査読有り

  
• Genomics of Rickettsial Agents.

  Ogata H; Renesto P

  Rickettsial Diseases: Old and New, 2007年, 査読有り

  
• An essential dichotomy of the gene pool of giant DNA viruses.

  Ogata H; Claverie J.-M

  JOBIM 2007, 2007年, 査読有り

  
• Reductive genome evolution from the mother of Rickettsia

  Guillaume Blanc; Hiroyuki Ogata; Catherine Robert; Stephane Audic; Karsten Suhre; Guy Vestris; Jean-Michel Claverie; Didier Raoult

  PLOS GENETICS, 2007年01月, 査読有り

  
• Mimivirus giant particles incorporate a large fraction of anonymous and unique gene products

  Patricia Renesto; Chantal Abergel; Philippe Decloquement; Danielle Moinier; Said Azza; Hiroyuki Ogata; Patrick Fourquet; Jean-Pierre Gorvel; Jean-Michel Claverie

  JOURNAL OF VIROLOGY, 2006年12月, 査読有り

  
• Impact of the excision of an ancient repeat insertion on Rickettsia conorii guanylate kinase activity

  Chantal Abergel; Guillaume Blanc; Vincent Monchois; Patricia Renesto; Cecile Sigoillot; Hiroyuki Ogata; Didier Raoult; Jean-Michel Claverie

  MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION, 2006年11月, 査読有り

  
• Identification of two putative rickettsial adhesins by proteomic analysis

  Patricia Renesto; Laurent Samson; Hiroyuki Ogata; Said Azza; Patrick Fourquet; Jean-Pierre Gorvel; Robert A. Heinzen; Didier Raoult

  RESEARCH IN MICROBIOLOGY, 2006年09月, 査読有り

  
• Genome sequence of Rickettsia bellii illuminates the role of amoebae in gene exchanges between intracellular pathogens

  Hiroyuki Ogata; Bernard La Scola; Stephane Audic; Patricia Renesto; Guillaume Blanc; Catherine Robert; Pierre-Edouard Fournier; Jean-Michel Claverie; Didier Raoult

  PLOS GENETICS, 2006年05月, 査読有り

  
• Mimivirus and the emerging concept of "giant" virus

  JM Claverie; H Ogata; S Audic; C Abergel; K Suhre; PE Fournier

  VIRUS RESEARCH, 2006年04月, 査読有り

  
• Genomics of Rickettsia.

  Ogata H; Raoult D

  Encyclopedia of Genetics, Genomics, Proteomics and Bioinformatics, 2006年, 査読有り

  
• Comparative genomics of multidrug resistance in Acinetobacter baumannii

  Pierre-Edouard Fournier; David Vallenet; Valerie Barbe; Stephane Audic; Hiroyuki Ogata; Laurent Poirel; Herve Richet; Catherine Robert; Sophie Mangenot; Chantal Abergel; Patrice Nordmann; Jean Weissenbach; Didier Raoult; Jean-Michel Claverie

  PLOS GENETICS, 2006年01月, 査読有り

  
• Molecular evolution of Rickettsia surface antigens: Evidence of positive selection

  G Blanc; M Ngwamidiba; H Ogata; PE Fournier; JM Claverie; D Raoult

  MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION, 2005年10月, 査読有り

  
• Multispacer typing of Rickettsia prowazekii enabling epidemiological studies of epidemic typhus

  Y Zhu; PE Fournier; H Ogata; D Raoult

  JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY, 2005年09月, 査読有り

  
• The genome sequence of Rickettsia felis identifies the first putative conjugative plasmid in an obligate intracellular parasite

  H Ogata; P Renesto; S Audic; C Robert; G Blanc; PE Fournier; H Parinello; JM Claverie; D Raoult

  PLOS BIOLOGY, 2005年08月, 査読有り

  
• Discovery of protein-coding palindromic repeats in Wolbachiac

  H Ogata; K Suhre; JM Claverie

  TRENDS IN MICROBIOLOGY, 2005年06月, 査読有り

  
• Tropheryma whipplei genome at the beginning of the post-genomic era

  N Crapoulet; P Renesto; JS Dumler; K Suhre; H Ogata; JM Claverie; D Raoult

  CURRENT GENOMICS, 2005年05月, 査読有り

  
• Transcriptional response of Rickettsia conorii exposed to temperature variation and stress starvation

  C Rovery; P Renesto; N Crapoulet; K Matsumoto; P Parola; H Ogata; D Raoult

  RESEARCH IN MICROBIOLOGY, 2005年03月, 査読有り

  
• Some lessons from Rickettsia genomics

  P Renesto; H Ogata; S Audic; JM Claverie; D Raoult

  FEMS MICROBIOLOGY REVIEWS, 2005年01月, 査読有り

  
• Metagrowth: a new resource for the building of metabolic hypotheses in microbiology

  H Ogata; JM Claverie

  NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2005年01月, 査読有り

  
• A new example of viral intein in Mimivirus

  Hiroyuki Ogata; Didier Raoult; Jean-Michel Claverie

  VIROLOGY JOURNAL, 2005年, 査読有り

  
• Phylogenetic study of Rickettsia species using sequences of the autotransporter protein-encoding gene sca2

  M Ngwamidiba; G Blanc; H Ogata; D Raoulta; PE Fournier

  RICKETTSIOSES: FROM GENOME TO PROTEOME, PATHOBIOLOGY, AND RICKETTSIAE AS AN INTERNATIONAL THREAT, 2005年, 査読有り

  
• Rickettsia felis, from culture to genome sequencing

  H. Ogata; C. Robert; S. Audic; S. Robineau; G. Blanc; P. E. Fournier; P. Renesto; J. M. Claverie; D. Raoult

  RICKETTSIOSES: FROM GENOME TO PROTEOME, PATHOBIOLOGY, AND RICKETTSIAE AS AN INTERNATIONAL THREAT, 2005年, 査読有り

  
• フランスのバイオインフォマティクス事情

  緒方博之

  Japanese Society for Bioinformatics News Letter, 2005年, 査読有り

  
• Use of highly variable intergenic spacer sequences for multispacer typing of Rickettsia conorii strains

  PE Fournier; Y Zhu; H Ogata; D Raoult

  JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY, 2004年12月, 査読有り

  
• The 1.2-megabase genome sequence of mimivirus

  D Raoult; S Audic; C Robert; C Abergel; P Renesto; H Ogata; B La Scola; M Suzan; JM Claverie

  SCIENCE, 2004年11月, 査読有り

  
• Genotyping, orientalis-like Yersinia pestis, and plague pandemics

  M Drancourt; W Roux; LV Dang; L Tran-Hung; D Castex; Chenal-Francisque, V; H Ogata; PE Fournier; E Crubezy; D Raoult

  EMERGING INFECTIOUS DISEASES, 2004年09月, 査読有り

  
• Restricted changes in major surface protein-2 (msp2) transcription after prolonged in vitro passage of Anaplasma phagocytophilum

  DG Scorpio; K Caspersen; H Ogata; J Park; JS Dumler

  BMC MICROBIOLOGY, 2004年01月, 査読有り

  
• Tropheryma whipplei twist: A human pathogenic Actinobacteria with a reduced genome

  D Raoult; H Ogata; S Audic; C Robert; K Suhre; M Drancourt; JM Claverie

  GENOME RESEARCH, 2003年08月, 査読有り

  
• Genome-based design of a cell-free culture medium for Tropheryma whipplei

  P Renesto; N Crapoulet; H Ogata; B La Scola; G Vestris; JM Claverie; D Raoult

  LANCET, 2003年08月, 査読有り

  
• The insertion of palindromic repeats in the evolution of proteins

  JM Claverie; H Ogata

  TRENDS IN BIOCHEMICAL SCIENCES, 2003年02月, 査読有り

  
• Protein coding palindromes are a unique but recurrent feature in Rickettsia

  H Ogata; S Audic; C Abergel; PE Fournier; JM Claverie

  GENOME RESEARCH, 2002年05月, 査読有り

  
• Phylogenetic classification of Bartonella species by comparing groEL sequences

  Z Zeaiter; PE Fournier; H Ogata; D Raoult

  INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, 2002年01月, 査読有り

  
• Recent advances in computational genomics.

  Claverie JM; Abergel C; Audic S; Ogata H

  Pharmacogenomics, 2001年11月, 査読有り

  
• Mechanisms of evolution in Rickettsia conorii and R. prowazekii

  H Ogata; S Audic; P Renesto-Audiffren; PE Fournier; Barbe, V; D Samson; Roux, V; P Cossart; J Weissenbach; JM Claverie; D Raoult

  SCIENCE, 2001年09月, 査読有り

  
• Selfish DNA and the origin of genes - Response

  H Ogata; S Audic; JM Claverie

  SCIENCE, 2001年01月, 査読有り

  
• Selfish DNA in protein-coding genes of Rickettsia

  H Ogata; S Audic; Barbe, V; F Artiguenave; PE Fournier; D Raoult; JM Claverie

  SCIENCE, 2000年10月, 査読有り

  
• Automatic detection of conserved gene clusters in multiple genomes by graph comparison and P-quasi grouping

  W Fujibuchi; H Ogata; H Matsuda; M Kanehisa

  NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2000年10月, 査読有り

  
• A heuristic graph comparison algorithm and its application to detect functionally related enzyme clusters

  H Ogata; W Fujibuchi; S Goto; M Kanehisa

  NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2000年10月, 査読有り

  
• AAindex: Amino Acid Index Database

  S Kawashima; H Ogata; M Kanehisa

  NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 1999年01月, 査読有り

  
• KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes

  H Ogata; S Goto; K Sato; W Fujibuchi; H Bono; M Kanehisa

  NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 1999年01月, 査読有り

  
• Computation with the KEGG pathway database

  H Ogata; S Goto; W Fujibuchi; M Kanehisa

  BIOSYSTEMS, 1998年06月, 査読有り

  
• KEGG and DBGET/LinkDB: Integration of biological relationships in divergent molecular biology data.

  Fujibuchi W; Kazushige S; Ogata H; Goto S; Kanehisa M

  Knowledge Sharing Across Biological and Medical Knowledge Based Systems, 1998年, 査読有り

  
• Systematic Prediction of Orthologous Units of Genes in the Complete Genomes.

  Bono H; Goto S; Fujibuchi W; Ogata H; Kanehisa M

  Genome Inform Ser Workshop Genome Inform, 1998年, 査読有り

  
• Reconstruction of amino acid biosynthesis pathways from the complete genome sequence

  Hidemasa Bono; Hiroyuki Ogata; Susumu Goto; Minoru Kanehisa

  Genome Research, 1998年, 査読有り

  
• Other sequence analysis tools.

  Ogata H

  Introduction to GenomeNet Databases, 2nd edition, 1998年, 査読有り

  
• A Survey on E. coli Enzymes: Correlation between Metabolic Pathway and Gene Location.

  Ogata H; Kanehisa M

  ICR Annual Report 1996, 1997年, 査読有り

  
• The size differences among mammalian introns are due to the accumulation of small deletions

  H Ogata; W Fujibuchi; M Kanehisa

  FEBS LETTERS, 1996年07月, 査読有り

  
• Analysis of binary relations and hierarchies of enzymes in the metabolic pathways.

  Ogata H; Bono H; Fujibuchi W; Goto S; Kanehisa M

  Genome Informatics, 1996年, 査読有り

  
• Organizing and computing metabolic pathway data in terms of binary relations

  S Goto; H Bono; H Ogata; W Fujibuchi; T Nishioka; K Sato; M Kanehisa

  PACIFIC SYMPOSIUM ON BIOCOMPUTING '97, 1996年, 査読有り

  
• タンパク質データベース利用による機能解析

  緒方博之; 金久實

  生物物理, 1996年, 査読有り

  
• A GENETIC ALGORITHM-BASED MOLECULAR MODELING TECHNIQUE FOR RNA STEM-LOOP STRUCTURES

  H OGATA; Y AKIYAMA; M KANEHISA

  NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 1995年02月, 査読有り

  
• ホモロジーサーチ

  緒方博之; 金久實

  炎症と免疫, 1995年, 査読有り

  
• A computer modeling method for three-dimensional structure of RNA.

  Ogata H; Akiyama Y; Kanehisa M

  Genome Informatics, 1993年, 査読有り

  

MISC

• Macroscale patterns of oceanic zooplankton composition and size structure

  Manoela C. Brandão; Fabio Benedetti; Séverine Martini; Yawouvi Dodji Soviadan; Jean-Olivier Irisson; Jean-Baptiste Romagnan; Amanda Elineau; Corinne Desnos; Laëtitia Jalabert; Andrea S. Freire; Marc Picheral; Lionel Guidi; Gabriel Gorsky; Chris Bowler; Lee Karp-Boss; Nicolas Henry; Colomban de Vargas; Matthew B. Sullivan; Silvia G. Acinas; Marcel Babin; Peer Bork; Emmanuel Boss; Chris Bowler; Guy Cochrane; Colomban de Vargas; Gabriel Gorsky; Lionel Guidi; Nigel Grimsley; Pascal Hingamp; Daniele Iudicone; Olivier Jaillon; Stefanie Kandels; Lee Karp-Boss; Eric Karsenti; Fabrice Not; Hiroyuki Ogata; Nicole Poulton; Stephane Pesant; Jeroen Raes; Christian Sardet; Sabrina Speich; Lars Stemmann; Matthew B. Sullivan; Shinichi Sunagawa; Patrick Wincker; Lars Stemmann; Fabien Lombard

  Scientific Reports, 2021年12月

  
• Deep ocean metagenomes provide insight into the metabolic architecture of bathypelagic microbial communities

  Silvia G. Acinas; Pablo Sánchez; Guillem Salazar; Francisco M. Cornejo-Castillo; Marta Sebastián; Ramiro Logares; Marta Royo-Llonch; Lucas Paoli; Shinichi Sunagawa; Pascal Hingamp; Hiroyuki Ogata; Gipsi Lima-Mendez; Simon Roux; José M. González; Jesús M. Arrieta; Intikhab S. Alam; Allan Kamau; Chris Bowler; Jeroen Raes; Stéphane Pesant; Peer Bork; Susana Agustí; Takashi Gojobori; Dolors Vaqué; Matthew B. Sullivan; Carlos Pedrós-Alió; Ramon Massana; Carlos M. Duarte; Josep M. Gasol

  Communications Biology, 2021年12月

  
• RNA Sequencing of Medusavirus Suggests Remodeling of the Host Nuclear Environment at an Early Infection Stage

  Ruixuan Zhang; Hisashi Endo; Masaharu Takemura; Hiroyuki Ogata

  Microbiology Spectrum, 2021年09月29日

  
• Environmental vulnerability of the global ocean epipelagic plankton community interactome

  Samuel Chaffron; Erwan Delage; Marko Budinich; Damien Vintache; Nicolas Henry; Charlotte Nef; Mathieu Ardyna; Ahmed A. Zayed; Pedro C. Junger; Pierre E. Galand; Connie Lovejoy; Alison E. Murray; Hugo Sarmento; Silvia G. Acinas; Marcel Babin; Daniele Iudicone; Olivier Jaillon; Eric Karsenti; Patrick Wincker; Lee Karp-Boss; Matthew B. Sullivan; Chris Bowler; Colomban de Vargas; Damien Eveillard

  Science Advances, 2021年08月

  
• Integrative analysis of gut microbiome and host transcriptomes reveals associations between treatment outcomes and immunotherapy‐induced colitis

  Toshiharu Sakurai; Marco A De Velasco; Kazuko Sakai; Tomoyuki Nagai; Hiroki Nishiyama; Kentaro Hashimoto; Hirotsugu Uemura; Hisato Kawakami; Kazuhiko Nakagawa; Hiroyuki Ogata; Kazuto Nishio; Masatoshi Kudo

  Molecular Oncology, 2021年07月28日

  
• Myosin genes in NCLDVs: their complex origins and putative functions

  Soichiro Kijima; Tom O Delmont; Urara Miyazaki; Morgan Gaia; Hisashi Endo; Hiroyuki Ogata

  Aquatic Virus Workshop 10, 2021年06月

  
• Recombination between genomes of giant virus Marseilleviridae

  Kimberly Gacayon Garcia; Koki Yoshida; Aoki Keita; Hisashi Endo; Masaharu Takemura; Hiroyuki Ogata

  Aquatic Virus Workshop 10, 2021年06月

  
• Characteristics and association of microbial eukaryotic and Mimiviridae communities in the Beaufort Sea

  Jun Zia; Sohiko Kameyama; Florian Prodinger; Takashi Yoshida; Kyoung-Ho Cho; Jinyoung Jung; Sung-Ho Kang; Eun-Jin Yang; Hiroyuki Ogata; Hisashi Endo

  Aquatic Virus Workshop 10, 2021年06月

  
• Who infects whom? Assessment of co-occurrence methods for NCLDV-host interactions

  Lingjie Meng; Hisashi Endo; Romain Blanc-Mathieu; Samuel Chaperon; Rodrigo Hernandez-Velazquez; Hiroto Kaneko; Hiroyuki Ogata

  Aquatic Virus Workshop 10, 2021年06月

  
• Pole-to-pole biogeography of marine giant viruses and their role in biogeochemical cycles

  Hisashi Endo; Romain Blanc-Mathieu; Hiroyuki Ogata

  Aquatic Virus Workshop 10, 2021年06月

  
• The association of marine viruses and carbon cycle revealed by a large omits dataset

  Hiroto Kaneko; Blanc-Mathieu Romain; Hisashi Endo; Hiroyuki Ogata

  Aquatic Virus Workshop 10, 2021年06月

  
• RNA-seq of medusa virus reveals temporal viral gene expression profile and remodeling of the host nucleus

  Ruixuan Zhang; Hisashi Endo; Masaharu Takemura; Hiroyuki Ogata

  Aquatic Virus Workshop 10, 2021年06月

  
• 海洋巨大ウイルスの地理分布と物質循環における役割

  遠藤 寿; 緒方 博之

  北海道大学低温科学研究所 令和2年度共同利用研究集会「寒冷圏大気—海洋間の生物地球化学的相互作用に関する研究集会」, 2021年03月

  
• シリカ被殻を持つ真核藻類: パルマ藻・珪藻 の比較ゲノム解析

  伴 広輝; 桑田 晃; 中村 洋路; 佐藤 晋也; 吉川 伸哉; 山田 和正; 一宮 睦雄; 緒方 博之

  日本藻類学会第45回大会, 2021年03月

  
• TARAメタオミクスデータから解き明かすRNAウイルスと炭素循環の関わり

  金子博人; Romain Blanc-Mathieu; 遠藤 寿; 緒方 博之

  第一回ウイルス生態学セミナー, 2020年12月

  
• Biomarker discovery based on diversity analysis, decision tree and functional analysis between patients with nivolumab-derived irAE colitis and ulcerative colitis

  橋本謙太郎; 西山拓輝; 永井知行; 櫻井俊治; 緒方博之

  第43回日本分子生物学会年会(MBSJ2020), 2020年12月

  
• Genome recombination between giant viruses isolated in Japan

  Garcia K; Yoshida K; Aoki K; Endo H; Takemura M; Ogata H. Shuffling Giants

  第43回日本分子生物学会年会(MBSJ2020), 2020年12月

  
• Medusavirus Transcriptome Analysis Reveals Temporal Gene Expression Patterns and Alteration of Host Transcriptional Landscape

  Zhang R; Endo H; Takemura M; Ogata H

  第43回日本分子生物学会年会(MBSJ2020), 2020年12月

  
• ニボルマブ由来のirAE大腸炎患者と潰瘍性大腸炎患者間における腸内細菌叢の比較解析

  橋本謙太郎; 西山拓輝; 櫻井俊治; 永井知行; 緒方博之

  第９回生命医薬情報学連合大会（IIMBP2020), 2020年09月

  
• 深層学習を利用した人工衛星によるリモートセンシングに基づく海洋微生物組成予測法の開発

  金子博人; 富井健太郎; 中村良介; 遠藤寿; 緒方博之

  第９回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2020）, 2020年09月

  
• Medusavirus transcriptome & the genome characterization of a new medusavirus strain.

  Zhang R; Yoshida K; Garcia K; Endo H; Takemura M; Ogata H

  JSME Environmental Virus Meeting 2020, 2020年09月

  
• Discovery of virmyosin of NCLDV and Analysis of its phylogeny.

  木島壮一朗; 宮崎うらら; Delmont T; 遠藤寿; 緒方博之

  JSME Environmental Virus Meeting 2020, 2020年09月

  
• 宇宙から海洋生態系を観測する

  金子博人; 富井健太郎; 中村良介; 遠藤寿; 緒方博之

  リモセン×メタゲノム生命情報科学若手の会 第１２回研究会, 2020年08月

  
• 海洋原核生物も”密集”すればウイルスによる感染を受けるのか?

  富永賢人; 山本圭吾; 神川龍馬; 緒方博之; 吉田天士

  日本地球化学会年会要旨集(Web), 2020年

  
• 渦鞭毛藻ウイルスのDNAポリメラーゼ活性中心は生物界の例外的存在か?

  池田彩乃; 高野義人; 遠藤寿; 緒方博之; 櫻井哲也; 加藤伸一郎; 大西浩平; 森澤啓子; 樋口琢磨; 外丸裕司; 高橋迪子; 長崎慶三

  藻類, 2020年

  
• 海洋ウィルスと地球の炭素循環：TARAオミノクスデータの解析による発見

  金子博人; Blanc-Mathieu R; 遠藤寿; 緒方博之

  インテリジェントバイオインフォマティクス研究セミナー, 2019年12月

  
• 海洋巨大ウィルスにおける新規補助代謝遺伝子の探索

  宮崎うらら; Delmont T; 遠藤寿; Blanc-Mathieu R; 緒方博之

  JSME Environmental Virus Meeting 2019, 2019年11月

  
• NCLDV host prediction with marker gene co-occurrence analysis in marine metagenomes.

  Meng L; Endo H; Blanc-Mathieu R; Ogata H

  JSME Environmental Virus Meeting 2019, 2019年11月

  
• 京都府南部水系からの新規マルセイユウィルス株の分離と今後の比較ゲノム解析

  吉田亘騎; 竹村政春; 遠藤寿; Blanc-Mathieu R; 緒方博之

  JSME Environmental Virus Meeting 2019, 2019年11月

  
• Exploring community changes of bloom forming eukaryotic phytoplankton and Megaviridae in Uranouchi Inlet, Japan.

  Prodinger F; Endo H; Takano Y; Li T; Tominaga K; Isozaki T; Blanc-Mathieu R; Gotoh Y; Nagasaki K; Yoshida T; Ogata H

  JSME Environmental Virus Meeting 2019, 2019年11月

  
• 大阪湾での経時的動態観測で探る海洋微生物ーウィルス群集相互作用

  富永賢人; 山本圭吾; 緒方博之; 左子芳彦; 吉田天士

  JSME Environmental Virus Meeting 2019, 2019年11月

  
• 真核生物プランクトンに感染するウィルスと沈降粒子による炭素輸送の効率との地球規模での関連

  金子博人; Blanc-Mathieu R; 遠藤寿; 緒方博之

  JSME Environmental Virus Meeting 2019, 2019年11月

  
• パルマ藻・珪藻の祖先的形質の解明に向けた比較ゲノム解析

  伴広輝; Blanc-Mathieu R; 桑田晃; 佐藤晋也; 吉川伸哉; 一宮睦雄; 緒方博之

  日本微生物学会生態学会 第３３回大会, 2019年09月

  
• Global biogeography of giant viruses highlights their interplay with eukaryotic community.

  Endo H; Li Y; Blanc-Mathieu R; Ogata H

  日本海洋学会2019年秋季大会, 2019年09月

  
• The abundance profile of eukaryotic plankton viruses could predict global ocean carbon export efficiency.

  Kaneko H; Blanc-Mathieu R; Endo H; Ogata H

  第８回生命医薬情報連合大会（IIBMP), 2019年09月

  
• メタゲノム解析でひも解く淡水湖のファージの多様性と生態

  岡崎友輔; 西村陽介; 吉田天士; 緒方博之; 中野伸一

  日本微生物生態学会 第３３回大会, 2019年09月

  
• シアノウィルス-宿主相互作用解明に向けた海洋シアノバクテリアの高純度分手法の確立

  磯崎逹大; 富永賢人; 山本圭吾; 左子芳彦; 緒方博之; 吉田天士

  日本微生物生態学会 第３３回大会, 2019年09月

  
• 未分離の海洋性Bacteroidetes門細菌感染ウィルスの生物情報学的探索

  富永賢人; 緒方博之; 吉田天士

  日本微生物生態学会 第３３回大会, 2019年09月

  
• Linking seasonal dynamics of Megaviridae and bloom forming eukaryotic phytoplankton in Uranouchi inlet, Japan.

  Prodinger F; Endo H; Li Y; Tominaga K; Isozaki T; Yoshida T; Ogata H

  日本微生物生態学会 第33回大会, 2019年09月

  
• Looking for ancestral genomic features in Paroles algae: the sister group of diatoms.

  Ban H; Blanc-Mathieu R; Kuwata A; Yoshikawa S; Sato S; Ichinomiya M; Ogata H

  19th Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology, 2019年07月

  
• A Preliminary Metagenomics Study towards Discovering Novel Auxiliary Metabolic Genes in Marine Large Viruses.

  Miyazaki U; Delmont T; Endo H; Blanc-Mathieu R; Ogata H

  19th Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology, 2019年07月

  
• Analysis of Tara Oceans omics data reveals eukaryotic plankton viruses related to carbon export flux and efficiency.

  Kaneko H; Blanc-Mathieu R; Endo H; Ogata H

  19th Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology, 2019年07月

  
• Seasonal dynamics of a proposed group of giant viruses and bloom forming eukaryotic phytoplankton.

  Prodinger F; Endo H; Li Y; Tominaga K; Tatsuhiro I; Gotoh Y; Yoshida T; Ogata H

  19th Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology, 2019年07月

  
• 渦鞭毛藻に感染する巨大dsDNAウイルスの遺伝子解析

  長崎慶三; 遠藤寿; 高野義人; 外丸裕司; 櫻井哲也; 池田彩乃; 大西浩平; 加藤伸一郎; 緒方博之

  日本水産学会大会講演要旨集, 2019年03月26日

  
• 渦鞭毛藻感染性大型ウイルスHcDNAVのゲノム解析―1.ドラフト配列の特徴

  長崎慶三; 遠藤寿; 高野義人; 外丸裕司; 櫻井哲也; 池田彩乃; 大西浩平; 加藤伸一郎; 緒方博之

  藻類, 2019年03月10日

  
• A persistent algal virus with an unprecedented amount of metabolic genes.

  Blanc-Mathieu R; Dahle H; Ogata H; Sandaa R.-H

  日本微生物生態学会 第３３回大会, 2019年02月

  
• Global distribution of nucleocytoplasmic large DNA viruses in the Ocean.

  Endo, H., Li Y., Blanc-Mathieu R., Ogata H.

  ASLO2019 Aquatic Sciences Meeting, 2019年02月

  
• 大阪湾における海洋微生物・ウイルスの群集ダイナミクスと生態学的相互作用解析

  富永賢人; 晴気七菜; 藤原健太郎; 西村陽介; 西村陽介; 山本圭吾; 綿井博康; 左子芳彦; 緒方博之; 吉田天士

  日本ゲノム微生物学会年会要旨集, 2019年

  
• 大阪湾の海洋微生物・ウイルスの生態学的相互作用解析

  富永賢人; 西村陽介; 山本圭吾; 緒方博之; 左子芳彦; 吉田天士

  日本水産学会大会講演要旨集, 2019年

  
• アカントアメーバに感染する新規ウイルスMedusavirusのゲノム解析

  吉川元貴; Blanc-Mathieu R; 望月智弘; Chiding Song; 村田和義; 緒方博之; 武村政春

  JSME Environmental Virus Meeting 2018, 2018年10月27日

  
• Rrymnesium kappa Virus RF01: A deep branching Mimiviridae encoding a large number of metabolic genes.

  Blanc-Mathieu R; Dahle H; Brandt D; Ogata H; Sandaa R. -A

  JSME Environmental Virus Meeting 2018, 2018年10月27日

  
• Regression analysis using global ocean metagenomes revealed the contribution of eukaryotic viruses to carbon export.

  Kaneko H; Blanc-Mathieu R; Endo H; Ogata H

  JSME Environmental Virus Meeting 2018, 2018年10月27日

  
• 配列類似性に基づいたウイルスゲノム自動分類法

  黒西愛; Blanc-Mathieu R; 遠藤寿; 五斗進; 緒方博之

  JSME Environmental Virus Meeting 2018, 2018年10月27日

  
• Diversity of marine prymnesioviruses and their strategies for stable co-existence with their phytoplankton hosts.

  Sandaa R.-A; Lawrence J; Alan-Mathieu R; Dahle H; Steen I.H; Ogata H

  EMBO Workshop Viruses of Microbes 2018, 2018年07月

  
• Kuronishi M., Blanc-Mathieu R., Endo H., Goto S., Ogata H.

  Development of viral genome classification method based on sequence similarity.

  International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology2018, 2018年07月

  
• Genomic characterization of Medusavirus, a new giant virus infecting Acanthamoeba.

  Yoshikawa G; Blanc-Mathieu R; Song C; Mochizuki T; Murata K; Ogata H; Takemura M

  International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology（IBSB）, 2018年07月

  
• 未分離の海洋性バクテロイデス門細菌感染ウイルスゲノムの探索と同定

  富永賢人; 左子芳彦; 緒方博之; 吉田天士

  日本水産学会大会講演要旨集, 2018年03月26日

  
• NCLDVに属する新規巨大ウイルスAcanthamoeba castellanii medusavirusのゲノム解析

  吉川元貴; BLANC‐MATHIEU Romain; 望月智弘; SONG Chihong; 村田和義; 緒方博之; 武村政春

  日本ゲノム微生物学会年会要旨集, 2018年03月05日

  
• 一酸化炭素(CO)資化性菌の鍵酵素,COデヒドロゲナーゼの系統学的多様性

  中元一星; 井上真男; 大前公保; 大黒逹希; 緒方博之; 吉田天士; 左子芳彦

  日本水産学会大会講演要旨集, 2018年

  
• 巨大ウイルス研究の朝(あした) 温泉の底質泥から分離した新規巨大ウイルスAcanthamoeba castellanii medusavirusの形態学的・ゲノム科学的研究

  武村 政春; 吉川 元貴; Song Chihong; 望月 智弘; Blanc-Mathieu Romain; 村田 和義; 緒方 博之

  生命科学系学会合同年次大会, 2017年12月

  
• マルチオミクス解析が明らかにする海洋ウイルスの多様性と存在意義

  緒方博之; BLANC‐MATHIEU Romain; HINGAMP Pascal; 西村陽介; 李岩沢; 吉田天士

  日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web), 2017年08月24日

  
• 温泉の底質泥から分離した新規巨大ウイルスについて

  武村政春; SONG Chihong; 望月智弘; 吉川元貴; BLANC‐MATHIEU Romain; 緒方博之; 村田和義

  日本微生物生態学会大会(Web), 2017年

  
• 巨大ウイルス群NCLDVに属する新規ウイルスOVのゲノム解析

  吉川元貴; BLANC‐MATHIEU Romain; 望月智弘; SONG Chihong; 村田和義; 緒方博之; 武村政春

  日本微生物生態学会大会(Web), 2017年

  
• 完全長ゲノムに基づく海洋ウイルスの定量的動態解析とその宿主微生物の推定

  綿井博康; 本田貴史; 山本圭吾; 西村陽介; 五斗進; 緒方博之; 左子芳彦; 吉田天士

  日本水産学会大会講演要旨集, 2016年03月26日

  
• genomic‐OTUを用いたメタゲノム解析による海洋ウイルスの季節変動

  綿井博康; 西村陽介; 山本圭吾; 五斗進; 緒方博之; 左子芳彦; 吉田天士

  日本微生物生態学会大会(Web), 2016年

  
• あなたのウイルスゲノムを分類します

  西村陽介; 吉田天士; 緒方博之; 五斗進

  日本微生物生態学会大会(Web), 2016年

  
• 次世代シーケンサーを用いた未知の海洋細菌-ウイルス感染系の推定

  綿井博康; 本田貴史; 山本圭吾; 緒方博之; 五斗進; 西村陽介; 左子芳彦; 吉田天士

  日本水産学会大会講演要旨集, 2015年

  
• 2P-013 青枯病菌とファージのダイナミックな相互作用の解析(分類,系統,遺伝学,一般講演)

  園元 貴也; 川崎 健; 藤江 誠; 緒方 博之; 山田 隆

  日本生物工学会大会講演要旨集, 2014年

  
• 海産渦鞭毛藻感染性ウイルスと家畜病原性ウイルスの進化系統関係

  長崎慶三; 豊田健介; 中山奈津子; 外丸裕司; CLAVERIE Jean-Michel; 緒方博之

  日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web), 2010年

  
• 1B-2 渦鞭毛藻ウイルス研究の最前線(口頭発表)

  長崎 慶三; 外丸 裕司; 中山 奈津子; 豊田 健介; 高尾 祥丈; 緒方 博之

  日本微生物生態学会講演要旨集, 2009年

  
• 09-170 シアノファージMaLMM01のゲノム上に見出されたISのMicrocystis aeruginosaにおける分布(遺伝子伝播,研究発表)

  久野 草太郎; 吉田 天士; 細田 直彦; 広石 伸互; 緒方 博之; 長崎 慶三; 左子 芳彦

  日本微生物生態学会講演要旨集, 2008年11月25日

  
• シアノファージMa-LMM01の転写調節領域とその感染過程における遺伝子転写解析

  吉田天士; 高島ゆかり; 吉田光宏; 広石伸互; 緒方博之; 白井葉子; 長崎慶三

  日本ウイルス学会学術集会プログラム・抄録集, 2007年

  
• Microcystis aeruginosaに感染するファージの新規増殖機構の解明

  高島ゆかり; 吉田天士; 吉田光宏; 広石伸互; 緒方博之; 長崎慶三

  日本水産学会大会講演要旨集, 2007年

  
• B-10 Microcystis aeruginosa感染性シアノファージMa-LMM01のゲノム解析2 : 感染過程におけるファージ遺伝子の発現動態(遺伝子解析,(2)口頭発表会,研究発表会)

  高島 ゆかり; 吉田 天士; 吉田 光宏; 広石 伸互; 緒方 博之; 長崎 慶三

  日本微生物生態学会講演要旨集, 2006年10月27日

  
• B-11 シアノファージMa-LMM01のゲノムにコードされた2つ溶菌酵素遺伝子の大腸菌による発現(遺伝子解析,(2)口頭発表会,研究発表会)

  細田 直彦; 吉田 天士; 黒川 洋一; 高島 ゆかり; 広石 伸互; 緒方 博之; 長崎 慶三

  日本微生物生態学会講演要旨集, 2006年10月27日

  
• 有毒アオコ原因藍藻に感染するシアノファージのゲノム解析

  吉田天士; 高島ゆかり; 吉田光宏; 細田直彦; 広石伸互; 緒方博之; 白井葉子; 長崎慶三

  日本ウイルス学会学術集会プログラム・抄録集, 2006年

  
• Yersinia pestis genotyping - Response

  D Raoult; M Drancourt; PE Fournier; H Ogata

  EMERGING INFECTIOUS DISEASES, 2005年08月

  
• Comment on "The 1.2-megabase genome sequence of Mimivirus"

  H Ogata; C Abergel; D Raoult; JM Claverie

  SCIENCE, 2005年05月

  
• 遺伝子クラスターの多種ゲノム間比較による解析

  藤渕 航; 緒方 博之; 金久 寛

  生物物理, 1998年09月07日

  
• 2T12 オーソロガス遺伝子の関係を考慮にいれたゲノムからの機能予測

  坊農秀雅; 緒方博之; 五斗進; 金久實

  生物物理, 1997年09月05日

  
• Size distribution and evolutionary rate of intron revealed by comparison of different mammalian species

  H Ogata; W Fujibuchi; M Kanehisa

  PROGRESS IN BIOPHYSICS & MOLECULAR BIOLOGY, 1996年

  
• Statistical features identified from comparison of homologous introns

  緒方 博之; 藤渕 航; 金久 實

  Genome Informatics, 1995年

  

講演・口頭発表等

• Global genetic data reveal lineages of giant viruses and other eukaryotic viruses associated with the carbon export efficiency.

  緒方 博之

  4th Ringberg Symposium on Giant Virus Biology, 2019年11月19日, 招待有り

  
• Eukaryotic giant viruses: update on their evolution, diversity and ecology.

  緒方 博之

  ELSI Thermophiles seminar, 2019年08月30日

  
• Prediction of viruses enhancing the biological carbon pump.

  緒方 博之

  Neo-Virology Informatics Workshop, 2019年08月29日

  
• Do viruses enhance the carbon export down to the deep ocean?

  緒方 博之

  Gordon Research Conference, 2019年07月15日

  
• 地球規模海洋オミクスデータに基づく巨大ウイルスと生物炭素ポンプの関係の解明

  緒方 博之

  第2回感染症診断と治療におけるゲノム解析, 2019年03月15日, 招待有り

  
• A giant virus from a freshwater environment with a full set of histone genes

  緒方 博之

  9th Aquatic Virus Workshop, 2018年06月17日

  
• どこから来て、何をしているのか？

  緒方 博之

  第33回国際生物学賞記念シンポジウム, 2017年12月, 招待有り

  
• Diversity and biogeography of marine giruses and their association with the biological carbon pump

  緒方 博之

  The 3rd Ringberg Symposium on Giant Virus Biology, 2017年11月21日

  
• Multi-omics approach to assess viral impact on marine plankton

  Hiroyuki Ogata

  KAUST Global Ocean Genome Workshop, 2017年10月, 招待有り

  
• マルチオミクス解析が明らかにする洋ウイルスの多様性と存在意義

  緒方 博之

  日本進化学会第19回大会, 2017年08月, 招待有り

  
• 何故に今頃ネオウィルス学？

  緒方 博之

  環境微生物系学会合同大会, 2017年08月, 招待有り

  
• Towards unveiling pivotal roles of viruses in marine ecosystems

  緒方 博之

  The 73rd Fujihara Seminar, International Conference "Molecular Life of Diatoms", 2017年07月13日, 招待有り

  
• Biodiversity of marine plankton revealed by Tara Oceans' eco-systems approach

  Hiroyuki Ogata

  Tara Coral Conference, 2017年04月, 招待有り

  
• 遺伝子科学の昨今、生物学からのアプローチ

  緒方 博之

  2016年度日仏会館科学シンポジウム, 2016年12月03日, 招待有り

  
• Extreme diversity, high abundance and activities of giant viruses in the sea.

  緒方 博之

  The 39th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan, 2016年12月02日

  
• アメーバウイルス研究がもたらしたンパクト

  緒方 博之

  日本微生物生態学会年会, 2016年10月24日

  
• Biodiversity and Chemical Biology of Marine and Terrestrial Life in the Philippine Region

  緒方 博之

  Biodiversity and Chemical Biology of Marine and Terrestrial Life in the Philippine Region, 2016年10月17日, 招待有り

  
• ウイルスは生命か？－巨大ウイルスを中心に－

  緒方 博之

  第56回生物物理若手の会夏の学校, 2016年09月04日, 招待有り

  
• 海洋巨大ウイルスの多様性と宿主予測

  緒方 博之

  水圏微生物研究フォーラム, 2016年08月09日, 招待有り

  
• 海洋ウイルス：環境ゲノムから見る多様性・相互作用・分布.

  緒方 博之

  日本海洋学会2016年度春季大会, 2016年03月17日, 招待有り

  
• GenomeNet's services for metagenomics studies

  Ogata H; Mihara T; Nishimura Y; Blanc-Mathieu R; Goto S

  A New Age of Discovery for Aquatic Microeukaryotes, 2016年01月27日

  
• 巨大ウイルスは海洋生態系進化の原動力である

  緒方博之

  第37回日本分子生物学会年会(2014/11/25-27), 2015年11月25日, Yokohama

  
• 海洋巨大ウイルスの多様性と進化.

  緒方博之

  JT生命誌研究館セミナー, 2015年06月18日, Tkatsuki, 招待有り

  
• 次世代シーケンサーを用いた未知の海洋細菌―ウイルス感染系の推定

  緒方博之

  日本水産学会春季大会(2015/3/27-31), 2015年03月29日, Tokyo

  
• 海洋巨大ウイルスの進化と生態

  緒方 博之

  京都大学生態研センターセミナー, 2015年02月20日, 招待有り

  
• 巨大ウイルスは海洋生態系進化の原動力である

  緒方博之

  第37回日本分子生物学会年会, 2014年11月25日, Yokohama

  
• ウイルスは生命か？−巨大ウイルスを中心に−

  緒方博之

  平成26年第二回化学研究所イブニングセミナー, 2014年11月12日, ICR,Uji

  
• Marine viral genomics: from genetic diversity to ecological implications.

  Ogata H

  Sweden-Kyoto Symposium(2014/9/11-12), 2014年09月02日, Stockholm University/Karolinska Institute, Stockholm, 招待有り

  
• Recent bioinformatics development in quantitative metagenomics.

  Ogata H

  The 3rd International Seminar on Biodiversity and Evolution (June 6, 2014, Kyoto Kyoiku Bunka Center, Kyoto, Oral presentation), 2014年06月06日, Kyoto, 招待有り

  
• Giruses in the Ocean: from diversity to their ecological significance (in Japanese).

  Ogata H

  Annual meeting of the Sciety of Genome Microbiology Japan - Symposium 1(2014/3/7-9), 2014年03月08日, Tokyo University of Agriculture, Tokyo, 招待有り

  
• Quantifying large DNA viruses in marine ecosystems.

  Ogata H

  Ocean Science Meeting 2014, Session 075（2014/2/23−28）, 2014年02月25日, Hawai, USA

  
• Giant viruses: a unique entry to the natural diversity of DNA processing genes.

  Ogata H

  Second Bioscience and Biotechnology International Symposium: The Nucleic Acid World - Interface between Biology and Chemistry., 2014年01月29日, Suzukakedai Campus, Tokyo Institute of Technology., Yokohama, 招待有り

  
• Quantifying nucleo-cytoplasmic large DNA viruses in marine ecosystems.

  Ogata H

  International Symposium on Giant Virus Biology(2013/11/17-20), 2013年11月19日, Ringberg Castle, Tegernsee, Germany, 招待有り

  
• Richness of NCLDV genes.

  Ogata H

  Tara-Oceans Biodiversity Workshop, ENS, Paris（2013/7/4−5）, 2013年07月05日, Paris, France

  
• The big viruses in marine environments.

  Ogata H

  Seminar at Nakai laboratory, Tokyo Univ., Tokyo, 2013年02月12日, Tokyo

  
• The wonder world of small giants in the sea.

  Ogata H

  Lecture at Tokyo Institute of Technology, Tokyo, 2012年06月14日, Ookayama, Tokyo, 招待有り

  
• Giant viruses in marine environments.

  Ogata H

  Tara Japan Tour(2012/2/11-19), 2012年02月17日, Feb 11-19; JAMSTEC, Yokosuka, Feb-13; Kyoto Univ., Kyoto, Feb-14; National Research Institute of Fisheries and Environment of Inland Sea, Fisheries Research Agency, Hiroshima

  
• Diversity of DNA informational proteins originating from viruses.

  Ogata H

  Aquatic Virus Workshop 6(2011/10/30-11/3), 2011年11月02日, Texel, The Netherlands

  
• The girus gene pool.

  Ogata H

  ANR/ARP workshop: International conference on the Viruses of the Environement(2011/3/22-23), 2011年03月23日, Heidelberg, Germany, 招待有り

  
• Genomics and metagenomics of marine giruses.

  Ogata H

  ANR/ARP workshop: Combining high througput genomics, quantitative imaging, in situ oceanographic and satellite data and modeling to better understand plankton ecosystems at the planetary level(2011/1/10-11), 2011年01月11日, Villefranche, France, 招待有り

  
• Mimivirus and other giants of the virus world.

  Ogata H

  Fourth European Congress of Virology(2010/44/7-11), 2010年04月07日, Cernobbio, Italy, 招待有り

  
• The goal of Tara-Girus.

  Ogata H

  Tara Retreat Meeting(2010/2/1-3), 2010年02月01日, Heidlberg, Germany, 招待有り

  
• Mimivirus, its sisters and cousins: towards revealing the hidden world of giant viruses.

  Ogata H

  Seminar Observatoire Oceanologique de Villefranche-sur-Mer, 2009年12月10日, Villefranche-sur-Mer, Framce

  
• Horizontal gene transfer between Emiliania huxleyi and viruses (II).

  Ogata H

  Emiliania huxleyi Jamboree(2009/6/17-18), 2009年06月17日, Woods Hole Oceanographic Institute

  
• Host-like genes in giant DNA viruses.

  Ogata H

  Lecture at Kyoto University(2008/12/19-22), 2008年12月22日, Kyoto, 招待有り

  
• Aquatic viruses: manipulators of host metabolism and a reservoir of new genes.

  Ogata H

  Lecture at Universite Blaise-Pascal and Universite D'Auvergne, 2008年11月26日, Aubiere, France, 招待有り

  
• Distribution of giant viruses in marine environments.

  Ogata H

  The 13th France-Japan Oceanography Symposium(2008/9/8-10), 2008年09月10日, Marseille, France

  
• Giant viruses are old and ubiquitous.

  Ogata H

  Seminaire MAGAMA, 2008年02月28日, Marseille, France

  
• Bioinformatics and evolutionary analysis of NCLDVs.

  Ogata H

  Genomics and Ecology of Aquatic Viruses(20082/11-13), 2008年02月11日, Banyuls-sur-Mer, France

  
• Surprising discoveries from genomics of intracellular parasites.

  Ogata H

  Seminar at The Institute for Bioinformatics, 2007年10月25日, Munich, Germany

  
• New insights into the evolutionary behaviour of giant virus genomes.

  Ogata H

  Bioinformatics Colloquium, 2007年10月24日, Munich, Germany, 招待有り

  
• Comparative genomics of large DNA viruses.

  Ogata H

  Seminar at l'Universite d'Aix Marseille I, 2007年06月11日, Marseille, France

  
• Virus-host genome comparison.

  Ogata H

  E. huxleyi Genome Jamboree(20073/19-20), 2007年03月19日, Roscoff, France, 招待有り

  
• Analyses comparatives et quantitatives des genomes viraux.

  Ogata H

  RAVIE(2007/1/25-26), 2007年01月25日, Aubiere, France

  
• Genome sequence of Rickettsia bellii suggests the role of amoebae in ancestral gene transfers between intracellular pathogens.

  Ogata H

  International symposium on the comparative biology of the alpha-proteobacteria(2006/4/26-29), 2006年04月27日, Blacksburg, Virginia, USA, 招待有り

  
• Le genome de Rickettsia bellii - le role d'amibe dans l'evolution de pathogenes intracellulaires.

  Ogata H

  IFR-48 seminar, 2006年04月22日, Marseille, France

  
• Comparative evolutionary genomics of Rickettsia.

  Ogata H

  CBRC seminar, 2006年03月24日, Tokyo

  
• Lessons from Genomics of Rickettsia and Tropheryma.

  Ogata H

  International Symposium From Genomics to Chemical Genomics - 10th Anniversary of KEGG (2005/12/15-16), 2005年12月15日, Kyoto, 招待有り

  
• Mimivirus & Evolution du Vivant.

  Ogata H

  Reunion Evolution Virale(2005/11/7-8), 2005年11月07日, Montpelliker, France, 招待有り

  
• What have we learned from microbial genome projects.

  Ogata H

  Workshop GENOMED-HEALTH(2005/3/4-5), 2005年03月04日, Tunis, Tunisia, 招待有り

  
• An approach to generate testable hypotheses in microbiology.

  Ogata H

  5th International Conference on Systems Biology(2004/10/9-13), 2004年10月12日, Heidelberg, Germany

  
• A new database towards rational design of culture conditions of obligate parasites.

  Ogata H

  VI_me Cogr_s de la SFM, 2004年05月11日, Bordeaux, France

  
• Rickettsia and Tropheryma: Lessons from small bacterial genomes.

  Ogata H

  CBRC seminar, 2003年12月22日, Tokyo

  
• Rickettsia and Tropheryma: Lessons from small parasitic bacterial genomes.

  Ogata H

  Second JSPS Forum, "Postgenome", 2003年11月28日, Strasbourg, France, 招待有り

  
• Bioinformatics and structural genomics of intracellular pathogens and E. coli.

  Ogata H

  E. coli Workshop: Towards New Biology in 21st Century(2003/10/15-17), 2003年10月15日, Awaji, 招待有り

  
• Genome sequence of Tropheryma whipplei Twist: a small human pathogen of the high G+C Gram-positive bacteria.

  Ogata H

  HAMAP Workshop on Microbial Annotation(2003/6/2-4), 2003年06月02日, xxx, 招待有り

  
• Mechanisms of genome evolution in Rickettsia.

  Ogata H

  International Summer School - From Genome to Life(2002/7/15-27), 2002年07月15日, Corsica, France, 招待有り

  
• Protein coding palindromes in Rickettsia: A unique mechanism to create novel protein sequences.

  Ogata H

  Molecular Evolution - International conference jointly organized by ISME and SMBE(2002/6/13-16), 2002年06月13日, Sorrento - Naples - Italy

  
• Selfish DNA parasitizing protein-coding genes of Rickettsia.

  Ogata H

  Journ_es _volution Biologique(2001/6/27-29), 2001年06月27日, Marseille, France

  
• Rickettsia conorii complete genome sequencing: Preliminary survey.

  Ogata H

  Genomes 2000(2000/4/11-15), 2000年04月11日, Paris, France

  
• Unexpected selfish DNA in protein coding regions of Rickettsia.

  Ogata H

  4th Annual Conference on Computational Genomics (TIGR), 2000年, xxx, 招待有り

  
• Detection of co-regulated genes by comparative analysis of microbial genomes. (pp.304-305)

  Ogata H

  Genome Informatics Workshop 1998(1998/12/10-11), 1998年12月10日, Tokyo

  
• Integrated analysis of metabolic pathways, sequence evolution and genome organization.

  Ogata H

  Dagstuhl Seminar - Modeling and Simulation of Gene Regulation and Metabolic Pathway(1998/6/21-26), 1998年06月21日, Schloss Dagstuhl, Germany, 招待有り

  
• A graph theoretical approach for comparative analysis of genomic structures and biochemical pathways.

  Ogata H

  Glaxo Wellcome Symposium on Bioinformatics '98, 1998年05月07日, Tsukuba, Nippon Glaxo Ltd. Tsukuba Research Laboratories, 招待有り

  
• Analysis of the metabolic pathways by the similar cluster searching method.

  Ogata H

  Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan(1997/12/16-19), 1997年12月19日, Kyoto

  
• The new age of bioinformatics.

  Ogata H

  A tutuorial at Communications Research Laboratory, Ministry of Posts & Telecommunications, 1997年06月13日, Kobe, 招待有り

  
• Correlation between the chromosomal location of enzyme genes and the organization of metabolic pathways.

  Ogata H

  Meeting on Genome Mapping & Sequencing(1997/5/14-18), 1997年05月14日, Cold Spring Harbor Laboratory, New York, USA

  
• Analyses of metabolic pathways - function and evolution based on classification of enzymes.

  Ogata H

  Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan, 1996年11月07日, Tsukuba

  
• Size distribution and evolutionary rate of intron revealed by comparison of different mammalian species.

  Ogata H

  Progress in biophysics & molecular biology, 65, suppl.1 p.75(1996/8/11-16), 1996年08月13日, Amsterdam, Kingdom of the Netherlands

  
• Statistical features identified from comparison of homologous introns. (pp.96-97)

  Ogata H

  Genome Informatics Workshop 1995(1995/12/11-12), 1995年12月11日, Yokohama

  
• Substitution rates in noncoding regions in mammalian genes.

  Ogata H

  Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan(1995/9/23-25), 1995年09月23日, Sapporo

  
• A molecular modeling technique for RNA stem-loop structure.

  Ogata H

  Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan(1994/9/28-30), 1994年09月29日, Yokohama

  
• A computer modeling method for the three-dimensional structure of RNA.

  Ogata H

  Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan(1993/10/12-14), 1993年10月13日, Nagoya

  

外部資金：科学研究費補助金

• ウイルス駆動の海洋低次生態系の時計仕掛けと海洋への影響解明

  基盤研究(S)

  大区分K

  京都大学

  吉田 天士

  自 2021年07月05日, 至 2026年03月31日, 交付

  海洋ウイルス;海洋微生物;微細藻類;オミックス解析;海洋低次生態系

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21H05057/
• 水圏生態系における巨大ウイルスの生態ならびに宿主との相互作用の包括的理解

  基盤研究(B)

  小区分40040:水圏生命科学関連

  東京理科大学

  武村 政春

  自 2020年04月01日, 至 2023年03月31日, 交付

  巨大ウイルス;水圏生態系;細胞動態解析;ヒストン;ウイルス・宿主相互作用

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20H03078/
• 凝集体生命圏：海洋炭素循環の未知制御機構の解明

  基盤研究(S)

  大区分K

  東京大学

  永田 俊

  自 2019年06月26日, 至 2024年03月31日, 交付

  凝集体;海洋炭素循環;微生物群集;ウィルス;生物炭素ポンプ;遺伝子解析;物質循環

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19H05667/
• 巨大ウイルスが水圏低次生態系で果たす役割の包括的解明

  基盤研究(B)

  小区分40040:水圏生命科学関連

  京都大学

  緒方 博之

  自 2018年04月01日, 至 2022年03月31日, 交付

  巨大ウイルス;微生物群集動態;赤潮;宿主同定;海洋ウイルス;生物地理;多様性;ウイルス―宿主相互作用;水圏低次生態系;Tara Oceans;生物炭素ポンプ;水圏微生物生態系;メガウイルス;環境ゲノミクス

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18H02279/
• 包括的ビローム解析に基づくウイルス海洋学の創生基盤

  基盤研究(B)

  京都大学

  吉田 天士

  自 2017年04月01日, 至 2020年03月31日, 完了

  海洋低次生態系;ウイルス;微生物;メタゲノム;ビローム;環境ウイルス;海洋ウイルス;海洋微生物;生物間相互作用;海洋メタゲノム;ゲノム

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17H03850/
• 珪藻姉妹群パルマ藻と原始型中心珪藻の比較生物学による珪藻の起源・繁栄機構の解明

  基盤研究(B)

  国立研究開発法人水産研究・教育機構

  桑田 晃

  自 2017年04月01日, 至 2020年03月31日, 交付

  植物プランクトン;パルマ藻;珪藻;進化;ゲノム;藻類;プランクトン

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17H03724/
• 文字列の非可換位相半群上の確率・統計理論とそれらの環境再生生物工学への応用

  基盤研究(B)

  東京工業大学;国立研究開発法人理化学研究所

  小谷野 仁

  自 2016年07月19日, 至 2019年03月31日, 完了

  文字列の位相半群;DNA 配列の集団;ダイナミクス;統計的推定;制御;バイオレメディエーション;制御理論;確率・統計;バイオインフォマティクス;数理生物学;微生物の群集;推定;予測;環境再生;文字列;確率論;統計学;計算生物学;確率;統計;計算生物

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16KT0020/
• 水圏におけるウイルス-宿主間の感染・共存機構の解明

  新学術領域研究(研究領域提案型)

  生物系

  高知大学

  長崎 慶三

  自 2016年06月30日, 至 2021年03月31日, 完了

  赤潮;巨大ウイルス;メガプライマー;FLDS;珪藻;渦鞭毛藻;深海生態系;NGS（次世代シーケンス）;巨大ウイルス（NCLDV）;珪藻感染性RNAウイルス;海底堆積物コア;宿主特異性;水圏ウイルス;珪藻個体群;海洋分子生態学;珪藻ウイルス;渦鞭毛藻ウイルス;ミミウイルス科;多様性;ゲノムインフォマティクス;赤潮プランクトン;ウイルス;水圏微生物;ウイルス系統組成;外洋域深海生態系;ウイルスデータ解析システム;ウィルス;微生物群集;ウィローム解析;深海堆積物;FLDS法;海洋生態;微生物;ゲノム

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PLANNED-16H06437/
• 時空間的探索による一酸化炭素資化菌の包括的研究とその応用基盤の構築

  基盤研究(S)

  京都大学

  左子 芳彦

  自 2016年05月31日, 至 2021年03月31日, 完了

  一酸化炭素資化菌;CO代謝;ゲノム解析;トランスクリプトーム解析;海洋コア;好熱菌;ミクロコズム;一酸化炭素資化性菌;水素生成;メタンハイドレード;好熱微生物

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16H06381/
• 海洋巨大ウイルス・ヴァイロファージ・真核生物の包括的エコシステム解析

  基盤研究(C)

  京都大学

  緒方 博之

  自 2014年04月01日, 至 2017年03月31日, 完了

  巨大ウイルス;海洋ウイルス;海洋生態系;メタゲノム;多様性;微生物生態;海洋微生物;Tara Oceans;ウイルス－宿主相互作用;海洋メタゲノム;微生物多様性;タラ海洋探査（②フランス）

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26430184/
• 無光層―太陽光の届かない水圏―に棲息する巨大ウイルスの生態

  基盤研究(A)

  中区分40:森林圏科学、水圏応用科学およびその関連分野

  京都大学

  緒方 博之

  自 2022年04月01日, 至 2026年03月31日, 採択

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22H00384/

教育

担当科目

• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  バイオインフォマティクス特論Ａ

  前期, 理学研究科
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  バイオインフォマティクス特論Ｂ

  後期, 理学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  バイオインフォマティクス

  前期, 理学部
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  バイオ情報スキル

  通年不定, 薬学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  特別実習(統合ゲノミクス)

  通年, 薬学部
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  バイオインフォマティクス特論Ａ

  前期, 理学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  バイオインフォマティクス特論Ｂ

  後期, 理学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  バイオインフォマティクス理論

  後期不定, 薬学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  ゲノム科学

  後期, 理学部
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  バイオインフォマティクス系コンテンツ制作

  後期前期, 薬学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  バイオインフォマティクス系コンテンツ制作

  通年不定, 薬学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  バイオインフォマティクス系研究

  後期前期, 薬学研究科
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  バイオインフォマティクス系研究

  通年不定, 薬学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  バイオインフォマティクス

  前期, 理学部
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  バイオ情報スキル

  通年不定, 薬学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  特別実習(統合ゲノミクス)

  通年, 薬学部
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  バイオインフォマティクス特論Ａ

  前期, 理学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  バイオインフォマティクス特論Ｂ

  後期, 理学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  ゲノム科学

  後期, 理学部
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  バイオインフォマティクス系コンテンツ制作

  後期前期, 薬学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  バイオインフォマティクス系コンテンツ制作

  通年不定, 薬学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  バイオインフォマティクス系研究

  後期前期, 薬学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  バイオインフォマティクス系研究

  通年不定, 薬学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  バイオインフォマティクス

  前期, 理学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  バイオインフォマティクス

  前期, 理学部
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  バイオ情報スキル

  通年不定, 薬学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  特別実習(統合ゲノミクス)

  通年, 薬学部
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  バイオインフォマティクス特論Ａ

  前期, 理学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  バイオインフォマティクス特論Ｂ

  後期, 理学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  バイオインフォマティクス理論

  後期不定, 薬学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  ゲノム科学

  後期, 理学部
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  バイオインフォマティクス系コンテンツ制作

  通年不定, 薬学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  バイオインフォマティクス系研究

  通年不定, 薬学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  統合生物多様性論

  前期, 理学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  「薬の世界」入門

  前期, 全学共通科目
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  バイオインフォマティクス

  前期, 理学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  バイオインフォマティクス

  前期, 理学部
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  バイオ情報スキル

  通年不定, 薬学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  特別実習(統合ゲノミクス)

  通年, 薬学部
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  生物物理学入門

  前期, 全学共通科目
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  ゲノム科学

  後期, 理学部
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  バイオインフォマティクス系コンテンツ制作

  通年不定, 薬学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  バイオインフォマティクス系研究

  後期前期, 薬学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  バイオインフォマティクス系研究

  通年不定, 薬学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  「薬の世界」入門

  前期, 全学共通科目
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  バイオインフォマティクス

  前期, 理学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  バイオインフォマティクス

  前期, 理学部
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  バイオ情報スキル

  通年不定, 薬学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  特別実習(統合ゲノミクス)

  通年, 薬学部
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  バイオインフォマティクス特論

  後期, 理学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  バイオインフォマティクス理論

  後期不定, 薬学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  生物物理学入門

  前期, 全学共通科目
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  ゲノム科学

  後期, 理学部
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  バイオインフォマティクス系コンテンツ制作

  前期不定, 薬学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  バイオインフォマティクス系コンテンツ制作

  後期不定, 薬学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  バイオインフォマティクス系コンテンツ制作

  通年不定, 薬学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  バイオインフォマティクス系研究

  前期不定, 薬学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  バイオインフォマティクス系研究

  後期不定, 薬学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  バイオインフォマティクス系研究

  通年不定, 薬学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  「薬の世界」入門

  前期, 全学共通科目
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  バイオインフォマティクス

  前期, 理学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  バイオインフォマティクス

  前期, 理学部
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  バイオ情報スキル

  通年不定, 薬学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  特別実習(統合ゲノミクス)

  通年, 薬学部
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  生物物理学入門

  前期, 全学共通科目
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  生物科学特論Ａ

  前期, 理学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  バイオインフォマティクス系コンテンツ制作

  通年不定, 薬学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  ﾊﾞｲｵｲﾝﾌｫﾏﾃｨｸｽ系ｺﾝﾃﾝﾂ制作(秋入学用)

  前期不定, 薬学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  ﾊﾞｲｵｲﾝﾌｫﾏﾃｨｸｽ系ｺﾝﾃﾝﾂ制作(秋入学用)

  後期不定, 薬学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  バイオインフォマティクス系研究

  通年不定, 薬学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  バイオインフォマティクス系研究(秋入学用)

  前期不定, 薬学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  バイオインフォマティクス系研究(秋入学用)

  後期不定, 薬学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  バイオインフォマティクス

  前期, 理学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  バイオインフォマティクス

  前期, 理学部
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＡ

  前期, 理学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＢ

  後期, 理学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＣ

  前期, 理学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＤ

  後期, 理学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  バイオ情報スキル

  通年不定, 薬学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  特別実習（統合ゲノミクス）【H30以降入学者用】

  通年, 薬学部
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  特別実習(統合ゲノミクス)

  通年, 薬学部
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  バイオインフォマティクス特論

  後期, 理学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  バイオインフォマティクス理論

  後期不定, 薬学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生物物理学入門

  前期, 全学共通科目
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生物科学特論Ａ

  前期, 理学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  バイオインフォマティクス系コンテンツ制作

  通年不定, 薬学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  ﾊﾞｲｵｲﾝﾌｫﾏﾃｨｸｽ系ｺﾝﾃﾝﾂ制作(秋入学用)

  前期不定, 薬学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  ﾊﾞｲｵｲﾝﾌｫﾏﾃｨｸｽ系ｺﾝﾃﾝﾂ制作(秋入学用)

  後期前期, 薬学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  バイオインフォマティクス系研究

  通年不定, 薬学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  バイオインフォマティクス系研究(秋入学用)

  前期不定, 薬学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  バイオインフォマティクス系研究(秋入学用)

  後期前期, 薬学研究科

大学運営

全学運営(役職等)

• 自 2015年04月01日, 至 2017年03月31日

  化学研究所付属バイオインフォマティクスセンター長
• 自 2017年02月01日, 至 2018年03月31日

  情報環境機構基盤システム運用委員会 委員
• 自 2017年04月01日, 至 2019年03月31日

  情報環境機構KUINS利用負担金検討委員会 委員
• 自 2017年12月21日, 至 2019年03月31日

  国際教育委員会国際学生交流委員会アムジェン・スカラーズ・プログラム小委員会 委員
• 自 2018年04月01日, 至 2020年03月31日

  情報環境機構基盤システム運用委員会 委員
• 自 2018年04月01日, 至 2020年03月31日

  情報環境機構研究用計算機専門委員会 委員
• 自 2019年04月01日, 至 2021年03月31日

  情報環境機構KUINS利用負担金検討委員会 委員
• 自 2021年04月01日, 至 2023年03月31日

  バイオインフォマティクスセンター センター長

部局運営(役職等)

• 自 2014年04月01日, 至 2015年03月31日

  化学研究所ゲノムネット推進室運営委員会 委員
• 自 2014年04月01日, 至 2015年03月31日

  化学研究所広報委員会 委員
• 自 2014年04月01日, 至 2015年03月31日

  化学研究所産学連携委員会 委員
• 自 2014年04月01日, 至 2015年03月31日

  化学研究所情報セキュリティ委員会 委員
• 自 2015年04月01日, 至 2017年03月31日

  化学研究所ゲノムネット推進室運営委員会 委員
• 自 2015年04月01日, 至 2016年03月31日

  化学研究所運営委員会 委員
• 自 2015年04月01日, 至 2016年03月31日

  化学研究所広報委員会 委員
• 自 2015年04月01日, 至 2016年03月31日

  化学研究所将来問題・研究活性化委員会 委員
• 自 2015年04月01日, 至 2016年03月31日

  化学研究所設備運営委員会 委員
• 自 2015年04月01日, 至 2016年03月31日

  化学研究所総務・教務委員会 委員長
• 自 2016年04月01日, 至 2017年03月31日

  化学研究所運営委員会 委員
• 自 2016年04月01日, 至 2017年03月31日

  化学研究所建物管理委員会 委員
• 自 2016年04月01日, 至 2017年03月31日

  化学研究所広報委員会 委員
• 自 2016年04月01日, 至 2017年03月31日

  化学研究所財務委員会 委員
• 自 2016年04月01日, 至 2017年03月31日

  化学研究所自己点検評価委員会 委員
• 自 2017年04月01日, 至 2019年03月31日

  化学研究所ゲノムネット推進室運営委員会 委員
• 自 2017年04月01日, 至 2018年03月31日

  化学研究所広報委員会 委員
• 自 2017年04月01日, 至 2018年03月31日

  化学研究所産学連携委員会 委員
• 自 2017年04月01日, 至 2018年03月31日

  化学研究所将来問題・研究活性化委員会 委員
• 自 2018年04月01日, 至 2019年03月31日

  化学研究所産学連携委員会 委員
• 自 2018年04月01日, 至 2019年03月31日

  化学研究所設備運営委員会 委員
• 自 2018年04月01日, 至 2020年03月31日

  学術情報メディアセンター全国共同利用運営委員会 委員
• 自 2018年04月01日, 至 2020年03月31日

  研究用計算機専門委員会 委員
• 自 2019年01月01日, 至 2019年12月31日

  宇治キャンパス公開2019実行委員会 委員
• 自 2019年04月01日, 至 2022年03月31日

  化学研究所ゲノムネット推進室運営委員会 委員
• 自 2019年04月01日, 至 2020年03月31日

  化学研究所講演委員会 委員長
• 自 2019年04月01日, 至 2020年03月31日

  化学研究所設備運営委員会 委員
• 自 2020年04月01日, 至 2021年03月31日

  化学研究所広報委員会委員
• 自 2020年04月01日, 至 2021年03月31日

  化学研究所財務委員会委員
• 自 2020年04月01日, 至 2021年03月31日

  化学研究所将来問題・研究活性化委員会委員
• 自 2021年04月01日, 至 2022年03月31日

  化学研究所運営委員会委員
• 自 2021年04月01日, 至 2022年03月31日

  化学研究所自己点検評価委員会委員
• 自 2021年04月01日, 至 2023年03月31日

  化学研究所ゲノムネット推進室運営委員会委員